FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8477, 914 aa 1>>>pF1KB8477 914 - 914 aa - 914 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5681+/-0.00107; mu= -3.2659+/- 0.064 mean_var=251.5285+/-51.576, 0's: 0 Z-trim(111.4): 37 B-trim: 105 in 1/52 Lambda= 0.080869 statistics sampled from 12336 (12361) to 12336 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.708), E-opt: 0.2 (0.38), width: 16 Scan time: 4.830 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS2347.1 TRAK2 gene_id:66008|Hs108|chr2 ( 914) 5923 704.9 1.7e-202 CCDS43072.1 TRAK1 gene_id:22906|Hs108|chr3 ( 953) 1815 225.6 3.4e-58 CCDS58826.1 TRAK1 gene_id:22906|Hs108|chr3 ( 556) 1185 152.0 2.8e-36 CCDS74922.1 TRAK1 gene_id:22906|Hs108|chr3 ( 670) 1185 152.1 3.3e-36 CCDS2695.1 TRAK1 gene_id:22906|Hs108|chr3 ( 686) 1185 152.1 3.4e-36 >>CCDS2347.1 TRAK2 gene_id:66008|Hs108|chr2 (914 aa) initn: 5923 init1: 5923 opt: 5923 Z-score: 3748.8 bits: 704.9 E(32554): 1.7e-202 Smith-Waterman score: 5923; 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CCDS43 RRYHSLGLFPMDSLAAEIEGTMRKELQLEEAES--PDITHQKRVFETVRNINQVVKQRSL 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KB8 SFPALLPIPGSNRSSVIMT------AKPFESGLQQTEDKSLLNQGSSS----EEVA--GS . :. . :::::.::.. . . : : . . .:.. ..: :.: :. CCDS43 T-PSPMNIPGSNQSSAMNSLLSSCVSTPRSSFYGSDIGNVVLDNKTNSIILETEAADLGN 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KB8 ---SQKMGQPGPSGDSDLATALHRLSLRRQNYLSEKQFFAEEWQRKIQVLADQKEGVSGC :.: : :: :. :: :::.::::::.:::::..:: :: .::.: ::.. : :: CCDS43 DERSKKPGTPGTPGSHDLETALRRLSLRRENYLSERRFFEEEQERKLQELAEKGELRSGS 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KB8 VTPIESLASLCTTQ--SEITDLSSAS-CLRGFMPEKLQIVKPLEGSQTLYHWQQLAQPNL .:: ::. :: : . ::.: .:. : :...::::::::::::: ::.::::::::.: CCDS43 LTPTESIMSLGTHSRFSEFTGFSGMSFSSRSYLPEKLQIVKPLEGSATLHHWQQLAQPHL 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 pF1KB8 GTILDPRPGVITKGFTQLPGD--AIYHISDLEEDEEEGITFQVQQPLEVEEKLSTSKPVT : ::::::::.:::: : : .: ..:.:::. ... : .:.:: :: CCDS43 GGILDPRPGVVTKGFRTLDVDLDEVYCLNDFEEDDTGD---HISLP-----RLATSTPVQ 600 610 620 630 640 640 650 660 670 680 690 pF1KB8 GIFLPPITSAGGPVTVATANPGKCLSCTNSTFTFTTCRILHPSD-ITQVTPS-SGFPSLS : ::: .::::.: ::::::::::::::::: .:.:::: .. :. . CCDS43 H----PETSAH--------HPGKCMSQTNSTFTFTTCRILHPSDELTRVTPSLNSAPTPA 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 