FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4452, 470 aa 1>>>pF1KE4452 470 - 470 aa - 470 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7002+/-0.000592; mu= -6.1714+/- 0.036 mean_var=442.1931+/-94.134, 0's: 0 Z-trim(117.0): 171 B-trim: 425 in 1/58 Lambda= 0.060991 statistics sampled from 28370 (28542) to 28370 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.656), E-opt: 0.2 (0.335), width: 16 Scan time: 7.350 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470) 2947 274.2 5.3e-73 NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466) 1817 174.8 4.5e-43 XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466) 1817 174.8 4.5e-43 NP_006253 (OMIM: 105400,170710) peripherin [Homo s ( 470) 1664 161.3 5.1e-39 XP_005269082 (OMIM: 105400,170710) PREDICTED: peri ( 471) 1652 160.3 1.1e-38 NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432) 1580 153.9 8.1e-37 NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431) 1470 144.2 6.7e-34 XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glia ( 472) 1470 144.3 7.1e-34 NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 438) 1458 143.2 1.4e-33 NP_116116 (OMIM: 605338) alpha-internexin [Homo sa ( 499) 1192 119.8 1.7e-26 NP_006149 (OMIM: 162280,607684,607734) neurofilame ( 543) 1150 116.2 2.3e-25 NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium poly ( 916) 1074 109.8 3.4e-23 XP_011528502 (OMIM: 105400,162230,616924) PREDICTE ( 924) 938 97.8 1.4e-19 NP_066554 (OMIM: 105400,162230,616924) neurofilame (1020) 938 97.8 1.4e-19 NP_002264 (OMIM: 148060) keratin, type II cytoskel ( 483) 831 88.1 6e-17 NP_001243222 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 483) 831 88.1 6e-17 NP_001243211 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 511) 831 88.1 6.3e-17 NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II c ( 551) 799 85.3 4.6e-16 NP_000415 (OMIM: 131760,131800,131900,131960,14804 ( 590) 784 84.0 1.2e-15 NP_149034 (OMIM: 602766) keratin, type II cuticula ( 600) 768 82.6 3.2e-15 XP_011536637 (OMIM: 602766) PREDICTED: keratin, ty ( 600) 768 82.6 3.2e-15 NP_775109 (OMIM: 612315,615735) keratin, type II c ( 564) 764 82.2 4e-15 NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II c ( 564) 759 81.8 5.4e-15 NP_005545 (OMIM: 148041,615726) keratin, type II c ( 564) 749 80.9 9.9e-15 NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II c ( 520) 746 80.6 1.1e-14 NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskel ( 638) 746 80.7 1.3e-14 XP_011536627 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 741 80.1 1.4e-14 NP_005547 (OMIM: 148059) keratin, type II cytoskel ( 469) 739 79.9 1.6e-14 NP_149022 (OMIM: 601078) keratin, type II cuticula ( 513) 732 79.4 2.6e-14 NP_006112 (OMIM: 113800,139350,144200,146590,60096 ( 644) 732 79.5 3.1e-14 NP_476429 (OMIM: 122100,148043) keratin, type II c ( 628) 725 78.9 4.6e-14 NP_000414 (OMIM: 146800,600194) keratin, type II c ( 639) 719 78.3 6.7e-14 NP_787028 (OMIM: 611160) keratin, type II cytoskel ( 535) 713 77.7 8.6e-14 XP_016874785 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 486) 709 77.3 1e-13 NP_001307127 (OMIM: 158000,601928) keratin, type I ( 486) 709 77.3 1e-13 NP_778223 (OMIM: 194300,608248,613981,614929) kera ( 529) 709 77.4 1.1e-13 XP_005268923 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 563) 709 77.4 1.1e-13 NP_002273 (OMIM: 158000,602765) keratin, type II c ( 493) 704 76.9 1.4e-13 NP_778253 (OMIM: 611158) keratin, type II cytoskel ( 578) 704 77.0 1.6e-13 NP_002272 (OMIM: 158000,602153) keratin, type II c ( 505) 698 76.4 2.1e-13 NP_258259 (OMIM: 608245,615896) keratin, type II c ( 523) 697 76.3 