FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1537, 912 aa 1>>>pF1KE1537 912 - 912 aa - 912 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5312+/-0.000926; mu= 7.4033+/- 0.056 mean_var=192.2539+/-38.181, 0's: 0 Z-trim(112.8): 80 B-trim: 140 in 1/53 Lambda= 0.092499 statistics sampled from 13406 (13486) to 13406 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.414), width: 16 Scan time: 5.250 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS12591.1 ARHGEF1 gene_id:9138|Hs108|chr19 ( 912) 6086 825.2 0 CCDS12590.1 ARHGEF1 gene_id:9138|Hs108|chr19 ( 927) 6086 825.2 0 CCDS12592.1 ARHGEF1 gene_id:9138|Hs108|chr19 ( 879) 5361 728.4 1.4e-209 CCDS1162.1 ARHGEF11 gene_id:9826|Hs108|chr1 (1522) 1268 182.4 5.6e-45 CCDS1163.1 ARHGEF11 gene_id:9826|Hs108|chr1 (1562) 1268 182.4 5.7e-45 CCDS76487.1 ARHGEF12 gene_id:23365|Hs108|chr11 (1441) 1259 181.2 1.2e-44 CCDS55794.1 ARHGEF12 gene_id:23365|Hs108|chr11 (1525) 1259 181.2 1.3e-44 CCDS41727.1 ARHGEF12 gene_id:23365|Hs108|chr11 (1544) 1259 181.2 1.3e-44 CCDS73778.1 AKAP13 gene_id:11214|Hs108|chr15 (1434) 636 98.0 1.3e-19 CCDS32319.1 AKAP13 gene_id:11214|Hs108|chr15 (2813) 636 98.2 2.2e-19 CCDS32320.1 AKAP13 gene_id:11214|Hs108|chr15 (2817) 636 98.2 2.2e-19 CCDS45946.1 ARHGEF18 gene_id:23370|Hs108|chr19 (1173) 626 96.6 2.8e-19 CCDS12177.1 ARHGEF18 gene_id:23370|Hs108|chr19 (1015) 609 94.3 1.2e-18 CCDS58957.1 ARHGEF28 gene_id:64283|Hs108|chr5 (1392) 547 86.1 4.8e-16 CCDS54870.1 ARHGEF28 gene_id:64283|Hs108|chr5 (1705) 547 86.2 5.7e-16 CCDS47231.2 ARHGEF28 gene_id:64283|Hs108|chr5 (1731) 547 86.2 5.7e-16 CCDS1125.1 ARHGEF2 gene_id:9181|Hs108|chr1 ( 958) 539 85.0 7.5e-16 CCDS53375.1 ARHGEF2 gene_id:9181|Hs108|chr1 ( 985) 539 85.0 7.7e-16 CCDS53376.1 ARHGEF2 gene_id:9181|Hs108|chr1 ( 986) 539 85.0 7.7e-16 CCDS57967.1 PLEKHG5 gene_id:57449|Hs108|chr1 ( 930) 428 70.1 2.1e-11 CCDS79.1 PLEKHG5 gene_id:57449|Hs108|chr1 (1006) 428 70.2 2.3e-11 CCDS41241.1 PLEKHG5 gene_id:57449|Hs108|chr1 (1062) 428 70.2 2.4e-11 CCDS57968.1 PLEKHG5 gene_id:57449|Hs108|chr1 (1075) 428 70.2 2.4e-11 CCDS41240.1 PLEKHG5 gene_id:57449|Hs108|chr1 (1083) 428 70.2 2.4e-11 CCDS57969.1 PLEKHG5 gene_id:57449|Hs108|chr1 (1085) 428 70.2 2.4e-11 >>CCDS12591.1 ARHGEF1 gene_id:9138|Hs108|chr19 (912 aa) initn: 6086 init1: 6086 opt: 6086 Z-score: 4398.9 bits: 825.2 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 6086; 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CCDS11 RVAQHHRRQGSDAAVPSTGDQGVDQSPKPLIIGPE-EDYDPGYFNN--ESDIIFQDLEKL 270 280 290 300 310 