Result of FASTA (omim) for
pFN21AE0050
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0050, 469 aa
1>>>pF1KE0050 469 - 469 aa - 469 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4809+/-0.000672; mu= 14.2389+/- 0.041
mean_var=275.1299+/-55.968, 0's: 0 Z-trim(110.9): 2108 B-trim: 86 in 2/52
Lambda= 0.077322
statistics sampled from 16982 (19326) to 16982 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.538), E-opt: 0.2 (0.227), width: 16
Scan time: 7.210
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016882933 (OMIM: 616841) PREDICTED: zinc finger ( 469) 3338 387.0 5.8e-107
NP_001008801 (OMIM: 616841) zinc finger protein 46 ( 522) 3338 387.1 6.1e-107
XP_016882932 (OMIM: 616841) PREDICTED: zinc finger ( 541) 3338 387.2 6.2e-107
NP_001284554 (OMIM: 613910) zinc finger protein 48 ( 458) 1604 193.6 9.6e-49
NP_001284553 (OMIM: 613910) zinc finger protein 48 ( 492) 1604 193.7 1e-48
NP_653285 (OMIM: 613910) zinc finger protein 480 i ( 535) 1604 193.7 1e-48
XP_011524767 (OMIM: 613910) PREDICTED: zinc finger ( 535) 1604 193.7 1e-48
NP_001264875 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1490 181.0 6.9e-45
NP_001264880 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1490 181.0 6.9e-45
NP_001264881 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1490 181.0 6.9e-45
NP_001099020 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1490 181.0 6.9e-45
NP_001264876 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1490 181.0 6.9e-45
NP_060770 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 [H ( 516) 1490 181.0 6.9e-45
XP_016882440 (OMIM: 194558) PREDICTED: zinc finger ( 516) 1490 181.0 6.9e-45
NP_001264874 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1490 181.0 6.9e-45
NP_001099019 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1490 181.0 6.9e-45
NP_001099022 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1490 181.0 6.9e-45
NP_001264878 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1490 181.0 6.9e-45
NP_001099021 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1490 181.0 6.9e-45
NP_001264877 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1490 181.0 6.9e-45
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1486 180.8 1.2e-44
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1486 180.8 1.2e-44
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1486 180.8 1.2e-44
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1486 180.9 1.2e-44
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1486 180.9 1.2e-44
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1486 180.9 1.2e-44
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1486 180.9 1.2e-44
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1486 180.9 1.2e-44
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1486 180.9 1.2e-44
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1486 180.9 1.2e-44
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1486 180.9 1.2e-44
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1486 180.9 1.2e-44
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1486 180.9 1.2e-44
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1486 180.9 1.2e-44
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1486 180.9 1.2e-44
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1486 180.9 1.2e-44
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 1486 180.9 1.2e-44
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1466 178.4 4.8e-44
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1466 178.4 4.8e-44
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1466 178.4 4.9e-44
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1466 178.5 5e-44
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1466 178.5 5e-44
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1466 178.5 5e-44
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1466 178.5 5e-44
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1466 178.5 5e-44
