Result of FASTA (ccds) for pFN21AE2075
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2075, 739 aa
  1>>>pF1KE2075 739 - 739 aa - 739 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3175+/-0.00154; mu= 10.4148+/- 0.091
 mean_var=160.1628+/-32.865, 0's: 0 Z-trim(102.3): 159  B-trim: 3 in 1/48
 Lambda= 0.101343
 statistics sampled from 6728 (6906) to 6728 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.556), E-opt: 0.2 (0.212), width:  16
 Scan time:  3.780

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS773.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1            ( 739) 4801 715.5 7.4e-206
CCDS55617.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1          ( 677) 4062 607.4 2.3e-173
CCDS774.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1            ( 647) 2309 351.1 3.2e-96
CCDS30956.1 HMCN1 gene_id:83872|Hs108|chr1         (5635)  401 72.9 1.5e-11


>>CCDS773.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1                 (739 aa)
 initn: 4801 init1: 4801 opt: 4801  Z-score: 3809.3  bits: 715.5 E(32554): 7.4e-206
Smith-Waterman score: 4801; 100.0% identity (100.0% similar) in 739 aa overlap (1-739:1-739)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MPGKMVVILGASNILWIMFAASQAFKIETTPESRYLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 MPGKMVVILGASNILWIMFAASQAFKIETTPESRYLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 TQIDSPLNGKVTNEGTTSTLTMNPVSFGNEHSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFPKDPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 TQIDSPLNGKVTNEGTTSTLTMNPVSFGNEHSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFPKDPE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 IHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEIDLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 IHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEIDLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 TFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTVRQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 TFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTVRQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 SVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDNGNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 SVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDNGNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 RKEVELIVQEKPFTVEISPGPRIAAQIGDSVMLTCSVMGCESPSFSWRTQIDSPLSGKVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 RKEVELIVQEKPFTVEISPGPRIAAQIGDSVMLTCSVMGCESPSFSWRTQIDSPLSGKVR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 SEGTNSTLTLSPVSFENEHSYLCTVTCGHKKLEKGIQVELYSFPRDPEIEMSGGLVNGSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 SEGTNSTLTLSPVSFENEHSYLCTVTCGHKKLEKGIQVELYSFPRDPEIEMSGGLVNGSS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 VTVSCKVPSVYPLDRLEIELLKGETILENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 VTVSCKVPSVYPLDRLEIELLKGETILENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE2 LVCQAKLHIDDMEFEPKQRQSTQTLYVNVAPRDTTVLVSPSSILEEGSSVNMTCLSQGFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 LVCQAKLHIDDMEFEPKQRQSTQTLYVNVAPRDTTVLVSPSSILEEGSSVNMTCLSQGFP
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE2 APKILWSRQLPNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 APKILWSRQLPNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTP
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE2 KDIKLTAFPSESVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAETGDTVLKSIDGAYTIRKAQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 KDIKLTAFPSESVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAETGDTVLKSIDGAYTIRKAQL
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE2 KDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMIIYFA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 KDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMIIYFA
              670       680       690       700       710       720

              730         
pF1KE2 RKANMKGSYSLVEAQKSKV
       :::::::::::::::::::
CCDS77 RKANMKGSYSLVEAQKSKV
              730         

>>CCDS55617.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1               (677 aa)
 initn: 4366 init1: 4055 opt: 4062  Z-score: 3225.8  bits: 607.4 E(32554): 2.3e-173
Smith-Waterman score: 4246; 91.6% identity (91.6% similar) in 739 aa overlap (1-739:1-677)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MPGKMVVILGASNILWIMFAASQAFKIETTPESRYLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWR
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::         
CCDS55 MPGKMVVILGASNILWIMFAASQAFKIETTPESRYLAQIGDSVSLTCSTTG---------
               10        20        30        40        50          

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 TQIDSPLNGKVTNEGTTSTLTMNPVSFGNEHSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFPKDPE
                                                            :::::::
CCDS55 -----------------------------------------------------SFPKDPE
                                                                   

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 IHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEIDLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 IHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEIDLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEV
       60        70        80        90       100       110        

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 TFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTVRQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTVRQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGG
      120       130       140       150       160       170        

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 SVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDNGNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDNGNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKN
      180       190       200       210       220       230        

