Result of FASTA (ccds) for pFN21AE1029
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE1029, 1273 aa
  1>>>pF1KE1029 1273 - 1273 aa - 1273 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.2733+/-0.0014; mu= -17.2150+/- 0.085
 mean_var=512.3583+/-102.997, 0's: 0 Z-trim(112.8): 13  B-trim: 43 in 1/51
 Lambda= 0.056661
 statistics sampled from 13542 (13547) to 13542 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.709), E-opt: 0.2 (0.416), width:  16
 Scan time:  4.820

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10279.1 SIN3A gene_id:25942|Hs108|chr15        (1273) 8502 710.8 5.7e-204
CCDS74308.1 SIN3B gene_id:23309|Hs108|chr19        (1130) 1885 169.8 3.5e-41
CCDS77254.1 SIN3B gene_id:23309|Hs108|chr19        ( 720) 1377 128.2 7.6e-29
CCDS32946.1 SIN3B gene_id:23309|Hs108|chr19        (1162) 1377 128.3 1.1e-28


>>CCDS10279.1 SIN3A gene_id:25942|Hs108|chr15             (1273 aa)
 initn: 8502 init1: 8502 opt: 8502  Z-score: 3775.4  bits: 710.8 E(32554): 5.7e-204
Smith-Waterman score: 8502; 99.9% identity (100.0% similar) in 1273 aa overlap (1-1273:1-1273)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE1 MKRRLDDQESPVYAAQQRRIPGSTEAFPHQHRVLAPAPPVYEAVSETMQSATGIQYSVTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MKRRLDDQESPVYAAQQRRIPGSTEAFPHQHRVLAPAPPVYEAVSETMQSATGIQYSVTP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE1 SYQVSAMPQSSGSHGPAIAAVHSSHHHPTAVQPHGGQVVQSHAHPAPPAAPVQGQQQFQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::
CCDS10 SYQVSAMPQSSGSHGPAIAAVHSSHHHPTAVQPHGGQVVQSHAHPAPPVAPVQGQQQFQR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE1 LKVEDALSYLDQVKLQFGSQPQVYNDFLDIMKEFKSQSIDTPGVISRVSQLFKGHPDLIM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LKVEDALSYLDQVKLQFGSQPQVYNDFLDIMKEFKSQSIDTPGVISRVSQLFKGHPDLIM
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE1 GFNTFLPPGYKIEVQTNDMVNVTTPGQVHQIPTHGIQPQPQPPPQHPSQPSAQSAPAPAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GFNTFLPPGYKIEVQTNDMVNVTTPGQVHQIPTHGIQPQPQPPPQHPSQPSAQSAPAPAQ
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE1 PAPQPPPAKVSKPSQLQAHTPASQQTPPLPPYASPRSPPVQPHTPVTISLGTAPSLQNNQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PAPQPPPAKVSKPSQLQAHTPASQQTPPLPPYASPRSPPVQPHTPVTISLGTAPSLQNNQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE1 PVEFNHAINYVNKIKNRFQGQPDIYKAFLEILHTYQKEQRNAKEAGGNYTPALTEQEVYA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PVEFNHAINYVNKIKNRFQGQPDIYKAFLEILHTYQKEQRNAKEAGGNYTPALTEQEVYA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE1 QVARLFKNQEDLLSEFGQFLPDANSSVLLSKTTAEKVDSVRNDHGGTVKKPQLNNKPQRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QVARLFKNQEDLLSEFGQFLPDANSSVLLSKTTAEKVDSVRNDHGGTVKKPQLNNKPQRP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE1 SQNGCQIRRHPTGTTPPVKKKPKLLNLKDSSMADASKHGGGTESLFFDKVRKALRSAEAY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SQNGCQIRRHPTGTTPPVKKKPKLLNLKDSSMADASKHGGGTESLFFDKVRKALRSAEAY
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE1 ENFLRCLVIFNQEVISRAELVQLVSPFLGKFPELFNWFKNFLGYKESVHLETYPKERATE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ENFLRCLVIFNQEVISRAELVQLVSPFLGKFPELFNWFKNFLGYKESVHLETYPKERATE