pF1KB8 CGSSGSSSSNTAVNSPALSYRLSIGESITNRRDSTTTFSSTMSLAKLLQERGISAKVYHS :::. : ..: : .: :::..::.:: :.::::.:....:. ::.:::::: :: . CCDS43 CGST-SHLKSTPVATPCTPRRLSLAESFTNTRESTTTMSTSLGLVWLLKERGISAAVY-D 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 pF1KB8 PISENP------LQPL-PKSLAIPSTPPNSPSHSPCPSPLPFEPRVHLS--ENFLASRPA : : . :. :: .::::::::: ..: :: :: . .:::::.:: CCDS43 PQSWDRAGRGSLLHSYTPKMAVIPSTPPNSPMQTPTSSPPSFEFKCTSPPYDNFLASKPA 760 770 780 790 800 810 810 820 830 840 850 860 pF1KB8 ETFLQEMY--GLRPSRNPPDVGQLKMNLVDRLKRLGIARVVKNPGAQENGRCQEAE---- ..:.:. ..: :.. ::. ..::::...:.:.:.:: : : . : . CCDS43 SSILREVREKNVRSSESQTDVSVSNLNLVDKVRRFGVAKVV-NSGRAHVPTLTEEQGPLL 820 830 840 850 860 870 870 880 890 900 pF1KB8 IGPQKPDSAVY----LNSG--------SSLLGGL------RRNQSLPVIMGS---FAAPV :: : :. . : .: .::: :::.:.:...:: . ::: CCDS43 CGPPGPAPALVPRGLVPEGLPLRCPTVTSAIGGLQLNSGIRRNRSFPTMVGSSMQMKAPV 880 890 900 910 920 930 910 pF1KB8 CTSSPKMGVLKED .: :.: CCDS43 TLTS---GILMGAKLSKQTSLR 940 950 >>CCDS58826.1 TRAK1 gene_id:22906|Hs108|chr3 (556 aa) initn: 1483 init1: 1098 opt: 1185 Z-score: 764.7 bits: 152.0 E(32554): 2.8e-36 Smith-Waterman score: 1480; 53.3% identity (77.2% similar) in 492 aa overlap (96-568:22-510) 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 NQDWTQSPHQRQHASDALSPVLAEETFRYMILGTDRVEQMTKTYNDIDMVTHLLAERDRD .: ..:: :::::::::: ::.:: :..:: CCDS58 MQKFIEADYYELDWYYEECSDVLCAERVGQMTKTYNDIDAVTRLLEEKERD 10 20 30 40 50 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 LELAARIGQALLKRNHVLSEQNESLEEQLGQAFDQVNQLQHELCKKDELLRIVSIASEES :::::::::.:::.:..:.:.:: ::::. . ..:.::.::: :::::.. . :.::: CCDS58 LELAARIGQSLLKKNKTLTERNELLEEQVEHIREEVSQLRHELSMKDELLQFYTSAAEES 60 70 80 90 100 110 190 200 210 220 230 240 pF1KB8 ETDSSCSTPLRFNESFSLSQGLLQLEMLQEKLKELEEENMALRSKACHIKTETVTYEEKE : .: :::::. ::: : :. ..:. ::.:::.:::::..:::.: ..::::.:::::: CCDS58 EPESVCSTPLKRNESSSSVQNYFHLDSLQKKLKDLEEENVVLRSEASQLKTETITYEEKE 120 130 140 150 160 170 250 260 270 280 290 300 pF1KB8 QQLVSDCVKELRETNAQMSRMTEELSGKSDELIRYQEELSSLLSQIVDLQHKLKEHVIEK ::::.:::::::..:.:.. ..:::. :... : :::.. :::::::::.: : ..:. 