FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5918, 532 aa 1>>>pF1KB5918 532 - 532 aa - 532 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1175+/-0.000798; mu= 15.1229+/- 0.048 mean_var=92.7781+/-18.948, 0's: 0 Z-trim(109.6): 42 B-trim: 4 in 1/49 Lambda= 0.133153 statistics sampled from 10965 (11004) to 10965 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.701), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16 Scan time: 3.680 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS12231.1 ICAM1 gene_id:3383|Hs108|chr19 ( 532) 3549 692.0 4.5e-199 CCDS12235.1 ICAM3 gene_id:3385|Hs108|chr19 ( 547) 1577 313.2 5e-85 CCDS82290.1 ICAM3 gene_id:3385|Hs108|chr19 ( 470) 1464 291.4 1.5e-78 CCDS12233.1 ICAM5 gene_id:7087|Hs108|chr19 ( 924) 1458 290.5 5.9e-78 CCDS11657.1 ICAM2 gene_id:3384|Hs108|chr17 ( 275) 366 80.4 3.1e-15 >>CCDS12231.1 ICAM1 gene_id:3383|Hs108|chr19 (532 aa) initn: 3549 init1: 3549 opt: 3549 Z-score: 3687.4 bits: 692.0 E(32554): 4.5e-199 Smith-Waterman score: 3549; 100.0% identity (100.0% similar) in 532 aa overlap (1-532:1-532) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 MAPSSPRPALPALLVLLGALFPGPGNAQTSVSPSKVILPRGGSVLVTCSTSCDQPKLLGI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 MAPSSPRPALPALLVLLGALFPGPGNAQTSVSPSKVILPRGGSVLVTCSTSCDQPKLLGI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB5 ETPLPKKELLLPGNNRKVYELSNVQEDSQPMCYSNCPDGQSTAKTFLTVYWTPERVELAP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 ETPLPKKELLLPGNNRKVYELSNVQEDSQPMCYSNCPDGQSTAKTFLTVYWTPERVELAP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB5 LPSWQPVGKNLTLRCQVEGGAPRANLTVVLLRGEKELKREPAVGEPAEVTTTVLVRRDHH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 LPSWQPVGKNLTLRCQVEGGAPRANLTVVLLRGEKELKREPAVGEPAEVTTTVLVRRDHH 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB5 GANFSCRTELDLRPQGLELFENTSAPYQLQTFVLPATPPQLVSPRVLEVDTQGTVVCSLD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 GANFSCRTELDLRPQGLELFENTSAPYQLQTFVLPATPPQLVSPRVLEVDTQGTVVCSLD 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB5 GLFPVSEAQVHLALGDQRLNPTVTYGNDSFSAKASVSVTAEDEGTQRLTCAVILGNQSQE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 GLFPVSEAQVHLALGDQRLNPTVTYGNDSFSAKASVSVTAEDEGTQRLTCAVILGNQSQE 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB5 TLQTVTIYSFPAPNVILTKPEVSEGTEVTVKCEAHPRAKVTLNGVPAQPLGPRAQLLLKA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 TLQTVTIYSFPAPNVILTKPEVSEGTEVTVKCEAHPRAKVTLNGVPAQPLGPRAQLLLKA 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KB5 TPEDNGRSFSCSATLEVAGQLIHKNQTRELRVLYGPRLDERDCPGNWTWPENSQQTPMCQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 TPEDNGRSFSCSATLEVAGQLIHKNQTRELRVLYGPRLDERDCPGNWTWPENSQQTPMCQ 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KB5 AWGNPLPELKCLKDGTFPLPIGESVTVTRDLEGTYLCRARSTQGEVTRKVTVNVLSPRYE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 