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 KRRPAHLMALLQHVALQFEPGPLLCCLHADMLGSLGPKEAKKAFLDFYHSFLEKTAVLRV : ::::: ..:... : .:.::: : :.. . .::.... :... ::::.: ::: CCDS11 KSRPAHLGVFLRYIFSQADPSPLLFYLCAEVYQQASPKDSRSLGKDIWNIFLEKNAPLRV 320 330 340 350 360 370 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 PVPPNVAFELD-RTRADLISEDVQRRFVQEVVQSQQVAVGRQLEDFRSKRLMGMTPWEQE .: . :.: : : :::. : . :. .. . . .:..:.:.:: .:. : CCDS11 KIPEMLQAEIDSRLRN---SEDA-RGVLCEAQEAAMPEIQEQIHDYRTKRTLGLGSLYGE 380 390 400 410 420 430 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 LAQLEAWVGRDRASYEARERHVAERLLMHLEEMQHTISTDEEKSAAVVNAIGLYMRHLGV : : . :::.:::. : : .. .:..:: . :.. :: : :. CCDS11 NDLL------DLDGDPLRERQVAEKQLAALGDILSKY--EEDRSAPMDFALNTYMSHAGI 440 450 460 470 480 240 250 260 270 pF1KE1 RTKSG-------------DKKSGRNFFRK-KVMGNRRSDEPAKTKKGLSSILDAARWNRG : . . :: . :: : : .: .... : : . :: .. CCDS11 RLREARPSNTAEKAQSAPDKDKWLPFFPKTKKSSNSKKEKDALEDKKRNPILKYIGKPKS 490 500 510 520 530 540 280 290 300 310 pF1KE1 EPQ----VP---------DFRHL------KAEVDAEKPGATDRKGGVGMP--------SR : .: . :.. . . :: .:: :.: . ..: :: CCDS11 SSQSTFHIPLSPVEVKPGNVRNIIQHFENNQQYDAPEPG-TQRLSTGSFPEDLLESDSSR 550 560 570 580 590 600 320 330 340 350 360 pF1KE1 D-----RNIGAPGQDTPGVSLH----PLSLDSPDREPGADAP-LELGDSSPQGPMSLESL . :. . :.. : . : : .. : . .:.: :. . :: . .: .:: CCDS11 SEIRLGRSESLKGREEMKRSRKAENVPRSRSDVDMDAAAEATRLHQSASSSTSSLSTRSL 610 620 630 640 650 660 370 380 390 400 pF1KE1 ---APPESTDEGAET-ESPEPG---D-------EGEPGR-SGLELEPEEPPGWRELVPPD .:: . : .. ::: : : : . :. : :: ::. .:.. : : CCDS11 ENPTPPFTPKMGRRSIESPSLGFCTDTLLPHLLEDDLGQLSDLEPEPDAQ-NWQHTVGKD 670 680 690 700 710 720 410 420 430 440 450 460 pF1KE1 TLHSLPKSQVKRQEVISELLVTEAAHVRMLRVLHDLFFQPMAECLFFPLEELQNIFPSLD .. .: . .. :::::.::.::::.:.: :::: .:.: : . ..: ::: .::.: CCDS11 VVAGLTQREIDRQEVINELFVTEASHLRTLRVLDLIFYQRMKKENLMPREELARLFPNLP 730 740 750 760 770 780 470 480 490 500 510 520 pF1KE1 ELIEVHSLFLDRLMKRRQESGYLIEEIGDVLLARFDGAEGSWFQKISSRFCSRQSFALEQ ::::.:. . . ::. .: : .:.::.:..:::::: .:.....::: ::.::: CCDS11 ELIEIHNSWCEA-MKKLREEGPIIKEISDLMLARFDGPAREELQQVAAQFCSYQSIALEL 790 800 810 820 830 840 530 540 550 560 570 580 pF1KE1 LKAKQRKDPRFCAFVQEAESRPRCRRLQLKDMIPTEMQRLTKYPLLLQSIGQNTEEPT-E .:.::::. :: :.:::::.:.::::::.:.: .::::::::::::.:: ..:: : : CCDS11 IKTKQRKESRFQLFMQEAESHPQCRRLQLRDLIISEMQRLTKYPLLLESIIKHTEGGTSE 850 860 870 880 890 900 590 600 610 620 630 640 pF1KE1 REKVELAAECCREILHHVNQAVRDMEDLLRLKDYQRRLDLSHLRQSSDPMLSEFKNLDIT .::. : . :::::..::.::.. :. ::. ::.::: . :...:.:. .:::.::.: CCDS11 