Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1978
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1978, 555 aa
1>>>pF1KE1978 555 - 555 aa - 555 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
65951994 residues in 93482 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6623+/-0.000324; mu= 17.4223+/- 0.020
mean_var=93.0206+/-18.203, 0's: 0 Z-trim(117.6): 90 B-trim: 90 in 1/57
Lambda= 0.132979
statistics sampled from 30982 (31087) to 30982 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.692), E-opt: 0.2 (0.333), width: 16
Scan time: 4.910
The best scores are: opt bits E(93482)
NP_005032 (OMIM: 170280,603553,605027,609135) perf ( 555) 3879 754.6 2e-217
NP_001076585 (OMIM: 170280,603553,605027,609135) p ( 555) 3879 754.6 2e-217
NP_001108603 (OMIM: 217050,612446) complement comp ( 934) 356 78.9 8.4e-14
NP_000056 (OMIM: 217050,612446) complement compone ( 934) 356 78.9 8.4e-14
XP_005248414 (OMIM: 217050,612446) complement comp ( 943) 356 78.9 8.5e-14
XP_011512421 (OMIM: 217050,612446) complement comp ( 952) 356 78.9 8.5e-14
XP_011512420 (OMIM: 217050,612446) complement comp ( 962) 323 72.6 6.9e-12
XP_011512419 (OMIM: 217050,612446) complement comp ( 962) 323 72.6 6.9e-12
XP_011512417 (OMIM: 217050,612446) complement comp ( 962) 323 72.6 6.9e-12
XP_016865307 (OMIM: 217050,612446) complement comp ( 962) 323 72.6 6.9e-12
XP_006714559 (OMIM: 217050,612446) complement comp ( 962) 323 72.6 6.9e-12
XP_011512418 (OMIM: 217050,612446) complement comp ( 962) 323 72.6 6.9e-12
XP_011512416 (OMIM: 217050,612446) complement comp ( 971) 323 72.6 7e-12
XP_016865308 (OMIM: 217050,612446) complement comp ( 814) 317 71.4 1.4e-11
XP_011512423 (OMIM: 217050,612446) complement comp ( 643) 297 67.5 1.6e-10
NP_000553 (OMIM: 120950,613790) complement compone ( 584) 274 63.0 3.2e-09
NP_000578 (OMIM: 217070,610102) complement compone ( 843) 247 58.0 1.5e-07
XP_011541952 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 660) 190 47.0 0.00025
XP_016865348 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 700) 190 47.0 0.00026
XP_016865344 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 727) 190 47.0 0.00027
XP_011541951 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 740) 190 47.0 0.00027
XP_016865345 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 777) 190 47.0 0.00028
NP_001002796 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 778) 190 47.0 0.00028
XP_005272139 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 793) 190 47.0 0.00029
NP_078993 (OMIM: 616296) multiple C2 and transmemb ( 999) 190 47.1 0.00034
NP_001265473 (OMIM: 120960,613789) complement comp ( 529) 163 41.7 0.0077
XP_016865354 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 537) 163 41.7 0.0078
NP_001265472 (OMIM: 120960,613789) complement comp ( 539) 163 41.7 0.0078
XP_016857724 (OMIM: 120960,613789) complement comp ( 591) 163 41.7 0.0083
NP_000057 (OMIM: 120960,613789) complement compone ( 591) 163 41.7 0.0083
XP_016865351 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 681) 163 41.8 0.0093
NP_001284706 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 692) 163 41.8 0.0094
XP_016865353 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 694) 163 41.8 0.0094
