Result of FASTA (ccds) for pFN21AE5064
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE5064, 554 aa
  1>>>pF1KE5064 554 - 554 aa - 554 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5904+/-0.000928; mu= 8.2598+/- 0.056
 mean_var=120.5081+/-24.163, 0's: 0 Z-trim(109.7): 68  B-trim: 51 in 2/48
 Lambda= 0.116833
 statistics sampled from 11029 (11097) to 11029 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.67), E-opt: 0.2 (0.341), width:  16
 Scan time:  3.090

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4          ( 554) 3621 621.5 8.3e-178
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5          ( 453) 1901 331.5 1.3e-90
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX         ( 492) 1653 289.7 5.3e-78
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5          ( 456) 1611 282.6 6.8e-76
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15        ( 462) 1570 275.7 8.2e-74
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4          ( 451) 1561 274.2 2.3e-73
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4         ( 511) 1561 274.2 2.6e-73
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5          ( 467) 1237 219.6 6.5e-57
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5          ( 475) 1234 219.1 9.4e-57
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4          ( 465) 1225 217.6 2.6e-56
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15        ( 467) 1176 209.3 8.1e-54
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX          ( 506) 1027 184.2 3.2e-46
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 452)  907 164.0 3.5e-40
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4          ( 449)  906 163.8 3.9e-40
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 452)  905 163.6 4.5e-40
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4           ( 464)  899 162.6 9.2e-40
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5          ( 457)  885 160.3 4.7e-39
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5           ( 449)  876 158.8 1.3e-38
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1             ( 452)  861 156.2 7.6e-38
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX        ( 417)  858 155.7   1e-37
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4          ( 474)  854 155.1 1.8e-37
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473)  852 154.7 2.3e-37
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473)  852 154.7 2.3e-37
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 474)  849 154.2 3.2e-37
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 512)  830 151.0 3.2e-36
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6          ( 465)  815 148.5 1.7e-35
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6         ( 462)  811 147.8 2.7e-35
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6          ( 479)  811 147.8 2.8e-35
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6         ( 392)  797 145.4 1.2e-34
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5           ( 440)  797 145.4 1.3e-34
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 363)  776 141.9 1.3e-33
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3       ( 467)  773 141.4 2.3e-33
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX         ( 632)  771 141.1 3.8e-33
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 402)  734 134.8 1.9e-31
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4            ( 497)  716 131.8 1.9e-30
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 388)  713 131.3 2.1e-30
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15        ( 253)  663 122.8 5.1e-28
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5         ( 515)  611 114.1 4.1e-25
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5          ( 289)  599 112.0   1e-24
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4           ( 303)  581 109.0 8.6e-24


>>CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4               (554 aa)
 initn: 3621 init1: 3621 opt: 3621  Z-score: 3305.7  bits: 621.5 E(32554): 8.3e-178
Smith-Waterman score: 3621; 100.0% identity (100.0% similar) in 554 aa overlap (1-554:1-554)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE5 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE5 NRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE5 NMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE5 MDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSIT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE5 GEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE5 TLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQ
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE5 EVPAAPVQREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EVPAAPVQREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQES
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE5 SKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASVGSASTRHVFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASVGSASTRHVFG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE5 SRLQRIKTTVNTIGATGKLSATPPPSAPPPSGSGTSKIDKYARILFPVTFGAFNMVYWVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SRLQRIKTTVNTIGATGKLSATPPPSAPPPSGSGTSKIDKYARILFPVTFGAFNMVYWVV
              490       500       510       520       530       540

              550    
pF1KE5 YLSKDTMEKSESLM
       ::::::::::::::
CCDS34 YLSKDTMEKSESLM
              550    

>>CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5               (453 aa)
 initn: 2112 init1: 1888 opt: 1901  Z-score: 1740.3  bits: 331.5 E(32554): 1.3e-90
Smith-Waterman score: 1977; 63.0% identity (74.9% similar) in 533 aa overlap (21-553:5-452)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE5 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYD
                           : .::. . :... :. . : .. .:: .::::.::.:::
CCDS43                 MASSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYD
                               10        20        30        40    

