FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5406, 357 aa 1>>>pF1KE5406 357 - 357 aa - 357 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7392+/-0.000926; mu= 10.1704+/- 0.055 mean_var=143.8155+/-29.868, 0's: 0 Z-trim(109.7): 223 B-trim: 79 in 1/51 Lambda= 0.106948 statistics sampled from 10788 (11070) to 10788 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.703), E-opt: 0.2 (0.34), width: 16 Scan time: 2.350 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS340.1 SNRNP40 gene_id:9410|Hs108|chr1 ( 357) 2431 386.8 1.6e-107 CCDS54438.1 ATG16L1 gene_id:55054|Hs108|chr2 ( 444) 476 85.2 1.2e-16 CCDS2502.2 ATG16L1 gene_id:55054|Hs108|chr2 ( 588) 476 85.3 1.4e-16 CCDS2503.2 ATG16L1 gene_id:55054|Hs108|chr2 ( 607) 476 85.3 1.5e-16 CCDS2470.1 DAW1 gene_id:164781|Hs108|chr2 ( 415) 458 82.4 7.6e-16 CCDS54592.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 359) 448 80.8 2e-15 CCDS2846.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 407) 448 80.8 2.2e-15 CCDS43876.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 314) 438 79.2 5.3e-15 CCDS75898.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 315) 438 79.2 5.3e-15 CCDS12429.1 WDR88 gene_id:126248|Hs108|chr19 ( 472) 436 79.1 8.8e-15 CCDS31869.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 ( 478) 435 78.9 9.8e-15 CCDS31634.1 ATG16L2 gene_id:89849|Hs108|chr11 ( 619) 434 78.9 1.3e-14 CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 ( 330) 416 75.8 5.7e-14 CCDS5081.1 CDC40 gene_id:51362|Hs108|chr6 ( 579) 411 75.3 1.5e-13 CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 ( 334) 404 74.0 2.1e-13 CCDS55863.1 APAF1 gene_id:317|Hs108|chr12 (1194) 412 75.7 2.2e-13 CCDS9070.1 APAF1 gene_id:317|Hs108|chr12 (1205) 412 75.7 2.2e-13 CCDS54591.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 369) 394 72.5 6.5e-13 CCDS59142.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 521) 387 71.5 1.8e-12 CCDS6791.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 522) 387 71.5 1.8e-12 CCDS7547.1 TAF5 gene_id:6877|Hs108|chr10 ( 800) 371 69.2 1.3e-11 CCDS46961.1 TBL1XR1 gene_id:79718|Hs108|chr3 ( 514) 364 68.0 2.1e-11 CCDS81789.1 TEP1 gene_id:7011|Hs108|chr14 (2519) 374 70.2 2.2e-11 CCDS9548.1 TEP1 gene_id:7011|Hs108|chr14 (2627) 374 70.2 2.3e-11 CCDS55862.1 APAF1 gene_id:317|Hs108|chr12 (1237) 368 68.9 2.5e-11 CCDS9069.1 APAF1 gene_id:317|Hs108|chr12 (1248) 368 69.0 2.5e-11 CCDS55859.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 ( 436) 359 67.1 3.1e-11 CCDS14779.1 TBL1Y gene_id:90665|Hs108|chrY ( 522) 355 66.6 5.4e-11 CCDS48078.1 TBL1X gene_id:6907|Hs108|chrX ( 526) 353 66.3 6.8e-11 CCDS14133.1 TBL1X gene_id:6907|Hs108|chrX ( 577) 353 66.3 7.2e-11 CCDS68893.1 UTP15 gene_id:84135|Hs108|chr5 ( 499) 350 65.8 9e-11 CCDS34186.1 UTP15 gene_id:84135|Hs108|chr5 ( 518) 350 65.8 9.2e-11 >>CCDS340.1 SNRNP40 gene_id:9410|Hs108|chr1 (357 aa) initn: 2431 init1: 2431 opt: 2431 Z-score: 2044.0 bits: 386.8 E(32554): 1.6e-107 Smith-Waterman score: 2431; 100.0% identity (100.0% similar) in 357 aa overlap (1-357:1-357) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MIEQQKRKGPELPLVPVKRQRHELLLGAGSGPGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 MIEQQKRKGPELPLVPVKRQRHELLLGAGSGPGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIM 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 LLSGHEGEVYCCKFHPNGSTLASAGFDRLILLWNVYGDCDNYATLKGHSGAVMELHYNTD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 LLSGHEGEVYCCKFHPNGSTLASAGFDRLILLWNVYGDCDNYATLKGHSGAVMELHYNTD 