Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5297
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5297, 300 aa
1>>>pF1KB5297 300 - 300 aa - 300 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2702+/- 0.001; mu= 15.3176+/- 0.060
mean_var=58.4931+/-12.177, 0's: 0 Z-trim(102.9): 83 B-trim: 318 in 1/49
Lambda= 0.167696
statistics sampled from 7052 (7138) to 7052 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.584), E-opt: 0.2 (0.219), width: 16
Scan time: 2.320
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3619.1 HSD17B11 gene_id:51170|Hs108|chr4 ( 300) 1919 472.8 1.4e-133
CCDS3618.1 HSD17B13 gene_id:345275|Hs108|chr4 ( 300) 1287 319.9 1.5e-87
CCDS47097.1 HSD17B13 gene_id:345275|Hs108|chr4 ( 264) 826 208.3 5e-54
CCDS6167.1 SDR16C5 gene_id:195814|Hs108|chr8 ( 309) 792 200.1 1.7e-51
CCDS83296.1 SDR16C5 gene_id:195814|Hs108|chr8 ( 318) 787 198.9 4.1e-51
CCDS146.1 DHRS3 gene_id:9249|Hs108|chr1 ( 302) 597 152.9 2.7e-37
CCDS6213.1 RDH10 gene_id:157506|Hs108|chr8 ( 341) 572 146.9 2e-35
CCDS9743.1 DHRS7 gene_id:51635|Hs108|chr14 ( 339) 331 88.6 7e-18
CCDS82092.1 DHRS7B gene_id:25979|Hs108|chr17 ( 310) 329 88.1 9.1e-18
CCDS11215.1 DHRS7B gene_id:25979|Hs108|chr17 ( 325) 329 88.1 9.5e-18
CCDS81810.1 DHRS7 gene_id:51635|Hs108|chr14 ( 289) 328 87.8 1e-17
CCDS1489.1 HSD11B1 gene_id:3290|Hs108|chr1 ( 292) 321 86.2 3.3e-17
CCDS83295.1 SDR16C5 gene_id:195814|Hs108|chr8 ( 265) 303 81.8 6.2e-16
CCDS3821.1 HPGD gene_id:3248|Hs108|chr4 ( 266) 297 80.3 1.7e-15
CCDS11315.2 DHRS11 gene_id:79154|Hs108|chr17 ( 260) 291 78.9 4.6e-15
CCDS7905.1 HSD17B12 gene_id:51144|Hs108|chr11 ( 312) 270 73.8 1.8e-13
CCDS9605.1 DHRS4 gene_id:10901|Hs108|chr14 ( 278) 267 73.1 2.7e-13
CCDS12145.1 HSD11B1L gene_id:374875|Hs108|chr19 ( 286) 265 72.6 3.9e-13
CCDS74266.1 HSD11B1L gene_id:374875|Hs108|chr19 ( 333) 265 72.6 4.4e-13
CCDS45931.1 HSD11B1L gene_id:374875|Hs108|chr19 ( 315) 260 71.4 9.8e-13
CCDS82126.1 HSD17B1 gene_id:3292|Hs108|chr17 ( 329) 257 70.7 1.7e-12
CCDS10942.1 HSDL1 gene_id:83693|Hs108|chr16 ( 330) 257 70.7 1.7e-12
CCDS2231.1 DHRS9 gene_id:10170|Hs108|chr2 ( 319) 252 69.5 3.8e-12
CCDS74600.1 DHRS9 gene_id:10170|Hs108|chr2 ( 379) 252 69.5 4.4e-12
CCDS11428.1 HSD17B1 gene_id:3292|Hs108|chr17 ( 328) 249 68.8 6.4e-12
CCDS9606.2 DHRS4L2 gene_id:317749|Hs108|chr14 ( 232) 246 68.0 7.8e-12
CCDS58517.1 DHRS7C gene_id:201140|Hs108|chr17 ( 311) 246 68.0 1e-11
CCDS9604.1 DHRS2 gene_id:10202|Hs108|chr14 ( 280) 238 66.1 3.5e-11
CCDS41927.1 DHRS2 gene_id:10202|Hs108|chr14 ( 300) 238 66.1 3.8e-11
CCDS12223.2 RDH8 gene_id:50700|Hs108|chr19 ( 331) 237 65.9 4.8e-11
CCDS3812.1 CBR4 gene_id:84869|Hs108|chr4 ( 237) 233 64.8 7e-11
>>CCDS3619.1 HSD17B11 gene_id:51170|Hs108|chr4 (300 aa)
initn: 1919 init1: 1919 opt: 1919 Z-score: 2511.6 bits: 472.8 E(32554): 1.4e-133
Smith-Waterman score: 1919; 100.0% identity (100.0% similar) in 300 aa overlap (1-300:1-300)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKFLLDILLLLPLLIVCSLESFVKLFIPKRRKSVTGEIVLITGAGHGIGRLTAYEFAKLK
