FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3437, 963 aa 1>>>pF1KE3437 963 - 963 aa - 963 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5647+/-0.000375; mu= 15.8603+/- 0.024 mean_var=102.3964+/-20.458, 0's: 0 Z-trim(116.5): 215 B-trim: 1734 in 2/54 Lambda= 0.126745 statistics sampled from 27428 (27680) to 27428 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.665), E-opt: 0.2 (0.325), width: 16 Scan time: 11.480 The best scores are: opt bits E(85289) NP_004642 (OMIM: 300050) ubiquitin carboxyl-termin ( 963) 6624 1222.4 0 XP_011542290 (OMIM: 300050) PREDICTED: ubiquitin c ( 690) 4769 883.1 0 XP_005272731 (OMIM: 300050) PREDICTED: ubiquitin c ( 690) 4769 883.1 0 NP_955475 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-termin ( 916) 2651 495.9 4e-139 NP_003354 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-termin ( 963) 2241 420.9 1.6e-116 XP_006719781 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 775) 1461 278.2 1.1e-73 XP_016875774 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 860) 1461 278.3 1.2e-73 XP_016875773 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 860) 1461 278.3 1.2e-73 NP_006304 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-termin ( 952) 1461 278.3 1.3e-73 NP_001239007 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-ter ( 981) 1461 278.3 1.4e-73 XP_005269318 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 648) 1169 224.8 1.1e-57 XP_016880723 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1288) 938 182.7 1e-44 XP_011523681 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1327) 938 182.7 1.1e-44 XP_016880722 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1558) 938 182.8 1.2e-44 XP_011523680 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1572) 938 182.8 1.2e-44 XP_011523678 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1601) 938 182.8 1.3e-44 NP_115971 (OMIM: 607740) ubiquitin carboxyl-termin (1604) 938 182.8 1.3e-44 XP_011523677 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1608) 938 182.8 1.3e-44 XP_011523676 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1615) 938 182.8 1.3e-44 XP_011523675 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1618) 938 182.8 1.3e-44 XP_011523674 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1620) 938 182.8 1.3e-44 XP_011523673 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1634) 938 182.8 1.3e-44 XP_016861124 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c ( 871) 886 173.1 5.5e-42 XP_005264888 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1268) 886 173.2 7.5e-42 XP_016861123 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1270) 886 173.2 7.5e-42 XP_016861122 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1281) 886 173.2 7.6e-42 XP_016861121 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1283) 886 173.2 7.6e-42 XP_016861120 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1283) 886 173.2 7.6e-42 XP_016861119 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1285) 886 173.2 7.6e-42 XP_016861118 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1303) 886 173.2 7.7e-42 XP_016861117 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1305) 886 173.2 7.7e-42 XP_016861116 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1307) 886 173.2 7.7e-42 NP_006668 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-termin (1318) 886 173.2 7.8e-42 XP_016861115 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1318) 886 173.2 7.8e-42 XP_016861114 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1320) 886 173.2 7.8e-42 XP_005264887 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1322) 886 173.2 7.8e-42 XP_016861113 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1332) 886 173.2 7.8e-42 XP_006713015 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1367) 886 173.2 8e-42 XP_006713014 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1368) 886 173.2 8e-42 XP_016861112 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1369) 886 173.2 8e-42 XP_006713013 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1369) 886 173.2 8e-42 XP_016861111 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1371) 886 173.2 8e-42 XP_016861110 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1371) 886 173.2 8e-42 NP_001186091 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-ter (1372) 886 173.2 8e-42 XP_006713012 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1373) 886 173.2 8e-42 XP_016861109 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1381) 886 173.2 8.1e-42 XP_006713011 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1382) 886 173.2 8.1e-42 XP_016861108 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1383) 886 173.2 8.1e-42 XP_016861107 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1384) 886 173.2 8.1e-42 NP_001186090 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-ter (1384) 