FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6221, 670 aa 1>>>pF1KB6221 670 - 670 aa - 670 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7080+/-0.00103; mu= 4.1247+/- 0.062 mean_var=193.8912+/-39.818, 0's: 0 Z-trim(110.5): 49 B-trim: 4 in 1/51 Lambda= 0.092108 statistics sampled from 11607 (11653) to 11607 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.701), E-opt: 0.2 (0.358), width: 16 Scan time: 4.280 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS1235.1 ATF6 gene_id:22926|Hs108|chr1 ( 670) 4367 593.3 3.6e-169 CCDS47408.1 ATF6B gene_id:1388|Hs108|chr6 ( 700) 755 113.4 1.2e-24 CCDS4737.1 ATF6B gene_id:1388|Hs108|chr6 ( 703) 755 113.4 1.2e-24 >>CCDS1235.1 ATF6 gene_id:22926|Hs108|chr1 (670 aa) initn: 4367 init1: 4367 opt: 4367 Z-score: 3150.6 bits: 593.3 E(32554): 3.6e-169 Smith-Waterman score: 4367; 99.9% identity (100.0% similar) in 670 aa overlap (1-670:1-670) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MGEPAGVAGTMESPFSPGLFHRLDEDWDSALFAELGYFTDTDELQLEAANETYENNFDNL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 MGEPAGVAGTMESPFSPGLFHRLDEDWDSALFAELGYFTDTDELQLEAANETYENNFDNL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 DFDLDLVPWESDIWDINNQICTVKDIKAEPQPLSPASSSYSVSSPRSVDSYSSTQHVPEE ::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 DFDLDLMPWESDIWDINNQICTVKDIKAEPQPLSPASSSYSVSSPRSVDSYSSTQHVPEE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB6 LDLSSSSQMSPLSLYGENSNSLSSAEPLKEDKPVTGPRNKTENGLTPKKKIQVNSKPSIQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 LDLSSSSQMSPLSLYGENSNSLSSAEPLKEDKPVTGPRNKTENGLTPKKKIQVNSKPSIQ 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB6 PKPLLLPAAPKTQTNSSVPAKTIIIQTVPTLMPLAKQQPIISLQPAPTKGQTVLLSQPTV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 PKPLLLPAAPKTQTNSSVPAKTIIIQTVPTLMPLAKQQPIISLQPAPTKGQTVLLSQPTV 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB6 VQLQAPGVLPSAQPVLAVAGGVTQLPNHVVNVVPAPSANSPVNGKLSVTKPVLQSTMRNV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 VQLQAPGVLPSAQPVLAVAGGVTQLPNHVVNVVPAPSANSPVNGKLSVTKPVLQSTMRNV 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB6 GSDIAVLRRQQRMIKNRESACQSRKKKKEYMLGLEARLKAALSENEQLKKENGTLKRQLD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 GSDIAVLRRQQRMIKNRESACQSRKKKKEYMLGLEARLKAALSENEQLKKENGTLKRQLD 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KB6 EVVSENQRLKVPSPKRRVVCVMIVLAFIILNYGPMSMLEQDSRRMNPSVSPANQRRHLLG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 EVVSENQRLKVPSPKRRVVCVMIVLAFIILNYGPMSMLEQDSRRMNPSVSPANQRRHLLG 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KB6 FSAKEAQDTSDGIIQKNSYRYDHSVSNDKALMVLTEEPLLYIPPPPCQPLINTTESLRLN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 FSAKEAQDTSDGIIQKNSYRYDHSVSNDKALMVLTEEPLLYIPPPPCQPLINTTESLRLN 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KB6 