XP_016865350 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 694) 163 41.8 0.0094
XP_016865347 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 701) 163 41.8 0.0095
XP_016865346 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 714) 163 41.8 0.0096
XP_016865352 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 719) 163 41.8 0.0097
XP_005272147 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 732) 163 41.8 0.0098
XP_006714755 (OMIM: 616296) multiple C2 and transm ( 734) 163 41.8 0.0098
>>NP_005032 (OMIM: 170280,603553,605027,609135) perforin (555 aa)
initn: 3879 init1: 3879 opt: 3879 Z-score: 4025.3 bits: 754.6 E(93482): 2e-217
Smith-Waterman score: 3879; 100.0% identity (100.0% similar) in 555 aa overlap (1-555:1-555)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAARLLLLGILLLLLPLPVPAPCHTAARSECKRSHKFVPGAWLAGEGVDVTSLRRSGSFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MAARLLLLGILLLLLPLPVPAPCHTAARSECKRSHKFVPGAWLAGEGVDVTSLRRSGSFP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 VDTQRFLRPDGTCTLCENALQEGTLQRLPLALTNWRAQGSGCQRHVTRAKVSSTEAVARD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VDTQRFLRPDGTCTLCENALQEGTLQRLPLALTNWRAQGSGCQRHVTRAKVSSTEAVARD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 AARSIRNDWKVGLDVTPKPTSNVHVSVAGSHSQAANFAAQKTHQDQYSFSTDTVECRFYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 AARSIRNDWKVGLDVTPKPTSNVHVSVAGSHSQAANFAAQKTHQDQYSFSTDTVECRFYS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 FHVVHTPPLHPDFKRALGDLPHHFNASTQPAYLRLISNYGTHFIRAVELGGRISALTALR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 FHVVHTPPLHPDFKRALGDLPHHFNASTQPAYLRLISNYGTHFIRAVELGGRISALTALR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 TCELALEGLTDNEVEDCLTVEAQVNIGIHGSISAEAKACEEKKKKHKMTASFHQTYRERH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 TCELALEGLTDNEVEDCLTVEAQVNIGIHGSISAEAKACEEKKKKHKMTASFHQTYRERH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SEVVGGHHTSINDLLFGIQAGPEQYSAWVNSLPGSPGLVDYTLEPLHVLLDSQDPRREAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SEVVGGHHTSINDLLFGIQAGPEQYSAWVNSLPGSPGLVDYTLEPLHVLLDSQDPRREAL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 RRALSQYLTDRARWRDCSRPCPPGRQKSPRDPCQCVCHGSAVTTQDCCPRQRGLAQLEVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 RRALSQYLTDRARWRDCSRPCPPGRQKSPRDPCQCVCHGSAVTTQDCCPRQRGLAQLEVT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 FIQAWGLWGDWFTATDAYVKLFFGGQELRTSTVWDNNNPIWSVRLDFGDVLLATGGPLRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 FIQAWGLWGDWFTATDAYVKLFFGGQELRTSTVWDNNNPIWSVRLDFGDVLLATGGPLRL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 QVWDQDSGRDDDLLGTCDQAPKSGSHEVRCNLNHGHLKFRYHARCLPHLGGGTCLDYVPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QVWDQDSGRDDDLLGTCDQAPKSGSHEVRCNLNHGHLKFRYHARCLPHLGGGTCLDYVPQ
490 500 510 520 530 540
550
pF1KE1 MLLGEPPGNRSGAVW
:::::::::::::::
NP_005 MLLGEPPGNRSGAVW
550
>>NP_001076585 (OMIM: 170280,603553,605027,609135) perfo (555 aa)
initn: 3879 init1: 3879 opt: 3879 Z-score: 4025.3 bits: 754.6 E(93482): 2e-217