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE1 GIAMEIDYASCKRLGSSYRALPKSYQQPKCTGRTPLCKEVLNDTWVSFPSWSEDSTFVSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GIAMEIDYASCKRLGSSYRALPKSYQQPKCTGRTPLCKEVLNDTWVSFPSWSEDSTFVSS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE1 KKTQYEEHIYRCEDERFELDVVLETNLATIRVLEAIQKKLSRLSAEEQAKFRLDNTLGGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KKTQYEEHIYRCEDERFELDVVLETNLATIRVLEAIQKKLSRLSAEEQAKFRLDNTLGGT
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE1 SEVIHRKALQRIYADKAADIIDGLRKNPSIAVPIVLKRLKMKEEEWREAQRGFNKVWREQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SEVIHRKALQRIYADKAADIIDGLRKNPSIAVPIVLKRLKMKEEEWREAQRGFNKVWREQ
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE1 NEKYYLKSLDHQGINFKQNDTKVLRSKSLLNEIESIYDERQEQATEENAGVPVGPHLSLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NEKYYLKSLDHQGINFKQNDTKVLRSKSLLNEIESIYDERQEQATEENAGVPVGPHLSLA
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE1 YEDKQILEDAAALIIHHVKRQTGIQKEDKYKIKQIMHHFIPDLLFAQRGDLSDVEEEEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YEDKQILEDAAALIIHHVKRQTGIQKEDKYKIKQIMHHFIPDLLFAQRGDLSDVEEEEEE
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KE1 EMDVDEATGAVKKHNGVGGSPPKSKLLFSNTAAQKLRGMDEVYNLFYVNNNWYIFMRLHQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EMDVDEATGAVKKHNGVGGSPPKSKLLFSNTAAQKLRGMDEVYNLFYVNNNWYIFMRLHQ
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KE1 ILCLRLLRICSQAERQIEEENREREWEREVLGIKRDKSDSPAIQLRLKEPMDVDVEDYYP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ILCLRLLRICSQAERQIEEENREREWEREVLGIKRDKSDSPAIQLRLKEPMDVDVEDYYP
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KE1 AFLDMVRSLLDGNIDSSQYEDSLREMFTIHAYIAFTMDKLIQSIVRQLQHIVSDEICVQV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AFLDMVRSLLDGNIDSSQYEDSLREMFTIHAYIAFTMDKLIQSIVRQLQHIVSDEICVQV
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KE1 TDLYLAENNNGATGGQLNTQNSRSLLESTYQRKAEQLMSDENCFKLMFIQSQGQVQLTIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TDLYLAENNNGATGGQLNTQNSRSLLESTYQRKAEQLMSDENCFKLMFIQSQGQVQLTIE
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KE1 LLDTEEENSDDPVEAERWSDYVERYMNSDTTSPELREHLAQKPVFLPRNLRRIRKCQRGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LLDTEEENSDDPVEAERWSDYVERYMNSDTTSPELREHLAQKPVFLPRNLRRIRKCQRGR
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KE1 EQQEKEGKEGNSKKTMENVDSLDKLECRFKLNSYKMVYVIKSEDYMYRRTALLRAHQSHE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EQQEKEGKEGNSKKTMENVDSLDKLECRFKLNSYKMVYVIKSEDYMYRRTALLRAHQSHE
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KE1 RVSKRLHQRFQAWVDKWTKEHVPREMAAETSKWLMGEGLEGLVPCTTTCDTETLHFVSIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RVSKRLHQRFQAWVDKWTKEHVPREMAAETSKWLMGEGLEGLVPCTTTCDTETLHFVSIN
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270   
pF1KE1 KYRVKYGTVFKAP
       :::::::::::::
CCDS10 KYRVKYGTVFKAP
             1270   

>>CCDS74308.1 SIN3B gene_id:23309|Hs108|chr19             (1130 aa)
 initn: 3914 init1: 1503 opt: 1885  Z-score: 852.9  bits: 169.8 E(32554): 3.5e-41
Smith-Waterman score: 3872; 52.5% identity (75.9% similar) in 1174 aa overlap (114-1273:33-1130)

            90       100       110       120       130       140   
pF1KE1 SHHHPTAVQPHGGQVVQSHAHPAPPAAPVQGQQQFQRLKVEDALSYLDQVKLQFGSQPQV
                                     :....  ..:::::.::::::..:::.: .
CCDS74 HAGGGSGGSGAGGPAGRGLSGARWGRSGSAGHEKLP-VHVEDALTYLDQVKIRFGSDPAT
             10        20        30         40        50        60 