HEKLCRARDQCREILKYVNEAVKQTENRHRLEGYQKRLDATALERASNPLAAEFKSLDLT 910 920 930 940 950 960 650 660 670 680 690 700 pF1KE1 KKKLVHEGPLTWRVTKDKAVEVHVLLLDDLLLLLQRQDERLLLKSHSRTLTPTPDGKTML .:..::::::::..:::....:::::.:::.:::.:::.:::: ::.: . . :.: . CCDS11 TRKMIHEGPLTWRISKDKTLDLHVLLLEDLLVLLQKQDEKLLLKCHSKTAVGSSDSKQTF 970 980 990 1000 1010 1020 710 720 730 740 750 760 pF1KE1 RPVLRLTSAMTREVATDHKAFYVLFTWDQ-EAQIYELVAQTVSERKNWCALITETAGSLK :::.:.... : ::::..::... : ::::::: : :....: :. :.. . CCDS11 SPVLKLNAVLIRSVATDKRAFFIICTSKLGPPQIYELVALTSSDKNTWMELLEEAVRN-A 1030 1040 1050 1060 1070 1080 770 780 790 800 810 820 pF1KE1 VPAPASRPKP-RPSPSSTREPLLSSSENGNGGRETSPADARTERILSDLLPFCRPGPEGQ . :.. : : .: : . ::: ...: :. .:.: ::.. .: :: CCDS11 TRHPGAAPMPVHPPPPGPREP----AQQG-------PTPSRVELDDSDVF-HGEPEPEEL 1090 1100 1110 1120 830 840 850 860 870 880 pF1KE1 LAAT-ALRKVLSLKQLLFPAEEDNGAGPPRDGDGVPGGGPLSPARTQEIQENLLSLEETM ..: . ..: . .:.:. :..:.. .. .: CCDS11 PGGTGSQQRVQGKHQVLLEDPEQEGSAEEEELGVLPCPSTSLDGENRGIRTRNPIHLAFP 1130 1140 1150 1160 1170 1180 890 900 910 pF1KE1 KQLEELEEEFCRLRPLLSQLGGNSVPQPGCT CCDS11 GPLFMEGLADSALEDVENLRHLILWSLLPGHTMETQAAQEPEDDLTPTPSVISVTSHPWD 1190 1200 1210 1220 1230 1240 >>CCDS1163.1 ARHGEF11 gene_id:9826|Hs108|chr1 (1562 aa) initn: 897 init1: 712 opt: 1268 Z-score: 920.8 bits: 182.4 E(32554): 5.7e-45 Smith-Waterman score: 1569; 37.1% identity (63.2% similar) in 906 aa overlap (23-857:331-1205) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MEDFARGAASPGPSRPGLVPVSIIGAEDEDFENELETNSEEQNSQFQSLEQV ::: : ::.. .: :.. ::.::.. CCDS11 RVAQHHRRQGSDAAVPSTGDQGVDQSPKPLIIGPE-EDYDPGYFNN--ESDIIFQDLEKL 310 320 330 340 350 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 KRRPAHLMALLQHVALQFEPGPLLCCLHADMLGSLGPKEAKKAFLDFYHSFLEKTAVLRV : ::::: ..:... : .:.::: : :.. . .::.... :... ::::.: ::: CCDS11 KSRPAHLGVFLRYIFSQADPSPLLFYLCAEVYQQASPKDSRSLGKDIWNIFLEKNAPLRV 360 370 380 390 400 410 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 PVPPNVAFELD-RTRADLISEDVQRRFVQEVVQSQQVAVGRQLEDFRSKRLMGMTPWEQE .: . :.: : : :::. : . :. .. . . .:..:.:.:: .:. : CCDS11 KIPEMLQAEIDSRLRN---SEDA-RGVLCEAQEAAMPEIQEQIHDYRTKRTLGLGSLYGE 420 430 440 450 460 470 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 LAQLEAWVGRDRASYEARERHVAERLLMHLEEMQHTISTDEEKSAAVVNAIGLYMRHLGV : : . :::.:::. : : .. .:..:: . :.. :: : :. CCDS11 NDLL------DLDGDPLRERQVAEKQLAALGDILSKY--EEDRSAPMDFALNTYMSHAGI 480 490 500 510 520 240 250 260 270 pF1KE1 RTKSG-------------DKKSGRNFFRK-KVMGNRRSDEPAKTKKGLSSILDAARWNRG : . . :: . :: : : .: .... : : . :: .. CCDS11 RLREARPSNTAEKAQSAPDKDKWLPFFPKTKKSSNSKKEKDALEDKKRNPILKYIGKPKS 