FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6786, 629 aa 1>>>pF1KE6786 629 - 629 aa - 629 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4731+/-0.000947; mu= 10.2692+/- 0.057 mean_var=128.7359+/-25.780, 0's: 0 Z-trim(109.6): 14 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.113038 statistics sampled from 10984 (10992) to 10984 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.693), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16 Scan time: 3.970 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS55917.2 SAMD4A gene_id:23034|Hs108|chr14 ( 630) 4204 697.1 1.9e-200 CCDS32084.2 SAMD4A gene_id:23034|Hs108|chr14 ( 718) 2605 436.3 6.7e-122 CCDS55918.1 SAMD4A gene_id:23034|Hs108|chr14 ( 345) 1837 310.9 1.8e-84 CCDS77295.1 SAMD4B gene_id:55095|Hs108|chr19 ( 692) 853 150.6 6.6e-36 CCDS33020.1 SAMD4B gene_id:55095|Hs108|chr19 ( 694) 853 150.6 6.6e-36 >>CCDS55917.2 SAMD4A gene_id:23034|Hs108|chr14 (630 aa) initn: 4204 init1: 4204 opt: 4204 Z-score: 3712.2 bits: 697.1 E(32554): 1.9e-200 Smith-Waterman score: 4204; 100.0% identity (100.0% similar) in 629 aa overlap (1-629:2-630) 10 20 30 40 50 pF1KE6 MFRDQVGVLAGWFKGWNECEQTVALLSLLKRVSQTQARFLQLCLEHSLADCAELHVLER ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 MMFRDQVGVLAGWFKGWNECEQTVALLSLLKRVSQTQARFLQLCLEHSLADCAELHVLER 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE6 EANSPGIINQWQQESKDKVISLLLTHLPLLKPGNLDAKVEYMKLLPKILAHSIEHNQHIE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 EANSPGIINQWQQESKDKVISLLLTHLPLLKPGNLDAKVEYMKLLPKILAHSIEHNQHIE 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE6 ESRQLLSYALIHPATSLEDRSALAMWLNHLEDRTSTSFGGQNRGRSDSVDYGQTHYYHQR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 ESRQLLSYALIHPATSLEDRSALAMWLNHLEDRTSTSFGGQNRGRSDSVDYGQTHYYHQR 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE6 QNSDDKLNGWQNSRDSGICINASNWQDKSMGCENGHVPLYSSSSVPTTINTIGTSTSTNV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 QNSDDKLNGWQNSRDSGICINASNWQDKSMGCENGHVPLYSSSSVPTTINTIGTSTSTNV 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE6 PAWLKSLRLHKYAALFSQMTYEEMMALTECQLEAQNVTKGARHKIVISIQKLKERQNLLK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 PAWLKSLRLHKYAALFSQMTYEEMMALTECQLEAQNVTKGARHKIVISIQKLKERQNLLK 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE6 SLERDIIEGGSLRIPLQELHQMILTPIKAYSSPSTTPEARRREPQAPRQPSLMGPESQSP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 SLERDIIEGGSLRIPLQELHQMILTPIKAYSSPSTTPEARRREPQAPRQPSLMGPESQSP 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KE6 DCKDGAAATGATATPSAGASGGLQPHQLSSCDGELAVAPLPEGDLPGQFTRVMGKVCTQL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 DCKDGAAATGATATPSAGASGGLQPHQLSSCDGELAVAPLPEGDLPGQFTRVMGKVCTQL 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 pF1KE6 LVSRPDEENISSYLQLIDKCLIHEAFTETQKKRLLSWKQQVQKLFRSFPRKTLLDISGYR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 LVSRPDEENISSYLQLIDKCLIHEAFTETQKKRLLSWKQQVQKLFRSFPRKTLLDISGYR 430 440 450 460 470 480 480 490 500 510 520 530 pF1KE6 QQRNRGFGQSNSLPTAGSVGGGMGRRNPRQYQIPSRNVPSARLGLLGTSGFVSSNQRNTT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 QQRNRGFGQSNSLPTAGSVGGGMGRRNPRQYQIPSRNVPSARLGLLGTSGFVSSNQRNTT 490 500 510 520 530 540 540 550 560 570 580 590 pF1KE6 ATPTIMKQGRQNLWFANPGGSNSMPSRTHSSVQRTRSLPVHTSPQNMLMFQQPEFQLPVT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 ATPTIMKQGRQNLWFANPGGSNSMPSRTHSSVQRTRSLPVHTSPQNMLMFQQPEFQLPVT 550 560 570 580 590 600 600 610 620 pF1KE6 EPDINNRLESLCLSMTEHALGDGVDRTSTI :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 EPDINNRLESLCLSMTEHALGDGVDRTSTI 610 620 630 >>CCDS32084.2 SAMD4A gene_id:23034|Hs108|chr14 (718 aa) initn: 2602 init1: 2602 opt: 2605 Z-score: 2302.0 bits: 436.3 E(32554): 6.7e-122 Smith-Waterman score: 3629; 86.5% identity (86.7% similar) in 661 aa overlap (57-629:58-718) 30 40 50 60 70 80 pF1KE6 SLLKRVSQTQARFLQLCLEHSLADCAELHVLEREANSPGIINQWQQESKDKVISLLLTHL :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS32 SLLKRVSQTQARFLQLCLEHSLADCAELHVLEREANSPGIINQWQQESKDKVISLLLTHL 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 pF1KE6 PLLKPGNLDAKVEYMKLLPKILAHSIEHNQHIEESRQLLSYALIHPATSLEDRSALAMWL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS32 PLLKPGNLDAKVEYMKLLPKILAHSIEHNQHIEESRQLLSYALIHPATSLEDRSALAMWL 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 pF1KE6 NHLEDRTSTSFGGQNRGRSDSVDYGQTHYYHQRQNSDDKLNGWQNSRDSGICINASNWQD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS32 NHLEDRTSTSFGGQNRGRSDSVDYGQTHYYHQRQNSDDKLNGWQNSRDSGICINASNWQD 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE6 KSMGCENGHVPLYSSSSVPTTINTIGTSTST----------------------------- ::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS32 KSMGCENGHVPLYSSSSVPTTINTIGTSTSTILSGQAHHSPLKRSVSLTPPMNVPNQPLG 210 220 230 240 250 260 pF1KE6 -----------------------------------------------------------N . 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