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CCDS36 MKFLLDILLLLPLLIVCSLESFVKLFIPKRRKSVTGEIVLITGAGHGIGRLTAYEFAKLK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 SKLVLWDINKHGLEETAAKCKGLGAKVHTFVVDCSNREDIYSSAKKVKAEIGDVSILVNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 SKLVLWDINKHGLEETAAKCKGLGAKVHTFVVDCSNREDIYSSAKKVKAEIGDVSILVNN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 AGVVYTSDLFATQDPQIEKTFEVNVLAHFWTTKAFLPAMTKNNHGHIVTVASAAGHVSVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 AGVVYTSDLFATQDPQIEKTFEVNVLAHFWTTKAFLPAMTKNNHGHIVTVASAAGHVSVP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 FLLAYCSSKFAAVGFHKTLTDELAALQITGVKTTCLCPNFVNTGFIKNPSTSLGPTLEPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 FLLAYCSSKFAAVGFHKTLTDELAALQITGVKTTCLCPNFVNTGFIKNPSTSLGPTLEPE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 EVVNRLMHGILTEQKMIFIPSSIAFLTTLERILPERFLAVLKRKISVKFDAVIGYKMKAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 EVVNRLMHGILTEQKMIFIPSSIAFLTTLERILPERFLAVLKRKISVKFDAVIGYKMKAQ
250 260 270 280 290 300
>>CCDS3618.1 HSD17B13 gene_id:345275|Hs108|chr4 (300 aa)
initn: 1271 init1: 1271 opt: 1287 Z-score: 1685.3 bits: 319.9 E(32554): 1.5e-87
Smith-Waterman score: 1287; 63.7% identity (85.7% similar) in 300 aa overlap (1-300:1-300)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKFLLDILLLLPLLIVCSLESFVKLFIPKRRKSVTGEIVLITGAGHGIGRLTAYEFAKLK
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CCDS36 MNIILEILLLLITIIYSYLESLVKFFIPQRRKSVAGEIVLITGAGHGIGRQTTYEFAKRQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 SKLVLWDINKHGLEETAAKCKGLGAKVHTFVVDCSNREDIYSSAKKVKAEIGDVSILVNN
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CCDS36 SILVLWDINKRGVEETAAECRKLGVTAHAYVVDCSNREEIYRSLNQVKKEVGDVTIVVNN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 AGVVYTSDLFATQDPQIEKTFEVNVLAHFWTTKAFLPAMTKNNHGHIVTVASAAGHVSVP
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CCDS36 AGTVYPADLLSTKDEEITKTFEVNILGHFWITKALLPSMMERNHGHIVTVASVCGHEGIP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 FLLAYCSSKFAAVGFHKTLTDELAALQITGVKTTCLCPNFVNTGFIKNPSTSLGPTLEPE
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CCDS36 YLIPYCSSKFAAVGFHRGLTSELQALGKTGIKTSCLCPVFVNTGFTKNPSTRLWPVLETD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 EVVNRLMHGILTEQKMIFIPSSIAFLTTLERILPERFLAVLKRKISVKFDAVIGYKMKAQ
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CCDS36 EVVRSLIDGILTNKKMIFVPSYINIFLRLQKFLPERASAILNRMQNIQFEAVVGHKIKMK
250 260 270 280 290 300
>>CCDS47097.1 HSD17B13 gene_id:345275|Hs108|chr4 (264 aa)
initn: 1127 init1: 826 opt: 826 Z-score: 1083.4 bits: 208.3 E(32554): 5e-54
Smith-Waterman score: 1053; 56.7% identity (75.0% similar) in 300 aa overlap (1-300:1-264)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKFLLDILLLLPLLIVCSLESFVKLFIPKRRKSVTGEIVLITGAGHGIGRLTAYEFAKLK
:...:.::::: .: :::.::.:::.:::::.::::::::::::::: :.::::: .
CCDS47 MNIILEILLLLITIIYSYLESLVKFFIPQRRKSVAGEIVLITGAGHGIGRQTTYEFAKRQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 SKLVLWDINKHGLEETAAKCKGLGAKVHTFVVDCSNREDIYSSAKKVKAEIGDVSILVNN
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CCDS47 SILVLWDINK------------------------------------VKKEVGDVTIVVNN
70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 AGVVYTSDLFATQDPQIEKTFEVNVLAHFWTTKAFLPAMTKNNHGHIVTVASAAGHVSVP
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CCDS47 AGTVYPADLLSTKDEEITKTFEVNILGHFWITKALLPSMMERNHGHIVTVASVCGHEGIP
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 FLLAYCSSKFAAVGFHKTLTDELAALQITGVKTTCLCPNFVNTGFIKNPSTSLGPTLEPE
.:. ::::::::::::. ::.:: :: ::.::.:::: :::::: ::::: : :.:: .
