FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3078, 238 aa 1>>>pF1KE3078 238 - 238 aa - 238 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9036+/-0.000694; mu= 11.9810+/- 0.042 mean_var=75.7626+/-15.023, 0's: 0 Z-trim(111.0): 23 B-trim: 682 in 1/51 Lambda= 0.147349 statistics sampled from 12047 (12065) to 12047 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.742), E-opt: 0.2 (0.371), width: 16 Scan time: 1.820 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS8969.1 RASSF3 gene_id:283349|Hs108|chr12 ( 238) 1570 342.4 1.6e-94 CCDS1464.1 RASSF5 gene_id:83593|Hs108|chr1 ( 265) 503 115.6 3.3e-26 CCDS30998.1 RASSF5 gene_id:83593|Hs108|chr1 ( 418) 503 115.7 4.9e-26 CCDS2822.1 RASSF1 gene_id:11186|Hs108|chr3 ( 189) 430 100.0 1.2e-21 CCDS2821.1 RASSF1 gene_id:11186|Hs108|chr3 ( 270) 430 100.1 1.6e-21 CCDS43096.1 RASSF1 gene_id:11186|Hs108|chr3 ( 340) 430 100.1 1.9e-21 CCDS2820.1 RASSF1 gene_id:11186|Hs108|chr3 ( 344) 430 100.1 1.9e-21 >>CCDS8969.1 RASSF3 gene_id:283349|Hs108|chr12 (238 aa) initn: 1570 init1: 1570 opt: 1570 Z-score: 1810.6 bits: 342.4 E(32554): 1.6e-94 Smith-Waterman score: 1570; 100.0% identity (100.0% similar) in 238 aa overlap (1-238:1-238) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSSGYSSLEEDAEDFFFTARTSFFRRAPQGKPRSGQQDVEKEKETHSYLSKEEIKEKVHK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS89 MSSGYSSLEEDAEDFFFTARTSFFRRAPQGKPRSGQQDVEKEKETHSYLSKEEIKEKVHK 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 YNLAVTDKLKMTLNSNGIYTGFIKVQMELCKPPQTSPNSGKLSPSSNGCMNTLHISSTNT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS89 YNLAVTDKLKMTLNSNGIYTGFIKVQMELCKPPQTSPNSGKLSPSSNGCMNTLHISSTNT 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 VGEVIEALLKKFLVTESPAKFALYKRCHREDQVYACKLSDREHPLYLRLVAGPRTDTLSF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS89 VGEVIEALLKKFLVTESPAKFALYKRCHREDQVYACKLSDREHPLYLRLVAGPRTDTLSF 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 VLREHEIGEWEAFSLPELQNFLRILDKEEDEQLQNLKRRYTAYRQKLEEALREVWKPD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS89 VLREHEIGEWEAFSLPELQNFLRILDKEEDEQLQNLKRRYTAYRQKLEEALREVWKPD 190 200 210 220 230 >>CCDS1464.1 RASSF5 gene_id:83593|Hs108|chr1 (265 aa) initn: 538 init1: 313 opt: 503 Z-score: 584.0 bits: 115.6 E(32554): 3.3e-26 Smith-Waterman score: 699; 49.0% identity (72.4% similar) in 261 aa overlap (1-237:7-264) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MSSGYSSLEEDAEDFFFTARTSFFRRAPQGKPRSGQQDVEKE-KETHSYLSKEE ::::: ::.:. :: ::::.:.::: : :.: : ..: : .::. . .: CCDS14 MTVDSSMSSGYCSLDEELEDCFFTAKTTFFRNA-QSKHLS--KNVCKPVEETQRPPTLQE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 IKEKVHKYNLAVTDKLKMTLNSNGIYTGFIKVQMELCKP--------PQTSPNSGK---L ::.:. .:: . : : :. .: :::::::...: .: ::. .. : : CCDS14 IKQKIDSYNTREKNCLGMKLSEDGTYTGFIKVHLKLRRPVTVPAGIRPQSIYDAIKEVNL 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 pF1KE3 SPSSN---------GCMNTLHISSTNTVGEVIEALLKKFLVTESPAKFALYKRCHREDQV . ... .. ::::::.::.:::..:::::.:...: ::::.:: :.. :: CCDS14 AATTDKRTSFYLPLDAIKQLHISSTTTVSEVIQGLLKKFMVVDNPQKFALFKRIHKDGQV 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 YACKLSDREHPLYLRLVAGPRTDTLSFVLREHEIGE--WEAFSLPELQNFLRILDKEEDE ::: ..::::::.::: :..:::::.:.: :: :.:::.::::::: ::.:::.. 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CCDS43 EQPLRLRLLAGPSDKALSFVLKENDSGEVNWDAFSMPELHNFLRILQREEEEHLRQILQK 270 280 290 300 310 320 220 230 pF1KE3 YTAYRQKLEEALREVWKPD :. :::..::: CCDS43 YSYCRQKIQEALHACPLG 330 340 >>CCDS2820.1 RASSF1 gene_id:11186|Hs108|chr3 (344 aa) initn: 570 init1: 269 opt: 430 Z-score: 498.4 bits: 100.1 E(32554): 1.9e-21 Smith-Waterman score: 539; 45.0% identity (70.7% similar) in 222 aa overlap (33-231:119-338) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 SGYSSLEEDAEDFFFTARTSFFRRAPQGKPRSGQQDVEKEKETHSYLSKEEIKEKVHKYN :. . : : :: . ::. ::..:...:: CCDS28 CKFTCHYRCRALVCLDCCGPRDLGWEPAVERDTNVDEPVEWETPD-LSQAEIEQKIKEYN 90 100 110 120 130 140 70 80 90 100 pF1KE3 LAVTDKLKMTLNSNGIYTGFIKVQMELCKPPQTSPNSGK---LSPSSNG----------- ....: :.::..: ::::::::..: .: . :.: : :. . : CCDS28 AQINSNLFMSLNKDGSYTGFIKVQLKLVRPV-SVPSSKKPPSLQDARRGPGRGTSVRRRT 150 160 170 180 190 200 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 -------CMNTLHISSTNTVGEVIEALLKKFLVTESPAKFALYKRCHREDQVYACKLSDR .. ::. : . . :::::::.::::...: ::::..: .:. ::: :: : CCDS28 SFYLPKDAVKHLHVLSRTRAREVIEALLRKFLVVDDPRKFALFERAERHGQVYLRKLLDD 210 220 230 240 250 260 170 180 190 200 210 pF1KE3 EHPLYLRLVAGPRTDTLSFVLREHEIGE--WEAFSLPELQNFLRILDKEEDEQLQNLKRR :.:: :::.::: .:::::.:.. :: :.:::.:::.::::::..::.:.:... .. CCDS28 EQPLRLRLLAGPSDKALSFVLKENDSGEVNWDAFSMPELHNFLRILQREEEEHLRQILQK 270 280 290 300 310 320 220 230 pF1KE3 YTAYRQKLEEALREVWKPD :. :::..::: CCDS28 YSYCRQKIQEALHACPLG 330 340 238 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 15:13:34 2016 done: Mon Nov 7 15:13:34 2016 Total Scan time: 1.820 Total Display time: -0.010 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]