Result of FASTA (ccds) for pFN21AE2034
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2034, 627 aa
  1>>>pF1KE2034 627 - 627 aa - 627 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7053+/-0.00107; mu= -3.8761+/- 0.064
 mean_var=329.4524+/-66.761, 0's: 0 Z-trim(114.7): 84  B-trim: 151 in 1/52
 Lambda= 0.070661
 statistics sampled from 15193 (15277) to 15193 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.77), E-opt: 0.2 (0.469), width:  16
 Scan time:  3.030

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20        ( 627) 4325 454.8 1.6e-127
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8          ( 529) 1919 209.4 9.7e-54
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8         ( 514) 1704 187.5 3.7e-47
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 489) 1620 178.9 1.4e-44
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 505) 1620 178.9 1.4e-44
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8          ( 494) 1578 174.7 2.7e-43
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15        ( 468) 1406 157.1 4.9e-38
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8          ( 458) 1399 156.4 7.9e-38
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8         ( 479) 1373 153.7 5.1e-37
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1          ( 502) 1358 152.2 1.5e-36
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2          ( 457) 1343 150.7 4.1e-36
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15        ( 498) 1284 144.7 2.8e-34
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2         ( 482) 1165 132.5 1.2e-30
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15        ( 502) 1118 127.8 3.5e-29
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15        ( 531) 1111 127.1 6.1e-29
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4         ( 479)  999 115.6 1.5e-25
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11       ( 450)  968 112.4 1.3e-24
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15     ( 412)  779 93.1 7.7e-19
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 484)  737 88.9 1.7e-17
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11         ( 463)  731 88.3 2.5e-17
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 516)  639 78.9 1.8e-14
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2          ( 517)  594 74.4 4.4e-13
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2          ( 502)  590 73.9 5.6e-13
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15     ( 321)  577 72.5   1e-12
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17        ( 501)  580 72.9 1.1e-12
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 456)  572 72.1 1.9e-12
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11          ( 441)  571 72.0   2e-12
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3         ( 471)  569 71.8 2.4e-12
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3         ( 447)  530 67.8 3.6e-11
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2           ( 517)  530 67.8   4e-11


>>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20             (627 aa)
 initn: 4325 init1: 4325 opt: 4325  Z-score: 2402.9  bits: 454.8 E(32554): 1.6e-127
Smith-Waterman score: 4325; 100.0% identity (100.0% similar) in 627 aa overlap (1-627:1-627)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MELGGPGAPRLLPPLLLLLGTGLLRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANISD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MELGGPGAPRLLPPLLLLLGTGLLRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANISD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 VVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIWR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIWR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 PDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKFG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 SWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFVIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFVIR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 RLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 LVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLLMKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLLMKR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 PSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAEPGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAEPGP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 SCKSPSDQLPPQQPLEAEKASPHPSPGPCRPPHGTQAPGLAKARSLSVQHMSSPGEAVEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SCKSPSDQLPPQQPLEAEKASPHPSPGPCRPPHGTQAPGLAKARSLSVQHMSSPGEAVEG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE2 GVRCRSRSIQYCVPRDDAAPEADGQAAGALASRNTHSAELPPPDQPSPCKCTCKKEPSSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GVRCRSRSIQYCVPRDDAAPEADGQAAGALASRNTHSAELPPPDQPSPCKCTCKKEPSSV
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE2 SPSATVKTRSTKAPPPHLPLSPALTRAVEGVQYIADHLKAEDTDFSVKEDWKYVAMVIDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SPSATVKTRSTKAPPPHLPLSPALTRAVEGVQYIADHLKAEDTDFSVKEDWKYVAMVIDR
              550       560       570       580       590       600

              610       620       
pF1KE2 IFLWMFIIVCLLGTVGLFLPPWLAGMI
       :::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IFLWMFIIVCLLGTVGLFLPPWLAGMI
              610       620       

