Result of FASTA (omim) for
pFN21AB6634
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6634, 440 aa
1>>>pF1KB6634 440 - 440 aa - 440 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1252+/-0.00029; mu= 16.4525+/- 0.018
mean_var=156.3435+/-37.891, 0's: 0 Z-trim(121.5): 364 B-trim: 2179 in 1/51
Lambda= 0.102573
statistics sampled from 37550 (38102) to 37550 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.766), E-opt: 0.2 (0.447), width: 16
Scan time: 9.930
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000862 (OMIM: 601109) 5-hydroxytryptamine recep ( 440) 2977 452.1 1.3e-126
NP_062874 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine recep ( 432) 608 101.6 4.3e-21
NP_000863 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine recep ( 445) 608 101.6 4.4e-21
NP_062873 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine recep ( 479) 608 101.6 4.6e-21
XP_006716356 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 429) 600 100.4 9.7e-21
NP_150645 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 429) 600 100.4 9.7e-21
NP_150647 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 455) 600 100.4 1e-20
NP_000671 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 466) 600 100.4 1e-20
XP_016868583 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475) 600 100.4 1e-20
XP_016868584 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475) 600 100.4 1e-20
XP_006716355 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475) 600 100.4 1e-20
NP_150646 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 475) 600 100.4 1e-20
NP_000015 (OMIM: 109690,600807,601665) beta-2 adre ( 413) 581 97.5 6.7e-20
NP_076917 (OMIM: 601305) 5-hydroxytryptamine recep ( 357) 565 95.1 3.1e-19
NP_001035262 (OMIM: 602164) 5-hydroxytryptamine re ( 360) 543 91.9 3e-18
NP_955525 (OMIM: 602164) 5-hydroxytryptamine recep ( 378) 543 91.9 3.1e-18
NP_001035259 (OMIM: 602164) 5-hydroxytryptamine re ( 387) 543 91.9 3.2e-18
NP_000861 (OMIM: 602164) 5-hydroxytryptamine recep ( 388) 543 91.9 3.2e-18
NP_001273339 (OMIM: 602164) 5-hydroxytryptamine re ( 411) 543 91.9 3.3e-18
NP_001035263 (OMIM: 602164) 5-hydroxytryptamine re ( 428) 543 91.9 3.4e-18
NP_001309432 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 370) 501 85.7 2.3e-16
XP_011542713 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 324) 495 84.7 3.9e-16
XP_011532740 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 389) 489 83.9 8.1e-16
XP_011532739 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 402) 489 83.9 8.2e-16
NP_000675 (OMIM: 109630,607276) beta-1 adrenergic ( 477) 490 84.2 8.3e-16
NP_000612 (OMIM: 103780,164230,181500,182135,60678 ( 471) 489 84.0 9.1e-16
XP_011542714 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 308) 486 83.3 9.5e-16
XP_016868585 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 317) 486 83.3 9.7e-16
XP_011532737 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 556) 489 84.1 1e-15
NP_001309433 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 342) 486 83.4 1e-15
NP_001309431 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 372) 486 83.4 1.1e-15
NP_000670 (OMIM: 104220) alpha-1B adrenergic recep ( 520) 477 82.3 3.3e-15
XP_005265876 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 328) 474 81.6 3.4e-15
XP_006714884 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 331) 474 81.6 3.4e-15
XP_005265875 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 366) 474 81.7 3.6e-15
NP_000016 (OMIM: 109691,601665) beta-3 adrenergic ( 408) 472 81.4 4.8e-15
NP_000785 (OMIM: 126449) D(1A) dopamine receptor [ ( 446) 471 81.3 5.6e-15
NP_071640 (OMIM: 142703) histamine H2 receptor iso ( 359) 453 78.5 3.1e-14
XP_006714928 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 362) 453 78.5 3.1e-14
NP_001124527 (OMIM: 142703) histamine H2 receptor ( 397) 453 78.6 3.3e-14
XP_006714927 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422) 453 78.6 3.4e-14
XP_011532851 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422) 453 78.6 3.4e-14
XP_016864915 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422) 453 78.6 3.4e-14
XP_005265961 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422) 453 78.6 3.4e-14
XP_011532850 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422) 453 78.6 3.4e-14
NP_114142 (OMIM: 606916) probable G-protein couple ( 451) 452 78.5 3.9e-14
XP_016857927 (OMIM: 606916) PREDICTED: probable G- ( 451) 452 78.5 3.9e-14
NP_000669 (OMIM: 104219) alpha-1D adrenergic recep ( 572) 447 77.9 7.6e-14
NP_000674 (OMIM: 104250) alpha-2C adrenergic recep ( 462) 413 72.7 2.2e-12
NP_000672 (OMIM: 104210) alpha-2A adrenergic recep ( 465) 410 72.3 3e-12
>>NP_000862 (OMIM: 601109) 5-hydroxytryptamine receptor (440 aa)
initn: 2977 init1: 2977 opt: 2977 Z-score: 2394.2 bits: 452.1 E(85289): 1.3e-126
Smith-Waterman score: 2977; 100.0% identity (100.0% similar) in 440 aa overlap (1-440:1-440)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLNALYGRWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLNALYGRWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALALVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALALVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 RLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAICFTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETLQVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAICFTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETLQVP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 RTPRPGVESADSRRLATKHSRKALKASLTLGILLGMFFVTWLPFFVANIVQAVCDCISPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RTPRPGVESADSRRLATKHSRKALKASLTLGILLGMFFVTWLPFFVANIVQAVCDCISPG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 LFDVLTWLGYCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLASPSLRTSHSGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LFDVLTWLGYCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLASPSLRTSHSGP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 RPGLSLQQVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RPGLSLQQVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNF
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB6 FNIDPAEPELRPHPLGIPTN
::::::::::::::::::::
NP_000 FNIDPAEPELRPHPLGIPTN
430 440
>>NP_062874 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine receptor (432 aa)
initn: 411 init1: 229 opt: 608 Z-score: 499.7 bits: 101.6 E(85289): 4.3e-21
Smith-Waterman score: 630; 32.1% identity (59.1% similar) in 389 aa overlap (8-366:53-432)
10 20
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGW---------
::. .:.: : ::. .: :
NP_062 EVGRGLPDLSPDGGADPVAGSWAPHLLSEVTASPAPTWDA-PPDNASGCGEQINYGRVEK
30 40 50 60 70 80
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 --VAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLN
... : .. :: :.: :.. .: ::. ::...::: .:: :...::: . ..
