FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2239, 433 aa 1>>>pF1KE2239 433 - 433 aa - 433 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1918+/-0.00112; mu= -0.5274+/- 0.068 mean_var=192.3700+/-37.288, 0's: 0 Z-trim(109.5): 42 B-trim: 47 in 1/52 Lambda= 0.092471 statistics sampled from 10866 (10899) to 10866 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.686), E-opt: 0.2 (0.335), width: 16 Scan time: 2.060 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS3997.1 CCNB1 gene_id:891|Hs108|chr5 ( 433) 2834 390.6 1.6e-108 CCDS10170.1 CCNB2 gene_id:9133|Hs108|chr15 ( 398) 1311 187.4 2.1e-47 CCDS3723.1 CCNA2 gene_id:890|Hs108|chr4 ( 432) 617 94.9 1.7e-19 CCDS14331.1 CCNB3 gene_id:85417|Hs108|chrX (1395) 603 93.3 1.7e-18 CCDS45031.1 CCNA1 gene_id:8900|Hs108|chr13 ( 421) 584 90.5 3.5e-18 CCDS45030.1 CCNA1 gene_id:8900|Hs108|chr13 ( 464) 584 90.5 3.8e-18 CCDS9357.1 CCNA1 gene_id:8900|Hs108|chr13 ( 465) 584 90.5 3.8e-18 CCDS14332.1 CCNB3 gene_id:85417|Hs108|chrX ( 291) 414 67.7 1.7e-11 >>CCDS3997.1 CCNB1 gene_id:891|Hs108|chr5 (433 aa) initn: 2834 init1: 2834 opt: 2834 Z-score: 2062.0 bits: 390.6 E(32554): 1.6e-108 Smith-Waterman score: 2834; 100.0% identity (100.0% similar) in 433 aa overlap (1-433:1-433) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MALRVTRNSKINAENKAKINMAGAKRVPTAPAATSKPGLRPRTALGDIGNKVSEQLQAKM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 MALRVTRNSKINAENKAKINMAGAKRVPTAPAATSKPGLRPRTALGDIGNKVSEQLQAKM 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 PMKKEAKPSATGKVIDKKLPKPLEKVPMLVPVPVSEPVPEPEPEPEPEPVKEEKLSPEPI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 PMKKEAKPSATGKVIDKKLPKPLEKVPMLVPVPVSEPVPEPEPEPEPEPVKEEKLSPEPI 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 LVDTASPSPMETSGCAPAEEDLCQAFSDVILAVNDVDAEDGADPNLCSEYVKDIYAYLRQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 LVDTASPSPMETSGCAPAEEDLCQAFSDVILAVNDVDAEDGADPNLCSEYVKDIYAYLRQ 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 LEEEQAVRPKYLLGREVTGNMRAILIDWLVQVQMKFRLLQETMYMTVSIIDRFMQNNCVP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 LEEEQAVRPKYLLGREVTGNMRAILIDWLVQVQMKFRLLQETMYMTVSIIDRFMQNNCVP 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 KKMLQLVGVTAMFIASKYEEMYPPEIGDFAFVTDNTYTKHQIRQMEMKILRALNFGLGRP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 KKMLQLVGVTAMFIASKYEEMYPPEIGDFAFVTDNTYTKHQIRQMEMKILRALNFGLGRP 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 LPLHFLRRASKIGEVDVEQHTLAKYLMELTMLDYDMVHFPPSQIAAGAFCLALKILDNGE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 LPLHFLRRASKIGEVDVEQHTLAKYLMELTMLDYDMVHFPPSQIAAGAFCLALKILDNGE 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 WTPTLQHYLSYTEESLLPVMQHLAKNVVMVNQGLTKHMTVKNKYATSKHAKISTLPQLNS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS39 WTPTLQHYLSYTEESLLPVMQHLAKNVVMVNQGLTKHMTVKNKYATSKHAKISTLPQLNS 370 380 390 400 410 420 430 pF1KE2 ALVQDLAKAVAKV ::::::::::::: CCDS39 ALVQDLAKAVAKV 430 >>CCDS10170.1 CCNB2 gene_id:9133|Hs108|chr15 (398 aa) initn: 1228 init1: 1198 opt: 1311 Z-score: 964.5 bits: 187.4 E(32554): 2.1e-47 Smith-Waterman score: 1311; 52.7% identity (77.2% similar) in 395 aa overlap (40-427:6-391) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 KINAENKAKINMAGAKRVPTAPAATSKPGLRPRTA--LGDIGNKVSEQLQAKMPMKKEAK :: .. : .: . :. ...... ... . 