>>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8               (529 aa)
 initn: 2271 init1: 1898 opt: 1919  Z-score: 1078.3  bits: 209.4 E(32554): 9.7e-54
Smith-Waterman score: 2102; 57.9% identity (68.9% similar) in 630 aa overlap (4-627:25-529)

                                    10             20        30    
pF1KE2                      MELGGPGAPRLLP-----PLLLLLGTGLLRASSHVETRA
                               ::  : :  :     ::     :.: ...::.::  
CCDS60 MGPSCPVFLSFTKLSLWWLLLTPAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTET--
               10        20        30        40        50          

           40        50        60        70        80        90    
pF1KE2 HAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANISDVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWH
         :.::.:.:: :::.:.::: : ::::.:::::::::::::::::::::::::.:::: 
CCDS60 --EDRLFKHLFRGYNRWARPVPNTSDVVIVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQEWS
         60        70        80        90       100       110      

          100       110       120       130       140       150    
pF1KE2 DYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIWRPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPP
       ::::::.:.:. :.::.:.:::.:: :::::::::::.:::::.::::::  : :.:.::
CCDS60 DYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPP
        120       130       140       150       160       170      

          160       170       180       190       200       210    
pF1KE2 AIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKFGSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDA
       ::::::::::::::::::::: ::::::::::::::: .:.. ::  :.::::::.::.:
CCDS60 AIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNA
        180       190       200       210       220       230      

          220       230       240       250       260       270    
pF1KE2 VGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEK
       .::::..::.::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS60 TGTYNSKKYDCCAEIYPDVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEK
        240       250       260       270       280       290      

          280       290       300       310       320       330    
pF1KE2 ITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 ITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRS
        300       310       320       330       340       350      

          340       350       360       370       380       390    
pF1KE2 PRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLLMKRPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPA
       : ::::: ::: ..:  ::: :::.::                                 
CCDS60 PSTHTMPHWVRGALLGCVPRWLLMNRP---------------------------------
        360       370       380                                    

          400       410       420       430       440       450    
pF1KE2 TSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAEPGPSCKSPSDQLPPQQPLEAEKASPHPSPGPCRPPHG
               ::   .: :: .                        : ::            
CCDS60 --------PPPVELCHPLRL------------------------KLSP------------
                   390                                             

          460       470       480       490       500       510    
pF1KE2 TQAPGLAKARSLSVQHMSSPGEAVEGGVRCRSRSIQYCVPRDDAAPEADGQAAGALASR-
                   : . . :  .: :  :  . ..   :. .  .::     ..:.: :. 
CCDS60 ------------SYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGH--VAP-----SVGTLCSHG
                 400       410       420         430            440

           520       530       540       550       560       570   
pF1KE2 NTHSAELPPPDQPSPCKCTCKKEPSSVSPSATVKTRSTKAPPPHLPLSPALTRAVEGVQY
       . ::.   :           : :       : ..         .: ::: . .:.:::.:
CCDS60 HLHSGASGP-----------KAE-------ALLQE-------GELLLSPHMQKALEGVHY
                         450                     460       470     

           580       590       600       610       620       
pF1KE2 IADHLKAEDTDFSVKEDWKYVAMVIDRIFLWMFIIVCLLGTVGLFLPPWLAGMI
       :::::..::.: :::::::::::::::::::.:::::.:::.::::::.:::::
CCDS60 IADHLRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI
         480       490       500       510       520         

>>CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8              (514 aa)
 initn: 2071 init1: 1698 opt: 1704  Z-score: 960.0  bits: 187.5 E(32554): 3.7e-47
Smith-Waterman score: 1977; 55.7% identity (66.5% similar) in 630 aa overlap (4-627:25-514)

                                    10             20        30    
pF1KE2                      MELGGPGAPRLLP-----PLLLLLGTGLLRASSHVETRA
                               ::  : :  :     ::     :.: ...::.::  
CCDS64 MGPSCPVFLSFTKLSLWWLLLTPAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTET--
               10        20        30        40        50          