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 RKEVELIVQEKPFTVEISPGPRIAAQIGDSVMLTCSVMGCESPSFSWRTQIDSPLSGKVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RKEVELIVQEKPFTVEISPGPRIAAQIGDSVMLTCSVMGCESPSFSWRTQIDSPLSGKVR
      240       250       260       270       280       290        

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 SEGTNSTLTLSPVSFENEHSYLCTVTCGHKKLEKGIQVELYSFPRDPEIEMSGGLVNGSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SEGTNSTLTLSPVSFENEHSYLCTVTCGHKKLEKGIQVELYSFPRDPEIEMSGGLVNGSS
      300       310       320       330       340       350        

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 VTVSCKVPSVYPLDRLEIELLKGETILENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VTVSCKVPSVYPLDRLEIELLKGETILENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKA
      360       370       380       390       400       410        

              490       500       510       520       530       540
pF1KE2 LVCQAKLHIDDMEFEPKQRQSTQTLYVNVAPRDTTVLVSPSSILEEGSSVNMTCLSQGFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LVCQAKLHIDDMEFEPKQRQSTQTLYVNVAPRDTTVLVSPSSILEEGSSVNMTCLSQGFP
      420       430       440       450       460       470        

              550       560       570       580       590       600
pF1KE2 APKILWSRQLPNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 APKILWSRQLPNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTP
      480       490       500       510       520       530        

              610       620       630       640       650       660
pF1KE2 KDIKLTAFPSESVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAETGDTVLKSIDGAYTIRKAQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KDIKLTAFPSESVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAETGDTVLKSIDGAYTIRKAQL
      540       550       560       570       580       590        

              670       680       690       700       710       720
pF1KE2 KDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMIIYFA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMIIYFA
      600       610       620       630       640       650        

              730         
pF1KE2 RKANMKGSYSLVEAQKSKV
       :::::::::::::::::::
CCDS55 RKANMKGSYSLVEAQKSKV
      660       670       

>>CCDS774.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1                 (647 aa)
 initn: 2925 init1: 2199 opt: 2309  Z-score: 1840.9  bits: 351.1 E(32554): 3.2e-96
Smith-Waterman score: 3986; 87.4% identity (87.6% similar) in 739 aa overlap (1-739:1-647)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MPGKMVVILGASNILWIMFAASQAFKIETTPESRYLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 MPGKMVVILGASNILWIMFAASQAFKIETTPESRYLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 TQIDSPLNGKVTNEGTTSTLTMNPVSFGNEHSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFPKDPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 TQIDSPLNGKVTNEGTTSTLTMNPVSFGNEHSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFPKDPE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 IHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEIDLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 IHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEIDLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 TFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTVRQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 TFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTVRQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 SVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDNGNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 SVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDNGNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 RKEVELIVQEKPFTVEISPGPRIAAQIGDSVMLTCSVMGCESPSFSWRTQIDSPLSGKVR
       :::::::::                                                   
CCDS77 RKEVELIVQ---------------------------------------------------
                                                                   

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 SEGTNSTLTLSPVSFENEHSYLCTVTCGHKKLEKGIQVELYSFPRDPEIEMSGGLVNGSS
                                                .::::::::::::::::::
CCDS77 -----------------------------------------AFPRDPEIEMSGGLVNGSS
                                              310       320        

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 VTVSCKVPSVYPLDRLEIELLKGETILENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 VTVSCKVPSVYPLDRLEIELLKGETILENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKA
      330       340       350       360       370       380        

              490       500       510       520       530       540
pF1KE2 LVCQAKLHIDDMEFEPKQRQSTQTLYVNVAPRDTTVLVSPSSILEEGSSVNMTCLSQGFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 LVCQAKLHIDDMEFEPKQRQSTQTLYVNVAPRDTTVLVSPSSILEEGSSVNMTCLSQGFP
      390       400       410       420       430       440        

              550       560       570       580       590       600
pF1KE2 APKILWSRQLPNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 APKILWSRQLPNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTP
      450       460       470       480       490       500        

              610       620       630       640       650       660
pF1KE2 KDIKLTAFPSESVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAETGDTVLKSIDGAYTIRKAQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 KDIKLTAFPSESVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAETGDTVLKSIDGAYTIRKAQL
      510       520       530       540       550       560        

