FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1088, 906 aa 1>>>pF1KE1088 906 - 906 aa - 906 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5892+/-0.00116; mu= 19.3143+/- 0.070 mean_var=65.4632+/-12.706, 0's: 0 Z-trim(101.8): 49 B-trim: 0 in 0/49 Lambda= 0.158517 statistics sampled from 6608 (6656) to 6608 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.551), E-opt: 0.2 (0.204), width: 16 Scan time: 3.710 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS47318.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 906) 6027 1388.0 0 CCDS4322.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 906) 5976 1376.3 0 CCDS58988.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 916) 5833 1343.6 0 CCDS58987.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 916) 5782 1331.9 0 CCDS58989.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 837) 5508 1269.3 0 CCDS58986.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 826) 4923 1135.5 0 CCDS3797.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 883) 4164 961.9 0 CCDS43274.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 883) 4120 951.9 0 CCDS8333.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 902) 4061 938.4 0 CCDS43275.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 836) 4059 937.9 0 CCDS41706.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 884) 4023 929.7 0 CCDS14605.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX ( 894) 3901 901.8 0 CCDS14604.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX ( 894) 3858 891.9 0 CCDS82656.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 934) 2062 481.2 3.8e-135 CCDS33530.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 905) 2061 481.0 4.3e-135 CCDS416.1 GRIK3 gene_id:2899|Hs108|chr1 ( 919) 2050 478.5 2.5e-134 CCDS55045.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 892) 2000 467.0 6.8e-131 CCDS5049.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 869) 1984 463.4 8.3e-130 CCDS5048.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 908) 1984 463.4 8.7e-130 CCDS12595.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19 ( 980) 1646 386.1 1.7e-106 CCDS77305.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19 ( 981) 1640 384.7 4.5e-106 CCDS42913.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 918) 1631 382.6 1.8e-105 CCDS8433.1 GRIK4 gene_id:2900|Hs108|chr11 ( 956) 1629 382.2 2.5e-105 CCDS82659.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 949) 1615 379.0 2.3e-104 CCDS82658.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 920) 1614 378.8 2.6e-104 CCDS41707.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 433) 1528 359.0 1.1e-98 CCDS62330.1 GRIN2C gene_id:2905|Hs108|chr17 ( 873) 651 158.5 4.9e-38 CCDS32724.1 GRIN2C gene_id:2905|Hs108|chr17 (1233) 651 158.6 6.7e-38 CCDS31236.1 GRID1 gene_id:2894|Hs108|chr10 (1009) 648 157.9 9e-38 CCDS8662.1 GRIN2B gene_id:2904|Hs108|chr12 (1484) 634 154.7 1.2e-36 CCDS12719.1 GRIN2D gene_id:2906|Hs108|chr19 (1336) 630 153.8 2e-36 CCDS45407.1 GRIN2A gene_id:2903|Hs108|chr16 (1281) 628 153.3 2.6e-36 CCDS10539.1 GRIN2A gene_id:2903|Hs108|chr16 (1464) 628 153.3 3e-36 CCDS68758.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4 ( 912) 596 146.0 3.1e-34 CCDS3637.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4 (1007) 596 146.0 3.4e-34 CCDS43910.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 885) 542 133.6 1.6e-30 CCDS7032.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 901) 542 133.6 1.6e-30 CCDS55355.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 906) 542 133.6 1.6e-30 CCDS7031.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 938) 542 133.6 1.7e-30 CCDS55354.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 943) 542 133.6 1.7e-30 CCDS6758.1 GRIN3A gene_id:116443|Hs108|chr9 (1115) 321 83.1 3.2e-15 CCDS32861.1 GRIN3B gene_id:116444|Hs108|chr19 (1043) 305 79.4 3.8e-14 >>CCDS47318.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 (906 aa) initn: 6027 init1: 6027 opt: 6027 Z-score: 7440.5 bits: 1388.0 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 6027; 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71.8% identity (90.4% similar) in 845 aa overlap (1-840:4-847) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPP-KLL ..:: ... . : . :.. :.:::::::: .::..::: .. :.. .: CCDS37 MQKIMHISVLLSPVLWGLIFGVS-SNSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 PQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVD :.:: .....:: .: ::::::.:::::::::....:: .:::::.::: :::::::.: CCDS37 PHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFCGTLHVSFITPSFPTD 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 TSNQFVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKNWQVTAVN .. ::.:.::.:. ::.:.:..:.:.::.:.::.:::::.:: :::.::::.:::::.: CCDS37 GTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAIN 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 ILTTT----EEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHYILAN . . . .: :: :::::: :::: :..::: ...: :. :.: . :. :::::.:: CCDS37 VGNINNDKKDEMYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIAN 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 LGFMDIDLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRVDWKRPKYTSAL ::: : :: :.. .::::.:::.:.: :.. .:....:.. . ... . :::::: CCDS37 LGFTDGDLLKIQFGGANVSGFQIVDYDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTTTIKYTSAL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 TYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGN :::.:.::.:::..::.:::.:::::::::::::::::::::..:.:::.::. :::.:: CCDS37 TYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEIERALKQVQVEGLSGN 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE1 VQFNEKGRRTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDNSSVQNRTYIVT ..:...:.: :::....:.: .: ::::::.: ::.: . :. .:.:.:...:.: .:: CCDS37 IKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVVTLTELPSGNDTSGLENKTVVVT 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE1 TILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTK ::::.::::.::: ...:::.:::::::.:::::::: :..:.: ::.:::::::: ::: CCDS37 TILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTK 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE1 AWNGMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFL :::::::::::.::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS37 IWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFL 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE1 DPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLW ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.::. .:...:::::::::: CCDS37 DPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTNEFGIFNSLW 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KE1 FSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAED :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS37 FSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAED 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KE1 LAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKG :.::::::::::..:::::::::::::::.::::::.::::::::::: ::. ::::::: CCDS37 LSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKG 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 pF1KE1 KYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRGPVNLAVLKLSEQGV ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::::::::::::: CCDS37 KYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLRTPVNLAVLKLSEQGV 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 pF1KE1 LDKLKSKWWYDKGECGSKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCYKS :::::.::::::::::.::::::.:::::::::::::::::.:::::::::::::::::: CCDS37 LDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFCYKS 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 pF1KE1 RSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKSMQSIPC :.:.:::: CCDS37 RAEAKRMKVAKNAQNINPSSSQNSQNFATYKEGYNVYGIESVKI 840 850 860 870 880 >>CCDS43274.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 (883 aa) initn: 3538 init1: 3454 opt: 4120 Z-score: 5083.8 bits: 951.9 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4120; 71.1% identity (90.1% similar) in 845 aa overlap (1-840:4-847) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPP-KLL ..:: ... . : . :.. :.:::::::: .::..::: .. :.. .: CCDS43 MQKIMHISVLLSPVLWGLIFGVS-SNSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 PQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVD :.:: .....:: .: ::::::.:::::::::....:: .:::::.::: :::::::.: CCDS43 PHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFCGTLHVSFITPSFPTD 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 TSNQFVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKNWQVTAVN .. ::.:.::.:. ::.:.:..:.:.::.:.::.:::::.:: :::.::::.:::::.: CCDS43 GTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAIN 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 ILTTT----EEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHYILAN . . . .: :: :::::: :::: :..::: ...: :. :.: . :. :::::.:: CCDS43 VGNINNDKKDEMYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIAN 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 LGFMDIDLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRVDWKRPKYTSAL ::: : :: :.. .::::.:::.:.: :.. .:....:.. . ... . :::::: CCDS43 LGFTDGDLLKIQFGGANVSGFQIVDYDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTTTIKYTSAL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 TYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGN :::.:.::.:::..::.:::.:::::::::::::::::::::..:.:::.::. :::.:: CCDS43 TYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEIERALKQVQVEGLSGN 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE1 VQFNEKGRRTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDNSSVQNRTYIVT ..:...:.: :::....:.: .: ::::::.: ::.: . :. .:.:.:...:.: .:: CCDS43 IKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVVTLTELPSGNDTSGLENKTVVVT 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE1 TILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTK ::::.::::.::: ...:::.:::::::.:::::::: :..:.: ::.:::::::: ::: CCDS43 TILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTK 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE1 AWNGMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFL :::::::::::.::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 IWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFL 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE1 DPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLW ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.::. .:...:::::::::: CCDS43 DPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTNEFGIFNSLW 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KE1 FSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAED :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 FSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAED 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KE1 LAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKG :.::::::::::..:::::::::::::::.::::::.::::::::::: ::. ::::::: CCDS43 LSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKG 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 pF1KE1 KYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRGPVNLAVLKLSEQGV ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::. ::::::::.:::. CCDS43 KYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLRNAVNLAVLKLNEQGL 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 pF1KE1 LDKLKSKWWYDKGECGSKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCYKS :::::.::::::::::: . ::.:::::::::::::::::.:::::::::::::::::: CCDS43 LDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFCYKS 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 pF1KE1 RSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKSMQSIPC :.:.:::: CCDS43 RAEAKRMKVAKNAQNINPSSSQNSQNFATYKEGYNVYGIESVKI 840 850 860 870 880 >>CCDS8333.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 (902 aa) initn: 4143 init1: 3135 opt: 4061 Z-score: 5010.7 bits: 938.4 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4135; 67.3% identity (86.8% similar) in 912 aa overlap (2-906:6-901) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFAL------SQLT ..: .: .:: : ..:: ::...:::::: . .::..:::.:. . . CCDS83 MRIISRQIVLLF-SGFWGLAMGA-FPSSVQIGGLFIRNTDQEYTAFRLAIFLHNTSPNAS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KE1 EPP-KLLPQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFI : : .:.:..: .. ..:: .: ::::.:.::.::::.:..:.:. :::::.:::. .: CCDS83 EAPFNLVPHVDNIETANSFAVTNAFCSQYSRGVFAIFGLYDKRSVHTLTSFCSALHISLI 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KE1 TPSFPVDTSNQFVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKN :::::.. .:::::::: :. ::.:..:::.:. ::..::.::: :.:: ... :.... 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CCDS83 YKSRAEAKRMK-------LTFSEAIR------NKARLSITGSVGENGRVLTPDCPKAVHT 840 850 860 870 880 890 900 pF1KE1 IPCMSHSSGMPLGATGL . .:::. . :. : CCDS83 GTAIRQSSGLAVIASDLP 890 900 >>CCDS43275.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 (836 aa) initn: 3498 init1: 3498 opt: 4059 Z-score: 5008.7 bits: 937.9 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4059; 74.3% identity (92.0% similar) in 791 aa overlap (54-840:10-800) 30 40 50 60 70 80 pF1KE1 NIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKLLPQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVY .: :.:: .....:: .: ::::::.::: CCDS43 MVQFSTSEFRLTPHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVY 10 20 30 90 100 110 120 130 140 pF1KE1 AIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVDTSNQFVLQLRPELQDALISIIDHYKWQ ::::::....:: .:::::.::: :::::::.: .. ::.:.::.:. ::.:.:..:.:. 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