NP_062 VVIGSILTLITLLTIAGNCLVVISVCFVKKLRQPSNYLIVSLALADLSVAVAVMPFVSVT
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 ALYG-RWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALA
: : .:.... .: .. :.:::::.:::..::.::.:::: : :: : .:..
NP_062 DLIGGKWIFGHFFCNVFIAMDVMCCTASIMTLCVISIDRYLGITRPLTYPVRQNGKCMAK
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 LVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQCRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAIC
..:..: :.: . :: :.:: . . : : . .. ... .....:..: ...
NP_062 MILSVWLLSASIT-LPPLFGWAQ-NVNDDKV---CLISQDFGYTIYSTAVAFYIPMSVML
210 220 230 240 250
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 FTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETL----QVPRTPRPGVESADSRRLATKHSR
: : .: ::::.:.. :. ... . . . : :. :: :: :
NP_062 FMYYQIYKAARKSAAK--HKFPGFPRVEPDSVIALNGIVKLQKEVEECANLSRL-LKHER
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300
pF1KB6 KAL-------KASLTLGILLGMFFVTWLPFFVAN-----IVQAVCDCISPGLFDVLTWLG
: . ::. ::::..: : : :::::. . : . :.:: . .. :::
NP_062 KNISIFKREQKAATTLGIIVGAFTVCWLPFFLLSTARPFICGTSCSCIPLWVERTFLWLG
320 330 340 350 360 370
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 YCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLAS--PSLRTSHSGPRPGLSLQ
: :: .::.:: .: ::.. . .: : .:. : :. .:. .. :: . :
NP_062 YANSLINPFIYAFFNRDLRTTYRSLLQCQYRNINRKLSAAGMHEALKLAERPERPEFVL
380 390 400 410 420 430
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 QVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNFFNIDPAE
>>NP_000863 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine receptor (445 aa)
initn: 411 init1: 229 opt: 608 Z-score: 499.5 bits: 101.6 E(85289): 4.4e-21
Smith-Waterman score: 637; 32.3% identity (59.2% similar) in 390 aa overlap (8-367:53-433)
10 20
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGW---------
::. .:.: : ::. .: :
NP_000 EVGRGLPDLSPDGGADPVAGSWAPHLLSEVTASPAPTWDA-PPDNASGCGEQINYGRVEK
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30 40 50 60 70 80
pF1KB6 --VAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLN
... : .. :: :.: :.. .: ::. ::...::: .:: :...::: . ..
NP_000 VVIGSILTLITLLTIAGNCLVVISVCFVKKLRQPSNYLIVSLALADLSVAVAVMPFVSVT
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 ALYG-RWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALA
: : .:.... .: .. :.:::::.:::..::.::.:::: : :: : .:..
NP_000 DLIGGKWIFGHFFCNVFIAMDVMCCTASIMTLCVISIDRYLGITRPLTYPVRQNGKCMAK
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150 160 170 180 190 200
pF1KB6 LVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQCRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAIC
..:..: :.: . :: :.:: . . : : . .. ... .....:..: ...