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CCDS37 QR-PKTRRVAPLKDLPVNDEHVTVPPWKANSKQPA-FTIHVDEAEKEAQKKPAESQKIER 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 EPILV-DTASPSPMETSGCAPAEEDLCQAFS-----DVILAVNDVDAEDGADPNLCSEYV : :. ..: : . .: . . .: :. . ..: : .. : .: CCDS37 EDALAFNSAISLPGPRKPLVPLDYPMDGSFESPHTMDMSIILED---EKPVSVNEVPDYH 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 KDIYAYLRQLEEEQAVRPKYLLGR-EVTGNMRAILIDWLVQVQMKFRLLQETMYMTVSII .::..:::..: . . :. . ..:..:::::.::::.: ...: .::....:. : CCDS37 EDIHTYLREMEVKCKPKVGYMKKQPDITNSMRAILVDWLVEVGEEYKLQNETLHLAVNYI 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 DRFMQNNCVPKKMLQLVGVTAMFIASKYEEMYPPEIGDFAFVTDNTYTKHQIRQMEMKIL :::... : . :::::..::..:::.::.::::...:...::.::::.:. .:: .: CCDS37 DRFLSSMSVLRGKLQLVGTAAMLLASKFEEIYPPEVAEFVYITDDTYTKKQVLRMEHLVL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 RALNFGLGRPLPLHFLRRA---SKIGEVDVEQHTLAKYLMELTMLDYD-MVHFPPSQIAA ..:.: :. : .:: . .. .. :: .:: .: ::...: : .... :: ::. CCDS37 KVLTFDLAAPTVNQFLTQYFLHQQPANCKVE--SLAMFLGELSLIDADPYLKYLPSVIAG 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 GAFCLALKILDNGEWTPTLQHYLSYTEESLLPVMQHLAKNVVMVNQGLTKHMTVKNKYAT .:: ::: . . : .: . .:: ::: : .. : .. . . : ......:: . CCDS37 AAFHLALYTVTGQSWPESLIRKTGYTLESLKPCLMDLHQTYLKAPQH--AQQSIREKYKN 360 370 380 390 400 410 410 420 430 pF1KE2 SKHAKISTLPQLNSALVQDLAKAVAKV ::. .: : CCDS37 SKYHGVSLLNPPETLNL 420 430 >>CCDS14331.1 CCNB3 gene_id:85417|Hs108|chrX (1395 aa) initn: 580 init1: 542 opt: 603 Z-score: 445.7 bits: 93.3 E(32554): 1.7e-18 Smith-Waterman score: 640; 30.7% identity (62.4% similar) in 404 aa overlap (29-419:980-1376) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MALRVTRNSKINAENKAKINMAGAKRVPTAPAA-TSKPGLRPRTALGDIGNKVSEQLQ ::: . ::: .. :..: :. ..: . CCDS14 ALQESPTYKEDTFLKTLLVPQVGTSPNVSSTAPESITSKSSIATMTSVGKSGT-INEAFL 950 960 970 980 990 1000 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 AKMPMKKEAKPSATGKVIDKKLPKPLEKVPMLVPVPVSEP--VPEPEPEP-----EPEPV . . . ::. ::: .. : : :.. : : .:. : :: . CCDS14 FEDMITLNEKPT-TGKELSFKEPLALQESPTCKEDTFLETFLIPQIGTSPYVFSTTPESI 1010 1020 1030 1040 1050 1060 120 130 140 150 160 pF1KE2 KEEKLSPEPILVDTASPSPMETSGCAPAEED----LCQAFSDVILAVNDVDAEDGADPNL : : : . : . :.:.: : . .. : .:.: ::..::.. CCDS14 TE-KSSIATMTSVGKSRTTTESSACESASDKPVSPQAKGTPKEITPREDID-EDSSDPSF 1070 1080 1090 1100 1110 1120 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 CSEYVKDIYAYLRQLEEEQAVRPKYLLGR-EVTGNMRAILIDWLVQVQMKFRLLQETMYM :.:.:..:... .::: . :. . :.:..:::::.::::.::..:.. .::.:. CCDS14 NPMYAKEIFSYMKE-REEQFILTDYMNRQIEITSDMRAILVDWLVEVQVSFEMTHETLYL 1130 1140 