Smith-Waterman score: 3879; 100.0% identity (100.0% similar) in 555 aa overlap (1-555:1-555)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAARLLLLGILLLLLPLPVPAPCHTAARSECKRSHKFVPGAWLAGEGVDVTSLRRSGSFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAARLLLLGILLLLLPLPVPAPCHTAARSECKRSHKFVPGAWLAGEGVDVTSLRRSGSFP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 VDTQRFLRPDGTCTLCENALQEGTLQRLPLALTNWRAQGSGCQRHVTRAKVSSTEAVARD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VDTQRFLRPDGTCTLCENALQEGTLQRLPLALTNWRAQGSGCQRHVTRAKVSSTEAVARD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 AARSIRNDWKVGLDVTPKPTSNVHVSVAGSHSQAANFAAQKTHQDQYSFSTDTVECRFYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AARSIRNDWKVGLDVTPKPTSNVHVSVAGSHSQAANFAAQKTHQDQYSFSTDTVECRFYS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 FHVVHTPPLHPDFKRALGDLPHHFNASTQPAYLRLISNYGTHFIRAVELGGRISALTALR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FHVVHTPPLHPDFKRALGDLPHHFNASTQPAYLRLISNYGTHFIRAVELGGRISALTALR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 TCELALEGLTDNEVEDCLTVEAQVNIGIHGSISAEAKACEEKKKKHKMTASFHQTYRERH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TCELALEGLTDNEVEDCLTVEAQVNIGIHGSISAEAKACEEKKKKHKMTASFHQTYRERH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SEVVGGHHTSINDLLFGIQAGPEQYSAWVNSLPGSPGLVDYTLEPLHVLLDSQDPRREAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEVVGGHHTSINDLLFGIQAGPEQYSAWVNSLPGSPGLVDYTLEPLHVLLDSQDPRREAL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 RRALSQYLTDRARWRDCSRPCPPGRQKSPRDPCQCVCHGSAVTTQDCCPRQRGLAQLEVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RRALSQYLTDRARWRDCSRPCPPGRQKSPRDPCQCVCHGSAVTTQDCCPRQRGLAQLEVT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 FIQAWGLWGDWFTATDAYVKLFFGGQELRTSTVWDNNNPIWSVRLDFGDVLLATGGPLRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FIQAWGLWGDWFTATDAYVKLFFGGQELRTSTVWDNNNPIWSVRLDFGDVLLATGGPLRL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 QVWDQDSGRDDDLLGTCDQAPKSGSHEVRCNLNHGHLKFRYHARCLPHLGGGTCLDYVPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QVWDQDSGRDDDLLGTCDQAPKSGSHEVRCNLNHGHLKFRYHARCLPHLGGGTCLDYVPQ
490 500 510 520 530 540
550
pF1KE1 MLLGEPPGNRSGAVW
:::::::::::::::
NP_001 MLLGEPPGNRSGAVW
550
>>NP_001108603 (OMIM: 217050,612446) complement componen (934 aa)
initn: 164 init1: 94 opt: 356 Z-score: 369.5 bits: 78.9 E(93482): 8.4e-14
Smith-Waterman score: 356; 24.5% identity (54.7% similar) in 424 aa overlap (28-438:177-581)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAARLLLLGILLLLLPLPVPAPCHTAARSECKRSHKFVPGAWLAGEGVDVTSLRRSG
.. : :... .:.. : :.: . . :
NP_001 DSGRCIARKLECNGENDCGDNSDERDCGRTKAVCTRKYNPIPSVQLMGNGFHFLAGEPRG
150 160 170 180 190 200
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 SFPVDTQRFLRPDGTCTLCENALQEGTLQRLPLALTN--WRAQGSGCQRHVTRAKVSSTE
: . : : : ... . .. :.: : : ...: . . .. : ..
NP_001 E--VLDNSF--TGGICKTVKSS-RTSNPYRVPANLENVGFEVQTAEDDLKTDFYKDLTSL
210 220 230 240 250 260
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 AVARDAARSIRNDWKVGLDVTPKPTSNVHVSVAGSHSQAANFAAQKTHQDQYSFSTDTVE
. .. :. .. ...: .:. .. .:..: . : : .:. . ::
NP_001 GHNENQQGSFSSQGGSSFSVPIFYSSKRSENI--NHNSAFKQAIQASHKKDSSFIRIHKV
270 280 290 300 310
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 CRFYSFHVVHTPPLH-PD-FKRALGDLPHHFNASTQPAYLRLISNYGTHFIRAVELGGRI
. .: .... :: : : .::. :: ..:.. : :.....:::.. . :::
NP_001 MKVLNF-TTKAKDLHLSDVFLKALNHLPLEYNSAL---YSRIFDDFGTHYFTSGSLGGVY
320 330 340 350 360 370
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 SALTALRTCELALEGLTDNEVEDCLTVEAQVNIGIHGSISAEAKACEEKKKKHKMTASFH