               70        80        90       100       110       120
pF1KE5 NRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLN
       ::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::: :.:::. :: ::: ::
CCDS43 NRLRPGFGGAVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLN
           50        60        70        80        90       100    

              130       140       150       160       170       180
pF1KE5 NMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFP
       :.::.:.:::::::::::::..::::.::::::::.::::::::::::.:.::::::.::
CCDS43 NLMVSKIWTPDTFFRNGKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFP
          110       120       130       140       150       160    

              190       200       210       220       230       240
pF1KE5 MDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSIT
       :::::::::::::::::::.:::: :::  :::::.:::::.:::::::::::::::: :
CCDS43 MDGHACPLKFGSYAYPKSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSNT
          170       180       190       200       210       220    

              250       260       270       280       290       300
pF1KE5 GEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMT
       :::..:::::::.::::::::: : :::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GEYVIMTVYFHLQRKMGYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMT
          230       240       250       260       270       280    

              310       320       330       340       350       360
pF1KE5 TLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQ
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: .:::::.     
CCDS43 TLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKA-----
          290       300       310       320       330              

              370       380       390       400       410       420
pF1KE5 EVPAAPVQREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQES
       .  : :.   ..   ::.           .. ..: .:          : .:  :     
CCDS43 QFAAPPTVTISKATEPLE-----------AEIVLHPDSKY--------HLKKRIT-----
     340       350                  360               370          

              430       440       450       460       470       480
pF1KE5 SKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASVGSASTRHVFG
       : . :   ..::    :.:: . :    :: :  . : .                     
CCDS43 SLSLP---IVSS----SEANKVLT----RA-PILQSTPV---------------------
         380              390            400                       

              490       500       510       520       530       540
pF1KE5 SRLQRIKTTVNTIGATGKLSATPPPSAPPPSGSGTSKIDKYARILFPVTFGAFNMVYWVV
                            :::: .  :. .::::::.:.::::::.:..::.:::::
CCDS43 ---------------------TPPPLS--PAFGGTSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVV
                                   410       420       430         

              550    
pF1KE5 YLSKDTMEKSESLM
       :::::::: : :. 
CCDS43 YLSKDTMEVSSSVE
     440       450   

>>CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX              (492 aa)
 initn: 1778 init1: 1599 opt: 1653  Z-score: 1513.8  bits: 289.7 E(32554): 5.3e-78
Smith-Waterman score: 1663; 62.9% identity (84.7% similar) in 399 aa overlap (48-445:67-455)

        20        30        40        50        60        70       
pF1KE5 FALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKTD
                                     :::::: ::::::::::::.:  :::::::
CCDS14 PGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTD
         40        50        60        70        80        90      

        80        90       100       110       120       130       
pF1KE5 IYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRNG
       :::::::::::..::::.:::::::: :.:::.:::..:: :::....:.:::::::.::
CCDS14 IYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNG
        100       110       120       130       140       150      

       140       150       160       170       180       190       
pF1KE5 KKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYPK
       ::::.::::.::::.:.. :::.:::::::: :::::.: ::::: ::::::::::::  
CCDS14 KKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLLYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTT
        160       170       180       190       200       210      

       200       210       220       230       240       250       
pF1KE5 SEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRKMG
       .:..:.:: : .::::: ...: : ::::.:..:..: :.: ::::.:::..:::.::.:
CCDS14 AEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIG
        220       230       240       250       260       270      

       260       270       280       290       300       310       
pF1KE5 YFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYAT
       ::.::::.::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::.:::::.:::
CCDS14 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT
        280       290       300       310       320       330      

       320       330       340       350       360       370       
pF1KE5 AMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPEAPL
       :::::::::.:::::::::::.:::::       ::. .   ..:: :  ...: : :: 
CCDS14 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFT-------KRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAAPA
        340       350       360              370       380         