1150 1160 1170 1180 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 TVSIIDRFMQNNCVPKKMLQLVGVTAMFIASKYEEMYPPEIGDFAFVTDNTYTKHQIRQM .:...: .... : :::.:.::..::.:.:: :.. ::... :..: . .. .: CCDS14 AVKLVDLYLMKAVCKKDKLQLLGATAFMIAAKFEEHNSPRVDDFVYICDDNYQRSEVLSM 1190 1200 1210 1220 1230 1240 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 EMKILRALNFGLGRPLPLHFLRRASKIGEVDVEQHTLAKYLMELTMLDYDMVHFPPSQIA :..:: .:. .. :. ::::: .. ..... ::..:. :.:. .: .:. :..: CCDS14 EINILNVLKCDINIPIAYHFLRRYARCIHTNMKTLTLSRYICEMTLQEYHYVQEKASKLA 1250 1260 1270 1280 1290 1300 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 AGAFCLALKILDNGEWTPTLQHYLSYTEESLLPVMQHLAKNVVMVNQGLTKHMTVKNKYA :... ::: . : :.: :.:: .:. : :....: : ... . : .: ::. CCDS14 AASLLLALYMKKLGYWVPFLEHYSGYSISELHPLVRQLNKLLTFSSYDSLK--AVYYKYS 1310 1320 1330 1340 1350 1360 410 420 430 pF1KE2 TSKHAKISTLPQLNSALVQDLAKAVAKV ... .: :. CCDS14 HPVFFEVAKIPALDMLKLEEILNCDCEAQGLVL 1370 1380 1390 >>CCDS45031.1 CCNA1 gene_id:8900|Hs108|chr13 (421 aa) initn: 520 init1: 405 opt: 584 Z-score: 439.9 bits: 90.5 E(32554): 3.5e-18 Smith-Waterman score: 584; 36.8% identity (69.5% similar) in 266 aa overlap (161-424:158-421) 140 150 160 170 180 190 pF1KE2 ETSGCAPAEEDLCQAFSDVILAVNDVDAEDGADPNLCSEYVKDIYAYLRQLEEEQAVRPK :.: .::...:: :::. : .. . . CCDS45 DLHFLLDFNTVSPMLVDSSLLSQSEDISSLGTDVINVTEYAEEIYQYLREAEIRHRPKAH 130 140 150 160 170 180 200 210 220 230 240 pF1KE2 YLLGR-EVTGNMRAILIDWLVQVQMKFRLLQETMYMTVSIIDRFMQNNCVPKKMLQLVGV :. . ..: .::.::.::::.: ...: ::.:..:...:::.. : . :::::. CCDS45 YMKKQPDITEGMRTILVDWLVEVGEEYKLRAETLYLAVNFLDRFLSCMSVLRGKLQLVGT 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 TAMFIASKYEEMYPPEIGDFAFVTDNTYTKHQIRQMEMKILRALNFGLGRPLPLHFLRRA .::..::::::.::::. .:...::.::::.:. .:: .:..: : : : .:: . CCDS45 AAMLLASKYEEIYPPEVDEFVYITDDTYTKRQLLKMEHLLLKVLAFDLTVPTTNQFLLQY 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 SKIGEVDVEQHTLAKYLMELTMLDYD-MVHFPPSQIAAGAFCLALKILDNGEWTPTLQHY . : :. ..::::. ::..:. : .... :: :::.::::: ... : :: . CCDS45 LRRQGVCVRTENLAKYVAELSLLEADPFLKYLPSLIAAAAFCLANYTVNKHFWPETLAAF 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 LSYTEESLLPVMQHLAKNVVMVNQGLTKHMTVKNKYATSKHAKISTLPQLNSALVQDLAK .:. ..: ...: : . . . ......:: .::. .: . :.: CCDS45 TGYSLSEIVPCLSELHKAYLDIPH--RPQQAIREKYKASKYLCVSLMEPPAVLLLQ 370 380 390 400 410 420 430 pF1KE2 AVAKV >>CCDS45030.1 CCNA1 gene_id:8900|Hs108|chr13 (464 aa) initn: 520 init1: 405 opt: 584 Z-score: 439.3 bits: 90.5 E(32554): 3.8e-18 Smith-Waterman score: 584; 36.8% identity (69.5% similar) in 266 aa overlap (161-424:201-464) 140 150 160 170 180 190 pF1KE2 ETSGCAPAEEDLCQAFSDVILAVNDVDAEDGADPNLCSEYVKDIYAYLRQLEEEQAVRPK :.: .::...:: :::. : .. . . CCDS45 DLHFLLDFNTVSPMLVDSSLLSQSEDISSLGTDVINVTEYAEEIYQYLREAEIRHRPKAH 180 190 200 210 220 230 200 210 220 230 240 pF1KE2 YLLGR-EVTGNMRAILIDWLVQVQMKFRLLQETMYMTVSIIDRFMQNNCVPKKMLQLVGV :. . ..: .::.::.::::.: ...: ::.:..:...:::.. : . :::::. CCDS45 YMKKQPDITEGMRTILVDWLVEVGEEYKLRAETLYLAVNFLDRFLSCMSVLRGKLQLVGT 