           150       160       170       180       190       200   
pF1KE1 YNDFLDIMKEFKSQSIDTPGVISRVSQLFKGHPDLIMGFNTFLPPGYKIEVQTNDMVNVT
       :: ::.:::::::::::::::: ::::::. :::::.:::.::: ::.:..  :  .:. 
CCDS74 YNGFLEIMKEFKSQSIDTPGVIRRVSQLFHEHPDLIVGFNAFLPLGYRIDIPKNGKLNIQ
              70        80        90       100       110       120 

           210       220       230       240       250       260   
pF1KE1 TPGQVHQIPTHGIQPQPQPPPQHPSQPSAQSAPAPAQPAPQPPPAKVSKPSQLQAHTPAS
       .:                      :: ....    :.   :  : : .::          
CCDS74 SP--------------------LTSQENSHNHGDGAEDFKQQVPYKEDKP----------
                                 130       140       150           

           270       280       290       300       310       320   
pF1KE1 QQTPPLPPYASPRSPPVQPHTPVTISLGTAPSLQNNQPVEFNHAINYVNKIKNRFQGQPD
        :.:                            :.... ::::.::.::::::.::  .:.
CCDS74 -QVP----------------------------LESDS-VEFNNAISYVNKIKTRFLDHPE
                                           160       170       180 

           330       340       350       360       370       380   
pF1KE1 IYKAFLEILHTYQKEQRNAKEAGGNYTPALTEQEVYAQVARLFKNQEDLLSEFGQFLPDA
       ::..:::::::::::: :..   :    ...:.::...:: ::..:::::::::::::.:
CCDS74 IYRSFLEILHTYQKEQLNTR---GRPFRGMSEEEVFTEVANLFRGQEDLLSEFGQFLPEA
             190       200          210       220       230        

           390       400       410       420       430       440   
pF1KE1 NSSVLLSKTTAEKVDSVRNDHGGTVKKPQLNNKPQRPSQNGCQIRRHPTGTTPPVKKKPK
       . :.. ..   :  .  .:.:    : :. . : .:::     .:  :.  . :.::: :
CCDS74 KRSLFTGNGPCEMHSVQKNEHD---KTPEHSRKRSRPS----LLR--PV--SAPAKKKMK
      240       250       260          270               280       

           450       460       470       480       490       500   
pF1KE1 LLNLKDSSMADASKHGGGTESLFFDKVRKALRSAEAYENFLRCLVIFNQEVISRAELVQL
       : . :: :.: ..:.:   :  ::::::..:.: :.:::::::...::::..: .::.::
CCDS74 LRGTKDLSIAAVGKYGTLQEFSFFDKVRRVLKSQEVYENFLRCIALFNQELVSGSELLQL
       290       300       310       320       330       340       

           510       520       530       540       550       560   
pF1KE1 VSPFLGKFPELFNWFKNFLGYKESVHLETYPKERATEGIAMEIDYASCKRLGSSYRALPK
       ::::::::::::  ::.::: :: . .    ..:. .::. :::::::::.:::::::::
CCDS74 VSPFLGKFPELFAQFKSFLGVKE-LSFAPPMSDRSGDGISREIDYASCKRIGSSYRALPK
       350       360       370        380       390       400      

           570       580       590       600       610       620   
pF1KE1 SYQQPKCTGRTPLCKEVLNDTWVSFPSWSEDSTFVSSKKTQYEEHIYRCEDERFELDVVL
       .::::::.::: .::::::::::::::::::::::::::: :::...:::::::::::::
CCDS74 TYQQPKCSGRTAICKEVLNDTWVSFPSWSEDSTFVSSKKTPYEEQLHRCEDERFELDVVL
        410       420       430       440       450       460      

           630       640       650       660       670       680   
pF1KE1 ETNLATIRVLEAIQKKLSRLSAEEQAKFRLDNTLGGTSEVIHRKALQRIYADKAADIIDG
       :::::::::::..::::::.. :.: :::::..::::::::.:.:. :::.::: .::..
CCDS74 ETNLATIRVLESVQKKLSRMAPEDQEKFRLDDSLGGTSEVIQRRAIYRIYGDKAPEIIES
        470       480       490       500       510       520      