           40        50        60        70        80        90    
pF1KE2 HAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANISDVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWH
         :.::.:.:: :::.:.::: : :::               ::::::::::::.:::: 
CCDS64 --EDRLFKHLFRGYNRWARPVPNTSDV---------------DEKNQMMTTNVWLKQEWS
         60        70        80                       90       100 

          100       110       120       130       140       150    
pF1KE2 DYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIWRPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPP
       ::::::.:.:. :.::.:.:::.:: :::::::::::.:::::.::::::  : :.:.::
CCDS64 DYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPP
             110       120       130       140       150       160 

          160       170       180       190       200       210    
pF1KE2 AIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKFGSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDA
       ::::::::::::::::::::: ::::::::::::::: .:.. ::  :.::::::.::.:
CCDS64 AIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNA
             170       180       190       200       210       220 

          220       230       240       250       260       270    
pF1KE2 VGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEK
       .::::..::.::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS64 TGTYNSKKYDCCAEIYPDVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEK
             230       240       250       260       270       280 

          280       290       300       310       320       330    
pF1KE2 ITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 ITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRS
             290       300       310       320       330       340 

          340       350       360       370       380       390    
pF1KE2 PRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLLMKRPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPA
       : ::::: ::: ..:  ::: :::.::                                 
CCDS64 PSTHTMPHWVRGALLGCVPRWLLMNRP---------------------------------
             350       360                                         

          400       410       420       430       440       450    
pF1KE2 TSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAEPGPSCKSPSDQLPPQQPLEAEKASPHPSPGPCRPPHG
               ::   .: :: .                        : ::            
CCDS64 --------PPPVELCHPLRL------------------------KLSP------------
              370       380                                        

          460       470       480       490       500       510    
pF1KE2 TQAPGLAKARSLSVQHMSSPGEAVEGGVRCRSRSIQYCVPRDDAAPEADGQAAGALASR-
                   : . . :  .: :  :  . ..   :. .  .::     ..:.: :. 
CCDS64 ------------SYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGH--VAP-----SVGTLCSHG
                      390       400       410              420     

           520       530       540       550       560       570   
pF1KE2 NTHSAELPPPDQPSPCKCTCKKEPSSVSPSATVKTRSTKAPPPHLPLSPALTRAVEGVQY
       . ::.   :           : :       : ..         .: ::: . .:.:::.:
CCDS64 HLHSGASGP-----------KAE-------ALLQE-------GELLLSPHMQKALEGVHY
         430                         440              450       460

           580       590       600       610       620       
pF1KE2 IADHLKAEDTDFSVKEDWKYVAMVIDRIFLWMFIIVCLLGTVGLFLPPWLAGMI
       :::::..::.: :::::::::::::::::::.:::::.:::.::::::.:::::
CCDS64 IADHLRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI
              470       480       490       500       510    

>>CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15             (489 aa)
 initn: 1708 init1: 1592 opt: 1620  Z-score: 914.0  bits: 178.9 E(32554): 1.4e-44
Smith-Waterman score: 1620; 66.1% identity (83.6% similar) in 360 aa overlap (11-370:12-368)

                10        20        30        40        50         
pF1KE2  MELGGPGAPRLLPPLLLLLGTGLLRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANIS
                  : :: ::::   :: .   :   ..::.::...::  ::.  :::::.:
CCDS53 MGSGPLSLPLALSPPRLLLL---LLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVS
               10        20           30        40        50       

      60        70        80        90       100       110         
pF1KE2 DVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIW
       : :...: .:..::. ::: ::.: ::.:.:: :.::::.:.:.:: ..  .:.:.. ::
CCDS53 DPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIW
        60        70        80        90       100       110       

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE2 RPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKF
       .::::::::: ::: :   ::: : . :.: : ::::.::::.::::.:::: :::::::
CCDS53 KPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKF
       120       130       140       150       160       170       

