Result of FASTA (ccds) for pFN21AE5406
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE5406, 357 aa
  1>>>pF1KE5406 357 - 357 aa - 357 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7392+/-0.000926; mu= 10.1704+/- 0.055
 mean_var=143.8155+/-29.868, 0's: 0 Z-trim(109.7): 223  B-trim: 79 in 1/51
 Lambda= 0.106948
 statistics sampled from 10788 (11070) to 10788 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.703), E-opt: 0.2 (0.34), width:  16
 Scan time:  2.350

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS340.1 SNRNP40 gene_id:9410|Hs108|chr1          ( 357) 2431 386.8 1.6e-107
CCDS54438.1 ATG16L1 gene_id:55054|Hs108|chr2       ( 444)  476 85.2 1.2e-16
CCDS2502.2 ATG16L1 gene_id:55054|Hs108|chr2        ( 588)  476 85.3 1.4e-16
CCDS2503.2 ATG16L1 gene_id:55054|Hs108|chr2        ( 607)  476 85.3 1.5e-16
CCDS2470.1 DAW1 gene_id:164781|Hs108|chr2          ( 415)  458 82.4 7.6e-16
CCDS54592.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3         ( 359)  448 80.8   2e-15
CCDS2846.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3          ( 407)  448 80.8 2.2e-15
CCDS43876.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9        ( 314)  438 79.2 5.3e-15
CCDS75898.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9        ( 315)  438 79.2 5.3e-15
CCDS12429.1 WDR88 gene_id:126248|Hs108|chr19       ( 472)  436 79.1 8.8e-15
CCDS31869.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12       ( 478)  435 78.9 9.8e-15
CCDS31634.1 ATG16L2 gene_id:89849|Hs108|chr11      ( 619)  434 78.9 1.3e-14
CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3          ( 330)  416 75.8 5.7e-14
CCDS5081.1 CDC40 gene_id:51362|Hs108|chr6          ( 579)  411 75.3 1.5e-13
CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9           ( 334)  404 74.0 2.1e-13
CCDS55863.1 APAF1 gene_id:317|Hs108|chr12          (1194)  412 75.7 2.2e-13
CCDS9070.1 APAF1 gene_id:317|Hs108|chr12           (1205)  412 75.7 2.2e-13
CCDS54591.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3         ( 369)  394 72.5 6.5e-13
CCDS59142.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9          ( 521)  387 71.5 1.8e-12
CCDS6791.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9           ( 522)  387 71.5 1.8e-12
CCDS7547.1 TAF5 gene_id:6877|Hs108|chr10           ( 800)  371 69.2 1.3e-11
CCDS46961.1 TBL1XR1 gene_id:79718|Hs108|chr3       ( 514)  364 68.0 2.1e-11
CCDS81789.1 TEP1 gene_id:7011|Hs108|chr14          (2519)  374 70.2 2.2e-11
CCDS9548.1 TEP1 gene_id:7011|Hs108|chr14           (2627)  374 70.2 2.3e-11
CCDS55862.1 APAF1 gene_id:317|Hs108|chr12          (1237)  368 68.9 2.5e-11
CCDS9069.1 APAF1 gene_id:317|Hs108|chr12           (1248)  368 69.0 2.5e-11
CCDS55859.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12       ( 436)  359 67.1 3.1e-11
CCDS14779.1 TBL1Y gene_id:90665|Hs108|chrY         ( 522)  355 66.6 5.4e-11
CCDS48078.1 TBL1X gene_id:6907|Hs108|chrX          ( 526)  353 66.3 6.8e-11
CCDS14133.1 TBL1X gene_id:6907|Hs108|chrX          ( 577)  353 66.3 7.2e-11
CCDS68893.1 UTP15 gene_id:84135|Hs108|chr5         ( 499)  350 65.8   9e-11
CCDS34186.1 UTP15 gene_id:84135|Hs108|chr5         ( 518)  350 65.8 9.2e-11


