FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE0266, 450 aa 1>>>pF1KE0266 450 - 450 aa - 450 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1920+/-0.000778; mu= 16.0465+/- 0.048 mean_var=120.8272+/-23.681, 0's: 0 Z-trim(112.8): 78 B-trim: 62 in 1/52 Lambda= 0.116679 statistics sampled from 13409 (13488) to 13409 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.749), E-opt: 0.2 (0.414), width: 16 Scan time: 3.550 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 3067 526.9 1.6e-149 CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 1560 273.3 3.8e-73 CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 1074 191.5 1.7e-48 CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 1074 191.5 1.7e-48 CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 1015 181.5 1.5e-45 CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 1014 181.4 1.8e-45 CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 1014 181.4 1.8e-45 CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 997 178.5 1.3e-44 CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 989 177.2 3.5e-44 CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 967 173.4 4.1e-43 CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 968 173.7 4.6e-43 CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 953 171.1 2.2e-42 CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 909 163.7 3.9e-40 CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 907 163.4 4.8e-40 CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 899 162.0 1.2e-39 CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 871 157.3 3.1e-38 CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 847 153.3 5.1e-37 CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 776 141.3 2e-33 CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 771 140.5 3.5e-33 CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 750 136.9 3.8e-32 CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 637 117.9 2.4e-26 CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 605 112.5 9e-25 CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 601 111.8 1.5e-24 CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 557 104.3 1.9e-22 CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 557 104.5 2.7e-22 CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 545 102.4 9.8e-22 CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 520 98.2 1.8e-20 CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 520 98.2 1.8e-20 CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 492 93.5 4.7e-19 CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 451 86.6 6.1e-17 CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 450 86.4 6.7e-17 CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 444 85.5 1.4e-16 CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 424 82.1 1.4e-15 CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 160) 360 70.8 1.1e-12 >>CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 (450 aa) initn: 3067 init1: 3067 opt: 3067 Z-score: 2798.0 bits: 526.9 E(32554): 1.6e-149 Smith-Waterman score: 3067; 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55.4% identity (77.5% similar) in 453 aa overlap (25-449:26-478) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQTLNVTL :.:. : ::: ::: .:..::::: :::..::::: CCDS34 MNWSHSCISFCWIYFAASRLRAAETADGKYAQKLFNDLFEDYSNALRPVEDTDKVLNVTL 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 EVTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPDIVLY ..::::: :::::::.:: :::::: : :::: :: . : :::.:::::.:::::::::: CCDS34 QITLSQIKDMDERNQILTAYLWIRQIWHDAYLTWDRDQYDGLDSIRIPSDLVWRPDIVLY 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 NKADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSWTHGG :::: . ..::::::.:: . :::::::.::: :::. :::: :.:.:::::::..: CCDS34 NKADDESSEPVNTNVVLRYDGLITWDAPAITKSSCVVDVTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNG 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 HQLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLLLRRRAAAY .:.:. ...:.::.:.:::.: :::: . :..:::::::::::::::::.::.. : CCDS34 NQVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYGCCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFY 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 VCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPPAESVPLIG . :::.::::::.::::.:.::: ::::::::::.:::.:::::..:: :: .:.::::: CCDS34 IVNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLAMTVFQLMVAEIMPASENVPLIG 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 KYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCVRERGEPC-- :::.:::...: ::::::..::.:.:: .:::: :::...: ...: : : . :: : CCDS34 KYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWARVVILKYMSRVLFVYDVGESCLS 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 