FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2312, 2136 aa 1>>>pF1KE2312 2136 - 2136 aa - 2136 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9635+/-0.000643; mu= 16.6773+/- 0.040 mean_var=105.0397+/-20.235, 0's: 0 Z-trim(107.1): 95 B-trim: 19 in 1/48 Lambda= 0.125140 statistics sampled from 15092 (15183) to 15092 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.495), E-opt: 0.2 (0.178), width: 16 Scan time: 21.060 The best scores are: opt bits E(85289) NP_054733 (OMIM: 601664,610359) U5 small nuclear r (2136) 14015 2543.1 0 XP_016859092 (OMIM: 601664,610359) PREDICTED: U5 s (2136) 14015 2543.1 0 XP_011533697 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (2104) 5032 921.3 0 XP_016865694 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (2104) 5032 921.3 0 XP_011533698 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (2104) 5032 921.3 0 NP_006819 (OMIM: 614217) activating signal cointeg (2202) 5032 921.3 0 XP_011533696 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (2207) 5032 921.3 0 XP_016865695 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (1729) 4891 895.8 0 XP_011539159 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1294) 1119 214.7 5.4e-54 XP_011539157 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1393) 1119 214.7 5.8e-54 XP_011539152 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1435) 1119 214.7 5.9e-54 NP_001017975 (OMIM: 615684,615724) probable ATP-de (1435) 1119 214.7 5.9e-54 XP_011539154 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1435) 1119 214.7 5.9e-54 XP_011539151 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1435) 1119 214.7 5.9e-54 XP_011539153 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1435) 1119 214.7 5.9e-54 NP_001271200 (OMIM: 614217) activating signal coin ( 731) 1043 200.9 4.4e-50 XP_016855980 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1391) 1043 201.0 7.8e-50 XP_016855981 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1114) 993 191.9 3.3e-47 XP_016855983 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob ( 876) 983 190.1 9.5e-47 XP_016855984 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob ( 816) 954 184.9 3.4e-45 XP_016855985 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob ( 816) 954 184.9 3.4e-45 XP_016855979 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1408) 881 171.8 5e-41 XP_011539161 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1044) 856 167.2 8.8e-40 XP_016855982 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob ( 878) 682 135.8 2.2e-30 XP_011510654 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2183) 284 64.1 2.1e-08 XP_016861054 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2201) 284 64.1 2.1e-08 XP_011510650 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2420) 284 64.1 2.2e-08 XP_011510645 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2545) 284 64.1 2.3e-08 NP_955452 (OMIM: 604419) DNA polymerase theta [Hom (2590) 284 64.1 2.4e-08 XP_011510649 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2591) 284 64.1 2.4e-08 XP_006714139 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO ( 950) 252 58.1 5.4e-07 NP_001284686 (OMIM: 606769) helicase POLQ-like iso ( 557) 248 57.3 5.6e-07 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_054 PLPPQYFIRVVSDRWLSCETQLPVSFRHLILPEKYPPPTELLDLQPLPVSALRNSAFESL 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 pF1KE2 YQDKFPFFNPIQTQVFNTVYNSDDNVFVGAPTGSGKTICAEFAILRMLLQSSEGRCVYIT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_054 YQDKFPFFNPIQTQVFNTVYNSDDNVFVGAPTGSGKTICAEFAILRMLLQSSEGRCVYIT 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 pF1KE2 PMEALAEQVYMDWYEKFQDRLNKKVVLLTGETSTDLKLLGKGNIIISTPEKWDILSRRWK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_054 PMEALAEQVYMDWYEKFQDRLNKKVVLLTGETSTDLKLLGKGNIIISTPEKWDILSRRWK 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 pF1KE2 QRKNVQNINLFVVDEVHLIGGENGPVLEVICSRMRYISSQIERPIRIVALSSSLSNAKDV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_054 QRKNVQNINLFVVDEVHLIGGENGPVLEVICSRMRYISSQIERPIRIVALSSSLSNAKDV 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 pF1KE2 AHWLGCSATSTFNFHPNVRPVPLELHIQGFNISHTQTRLLSMAKPVYHAITKHSPKKPVI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_054 AHWLGCSATSTFNFHPNVRPVPLELHIQGFNISHTQTRLLSMAKPVYHAITKHSPKKPVI 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 pF1KE2 VFVPSRKQTRLTAIDILTTCAADIQRQRFLHCTEKDLIPYLEKLSDSTLKETLLNGVGYL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_054 VFVPSRKQTRLTAIDILTTCAADIQRQRFLHCTEKDLIPYLEKLSDSTLKETLLNGVGYL 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 pF1KE2 HEGLSPMERRLVEQLFSSGAIQVVVASRSLCWGMNVAAHLVIIMDTQYYNGKIHAYVDYP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_054 HEGLSPMERRLVEQLFSSGAIQVVVASRSLCWGMNVAAHLVIIMDTQYYNGKIHAYVDYP 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 pF1KE2 IYDVLQMVGHANRPLQDDEGRCVIMCQGSKKDFFKKFLYEPLPVESHLDHCMHDHFNAEI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_054 IYDVLQMVGHANRPLQDDEGRCVIMCQGSKKDFFKKFLYEPLPVESHLDHCMHDHFNAEI 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 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XP_011 LWCEVEKYLNSTLKEMTEVPRVEDLCCTLYDMLASIKSGDELQDELFELLGPEGLELIEK 130 140 150 160 170 180 330 340 350 360 370 pF1KE2 LRQHRMMILYCTLLASAQSEAEK-----ERIMGKMEADPELSKFLYQLHETEKEDLIREE : :.:. :. : .: . . . ..:.:. .: :. . . : ::. :... XP_011 LLQNRITIVDRFLNSSNDHRFQALQDNCKKILGE-NAKPNYGCQVTIQSEQEKQ-LMKQY 190 200 210 220 230 240 380 390 400 410 pF1KE2 RSRRERV--RQSRMDTDLET----MDLD------QGGEAL-----AP---RQV-LDLEDL : ...:. :... :::. : .: : .:: .: :: :.: . XP_011 RREEKRIARREKKAGEDLEVSEGLMCFDPKELRIQREQALLNARSVPILSRQRDADVEKI 250 260 270 280 290 300 420 430 440 450 460 pF1KE2 VF-----TQG-----SHFMANKRCQLPDGSFRRQRKGYEEVHVPALKPKPFGSEEQLLPV . .:. : :.:. . ::.: :.. : ::::..: .: :.. ::. . . 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