FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8477, 914 aa 1>>>pF1KB8477 914 - 914 aa - 914 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4533+/-0.000452; mu= -8.2308+/- 0.028 mean_var=323.0531+/-67.172, 0's: 0 Z-trim(119.2): 45 B-trim: 268 in 1/55 Lambda= 0.071357 statistics sampled from 32937 (32983) to 32937 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.712), E-opt: 0.2 (0.387), width: 16 Scan time: 15.380 The best scores are: opt bits E(85289) NP_055864 (OMIM: 607334) trafficking kinesin-bindi ( 914) 5923 624.4 7.6e-178 XP_011509992 (OMIM: 607334) PREDICTED: trafficking ( 914) 5923 624.4 7.6e-178 XP_016860261 (OMIM: 607334) PREDICTED: trafficking ( 703) 4567 484.8 6.4e-136 NP_001036111 (OMIM: 608112) trafficking kinesin-bi ( 953) 1815 201.5 1.6e-50 XP_005265015 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 879) 1594 178.8 1e-43 XP_005265017 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 712) 1521 171.2 1.6e-41 XP_006713094 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 643) 1406 159.3 5.4e-38 XP_005265020 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 645) 1406 159.3 5.5e-38 XP_006713093 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 645) 1406 159.3 5.5e-38 XP_011531791 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 664) 1406 159.3 5.6e-38 XP_006713092 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 666) 1406 159.3 5.6e-38 XP_005265019 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 666) 1406 159.3 5.6e-38 XP_016861402 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 691) 1406 159.4 5.8e-38 NP_001252537 (OMIM: 608112) trafficking kinesin-bi ( 744) 1406 159.4 6.1e-38 XP_016861401 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 758) 1406 159.4 6.2e-38 XP_005265013 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 932) 1406 159.4 7.4e-38 XP_016861395 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking (1022) 1406 159.5 7.9e-38 NP_001252539 (OMIM: 608112) trafficking kinesin-bi ( 556) 1185 136.5 3.4e-31 NP_001252538 (OMIM: 608112) trafficking kinesin-bi ( 670) 1185 136.6 4e-31 NP_055780 (OMIM: 608112) trafficking kinesin-bindi ( 686) 1185 136.6 4e-31 XP_016861399 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 858) 1185 136.7 4.9e-31 XP_016861397 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 925) 1185 136.7 5.2e-31 XP_016861396 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 941) 1185 136.7 5.2e-31 XP_016861400 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 828) 1161 134.2 2.6e-30 XP_016861398 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking ( 895) 1161 134.2 2.8e-30 >>NP_055864 (OMIM: 607334) trafficking