              670       680       690       700       710       720
pF1KE2 KDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMIIYFA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 KDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMIIYFA
      570       580       590       600       610       620        

              730         
pF1KE2 RKANMKGSYSLVEAQKSKV
       :::::::::::::::::::
CCDS77 RKANMKGSYSLVEAQKSKV
      630       640       

>>CCDS30956.1 HMCN1 gene_id:83872|Hs108|chr1              (5635 aa)
 initn: 370 init1: 126 opt: 401  Z-score: 320.8  bits: 72.9 E(32554): 1.5e-11
Smith-Waterman score: 494; 24.5% identity (51.3% similar) in 731 aa overlap (5-697:592-1270)

                                         10        20        30    
pF1KE2                           MPGKMVVILGASNILWIMFAASQAFKIETTPESR
                                     ::   :.:.   .......  :. . :...
CCDS30 LAEPARIRTLANLSLELKSVKFNDAGEYHCMVSSEGGSSAASVFLTVQEPPKVTVMPKNQ
             570       580       590       600       610       620 

           40        50        60            70        80        90
pF1KE2 YLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWRTQIDSPLNG----KVTNEGTTSTLTMNPVSFGNE
        ..  :. ::. ::.::  .: ..: :  :  . :    ..:..::    .  : . :  
CCDS30 SFTG-GSEVSIMCSATGYPKPKIAW-TVNDMFIVGSHRYRMTSDGTLFIKNAAPKDAGI-
              630       640        650       660       670         

              100       110       120       130       140       150
pF1KE2 HSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFPKDPEIHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEI
         : : :.  .   ...  ..    ::   ..    .  :   ...:... . :    ..
CCDS30 --YGCLASNSAGTDKQNSTLRYIEAPKLMVVQSELLVALGDITVMECKTSGIPPP---QV
        680       690       700       710       720       730      

              160       170       180       190       200       210
pF1KE2 DLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEVTFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTV
         .:::  .. . ::      .:    :..  :  . : :   .: :   :.:       
CCDS30 KWFKGDLELRPSTFLIIDPLLGL----LKIQETQDL-DAGDY-TCVA---INEAG-----
           740       750           760        770                  

              220       230       240       250       260          
pF1KE2 RQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGGSVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDN------
        .:. .. . ..   . :.   ..... :..::. :  .: : : : : ..:::      
CCDS30 -RATGKITLDVGSPPVFIQEPADVSMEIGSNVTLPCYVQGYPEPTIKW-RRLDNMPIFSR
      780       790       800       810       820        830       

              270       280       290       300       310          
pF1KE2 ----GNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKNRKEVELIVQE--KPFTVEIS
           .....:  .: : .. .   :.: :.::. : .:: ..:. . :     :.   :.
CCDS30 PFSVSSISQLRTGA-LFILNLWASDKGTYICEAENQFGKIQSETTVTVTGLVAPL---IG
       840       850        860       870       880       890      

      320        330        340       350           360       370  
pF1KE2 PGPRIAAQI-GDSVMLTCSVM-GCESPSFSWRTQ----IDSPLSGKVRSEGTNSTLTLSP
        .: .:  : :... : :... :   :   :  .    ...:    :::.:.   : .  
CCDS30 ISPSVANVIEGQQLTLPCTLLAGNPIPERRWIKNSAMLLQNPYI-TVRSDGS---LHIER
           900       910       920       930        940            

            380       390       400       410       420       430  
pF1KE2 VSFENEHSYLCTVTCGHKKLEKGIQVELYSFPRDPEIEMSGGLVNGSSVTVSCKVPSVYP
       :....   : :...      .:  .: .. .:   . ..  . ..:  ::. ::. :  :
CCDS30 VQLQDGGEYTCVASNVAGTNNKTTSVVVHVLPTIQHGQQILSTIEGIPVTLPCKA-SGNP
     950       960       970       980       990      1000         

            440        450       460       470       480       490 
pF1KE2 LDRLEIELLKGETI-LENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKALVCQAKLHIDD
          . :   ::: :   . .:   .:  ::   :      :  :..:.  :: :    . 
CCDS30 KPSV-IWSKKGELISTSSAKFSAGAD-GSLYVVS------PGGEESGE-YVCTAT---NT
     1010       1020      1030       1040             1050         