530 540 550 560 570 580 280 290 300 310 pF1KE1 EPQ----VP---------DFRHL------KAEVDAEKPGATDRKGGVGMP--------SR : .: . :.. . . :: .:: :.: . ..: :: CCDS11 SSQSTFHIPLSPVEVKPGNVRNIIQHFENNQQYDAPEPG-TQRLSTGSFPEDLLESDSSR 590 600 610 620 630 640 320 330 340 350 360 pF1KE1 D-----RNIGAPGQDTPGVSLH----PLSLDSPDREPGADAP-LELGDSSPQGPMSLESL . :. . :.. : . : : .. : . .:.: :. . :: . .: .:: CCDS11 SEIRLGRSESLKGREEMKRSRKAENVPRSRSDVDMDAAAEATRLHQSASSSTSSLSTRSL 650 660 670 680 690 700 370 380 390 400 pF1KE1 ---APPESTDEGAET-ESPEPG---D-------EGEPGR-SGLELEPEEPPGWRELVPPD .:: . : .. ::: : : : . :. : :: ::. .:.. : : CCDS11 ENPTPPFTPKMGRRSIESPSLGFCTDTLLPHLLEDDLGQLSDLEPEPDAQ-NWQHTVGKD 710 720 730 740 750 760 410 420 430 440 450 460 pF1KE1 TLHSLPKSQVKRQEVISELLVTEAAHVRMLRVLHDLFFQPMAECLFFPLEELQNIFPSLD .. .: . .. :::::.::.::::.:.: :::: .:.: : . ..: ::: .::.: CCDS11 VVAGLTQREIDRQEVINELFVTEASHLRTLRVLDLIFYQRMKKENLMPREELARLFPNLP 770 780 790 800 810 820 470 480 490 500 510 520 pF1KE1 ELIEVHSLFLDRLMKRRQESGYLIEEIGDVLLARFDGAEGSWFQKISSRFCSRQSFALEQ ::::.:. . . ::. .: : .:.::.:..:::::: .:.....::: ::.::: CCDS11 ELIEIHNSWCEA-MKKLREEGPIIKEISDLMLARFDGPAREELQQVAAQFCSYQSIALEL 830 840 850 860 870 880 530 540 550 560 570 580 pF1KE1 LKAKQRKDPRFCAFVQEAESRPRCRRLQLKDMIPTEMQRLTKYPLLLQSIGQNTEEPT-E .:.::::. :: :.:::::.:.::::::.:.: .::::::::::::.:: ..:: : : CCDS11 IKTKQRKESRFQLFMQEAESHPQCRRLQLRDLIISEMQRLTKYPLLLESIIKHTEGGTSE 890 900 910 920 930 940 590 600 610 620 630 640 pF1KE1 REKVELAAECCREILHHVNQAVRDMEDLLRLKDYQRRLDLSHLRQSSDPMLSEFKNLDIT .::. : . :::::..::.::.. :. ::. ::.::: . :...:.:. .:::.::.: CCDS11 HEKLCRARDQCREILKYVNEAVKQTENRHRLEGYQKRLDATALERASNPLAAEFKSLDLT 950 960 970 980 990 1000 650 660 670 680 690 700 pF1KE1 KKKLVHEGPLTWRVTKDKAVEVHVLLLDDLLLLLQRQDERLLLKSHSRTLTPTPDGKTML .:..::::::::..:::....:::::.:::.:::.:::.:::: ::.: . . :.: . CCDS11 TRKMIHEGPLTWRISKDKTLDLHVLLLEDLLVLLQKQDEKLLLKCHSKTAVGSSDSKQTF 1010 1020 1030 1040 1050 1060 710 720 730 740 750 760 pF1KE1 RPVLRLTSAMTREVATDHKAFYVLFTWDQ-EAQIYELVAQTVSERKNWCALITETAGSLK :::.:.... : ::::..::... : ::::::: : :....: :. :.. . CCDS11 SPVLKLNAVLIRSVATDKRAFFIICTSKLGPPQIYELVALTSSDKNTWMELLEEAVRN-A 1070 1080 1090 1100 1110 1120 770 780 790 800 810 820 pF1KE1 VPAPASRPKP-RPSPSSTREPLLSSSENGNGGRETSPADARTERILSDLLPFCRPGPEGQ . :.. : : .: : . ::: ...: :. .:.: ::.. .: :: CCDS11 TRHPGAAPMPVHPPPPGPREP----AQQG-------PTPSRVELDDSDVF-HGEPEPEEL 1130 1140 1150 1160 830 840 850 860 870 880 pF1KE1 LAAT-ALRKVLSLKQLLFPAEEDNGAGPPRDGDGVPGGGPLSPARTQEIQENLLSLEETM ..: . ..: . .:.:. :..:.. .. .: CCDS11 PGGTGSQQRVQGKHQVLLEDPEQEGSAEEEELGVLPCPSTSLDGENRGIRTRNPIHLAFP 