     180       190       200       210       220       230         
pF1KE2 GSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFVI
       :::.::::::::: . : ..  :.::::::.:. : :  .  ::.:: ::::::::.. :
CCDS53 GSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYI
       180       190       200       210       220       230       

     240       250       260       270       280       290         
pF1KE2 RRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPST
       ::::::::::::::::::: ::::::::::.::::.:::::::::::::::.::: ::::
CCDS53 RRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPST
       240       250       260       270       280       290       

     300       310       320       330       340       350         
pF1KE2 SLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLLMK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::.:.: :::::.::. :::...::...: 
CCDS53 SLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMT
       300       310       320       330       340       350       

     360       370       380       390       400       410         
pF1KE2 RPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAEPG
       ::.  . : ..                                                 
CCDS53 RPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSA
       360       370       380       390       400       410       

>>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15             (505 aa)
 initn: 1909 init1: 1592 opt: 1620  Z-score: 913.8  bits: 178.9 E(32554): 1.4e-44
Smith-Waterman score: 1690; 48.4% identity (65.3% similar) in 614 aa overlap (11-624:12-501)

                10        20        30        40        50         
pF1KE2  MELGGPGAPRLLPPLLLLLGTGLLRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANIS
                  : :: ::::   :: .   :   ..::.::...::  ::.  :::::.:
CCDS10 MGSGPLSLPLALSPPRLLLL---LLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVS
               10        20           30        40        50       

      60        70        80        90       100       110         
pF1KE2 DVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIW
       : :...: .:..::. ::: ::.: ::.:.:: :.::::.:.:.:: ..  .:.:.. ::
CCDS10 DPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIW
        60        70        80        90       100       110       

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE2 RPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKF
       .::::::::: ::: :   ::: : . :.: : ::::.::::.::::.:::: :::::::
CCDS10 KPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKF
       120       130       140       150       160       170       

     180       190       200       210       220       230         
pF1KE2 GSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFVI
       :::.::::::::: . : ..  :.::::::.:. : :  .  ::.:: ::::::::.. :
CCDS10 GSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYI
       180       190       200       210       220       230       

     240       250       260       270       280       290         
pF1KE2 RRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPST
       ::::::::::::::::::: ::::::::::.::::.:::::::::::::::.::: ::::
CCDS10 RRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPST
       240       250       260       270       280       290       

     300       310       320       330       340       350         
pF1KE2 SLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLLMK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::.:.: :::::.::. :::...::...: 
CCDS10 SLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMT
       300       310       320       330       340       350       

     360       370       380       390       400       410         
pF1KE2 RPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAEPG
       ::.  . : ..                                 : : . . :.     .
CCDS10 RPTSNEGNAQK---------------------------------PRPLYGAELS-----N
       360                                        370              

     420       430       440       450       460       470         
pF1KE2 PSCKSPSDQLPPQQPLEAEKASPHPSPGPCRPPHGTQAPGLAKARSLSVQHMSSPGEAVE
        .: :           .::      : : :.  .  :                   ... 
CCDS10 LNCFS-----------RAE------SKG-CKEGYPCQ-------------------DGMC
     380                        390                           400  

     480       490       500       510       520       530         
pF1KE2 GGVRCRSRSIQYCVPRDDAAPEADGQAAGALASRNTHSAELPPPDQPSPCKCTCKKEPSS
       :   :. : :.                       .. ::.:              .  ::
CCDS10 G--YCHHRRIKI----------------------SNFSANLT-------------RSSSS
              410                             420                  

     540       550       560       570       580       590         
pF1KE2 VSPSATVKTRSTKAPPPHLPLSPALTRAVEGVQYIADHLKAEDTDFSVKEDWKYVAMVID
        : .:...  .         ::: . .:...:.:::...::..    ...::::::::::
CCDS10 ESVDAVLSLSA---------LSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMVID
         430                440       450       460       470      