             500       510          520          530       540     
pF1KE2 MEFEPKQRQSTQTLYVNVAPR---DTTVLVSPSSI---LEEGSSVNMTCLSQGFPAPKIL
         .  .. :    : : : ::   :   : . . .   .  :  :.. :  ...: : : 
CCDS30 AGYAKRKVQ----LTVYVRPRVFGDQRGLSQDKPVEISVLAGEEVTLPCEVKSLPPPIIT
       1060          1070      1080      1090      1100      1110  

           550         560       570       580       590       600 
pF1KE2 WSR--QL--PNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRKEVELIIQVTPK
       :..  ::  : .  . .  .... .  :.  :::.::: . : ::   . :.: ..: ::
CCDS30 WAKETQLISPFSPRHTFLPSGSMKITETRTSDSGMYLCVATNIAGNVTQAVKLNVHVPPK
           1120      1130      1140      1150      1160      1170  

             610        620       630       640           650      
pF1KE2 DIKLTAFPSE-SVKEGDTVIISCTCGNVPETWIILKKKAET----GDTVLKSIDGAYTIR
          .   :.. .:. :. : : :.  ..:   :  .: . :    :.  ... ::. .: 
CCDS30 ---IQRGPKHLKVQVGQRVDIPCNAQGTPLPVITWSKGGSTMLVDGEHHVSNPDGTLSID
              1180      1190      1200      1210      1220         

        660       670       680       690       700       710      
pF1KE2 KAQLKDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYFASSLIIPAIGMI
       .:  .:::.: : . : .:..   .:: ::   . .:   :                   
CCDS30 QATPSDAGIYTCVATNIAGTDETEITLHVQEPPTVEDLEPPYNTTFQERVANQRIEFPCP
    1230      1240      1250      1260      1270      1280         

        720       730                                              
pF1KE2 IYFARKANMKGSYSLVEAQKSKV                                     
                                                                   
CCDS30 AKGTPKPTIKWLHNGRELTGREPGISILEDGTLLVIASVTPYDNGEYICVAVNEAGTTER
    1290      1300      1310      1320      1330      1340         

>--
 initn: 370 init1: 126 opt: 450  Z-score: 359.5  bits: 80.1 E(32554): 1.1e-13
Smith-Waterman score: 513; 22.5% identity (54.4% similar) in 671 aa overlap (47-685:1848-2474)

         20        30        40        50        60           70   
pF1KE2 IMFAASQAFKIETTPESRYLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWRTQIDSPLN---GKVTN
                                     : ..:  .: ..:  . :.:.:   :..  
CCDS30 FEVTVHVPPTIKSSGLSERVVVKYKPVALQCIANGIPNPSITW-LKDDQPVNTAQGNLKI
      1820      1830      1840      1850      1860       1870      

            80        90       100       110         120       130 
pF1KE2 EGTTSTLTMNPVSFGNEHSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFP--KDPEIHLSGPLEAGK
       ...  .: .  . . .   : :.::  . . .. ::....  :  .:    :.  . ...
CCDS30 QSSGRVLQIAKTLLEDAGRYTCVATNAAGETQQHIQLHVHEPPSLEDAGKMLNETVLVSN
       1880      1890      1900      1910      1920      1930      

             140        150       160       170        180         
pF1KE2 PITVKCSVA-DVYPFDRLEIDLLKGDHLMKSQEFLEDADR-KSLETKSLEVTFTPVIEDI
       :. ..:..: .  :     :   : ..:....  .   .: . .. .: ...      : 
CCDS30 PVQLECKAAGNPVPV----ITWYKDNRLLSGSTSMTFLNRGQIIDIESAQIS------DA
       1940      1950          1960      1970      1980            

     190       200       210       220       230       240         
pF1KE2 GKVLVCRAKLHIDEMDSVPTVRQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGGSVTMTCSSE
       : .  : :      ..:. .. .    :::...:  .. . :  . .  .. : . : ..
CCDS30 G-IYKCVA------INSAGAT-ELFYSLQVHVAP--SISGSNNMVAVVVNNPVRLECEAR
        1990            2000       2010        2020      2030      