       380       390        400       410       420       430      
pF1KE5 QNTNANLNMRKRTNAL-VHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRSYLASSPNPF
       ..:....:.   :  . . .... .. .. .  :..:. ..  : :.:   :. .::.  
CCDS14 KKTSTTFNIVGTTYPINLAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKAT---YVQDSPTET
     390       400       410       420       430          440      

        440       450       460       470       480       490      
pF1KE5 SRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASVGSASTRHVFGSRLQRIKTTVNTIGAT
       .  :..  .                                                   
CCDS14 KTYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ              
        450       460       470       480       490                

>>CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5               (456 aa)
 initn: 1709 init1: 1584 opt: 1611  Z-score: 1476.1  bits: 282.6 E(32554): 6.8e-76
Smith-Waterman score: 1611; 66.6% identity (84.8% similar) in 368 aa overlap (13-376:4-370)

               10        20         30          40        50       
pF1KE5 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRF-LCLAVCLNESPGQN--QKEEKLCTENFTRILDSLLD
                   : :.:  :  . : :..  ..: ::   : : :  :  :::::: :::
CCDS43          MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLD
                        10        20        30        40        50 

        60        70        80        90       100       110       
pF1KE5 GYDNRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEIL
       :::::::::.:  ::::::::.::::::::: .::::.::::::.: :.:::. ::. .:
CCDS43 GYDNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVL
              60        70        80        90       100       110 

       120       130       140       150       160       170       
pF1KE5 RLNNMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLV
       ::::.:..:.:::::::.::::::.:::: ::::.:: ..::.:::::::. :::::.: 
CCDS43 RLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLE
             120       130       140       150       160       170 

       180       190       200       210       220       230       
pF1KE5 DFPMDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIK
       :::::.:::::::::::: ..:..: ::. : .:: : ...: : ::::.::::.:  ..
CCDS43 DFPMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQ
             180       190       200       210       220       230 

       240       250       260       270       280       290       
pF1KE5 SITGEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVL
       : ::::.:::..:::.::.:::.::::.::::::::::::::.:.::::::::::.::::
CCDS43 SSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVL
             240       250       260       270       280       290 

       300       310       320       330       340        350      
pF1KE5 TMTTLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQME-KAKRKTS
       ::::::::::.:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::.  .   .:  . 
CCDS43 TMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVP
             300       310       320       330       340       350 

        360       370       380       390       400       410      
pF1KE5 KPPQEVPAAPVQREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTV
       . :..:   :. ....  ::                                        
CCDS43 EKPKKVKD-PLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPK
              360       370       380       390       400       410

>>CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15             (462 aa)
 initn: 1704 init1: 1569 opt: 1570  Z-score: 1438.6  bits: 275.7 E(32554): 8.2e-74
Smith-Waterman score: 1575; 59.7% identity (81.5% similar) in 417 aa overlap (21-427:15-415)

               10        20        30              40           50 
pF1KE5 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQ------KEEKLCTEN---FTRI
                           : ..:... :.   : .:      :.:   ..:   ::::
CCDS45       MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDE--TNDNITIFTRI
                     10        20        30        40          50  

              60        70        80        90       100       110 
pF1KE5 LDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYD
       ::.::::::::::::.:  .:.:.:::::::::::::.:::::.::::::.: :.::.. 
CCDS45 LDGLLDGYDNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFK
             60        70        80        90       100       110  

             120       130       140       150       160       170 
pF1KE5 GPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAE
       ::.. : :::....:.:::::::.:::::..::::.::::.:.  .::.:::::::::::
CCDS45 GPMQRLPLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAE
            120       130       140       150       160       170  

             180       190       200       210       220       230 
pF1KE5 CPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTV
       :::.: :::::.:::::::::::::.::..:.::.:  ::: : ...: : :: :.::::
CCDS45 CPMQLEDFPMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTV
            180       190       200       210       220       230  