>>CCDS340.1 SNRNP40 gene_id:9410|Hs108|chr1               (357 aa)
 initn: 2431 init1: 2431 opt: 2431  Z-score: 2044.0  bits: 386.8 E(32554): 1.6e-107
Smith-Waterman score: 2431; 100.0% identity (100.0% similar) in 357 aa overlap (1-357:1-357)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE5 MIEQQKRKGPELPLVPVKRQRHELLLGAGSGPGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MIEQQKRKGPELPLVPVKRQRHELLLGAGSGPGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE5 LLSGHEGEVYCCKFHPNGSTLASAGFDRLILLWNVYGDCDNYATLKGHSGAVMELHYNTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LLSGHEGEVYCCKFHPNGSTLASAGFDRLILLWNVYGDCDNYATLKGHSGAVMELHYNTD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE5 GSMLFSASTDKTVAVWDSETGERVKRLKGHTSFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GSMLFSASTDKTVAVWDSETGERVKRLKGHTSFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE5 IRKKAAIQTFQNTYQVLAVTFNDTSDQIISGGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHADSVTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 IRKKAAIQTFQNTYQVLAVTFNDTSDQIISGGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHADSVTG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE5 LSLSSEGSYLLSNAMDNTVRVWDVRPFAPKERCVKIFQGNVHNFEKNLLRCSWSPDGSKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LSLSSEGSYLLSNAMDNTVRVWDVRPFAPKERCVKIFQGNVHNFEKNLLRCSWSPDGSKI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       
pF1KE5 AAGSADRFVYVWDTTSRRILYKLPGHAGSINEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGEIQ
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AAGSADRFVYVWDTTSRRILYKLPGHAGSINEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGEIQ
              310       320       330       340       350       

>>CCDS54438.1 ATG16L1 gene_id:55054|Hs108|chr2            (444 aa)
 initn: 383 init1: 131 opt: 476  Z-score: 412.6  bits: 85.2 E(32554): 1.2e-16
Smith-Waterman score: 480; 30.7% identity (62.7% similar) in 319 aa overlap (32-344:139-431)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KE5 IEQQKRKGPELPLVPVKRQRHELLLGAGSGPGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIML
                                     ::.:..  .:.. :      :        .
CCDS54 ETSPVRAISRAATRRSVSSFPVPQDNVDTHPGSGKEVRVPATAL------C--------V
      110       120       130       140       150                  

              70        80        90        100       110       120
pF1KE5 LSGHEGEVYCCKFHPNGSTLASAGFDRLILLWNVYGD-CDNYATLKGHSGAVMELHYNTD
       ...:.:::   .: :..  ::..:.:: . ::.:.:. :.  ..:.: ....  ..... 
CCDS54 FDAHDGEVNAVQFSPGSRLLATGGMDRRVKLWEVFGEKCEFKGSLSGSNAGITSIEFDSA
          160       170       180       190       200       210    

              130       140       150       160       170       180
pF1KE5 GSMLFSASTDKTVAVWDSETGERVKRLKGHTSFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWD
       ::.:..::.: .  .:  .  .  . : ::.. : :      . ..: .:: : :.::::
CCDS54 GSYLLAASNDFASRIWTVDDYRLRHTLTGHSGKVLSAKFLLDNARIV-SGSHDRTLKLWD
          220       230       240       250       260        270   

              190        200          210       220       230      
pF1KE5 IRKKAAIQTFQNTYQVLA-VTFND---TSDQIISGGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHAD
       .:.:. :.:      :.:  . ::   : . ..:: .:. :. ::.:.....  :.    
CCDS54 LRSKVCIKT------VFAGSSCNDIVCTEQCVMSGHFDKKIRFWDIRSESIVREME-LLG
           280             290       300       310       320       

        240       250       260       270       280       290      
pF1KE5 SVTGLSLSSEGSYLLSNAMDNTVRVWDVRPFAPKERCVKIFQGNVHNFEKNLLRCSWSPD
       ..:.:.:. : . ::: . :. ..: :.:  : :    . :..   .  ..  :  .:::
CCDS54 KITALDLNPERTELLSCSRDDLLKVIDLRTNAIK----QTFSAPGFKCGSDWTRVVFSPD
        330       340       350       360           370       380  

