FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3183, 422 aa 1>>>pF1KE3183 422 - 422 aa - 422 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4327+/-0.000328; mu= 11.5045+/- 0.021 mean_var=203.7824+/-39.608, 0's: 0 Z-trim(122.8): 11 B-trim: 93 in 1/55 Lambda= 0.089844 statistics sampled from 41635 (41648) to 41635 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.793), E-opt: 0.2 (0.488), width: 16 Scan time: 9.370 The best scores are: opt bits E(85289) NP_775740 (OMIM: 612501) ubiquitin-conjugating enz ( 375) 1711 233.7 6e-61 NP_001138807 (OMIM: 612501) ubiquitin-conjugating ( 359) 1652 226.0 1.2e-58 NP_001271311 (OMIM: 612501) ubiquitin-conjugating ( 340) 1365 188.8 1.8e-47 XP_005254844 (OMIM: 612501) PREDICTED: ubiquitin-c ( 314) 1219 169.9 8.3e-42 XP_016878215 (OMIM: 612501) PREDICTED: ubiquitin-c ( 298) 1160 162.2 1.6e-39 XP_016878216 (OMIM: 612501) PREDICTED: ubiquitin-c ( 279) 873 125.0 2.4e-28 XP_011520530 (OMIM: 612501) PREDICTED: ubiquitin-c ( 198) 652 96.1 8.2e-20 XP_006720833 (OMIM: 612501) PREDICTED: ubiquitin-c ( 235) 652 96.2 9.1e-20 XP_016878217 (OMIM: 612501) PREDICTED: ubiquitin-c ( 261) 634 93.9 4.9e-19 XP_005254845 (OMIM: 612501) PREDICTED: ubiquitin-c ( 296) 634 94.0 5.4e-19 NP_001138633 (OMIM: 615832) ubiquitin-conjugating ( 161) 605 90.0 4.8e-18 >>NP_775740 (OMIM: 612501) ubiquitin-conjugating enzyme (375 aa) initn: 1543 init1: 1355 opt: 1711 Z-score: 1215.2 bits: 233.7 E(85289): 6e-61 Smith-Waterman score: 1831; 74.1% identity (86.0% similar) in 386 aa overlap (41-422:6-375) 20 30 40 50 60 70 pF1KE3 QPGPGQQLGGQGAAPGAGGGPGGGPGPGPCLRRELKLLESIFHRGHERFRIASACLDELS :. :::.: ::: ..::::::.: :::: NP_775 MSVSGLKAELKFLASIFDKNHERFRIVSWKLDELH 10 20 30 80 90 100 110 120 pF1KE3 CEFLLAGAGGAGAGAAPGPH-LPPRGSVPGDPVRIHCNITESYPAVPPIWSVESDDPNLA :.::. : .:: ::: :. .:::::::::. ::: :.:.::::. 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XP_016 CQFLVPQQG--------SPHSLPP-------PLTLHCNITESYPSSSPIWFVDSEDPNLT 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 AVLERLVDIKKGNTLLLQHLKRIISDLCKLYNLPQHPDVEMLDQPLPAEQCTQEDVSSED .::::: : :..: :. .:. :.:. :. 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XP_011 CQFLVPQQGS--------PHSLPP-------PLTLHCNITESYPSSSPIWFVDSEDPNLT 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 AVLERLVDIKKGNTLLLQHLKRIISDLCKLYNLPQHPDVEMLDQPLPAEQC-TQEDVSSE .::::: : :. :.:: :.:: .: .::.:::::.: ::::::::::. : : :.:.:: XP_011 SVLERLEDTKN-NNLLRQQLKWLICELCSLYNLPKHLDVEMLDQPLPTGQNGTTEEVTSE 90 100 110 120 130 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 DEDEE--MPEDTEDLDHYEMKEEEPAEGKKSEDDGIGKENLAILEKIKKNQRQDYLNGAV .:.:: : :: ::::::::::::: ::::::.:: ::::::::::.:.::::.:: XP_011 EEEEEEEMAEDIEDLDHYEMKEEEPISGKKSEDEGIEKENLAILEKIRKTQRQDHLNSY 140 150 160 170 180 190 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 SGSVQATDRLMKELRDIYRSQSFKGGNYAVELVNDSLYDWNVKLLKVDQDSALHNDLQIL >>XP_006720833 (OMIM: 612501) PREDICTED: ubiquitin-conju (235 aa) initn: 520 init1: 296 opt: 652 Z-score: 475.8 bits: 96.2 E(85289): 9.1e-20 Smith-Waterman score: 772; 62.3% identity (77.3% similar) in 207 aa overlap (41-243:6-196) 20 30 40 50 60 70 pF1KE3 QPGPGQQLGGQGAAPGAGGGPGGGPGPGPCLRRELKLLESIFHRGHERFRIASACLDELS :. :::.: ::: ..::::::.: :::: XP_006 MSVSGLKAELKFLASIFDKNHERFRIVSWKLDELH 10 20 30 80 90 100 110 120 pF1KE3 CEFLLAGAGGAGAGAAPGPH-LPPRGSVPGDPVRIHCNITESYPAVPPIWSVESDDPNLA :.::. :. :: ::: :. .:::::::::. ::: :.:.::::. 