kinesin-binding p (914 aa) initn: 5923 init1: 5923 opt: 5923 Z-score: 3313.9 bits: 624.4 E(85289): 7.6e-178 Smith-Waterman score: 5923; 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XP_005 MNIPGSNQSSAMNSLLSSCVSTPRSSFYGSDIGNVVLDNKTNSIILETEAADLGNDERSK 350 360 370 380 390 400 470 480 490 500 510 520 pF1KB8 KMGQPGPSGDSDLATALHRLSLRRQNYLSEKQFFAEEWQRKIQVLADQKEGVSGCVTPIE : : :: :. :: :::.::::::.:::::..:: :: .::.: ::.. : :: .:: : XP_005 KPGTPGTPGSHDLETALRRLSLRRENYLSERRFFEEEQERKLQELAEKGELRSGSLTPTE 410 420 430 440 450 460 530 540 550 560 570 580 pF1KB8 SLASLCTTQ--SEITDLSSAS-CLRGFMPEKLQIVKPLEGSQTLYHWQQLAQPNLGTILD :. :: : . ::.: .:. : :...::::::::::::: ::.::::::::.:: ::: XP_005 SIMSLGTHSRFSEFTGFSGMSFSSRSYLPEKLQIVKPLEGSATLHHWQQLAQPHLGGILD 470 480 490 500 510 520 590 600 610 620 630 640 pF1KB8 PRPGVITKGFTQLPGD--AIYHISDLEEDEEEGITFQVQQPLEVEEKLSTSKPVTGIFLP :::::.:::: : : .: ..:.:::. ... : .:.:: :: XP_005 PRPGVVTKGFRTLDVDLDEVYCLNDFEEDDTGD---HISLP-----RLATSTPVQH---- 530 540 550 560 570 650 660 670 680 690 700 pF1KB8 PITSAGGPVTVATANPGKCLSCTNSTFTFTTCRILHPSD-ITQVTPS-SGFPSLSCGSSG : ::: .::::.: ::::::::::::::::: .:.:::: .. :. .:::. 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XP_005 RAGRGSLLHSYTPKMAVIPSTPPNSPMQTPTSSPPSFEFKCTSPPYDNFLASKPASSILR 690 700 710 720 730 740 820 830 840 850 860 pF1KB8 EMY--GLRPSRNPPDVGQLKMNLVDRLKRLGIARVVKNPGAQENGRCQEAE----IGPQK :. ..: :.. ::. ..::::...:.:.:.:: : : . : . :: XP_005 EVREKNVRSSESQTDVSVSNLNLVDKVRRFGVAKVV-NSGRAHVPTLTEEQGPLLCGPPG 750 760 770 780 790 800 870 880 890 900 pF1KB8 PDSAVY----LNSG--------SSLLGGL------RRNQSLPVIMGS---FAAPVCTSSP : :. . : .: .::: :::.:.:...:: . ::: .: XP_005 PAPALVPRGLVPEGLPLRCPTVTSAIGGLQLNSGIRRNRSFPTMVGSSMQMKAPVTLTS- 810 820 830 840 850 860 910 pF1KB8 KMGVLKED :.: XP_005 --GILMGAKLSKQTSLR 870 >>XP_005265017 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking kin (712 aa) initn: 2017 init1: 1319 opt: 1521 Z-score: 866.4 bits: 171.2 E(85289): 1.6e-41 Smith-Waterman score: 2073; 53.0% identity (75.4% similar) in 683 aa overlap (31-691:31-690) 10 20 30 40 50 60 pF1KB8 MSQSQNAIFTSPTGEENLMNSNHRDSESITDVCSNEDLPEVELVSLLEEQLPQYRLKVDT :::.. ::::::..::::::::.:.:..:: XP_005 MALVFQFGQPVRAQPLPGLCHGKLIRTNACDVCNSTDLPEVEIISLLEEQLPHYKLRADT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 LFLYENQDWTQSPHQRQHASDALSPVLAEETFRYMILGTDRVEQMTKTYNDIDMVTHLLA .. :...:: ..: :. :. :::..:..: ..:: :::::::::: ::.:: XP_005 IYGYDHDDWLHTPLISPDANIDLTTEQIEETLKYFLLCAERVGQMTKTYNDIDAVTRLLE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 ERDRDLELAARIGQALLKRNHVLSEQNESLEEQLGQAFDQVNQLQHELCKKDELLRIVSI :..:::::::::::.:::.:..:.:.:: ::::. . ..:.::.::: :::::.. . 