Result of FASTA (omim) for pFN21AB6405
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6405, 305 aa
  1>>>pF1KB6405 305 - 305 aa - 305 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1787+/-0.000411; mu= 15.6850+/- 0.025
 mean_var=59.0221+/-12.551, 0's: 0 Z-trim(108.9): 41  B-trim: 144 in 1/52
 Lambda= 0.166942
 statistics sampled from 17055 (17078) to 17055 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.561), E-opt: 0.2 (0.2), width:  16
 Scan time:  6.210

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001405 (OMIM: 603896,606686) translation initia ( 305) 1931 473.8 1.8e-133
XP_011531449 (OMIM: 603896,606687) PREDICTED: tran ( 317)  344 91.6 2.2e-18
NP_001305898 (OMIM: 603896,606687) translation ini ( 317)  344 91.6 2.2e-18
NP_001305897 (OMIM: 603896,606687) translation ini ( 328)  344 91.6 2.3e-18
NP_001305896 (OMIM: 603896,606687) translation ini ( 492)  344 91.7 3.2e-18
XP_006712195 (OMIM: 603896,606687) PREDICTED: tran ( 507)  344 91.7 3.3e-18
NP_001305895 (OMIM: 603896,606687) translation ini ( 508)  344 91.7 3.3e-18
NP_056451 (OMIM: 603896,606687) translation initia ( 522)  344 91.7 3.4e-18
NP_001029288 (OMIM: 603896,606687) translation ini ( 523)  344 91.7 3.4e-18
NP_751945 (OMIM: 603896,606687) translation initia ( 543)  344 91.7 3.5e-18
NP_001305894 (OMIM: 603896,606687) translation ini ( 544)  344 91.7 3.5e-18
NP_055054 (OMIM: 603896,606454) translation initia ( 351)  317 85.1 2.2e-16
NP_001026897 (OMIM: 615105) methylthioribose-1-pho ( 369)  251 69.2 1.4e-11
XP_011526658 (OMIM: 615105) PREDICTED: methylthior ( 322)  221 62.0 1.8e-09
NP_001316501 (OMIM: 615105) methylthioribose-1-pho ( 340)  219 61.5 2.7e-09
NP_115661 (OMIM: 615105) methylthioribose-1-phosph ( 322)  213 60.1   7e-09


>>NP_001405 (OMIM: 603896,606686) translation initiation  (305 aa)
 initn: 1931 init1: 1931 opt: 1931  Z-score: 2517.0  bits: 473.8 E(85289): 1.8e-133
Smith-Waterman score: 1931; 100.0% identity (100.0% similar) in 305 aa overlap (1-305:1-305)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MDDKELIEYFKSQMKEDPDMASAVAAIRTLLEFLKRDKGETIQGLRANLTSAIETLCGVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MDDKELIEYFKSQMKEDPDMASAVAAIRTLLEFLKRDKGETIQGLRANLTSAIETLCGVD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 SSVAVSSGGELFLRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSVAVSSGGELFLRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 DGATILTHAYSRVVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DGATILTHAYSRVVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 AAVGYIMEKADLVIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFVRLFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAVGYIMEKADLVIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFVRLFP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 LNQQDVPDKFKYKADTLKVAQTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LNQQDVPDKFKYKADTLKVAQTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDEL
              250       260       270       280       290       300

            
pF1KB6 IKLYL
       :::::
NP_001 IKLYL
            

>>XP_011531449 (OMIM: 603896,606687) PREDICTED: translat  (317 aa)
 initn: 279 init1: 279 opt: 344  Z-score: 451.1  bits: 91.6 E(85289): 2.2e-18
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:105-306)

             80        90       100       110       120       130  
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
                                     .: :. . :. . .  :..: .::... : 
XP_011 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
           80        90       100       110       120       130    

            140       150       160       170       180       190  
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
       .: :.:. : .  .:: : :..:.: : :..  ..: : .::.. .:  :..:.. ... 
XP_011 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
          140       150       160       170       180       190    

            200       210       220       230            240       
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
       :..::.... ::......:: :.:. :.:.: :  :  :..::  :.    :  :. : :
XP_011 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
          200       210       220       230       240       250    

       250        260         270       280       290       300    
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
       : .. : .. . .:  :.  .:.  .   : : : :. :..:.::..  :.:        
XP_011 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
          260       270       280       290       300       310    

          
pF1KB6 L  
          
XP_011 SDQ
          

>>NP_001305898 (OMIM: 603896,606687) translation initiat  (317 aa)
 initn: 279 init1: 279 opt: 344  Z-score: 451.1  bits: 91.6 E(85289): 2.2e-18
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:105-306)

             80        90       100       110       120       130  
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
                                     .: :. . :. . .  :..: .::... : 
NP_001 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
           80        90       100       110       120       130    