             240       250       260       270       280       290 
pF1KE5 SSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVF
       ..:.:.. :::: .::..:::.::.:::.::::.::::::::::::::.:.:::::::::
CCDS45 GTENISTSTGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVF
            240       250       260       270       280       290  

             300       310       320       330       340       350 
pF1KE5 GITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKA
       :.::::::::::::::.:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::.      
CCDS45 GVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWD
            300       310       320       330       340       350  

             360       370        380       390       400       410
pF1KE5 KRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPEAPL-QNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHS
        .:.      . :: .....  :. : ..:::       :. . :  .   ..: .:. :
CCDS45 GKKA------LEAAKIKKKR--EVILNKSTNAF-----TTGKMSHPPNIPKEQTPAGT-S
                  360         370            380       390         

              420       430       440       450       460       470
pF1KE5 SKSSTVVQESSKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASV
       . .:. :. : . : .:                                           
CCDS45 NTTSVSVKPSEEKTSESKKTYNSISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGA
      400       410       420       430       440       450        

>>CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4               (451 aa)
 initn: 1691 init1: 1561 opt: 1561  Z-score: 1430.6  bits: 274.2 E(32554): 2.3e-73
Smith-Waterman score: 1561; 73.9% identity (89.9% similar) in 307 aa overlap (38-344:32-338)

        10        20        30        40        50        60       
pF1KE5 PAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYDNRLRPGF
                                     . : :     :::::: ::::::::::::.
CCDS34 KTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGL
              10        20        30        40        50        60 

        70        80        90       100       110       120       
pF1KE5 GGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKV
       :  .::: :.:::::::::::..::::.:::::: : :.:::. ::..::::::.:..:.
CCDS34 GDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKI
              70        80        90       100       110       120 

       130       140       150       160       170       180       
pF1KE5 WTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFPMDGHACP
       :::::::.::::::.:::: ::::.::. .::.:::::::..:::::.: :::::.:.::
CCDS34 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCP
             130       140       150       160       170       180 

       190       200       210       220       230       240       
pF1KE5 LKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSITGEYIVMT
       ::::::::  ::. : :: .   ::.:  ..: : ::::.::....::::: :::: :::
CCDS34 LKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMT
             190       200       210       220       230       240 

       250       260       270       280       290       300       
pF1KE5 VYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISAR
       ..:::.::.:::.::::.::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::
CCDS34 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
             250       260       270       280       290       300 

       310       320       330       340       350       360       
pF1KE5 HSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPV
       .:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::                       
CCDS34 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKKKEKASVM
             310       320       330       340       350       360 

       370       380       390       400       410       420       
pF1KE5 QREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRS
                                                                   
CCDS34 IQNNAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDRMS
             370       380       390       400       410       420 

>>CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4              (511 aa)
 initn: 1691 init1: 1561 opt: 1561  Z-score: 1429.7  bits: 274.2 E(32554): 2.6e-73
Smith-Waterman score: 1621; 52.4% identity (73.9% similar) in 510 aa overlap (38-545:32-504)

        10        20        30        40        50        60       
pF1KE5 PAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYDNRLRPGF
                                     . : :     :::::: ::::::::::::.
CCDS82 KTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGL
              10        20        30        40        50        60 

        70        80        90       100       110       120       
pF1KE5 GGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKV
       :  .::: :.:::::::::::..::::.:::::: : :.:::. ::..::::::.:..:.
CCDS82 GDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKI
              70        80        90       100       110       120 

       130       140       150       160       170       180       
pF1KE5 WTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFPMDGHACP
       :::::::.::::::.:::: ::::.::. .::.:::::::..:::::.: :::::.:.::
CCDS82 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCP
             130       140       150       160       170       180 

       190       200       210       220       230       240       
pF1KE5 LKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSITGEYIVMT
       ::::::::  ::. : :: .   ::.:  ..: : ::::.::....::::: :::: :::
CCDS82 LKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMT
             190       200       210       220       230       240 

       250       260       270       280       290       300       
pF1KE5 VYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISAR
       ..:::.::.:::.::::.::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::
CCDS82 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
             250       260       270       280       290       300 