pF1KE0 -GQSRPPE-----LSPSPQSPEGGA-------------------GPPAGPCHEPRCLCRQ .:: . : :.: .: : . .: . : : CCDS34 PHHSRERDHLTKVYSKLPESNLKAARNKDLSRKKDMNKRLKNDLGCQGKNPQEAESYCAQ 370 380 390 400 410 420 400 410 420 430 440 450 pF1KE0 -EALLHHVATIANTFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDRFFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL ..: ... ::. ...:.:.. .::..:.:.::::. ::: :..::..:....: CCDS34 YKVLTRNIEYIAKCLKDHKATNSKGSEWKKVAKVIDRFFMWIFFIMVFVMTILIIARAD 430 440 450 460 470 >>CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 (502 aa) initn: 758 init1: 536 opt: 1074 Z-score: 984.3 bits: 191.5 E(32554): 1.7e-48 Smith-Waterman score: 1079; 40.6% identity (65.1% similar) in 456 aa overlap (26-434:22-475) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQTLNVTLE .:.. ::...: ::. ::::. .: :.: . CCDS10 MRCSPGGVWLALAASLLHVSLQGEFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPLTVYFS 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE0 VTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPDIVLYN ..: ::.:.::.::::: .:... ::: ::.:. . : :. ..:.:.. .:.:::.::: CCDS10 LSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPDILLYN 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE0 KADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSWTHGGH .:: . .. :::.. .: .. :.: .::: .:: ::::.::: : ::::..:: CCDS10 SADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGW 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE0 QLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLLLRRRAAAYV .::.. . :... .. : :: ..:.:..: : ::.:::::::::. .:::. : CCDS10 SLDLQMQ--EADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYG 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 pF1KE0 CNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPP-AESVPLIG :::.:::::: :: :.: ::::::::.:::.::::.::::.::.:: :: ..:::::. CCDS10 LNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIA 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 KYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCVRERGE---- .:. .:: .: .:...:..... :. :. .: :.:..::. : : ... :: CCDS10 QYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVR 300 310 320 330 340 350 360 370 380 pF1KE0 PCGQSRPP-------ELS---PSPQSP--------EGGAG------PPAGP-CHEPRCL- : : . :.: : : : .: : : .: : . : CCDS10 PACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSP 360 370 380 390 400 410 390 400 410 420 430 pF1KE0 CRQEALLH----------------HVATIANTFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDRFFLAI ..: ::: .: ::: :: . .. .:: : :.::. : CCDS10 THDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMA 420 430 440 450 460 470 440 450 pF1KE0 FFSMALVMSLLVLVQAL : CCDS10 FSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA 480 490 500 >>CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 (531 aa) initn: 758 init1: 536 opt: 1074 Z-score: 984.0 bits: 191.5 E(32554): 1.7e-48 Smith-Waterman score: 1079; 40.6% identity (65.1% similar) in 456 aa overlap (26-434:51-504) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQTL .:.. ::...: ::. ::::. .: : CCDS53 ATASPPSTPPWDPGHIPGASVRPAPGPVSLQGEFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPL 30 40 50 60 70 80 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 NVTLEVTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPD .: . ..: ::.:.::.::::: .:... ::: ::.:. . : :. ..:.:.. .:.:: CCDS53 TVYFSLSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPD 90 100 110 120 130 140 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 IVLYNKADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSW :.:::.:: . .. :::.. .: .. :.: .::: .:: ::::.::: : :::: CCDS53 ILLYNSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSW 150 160 170 180 190 200 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 THGGHQLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLLLRRR ..:: .::.. . :... .. : :: ..:.:..: : ::.:::::::::. .::: CCDS53 SYGGWSLDLQMQ--EADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRR 210 220 230 240 250 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 AAAYVCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPP-AES . : :::.:::::: :: :.: ::::::::.:::.::::.::::.::.:: :: ..: CCDS53 TLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDS 260 270 280 290 300 310 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 VPLIGKYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCVRERG ::::..:. .:: .: .:...:..... :. :. .: :.:..::. : : ... : CCDS53 VPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPG 320 330 340 350 360 370 360 370 380 pF1KE0 E----PCGQSRPP-------ELS---PSPQSP--------EGGAG------PPAGP-CHE : : : . :.: : : : .: : : .: : . CCDS53 EDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGR 380 390 400 410 420 430 390 400 410 420 pF1KE0 PRCL-CRQEALLH----------------HVATIANTFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDR : ..: ::: .: ::: :: . .. .:: : :.:: CCDS53 MACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDR 440 450 460 470 480 490 430 440 450 pF1KE0 FFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL . : : CCDS53 LCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA 500 510 520 530 >>CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 (457 aa) initn: 1005 init1: 569 opt: 1015 Z-score: 931.2 bits: 181.5 E(32554): 1.5e-45 Smith-Waterman score: 1015; 35.5% identity (68.1% similar) in 451 aa overlap (12-450:6-450) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAE--CLGAEG--RLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQTLN ::::: : . ::.: ::. :::.: :.:..::: : :... CCDS22 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKD----YSSVVRPVEDHRQVVE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 VTLEVTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPDI ::. . : :.:..:: ::..: . ..:.:.: :.:.:. :::. :.::: .::::. CCDS22 VTVGLQLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQQWVDYNLKWNPDDYGGVKKIHIPSEKIWRPDL 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 VLYNKADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSWT ::::.::.. :.:.:.. : . : ::: .: :.. :. :::: :.:.. .:.:: CCDS22 VLYNNADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFKSYCEIIVTHFPFDEQNCSMKLGTWT 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 HGGHQLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSE-PYPDVTFTLLLRRR . : . . :.. .:..:.:. :: . . .. .::.:: . :: :.:. ....: CCDS22 YDGSVVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGWKHSVTYSCCPDTPYLDITYHFVMQRL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 AAAYVCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPPAES- .. :...::.:.:.:. :.:.::.:::::..:...:::.:::: :...: .: . : CCDS22 PLYFIVNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEKMTLSISVLLSLTVFLLVIVELIPSTSSA 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 VPLIGKYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCVRERG :::::::.. ::..: : .:....: :. .::.. .: :.: ... . . CCDS22 VPLIGKYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRSPSTHVMPNWVRKVFIDTIPNIMFFSTMK 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE0 EPCGQSRPPELSPSP---QSPEGGAGPPAGPCHEPRCLCRQ---EALLHHVATIANTFRS .: ... .. .. : ::: : : : .. .. .. . ::.:..: CCDS22 RPSREKQDKKIFTEDIDISDISGKPGPPPMGFHSP--LIKHPEVKSAIEGIKYIAETMKS 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KE0 HRAAQRCHEDWKRLARVMDRFFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL . .. .:: .: :::...:..:. . .. .: :.. : CCDS22 DQESNNAAAEWKYVAMVMDHILLGVFMLVCIIGTLAVFAGRLIELNQQG 410 420 430 440 450 >>CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (489 aa) initn: 1013 init1: 858 opt: 1014 Z-score: 929.9 bits: 181.4 E(32554): 1.8e-45 Smith-Waterman score: 1018; 39.3% identity (70.3% similar) in 394 aa overlap (10-392:18-407) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MGLRSHHLSLGLLLLFLLP-AECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADT : :::: ::: :. :: : ::. :: .:. .::::.. CCDS53 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHR----LFERLFEDYNEIIRPVANV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 DQTLNVTLEVTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLV .. . . .::..::.. .:: ::.. ::..: :.: :.:.:. ::: . .:.:.. . CCDS53 SDPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKI 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 WRPDIVLYNKADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLT :.:::::::.: .. . .:...:.. : : : ::: .:::..::. :::: :.: . CCDS53 WKPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMK 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 FGSWTHGGHQLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLL ::::.. ..:. :.. .: :. :. :: .. :. .. . :.:: : :::.:..: CCDS53 FGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLY 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 LRRRAAAYVCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPP .:: :. ::..::.:::.:. :.:.::.: ::::.: ..:::.:::: :...:..: CCDS53 IRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPS 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 AESV-PLIGKYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCV . : ::::.: . :: .::.: ..:....:.:: :... .:.:.....:. : : . . CCDS53 TSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFM 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE0 RERGEPCGQSRPP------ELSP-SPQSPEGGAGPPAG-PCHEPRC-LCRQEALLHHVAT . :... : ::: . : . : : ::.. : :.. CCDS53 TRPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFS 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 pF1KE0 IANTFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDRFFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL CCDS53 ANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEEQKAQEIQQLKRK 420 430 440 450 460 470 >>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (505 aa) initn: 1096 init1: 858 opt: 1014 Z-score: 929.7 bits: 181.4 E(32554): 1.8e-45 Smith-Waterman score: 1045; 36.8% identity (65.7% similar) in 470 aa overlap (10-434:18-483) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MGLRSHHLSLGLLLLFLLP-AECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADT : :::: ::: :. :: :: :. :: .:. .::::.. CCDS10 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHRL----FERLFEDYNEIIRPVANV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 DQTLNVTLEVTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLV .. . . .::..::.. .:: ::.. ::..: :.: :.:.:. ::: . .:.:.. . CCDS10 SDPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKI 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 WRPDIVLYNKADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLT :.:::::::.: .. . .:...:.. : : : ::: .:::..::. :::: :.: . CCDS10 WKPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMK 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 FGSWTHGGHQLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLL ::::.. ..:. :.. .: :. :. :: .. :. .. . :.:: : :::.:..: CCDS10 FGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLY 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 LRRRAAAYVCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPP .:: :. ::..::.:::.:. :.:.::.: ::::.: ..:::.:::: :...:..: CCDS10 IRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPS 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 AESV-PLIGKYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCV . : ::::.: . :: .::.: ..:....:.:: :... .:.:.....:. : : . . CCDS10 TSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFM 300 310 320 330 340 350 360 370 380 pF1KE0 RERGEPCGQSRPP------ELS-----PSPQSPEGGAGPPA-----GPCHEPRC------ . :... : ::: .: : : : ::. : CCDS10 TRPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFS 360 370 380 390 400 410 390 400 410 420 pF1KE0 --LCRQ------EALL-------------HHVATIANTFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMD : :. .:.: . : ::...... :.. ..::: .: :.: CCDS10 ANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMVID 420 430 440 450 460 470 430 440 450 pF1KE0 RFFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL :.:: .: CCDS10 RIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA 480 490 500 >>CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 (494 aa) initn: 1011 init1: 825 opt: 997 Z-score: 914.3 bits: 178.5 E(32554): 1.3e-44 Smith-Waterman score: 1033; 35.7% identity (65.2% similar) in 465 aa overlap (7-434:11-471) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MGLRSHHLSLGLLLLFLLP--AECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQT : .: : : . : :.: . .::. ::..:.. .::: .... CCDS61 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATE--ERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDP 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 LNVTLEVTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRP ..: .::...:. ..:: ::.. ::.:. :.: ::::: : :....:.:.. .:.: CCDS61 VTVHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKP 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 DIVLYNKA--DAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTF ::::::.: : : :. :...:...: . : ::: .::: .:.. :::: :.:.: : CCDS61 DIVLYNNAVGDFQVEGK--TKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKF 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 GSWTHGGHQLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLLL ::::. ..:. :. ... :: :: ::... . .. . :.:: : : :.:... . CCDS61 GSWTYDKAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYI 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 RRRAAAYVCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPPA :: :. ::..::..::.:. :.:.::.: ::::.: ..:::.:::: :...:..: . CCDS61 RRLPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPST 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 E-SVPLIGKYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCVR :::.:.: . :: .::.: ..:....:.:: :... .: :.....: : . : .: CCDS61 SLVVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMR 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KE0 -----ERGE-----PCGQSRPPELSPSPQSPEGGAGPPAGPCHEP-------RCLCRQ-- :: : : .: : . . : ::. : : .: CCDS61 WPLDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPL 360 370 380 390 400 410 400 410 420 430 pF1KE0 -------------EALLHHVATIANTFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDRFFLAIFFSMAL : ... : ::....:: ... ..::: .: :.:: :: .: CCDS61 QWVVENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCV 420 430 440 450 460 470 440 450 pF1KE0 VMSLLVLVQAL CCDS61 FGTAGLFLQPLLGNTGKS 480 490 >>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 (529 aa) initn: 1075 init1: 816 opt: 989 Z-score: 906.7 bits: 177.2 E(32554): 3.5e-44 Smith-Waterman score: 1015; 36.8% identity (64.7% similar) in 456 aa overlap (24-434:53-508) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQ :.. . .::. :: .:. ::: .:.. CCDS60 PAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRLFKHLFRGYNRWARPVPNTSD 30 40 50 60 70 80 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 TLNVTLEVTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWR .. : . ....:.::.::.::..: .:..:::.: :::.:. .:.. ..:.:: ..: CCDS60 VVIVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWI 90 100 110 120 130 140 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 PDIVLYNKADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFG :::::::.::.. . :.. : :.:.: ::: .::: .::. :::: :.: . :: CCDS60 PDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFG 150 160 170 180 190 200 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 SWTHGGHQLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLLLR :::. ..:.. ...: :. :. :: ... . : ::.: :::::.....: CCDS60 SWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPDVTYAFVIR 210 220 230 240 250 260 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 RRAAAYVCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPPAE : :. ::..::.::: :. :.:.::.: :::..: ..:::.:::: ::..: .: . CCDS60 RLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTS 270 280 290 300 310 320 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 SV-PLIGKYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLARGLCVRE : ::::.: . :: .::.: ..:....:.:. .::.. .: :.:. ::: . : : . . CCDS60 LVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGALLGCVPRWLLMNR 330 340 350 360 370 380 360 370 380 pF1KE0 RGEPCGQSRPPELSPSPQ---------SPE--------------GGAGPPAGP-C----- : .: .:. ::. . : : ..: .: : CCDS60 PPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSVGTLCSHGHL 390 400 410 420 430 440 390 400 410 420 pF1KE0 HEPRCLCRQEALLHH---------------VATIANTFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDR : . ::::.. : ::. .::. : . .:::: .: :.:: CCDS60 HSGASGPKAEALLQEGELLLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDR 450 460 470 480 490 500 430 440 450 pF1KE0 FFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL .:: .: CCDS60 IFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI 510 520 >>CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 (458 aa) initn: 952 init1: 590 opt: 967 Z-score: 887.5 bits: 173.4 E(32554): 4.1e-43 Smith-Waterman score: 967; 36.4% identity (68.7% similar) in 431 aa overlap (33-450:32-450) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 LRSHHLSLGLLLLFLLPAECLGAEGRLALKLFRDLFANYTSALRPVADTDQTLNVTLEVT :.: :: .: . .::: ...:..: . . CCDS61 LPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVLHSNDTIKVYFGLK 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE0 LSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPDIVLYNKA .::..:.::.::..: .:..::::: :::.:. :::. .:..:: .: :::::...: CCDS61 ISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESLWLPDIVLFENA 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE0 DAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSWTHGGHQL :.. :: :.:... .:.: : :: .::: .::. :::: :.:.. :::::. : .. CCDS61 DGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCSMKFGSWTYDGTMV 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 DVRPRGAAASLADFVENVEWRVL---GMPARRRVLTYGCCSEPYPDVTFTLLLRRRAAAY :. . .. :: .: ::..: :: . :: .:. :: .:....::: : CCDS61 DLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS-----YPFITYSFVLRRLPLFY 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 VCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAESMPPAESV-PLI . :..::. .:.:. :.:.::.: :::.::...::..:::: :.. : .: . .: ::: CCDS61 TLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPLI 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 GKYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSV-RPVPAWARALLLGHLARGLCVRERGEPC :.: . : .::.: .:....:.:. . :. .:. :.. :.: .: . ::.... . CCDS61 GEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLLCMKDHVD-- 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE0 GQSRPPELSPSPQSPEGGAGPPAGPCHEPRCLCRQE-ALLHHVATIANTFRS-HRAAQRC . :: : .: . .. . : : .:. . :...: : ... CCDS61 -RYSSPEKEESQPVVKGKVLEK----KKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKKE 360 370 380 390 400 420 430 440 450 pF1KE0 H------EDWKRLARVMDRFFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL : .::: .:.:.::.:: .:. .... :.:... :: CCDS61 HFISQVVQDWKFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH 410 420 430 440 450 450 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Nov 3 18:19:43 2016 done: Thu Nov 3 18:19:44 2016 Total Scan time: 3.550 Total Display time: 0.110 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]