1170 1180 1190 1200 1210 1220 890 900 910 pF1KE1 KQLEELEEEFCRLRPLLSQLGGNSVPQPGCT CCDS11 GPLFMEGLADSALEDVENLRHLILWSLLPGHTMETQAAQEPEDDLTPTPSVISVTSHPWD 1230 1240 1250 1260 1270 1280 >>CCDS76487.1 ARHGEF12 gene_id:23365|Hs108|chr11 (1441 aa) initn: 1755 init1: 1008 opt: 1259 Z-score: 914.8 bits: 181.2 E(32554): 1.2e-44 Smith-Waterman score: 1811; 40.4% identity (68.6% similar) in 811 aa overlap (23-777:247-1046) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MEDFARGAASPGPSRPGLVPVSIIGAEDEDFENELETNSEEQNSQFQSLEQV ::::::.:: .: : . : : :::.: . CCDS76 LEENPEKSETIQDTDTQSLVGSPSTRIAPHIIGAEDDDFGTEHEQING-QCSCFQSIELL 220 230 240 250 260 270 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 KRRPAHLMALLQHVALQFEPGPLLCCLHADMLGSLGPKEAKKAFLDFYHSFLEKTAVLRV : ::::: ..:.::. ::.:. ::: :..:. . ::... ::.:.. ::...: :.: CCDS76 KSRPAHLAVFLHHVVSQFDPATLLCYLYSDLYKHTNSKETRRIFLEFHQFFLDRSAHLKV 280 290 300 310 320 330 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 PVPPNVAFELDRTRADLISEDVQRRFVQEVVQSQQVAVGRQLEDFRSKRLMGMTPWEQEL :: ... .:.. : .:: ::..:...: . . . : :.:::::.:: ::.: :.:: CCDS76 SVPDEMSADLEKRRPELIPEDLHRHYIQTMQERVHPEVQRHLEDFRQKRSMGLTLAESEL 340 350 360 370 380 390 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 AQLEAWVGRDRASYEARERHVAERLLMHLEEMQHTI-STDEEKSAAVVNAIGLYMRHLGV ..:.: .:: . : .:: ::... ..::. : ...:.::... .: .::.:::: CCDS76 TKLDAERDKDRLTLE-KERTCAEQIVAKIEEVLMTAQAVEEDKSSTMQYVILMYMKHLGV 400 410 420 430 440 450 240 250 260 270 280 pF1KE1 RTKSG---DKKSGRNFFRKKVMGNRRSDEPAKTK---KGLSSILDAARWNRGEPQVPDFR ..: ..: :: : :. . ..:. .. : .:. ::: : :. :. : CCDS76 KVKEPRNLEHKRGRIGFLPKIKQSMKKDKEGEEKGKRRGFPSIL-------GPPRRPS-R 460 470 480 490 500 290 300 310 320 pF1KE1 HLKAEVD-------AEKPGATDRKGGVGMPSRD----RNIGAPGQDT-----PGVSLHPL : .. . :..: . ..:. .: :. : .. : :. :. . CCDS76 HDNSAIGRAMELQKARHPKHLSTPSSVSPEPQDSAKLRQSGLANEGTDAGYLPANSMSSV 510 520 530 540 550 560 330 340 350 360 370 pF1KE1 -SLDSPDREPGADAPL---ELGDSSPQG------PMSLESLA--PPESTDEGAETE---- : : ..: : . ..:..: : : .:... :: :. : : CCDS76 ASGASFSQEGGKENDTGSKQVGETSAPGDTLDGTPRTLNTVFDFPPPPLDQVQEEECEVE 570 580 590 600 610 620 380 390 400 410 pF1KE1 ------SPEPG---DEGEPGRSGLELEPEE------PPGWRELVPPDTLHSLPKSQVKRQ .:.: : :.: : : : ::.:..:: ..: .: ..::: CCDS76 RVTEHGTPKPFRKFDSVAFGESQSEDEQFENDLETDPPNWQQLVSREVLLGLKPCEIKRQ 630 640 650 660 670 680 420 430 440 450 460 470 pF1KE1 EVISELLVTEAAHVRMLRVLHDLFFQPMAECLFFPLEELQNIFPSLDELIEVHSLFLDRL :::.::. :: :::: :.:: ..:.: ... .. ::..:: .:......: . :.. 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