Result of FASTA (ccds) for pFN21AB3440
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3440, 258 aa
  1>>>pF1KB3440 258 - 258 aa - 258 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2805+/-0.000889; mu= 15.0262+/- 0.053
 mean_var=72.1925+/-14.364, 0's: 0 Z-trim(106.4): 68  B-trim: 3 in 1/50
 Lambda= 0.150948
 statistics sampled from 8897 (8976) to 8897 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.276), width:  16
 Scan time:  1.540

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6            ( 258) 1717 383.0 1.1e-106
CCDS47409.1 DRB1 gene_id:3123|Hs108|chr6           ( 266) 1094 247.3   8e-66
CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6           ( 269) 1087 245.8 2.3e-65
CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6           ( 261) 1083 244.9 4.1e-65
CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6           ( 264) 1057 239.2 2.1e-63
CCDS4751.1 DRB5 gene_id:3127|Hs108|chr6            ( 266) 1043 236.2 1.8e-62
CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6             ( 273)  929 211.4 5.3e-55
CCDS56419.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6           ( 227)  907 206.5 1.3e-53
CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6             ( 260)  313 77.2 1.2e-14
CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1             ( 341)  293 72.9 3.2e-13
CCDS4760.1 DMB gene_id:3109|Hs108|chr6             ( 263)  283 70.7 1.2e-12
CCDS4763.1 DOA gene_id:3111|Hs108|chr6             ( 250)  273 68.5   5e-12
CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6            ( 325)  274 68.8 5.3e-12
CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6             ( 348)  274 68.8 5.6e-12
CCDS4764.1 DPA1 gene_id:3113|Hs108|chr6            ( 260)  271 68.1   7e-12
CCDS5680.1 AZGP1 gene_id:563|Hs108|chr7            ( 298)  266 67.0 1.7e-11
CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6            ( 337)  265 66.8 2.1e-11
CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6              ( 365)  258 65.3 6.6e-11
CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6              ( 346)  257 65.1 7.3e-11
CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6              ( 442)  257 65.2 8.9e-11


>>CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6                 (258 aa)
 initn: 1717 init1: 1717 opt: 1717  Z-score: 2028.7  bits: 383.0 E(32554): 1.1e-106
Smith-Waterman score: 1717; 98.8% identity (99.2% similar) in 258 aa overlap (1-258:1-258)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQRFLERYIYN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQRFLERYIYN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 REEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTLQR
       ::::.::::::::::::::::::  :::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 REEFARFDSDVGEFRAVTELGRPAAEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTLQR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 RVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNGDW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNGDW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 TFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLIIC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLIIC
              190       200       210       220       230       240

              250        
pF1KB3 GVGIFMHRRSKKVQRGSA
       ::::::::::::::::::
CCDS47 GVGIFMHRRSKKVQRGSA
              250        

>>CCDS47409.1 DRB1 gene_id:3123|Hs108|chr6                (266 aa)
 initn: 1093 init1: 1005 opt: 1094  Z-score: 1295.2  bits: 247.3 E(32554): 8e-66
Smith-Waterman score: 1094; 62.8% identity (83.7% similar) in 258 aa overlap (1-256:1-258)

               10        20        30        40        50          
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQR--FLERYI
       :. :.. ..   .:::. :::: . .. .  :   .:.: ..::. ::::.:  ::.::.
CCDS47 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYF
               10        20        30        40        50        60

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB3 YNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTL
       ::.:: :::::::::::::::::::: :::::::::::. ::. : .::::: .   .:.
CCDS47 YNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTV
               70        80        90       100       110       120

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB3 QRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNG
       ::::::.:.: :::  :::::::::: :. ::::::.:::::::::: ::.:::.::.::
CCDS47 QRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNG
              130       140       150       160       170       180

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB3 DWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLI
       ::::: ::::: .:..:.:::::::: :. ::.::::.:.:.::.:: :.:.:::::::.
CCDS47 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
              190       200       210       220       230       240

      240       250              
pF1KB3 ICGVGIFMHRRSKKVQRGSA      
       . :.:.:.. :..: . :        
CCDS47 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
              250       260      

>>CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6                (269 aa)
 initn: 1076 init1: 976 opt: 1087  Z-score: 1286.9  bits: 245.8 E(32554): 2.3e-65
Smith-Waterman score: 1087; 64.4% identity (85.0% similar) in 247 aa overlap (13-256:15-261)