     250       260             270       280       290       300   
pF1KE2 GLPAPEIFWSK------KLDNGNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKNRKE
       :.::: . : :      ...:: :: :::.  :.: . .. :.: :.: .::  :.....
CCDS30 GIPAPSLTWLKDGSPVSSFSNG-LQVLSGGRILALTSAQISDTGRYTCVAVNAAGEKQRD
       2040      2050       2060      2070      2080      2090     

           310       320       330       340       350          360
pF1KE2 VELIVQEKPFTVEISPGPRIAAQIGDSVMLTCSVMGCESPSFSWRTQIDSPL---SGKVR
       ..: :   :    ..    ... :...: : :.  .   :...:  .   ::    :   
CCDS30 IDLRVYVPPNI--MGEEQNVSVLISQAVELLCQSDAIPPPTLTW-LKDGHPLLKKPGLSI
        2100        2110      2120      2130       2140      2150  

              370       380       390       400           410      
pF1KE2 SEGTNSTLTLSPVSFENEHSYLCTVTCGHKKLEKGIQVELYSFPR----DPEIEMSGGLV
       ::.  :.: .  .. ..   : : .:    : ::. .:...  :     :   ...  ..
CCDS30 SENR-SVLKIEDAQVQDTGRYTCEATNVAGKTEKNYNVNIWVPPNIGGSDELTQLT--VI
            2160      2170      2180      2190      2200           

        420       430       440       450       460       470      
pF1KE2 NGSSVTVSCKVPSVYPLDRLEIELLKGETILENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIED
       .:. ... :.  .. : . .  .  ::  .: .   .  . . :  ...:....    : 
CCDS30 EGNLISLLCESSGIPPPNLIWKK--KGSPVLTDS--MGRVRILS-GGRQLQISIA---EK
    2210      2220      2230        2240         2250         2260 

        480        490       500       510       520        530    
pF1KE2 TGKALV-CQAKLHIDDMEFEPKQRQSTQTLYVNVAPRDTTVLVSPSSIL-EEGSSVNMTC
       .  ::  : :    ...    :.. . :   : . :  :.    :. :.  .:.:... :
CCDS30 SDAALYSCVA----SNVAGTAKKEYNLQ---VYIRPTITNSGSHPTEIIVTRGKSISLEC
            2270          2280         2290      2300      2310    

          540           550       560       570       580       590
pF1KE2 LSQGFPAPKILWSRQ----LPNGELQPLSENATLTLISTKMEDSGVYLCEGINQAGRSRK
         ::.: : . : ..    .    .. :.:.  : : . .. :.: :.: ..: :: . :
CCDS30 EVQGIPPPTVTWMKDGHPLIKAKGVEILDEGHILQLKNIHVSDTGRYVCVAVNVAGMTDK
         2320      2330      2340      2350      2360      2370    

              600       610        620       630          640      
pF1KE2 EVELIIQVTPKDIKLTAFPSE-SVKEGDTVIISCTCGNVPE---TWIILKKKAETGDTVL
       . .: ... :. :     : . :: : ..: ..:  ...:    ::.     .  ...: 
CCDS30 KYDLSVHAPPSIIGNHRSPENISVVEKNSVSLTCEASGIPLPSITWFKDGWPVSLSNSV-
         2380      2390      2400      2410      2420      2430    

        650         660       670       680       690       700    
pF1KE2 KSIDGAYTIRKAQ--LKDAGVYECESKNKVGSQLRSLTLDVQGRENNKDYFSPELLVLYF
       . ..:.  .:  :  ..::: : :  .: .: . . . :.:                   
CCDS30 RILSGGRMLRLMQTTMEDAGQYTCVVRNAAGEERKIFGLSVLVPPHIVGENTLEDVKVKE
          2440      2450      2460      2470      2480      2490   

          710       720       730                                  
pF1KE2 ASSLIIPAIGMIIYFARKANMKGSYSLVEAQKSKV                         
                                                                   
CCDS30 KQSVTLTCEVTGNPVPEITWHKDGQPLQEDEAHHIISGGRFLQITNVQVPHTGRYTCLAS
          2500      2510      2520      2530      2540      2550   




739 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sun Nov  6 19:00:47 2016 done: Sun Nov  6 19:00:48 2016
 Total Scan time:  3.780 Total Display time:  0.120

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com