     600       610       620        
pF1KE2 RIFLWMFIIVCLLGTVGLFLPPWLAGMI 
       :::::.: .::.:::.:::: : .:    
CCDS10 RIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA
        480       490       500     

>>CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8               (494 aa)
 initn: 1822 init1: 1578 opt: 1578  Z-score: 890.8  bits: 174.7 E(32554): 2.7e-43
Smith-Waterman score: 1613; 47.7% identity (64.2% similar) in 587 aa overlap (37-623:34-488)

         10        20        30        40        50        60      
pF1KE2 GAPRLLPPLLLLLGTGLLRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANISDVVLVRF
                                     ::::..:::: ::.. ::: :.:: : :.:
CCDS61 SKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVTVHF
            10        20        30        40        50        60   

         70        80        90       100       110       120      
pF1KE2 GLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIWRPDIVLY
        ..:.:: .::: ::.: ::.:... :.:::::::: .:... ..:.:.. ::.::::::
CCDS61 EVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDIVLY
            70        80        90       100       110       120   

        130       140       150       160       170       180      
pF1KE2 NNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKFGSWTYDK
       ::: ::: :   ::: : ..: . ::::::.:::: .:.::::::.:::..:::::::::
CCDS61 NNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWTYDK
           130       140       150       160       170       180   

        190       200       210       220       230       240      
pF1KE2 AKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFVIRRLPLFY
       :.:::. . :.::. ::::..:: :.:: :  .  ::.:: ::: ::::.: :::::.::
CCDS61 AEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLPMFY
           190       200       210       220       230       240   

        250       260       270       280       290       300      
pF1KE2 TINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLI
       :::::::::.:: ::::::::::.::::.:::::::::::::::.::: :::::::.::.
CCDS61 TINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPLV
           250       260       270       280       290       300   

        310       320       330       340       350       360      
pF1KE2 GEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLLMKRPSVVKD
       ::::::::::::::::.::::::.:.:.: ::::: ::. ::: ..:..:::.       
CCDS61 GEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMR-------
           310       320       330       340       350             

        370       380       390       400       410       420      
pF1KE2 NCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAEPGPSCKSPS
                         ::  .     : :: :                          
CCDS61 ------------------WPLDK-----TRGTGS--------------------------
                          360                                      

        430       440       450       460       470       480      
pF1KE2 DQLPPQQPLEAEKASPHPSPGPCRPPHGTQAPGLAKARSLSVQHMSSPGEAVEGGVRCRS
       : .:                :  : :        ::..      ..: ::          
CCDS61 DAVPR---------------GLARRP--------AKGK------LASHGEP---------
       370                              380                        

        490       500       510       520       530       540      
pF1KE2 RSIQYCVPRDDAAPEADGQAAGALASRNTHSAELPPPDQPSPCKCTCKKEPSSVSPSATV
       : .. :                    .  .: ::           : :.. :  .:   :
CCDS61 RHLKECF-------------------HCHKSNEL----------ATSKRRLSH-QPLQWV
     390                          400                 410          

        550       560       570       580       590       600      
pF1KE2 KTRSTKAPPPHLPLSPALTRAVEGVQYIADHLKAEDTDFSVKEDWKYVAMVIDRIFLWMF
          : .        :: .  ....::.::...:...    :..::::::::.::.:::.:
CCDS61 VENSEH--------SPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVF
     420               430       440       450       460       470 

        610       620         
pF1KE2 IIVCLLGTVGLFLPPWLAGMI  
       ::::..::.:::: : :      
CCDS61 IIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS
             480       490    

>>CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15             (468 aa)
 initn: 1495 init1: 531 opt: 1406  Z-score: 796.4  bits: 157.1 E(32554): 4.9e-38
Smith-Waterman score: 1406; 58.2% identity (78.0% similar) in 364 aa overlap (5-359:7-367)