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1466 178.5 5e-44
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1466 178.5 5.1e-44
XP_016882723 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 518) 1431 174.4 6.6e-43
NP_001243102 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 531) 1431 174.4 6.7e-43
XP_011526566 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 536) 1431 174.4 6.7e-43
>>XP_016882933 (OMIM: 616841) PREDICTED: zinc finger pro (469 aa)
initn: 3338 init1: 3338 opt: 3338 Z-score: 2041.4 bits: 387.0 E(85289): 5.8e-107
Smith-Waterman score: 3338; 100.0% identity (100.0% similar) in 469 aa overlap (1-469:1-469)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MLKTLSSTGQGNTEVIHTGTLHRQASHHIGEFCFHEIEKDIHGFEFQWKEDETNGHAAPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MLKTLSSTGQGNTEVIHTGTLHRQASHHIGEFCFHEIEKDIHGFEFQWKEDETNGHAAPM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 TEIKELAGSTGQHDQRHAGNKRIKDQLGSSFHLHLPEPHIFQSEGKIGNQVEKSINNASS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TEIKELAGSTGQHDQRHAGNKRIKDQLGSSFHLHLPEPHIFQSEGKIGNQVEKSINNASS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 VSTSQRICCRPKTHISNKYGNNSLHSSLLTQKWEVHMREKSFECIQSFKSFNCSSLLKKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VSTSQRICCRPKTHISNKYGNNSLHSSLLTQKWEVHMREKSFECIQSFKSFNCSSLLKKH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 QIIHLEEKQCKCDVCGKVFNQKRYLACHRRCHTGEKPYKCNECGKTFGHNSSLFIHKALH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QIIHLEEKQCKCDVCGKVFNQKRYLACHRRCHTGEKPYKCNECGKTFGHNSSLFIHKALH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 TGEKPYECEECDKVFSRKSHLERHKRIHTGEKPYKCKVCDEAFAYNSYLAKHTILHTGEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TGEKPYECEECDKVFSRKSHLERHKRIHTGEKPYKCKVCDEAFAYNSYLAKHTILHTGEK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 PYTCNECGKVFNRLSTLARHHRLHTGEKPYKCEECDKVFSRKSHLERHRRIHSGEKPYKC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PYTCNECGKVFNRLSTLARHHRLHTGEKPYKCEECDKVFSRKSHLERHRRIHSGEKPYKC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 EECCKVFSRKSNLERHRRIHTGEKPYKCKVCDKAFQRDSHLAQHQRVHTGEKPYKCNECG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EECCKVFSRKSNLERHRRIHTGEKPYKCKVCDKAFQRDSHLAQHQRVHTGEKPYKCNECG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KE0 KTFGQTSSLIIHRRLHTGEKPYKCNECGKTFSQMSSLVYHHRLHSGEKP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KTFGQTSSLIIHRRLHTGEKPYKCNECGKTFSQMSSLVYHHRLHSGEKP
430 440 450 460
>>NP_001008801 (OMIM: 616841) zinc finger protein 468 is (522 aa)
initn: 3338 init1: 3338 opt: 3338 Z-score: 2041.0 bits: 387.1 E(85289): 6.1e-107
Smith-Waterman score: 3338; 100.0% identity (100.0% similar) in 469 aa overlap (1-469:54-522)
10 20 30
pF1KE0 MLKTLSSTGQGNTEVIHTGTLHRQASHHIG
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CLDPAQRTLYRDVMLENYRNLVSLDISSKCMLKTLSSTGQGNTEVIHTGTLHRQASHHIG
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 EFCFHEIEKDIHGFEFQWKEDETNGHAAPMTEIKELAGSTGQHDQRHAGNKRIKDQLGSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EFCFHEIEKDIHGFEFQWKEDETNGHAAPMTEIKELAGSTGQHDQRHAGNKRIKDQLGSS
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 FHLHLPEPHIFQSEGKIGNQVEKSINNASSVSTSQRICCRPKTHISNKYGNNSLHSSLLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FHLHLPEPHIFQSEGKIGNQVEKSINNASSVSTSQRICCRPKTHISNKYGNNSLHSSLLT
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 QKWEVHMREKSFECIQSFKSFNCSSLLKKHQIIHLEEKQCKCDVCGKVFNQKRYLACHRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QKWEVHMREKSFECIQSFKSFNCSSLLKKHQIIHLEEKQCKCDVCGKVFNQKRYLACHRR
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 CHTGEKPYKCNECGKTFGHNSSLFIHKALHTGEKPYECEECDKVFSRKSHLERHKRIHTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CHTGEKPYKCNECGKTFGHNSSLFIHKALHTGEKPYECEECDKVFSRKSHLERHKRIHTG
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 EKPYKCKVCDEAFAYNSYLAKHTILHTGEKPYTCNECGKVFNRLSTLARHHRLHTGEKPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKPYKCKVCDEAFAYNSYLAKHTILHTGEKPYTCNECGKVFNRLSTLARHHRLHTGEKPY