       310       320       330       340       350       360       
pF1KE5 HSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPV
       .:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::       ::  .   . :     
CCDS82 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFT-------KRGWAWDGKSVVN---
             310       320       330              340       350    

       370       380       390       400       410       420       
pF1KE5 QREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRS
         .: :    .. . . :  :   :.... . . ..  . .  :    . ::..      
CCDS82 --DKSPSIKAEGITLTYNSVK---AILQGAKLIWSKYIAFSWPS----LFQEKT----LE
               360       370          380       390                

       430       440       450       460       470       480       
pF1KE5 YLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASVGSASTRHVFGSRLQRIK
       :: .  . ..  ....  .:.  . . . .   ..: :      . :   :.        
CCDS82 YLEKWMDCLTFKQSSKKEKASVMIQNNAYAVAVANYAP------NLSKDPVL--------
      400       410       420       430             440            

       490       500         510       520       530       540     
pF1KE5 TTVNTIGATGKLSATPP--PSAPPPSGSGTSKIDKYARILFPVTFGAFNMVYWVVYLSKD
       .:..  ..: . .  :   :.    . ...::::...::.::: ::.::.:::..::...
CCDS82 STISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDRMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNRE
          450       460       470       480       490       500    

         550    
pF1KE5 TMEKSESLM
                
CCDS82 PVLGVSP  
          510   

>>CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5               (467 aa)
 initn: 1294 init1: 669 opt: 1237  Z-score: 1135.2  bits: 219.6 E(32554): 6.5e-57
Smith-Waterman score: 1237; 53.3% identity (79.1% similar) in 345 aa overlap (47-389:65-400)

         20        30        40        50        60        70      
pF1KE5 SFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKT
                                     . : ::..::.::::.::: .:   : ..:
CCDS43 PGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHT
           40        50        60        70        80        90    

         80        90       100       110       120       130      
pF1KE5 DIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRN
       :.::.:.:::. ..::::.:.:: ::: :.:::... :..::::. :: :.: :::::::
CCDS43 DMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRN
          100       110       120       130       140       150    

        140       150       160       170       180       190      
pF1KE5 GKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYP
       .::. .: .:.::...::  .: .:::.::::.::: ..: .:::: :.:::.:.::.::
CCDS43 SKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYP
          160       170       180       190       200       210    

        200       210        220       230       240       250     
pF1KE5 KSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESS-SLVQYDLIGQTVSSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRK
       . :..: : ..   ::::    :  : :....:   ..:..:. .:.:.::.::: : :.
CCDS43 REEIVYQWKRS---SVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRR
          220          230       240       250       260       270 

         260       270       280       290       300       310     
pF1KE5 MGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSY
       :::: ::::::: . :.:: :::::::..::::: .::::::::::::  ::.:::::::
CCDS43 MGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSY
             280       290       300       310       320       330 

         320       330       340        350       360       370    
pF1KE5 ATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYF-TNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPE
       .:::: :..::: ::::::.:.....:: .: .  : : : .: :     ::.   .   
CCDS43 VTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNP-----APTIDIRPRS
             340       350       360       370            380      

          380       390       400       410       420       430    
pF1KE5 APLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRSYLASSPN
       : .: .::. ....:                                             
CCDS43 ATIQMNNAT-HLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDSYA
        390        400       410       420       430       440     

>>CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5               (475 aa)
 initn: 1249 init1: 669 opt: 1234  Z-score: 1132.4  bits: 219.1 E(32554): 9.4e-57
Smith-Waterman score: 1234; 52.1% identity (78.2% similar) in 349 aa overlap (47-391:65-404)

         20        30        40        50        60        70      
pF1KE5 SFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKT
                                     . : ::..::.::::.::: .:   : ..:
CCDS43 PGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHT
           40        50        60        70        80        90    