NP_000 MILSVWLLSASIT-LPPLFGWAQ-NVNDDKV---CLISQDFGYTIYSTAVAFYIPMSVML
210 220 230 240 250
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 FTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETL----QVPRTPRPGVESADSRRLATKHSR
: : .: ::::.:.. :. ... . . . : :. :: :: :
NP_000 FMYYQIYKAARKSAAK--HKFPGFPRVEPDSVIALNGIVKLQKEVEECANLSRL-LKHER
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300
pF1KB6 KAL-------KASLTLGILLGMFFVTWLPFFVAN-----IVQAVCDCISPGLFDVLTWLG
: . ::. ::::..: : : :::::. . : . :.:: . .. :::
NP_000 KNISIFKREQKAATTLGIIVGAFTVCWLPFFLLSTARPFICGTSCSCIPLWVERTFLWLG
320 330 340 350 360 370
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 YCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLAS--PSLRTSHSGPRPGLSLQ
: :: .::.:: .: ::.. . .: : .:. : :. .:. .. :: . ::
NP_000 YANSLINPFIYAFFNRDLRTTYRSLLQCQYRNINRKLSAAGMHEALKLAERPERPEFVLQ
380 390 400 410 420 430
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 QVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNFFNIDPAE
NP_000 NADYCRKKGHDS
440
>>NP_062873 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine receptor (479 aa)
initn: 411 init1: 229 opt: 608 Z-score: 499.1 bits: 101.6 E(85289): 4.6e-21
Smith-Waterman score: 634; 32.2% identity (58.5% similar) in 407 aa overlap (8-378:53-450)
10 20
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGW---------
::. .:.: : ::. .: :
NP_062 EVGRGLPDLSPDGGADPVAGSWAPHLLSEVTASPAPTWDA-PPDNASGCGEQINYGRVEK
30 40 50 60 70 80
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 --VAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLN
... : .. :: :.: :.. .: ::. ::...::: .:: :...::: . ..
NP_062 VVIGSILTLITLLTIAGNCLVVISVCFVKKLRQPSNYLIVSLALADLSVAVAVMPFVSVT
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 ALYG-RWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALA
: : .:.... .: .. :.:::::.:::..::.::.:::: : :: : .:..
NP_062 DLIGGKWIFGHFFCNVFIAMDVMCCTASIMTLCVISIDRYLGITRPLTYPVRQNGKCMAK
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 LVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQCRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAIC
..:..: :.: . :: :.:: . . : : . .. ... .....:..: ...
NP_062 MILSVWLLSASIT-LPPLFGWAQ-NVNDDKV---CLISQDFGYTIYSTAVAFYIPMSVML
210 220 230 240 250
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 FTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETL----QVPRTPRPGVESADSRRLATKHSR
: : .: ::::.:.. :. ... . . . : :. :: :: :
NP_062 FMYYQIYKAARKSAAK--HKFPGFPRVEPDSVIALNGIVKLQKEVEECANLSRL-LKHER
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300
pF1KB6 KAL-------KASLTLGILLGMFFVTWLPFFVAN-----IVQAVCDCISPGLFDVLTWLG
: . ::. ::::..: : : :::::. . : . :.:: . .. :::
NP_062 KNISIFKREQKAATTLGIIVGAFTVCWLPFFLLSTARPFICGTSCSCIPLWVERTFLWLG
320 330 340 350 360 370
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 YCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLAS--PSLRTSHSGPRPGLSLQ
: :: .::.:: .: ::.. . .: : .:. : :. .:. .. :: . :.
NP_062 YANSLINPFIYAFFNRDLRTTYRSLLQCQYRNINRKLSAAGMHEALKLAERPERPEFVLR
380 390 400 410 420 430
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 ----QVL--PLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNFF
.:: : :: :
NP_062 ACTRRVLLRPEKRPPVSVWVLQSPDHHNWLADKMLTTVEKKVMIHD
440 450 460 470
>>XP_006716356 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A adrene (429 aa)
initn: 489 init1: 246 opt: 600 Z-score: 493.3 bits: 100.4 E(85289): 9.7e-21
Smith-Waterman score: 600; 31.8% identity (62.6% similar) in 358 aa overlap (8-347:5-352)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAP---GGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPAL
..:.. . . : :: . . ... : .: . . .: :.: . . :
XP_006 MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILGGLILFGVLGNILVILSVACHRHL
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Smith-Waterman score: 600; 31.8% identity (62.6% similar) in 358 aa overlap (8-347:5-352)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAP---GGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPAL
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pF1KB6 RNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLNALYGRWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNL
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XP_016 HSVTHYYIVNLAVADLLLTSTVLPFSAIFEVLGYWAFGRVFCNIWAAVDVLCCTASIMGL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 CLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALALVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVP
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XP_016 CIISIDRYIGVSYPLRYPTIVTQRRGLMALLCVWALSLVISIGPLF-GW------RQPAP
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XP_016 EDETICQINEEPGYVLFSALGSFYLPLAIILVMYCRVYVVAKRESRGLKSGLKTDKSDSE
180 190 200 210 220 230
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pF1KB6 SETLQVPRTPRP----GVESADSR-----RLATKHSRKALKASLTLGILLGMFFVTWLPF
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XP_016 QVTLRIHRKNAPAGGSGMASAKTKTHFSVRL-LKFSREK-KAAKTLGIVVGCFVLCWLPF
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 FVANIVQAVCDCISPG--LFDVLTWLGYCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPR
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XP_016 FLVMPIGSFFPDFKPSETVFKIVFWLGYLNSCINPIIYPCSSQEFKKAFQNVLRI-QCLC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]