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CCDS58 MNIPGSNQSSAMNSLLSSCVSTPRSSFYGSDIGNVVLDNKTNSIILETEAADLGNDERSK 350 360 370 380 390 400 470 480 490 500 510 520 pF1KB8 KMGQPGPSGDSDLATALHRLSLRRQNYLSEKQFFAEEWQRKIQVLADQKEGVSGCVTPIE : : :: :. :: :::.::::::.:::::..:: :: .::.: ::.. : :: .:: : CCDS58 KPGTPGTPGSHDLETALRRLSLRRENYLSERRFFEEEQERKLQELAEKGELRSGSLTPTE 410 420 430 440 450 460 530 540 550 560 570 580 pF1KB8 SLASLCTTQ--SEITDLSSAS-CLRGFMPEKLQIVKPLEGSQTLYHWQQLAQPNLGTILD :. :: : . ::.: .:. : :...::::::::::::.. CCDS58 SIMSLGTHSRFSEFTGFSGMSFSSRSYLPEKLQIVKPLEGDHAGPRPLSVLLGDSLWSLI 470 480 490 500 510 520 590 600 610 620 630 640 pF1KB8 PRPGVITKGFTQLPGDAIYHISDLEEDEEEGITFQVQQPLEVEEKLSTSKPVTGIFLPPI CCDS58 HLRKAGHLCHAYSFFFRDSHPRCWFEFL 530 540 550 >>CCDS74922.1 TRAK1 gene_id:22906|Hs108|chr3 (670 aa) initn: 1668 init1: 1098 opt: 1185 Z-score: 763.4 bits: 152.1 E(32554): 3.3e-36 Smith-Waterman score: 1701; 53.2% identity (76.1% similar) in 564 aa overlap (96-638:22-574) 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 NQDWTQSPHQRQHASDALSPVLAEETFRYMILGTDRVEQMTKTYNDIDMVTHLLAERDRD .: ..:: :::::::::: ::.:: :..:: CCDS74 MQKFIEADYYELDWYYEECSDVLCAERVGQMTKTYNDIDAVTRLLEEKERD 10 20 30 40 50 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 LELAARIGQALLKRNHVLSEQNESLEEQLGQAFDQVNQLQHELCKKDELLRIVSIASEES :::::::::.:::.:..:.:.:: ::::. . ..:.::.::: :::::.. . :.::: CCDS74 LELAARIGQSLLKKNKTLTERNELLEEQVEHIREEVSQLRHELSMKDELLQFYTSAAEES 60 70 80 90 100 110 190 200 210 220 230 240 pF1KB8 ETDSSCSTPLRFNESFSLSQGLLQLEMLQEKLKELEEENMALRSKACHIKTETVTYEEKE : .: :::::. ::: : :. ..:. ::.:::.:::::..:::.: ..::::.:::::: CCDS74 EPESVCSTPLKRNESSSSVQNYFHLDSLQKKLKDLEEENVVLRSEASQLKTETITYEEKE 120 130 140 150 160 170 250 260 270 280 290 300 pF1KB8 QQLVSDCVKELRETNAQMSRMTEELSGKSDELIRYQEELSSLLSQIVDLQHKLKEHVIEK ::::.:::::::..:.:.. ..:::. :... : :::.. :::::::::.: : ..:. CCDS74 QQLVNDCVKELRDANVQIASISEELAKKTEDAARQQEEITHLLSQIVDLQKKAKACAVEN 180 190 200 210 220 230 310 320 330 340 350 360 pF1KB8 EELKLHLQASKDAQRQLTMELHELQDRNMECLGMLHESQEEIKELRSRSGPTAHLYFSQS ::: :: :.:::::::: ::.::.:. ::. ::::.:::.:.::... :.. .: CCDS74 EELVQHLGAAKDAQRQLTAELRELEDKYAECMEMLHEAQEELKNLRNKTMPNTTSRRYHS 240 250 260 270 280 290 370 380 390 400 410 420 pF1KB8 YGAFTGESLAAEIEGTMRKKLSLDEESSLFKQKAQQKRVFDTVRIANDT-RGRSISFPAL : : .::::::::::::.:.:.: : . ..:::::.::: :.. . ::.. :. CCDS74 LGLFPMDSLAAEIEGTMRKELQLEEAES--PDITHQKRVFETVRNINQVVKQRSLT-PSP 300 310 320 330 340 430 440 450 460 pF1KB8 LPIPGSNRSSVIMT------AKPFESGLQQTEDKSLLNQGSSS----EEVA--GS---SQ . :::::.::.. . . : : . . .:.. ..: :.: :. :. 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