                 10        20         30        40        50       
pF1KB3   MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVV-QGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQR--FLE
                     :: ..:....:.:.. .:: .::...:: .  ::  :::.:  .. 
CCDS59 MSWKKALRIPGDLRVATVTLMLAMLSSLLAEGRDSPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVT
               10        20        30        40        50        60

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB3 RYIYNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGP
       ::::::::..::::::: .::::  :::: :::::::..::  ::  : .::::::..  
CCDS59 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFR
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB3 MTLQRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLI
         :::::.: :..:::.   :.::::::: :::::::.:.:::: : :::::::::: ::
CCDS59 GILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLI
              130       140       150       160       170       180

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB3 RNGDWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVL
       ::::::::::::::::::.::::::.::: ::.::.::::.:::.::.:: :.:.:::::
CCDS59 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
              190       200       210       220       230       240

         240       250              
pF1KB3 GLIICGVGIFMHRRSKKVQRGSA      
       :::. :.:.....::.:  .:        
CCDS59 GLIFLGLGLIIRQRSQKGPQGPPPAGLLH
              250       260         

>>CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6                (261 aa)
 initn: 1076 init1: 976 opt: 1083  Z-score: 1282.4  bits: 244.9 E(32554): 4.1e-65
Smith-Waterman score: 1083; 65.0% identity (85.6% similar) in 243 aa overlap (13-252:15-257)

                 10        20         30        40        50       
pF1KB3   MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVV-QGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQR--FLE
                     :: ..:....:.:.. .:: .::...:: .  ::  :::.:  .. 
CCDS43 MSWKKALRIPGDLRVATVTLMLAMLSSLLAEGRDSPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVT
               10        20        30        40        50        60

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB3 RYIYNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGP
       ::::::::..::::::: .::::  :::: :::::::..::  ::  : .::::::..  
CCDS43 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFR
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB3 MTLQRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLI
         :::::.: :..:::.   :.::::::: :::::::.:.:::: : :::::::::: ::
CCDS43 GILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLI
              130       140       150       160       170       180

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB3 RNGDWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVL
       ::::::::::::::::::.::::::.::: ::.::.::::.:::.::.:: :.:.:::::
CCDS43 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
              190       200       210       220       230       240

         240       250        
pF1KB3 GLIICGVGIFMHRRSKKVQRGSA
       :::. :.:.....::.:      
CCDS43 GLIFLGLGLIIRQRSQKGLLH  
              250       260   

>>CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6                (264 aa)
 initn: 836 init1: 805 opt: 1057  Z-score: 1251.7  bits: 239.2 E(32554): 2.1e-63
Smith-Waterman score: 1057; 61.5% identity (84.0% similar) in 257 aa overlap (2-256:1-256)

               10        20        30        40        50          
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQRF--LERYI
        :.::. ..  ..:.:..:..: : :...:  :...: : .  ::  :::.:   . :::
CCDS78  MALQIPGGFWAAAVTVMLVMLSTPVAEARDFPKDFLVQFKGMCYFTNGTERVRGVARYI
                10        20        30        40        50         

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB3 YNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTL
       :::::. :::::::::.:::::::  :. ::. ::.::..::. :..::::::     ::
CCDS78 YNREEYGRFDSDVGEFQAVTELGRSIED-WNNYKDFLEQERAAVDKVCRHNYEAELRTTL
      60        70        80         90       100       110        

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB3 QRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNG
       ::.:.: :..:::.   :.::::::: ::::::..:.:::: : ::::::::::.:::::
CCDS78 QRQVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTSLIRNG
      120       130       140       150       160       170        

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB3 DWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLI
       :::::::::::.:::.::.::::::: ::.::.::::.:::.::.:: :.: ::::::::
CCDS78 DWTFQILVMLEITPQRGDIYTCQVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVLGLI
      180       190       200       210       220       230        

      240       250              
pF1KB3 ICGVGIFMHRRSKKVQRGSA      
       . :.:.....:..:  ::        
CCDS78 FLGLGLIIRHRGQKGPRGPPPAGLLH
      240       250       260    

>>CCDS4751.1 DRB5 gene_id:3127|Hs108|chr6                 (266 aa)
 initn: 1058 init1: 963 opt: 1043  Z-score: 1235.2  bits: 236.2 E(32554): 1.8e-62
Smith-Waterman score: 1043; 59.7% identity (82.2% similar) in 258 aa overlap (1-256:1-258)