           690       700       710       720       730       740   
pF1KE1 LRKNPSIAVPIVLKRLKMKEEEWREAQRGFNKVWREQNEKYYLKSLDHQGINFKQNDTKV
       :.:::  :::.:::::: :::::::::.::::.:::: :: ::::::::..::::::::.
CCDS74 LKKNPVTAVPVVLKRLKAKEEEWREAQQGFNKIWREQYEKAYLKSLDHQAVNFKQNDTKA
        530       540       550       560       570       580      

           750       760       770       780       790       800   
pF1KE1 LRSKSLLNEIESIYDERQEQATEENAGVPVGPHLSLAYEDKQILEDAAALIIHHVKRQTG
       ::::::::::::.:::.::: .:  ..    ::: ..:::.:::::::::: ..:::: .
CCDS74 LRSKSLLNEIESVYDEHQEQHSEGRSAPSSEPHLIFVYEDRQILEDAAALISYYVKRQPA
        590       600       610       620       630       640      

           810       820       830       840         850           
pF1KE1 IQKEDKYKIKQIMHHFIPDLLFAQRGDLSDVEEEEEEEMDVDEA--TGAVKKHNGVGG--
       :::::.  :.:..:.:.:.:.:.:. ::.  ::  .:. :  ..  :   .... . :  
CCDS74 IQKEDQGTIHQLLHQFVPSLFFSQQLDLGASEESADEDRDSPQGQTTDPSERKKPAPGPH
        650       660       670       680       690       700      

      860       870                880       890       900         
pF1KE1 -SPPKSKLLFSNTAAQKL---------RGMDEVYNLFYVNNNWYIFMRLHQILCLRLLRI
        :::. :  :... : .          . .:.::.::..:::::.:.:::: :: :::.:
CCDS74 SSPPEEKGAFGDAPATEQPPLPPPAPHKPLDDVYSLFFANNNWYFFLRLHQTLCSRLLKI
        710       720       730       740       750       760      

     910       920       930       940       950       960         
pF1KE1 CSQAERQIEEENREREWEREVLGIKRDKSDSPAIQLRLKEPMDVDVEDYYPAFLDMVRSL
         ::..:. :   :.: :. .   .:.:...::..::::.: .:..:.::::::::::::
CCDS74 YRQAQKQLLEYRTEKEREKLLCEGRREKGSDPAMELRLKQPSEVELEEYYPAFLDMVRSL
        770       780       790       800       810       820      

     970       980       990      1000      1010      1020         
pF1KE1 LDGNIDSSQYEDSLREMFTIHAYIAFTMDKLIQSIVRQLQHIVSDEICVQVTDLYLAENN
       :.:.:: .::::.::::::::::..::::::.:.:.:::.:.:::..:..:..::: :..
CCDS74 LEGSIDPTQYEDTLREMFTIHAYVGFTMDKLVQNIARQLHHLVSDDVCLKVVELYLNEKK
        830       840       850       860       870       880      

    1030      1040      1050      1060      1070      1080         
pF1KE1 NGATGGQLNTQNSRSLLESTYQRKAEQLMSDENCFKLMFIQSQGQVQLTIELLDTEEENS
        ::.::.:...  :.  :..:: :::. :.::::::.::.: .::: .::::::::: ..
CCDS74 RGAAGGNLSSRCVRAARETSYQWKAERCMADENCFKVMFLQRKGQVIMTIELLDTEEAQT
        890       900       910       920       930       940      

    1090      1100      1110      1120      1130      1140         
pF1KE1 DDPVEAERWSDYVERYMNSDTTSPELREHLAQKPVFLPRNLRRIRKCQRGREQQEKEGKE
       .::::... . :::.:.... .:    : .  ::::: :::...:.  .... .  .:. 
CCDS74 EDPVEVQHLARYVEQYVGTEGASSSPTEGFLLKPVFLQRNLKKFRRRWQSEQARALRGEA
        950       960       970       980       990      1000      

    1150      1160      1170      1180      1190      1200         
pF1KE1 GNSKKTMENVDSLDKLECRFKLNSYKMVYVIKSEDYMYRRTALLRAHQSHERVSKRLHQR
        .: : . .:.:   ..:::::...:::....:::::::: .: ::.: .  :  : ::.
CCDS74 RSSWKRLVGVESACDVDCRFKLSTHKMVFIVNSEDYMYRRGTLCRAKQVQPLVLLRHHQH
       1010      1020      1030      1040      1050      1060      