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 GSMLFSASTDKTVAVWDSETGERVKRLKGHTSFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 GSMLFSASTDKTVAVWDSETGERVKRLKGHTSFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWD 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 IRKKAAIQTFQNTYQVLAVTFNDTSDQIISGGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHADSVTG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 IRKKAAIQTFQNTYQVLAVTFNDTSDQIISGGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHADSVTG 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE5 LSLSSEGSYLLSNAMDNTVRVWDVRPFAPKERCVKIFQGNVHNFEKNLLRCSWSPDGSKI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 LSLSSEGSYLLSNAMDNTVRVWDVRPFAPKERCVKIFQGNVHNFEKNLLRCSWSPDGSKI 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 AAGSADRFVYVWDTTSRRILYKLPGHAGSINEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGEIQ ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 AAGSADRFVYVWDTTSRRILYKLPGHAGSINEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGEIQ 310 320 330 340 350 >>CCDS54438.1 ATG16L1 gene_id:55054|Hs108|chr2 (444 aa) initn: 383 init1: 131 opt: 476 Z-score: 412.6 bits: 85.2 E(32554): 1.2e-16 Smith-Waterman score: 480; 30.7% identity (62.7% similar) in 319 aa overlap (32-344:139-431) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 IEQQKRKGPELPLVPVKRQRHELLLGAGSGPGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIML ::.:.. .:.. : : . 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CCDS54 MAAPCAEDPSLERHFKGHRDAVTCVDFSINTKQLASGSMDSCLM 10 20 30 40 100 110 120 130 140 150 pF1KE5 LWNVYGDCDNYATLKGHSGAVMELHYNTDGSMLFSASTDKTVAVWDSETGERVKRLKGHT .:.. . : . ::. :: .... .: .: :.: :::: .: .. . ...:: CCDS54 VWHMKPQSRAY-RFTGHKDAVTCVNFSPSGHLLASGSRDKTVRIWVPNVKGESTVFRAHT 50 60 70 80 90 100 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 SFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWDI-RKKAAIQTFQNTYQVLAVTFNDTSDQIIS . : : . : ..: :.::: :::.: :.: .. :. : . :. . :.: CCDS54 ATVRSVHFCSDGQSFV-TASDDKTVKVWATHRQKFLFSLSQHINWVRCAKFSPDGRLIVS 110 120 130 140 150 160 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 GGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHADSVTGLSLSSEGSYLLSNAMDNTVRVWDVRPFAPK .. :. .:.:: . . .... :. :: ... :. . . .:::::.::::: CCDS54 ASDDKTVKLWDKSSRECVHSYCEHGGFVTYVDFHPSGTCIAAAGMDNTVKVWDVRT---- 170 180 190 200 210 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 ERCVKIFQGNVHNFEKNLLRCSWSPDGSKIAAGSADRFVYVWDTTSRRILYKLPGHAGSI .: .. .: .:. : : :. :.:. . ..:.: . . : :.:: : :: : CCDS54 HRLLQHYQ--LHSAAVNGL--SFHPSGNYLITASSDSTLKILDLMEGRLLYTLHGHQGPA 220 230 240 250 260 270 340 350 pF1KE5 NEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGEIQ . ::: . :..::..... CCDS54 TTVAFSRTGEYFASGGSDEQVMVWKSNFDIVDHGEVTKVPRPPATLASSMGNLTVSILEQ 280 290 300 310 320 330 >>CCDS2846.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 (407 aa) initn: 410 init1: 245 opt: 448 Z-score: 389.7 bits: 80.8 E(32554): 2.2e-15 Smith-Waterman score: 448; 30.0% identity (60.1% similar) in 293 aa overlap (62-353:15-297) 40 50 60 70 80 90 pF1KE5 PGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIMLLSGHEGEVYCCKFHPNGSTLASAGFDRLIL ..::. : : : : . :::...: .. CCDS28 MAAPCAEDPSLERHFKGHRDAVTCVDFSINTKQLASGSMDSCLM 10 20 30 40 100 110 120 130 140 150 pF1KE5 LWNVYGDCDNYATLKGHSGAVMELHYNTDGSMLFSASTDKTVAVWDSETGERVKRLKGHT .:.. . : . ::. :: .... .: .: :.: :::: .: .. . ...:: CCDS28 VWHMKPQSRAY-RFTGHKDAVTCVNFSPSGHLLASGSRDKTVRIWVPNVKGESTVFRAHT 50 60 70 80 90 100 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 SFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWDI-RKKAAIQTFQNTYQVLAVTFNDTSDQIIS . : : . : ..: :.::: :::.: :.: .. :. : . :. . :.: CCDS28 ATVRSVHFCSDGQSFV-TASDDKTVKVWATHRQKFLFSLSQHINWVRCAKFSPDGRLIVS 110 120 130 140 150 160 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 GGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHADSVTGLSLSSEGSYLLSNAMDNTVRVWDVRPFAPK .. :. .:.:: . . .... :. :: ... :. . . .:::::.::::: CCDS28 ASDDKTVKLWDKSSRECVHSYCEHGGFVTYVDFHPSGTCIAAAGMDNTVKVWDVRT---- 170 180 190 200 210 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 ERCVKIFQGNVHNFEKNLLRCSWSPDGSKIAAGSADRFVYVWDTTSRRILYKLPGHAGSI .: .. .: .:. : : :. :.:. . ..:.: . . : :.:: : :: : CCDS28 HRLLQHYQ--LHSAAVNGL--SFHPSGNYLITASSDSTLKILDLMEGRLLYTLHGHQGPA 220 230 240 250 260 270 340 350 pF1KE5 NEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGEIQ . ::: . :..::..... CCDS28 TTVAFSRTGEYFASGGSDEQVMVWKSNFDIVDHGEVTKVPRPPATLASSMGNLPEVDFPV 280 290 300 310 320 330 >>CCDS43876.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 (314 aa) initn: 462 init1: 258 opt: 438 Z-score: 382.9 bits: 79.2 E(32554): 5.3e-15 Smith-Waterman score: 438; 30.3% identity (63.1% similar) in 244 aa overlap (108-349:20-255) 80 90 100 110 120 130 pF1KE5 GSTLASAGFDRLILLWNVYGDCDNYATLKGHSGAVMELHYNTDGSMLFSASTDKTVAVWD :.: : .. ::.::...: : : :. 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CCDS75 MNSGVPATLAVRRVKFFGQHGGEVNSSAFSPDGQMLLTGSEDGCVYGWE 10 20 30 40 140 150 160 170 180 190 pF1KE5 SETGERVKRLKGHTSFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWDIRKKAAIQTFQ-NTYQV ...:. . :: :::. :. : . : .: ..: : ::.:::. . ..... . .: CCDS75 TRSGQLLWRLGGHTGPVKFCRFSPDG-HLFASASCDCTVRLWDVARAKCLRVLKGHQRSV 50 60 70 80 90 100 200 210 220 230 240 250 pF1KE5 LAVTFNDTSDQIISGGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHADSVTGLSLSSEGSYLLSNAMD .:.:. : :. ::: :. . .::...... . :: ::. . ..: . : ... : CCDS75 ETVSFSPDSRQLASGGWDKRVMLWDVQSGQMLRLLVGHRDSIQSSDFSPTVNCLATGSWD 110 120 130 140 150 160 260 270 280 290 300 310 pF1KE5 NTVRVWDVRPFAPKERCVKIFQGNVHNFEKNLLRC-SWSPDGSKIAAGSADRFVYVWDTT .::..::.: .: . ..:. : . : .: .: .:.:: :. ...: : CCDS75 STVHIWDLRMVTPAVSH-QALEGHSAN-----ISCLCYSASGL-LASGSWDKTIHIWKPT 170 180 190 200 210 220 320 330 340 350 pF1KE5 SRRILYKLPGHAGSINEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGEIQ . .: .: ::. .. .:: ::: . ::. .. CCDS75 TSSLLIQLKGHVTWVKSIAFSPDELWLASAGYSRMVKVWDCNTGKCLETLKQGVLDVAHT 230 240 250 260 270 280 CCDS75 CAFTPDGKILVSGAADQTRRQISRTSKSPRDPQT 290 300 310 >>CCDS12429.1 WDR88 gene_id:126248|Hs108|chr19 (472 aa) initn: 302 init1: 166 opt: 436 Z-score: 378.9 bits: 79.1 E(32554): 8.8e-15 Smith-Waterman score: 436; 26.9% identity (60.5% similar) in 309 aa overlap (56-357:92-393) 30 40 50 60 70 80 pF1KE5 LGAGSGPGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIMLLSGHEGEVYCCKFHPNGSTLASAG . :. .::::: : :.: . . : :.. CCDS12 ALDREPPPHLLPEKHQVPEKLIWGDQDPLSKIPFKILSGHEHAVSTCHFCVDDTKLLSGS 70 80 90 100 110 120 90 100 110 120 130 140 pF1KE5 FDRLILLWNVYGDCDNYATLKGHSGA-VMELHYNTDGSMLFSASTDKTVAVWDSETGERV .: . ::. : . .. . : :.: . :.: ...:: :::: .:: :::. . 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CCDS12 RKLSLKGHNDWVMDVAISNNKKWILSASKDRTMRLWNIEEIDEIPLVIKYKKAVGLKLKQ 360 370 380 390 400 410 CCDS12 CERCDRPFSIFKSDTSSEMFTQCVFCRIDTRGLPADTSSSSSSSERENSPPPRGSKDD 420 430 440 450 460 470 357 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 00:25:45 2016 done: Tue Nov 8 00:25:45 2016 Total Scan time: 2.350 Total Display time: 0.020 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]