               10        20        30        40        50          
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQR--FLERYI
       :. :.. ..   . ::. :::: . .. .  :   .: : . ::. ::::.:  ::.: :
CCDS47 MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALAGDTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLHRDI
               10        20        30        40        50        60

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB3 YNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTL
       ::.:: .::::::::.:::::::::: ::::::::.::..::. : .::::: .:  .:.
CCDS47 YNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDFLEDRRAAVDTYCRHNYGVGESFTV
               70        80        90       100       110       120

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB3 QRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNG
       ::::.:.:.: :..   ::::::::: :. ::::::.:::: :.::: ::::::.::.::
CCDS47 QRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVSTGLIQNG
              130       140       150       160       170       180

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB3 DWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLI
       ::::: ::::: .:..:.:::::::: :. ::.::::.:::.::.:: :.:.:::::::.
CCDS47 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
              190       200       210       220       230       240

      240       250              
pF1KB3 ICGVGIFMHRRSKKVQRGSA      
       . :.:.:.. ...: . :        
CCDS47 FLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGLVS
              250       260      

>>CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6                  (273 aa)
 initn: 892 init1: 797 opt: 929  Z-score: 1100.9  bits: 211.4 E(32554): 5.3e-55
Smith-Waterman score: 929; 55.5% identity (80.4% similar) in 245 aa overlap (10-252:7-251)

               10        20        30        40        50          
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQR--FLERYI
                : .::: . :  : .:..::  .::....:.. .::  :::..  :. :.:
CCDS47    MGSGWVPWVVALLVNLTRLDSSMTQGTDSPEDFVIQAKADCYFTNGTEKVQFVVRFI
                  10        20        30        40        50       

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB3 YNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTL
       .: ::.:::::::: : :.:.::.:: : :::. :.::..: . : .:::::.::.:.:.
CCDS47 FNLEEYVRFDSDVGMFVALTKLGQPDAEQWNSRLDLLERSRQAVDGVCRHNYRLGAPFTV
        60        70        80        90       100       110       

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB3 QRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNG
        :.:::.:.: : .   :..:::: : :: ::::.:...:::::::: :::.::. ::::
CCDS47 GRKVQPEVTVYPERTPLLHQHNLLHCSVTGFYPGDIKIKWFLNGQEERAGVMSTGPIRNG
       120       130       140       150       160       170       

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB3 DWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLI
       ::::: .:::::::. : :::: :.:.:: :::.:::.:::. .  : :.: ..:.::::
CCDS47 DWTFQTVVMLEMTPELGHVYTCLVDHSSLLSPVSVEWRAQSEYSWRKMLSGIAAFLLGLI
       180       190       200       210       220       230       

      240       250                        
pF1KB3 ICGVGIFMHRRSKKVQRGSA                
       .  ::: .. :..:                      
CCDS47 FLLVGIVIQLRAQKGYVRTQMSGNEVSRAVLLPQSC
       240       250       260       270   

>>CCDS56419.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6                (227 aa)
 initn: 869 init1: 652 opt: 907  Z-score: 1076.1  bits: 206.5 E(32554): 1.3e-53
Smith-Waterman score: 907; 62.2% identity (83.4% similar) in 217 aa overlap (2-216:1-216)

               10        20        30        40        50          
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQRF--LERYI
        :.::. ..  ..:.:..:..: : :...:  :...: : .  ::  :::.:   . :::
CCDS56  MALQIPGGFWAAAVTVMLVMLSTPVAEARDFPKDFLVQFKGMCYFTNGTERVRGVARYI
                10        20        30        40        50         

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB3 YNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTL
       :::::. :::::::::.:::::::  :. ::. ::.::..::. :..::::::     ::
CCDS56 YNREEYGRFDSDVGEFQAVTELGRSIED-WNNYKDFLEQERAAVDKVCRHNYEAELRTTL
      60        70        80         90       100       110        

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB3 QRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNG
       ::.:.: :..:::.   :.::::::: ::::::..:.:::: : ::::::::::.:::::
CCDS56 QRQVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTSLIRNG
      120       130       140       150       160       170        

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB3 DWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLI
       :::::::::::.:::.::.::::::: ::.::.::::.                      
CCDS56 DWTFQILVMLEITPQRGDIYTCQVEHPSLQSPITVEWRPRGPPPAGLLH           
      180       190       200       210       220                  