886 173.2 8.1e-42 >>NP_004642 (OMIM: 300050) ubiquitin carboxyl-terminal h (963 aa) initn: 6624 init1: 6624 opt: 6624 Z-score: 6544.6 bits: 1222.4 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6624; 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NP_955 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTT-LQRGAQWYLIDSR 10 20 30 40 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 WYKQWEAYVQGGDQ-------DSSTFPGCINNATLFQDEINWRLKEGLVEGEDYVLLPAA :.:::. :: : :. . . ::: :.:. ::.: . ::: :.. ::::.:. NP_955 WFKQWKKYV-GFDSWDMYNVGEHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTE 50 60 70 80 90 170 180 190 200 210 pF1KE3 AWHYLVSWYGLEHGQPPIERKVIE---LPNIQKVEVYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHT ::. :..::: .:: :: :::.: . . ::::: .:: : ...: . . .::.. NP_955 AWNKLLNWYGCVEGQQPIVRKVVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKA 100 110 120 130 140 150 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 DSIGLVLRTARERFLVEPQEDTRLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRK :.:. . . :. : . ...:::: : .. ..: :: ::.: ::....: .. 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NP_955 VCS--TSVDGS-ECVTLPVYFRERK-SRPSSTSSAS-ALYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQ 520 530 540 550 560 570 640 650 660 670 680 pF1KE3 VLMYRLSRYVTKPNSDDED---------DGDEKEDDEEDKDDVPGPSTGGSLRDPEPEQA .. :.:::: .: :. .:... . ::.... : .. : NP_955 AVCDRISRYVKQPLPDEFGSSPLEPGACNGSRNSCEGEDEEEMEHQEEG---KEQLSETE 580 590 600 610 620 630 690 700 710 720 730 pF1KE3 GPSSGVTNRCPFLLDNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVNSNGTSDRTTSPEE-----VHA : . . : . .: :.: :::.. ::: ::.: .. . ... 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XP_016 DKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSSIMERDDIYVFEIN--INRTEDT-EHVIIPVCLREK 400 410 420 430 440 450 600 610 620 630 640 650 pF1KE3 TPARDYNNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLSRYVTKPNSDDEDDGD-- .:.. . : :::.:.:..:::. : . :::.:. :. ::: . .: .:. XP_016 FRHSSYTH-HTGSSLFGQPFLMAVPRNN-TEDKLYNLLLLRMCRYVKISTETEETEGSLH 460 470 480 490 500 510 660 670 680 690 pF1KE3 ----------------EKEDDEEDKDDVPGPSTGGSLRDP---EPEQAGPSSGVTNRCPF :. . : . : : .. . . : : :. : : : XP_016 CCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDEPDDESSQDQELPSENENSQSEDSVGGDNDSEN 520 530 540 550 560 570 700 710 720 730 740 pF1KE3 LL---DNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVNSNGTSDRTTSPEEVHAQ-----------PY : :.: : : ...: :::.: : ..:. . . : . . 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NP_006 NILDLCTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSSIMERDDIYVFEIN--INR 480 490 500 510 520 590 600 610 620 630 640 pF1KE3 IEGSREDIVVPVYLRERTPARDYNNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLS : . : ...:: :::. .:.. . : :::.:.:..:::. : . :::.:. :. NP_006 TEDT-EHVIIPVCLREKFRHSSYTH-HTGSSLFGQPFLMAVPRNN-TEDKLYNLLLLRMC 530 540 550 560 570 580 650 660 670 pF1KE3 RYVTKPNSDDEDDGD------------------EKEDDEEDKDDVPGPSTGGSLRDP--- ::: . .: .:. :. . : . : : .. . . : NP_006 RYVKISTETEETEGSLHCCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDEPDDESSQDQELPSEN 590 600 610 620 630 640 680 690 700 710 720 730 pF1KE3 EPEQAGPSSGVTNRCPFLL---DNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVNSNGTSDRTTSPEE : :. : : : : :.: : : ...: :::.: : ..:. . . 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NP_001 PIARKVVEQGMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSI 120 130 140 150 160 170 240 250 260 270 280 pF1KE3 EPQEDTRLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRKKDGTWP---------- ...:::: : .... : :. ::.: ::....: ...::::: NP_001 PDEKETRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPKSPG 180 190 200 210 220 230 290 300 310 pF1KE3 ---------------SAQLHVMNN-NMSE-----------EDEDFK--G----QPGICGL : . . ::: :... .. :.. : :::.::: NP_001 ASNFSTLPKISPSSLSNNYNNMNNRNVKNSNYCLPSYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGL 240 250 260 270 280 290 320 330 340 350 360 370 pF1KE3 TNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEIAEAYADLVKQAWS .:::::::::::.:::::.: :::::::. : ::::: :::::.::::..::.:.:: :: NP_001 SNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWS 300 310 320 330 340 350 380 390 400 410 420 430 pF1KE3 GHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNRVKKKEYVELCDAA :. ..:..::..::.:: :: ::::.: ::::.::::::::::::..:: :..: :: NP_001 GKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDAD 360 370 380 390 400 410 440 450 460 470 480 490 pF1KE3 GRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTFDPFCYLSVPLPIS ::::. ::.:::.:: .::::.::: ::::::::::::.:...::::::::::..:::.. 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NP_001 TGFFPLDRETKGASAATGIPLESDEDSNDNDNDIENENCMHTN 940 950 960 970 980 963 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 16:18:24 2016 done: Mon Nov 7 16:18:26 2016 Total Scan time: 11.480 Total Display time: 0.260 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]