CCDS47 YLIPYCSSKFAAVGFHRGLTSELQALGKTGIKTSCLCPVFVNTGFTKNPSTRLWPVLETD
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 EVVNRLMHGILTEQKMIFIPSSIAFLTTLERILPERFLAVLKRKISVKFDAVIGYKMKAQ
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CCDS47 EVVRSLIDGILTNKKMIFVPSYINIFLRLQKFLPERASAILNRMQNIQFEAVVGHKIKMK
210 220 230 240 250 260
>>CCDS6167.1 SDR16C5 gene_id:195814|Hs108|chr8 (309 aa)
initn: 789 init1: 470 opt: 792 Z-score: 1037.9 bits: 200.1 E(32554): 1.7e-51
Smith-Waterman score: 792; 47.7% identity (74.2% similar) in 260 aa overlap (19-274:23-282)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKFLLDILLLLPLLIVCSLESFVKLFIPKRRKSVTGEIVLITGAGHGIGRLTAYEF
::... ..:: ::.:.:::::::::: :.::: : .:
CCDS61 MSFNLQSSKKLFIFLGKSLFSLLEAMIFALLPKPRKNVAGEIVLITGAGSGLGRLLALQF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 AKLKSKLVLWDINKHGLEETAAKCKGLGA-KVHTFVVDCSNREDIYSSAKKVKAEIGDVS
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CCDS61 ARLGSVLVLWDINKEGNEETCKMAREAGATRVHAYTCDCSQKEGVYRVADQVKKEVGDVS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ILVNNAGVVYTSDLFATQDPQIEKTFEVNVLAHFWTTKAFLPAMTKNNHGHIVTVASAAG
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CCDS61 ILINNAGIVTGKKFLDCPDELMEKSFDVNFKAHLWTYKAFLPAMIANDHGHLVCISSSAG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 HVSVPFLLAYCSSKFAAVGFHKTLTDELAALQITGVKTTCLCPNFVNTGFIKNPST---S
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CCDS61 LSGVNGLADYCASKFAAFGFAESVFVETFVQKQKGIKTTIVCPFFIKTGMFEGCTTGCPS
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 LGPTLEPEEVVNRLMHGILTEQKMIFIPSSIAFLTTLERILPERFLAVLKRKISVKFDAV
: : :::. .:......:: :. ....:. . :. :. .::
CCDS61 LLPILEPKYAVEKIVEAILQEKMYLYMPKLLYFMMFLKSFLPLKTGLLIADYLGILHAMD
250 260 270 280 290 300
300
pF1KB5 IGYKMKAQ
CCDS61 GFVDQKKKL
>>CCDS83296.1 SDR16C5 gene_id:195814|Hs108|chr8 (318 aa)
initn: 784 init1: 470 opt: 787 Z-score: 1031.1 bits: 198.9 E(32554): 4.1e-51
Smith-Waterman score: 787; 47.7% identity (74.4% similar) in 258 aa overlap (19-272:23-280)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKFLLDILLLLPLLIVCSLESFVKLFIPKRRKSVTGEIVLITGAGHGIGRLTAYEF
::... ..:: ::.:.:::::::::: :.::: : .:
CCDS83 MSFNLQSSKKLFIFLGKSLFSLLEAMIFALLPKPRKNVAGEIVLITGAGSGLGRLLALQF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 AKLKSKLVLWDINKHGLEETAAKCKGLGA-KVHTFVVDCSNREDIYSSAKKVKAEIGDVS
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CCDS83 ARLGSVLVLWDINKEGNEETCKMAREAGATRVHAYTCDCSQKEGVYRVADQVKKEVGDVS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ILVNNAGVVYTSDLFATQDPQIEKTFEVNVLAHFWTTKAFLPAMTKNNHGHIVTVASAAG
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CCDS83 ILINNAGIVTGKKFLDCPDELMEKSFDVNFKAHLWTYKAFLPAMIANDHGHLVCISSSAG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 HVSVPFLLAYCSSKFAAVGFHKTLTDELAALQITGVKTTCLCPNFVNTGFIKNPST---S
.: : ::.::::: :: ... : . . :.::: .:: :..::.... .: :
CCDS83 LSGVNGLADYCASKFAAFGFAESVFVETFVQKQKGIKTTIVCPFFIKTGMFEGCTTGCPS
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 LGPTLEPEEVVNRLMHGILTEQKMIFIPSSIAFLTTLERILPERFLAVLKRKISVKFDAV
: : :::. .:......:: :. ....:. . :. :.:.