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XP_016 CQFLVPQQG--------SPHSLPP-------PLTLHCNITESYPSSSPIWFVDSEDPNLT 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 AVLERLVDIKKGNTLLLQHLKRIISDLCKLYNLPQHPDVEMLDQPLPAEQCTQEDVSSED .::::: : :..: :. .:. :.:. :. XP_016 SVLERLEDTKNNN----------------------------LNGT--TEEVTSEE---EE 90 100 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 EDEEMPEDTEDLDHYEMKEEEPAEGKKSEDDGIGKENLAILEKIKKNQRQDYLNGAVSGS :.::: :: ::::::::::::: ::::::.:: ::::::::::.:.::::.:: XP_016 EEEEMAEDIEDLDHYEMKEEEPISGKKSEDEGIEKENLAILEKIRKTQRQDHLN------ 110 120 130 140 150 160 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 VQATDRLMKELRDIYRSQSFKGGNYAVELVNDSLYDWNVKLLKVDQDSALHNDLQILKEK XP_016 ------------------------------------------------------------ 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 EGADFILLNFSFKDNFPFDPPFVRVVSPVLSGGYVLGGGAICMELLTKQGWSSAYSIESV ::::::::::::: :::::::::::::.::::::::::::::::::: XP_016 -------------DNFPFDPPFVRVVLPVLSGGYVLGGGALCMELLTKQGWSSAYSIESV 170 180 190 200 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 IMQISATLVKGKARVQFGANKSQYSLTRAQQSYKSLVQIHEKNGWYTPPKEDG ::::.::::::::::::::::.::.:.::::::.:.::::::::::::::::: XP_016 IMQINATLVKGKARVQFGANKNQYNLARAQQSYNSIVQIHEKNGWYTPPKEDG 210 220 230 240 250 260 >>XP_005254845 (OMIM: 612501) PREDICTED: ubiquitin-conju (296 aa) initn: 971 init1: 634 opt: 634 Z-score: 462.0 bits: 94.0 E(85289): 5.4e-19 Smith-Waterman score: 1237; 57.3% identity (67.1% similar) in 386 aa overlap (41-422:6-296) 20 30 40 50 60 70 pF1KE3 QPGPGQQLGGQGAAPGAGGGPGGGPGPGPCLRRELKLLESIFHRGHERFRIASACLDELS :. :::.: ::: ..::::::.: :::: XP_005 MSVSGLKAELKFLASIFDKNHERFRIVSWKLDELH 10 20 30 80 90 100 110 120 pF1KE3 CEFLLAGAGGAGAGAAPGPH-LPPRGSVPGDPVRIHCNITESYPAVPPIWSVESDDPNLA :.::. : .:: ::: :. .:::::::::. ::: :.:.::::. XP_005 CQFLVPQQG--------SPHSLPP-------PLTLHCNITESYPSSSPIWFVDSEDPNLT 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 AVLERLVDIKKGNTLLLQHLKRIISDLCKLYNLPQHPDVEMLDQPLPAEQC-TQEDVSSE .::::: : :. :.:: :.:: .: .::.:::::.: ::::::::::. : : :.:.:: XP_005 SVLERLEDTKN-NNLLRQQLKWLICELCSLYNLPKHLDVEMLDQPLPTGQNGTTEEVTSE 90 100 110 120 130 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 DEDEE--MPEDTEDLDHYEMKEEEPAEGKKSEDDGIGKENLAILEKIKKNQRQDYLNGAV .:.:: : :: ::::::::::::: ::::::.:: ::::::::::.:.::::.:: XP_005 EEEEEEEMAEDIEDLDHYEMKEEEPISGKKSEDEGIEKENLAILEKIRKTQRQDHLN--- 140 150 160 170 180 190 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 SGSVQATDRLMKELRDIYRSQSFKGGNYAVELVNDSLYDWNVKLLKVDQDSALHNDLQIL XP_005 ------------------------------------------------------------ 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 KEKEGADFILLNFSFKDNFPFDPPFVRVVSPVLSGGYVLGGGAICMELLTKQGWSSAYSI ::::::::::::: :::::::::::::.:::::::::::::::: XP_005 ----------------DNFPFDPPFVRVVLPVLSGGYVLGGGALCMELLTKQGWSSAYSI 200 210 220 230 240 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 ESVIMQISATLVKGKARVQFGANKSQYSLTRAQQSYKSLVQIHEKNGWYTPPKEDG :::::::.::::::::::::::::.::.:.::::::.:.::::::::::::::::: XP_005 ESVIMQINATLVKGKARVQFGANKNQYNLARAQQSYNSIVQIHEKNGWYTPPKEDG 250 260 270 280 290 422 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 18:53:34 2016 done: Sun Nov 6 18:53:36 2016 Total Scan time: 9.370 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]