FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2094, 796 aa 1>>>pF1KE2094 796 - 796 aa - 796 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.5283+/-0.000646; mu= -8.8911+/- 0.039 mean_var=782.9712+/-180.599, 0's: 0 Z-trim(115.7): 714 B-trim: 0 in 0/57 Lambda= 0.045835 statistics sampled from 25641 (26396) to 25641 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.656), E-opt: 0.2 (0.309), width: 16 Scan time: 8.980 The best scores are: opt bits E(85289) NP_002520 (OMIM: 155240,191315,256800) high affini ( 796) 5456 378.1 8.3e-104 NP_001012331 (OMIM: 155240,191315,256800) high aff ( 790) 5396 374.1 1.3e-102 NP_001007793 (OMIM: 155240,191315,256800) high aff ( 760) 4886 340.4 1.8e-92 NP_001230030 (OMIM: 191316) NT-3 growth factor rec ( 817) 2046 152.6 6.4e-36 XP_006720607 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 817) 2046 152.6 6.4e-36 XP_016877741 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 448) 1619 124.0 1.5e-27 XP_016877740 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 456) 1619 124.0 1.5e-27 XP_016877733 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 727) 1619 124.3 1.9e-27 XP_016877735 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 727) 1619 124.3 1.9e-27 XP_016877734 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 727) 1619 124.3 1.9e-27 XP_016877732 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 727) 1619 124.3 1.9e-27 XP_016877730 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 763) 1619 124.3 1.9e-27 XP_016877729 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 825) 1619 124.4 2e-27 XP_006720606 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 825) 1619 124.4 2e-27 NP_002521 (OMIM: 191316) NT-3 growth factor recept ( 825) 1619 124.4 2e-27 NP_001018074 (OMIM: 600456,613886) BDNF/NT-3 growt ( 822) 1615 124.1 2.4e-27 XP_011517020 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 1615 124.1 2.4e-27 XP_016870241 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 1615 124.1 2.4e-27 XP_016870242 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 1615 124.1 2.4e-27 XP_016870243 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 1615 124.1 2.4e-27 XP_016870240 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 1615 124.1 2.5e-27 XP_005252060 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 1615 124.1 2.5e-27 XP_005252061 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 1615 124.1 2.5e-27 NP_006171 (OMIM: 600456,613886) BDNF/NT-3 growth f ( 838) 1615 124.1 2.5e-27 XP_005252058 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 1615 124.1 2.5e-27 NP_001307064 (OMIM: 191316) NT-3 growth factor rec ( 617) 1031 85.3 8.8e-16 XP_006720608 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 715) 1031 85.4 9.5e-16 XP_016877731 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 750) 1026 85.1 1.2e-15 XP_016877737 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 559) 972 81.3 1.2e-14 XP_016877738 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 550) 970 81.2 1.4e-14 XP_016877736 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 604) 970 81.2 1.4e-14 NP_001307063 (OMIM: 191316) NT-3 growth factor rec ( 567) 967 81.0 1.6e-14 XP_006720611 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 528) 965 80.8 1.7e-14 NP_001007157 (OMIM: 191316) NT-3 growth factor