    1210      1220      1230      1240      1250      1260         
pF1KE1 FQAWVDKWTKEHVPREMAAETSKWLMGEGLEGLVPCTTTCDTETLHFVSINKYRVKYGTV
       :. : ..: ...:  : :. .. :::::  : .::: : :.:  .: . ...:::.:.  
CCDS74 FEEWHSRWLEDNVTVEAASLVQDWLMGEEDEDMVPCKTLCETVHVHGLPVTRYRVQYSRR
       1070      1080      1090      1100      1110      1120      

    1270   
pF1KE1 FKAP
         .:
CCDS74 PASP
       1130

>>CCDS77254.1 SIN3B gene_id:23309|Hs108|chr19             (720 aa)
 initn: 2604 init1: 1360 opt: 1377  Z-score: 631.3  bits: 128.2 E(32554): 7.6e-29
Smith-Waterman score: 2622; 55.1% identity (80.6% similar) in 715 aa overlap (573-1273:6-720)

            550       560       570       580       590       600  
pF1KE1 AMEIDYASCKRLGSSYRALPKSYQQPKCTGRTPLCKEVLNDTWVSFPSWSEDSTFVSSKK
                                     :  :  .:::::::::::::::::::::::
CCDS77                          MQRHSRHFLLVQVLNDTWVSFPSWSEDSTFVSSKK
                                        10        20        30     

            610       620       630       640       650       660  
pF1KE1 TQYEEHIYRCEDERFELDVVLETNLATIRVLEAIQKKLSRLSAEEQAKFRLDNTLGGTSE
       : :::...::::::::::::::::::::::::..::::::.. :.: :::::..::::::
CCDS77 TPYEEQLHRCEDERFELDVVLETNLATIRVLESVQKKLSRMAPEDQEKFRLDDSLGGTSE
          40        50        60        70        80        90     

            670       680       690       700       710       720  
pF1KE1 VIHRKALQRIYADKAADIIDGLRKNPSIAVPIVLKRLKMKEEEWREAQRGFNKVWREQNE
       ::.:.:. :::.::: .::..:.:::  :::.:::::: :::::::::.::::.:::: :
CCDS77 VIQRRAIYRIYGDKAPEIIESLKKNPVTAVPVVLKRLKAKEEEWREAQQGFNKIWREQYE
         100       110       120       130       140       150     

            730       740       750       760       770       780  
pF1KE1 KYYLKSLDHQGINFKQNDTKVLRSKSLLNEIESIYDERQEQATEENAGVPVGPHLSLAYE
       : ::::::::..::::::::.::::::::::::.:::.::: .:  ..    ::: ..::
CCDS77 KAYLKSLDHQAVNFKQNDTKALRSKSLLNEIESVYDEHQEQHSEGRSAPSSEPHLIFVYE
         160       170       180       190       200       210     

            790       800       810       820       830       840  
pF1KE1 DKQILEDAAALIIHHVKRQTGIQKEDKYKIKQIMHHFIPDLLFAQRGDLSDVEEEEEEEM
       :.:::::::::: ..:::: .:::::.  :.:..:.:.:.:.:.:. ::.  ::  .:. 
CCDS77 DRQILEDAAALISYYVKRQPAIQKEDQGTIHQLLHQFVPSLFFSQQLDLGASEESADEDR
         220       230       240       250       260       270     

              850          860       870                880        
pF1KE1 DVDEA--TGAVKKHNGVGG---SPPKSKLLFSNTAAQKL---------RGMDEVYNLFYV
       :  ..  :   .... . :   :::. :  :... : .          . .:.::.::..
CCDS77 DSPQGQTTDPSERKKPAPGPHSSPPEEKGAFGDAPATEQPPLPPPAPHKPLDDVYSLFFA
         280       290       300       310       320       330     

      890       900       910       920       930       940        
pF1KE1 NNNWYIFMRLHQILCLRLLRICSQAERQIEEENREREWEREVLGIKRDKSDSPAIQLRLK
       :::::.:.:::: :: :::.:  ::..:. :   :.: :. .   .:.:...::..::::
CCDS77 NNNWYFFLRLHQTLCSRLLKIYRQAQKQLLEYRTEKEREKLLCEGRREKGSDPAMELRLK
         340       350       360       370       380       390     