AWGNPLPELKCLKDGTFPLPIGESVTVTRDLEGTYLCRARSTQGEVTRKVTVNVLSPRYE 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KB5 IVIITVVAAAVIMGTAGLSTYLYNRQRKIKKYRLQQAQKGTPMKPNTQATPP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 IVIITVVAAAVIMGTAGLSTYLYNRQRKIKKYRLQQAQKGTPMKPNTQATPP 490 500 510 520 530 >>CCDS12235.1 ICAM3 gene_id:3385|Hs108|chr19 (547 aa) initn: 1403 init1: 1403 opt: 1577 Z-score: 1639.9 bits: 313.2 E(32554): 5e-85 Smith-Waterman score: 1577; 47.3% identity (74.3% similar) in 529 aa overlap (1-523:4-530) 10 20 30 40 50 pF1KB5 MAPSSPRPALPALLVLLGALFPGPGNAQ--TSVSPSKVILPRGGSVLVTCSTSCDQP :.:: : :.. : :: . . : :.. .: :::..:.:::.: . CCDS12 MATMVPSVLWPRACWTLLVCCLLTPGVQGQEFLLRVEPQNPVLSAGGSLFVNCSTDCPSS 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB5 KLLGIETPLPKKELLLPGNNRKVYELSNVQEDSQPMCYSNCPDGQSTAKTFLTVYWTPER . ...:: : .:::. : . ...:::: .:. .: : .: :... .::: ::: CCDS12 EKIALETSL-SKELVASGMGWAAFNLSNVTGNSRILCSVYCNGSQITGSSNITVYRLPER 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB5 VELAPLPSWQPVGKNLTLRCQVEGGAPRANLTVVLLRGEKELKREPAVGEPAEVTTTVLV ::::::: :::::.:.::::::: :.::..::::::: :.::.:.::: ::::::.:::. CCDS12 VELAPLPPWQPVGQNFTLRCQVEDGSPRTSLTVVLLRWEEELSRQPAVEEPAEVTATVLA 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB5 RRDHHGANFSCRTELDLRPQGLELFENTSAPYQLQTFVLPATPPQLVSPRVLEVDTQGTV :: ::: ::::::::..:::: :: ::::: ::.:::::.:::.::.:: :::.:. : CCDS12 SRDDHGAPFSCRTELDMQPQGLGLFVNTSAPRQLRTFVLPVTPPRLVAPRFLEVETSWPV 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB5 VCSLDGLFPVSEAQVHLALGDQRLNPTVTYGNDSFSAKASVSVTAEDEGTQRLTCAVILG :.::::::.:::::.:::::: :: :: .:...: :.... :..::.....: : :: CCDS12 DCTLDGLFPASEAQVYLALGDQMLNATVMNHGDTLTATATATARADQEGAREIVCNVTLG 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB5 NQSQETLQTVTIYSFPAPNVILTKPEVSEGTEVTVKCEAHPRAKVTLNGVPAQPLGPRAQ .. .:. ...:..:: .: : :..: . ::. :::.: : :..:::.:::: : :: CCDS12 GERREARENLTVFSFLGPIVNLSEPTAHEGSTVTVSCMAGARVQVTLDGVPAAAPGQPAQ 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB5 LLLKATPEDNGRSFSCSATLEVAGQLIHKNQTRELRVLYGPRLDERDCPGNWTWPENSQQ : :.:: :.:::: ::::::: :...:.:.. .:::::::..:. :: . : ..... CCDS12 LQLNATESDDGRSFFCSATLEVDGEFLHRNSSVQLRVLYGPKIDRATCPQHLKWKDKTRH 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KB5 TPMCQAWGNPLPELKCLKDGTF-PLPIGESVTVTRDLEGTYLCRARSTQGEVTRKVTVNV . .::: ::: :::.:::.:. .:.: :. .::: :.: :..:. : :.... CCDS12 VLQCQARGNPYPELRCLKEGSSREVPVGIPFFVNVTHNGTYQCQASSSRGKYTLVVVMDI 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KB5 LSPRYEIVIITVVAAAVIMGTAGLST---YLYNRQRKIKKYRLQQAQKGTPMKPNTQATP . ..: . ::. . .:.. . :.. .... .:.... . :. CCDS12 EAGSSHFVPV-FVAVLLTLGVVTIVLALMYVFREHQRSGSYHVREESTYLPLTSMQPTEA 480 490 500 510 520 530 pF1KB5 P CCDS12 MGEEPSRAE 540 >>CCDS82290.1 ICAM3 gene_id:3385|Hs108|chr19 (470 aa) initn: 1386 init1: 1386 opt: 1464 Z-score: 1523.6 bits: 291.4 E(32554): 1.5e-78 Smith-Waterman score: 1464; 49.3% identity (76.8% similar) in 