            140       150       160       170       180       190  
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
       .: :.:. : .  .:: : :..:.: : :..  ..: : .::.. .:  :..:.. ... 
NP_001 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
          140       150       160       170       180       190    

            200       210       220       230            240       
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
       :..::.... ::......:: :.:. :.:.: :  :  :..::  :.    :  :. : :
NP_001 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
          200       210       220       230       240       250    

       250        260         270       280       290       300    
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
       : .. : .. . .:  :.  .:.  .   : : : :. :..:.::..  :.:        
NP_001 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
          260       270       280       290       300       310    

          
pF1KB6 L  
          
NP_001 SDQ
          

>>NP_001305897 (OMIM: 603896,606687) translation initiat  (328 aa)
 initn: 279 init1: 279 opt: 344  Z-score: 450.8  bits: 91.6 E(85289): 2.3e-18
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:116-317)

             80        90       100       110       120       130  
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
                                     .: :. . :. . .  :..: .::... : 
NP_001 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
          90       100       110       120       130       140     

            140       150       160       170       180       190  
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
       .: :.:. : .  .:: : :..:.: : :..  ..: : .::.. .:  :..:.. ... 
NP_001 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
         150       160       170       180       190       200     

            200       210       220       230            240       
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
       :..::.... ::......:: :.:. :.:.: :  :  :..::  :.    :  :. : :
NP_001 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
         210       220       230       240       250       260     

       250        260         270       280       290       300    
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
       : .. : .. . .:  :.  .:.  .   : : : :. :..:.::..  :.:        
NP_001 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
         270       280       290       300       310       320     

          
pF1KB6 L  
          
NP_001 SDQ
          

>>NP_001305896 (OMIM: 603896,606687) translation initiat  (492 aa)
 initn: 279 init1: 279 opt: 344  Z-score: 448.1  bits: 91.7 E(85289): 3.2e-18
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:280-481)

             80        90       100       110       120       130  
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
                                     .: :. . :. . .  :..: .::... : 
NP_001 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
     250       260       270       280       290       300         

            140       150       160       170       180       190  
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
       .: :.:. : .  .:: : :..:.: : :..  ..: : .::.. .:  :..:.. ... 
NP_001 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
     310       320       330       340       350       360         

            200       210       220       230            240       
pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
       :..::.... ::......:: :.:. :.:.: :  :  :..::  :.    :  :. : :
NP_001 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
     370       380       390       400       410       420         

       250        260         270       280       290       300    
pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
       : .. : .. . .:  :.  .:.  .   : : : :. :..:.::..  :.:        
NP_001 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
     430       440       450       460       470       480         

          
pF1KB6 L  
          
NP_001 SDQ
     490  

>>XP_006712195 (OMIM: 603896,606687) PREDICTED: translat  (507 aa)
 initn: 279 init1: 279 opt: 344  Z-score: 447.9  bits: 91.7 E(85289): 3.3e-18
Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:295-496)

             80        90       100       110       120       130  
pF1KB6 LRFISLASLEYSDYSKCKKIMIERGELFLRRISLSRNKIADLCHTFIKDGATILTHAYSR
                                     .: :. . :. . .  :..: .::... : 
XP_006 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
          270       280       290       300       310       320    

            140       150       160       170       180       190  
pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
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       :..::.... ::......:: :.:. :.:.: :  :  :..::  :.    :  :. : :
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XP_006 SDQ
          

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pF1KB6 L  
          
NP_001 SDQ
          

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Smith-Waterman score: 344; 31.7% identity (67.3% similar) in 202 aa overlap (103-296:310-511)

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pF1KB6 L  
          
NP_056 SDQ
     520  

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NP_001 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
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pF1KB6 VVLRVLEAAVAAKKRFSVYVTESQPDLSGKKMAKALCHLNVPVTVVLDAAVGYIMEKADL
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NP_001 LVSRILQEAWTEGRRFRVVVVDSRPWLEGRHTLRSLVHAGVPASYLLIPAASYVLPEVSK
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pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
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NP_001 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
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pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
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NP_001 DDLQCKRGEHVALANWQNHASLRLLNLVYDVTPPELVDLVITELGMIPCSSVPVVLRVKS
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pF1KB6 L  
          
NP_001 SDQ
          

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NP_751 NKEITSVGSSKREEEAKSELRAAIDRYVQEKIVLAAQAISRFAYQKISNGDVILVYGCSS
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pF1KB6 VIVGAEGVVENGGIINKIGTNQMAVCAKAQNKPFYVVAESFKFV-RL----FPLNQQDVP
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NP_751 VLLGAHALLANGSVMSRVGTAQLALVARAHNVPVLVCCETYKFCERVQTDAFVSNELDDP
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pF1KB6 DKFKYK-ADTLKVA--QTGQDLKEEHPWVDYTAPSLITLLFTDLGVLTPSAVSDELIKLY
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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