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XP_005 RRYHSLGLFPMDSLAAEIEGTMRKELQLEEAES--PDITHQKRVFETVRNINQVVKQRSL 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KB8 SFPALLPIPGSNRSSVIMT------AKPFESGLQQTEDKSLLNQGSSS----EEVA--GS . :. . :::::.::.. . . : : . . .:.. ..: :.: :. XP_005 T-PSPMNIPGSNQSSAMNSLLSSCVSTPRSSFYGSDIGNVVLDNKTNSIILETEAADLGN 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KB8 ---SQKMGQPGPSGDSDLATALHRLSLRRQNYLSEKQFFAEEWQRKIQVLADQKEGVSGC :.: : :: :. :: :::.::::::.:::::..:: :: .::.: ::.. : :: XP_005 DERSKKPGTPGTPGSHDLETALRRLSLRRENYLSERRFFEEEQERKLQELAEKGELRSGS 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KB8 VTPIESLASLCTTQ--SEITDLSSAS-CLRGFMPEKLQIVKPLEGSQTLYHWQQLAQPNL .:: ::. :: : . ::.: .:. : :...::::::::::::: ::.::::::::.: XP_005 LTPTESIMSLGTHSRFSEFTGFSGMSFSSRSYLPEKLQIVKPLEGSATLHHWQQLAQPHL 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 pF1KB8 GTILDPRPGVITKGFTQLPGD--AIYHISDLEEDEEEGITFQVQQPLEVEEKLSTSKPVT : ::::::::.:::: : : .: ..:.:::. ... : .:.:: :: XP_005 GGILDPRPGVVTKGFRTLDVDLDEVYCLNDFEEDDTGD---HISLP-----RLATSTPVQ 600 610 620 630 640 640 650 660 670 680 690 pF1KB8 GIFLPPITSAGGPVTVATANPGKCLSCTNSTFTFTTCRILHPSD-ITQVTPSSGFPSLSC : ::: .::::.: ::::::::::::::::: .:.::: : XP_005 H----PETSAH--------HPGKCMSQTNSTFTFTTCRILHPSDELTRVTPRSCEEDDEA 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 pF1KB8 GSSGSSSSNTAVNSPALSYRLSIGESITNRRDSTTTFSSTMSLAKLLQERGISAKVYHSP XP_005 AICPVELRGDIGQRV 700 710 >>XP_006713094 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking kin (643 aa) initn: 1872 init1: 1319 opt: 1406 Z-score: 803.0 bits: 159.3 E(85289): 5.4e-38 Smith-Waterman score: 1924; 53.5% identity (77.1% similar) in 611 aa overlap (31-620:31-638) 10 20 30 40 50 60 pF1KB8 MSQSQNAIFTSPTGEENLMNSNHRDSESITDVCSNEDLPEVELVSLLEEQLPQYRLKVDT :::.. ::::::..::::::::.:.:..:: XP_006 MALVFQFGQPVRAQPLPGLCHGKLIRTNACDVCNSTDLPEVEIISLLEEQLPHYKLRADT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 LFLYENQDWTQSPHQRQHASDALSPVLAEETFRYMILGTDRVEQMTKTYNDIDMVTHLLA .. :...:: ..: :. :. :::..:..: ..:: :::::::::: ::.:: XP_006 IYGYDHDDWLHTPLISPDANIDLTTEQIEETLKYFLLCAERVGQMTKTYNDIDAVTRLLE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 ERDRDLELAARIGQALLKRNHVLSEQNESLEEQLGQAFDQVNQLQHELCKKDELLRIVSI :..:::::::::::.:::.:..:.:.:: ::::. . ..:.::.::: :::::.. . 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XP_006 T-PSPMNIPGSNQSSAMNSLLSSCVSTPRSSFYGSDIGNVVLDNKTNSIILETEAADLGN 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KB8 ---SQKMGQPGPSGDSDLATALHRLSLRRQNYLSEKQFFAEEWQRKIQVLADQKEGVSGC :.: : :: :. :: :::.::::::.:::::..:: :: .::.: ::.. : :: XP_006 DERSKKPGTPGTPGSHDLETALRRLSLRRENYLSERRFFEEEQERKLQELAEKGELRSGS 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KB8 VTPIESLASLCTTQ--SEITDLSSAS-CLRGFMPEKLQIVKPLEGSQTLYHWQQLAQPNL .:: ::. :: : . ::.: .:. : :...::::::::::::: ::.::::::::.: XP_006 LTPTESIMSLGTHSRFSEFTGFSGMSFSSRSYLPEKLQIVKPLEGSATLHHWQQLAQPHL 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 pF1KB8 GTILDPRPGVITKGFTQLPGD--AIYHISDLEEDEEEGITFQVQQPLEVEEKLSTSKPVT : ::::::::.:::: : : .: ..:.:::. : : XP_006 GGILDPRPGVVTKGFRTLDVDLDEVYCLNDFEEDDTELALFLHPGL 600 610 620 630 640 640 650 660 670 680 690 pF1KB8 GIFLPPITSAGGPVTVATANPGKCLSCTNSTFTFTTCRILHPSDITQVTPSSGFPSLSCG >>XP_005265020 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking kin (645 aa) initn: 1872 init1: 1319 opt: 1406 Z-score: 803.0 bits: 159.3 E(85289): 5.5e-38 Smith-Waterman score: 1919; 53.4% identity (76.9% similar) in 616 aa overlap (31-625:31-641) 10 20 30 40 50 60 pF1KB8 MSQSQNAIFTSPTGEENLMNSNHRDSESITDVCSNEDLPEVELVSLLEEQLPQYRLKVDT :::.. ::::::..::::::::.:.:..:: XP_005 MALVFQFGQPVRAQPLPGLCHGKLIRTNACDVCNSTDLPEVEIISLLEEQLPHYKLRADT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 LFLYENQDWTQSPHQRQHASDALSPVLAEETFRYMILGTDRVEQMTKTYNDIDMVTHLLA .. :...:: ..: :. :. :::..:..: ..:: :::::::::: ::.:: XP_005 IYGYDHDDWLHTPLISPDANIDLTTEQIEETLKYFLLCAERVGQMTKTYNDIDAVTRLLE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 ERDRDLELAARIGQALLKRNHVLSEQNESLEEQLGQAFDQVNQLQHELCKKDELLRIVSI :..:::::::::::.:::.:..:.:.:: ::::. . ..:.::.::: :::::.. . 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XP_005 RRYHSLGLFPMDSLAAEIEGTMRKELQLEEAES--PDITHQKRVFETVRNINQVVKQRSL 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KB8 SFPALLPIPGSNRSSVIMT------AKPFESGLQQTEDKSLLNQGSSS----EEVA--GS . :. . :::::.::.. . . : : . . .:.. ..: :.: :. XP_005 T-PSPMNIPGSNQSSAMNSLLSSCVSTPRSSFYGSDIGNVVLDNKTNSIILETEAADLGN 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KB8 ---SQKMGQPGPSGDSDLATALHRLSLRRQNYLSEKQFFAEEWQRKIQVLADQKEGVSGC :.: : :: :. :: :::.::::::.:::::..:: :: .::.: ::.. : :: XP_005 DERSKKPGTPGTPGSHDLETALRRLSLRRENYLSERRFFEEEQERKLQELAEKGELRSGS 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KB8 VTPIESLASLCTTQ--SEITDLSSAS-CLRGFMPEKLQIVKPLEGSQTLYHWQQLAQPNL .:: ::. :: : . ::.: .:. : :...::::::::::::: ::.::::::::.: XP_005 LTPTESIMSLGTHSRFSEFTGFSGMSFSSRSYLPEKLQIVKPLEGSATLHHWQQLAQPHL 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 pF1KB8 GTILDPRPGVITKGFTQLPGD--AIYHISDLEEDEEEGITFQVQQPLEVEEKLSTSKPVT : ::::::::.:::: : : .: ..:.:::. : : :.: XP_005 GGILDPRPGVVTKGFRTLDVDLDEVYCLNDFEEDDT-GREVQ-QHPGSQW 600 610 620 630 640 640 650 660 670 680 690 pF1KB8 GIFLPPITSAGGPVTVATANPGKCLSCTNSTFTFTTCRILHPSDITQVTPSSGFPSLSCG >>XP_006713093 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking kin (645 aa) initn: 1872 init1: 1319 opt: 1406 Z-score: 803.0 bits: 159.3 E(85289): 5.5e-38 Smith-Waterman score: 1919; 53.4% identity (76.9% similar) in 616 aa overlap (31-625:31-641) 10 20 30 40 50 60 pF1KB8 MSQSQNAIFTSPTGEENLMNSNHRDSESITDVCSNEDLPEVELVSLLEEQLPQYRLKVDT :::.. ::::::..::::::::.:.:..:: XP_006 MALVFQFGQPVRAQPLPGLCHGKLIRTNACDVCNSTDLPEVEIISLLEEQLPHYKLRADT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 LFLYENQDWTQSPHQRQHASDALSPVLAEETFRYMILGTDRVEQMTKTYNDIDMVTHLLA .. :...:: ..: :. :. :::..:..: ..:: :::::::::: ::.:: XP_006 IYGYDHDDWLHTPLISPDANIDLTTEQIEETLKYFLLCAERVGQMTKTYNDIDAVTRLLE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 ERDRDLELAARIGQALLKRNHVLSEQNESLEEQLGQAFDQVNQLQHELCKKDELLRIVSI :..:::::::::::.:::.:..:.:.:: ::::. . ..:.::.::: :::::.. . 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XP_006 RRYHSLGLFPMDSLAAEIEGTMRKELQLEEAES--PDITHQKRVFETVRNINQVVKQRSL 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KB8 SFPALLPIPGSNRSSVIMT------AKPFESGLQQTEDKSLLNQGSSS----EEVA--GS . :. . :::::.::.. . . : : . . .:.. ..: :.: :. XP_006 T-PSPMNIPGSNQSSAMNSLLSSCVSTPRSSFYGSDIGNVVLDNKTNSIILETEAADLGN 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KB8 ---SQKMGQPGPSGDSDLATALHRLSLRRQNYLSEKQFFAEEWQRKIQVLADQKEGVSGC :.: : :: :. :: :::.::::::.:::::..:: :: .::.: ::.. : :: XP_006 DERSKKPGTPGTPGSHDLETALRRLSLRRENYLSERRFFEEEQERKLQELAEKGELRSGS 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KB8 VTPIESLASLCTTQ--SEITDLSSAS-CLRGFMPEKLQIVKPLEGSQTLYHWQQLAQPNL .:: ::. :: : . ::.: .:. : :...::::::::::::: ::.::::::::.: XP_006 LTPTESIMSLGTHSRFSEFTGFSGMSFSSRSYLPEKLQIVKPLEGSATLHHWQQLAQPHL 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 pF1KB8 GTILDPRPGVITKGFTQLPGD--AIYHISDLEEDEEEGITFQVQQPLEVEEKLSTSKPVT : ::::::::.:::: : : .: ..:.:::. : : :.: XP_006 GGILDPRPGVVTKGFRTLDVDLDEVYCLNDFEEDDT-GREVQ-QHPGSQW 600 610 620 630 640 640 650 660 670 680 690 pF1KB8 GIFLPPITSAGGPVTVATANPGKCLSCTNSTFTFTTCRILHPSDITQVTPSSGFPSLSCG >>XP_011531791 (OMIM: 608112) PREDICTED: trafficking kin (664 aa) initn: 1872 init1: 1319 opt: 1406 Z-score: 802.8 bits: 159.3 E(85289): 5.6e-38 Smith-Waterman score: 1922; 52.6% identity (76.3% similar) in 629 aa overlap (31-638:31-648) 10 20 30 40 50 60 pF1KB8 MSQSQNAIFTSPTGEENLMNSNHRDSESITDVCSNEDLPEVELVSLLEEQLPQYRLKVDT :::.. ::::::..::::::::.:.:..:: XP_011 MALVFQFGQPVRAQPLPGLCHGKLIRTNACDVCNSTDLPEVEIISLLEEQLPHYKLRADT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 LFLYENQDWTQSPHQRQHASDALSPVLAEETFRYMILGTDRVEQMTKTYNDIDMVTHLLA .. :...:: ..: :. :. :::..:..: ..:: :::::::::: ::.:: XP_011 IYGYDHDDWLHTPLISPDANIDLTTEQIEETLKYFLLCAERVGQMTKTYNDIDAVTRLLE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 ERDRDLELAARIGQALLKRNHVLSEQNESLEEQLGQAFDQVNQLQHELCKKDELLRIVSI :..:::::::::::.:::.:..:.:.:: ::::. . ..:.::.::: :::::.. . 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