rec ( 612) 965 80.9 1.8e-14 XP_011519939 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 612) 965 80.9 1.8e-14 XP_006720613 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 495) 900 76.5 3.2e-13 XP_006720612 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 503) 900 76.5 3.2e-13 XP_011519940 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 469) 895 76.1 3.9e-13 XP_016877739 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 482) 895 76.1 3.9e-13 XP_016856866 (OMIM: 602336) PREDICTED: inactive ty ( 874) 861 74.3 2.6e-12 XP_011539828 (OMIM: 602336) PREDICTED: inactive ty ( 874) 861 74.3 2.6e-12 XP_016856865 (OMIM: 602336) PREDICTED: inactive ty ( 917) 861 74.3 2.6e-12 NP_005003 (OMIM: 602336) inactive tyrosine-protein ( 937) 861 74.3 2.7e-12 NP_001007098 (OMIM: 600456,613886) BDNF/NT-3 growt ( 477) 833 72.0 6.7e-12 XP_016870250 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 477) 833 72.0 6.7e-12 XP_016870248 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 477) 833 72.0 6.7e-12 XP_005252064 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 477) 833 72.0 6.7e-12 XP_016870247 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 477) 833 72.0 6.7e-12 XP_016870249 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 477) 833 72.0 6.7e-12 XP_016870246 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 537) 833 72.1 7.2e-12 >>NP_002520 (OMIM: 155240,191315,256800) high affinity n (796 aa) initn: 5456 init1: 5456 opt: 5456 Z-score: 1984.7 bits: 378.1 E(85289): 8.3e-104 Smith-Waterman score: 5456; 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XP_006 ASVALTVYYPPRVVSLEEPELRLEH-CIEFVVRGNPPPTLHWLHNGQPLRESKIIHVEYY 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 390 pF1KE2 EPAANETVRHGCLRLNQPTHVNNGNYTLLAANPFGQASASIMAAFMDNPFEFNPEDPIPV . . . .::: .:.::: :::::::.: ::.: :. .: . :. .:: . .: : XP_006 QEGE---ISEGCLLFNKPTHYNNGNYTLIAKNPLGTANQTINGHFLKEPFPVDEVSPTP- 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 450 pF1KE2 SFSPVDTNSTSGDPVEKKDETPFGVSVAVGLAVFACLFLSTLLLVLNKCGRRNKFGINRP :. .. .: .: ::::.:::::.:::..: .:....:: :::.:::.. : XP_006 ---PITVT-------HKPEEDTFGVSIAVGLAAFACVLLVVLFVMINKYGRRSKFGMKGP 410 420 430 440 450 460 470 480 490 pF1KE2 -AVLAPEDGLAMSLHFMTLGGSSLSPTE-GKGSGLQGH----IIENPQYFS--------D ::.. :. : :: .. : .. : . : . . : .::::::: : XP_006 VAVISGEEDSASPLHHINHGITTPSSLDAGPDTVVIGMTRIPVIENPQYFRQGHNCHKPD 460 470 480 490 500 510 500 510 520 530 540 550 pF1KE2 ACVHHIKRRDIVLKWELGEGAFGKVFLAECHNLLPEQDKMLVAVKALKEASESARQDFQR . :.:::::::::: :::::::::::::::.:: : .:::::::::::. . .::.:::: XP_006 TYVQHIKRRDIVLKRELGEGAFGKVFLAECYNLSPTKDKMLVAVKALKDPTLAARKDFQR 520 530 540 550 560 570 560 570 580 590 600 610 pF1KE2 EAELLTMLQHQHIVRFFGVCTEGRPLLMVFEYMRHGDLNRFLRSHGPDAKLLAGGEDV-A :::::: :::.:::.:.::: .: ::.::::::.:::::.:::.::::: .:. :. : XP_006 EAELLTNLQHEHIVKFYGVCGDGDPLIMVFEYMKHGDLNKFLRAHGPDAMILVDGQPRQA 580 590 600 610 620 630 620 630 640 650 660 670 pF1KE2 PGPLGLGQLLAVASQVAAGMVYLAGLHFVHRDLATRNCLVGQGLVVKIGDFGMSRDIYST : :::.:.: .:::.:.::::::. ::::::::::::::: .:.:::::::::::.::: XP_006 KGELGLSQMLHIASQIASGMVYLASQHFVHRDLATRNCLVGANLLVKIGDFGMSRDVYST 640 650 660 670 680 690 680 690 700 710 720 730 pF1KE2 DYYRVGGRTMLPIRWMPPESILYRKFTTESDVWSFGVVLWEIFTYGKQPWYQLSNTEAID :::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::.::::::::::::.::::::.:. 