452 aa overlap (79-523:6-453) 50 60 70 80 90 100 pF1KB5 STSCDQPKLLGIETPLPKKELLLPGNNRKVYELSNVQEDSQPMCYSNCPDGQSTAKTFLT ..:::: .:. .: : .: :... .: CCDS82 MGWAAFNLSNVTGNSRILCSVYCNGSQITGSSNIT 10 20 30 110 120 130 140 150 160 pF1KB5 VYWTPERVELAPLPSWQPVGKNLTLRCQVEGGAPRANLTVVLLRGEKELKREPAVGEPAE :: :::::::::: :::::.:.::::::: :.::..::::::: :.::.:.::: :::: CCDS82 VYRLPERVELAPLPPWQPVGQNFTLRCQVEDGSPRTSLTVVLLRWEEELSRQPAVEEPAE 40 50 60 70 80 90 170 180 190 200 210 220 pF1KB5 VTTTVLVRRDHHGANFSCRTELDLRPQGLELFENTSAPYQLQTFVLPATPPQLVSPRVLE ::.:::. :: ::: ::::::::..:::: :: ::::: ::.:::::.:::.::.:: :: CCDS82 VTATVLASRDDHGAPFSCRTELDMQPQGLGLFVNTSAPRQLRTFVLPVTPPRLVAPRFLE 100 110 120 130 140 150 230 240 250 260 270 280 pF1KB5 VDTQGTVVCSLDGLFPVSEAQVHLALGDQRLNPTVTYGNDSFSAKASVSVTAEDEGTQRL :.:. : :.::::::.:::::.:::::: :: :: .:...: :.... :..::.... CCDS82 VETSWPVDCTLDGLFPASEAQVYLALGDQMLNATVMNHGDTLTATATATARADQEGAREI 160 170 180 190 200 210 290 300 310 320 330 340 pF1KB5 TCAVILGNQSQETLQTVTIYSFPAPNVILTKPEVSEGTEVTVKCEAHPRAKVTLNGVPAQ .: : ::.. .:. ...:..:: .: : :..: . ::. :::.: : :..:::.:::: CCDS82 VCNVTLGGERREARENLTVFSFLGPIVNLSEPTAHEGSTVTVSCMAGARVQVTLDGVPAA 220 230 240 250 260 270 350 360 370 380 390 400 pF1KB5 PLGPRAQLLLKATPEDNGRSFSCSATLEVAGQLIHKNQTRELRVLYGPRLDERDCPGNWT : ::: :.:: :.:::: ::::::: :...:.:.. .:::::::..:. :: . CCDS82 APGQPAQLQLNATESDDGRSFFCSATLEVDGEFLHRNSSVQLRVLYGPKIDRATCPQHLK 280 290 300 310 320 330 410 420 430 440 450 460 pF1KB5 WPENSQQTPMCQAWGNPLPELKCLKDGTF-PLPIGESVTVTRDLEGTYLCRARSTQGEVT : ...... .::: ::: :::.:::.:. .:.: :. .::: :.: :..:. : CCDS82 WKDKTRHVLQCQARGNPYPELRCLKEGSSREVPVGIPFFVNVTHNGTYQCQASSSRGKYT 340 350 360 370 380 390 470 480 490 500 510 520 pF1KB5 RKVTVNV------LSPRYEIVIITVVAAAVIMGTAGLSTYLYNRQRKIKKYRLQQAQKGT :.... . : . :..:. ....... :.. .... .:.... . CCDS82 LVVVMDIEAGSSHFVPVFVAVLLTLGVVTIVLALM----YVFREHQRSGSYHVREESTYL 400 410 420 430 440 450 530 pF1KB5 PMKPNTQATPP :. CCDS82 PLTSMQPTEAMGEEPSRAE 460 470 >>CCDS12233.1 ICAM5 gene_id:7087|Hs108|chr19 (924 aa) initn: 1562 init1: 1018 opt: 1458 Z-score: 1513.1 bits: 290.5 E(32554): 5.9e-78 Smith-Waterman score: 1467; 49.0% identity (73.0% similar) in 488 aa overlap (1-474:1-487) 10 20 30 40 50 pF1KB5 MAPSSP--RPALPALLVLLG-ALFPGPGNAQ----TSVSPSKVILPRGGSVLVTCSTSCD : :: : :: .: . :: .:: . .: ....: ... ::::. ..:::.: CCDS12 MPGPSPGLRRALLGLWAALGLGLFGLSAVSQEPFWADLQPRVAFVERGGSLWLNCSTNCP 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB5 QPKLLGIETPLPKKELLLPGNNRKVYELSNVQE-DSQPMCYSNCPDGQSTAKTFLTVYWT .:. :.:: : ... : . .: ...: ..::.:. : :. .. .. CCDS12 RPERGGLETSL-RRNGTQRGLRWLARQLVDIREPETQPVCFFRCARRTLQARGLIRTFQR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KB5 PERVELAPLPSWQPVGKNLTLRCQVEGGAPRANLTVVLLRGEKELKREPAVGEP-----A :.:::: ::: :::::.:.:: :.: :..:::.::..:::: .:: :. .::: : CCDS12 PDRVELMPLPPWQPVGENFTLSCRVPGAGPRASLTLTLLRGAQELIRRSFAGEPPRARGA 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KB5 