HELRGWVHRHEVERTKSRRMTNNQQKTRILQGALEQGSNSQLMAVQYTETTSSISRNSGS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 HELRGWVHRHEVERTKSRRMTNNQQKTRILQGALEQGSNSQLMAVQYTETTSSISRNSGS 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KB6 ELQVYYASPRSYQDFFEAIRRRGDTFYVVSFRRDHLLLPATTHNKTTRPKMSIVLPAINI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 ELQVYYASPRSYQDFFEAIRRRGDTFYVVSFRRDHLLLPATTHNKTTRPKMSIVLPAINI 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KB6 NENVINGQDYEVMMQIDCQVMDTRILHIKSSSVPPYLRDQQRNQTNTFFGSPPAATEATH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 NENVINGQDYEVMMQIDCQVMDTRILHIKSSSVPPYLRDQQRNQTNTFFGSPPAATEATH 610 620 630 640 650 660 670 pF1KB6 VVSTIPESLQ :::::::::: CCDS12 VVSTIPESLQ 670 >>CCDS47408.1 ATF6B gene_id:1388|Hs108|chr6 (700 aa) initn: 1079 init1: 416 opt: 755 Z-score: 556.3 bits: 113.4 E(32554): 1.2e-24 Smith-Waterman score: 1121; 36.4% identity (60.6% similar) in 698 aa overlap (25-666:25-694) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MGEPAGVAGTMESPFSPGLFHRLDEDWDSALFAELGYFTDTDELQLEAANETYENNFD-- :::::.:.. : .. .. :: : . :: CCDS47 MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDWDSTLYSGLDEVAE-EQTQLFRCPEQ-DVPFDGS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 NLDFDLDLVPWESDIWDINNQICTVKDIKAEPQPLSP-ASSSYSVSSPR-SVDSYSSTQH .:: .:. : : :.. . :.... .: :: .::: : : : :.. : . 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CCDS47 SPTDQPSFSNLTAFPGGAKELLLRDLDQLFLSSD-CRHF-NRTESLRLADELSGWVQRHQ 470 480 490 500 510 520 500 510 520 530 540 550 pF1KB6 VERTKSRRMTNNQQKTRILQGALEQGSNSQLMAVQYTETTSSISRNSGSELQVYYASPRS : : . ....::.. . .. . :: . . :.: ..::.: :: CCDS47 RGRRKIPQRAQERQKSQ------PRKKSPPVKAVPI-QPPGPPERDSVGQLQLYRHPDRS 530 540 550 560 570 560 570 580 590 600 pF1KB6 YQDFFEAIRRRGDTFYVVSFRRDHLLLPATTHNKTTRPKMSIVLPAININENVINGQ--- :..:: :: ::::::::::::::::: .::::.:::::.:.::. ::. ..:. 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CCDS47 RKKKEYLQGLEARLQAVLADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLGSGNRKVVCIMVF 350 360 370 380 390 400 390 400 410 420 430 pF1KB6 LAFIILNYGPMSMLEQDSRRMNPSVSPANQ--RRHLLGFSAKEA-------QDTSDGIIQ : :: .:.::.:. : : ..: .. .. :::::::: .: : .:.: . CCDS47 LLFIAFNFGPVSISEPPSAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPKE 410 420 430 440 450 460 440 450 460 470 480 pF1KB6 KNSYRYDH-SVSNDKAL------MVLTEEPLLYIPPPPCQPLINTTESLRLNHELRGWVH . :. : :: :. ..: . :.. :. . : :::::: :: :::. CCDS47 PQPSPTDQPSFSNLTAFPGGAKELLLRDLDQLFLSSD-CRHF-NRTESLRLADELSGWVQ 470 480 490 500 510 520 490 500 510 520 530 540 pF1KB6 RHEVERTKSRRMTNNQQKTRILQGALEQGSNSQLMAVQYTETTSSISRNSGSELQVYYAS ::. : : . ....::.. . .. . :: . . :.: ..::.: CCDS47 RHQRGRRKIPQRAQERQKSQ------PRKKSPPVKAVPI-QPPGPPERDSVGQLQLYRHP 530 540 550 560 570 550 560 570 580 590 600 pF1KB6 PRSYQDFFEAIRRRGDTFYVVSFRRDHLLLPATTHNKTTRPKMSIVLPAININENVINGQ :: :..:: :: ::::::::::::::::: .::::.:::::.:.::. ::. ..:. 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