330 340 350 360 370 380
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 KCEECDKVFSRKSHLERHRRIHSGEKPYKCEECCKVFSRKSNLERHRRIHTGEKPYKCKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KCEECDKVFSRKSHLERHRRIHSGEKPYKCEECCKVFSRKSNLERHRRIHTGEKPYKCKV
390 400 410 420 430 440
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 CDKAFQRDSHLAQHQRVHTGEKPYKCNECGKTFGQTSSLIIHRRLHTGEKPYKCNECGKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CDKAFQRDSHLAQHQRVHTGEKPYKCNECGKTFGQTSSLIIHRRLHTGEKPYKCNECGKT
450 460 470 480 490 500
460
pF1KE0 FSQMSSLVYHHRLHSGEKP
:::::::::::::::::::
NP_001 FSQMSSLVYHHRLHSGEKP
510 520
>>XP_016882932 (OMIM: 616841) PREDICTED: zinc finger pro (541 aa)
initn: 3338 init1: 3338 opt: 3338 Z-score: 2040.8 bits: 387.2 E(85289): 6.2e-107
Smith-Waterman score: 3338; 100.0% identity (100.0% similar) in 469 aa overlap (1-469:73-541)
10 20 30
pF1KE0 MLKTLSSTGQGNTEVIHTGTLHRQASHHIG
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CLDPAQRTLYRDVMLENYRNLVSLDISSKCMLKTLSSTGQGNTEVIHTGTLHRQASHHIG
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 EFCFHEIEKDIHGFEFQWKEDETNGHAAPMTEIKELAGSTGQHDQRHAGNKRIKDQLGSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EFCFHEIEKDIHGFEFQWKEDETNGHAAPMTEIKELAGSTGQHDQRHAGNKRIKDQLGSS
110 120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 FHLHLPEPHIFQSEGKIGNQVEKSINNASSVSTSQRICCRPKTHISNKYGNNSLHSSLLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FHLHLPEPHIFQSEGKIGNQVEKSINNASSVSTSQRICCRPKTHISNKYGNNSLHSSLLT
170 180 190 200 210 220
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 QKWEVHMREKSFECIQSFKSFNCSSLLKKHQIIHLEEKQCKCDVCGKVFNQKRYLACHRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QKWEVHMREKSFECIQSFKSFNCSSLLKKHQIIHLEEKQCKCDVCGKVFNQKRYLACHRR
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 CHTGEKPYKCNECGKTFGHNSSLFIHKALHTGEKPYECEECDKVFSRKSHLERHKRIHTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CHTGEKPYKCNECGKTFGHNSSLFIHKALHTGEKPYECEECDKVFSRKSHLERHKRIHTG
290 300 310 320 330 340
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 EKPYKCKVCDEAFAYNSYLAKHTILHTGEKPYTCNECGKVFNRLSTLARHHRLHTGEKPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EKPYKCKVCDEAFAYNSYLAKHTILHTGEKPYTCNECGKVFNRLSTLARHHRLHTGEKPY
350 360 370 380 390 400
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 KCEECDKVFSRKSHLERHRRIHSGEKPYKCEECCKVFSRKSNLERHRRIHTGEKPYKCKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KCEECDKVFSRKSHLERHRRIHSGEKPYKCEECCKVFSRKSNLERHRRIHTGEKPYKCKV
410 420 430 440 450 460
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 CDKAFQRDSHLAQHQRVHTGEKPYKCNECGKTFGQTSSLIIHRRLHTGEKPYKCNECGKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CDKAFQRDSHLAQHQRVHTGEKPYKCNECGKTFGQTSSLIIHRRLHTGEKPYKCNECGKT
470 480 490 500 510 520
460
pF1KE0 FSQMSSLVYHHRLHSGEKP
:::::::::::::::::::
XP_016 FSQMSSLVYHHRLHSGEKP
530 540
>>NP_001284554 (OMIM: 613910) zinc finger protein 480 is (458 aa)
initn: 1519 init1: 1519 opt: 1604 Z-score: 996.1 bits: 193.6 E(85289): 9.6e-49
Smith-Waterman score: 1604; 58.0% identity (79.0% similar) in 395 aa overlap (77-469:41-433)
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 QWKEDETNGHAAPMTEIKELAGSTGQHDQRHAGNKRIKDQLGSSFHLHLPEPHIFQSEGK
.: .: :: ::: :::::: : ..: .:
NP_001 GESEVKIAKNSDGRECIKGVNTGSSYALGSNAEDKPIKKQLGVSFHLHLSELELFPDERV
20 30 40 50 60 70
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 IG--NQVEKSINNASSVSTSQRICCRPKTHISNKYGNNSLHSSLLTQKWEVHMREKSFEC
:. ::::. ::..:::: :.. :: : :. :. ::.: :. .::.::: .::
NP_001 INGCNQVENFINHSSSVSCLQEMSSSVKTPIFNR--NDFDDSSFLPQEQKVHLREKPYEC
80 90 100 110 120
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 IQSFKSFNCSSLLKKHQIIHLEEKQCKCDVCGKVFNQKRYLACHRRCHTGEKPYKCNECG
. : : :: : :::.:: :: ::. :::::... .:: : : :::::::::: ::
NP_001 NEHSKVFRVSSSLTKHQVIHTVEKPYKCNSCGKVFSRNSHLAEHCRIHTGEKPYKCNVCG
130 140 150 160 170 180
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 KTFGHNSSLFIHKALHTGEKPYECEECDKVFSRKSHLERHKRIHTGEKPYKCKVCDEAFA
:.:..::.. :. .:: ::::::.:: :::: .:.: ::.:::. ::::::. : ..:.