EVTTTVLVRRDHHGANFSCRTELDLRPQGLELFENTSAPYQLQTFVLPATPPQLVSPRVL .:.:::.::. ::::::::.::::::.:: ::::.::: .:.:: : :.:..::.: CCDS12 VLTATVLARREDHGANFSCRAELDLRPHGLGLFENSSAPRELRTFSLSPDAPRLAAPRLL 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KB5 EVDTQGTVVCSLDGLFPVSEAQVHLALGDQRLNPTVTYGNDSFSAKASVSVTAEDEGTQR :: .. : :.::::::.:::.:.:::::: :.: :: .:.: : :.....::.::... CCDS12 EVGSERPVSCTLDGLFPASEARVYLALGDQNLSPDVTLEGDAFVATATATASAEQEGARQ 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KB5 LTCAVILGNQSQETLQTVTIYSFPAPNVILTKPEVSEGTEVTVKCEAHPRAKVTLNGVPA :.: : ::....:: ..::::::::: . :..: :::: ::: : : .: :::.:::: CCDS12 LVCNVTLGGENRETRENVTIYSFPAPLLTLSEPSVSEGQMVTVTCAAGAQALVTLEGVPA 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KB5 QPLGPRAQLLLKATPEDNGRSFSCSATLEVAGQLIHKNQTRELRVLYGPRLDERDCPGNW : ::: :.:: .:. ::: :.:::.: :. . ::.. ::::::.::::. ::: .: CCDS12 AVPGQPAQLQLNATENDDRRSFFCDATLDVDGETLIKNRSAELRVLYAPRLDDSDCPRSW 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KB5 TWPENSQQTPMCQAWGNPLPELKCLK-DGTFPLPIGESVTVTRDLEGTYLCRARSTQGEV ::::. .:: :.: ::: : ..: . :: : .: ::: : ::: :.: . :::. CCDS12 TWPEGPEQTLRCEARGNPEPSVHCARSDGGAVLALGLLGPVTRALSGTYRCKAANDQGEA 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KB5 TRKVTVNVLSPRYEIVIITVVAAAVIMGTAGLSTYLYNRQRKIKKYRLQQAQKGTPMKPN .. ::..: CCDS12 VKDVTLTVEYAPALDSVGCPERITWLEGTEASLSCVAHGVPPPDVICVRSGELGAVIEGL 480 490 500 510 520 530 >>CCDS11657.1 ICAM2 gene_id:3384|Hs108|chr17 (275 aa) initn: 326 init1: 170 opt: 366 Z-score: 387.1 bits: 80.4 E(32554): 3.1e-15 Smith-Waterman score: 366; 35.0% identity (62.7% similar) in 220 aa overlap (13-222:9-225) 10 20 30 40 50 pF1KB5 MAPSSPRPALPALLVLLGALFPGPGNAQ----TSVSPSKVILPRGGSVLVTCSTSCDQPK : : : .:. ::. . . : :.:. . ::. :.:::.:.::. CCDS11 MSSFGYRTLTVALFTLICCPGSDEKVFEVHVRPKKLAVEPKGSLEVNCSTTCNQPE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB5 LLGIETPLPKKELLLPGNNRKVYELSNVQEDSQPMCYSNCPDGQSTAKTFLTVYWTPERV . :.:: : : :: . : : .::...:. .:. .: : . .. ..:: :..: CCDS11 VGGLETSLDKI-LLDEQAQWKHYLVSNISHDTVLQCHFTCSGKQESMNSNVSVYQPPRQV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB5 ELAPLPSWQPVGKNLTLRCQVEGGAPRANLTVVLLRGEKELKREP---AVGEPAEVTTT- :. :. :::..:..:.: : .::. :.::.. :. : :. : :.:.: CCDS11 ILTLQPTLVAVGKSFTIECRVPTVEPLDSLTLFLFRGNETLHYETFGKAAPAPQEATATF 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB5 --VLVRRDHHGANFSCRTELDLRPQGLELFENTSAPYQLQTFVLPATPPQLVSPRVLEVD . :.: : :::: . ::: .: ..:.. ::: .:. . :.. :.: CCDS11 NSTADREDGH-RNFSCLAVLDLMSRGGNIFHKHSAPKMLEIYE-PVSDSQMVIIVTVVSV 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB5 TQGTVVCSLDGLFPVSEAQVHLALGDQRLNPTVTYGNDSFSAKASVSVTAEDEGTQRLTC CCDS11 LLSLFVTSVLLCFIFGQHLRQQRMGTYGVRAAWRRLPQAFRP 240 250 260 270 532 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 22:50:42 2016 done: Sun Nov 6 22:50:43 2016 Total Scan time: 3.680 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]