         80        90       100       110       120       130      
pF1KE5 DIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRN
       :.::.:.:::. ..::::.:.:: ::: :.:::... :..::::. :: :.: :::::::
CCDS43 DMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRN
          100       110       120       130       140       150    

        140       150       160       170       180       190      
pF1KE5 GKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYP
       .::. .: .:.::...::  .: .:::.::::.::: ..: .:::: :.:::.:.::.::
CCDS43 SKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYP
          160       170       180       190       200       210    

        200       210        220       230       240       250     
pF1KE5 KSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESS-SLVQYDLIGQTVSSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRK
       . :..: : ..   ::::    :  : :....:   ..:..:. .:.:.::.::: : :.
CCDS43 REEIVYQWKRS---SVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRR
          220          230       240       250       260       270 

         260       270       280       290       300       310     
pF1KE5 MGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSY
       :::: ::::::: . :.:: :::::::..::::: .::::::::::::  ::.:::::::
CCDS43 MGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSY
             280       290       300       310       320       330 

         320       330       340       350       360       370     
pF1KE5 ATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPVQRE---KH
       .:::: :..::: ::::::.:.....::..      .:: ::  ..    :. :    : 
CCDS43 VTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVS------NRKPSKDKDKKKKNPLLRMFSFKA
             340       350       360             370       380     

            380       390       400       410       420       430  
pF1KE5 PEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRSYLASS
       :   ..  .:...: . :.                                         
CCDS43 PTIDIRPRSATIQMNNATHLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIR
         390       400       410       420       430       440     

>>CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4               (465 aa)
 initn: 1304 init1: 652 opt: 1225  Z-score: 1124.3  bits: 217.6 E(32554): 2.6e-56
Smith-Waterman score: 1230; 49.7% identity (75.9% similar) in 378 aa overlap (13-379:18-393)

                    10         20        30        40              
pF1KE5      MVSAKKVPAIALSAGVSFA-LLRFLCLAVCLNESPGQNQKE----------EKLC
                        : :: .. ::  : :. :....  .....           :. 
CCDS34 MGPLKAFLFSPFLLRSQSRGVRLVFLLLTLHLGNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIH
               10        20        30        40        50        60

           50        60        70        80        90       100    
pF1KE5 TENFTRILDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWI
         ..:.::.:::.::::.::: .:   : ..::.::.:.:::. ..::::.:..: :::.
CCDS34 EGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWF
               70        80        90       100       110       120

          110       120       130       140       150       160    
pF1KE5 DKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTM
       :.:::... ...: ::. :: :.: :::::::..:: .: .:.::.:.::  .: .:::.
CCDS34 DSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTL
              130       140       150       160       170       180

          170       180       190       200       210       220    
pF1KE5 RLTISAECPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQY
       ::::.::: ..: .:::: :.:::.:.::.:::.:. : : : :   :  ::    : :.
CCDS34 RLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKNEIEYKWKK-PSVEVADPKYWR-LYQF
              190       200       210       220        230         

          230       240       250       260       270       280    
pF1KE5 DLIGQTVSSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKES
        ..:   :.:  ..:.:.:..::..: : :.:::: ::::::::.::.:: :::::::..
CCDS34 AFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDA
      240       250       260       270       280       290        

          290       300       310       320       330       340    
pF1KE5 VPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFT
       ::::: .::::::::::::  ::.:::::::.:::: :..::: :::.::.:.....:::
CCDS34 VPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFT
      300       310       320       330       340       350        

          350       360       370       380       390       400    
pF1KE5 NIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRT
       . :  :.  :  :  ...  .:  .      :..:                         
CCDS34 SNQKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTLIPMNNISVPQEDDYGYQCLEGKDCASFFCC
      360       370       380       390       400       410        

          410       420       430       440       450       460    
pF1KE5 EVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYM
                                                                   
CCDS34 FEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL             
      420       430       440       450       460                  




554 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Tue Nov  8 04:41:08 2016 done: Tue Nov  8 04:41:09 2016
 Total Scan time:  3.090 Total Display time:  0.070

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com