FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2075, 739 aa 1>>>pF1KE2075 739 - 739 aa - 739 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3175+/-0.00154; mu= 10.4148+/- 0.091 mean_var=160.1628+/-32.865, 0's: 0 Z-trim(102.3): 159 B-trim: 3 in 1/48 Lambda= 0.101343 statistics sampled from 6728 (6906) to 6728 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.556), E-opt: 0.2 (0.212), width: 16 Scan time: 3.780 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS773.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1 ( 739) 4801 715.5 7.4e-206 CCDS55617.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1 ( 677) 4062 607.4 2.3e-173 CCDS774.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1 ( 647) 2309 351.1 3.2e-96 CCDS30956.1 HMCN1 gene_id:83872|Hs108|chr1 (5635) 401 72.9 1.5e-11 >>CCDS773.1 VCAM1 gene_id:7412|Hs108|chr1 (739 aa) initn: 4801 init1: 4801 opt: 4801 Z-score: 3809.3 bits: 715.5 E(32554): 7.4e-206 Smith-Waterman score: 4801; 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CCDS30 LAEPARIRTLANLSLELKSVKFNDAGEYHCMVSSEGGSSAASVFLTVQEPPKVTVMPKNQ 570 580 590 600 610 620 40 50 60 70 80 90 pF1KE2 YLAQIGDSVSLTCSTTGCESPFFSWRTQIDSPLNG----KVTNEGTTSTLTMNPVSFGNE .. :. ::. ::.:: .: ..: : : . : ..:..:: . : . : CCDS30 SFTG-GSEVSIMCSATGYPKPKIAW-TVNDMFIVGSHRYRMTSDGTLFIKNAAPKDAGI- 630 640 650 660 670 100 110 120 130 140 150 pF1KE2 HSYLCTATCESRKLEKGIQVEIYSFPKDPEIHLSGPLEAGKPITVKCSVADVYPFDRLEI : : :. . ... .. :: .. . : ...:... . : .. CCDS30 --YGCLASNSAGTDKQNSTLRYIEAPKLMVVQSELLVALGDITVMECKTSGIPPP---QV 680 690 700 710 720 730 160 170 180 190 200 210 pF1KE2 DLLKGDHLMKSQEFLEDADRKSLETKSLEVTFTPVIEDIGKVLVCRAKLHIDEMDSVPTV .::: .. . :: .: :.. : . : : .: : :.: CCDS30 KWFKGDLELRPSTFLIIDPLLGL----LKIQETQDL-DAGDY-TCVA---INEAG----- 740 750 760 770 220 230 240 250 260 pF1KE2 RQAVKELQVYISPKNTVISVNPSTKLQEGGSVTMTCSSEGLPAPEIFWSKKLDN------ .:. .. . .. . :. ..... :..::. : .: : : : : ..::: CCDS30 -RATGKITLDVGSPPVFIQEPADVSMEIGSNVTLPCYVQGYPEPTIKW-RRLDNMPIFSR 780 790 800 810 820 830 270 280 290 300 310 pF1KE2 ----GNLQHLSGNATLTLIAMRMEDSGIYVCEGVNLIGKNRKEVELIVQE--KPFTVEIS .....: .: : .. . :.: :.::. : .:: ..:. . : :. :. CCDS30 PFSVSSISQLRTGA-LFILNLWASDKGTYICEAENQFGKIQSETTVTVTGLVAPL---IG 840 850 860 870 880 890 320 330 340 350 360 370 pF1KE2 PGPRIAAQI-GDSVMLTCSVM-GCESPSFSWRTQ----IDSPLSGKVRSEGTNSTLTLSP .: .: : :... : :... : : : . ...: :::.:. : . CCDS30 ISPSVANVIEGQQLTLPCTLLAGNPIPERRWIKNSAMLLQNPYI-TVRSDGS---LHIER 900 910 920 930 940 380 390 400 410 420 430 pF1KE2 VSFENEHSYLCTVTCGHKKLEKGIQVELYSFPRDPEIEMSGGLVNGSSVTVSCKVPSVYP :.... : :... .: .: .. .: . .. . ..: ::. ::. : : CCDS30 VQLQDGGEYTCVASNVAGTNNKTTSVVVHVLPTIQHGQQILSTIEGIPVTLPCKA-SGNP 950 960 970 980 990 1000 440 450 460 470 480 490 pF1KE2 LDRLEIELLKGETI-LENIEFLEDTDMKSLENKSLEMTFIPTIEDTGKALVCQAKLHIDD . : ::: : . .: .: :: : : :..:. :: : . 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