. : . . :: :::..:.. :. .:.. . . . ..: . : .: ..: .::
NP_001 DLLYQFSSEELKNSGLTEEEAKHCVRIETKKRVLFAKKTKVEHR-CTTNKLSEKHEGSFI
380 390 400 410 420 430
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 QTYRERHSEVVGGHHTSINDLLF--GIQAGPEQ-YSAWVNSLPGSPGLVDYTLEPLHVLL
: .. : . ::. : . : .. :. .: :..:. .:...:. : :. : :
NP_001 QGAEKSISLIRGGRSEYGAALAWEKGSSGLEEKTFSEWLESVKENPAVIDFELAPI-VDL
440 450 460 470 480 490
360 370 380 390 400
pF1KE1 DSQDP----RREALRRALSQYLTDRARWRDCS-RPCPP-GRQKSPRDPCQCVCHGSAVTT
. : .:. ::.::..: :.. :. ::: :: : :::... :
NP_001 VRNIPCAVTKRNNLRKALQEYA---AKFDPCQCAPCPNNGRPTLSGTECLCVCQSG--TY
500 510 520 530 540
410 420 430 440 450 460
pF1KE1 QDCCPRQRGLAQLEVTFIQAWGLWGDWFTATDAYVKLFFGGQELRTSTVWDNNNPIWSVR
. : .: . ... : :: :..: : .:
NP_001 GENCEKQSPDYKSNAVDGQ-WGCWSSWSTCDATYKRSRTRECNNPAPQRGGKRCEGEKRQ
550 560 570 580 590 600
470 480 490 500 510 520
pF1KE1 LDFGDVLLATGGPLRLQVWDQDSGRDDDLLGTCDQAPKSGSHEVRCNLNHGHLKFRYHAR
NP_001 EEDCTFSIMENNGQPCINDDEEMKEVDLPEIEADSGCPQPVPPENGFIRNEKQLYLVGED
610 620 630 640 650 660
>>NP_000056 (OMIM: 217050,612446) complement component C (934 aa)
initn: 164 init1: 94 opt: 356 Z-score: 369.5 bits: 78.9 E(93482): 8.4e-14
Smith-Waterman score: 356; 24.5% identity (54.7% similar) in 424 aa overlap (28-438:177-581)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAARLLLLGILLLLLPLPVPAPCHTAARSECKRSHKFVPGAWLAGEGVDVTSLRRSG
.. : :... .:.. : :.: . . :
NP_000 DSGRCIARKLECNGENDCGDNSDERDCGRTKAVCTRKYNPIPSVQLMGNGFHFLAGEPRG
150 160 170 180 190 200
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 SFPVDTQRFLRPDGTCTLCENALQEGTLQRLPLALTN--WRAQGSGCQRHVTRAKVSSTE
: . : : : ... . .. :.: : : ...: . . .. : ..
NP_000 E--VLDNSF--TGGICKTVKSS-RTSNPYRVPANLENVGFEVQTAEDDLKTDFYKDLTSL
210 220 230 240 250 260
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 AVARDAARSIRNDWKVGLDVTPKPTSNVHVSVAGSHSQAANFAAQKTHQDQYSFSTDTVE
. .. :. .. ...: .:. .. .:..: . : : .:. . ::
NP_000 GHNENQQGSFSSQGGSSFSVPIFYSSKRSENI--NHNSAFKQAIQASHKKDSSFIRIHKV
270 280 290 300 310
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 CRFYSFHVVHTPPLH-PD-FKRALGDLPHHFNASTQPAYLRLISNYGTHFIRAVELGGRI
. .: .... :: : : .::. :: ..:.. : :.....:::.. . :::
NP_000 MKVLNF-TTKAKDLHLSDVFLKALNHLPLEYNSAL---YSRIFDDFGTHYFTSGSLGGVY
320 330 340 350 360 370
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 SALTALRTCELALEGLTDNEVEDCLTVEAQVNIGIHGSISAEAKACEEKKKKHKMTASFH
. : . . :: :::..:.. :. .:.. . . . ..: . : .: ..: .::
NP_000 DLLYQFSSEELKNSGLTEEEAKHCVRIETKKRVLFAKKTKVEHR-CTTNKLSEKHEGSFI
380 390 400 410 420 430
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 QTYRERHSEVVGGHHTSINDLLF--GIQAGPEQ-YSAWVNSLPGSPGLVDYTLEPLHVLL
: .. : . ::. : . : .. :. .: :..:. .:...:. : :. : :
NP_000 QGAEKSISLIRGGRSEYGAALAWEKGSSGLEEKTFSEWLESVKENPAVIDFELAPI-VDL
440 450 460 470 480 490
360 370 380 390 400
pF1KE1 DSQDP----RREALRRALSQYLTDRARWRDCS-RPCPP-GRQKSPRDPCQCVCHGSAVTT
. : .:. ::.::..: :.. :. ::: :: : :::... :
NP_000 VRNIPCAVTKRNNLRKALQEYA---AKFDPCQCAPCPNNGRPTLSGTECLCVCQSG--TY
500 510 520 530 540
410 420 430 440 450 460
pF1KE1 QDCCPRQRGLAQLEVTFIQAWGLWGDWFTATDAYVKLFFGGQELRTSTVWDNNNPIWSVR
. : .: . ... : :: :..: : .:
NP_000 GENCEKQSPDYKSNAVDGQ-WGCWSSWSTCDATYKRSRTRECNNPAPQRGGKRCEGEKRQ
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