CCDS83 LLPILEPKYAVEKIVEAILQEKMYLYMPKLLYFMMFLKRLHLAQDGSECLTEAMWDRAKD
250 260 270 280 290 300
300
pF1KB5 IGYKMKAQ
CCDS83 PGQAIRNSGLRSHYSLSL
310
>>CCDS146.1 DHRS3 gene_id:9249|Hs108|chr1 (302 aa)
initn: 464 init1: 393 opt: 597 Z-score: 783.0 bits: 152.9 E(32554): 2.7e-37
Smith-Waterman score: 597; 35.9% identity (70.8% similar) in 284 aa overlap (5-283:6-287)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKFLLDILLLLPL-LIVCSLESFVKLFIPKRRKSVTGEIVLITGAGHGIGRLTAYEFAK
: :...:: .: ... : : .: . .... : :::::.:.:::: : :::.
CCDS14 MVWKRLGALVMFPLQMIYLVVKAAVGLVLPAKLRDLSRENVLITGGGRGIGRQLAREFAE
10 20 30 40 50 60
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pF1KB5 LKS-KLVLWDINKHGLEETAAKCKGLGAKVHTFVVDCSNREDIYSSAKKVKAEIGDVSIL
. :.::: ... :.::. . . .:.. : :. : .:::..:..:: :. ..::..::
CCDS14 RGARKIVLWGRTEKCLKETTEEIRQMGTECHYFICDVGNREEVYQTAKAVREKVGDITIL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 VNNAGVVYTSDLFATQDPQIEKTFEVNVLAHFWTTKAFLPAMTKNNHGHIVTVASAAGHV
::::.::. ..:. ..: . :. ..:.:..::::::::: : . ..:::: . :. .
CCDS14 VNNAAVVHGKSLMDSDDDALLKSQHINTLGQFWTTKAFLPRMLELQNGHIVCLNSVLALS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 SVPFLLAYCSSKFAAVGFHKTLTDELAALQITGVKTTCLCPNFVNTGFIKNPST---SLG
..: . ::.:: .: .: ..:: :. :. ::..: . : ..: .... . .:
CCDS14 AIPGAIDYCTSKASAFAFMESLT--LGLLDCPGVSATTVLPFHTSTEMFQGMRVRFPNLF
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 PTLEPEEVVNRLMHGILTEQKMIFIPSSIAFLTTLERILPERFLAVLKRKISVKFDAVIG
: :.:: :. : .... .: ....: .. :. :. :::. : ...
CCDS14 PPLKPETVARRTVEAVQLNQALLLLPWTMHALVILKSILPQAALEEIHKFSGTYTCMNTF
240 250 260 270 280 290
300
pF1KB5 YKMKAQ
CCDS14 KGRT
300
>>CCDS6213.1 RDH10 gene_id:157506|Hs108|chr8 (341 aa)
initn: 744 init1: 464 opt: 572 Z-score: 749.5 bits: 146.9 E(32554): 2e-35
Smith-Waterman score: 693; 43.1% identity (66.0% similar) in 288 aa overlap (24-281:24-309)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKFLLDILLLLPLLIVCSLESFVKLFIPKRRKSVTGEIVLITGAGHGIGRLTAYEFAKLK
. .. ..:::.:.. :::::: :.::: : :::. .
CCDS62 MNIVVEFFVVTFKVLWAFVLAAARWLVRPKEKSVAGQVCLITGAGSGLGRLFALEFARRR
10 20 30 40 50 60
70 80 90
pF1KB5 SKLVLWDINKHGLEETAAKCK----------------GLGA---------KVHTFVVDCS
. ::::::: .. ::::. . : : .: :.. : .
CCDS62 ALLVLWDINTQSNEETAGMVRHIYRDLEAADAAALQAGNGEEEILPHCNLQVFTYTCDVG
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 NREDIYSSAKKVKAEIGDVSILVNNAGVVYTSDLFATQDPQIEKTFEVNVLAHFWTTKAF
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CCDS62 KRENVYLTAERVRKEVGEVSVLVNNAGVVSGHHLLECPDELIERTMMVNCHAHFWTTKAF
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 LPAMTKNNHGHIVTVASAAGHVSVPFLLAYCSSKFAAVGFHKTLTDELAALQITGVKTTC
::.: . ::::::::::. : :. . ::.:::..::::..:. :: : . :.:::
CCDS62 LPTMLEINHGHIVTVASSLGLFSTAGVEDYCASKFGVVGFHESLSHELKAAEKDGIKTTL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 LCPNFVNTGF-----IKNPSTSLGPTLEPEEVVNRLMHGILTEQKMIFIPSSIAFLTTLE
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CCDS62 VCPYLVDTGMFRGCRIRKEIEPFLPPLKPDYCVKQAMKAILTDQPMICTPRLMYIVTFMK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]