      950       960       970       980       990      1000        
pF1KE1 EPMDVDVEDYYPAFLDMVRSLLDGNIDSSQYEDSLREMFTIHAYIAFTMDKLIQSIVRQL
       .: .:..:.:::::::::::::.:.:: .::::.::::::::::..::::::.:.:.:::
CCDS77 QPSEVELEEYYPAFLDMVRSLLEGSIDPTQYEDTLREMFTIHAYVGFTMDKLVQNIARQL
         400       410       420       430       440       450     

     1010      1020      1030      1040      1050      1060        
pF1KE1 QHIVSDEICVQVTDLYLAENNNGATGGQLNTQNSRSLLESTYQRKAEQLMSDENCFKLMF
       .:.:::..:..:..::: :.. ::.::.:...  :.  :..:: :::. :.::::::.::
CCDS77 HHLVSDDVCLKVVELYLNEKKRGAAGGNLSSRCVRAARETSYQWKAERCMADENCFKVMF
         460       470       480       490       500       510     

     1070      1080      1090      1100      1110      1120        
pF1KE1 IQSQGQVQLTIELLDTEEENSDDPVEAERWSDYVERYMNSDTTSPELREHLAQKPVFLPR
       .: .::: .::::::::: ...::::... . :::.:.... .:    : .  ::::: :
CCDS77 LQRKGQVIMTIELLDTEEAQTEDPVEVQHLARYVEQYVGTEGASSSPTEGFLLKPVFLQR
         520       530       540       550       560       570     

     1130      1140      1150      1160      1170      1180        
pF1KE1 NLRRIRKCQRGREQQEKEGKEGNSKKTMENVDSLDKLECRFKLNSYKMVYVIKSEDYMYR
       ::...:.  .... .  .:.  .: : . .:.:   ..:::::...:::....:::::::
CCDS77 NLKKFRRRWQSEQARALRGEARSSWKRLVGVESACDVDCRFKLSTHKMVFIVNSEDYMYR
         580       590       600       610       620       630     

     1190      1200      1210      1220      1230      1240        
pF1KE1 RTALLRAHQSHERVSKRLHQRFQAWVDKWTKEHVPREMAAETSKWLMGEGLEGLVPCTTT
       : .: ::.: .  :  : ::.:. : ..: ...:  : :. .. :::::  : .::: : 
CCDS77 RGTLCRAKQVQPLVLLRHHQHFEEWHSRWLEDNVTVEAASLVQDWLMGEEDEDMVPCKTL
         640       650       660       670       680       690     

     1250      1260      1270   
pF1KE1 CDTETLHFVSINKYRVKYGTVFKAP
       :.:  .: . ...:::.:.    .:
CCDS77 CETVHVHGLPVTRYRVQYSRRPASP
         700       710       720

>>CCDS32946.1 SIN3B gene_id:23309|Hs108|chr19             (1162 aa)
 initn: 3891 init1: 1360 opt: 1377  Z-score: 628.3  bits: 128.3 E(32554): 1.1e-28
Smith-Waterman score: 3798; 51.1% identity (73.9% similar) in 1206 aa overlap (114-1273:33-1162)

            90       100       110       120       130       140   
pF1KE1 SHHHPTAVQPHGGQVVQSHAHPAPPAAPVQGQQQFQRLKVEDALSYLDQVKLQFGSQPQV
                                     :....  ..:::::.::::::..:::.: .
CCDS32 HAGGGSGGSGAGGPAGRGLSGARWGRSGSAGHEKLP-VHVEDALTYLDQVKIRFGSDPAT
             10        20        30         40        50        60 

           150       160       170       180       190       200   
pF1KE1 YNDFLDIMKEFKSQSIDTPGVISRVSQLFKGHPDLIMGFNTFLPPGYKIEVQTNDMVNVT
       :: ::.:::::::::::::::: ::::::. :::::.:::.::: ::.:..  :  .:. 
CCDS32 YNGFLEIMKEFKSQSIDTPGVIRRVSQLFHEHPDLIVGFNAFLPLGYRIDIPKNGKLNIQ
              70        80        90       100       110       120 