2.3e-13 NP_002274 (OMIM: 602032,602767) keratin, type II c ( 507) 695 76.1 2.5e-13 XP_016874238 (OMIM: 608245,615896) PREDICTED: kera ( 441) 688 75.4 3.5e-13 NP_705694 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 458) 686 75.3 4e-13 NP_778238 (OMIM: 608247) keratin, type II cytoskel ( 540) 685 75.3 4.8e-13 NP_001139697 (OMIM: 608246) keratin, type II cytos ( 511) 683 75.1 5.2e-13 NP_542785 (OMIM: 608246) keratin, type II cytoskel ( 511) 683 75.1 5.2e-13 NP_002265 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 420) 677 74.4 6.6e-13 XP_016874325 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 419) 675 74.3 7.5e-13 XP_016874323 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 442) 675 74.3 7.7e-13 >>NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,604765,61 (470 aa) initn: 2947 init1: 2947 opt: 2947 Z-score: 1431.6 bits: 274.2 E(85289): 5.3e-73 Smith-Waterman score: 2947; 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NP_006 LEGEESRISVPVHSFASLNIKTTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGEVVTESQKEQR 400 410 420 430 440 450 470 pF1KE4 EVL : NP_006 SELDKSSAHSY 460 470 >>XP_005269082 (OMIM: 105400,170710) PREDICTED: peripher (471 aa) initn: 1665 init1: 821 opt: 1652 Z-score: 815.8 bits: 160.3 E(85289): 1.1e-38 Smith-Waterman score: 1675; 59.8% identity (82.6% similar) in 470 aa overlap (12-470:15-463) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MSQAYSSSQRVSSYRRTFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVS .::::::: :.. :: : : .::: .: : XP_005 MSHHPSGLRAGFSSTSYRRTFGPPPSL-------SP-----GAFSYSSSSRFSS-----S 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 RTSGGAGGLGSLRASRLGTTRTPSSYGAGELL-------DFSLADAVNQEFLTTRTNEKV : :.:. .:.: ::. :.: . ::: :: :::.:.:.:::::.::.::: XP_005 RLLGSASPSSSVR---LGSFRSPRA-GAGALLRLPSERLDFSMAEALNQEFLATRSNEKQ 50 60 70 80 90 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 ELQELNDRFANYIEKVRFLEQQNAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLT :::::::::::.:::::::::::::: .:... .:.::.:. .: ..:::::::..:.: XP_005 ELQELNDRFANFIEKVRFLEQQNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQELRELRRELELLG 100 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 NQRARVDVERDNLLDDLQRLKAKLQEEIQLKEEAENNLAAFRADVDAATLARIDLERRIE .: ::.::::.: .:: :: .:.:: . .:.::.::. :: ::: :::.:..:::.:: XP_005 RERDRVQVERDGLAEDLAALKQRLEEETRKREDAEHNLVLFRKDVDDATLSRLELERKIE 160 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 pF1KE4 SLNEEIAFLKKVHEEEIRELQAQLQEQQVQ-VEMDMS-KPDLTAALRDIRAQYETIAAKN :: .:: ::::.::::.:.::.... :::: ::.. . ::.:::::::::::::.::::: XP_005 SLMDEIEFLKKLHEEELRDLQVSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRDIRAQYESIAAKN 220 230 240 250 260 270 290 300 310 320 330 340 pF1KE4 ISEAEEWYKSKVSDLTQAANKNNDALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQ ..::::::::: .::..:::.:..::::::::: : :.:::: :::.:.:.:::..:.:: XP_005 LQEAEEWYKSKYADLSDAANRNHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVDGLRGTNEALLRQ 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KE4 MRELEDRFASEASGYQDNIARLEEEIRHLKDEMARHLREYQDLLNVKMALDVEIATYRKL .::::..:: ::.::: . ::::::.:.::.::::::::::.:::::::::.:::::::: XP_005 LRELEEQFALEAGGYQAGAARLEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKMALDIEIATYRKL 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 pF1KE4 LEGEESRINLPIQTYSALNFRETSPE-QRGSEVHTKKTVMIKTIETRDGE-VVSEATQQQ ::::::::..:......::.. : :: . .. :..:::.:::::::.:: ::.:. ..: XP_005 LEGEESRISVPVHSFASLNIKTTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGEQVVTESQKEQ 400 410 420 430 440 450 470 pF1KE4 HEVL . : XP_005 RSELDKSSAHSY 460 470 >>NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary acidi (432 aa) initn: 1559 init1: 1455 opt: 1580 Z-score: 782.0 bits: 153.9 E(85289): 8.1e-37 Smith-Waterman score: 1580; 58.0% identity (84.1% similar) in 429 aa overlap (47-470:7-432) 20 30 40 50 60 70 pF1KE4 TFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVSRTSGGAGGLGSLR----AS .:.. : : :: .:::. : .. 