240 250 260 270 280 290 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 TAMFIASKYEEMYPPEIGDFAFVTDNTYTKHQIRQMEMKILRALNFGLGRPLPLHFLRRA .::..::::::.::::. .:...::.::::.:. .:: .:..: : : : .:: . CCDS45 AAMLLASKYEEIYPPEVDEFVYITDDTYTKRQLLKMEHLLLKVLAFDLTVPTTNQFLLQY 300 310 320 330 340 350 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 SKIGEVDVEQHTLAKYLMELTMLDYD-MVHFPPSQIAAGAFCLALKILDNGEWTPTLQHY . : :. ..::::. ::..:. : .... :: :::.::::: ... : :: . CCDS45 LRRQGVCVRTENLAKYVAELSLLEADPFLKYLPSLIAAAAFCLANYTVNKHFWPETLAAF 360 370 380 390 400 410 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 LSYTEESLLPVMQHLAKNVVMVNQGLTKHMTVKNKYATSKHAKISTLPQLNSALVQDLAK .:. ..: ...: : . . . ......:: .::. .: . :.: CCDS45 TGYSLSEIVPCLSELHKAYLDIPH--RPQQAIREKYKASKYLCVSLMEPPAVLLLQ 420 430 440 450 460 430 pF1KE2 AVAKV >>CCDS9357.1 CCNA1 gene_id:8900|Hs108|chr13 (465 aa) initn: 520 init1: 405 opt: 584 Z-score: 439.3 bits: 90.5 E(32554): 3.8e-18 Smith-Waterman score: 584; 36.8% identity (69.5% similar) in 266 aa overlap (161-424:202-465) 140 150 160 170 180 190 pF1KE2 ETSGCAPAEEDLCQAFSDVILAVNDVDAEDGADPNLCSEYVKDIYAYLRQLEEEQAVRPK :.: .::...:: :::. : .. . . CCDS93 DLHFLLDFNTVSPMLVDSSLLSQSEDISSLGTDVINVTEYAEEIYQYLREAEIRHRPKAH 180 190 200 210 220 230 200 210 220 230 240 pF1KE2 YLLGR-EVTGNMRAILIDWLVQVQMKFRLLQETMYMTVSIIDRFMQNNCVPKKMLQLVGV :. . ..: .::.::.::::.: ...: ::.:..:...:::.. : . :::::. CCDS93 YMKKQPDITEGMRTILVDWLVEVGEEYKLRAETLYLAVNFLDRFLSCMSVLRGKLQLVGT 240 250 260 270 280 290 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 TAMFIASKYEEMYPPEIGDFAFVTDNTYTKHQIRQMEMKILRALNFGLGRPLPLHFLRRA .::..::::::.::::. .:...::.::::.:. .:: .:..: : : : .:: . CCDS93 AAMLLASKYEEIYPPEVDEFVYITDDTYTKRQLLKMEHLLLKVLAFDLTVPTTNQFLLQY 300 310 320 330 340 350 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 SKIGEVDVEQHTLAKYLMELTMLDYD-MVHFPPSQIAAGAFCLALKILDNGEWTPTLQHY . : :. ..::::. ::..:. : .... :: :::.::::: ... : :: . CCDS93 LRRQGVCVRTENLAKYVAELSLLEADPFLKYLPSLIAAAAFCLANYTVNKHFWPETLAAF 360 370 380 390 400 410 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 LSYTEESLLPVMQHLAKNVVMVNQGLTKHMTVKNKYATSKHAKISTLPQLNSALVQDLAK .:. ..: ...: : . . . ......:: .::. .: . :.: CCDS93 TGYSLSEIVPCLSELHKAYLDIPH--RPQQAIREKYKASKYLCVSLMEPPAVLLLQ 420 430 440 450 460 430 pF1KE2 AVAKV >>CCDS14332.1 CCNB3 gene_id:85417|Hs108|chrX (291 aa) initn: 371 init1: 371 opt: 414 Z-score: 319.8 bits: 67.7 E(32554): 1.7e-11 Smith-Waterman score: 414; 31.1% identity (69.4% similar) in 206 aa overlap (214-419:69-272) 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 EQAVRPKYLLGREVTGNMRAILIDWLVQVQMKFRLLQETMYMTVSIIDRFMQNNCVPKKM ..:.. .::.:..:...: .... : CCDS14 TKISPSSLQESPSSLQGALKKRSAFEDLTNVSFEMTHETLYLAVKLVDLYLMKAVCKKDK 40 50 60 70 80 90 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 LQLVGVTAMFIASKYEEMYPPEIGDFAFVTDNTYTKHQIRQMEMKILRALNFGLGRPLPL :::.:.::..::.:.:: :.. ::... :..: . .. .::..:: .:. .. :. 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