           210       220       230       240       250       260   
pF1KE1 TPGQVHQIPTHGIQPQPQPPPQHPSQPSAQSAPAPAQPAPQPPPAKVSKPSQLQAHTPAS
       .:                      :: ....    :.   :  : : .::          
CCDS32 SP--------------------LTSQENSHNHGDGAEDFKQQVPYKEDKP----------
                                 130       140       150           

           270       280       290       300       310       320   
pF1KE1 QQTPPLPPYASPRSPPVQPHTPVTISLGTAPSLQNNQPVEFNHAINYVNKIKNRFQGQPD
        :.:                            :.... ::::.::.::::::.::  .:.
CCDS32 -QVP----------------------------LESDS-VEFNNAISYVNKIKTRFLDHPE
                                           160       170       180 

           330       340       350       360       370       380   
pF1KE1 IYKAFLEILHTYQKEQRNAKEAGGNYTPALTEQEVYAQVARLFKNQEDLLSEFGQFLPDA
       ::..:::::::::::: :..   :    ...:.::...:: ::..:::::::::::::.:
CCDS32 IYRSFLEILHTYQKEQLNTR---GRPFRGMSEEEVFTEVANLFRGQEDLLSEFGQFLPEA
             190       200          210       220       230        

           390       400       410       420       430       440   
pF1KE1 NSSVLLSKTTAEKVDSVRNDHGGTVKKPQLNNKPQRPSQNGCQIRRHPTGTTPPVKKKPK
       . :.. ..   :  .  .:.:    : :. . : .:::     .:  :.  . :.::: :
CCDS32 KRSLFTGNGPCEMHSVQKNEHD---KTPEHSRKRSRPS----LLR--PV--SAPAKKKMK
      240       250       260          270               280       

           450       460       470       480       490       500   
pF1KE1 LLNLKDSSMADASKHGGGTESLFFDKVRKALRSAEAYENFLRCLVIFNQEVISRAELVQL
       : . :: :.: ..:.:   :  ::::::..:.: :.:::::::...::::..: .::.::
CCDS32 LRGTKDLSIAAVGKYGTLQEFSFFDKVRRVLKSQEVYENFLRCIALFNQELVSGSELLQL
       290       300       310       320       330       340       

           510       520       530       540       550       560   
pF1KE1 VSPFLGKFPELFNWFKNFLGYKESVHLETYPKERATEGIAMEIDYASCKRLGSSYRALPK
       ::::::::::::  ::.::: :: . .    ..:. .::. :::::::::.:::::::::
CCDS32 VSPFLGKFPELFAQFKSFLGVKE-LSFAPPMSDRSGDGISREIDYASCKRIGSSYRALPK
       350       360       370        380       390       400      

           570                                       580       590 
pF1KE1 SYQQPKCTGRTPLCKE--------------------------------VLNDTWVSFPSW
       .::::::.::: .:::                                ::::::::::::
CCDS32 TYQQPKCSGRTAICKELDHWTLLQGSWTDDYCMSKFKNTCWIPGYSAGVLNDTWVSFPSW
        410       420       430       440       450       460      

             600       610       620       630       640       650 
pF1KE1 SEDSTFVSSKKTQYEEHIYRCEDERFELDVVLETNLATIRVLEAIQKKLSRLSAEEQAKF
       :::::::::::: :::...::::::::::::::::::::::::..::::::.. :.: ::
CCDS32 SEDSTFVSSKKTPYEEQLHRCEDERFELDVVLETNLATIRVLESVQKKLSRMAPEDQEKF
        470       480       490       500       510       520      

             660       670       680       690       700       710 
pF1KE1 RLDNTLGGTSEVIHRKALQRIYADKAADIIDGLRKNPSIAVPIVLKRLKMKEEEWREAQR
       :::..::::::::.:.:. :::.::: .::..:.:::  :::.:::::: :::::::::.
CCDS32 RLDDSLGGTSEVIQRRAIYRIYGDKAPEIIESLKKNPVTAVPVVLKRLKAKEEEWREAQQ
        530       540       550       560       570       580      