NP_001 KVFSYNSNFARHQRIHTREKPYECNECGKVFSNNSYLARHQRIHAEEKPYKCNECGKGFS
190 200 210 220 230 240
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 YNSYLAKHTILHTGEKPYTCNECGKVFNRLSTLARHHRLHTGEKPYKCEECDKVFSRKSH
..: ::.: ..:::::: :.::::.: :.. :.::...:::::::::.:: ::: ..::
NP_001 HKSSLANHWRIYTGEKPYKCDECGKAFYRIALLVRHQKIHTGEKPYKCNECGKVFIQNSH
250 260 270 280 290 300
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 LERHRRIHSGEKPYKCEECCKVFSRKSNLERHRRIHTGEKPYKCKVCDKAFQRDSHLAQH
: .: :::.:::::::.:: :::.. ::: ::::::::::::::. : :::.. : :. :
NP_001 LAQHWRIHTGEKPYKCNECGKVFNQLSNLARHRRIHTGEKPYKCNECGKAFSEYSGLSAH
310 320 330 340 350 360
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 QRVHTGEKPYKCNECGKTFGQTSSLIIHRRLHTGEKPYKCNECGKTFSQMSSLVYHHRLH
.:::::::::.::::.: . :: :.:.::::.:::::::::.:.... :. :...:
NP_001 LVIHTGEKPYKCSECGKAFRHKLSLTNHQRIHTGERPYKCNECGKVFNRIAHLARHRKIH
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 SGEKP
.::::
NP_001 TGEKPYKCNECGKAFSRISYLAQHWTIHMG
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NP_653 TGEKPYKCNECGKAFSRISYLAQHWTIHMG
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pF1KE0 SGEKP
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XP_011 TGEKPYKCNECGKAFSRISYLAQHWTIHMG
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pF1KE0 YHHRLHSGEKP
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NP_001 QHHRIHTGEKPYKCDECGKVFSQNSYLAYHWRIHTGEKAYKCNECGKVFGLNSSLAHHRK
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NP_001 NECGKVFGLNSSLAHHRKIHTGEKPFKCNECGKAFSMRSSLTNHHAIHTGEKHFKCNECG
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pF1KE0 EAFAYNSYLAKHTILHTGEKPYTCNECGKVFNRLSTLARHHRLHTGEKPYKCEECDKVFS
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NP_001 KLFRDNSYLVRHQRFHAGKKSNTCN
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initn: 1470 init1: 1470 opt: 1490 Z-score: 926.9 bits: 181.0 E(85289): 6.9e-45
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pF1KE0 IHGFEFQWKEDETNGHAAPMTEIKELAGSTGQHDQRHAGNKRIKDQLGSSFHLHLPEPHI
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NP_001 MHGRKDD--AQKQPVKNQLGLNPQSHLPELQL
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pF1KE0 FQSEGKIG--NQVEKSINNASSVSTSQRICCRPKTHISNKYGNNSLHSSLLTQKWEVHMR
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NP_001 FQAEGKIYKYDHMEKSVNSSSLVSPPQRISSTVKTHISHTYECNFV-DSLFTQKEKANIG
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NP_001 KCNECGKVFHNMSHLAQHRRIHTGEKPYKCNECGKVFNQISHLAQHQRIHTGEKPYKCNE
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