        300       310       320        330       340       350     
pF1KE5 GSKIAAGSADRFVYVWDTTSRRILYKLPG-HAGSINEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGE
       :: .:::::.  .:.:.. . ..   :   :..::: ::. :.   ..:           
CCDS54 GSYVAAGSAEGSLYIWSVLTGKVEKVLSKQHSSSINAVAWSPSGSHVVSVDKGCKAVLWA
            390       400       410       420       430       440  

         
pF1KE5 IQ
         
CCDS54 QY
         

>>CCDS2502.2 ATG16L1 gene_id:55054|Hs108|chr2             (588 aa)
 initn: 383 init1: 131 opt: 476  Z-score: 411.0  bits: 85.3 E(32554): 1.4e-16
Smith-Waterman score: 480; 30.7% identity (62.7% similar) in 319 aa overlap (32-344:283-575)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KE5 IEQQKRKGPELPLVPVKRQRHELLLGAGSGPGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIML
                                     ::.:..  .:.. :      :        .
CCDS25 ETSPVRAISRAATRRSVSSFPVPQDNVDTHPGSGKEVRVPATAL------C--------V
            260       270       280       290                      

              70        80        90        100       110       120
pF1KE5 LSGHEGEVYCCKFHPNGSTLASAGFDRLILLWNVYGD-CDNYATLKGHSGAVMELHYNTD
       ...:.:::   .: :..  ::..:.:: . ::.:.:. :.  ..:.: ....  ..... 
CCDS25 FDAHDGEVNAVQFSPGSRLLATGGMDRRVKLWEVFGEKCEFKGSLSGSNAGITSIEFDSA
      300       310       320       330       340       350        

              130       140       150       160       170       180
pF1KE5 GSMLFSASTDKTVAVWDSETGERVKRLKGHTSFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWD
       ::.:..::.: .  .:  .  .  . : ::.. : :      . ..: .:: : :.::::
CCDS25 GSYLLAASNDFASRIWTVDDYRLRHTLTGHSGKVLSAKFLLDNARIV-SGSHDRTLKLWD
      360       370       380       390       400        410       

              190        200          210       220       230      
pF1KE5 IRKKAAIQTFQNTYQVLA-VTFND---TSDQIISGGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHAD
       .:.:. :.:      :.:  . ::   : . ..:: .:. :. ::.:.....  :.    
CCDS25 LRSKVCIKT------VFAGSSCNDIVCTEQCVMSGHFDKKIRFWDIRSESIVREME-LLG
       420             430       440       450       460        470

        240       250       260       270       280       290      
pF1KE5 SVTGLSLSSEGSYLLSNAMDNTVRVWDVRPFAPKERCVKIFQGNVHNFEKNLLRCSWSPD
       ..:.:.:. : . ::: . :. ..: :.:  : :    . :..   .  ..  :  .:::
CCDS25 KITALDLNPERTELLSCSRDDLLKVIDLRTNAIK----QTFSAPGFKCGSDWTRVVFSPD
              480       490       500           510       520      

        300       310       320        330       340       350     
pF1KE5 GSKIAAGSADRFVYVWDTTSRRILYKLPG-HAGSINEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGE
       :: .:::::.  .:.:.. . ..   :   :..::: ::. :.   ..:           
CCDS25 GSYVAAGSAEGSLYIWSVLTGKVEKVLSKQHSSSINAVAWSPSGSHVVSVDKGCKAVLWA
        530       540       550       560       570       580      

         
pF1KE5 IQ
         
CCDS25 QY
         

>>CCDS2503.2 ATG16L1 gene_id:55054|Hs108|chr2             (607 aa)
 initn: 383 init1: 131 opt: 476  Z-score: 410.8  bits: 85.3 E(32554): 1.5e-16
Smith-Waterman score: 480; 30.7% identity (62.7% similar) in 319 aa overlap (32-344:302-594)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KE5 IEQQKRKGPELPLVPVKRQRHELLLGAGSGPGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIML
                                     ::.:..  .:.. :      :        .
CCDS25 AGGLLDSITNIFGRRSVSSFPVPQDNVDTHPGSGKEVRVPATAL------C--------V
             280       290       300       310                     

