FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1017, 473 aa 1>>>pF1KE1017 473 - 473 aa - 473 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0436+/-0.000386; mu= 0.8346+/- 0.024 mean_var=566.4633+/-140.361, 0's: 0 Z-trim(124.7): 59 B-trim: 5290 in 2/60 Lambda= 0.053888 statistics sampled from 46770 (46871) to 46770 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.827), E-opt: 0.2 (0.55), width: 16 Scan time: 10.260 The best scores are: opt bits E(85289) NP_005444 (OMIM: 611439) zinc finger and BTB domai ( 634) 471 51.4 8.6e-06 NP_001138810 (OMIM: 611439) zinc finger and BTB do ( 634) 471 51.4 8.6e-06 NP_001092740 (OMIM: 611692) zinc finger and BTB do ( 500) 429 48.0 7.3e-05 XP_011517001 (OMIM: 611692) PREDICTED: zinc finger ( 504) 429 48.0 7.3e-05 XP_005252046 (OMIM: 611692) PREDICTED: zinc finger ( 514) 429 48.0 7.4e-05 >>NP_005444 (OMIM: 611439) zinc finger and BTB domain-co (634 aa) initn: 786 init1: 452 opt: 471 Z-score: 225.0 bits: 51.4 E(85289): 8.6e-06 Smith-Waterman score: 632; 33.6% identity (52.9% similar) in 503 aa overlap (4-411:14-513) 10 20 30 40 50 pF1KE1 METPTPLPPVPASPTCNPAPRTIQIEFPQHSSSLLESLNRHRLEGKFCDV : :: .: : :: .... ::. .:.::::::..::.:..::: NP_005 MEPSPLSPSGAALPLPLSLAPP-PLPLPAAAVVHVSFPEVTSALLESLNQQRLQGQLCDV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 SLLVQGRELRAHKAVLAAASPYFHDKLLLGDAPRLTLPSVIEADAFEGLLQLIYSGRLRL :. :::::.:::.:::::.::::::..:: ..::::.. ::: .: :.::: . 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