      240       250        
pF1KB3 ICGVGIFMHRRSKKVQRGSA

>>CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6                  (260 aa)
 initn: 226 init1: 134 opt: 313  Z-score: 376.2  bits: 77.2 E(32554): 1.2e-14
Smith-Waterman score: 313; 28.9% identity (59.0% similar) in 256 aa overlap (10-257:3-250)

               10        20        30        40          50        
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAF--NGTQRFLERYI
                ::.     :::.: :.:.:::   ... .:    :     :.:. .  .: 
CCDS45        MGPRARPALLLLMLLQTAVLQGRLL-QSHTLQVILGCEMQEDNSTEGYW-KYG
                      10        20         30        40         50 

       60        70        80        90       100           110    
pF1KB3 YNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMC----RHNYELGG
       :. .. ..:  :. ..::.   . : .  :. .:   ...::  .: :    ..  ::: 
CCDS45 YDGQDHLEFCPDTLDWRAAEPRAWPTKLEWERHKIRARQNRAYLERDCPAQLQQLLELGR
              60        70        80        90       100       110 

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB3 PMTLQRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVST-N
        . :...: : :.:.    . .   . : :.. ..:: .: ..:. . :   :      .
CCDS45 GV-LDQQVPPLVKVTHHVTSSV---TTLRCRALNYYPQNITMKWLKDKQPMDAKEFEPKD
              120       130          140       150       160       

           180       190       200       210        220       230  
pF1KB3 LIRNGDWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWK-AQSDSARSKTLTGAGG
       .. ::: :.:  . : . : . . ::::::: .::.:. : :. . : .    ...: . 
CCDS45 VLPNGDGTYQGWITLAVPPGEEQRYTCQVEHPGLDQPLIVIWEPSPSGTLVIGVISGIAV
       170       180       190       200       210       220       

            240       250                 
pF1KB3 FVLGLIICGVGIFMHRRSKKVQRGSA         
       ::. :.: :. .:.  :... .::.          
CCDS45 FVVILFI-GI-LFIILRKRQGSRGAMGHYVLAERE
       230         240       250       260

>>CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1                  (341 aa)
 initn: 254 init1: 176 opt: 293  Z-score: 351.0  bits: 72.9 E(32554): 3.2e-13
Smith-Waterman score: 293; 26.2% identity (60.7% similar) in 214 aa overlap (48-257:125-333)

        20        30        40        50        60        70       
pF1KB3 LLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQRFLERYIYNREEFVRFDSDVGEFRAV
                                     .:.   . .: :. ..:. :..:.  . ::
CCDS13 FKVELKRLQRHYNHSGSHTYQRMIGCELLEDGSTTGFLQYAYDGQDFLIFNKDTLSWLAV
          100       110       120       130       140       150    

        80        90        100          110       120       130   
pF1KB3 TELGRPDEEYWNS-QKDILEEKRAVPDRMC---RHNYELGGPMTLQRRVQPRVNVSPSKK
        ....  .. :.. :...: .:  . .. :    . .   :  ::::   : : :.  .:
CCDS13 DNVAHTIKQAWEANQHELLYQKNWLEEE-CIAWLKRFLEYGKDTLQRTEPPLVRVN--RK
          160       170       180        190       200         210 

           140       150       160       170       180       190   
pF1KB3 GPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNGDWTFQILVMLEMTPQ
         .   . : :..  :::  : . :. ::.: .  .   ... .:: :.:  . .:. ::
CCDS13 ETFPGVTALFCKAHGFYPPEIYMTWMKNGEEIVQEIDYGDILPSGDGTYQAWASIELDPQ
             220       230       240       250       260       270 

           200       210       220       230       240       250   
pF1KB3 QGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLIICGVGIFMHRRSKKV
       ....:.:.::: ..   . :  ....     :...:.  .:: ... :::... ::  . 
CCDS13 SSNLYSCHVEHCGVHMVLQVPQESETIPLVMKAVSGS--IVLVIVLAGVGVLVWRRRPRE
             280       290       300         310       320         

                   
pF1KB3 QRGSA       
       : :.        
CCDS13 QNGAIYLPTPDR
     330       340 




258 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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 start: Sat Nov  5 05:02:44 2016 done: Sat Nov  5 05:02:44 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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