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XP_016 YGVCGDGDPLIMVFEYMKHGDLNKFLRAHGPDAMILVDGQPRQAKGELGLSQMLHIASQI 240 250 260 270 280 290 640 650 660 670 680 690 pF1KE2 AAGMVYLAGLHFVHRDLATRNCLVGQGLVVKIGDFGMSRDIYSTDYYRVGGRTMLPIRWM :.::::::. ::::::::::::::: .:.:::::::::::.::::::::::.:::::::: XP_016 ASGMVYLASQHFVHRDLATRNCLVGANLLVKIGDFGMSRDVYSTDYYRVGGHTMLPIRWM 300 310 320 330 340 350 700 710 720 730 740 750 pF1KE2 PPESILYRKFTTESDVWSFGVVLWEIFTYGKQPWYQLSNTEAIDCITQGRELERPRACPP :::::.:::::::::::::::.::::::::::::.::::::.:.:::::: :::::.:: XP_016 PPESIMYRKFTTESDVWSFGVILWEIFTYGKQPWFQLSNTEVIECITQGRVLERPRVCPK 360 370 380 390 400 410 760 770 780 790 pF1KE2 EVYAIMRGCWQREPQQRHSIKDVHARLQALAQAPPVYLDVLG ::: .: :::::::::: .::... :.::..: :.:::.:: XP_016 EVYDVMLGCWQREPQQRLNIKEIYKILHALGKATPIYLDILG 420 430 440 450 >>XP_016877733 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth fac (727 aa) initn: 2410 init1: 1020 opt: 1619 Z-score: 613.8 bits: 124.3 E(85289): 1.9e-27 Smith-Waterman score: 2504; 54.0% identity (76.0% similar) in 730 aa overlap (93-796:7-727) 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 PGAENLTELYIENQQHLQHLELRDLRGLGELRNLTIVKSGLRFVAPDAFHFTPRLSRLNL :..::: .:::: . : :: .:.: .:: XP_016 MELYTGLQKLTIKNSGLRSIQPRAFAKNPHLRYINL 10 20 30 130 140 150 160 170 pF1KE2 SFNALESLSWKTVQGLSLQELVLSGNPLHCSCALRWLQRWEEEGLGGVPEQKLQC----H : : : .:::. : :::.:: : : ..::: .::.: :.:.: . . :.: : XP_016 SSNRLTTLSWQLFQTLSLRELQLEQNFFNCSCDIRWMQLWQEQGEAKLNSQNLYCINADG 40 50 60 70 80 90 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 GQGPLAHMPNASCGVPTLKVQVPNASVDVGDDVLLRCQVEGRGLEQAGWILTELEQSATV .: :: .: ..: .: ..:. : .: ::.... :. : : .. ::.: : :: .. 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XP_016 VCGDGDPLIMVFEYMKHGDLNKFLRAHGPDAMILVDGQPRQAKGELGLSQMLHIASQIAS 510 520 530 540 550 560 640 650 660 670 680 690 pF1KE2 GMVYLAGLHFVHRDLATRNCLVGQGLVVKIGDFGMSRDIYSTDYYRVGGRTMLPIRWMPP ::::::. ::::::::::::::: .:.:::::::::::.::::::::::.:::::::::: XP_016 GMVYLASQHFVHRDLATRNCLVGANLLVKIGDFGMSRDVYSTDYYRVGGHTMLPIRWMPP 570 580 590 600 610 620 700 710 720 730 740 750 pF1KE2 ESILYRKFTTESDVWSFGVVLWEIFTYGKQPWYQLSNTEAIDCITQGRELERPRACPPEV :::.:::::::::::::::.::::::::::::.::::::.:.:::::: :::::.:: :: XP_016 ESIMYRKFTTESDVWSFGVILWEIFTYGKQPWFQLSNTEVIECITQGRVLERPRVCPKEV 630 640 650 660 670 680 760 770 780 790 pF1KE2 YAIMRGCWQREPQQRHSIKDVHARLQALAQAPPVYLDVLG : .: :::::::::: .::... :.::..: :.:::.:: XP_016 YDVMLGCWQREPQQRLNIKEIYKILHALGKATPIYLDILG 690 700 710 720 >>XP_016877735 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth fac (727 aa) initn: 2410 init1: 1020 opt: 1619 Z-score: 613.8 bits: 124.3 E(85289): 1.9e-27 Smith-Waterman score: 2504; 54.0% identity (76.0% similar) in 730 aa overlap (93-796:7-727) 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 PGAENLTELYIENQQHLQHLELRDLRGLGELRNLTIVKSGLRFVAPDAFHFTPRLSRLNL :..::: .:::: . : :: .:.: .:: XP_016 MELYTGLQKLTIKNSGLRSIQPRAFAKNPHLRYINL 10 20 30 130 140 150 160 170 pF1KE2 SFNALESLSWKTVQGLSLQELVLSGNPLHCSCALRWLQRWEEEGLGGVPEQKLQC----H : : : .:::. : :::.:: : : ..::: .::.: :.:.: . . :.: : XP_016 SSNRLTTLSWQLFQTLSLRELQLEQNFFNCSCDIRWMQLWQEQGEAKLNSQNLYCINADG 40 50 60 70 80 90 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 GQGPLAHMPNASCGVPTLKVQVPNASVDVGDDVLLRCQVEGRGLEQAGWILTELEQSATV .: :: .: ..: .: ..:. : .: ::.... :. : : .. ::.: : :: .. 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