                 10        20                30        40        50
pF1KE2   MELGGPGAPRLLPPLLLLLGT--------GLLRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNK
             :: : :::  . :. :         :  :. :.  . :. :. ::: ::. :..
CCDS10 MAARGSGPRALRLLLLVQLVAGRCGLAGAAGGAQRGLSEPSSIAKHEDSLLKDLFQDYER
               10        20        30        40        50        60

               60        70        80        90       100       110
pF1KE2 WSRPVANISDVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTS
       : ::: ...: . ..:::.:.::.:::::::.::::::.:::: : ::::.: :: ..  
CCDS10 WVRPVEHLNDKIKIKFGLAISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWIDVKLRWNPDDYGGIKV
               70        80        90       100       110       120

              120       130       140       150       160       170
pF1KE2 IRIPSELIWRPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPF
       ::.::. .: :::::..:::: :  :  ::. . ..: : ::::: :::::.::::::::
CCDS10 IRVPSDSVWTPDIVLFDNADGRFEGTS-TKTVIRYNGTVTWTPPANYKSSCTIDVTFFPF
              130       140        150       160       170         

              180       190       200       210       220       230
pF1KE2 DQQNCTMKFGSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIY
       : :::.::::::::: ...:..   . ::. ::...::: ::.:.:. ..:   ::   :
CCDS10 DLQNCSMKFGSWTYDGSQVDIILEDQDVDKRDFFDNGEWEIVSATGSKGNRTDSCCW--Y
     180       190       200       210       220       230         

              240       250       260       270       280       290
pF1KE2 PDITYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLL
       : .::.:::.:::::::. :::::. .: ::::::::::. :::: :: :::.:::::::
CCDS10 PYVTYSFVIKRLPLFYTLFLIIPCIGLSFLTVLVFYLPSNEGEKICLCTSVLVSLTVFLL
       240       250       260       270       280       290       

              300       310       320       330        340         
pF1KE2 LITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHT-MPTWVRRVFL
       .: :::::.: :::::::::.::::::::::..:::..:.::::  ::. :   ::..::
CCDS10 VIEEIIPSSSKVIPLIGEYLVFTMIFVTLSIMVTVFAINIHHRSSSTHNAMAPLVRKIFL
       300       310       320       330       340       350       

     350       360       370       380       390       400         
pF1KE2 DIVPRLLLMKRPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFC
         .:.:: :.                                                  
CCDS10 HTLPKLLCMRSHVDRYFTQKEETESGSGPKSSRNTLEAALDSIRYITRHIMKENDVREVV
       360       370       380       390       400       410       

>>CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8               (458 aa)
 initn: 1472 init1: 801 opt: 1399  Z-score: 792.7  bits: 156.4 E(32554): 7.9e-38
Smith-Waterman score: 1399; 59.7% identity (81.2% similar) in 352 aa overlap (11-359:1-350)

               10        20          30        40        50        
pF1KE2 MELGGPGAPRLLPPLLLLLGT-GL-LRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANI
                 .:: ..:.: . :.   :..  .. :. :. ::..::.::.:: ::: . 
CCDS61           MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVLHS
                         10        20        30        40        50

       60        70        80        90       100       110        
pF1KE2 SDVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELI
       .:.. : :::.:.::.:::::::.::::::.:::: :.::::.: :: .. ::..::: .
CCDS61 NDTIKVYFGLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESL
               60        70        80        90       100       110

      120       130       140       150       160       170        
pF1KE2 WRPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMK
       : :::::..:::: :  . .::. .  .: : ::::: :::::..::::::::.:::.::
CCDS61 WLPDIVLFENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCSMK
              120       130       140       150       160       170

      180       190       200       210       220       230        
pF1KE2 FGSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFV
       ::::::: . .::. ..  ::. ::...::: :..: :  ..:.    .  :: :::.::
CCDS61 FGSWTYDGTMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS--YPFITYSFV
              180       190       200       210         220        