             720       730       740       750       760       770 
pF1KE1 GFNKVWREQNEKYYLKSLDHQGINFKQNDTKVLRSKSLLNEIESIYDERQEQATEENAGV
       ::::.:::: :: ::::::::..::::::::.::::::::::::.:::.::: .:  .. 
CCDS32 GFNKIWREQYEKAYLKSLDHQAVNFKQNDTKALRSKSLLNEIESVYDEHQEQHSEGRSAP
        590       600       610       620       630       640      

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pF1KE1 PVGPHLSLAYEDKQILEDAAALIIHHVKRQTGIQKEDKYKIKQIMHHFIPDLLFAQRGDL
          ::: ..:::.:::::::::: ..:::: .:::::.  :.:..:.:.:.:.:.:. ::
CCDS32 SSEPHLIFVYEDRQILEDAAALISYYVKRQPAIQKEDQGTIHQLLHQFVPSLFFSQQLDL
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pF1KE1 SDVEEEEEEEMDVDEA--TGAVKKHNGVGG---SPPKSKLLFSNTAAQKL---------R
       .  ::  .:. :  ..  :   .... . :   :::. :  :... : .          .
CCDS32 GASEESADEDRDSPQGQTTDPSERKKPAPGPHSSPPEEKGAFGDAPATEQPPLPPPAPHK
        710       720       730       740       750       760      

       880       890       900       910       920       930       
pF1KE1 GMDEVYNLFYVNNNWYIFMRLHQILCLRLLRICSQAERQIEEENREREWEREVLGIKRDK
        .:.::.::..:::::.:.:::: :: :::.:  ::..:. :   :.: :. .   .:.:
CCDS32 PLDDVYSLFFANNNWYFFLRLHQTLCSRLLKIYRQAQKQLLEYRTEKEREKLLCEGRREK
        770       780       790       800       810       820      

       940       950       960       970       980       990       
pF1KE1 SDSPAIQLRLKEPMDVDVEDYYPAFLDMVRSLLDGNIDSSQYEDSLREMFTIHAYIAFTM
       ...::..::::.: .:..:.:::::::::::::.:.:: .::::.::::::::::..:::
CCDS32 GSDPAMELRLKQPSEVELEEYYPAFLDMVRSLLEGSIDPTQYEDTLREMFTIHAYVGFTM
        830       840       850       860       870       880      

      1000      1010      1020      1030      1040      1050       
pF1KE1 DKLIQSIVRQLQHIVSDEICVQVTDLYLAENNNGATGGQLNTQNSRSLLESTYQRKAEQL
       :::.:.:.:::.:.:::..:..:..::: :.. ::.::.:...  :.  :..:: :::. 
CCDS32 DKLVQNIARQLHHLVSDDVCLKVVELYLNEKKRGAAGGNLSSRCVRAARETSYQWKAERC
        890       900       910       920       930       940      

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pF1KE1 MSDENCFKLMFIQSQGQVQLTIELLDTEEENSDDPVEAERWSDYVERYMNSDTTSPELRE
       :.::::::.::.: .::: .::::::::: ...::::... . :::.:.... .:    :
CCDS32 MADENCFKVMFLQRKGQVIMTIELLDTEEAQTEDPVEVQHLARYVEQYVGTEGASSSPTE
        950       960       970       980       990      1000      

      1120      1130      1140      1150      1160      1170       
pF1KE1 HLAQKPVFLPRNLRRIRKCQRGREQQEKEGKEGNSKKTMENVDSLDKLECRFKLNSYKMV
        .  ::::: :::...:.  .... .  .:.  .: : . .:.:   ..:::::...:::
CCDS32 GFLLKPVFLQRNLKKFRRRWQSEQARALRGEARSSWKRLVGVESACDVDCRFKLSTHKMV
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pF1KE1 YVIKSEDYMYRRTALLRAHQSHERVSKRLHQRFQAWVDKWTKEHVPREMAAETSKWLMGE
       ....:::::::: .: ::.: .  :  : ::.:. : ..: ...:  : :. .. :::::
CCDS32 FIVNSEDYMYRRGTLCRAKQVQPLVLLRHHQHFEEWHSRWLEDNVTVEAASLVQDWLMGE
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pF1KE1 GLEGLVPCTTTCDTETLHFVSINKYRVKYGTVFKAP
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CCDS32 EDEDMVPCKTLCETVHVHGLPVTRYRVQYSRRPASP
       1130      1140      1150      1160  




1273 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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