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NP_002 LDTKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDGEVIKESKQEHKDVM 400 410 420 430 >>NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary ac (431 aa) initn: 1440 init1: 1440 opt: 1470 Z-score: 729.7 bits: 144.2 E(85289): 6.7e-34 Smith-Waterman score: 1470; 57.8% identity (82.3% similar) in 412 aa overlap (47-454:7-413) 20 30 40 50 60 70 pF1KE4 TFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVSRTSGGAGGLGSLR----AS .:.. : : :: .:::. : .. NP_001 MERRRITSAARRSY-VSSGEMMVGGLAPGRRLGPGT 10 20 30 80 90 100 110 120 130 pF1KE4 RLGTTRTPSSYGAGELLDFSLADAVNQEFLTTRTNEKVELQELNDRFANYIEKVRFLEQQ ::. .: : . .::::: :.: : ::..:..:..:::::::.::::::::::: NP_001 RLSLARMPPPLPT--RVDFSLAGALNAGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQ 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KE4 NAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLTNQRARVDVERDNLLDDLQRLKA : :::::.:.:...:::..:..:. :::::: ... :: . ::..:::::: .:: .. NP_001 NKALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAELRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQ 100 110 120 130 140 150 200 210 220 230 240 250 pF1KE4 KLQEEIQLKEEAENNLAAFRADVDAATLARIDLERRIESLNEEIAFLKKVHEEEIRELQA :::.: .:. ::::::::.: ..: :::::.::::.::::.::: ::.:.::::.:::: NP_001 KLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQE 160 170 180 190 200 210 260 270 280 290 300 310 pF1KE4 QLQEQQVQVEMDMSKPDLTAALRDIRAQYETIAAKNISEAEEWYKSKVSDLTQAANKNND :: .:::.::.:..::::::::..::.:::..:..:. ::::::.:: .:::.:: .: . NP_001 QLARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAE 220 230 240 250 260 270 320 330 340 350 360 370 pF1KE4 ALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQMRELEDRFASEASGYQDNIARLEE :::::.: .::.:.:: ::....:.:::.:: ::::: :.: . ::..::. .::::: NP_001 LLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEE 280 290 300 310 320 330 380 390 400 410 420 430 pF1KE4 EIRHLKDEMARHLREYQDLLNVKMALDVEIATYRKLLEGEESRINLPIQTYSALNFRETS : . :::::::::.:::::::::.:::.:::::::::::::.::..:.::.: :..: . NP_001 EGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALDIEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRGGK 340 350 360 370 380 390 440 450 460 470 pF1KE4 PEQRGSEVHTKKTVMIKTIETRDGEVVSEATQQQHEVL . : : : : : ..:.. : NP_001 STKDG-ENH-KVTRYLKSLTIRVIPIQAHQIVNGTPPARG 400 410 420 430 >>XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glial fi (472 aa) initn: 1544 init1: 1440 opt: 1470 Z-score: 729.2 bits: 144.3 E(85289): 7.1e-34 Smith-Waterman score: 1470; 57.8% identity (82.3% similar) in 412 aa overlap (47-454:7-413) 20 30 40 50 60 70 pF1KE4 TFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVSRTSGGAGGLGSLR----AS .:.. : : :: .:::. : .. 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XP_016 QLARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAE 220 230 240 250 260 270 320 330 340 350 360 370 pF1KE4 ALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQMRELEDRFASEASGYQDNIARLEE :::::.: .::.:.:: ::....:.:::.:: ::::: :.: . ::..::. .::::: XP_016 LLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEE 280 290 300 310 320 330 380 390 400 410 420 430 pF1KE4 EIRHLKDEMARHLREYQDLLNVKMALDVEIATYRKLLEGEESRINLPIQTYSALNFRETS : . :::::::::.:::::::::.:::.:::::::::::::.::..:.::.: :..: . 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