      240       250       260       270       280       290        
pF1KE2 IRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPS
       .::::::::. :::::: .: ::::::::::. :::..:  :::.:::::::.: :::::
CCDS61 LRRLPLFYTLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPS
      230       240       250       260       270       280        

      300       310       320       330        340       350       
pF1KE2 TSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRT-HTMPTWVRRVFLDIVPRLLL
       .: ::::::::::: ::::::::..::::.::::::  : : :  ::.:.::. .:.:: 
CCDS61 SSKVIPLIGEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLLC
      290       300       310       320       330       340        

       360       370       380       390       400       410       
pF1KE2 MKRPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAE
       ::                                                          
CCDS61 MKDHVDRYSSPEKEESQPVVKGKVLEKKKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKK
      350       360       370       380       390       400        

>>CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8              (479 aa)
 initn: 1746 init1: 1373 opt: 1373  Z-score: 778.1  bits: 153.7 E(32554): 5.1e-37
Smith-Waterman score: 1507; 46.3% identity (62.0% similar) in 587 aa overlap (37-623:34-473)

         10        20        30        40        50        60      
pF1KE2 GAPRLLPPLLLLLGTGLLRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANISDVVLVRF
                                     ::::..:::: ::.. ::: :.:: : :.:
CCDS56 SKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVTVHF
            10        20        30        40        50        60   

         70        80        90       100       110       120      
pF1KE2 GLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIWRPDIVLY
        ..:.:: .:                :.:::::::: .:... ..:.:.. ::.::::::
CCDS56 EVAITQLANVI---------------WNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDIVLY
            70                       80        90       100        

        130       140       150       160       170       180      
pF1KE2 NNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKFGSWTYDK
       ::: ::: :   ::: : ..: . ::::::.:::: .:.::::::.:::..:::::::::
CCDS56 NNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWTYDK
      110       120       130       140       150       160        

        190       200       210       220       230       240      
pF1KE2 AKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFVIRRLPLFY
       :.:::. . :.::. ::::..:: :.:: :  .  ::.:: ::: ::::.: :::::.::
CCDS56 AEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLPMFY
      170       180       190       200       210       220        

        250       260       270       280       290       300      
pF1KE2 TINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLI
       :::::::::.:: ::::::::::.::::.:::::::::::::::.::: :::::::.::.
CCDS56 TINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPLV
      230       240       250       260       270       280        

        310       320       330       340       350       360      
pF1KE2 GEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLLMKRPSVVKD
       ::::::::::::::::.::::::.:.:.: ::::: ::. ::: ..:..:::.       
CCDS56 GEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMR-------
      290       300       310       320       330       340        

        370       380       390       400       410       420      
pF1KE2 NCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAEPGPSCKSPS
                         ::  .     : :: :                          
CCDS56 ------------------WPLDK-----TRGTGS--------------------------
                                    350                            

        430       440       450       460       470       480      
pF1KE2 DQLPPQQPLEAEKASPHPSPGPCRPPHGTQAPGLAKARSLSVQHMSSPGEAVEGGVRCRS
       : .:                :  : :        ::..      ..: ::          
CCDS56 DAVPR---------------GLARRP--------AKGK------LASHGEP---------
                           360                     370             

        490       500       510       520       530       540      
pF1KE2 RSIQYCVPRDDAAPEADGQAAGALASRNTHSAELPPPDQPSPCKCTCKKEPSSVSPSATV
       : .. :                    .  .: ::           : :.. :  .:   :
CCDS56 RHLKECF-------------------HCHKSNEL----------ATSKRRLSH-QPLQWV
          380                                    390        400    

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       ::::..::.:::: : :      
CCDS56 IIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS
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        ::: .::.:.::.:::..::.::: .: ::::::::: ::::  ::. :::. .: ::.
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CCDS10 MQQP---RHHCARQRLRLR------RRQREREG-----AGA-------------LFFREA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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