              70        80        90        100       110       120
pF1KE5 LSGHEGEVYCCKFHPNGSTLASAGFDRLILLWNVYGD-CDNYATLKGHSGAVMELHYNTD
       ...:.:::   .: :..  ::..:.:: . ::.:.:. :.  ..:.: ....  ..... 
CCDS25 FDAHDGEVNAVQFSPGSRLLATGGMDRRVKLWEVFGEKCEFKGSLSGSNAGITSIEFDSA
       320       330       340       350       360       370       

              130       140       150       160       170       180
pF1KE5 GSMLFSASTDKTVAVWDSETGERVKRLKGHTSFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWD
       ::.:..::.: .  .:  .  .  . : ::.. : :      . ..: .:: : :.::::
CCDS25 GSYLLAASNDFASRIWTVDDYRLRHTLTGHSGKVLSAKFLLDNARIV-SGSHDRTLKLWD
       380       390       400       410       420        430      

              190        200          210       220       230      
pF1KE5 IRKKAAIQTFQNTYQVLA-VTFND---TSDQIISGGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHAD
       .:.:. :.:      :.:  . ::   : . ..:: .:. :. ::.:.....  :.    
CCDS25 LRSKVCIKT------VFAGSSCNDIVCTEQCVMSGHFDKKIRFWDIRSESIVREME-LLG
        440             450       460       470       480          

        240       250       260       270       280       290      
pF1KE5 SVTGLSLSSEGSYLLSNAMDNTVRVWDVRPFAPKERCVKIFQGNVHNFEKNLLRCSWSPD
       ..:.:.:. : . ::: . :. ..: :.:  : :    . :..   .  ..  :  .:::
CCDS25 KITALDLNPERTELLSCSRDDLLKVIDLRTNAIK----QTFSAPGFKCGSDWTRVVFSPD
     490       500       510       520           530       540     

        300       310       320        330       340       350     
pF1KE5 GSKIAAGSADRFVYVWDTTSRRILYKLPG-HAGSINEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGE
       :: .:::::.  .:.:.. . ..   :   :..::: ::. :.   ..:           
CCDS25 GSYVAAGSAEGSLYIWSVLTGKVEKVLSKQHSSSINAVAWSPSGSHVVSVDKGCKAVLWA
         550       560       570       580       590       600     

         
pF1KE5 IQ
         
CCDS25 QY
         

>>CCDS2470.1 DAW1 gene_id:164781|Hs108|chr2               (415 aa)
 initn: 609 init1: 255 opt: 458  Z-score: 398.0  bits: 82.4 E(32554): 7.6e-16
Smith-Waterman score: 498; 29.1% identity (64.9% similar) in 299 aa overlap (61-357:87-375)

               40        50        60        70        80        90
pF1KE5 GPGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIMLLSGHEGEVYCCKFHPNGSTLASAGFDRLI
                                     .:..:   .    .. .:: . ....::  
CCDS24 ASRTEQVKLLIQRLQEKLGQNSNHTFYLFKVLKAHILPLTNVALNKSGSCFITGSYDRTC
         60        70        80        90       100       110      

              100       110       120        130       140         
pF1KE5 LLWNVYGDCDNYATLKGHSGAVMELHYNTD-GSMLFSASTDKTVAVWDSETGERVKRLKG
        ::.. .. ..  ::.:: ..:. . .:.  :. . ..: :::  .:. :::.  . ..:
CCDS24 KLWDT-ASGEELNTLEGHRNVVYAIAFNNPYGDKIATGSFDKTCKLWSVETGKCYHTFRG
        120        130       140       150       160       170     

     150       160       170       180       190        200        
pF1KE5 HTSFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWDIRKKAAIQTFQ-NTYQVLAVTFNDTSDQI
       ::. .  :        :: ::: : :.:::::..   . :.. .. ......:: ..:.:
CCDS24 HTAEI-VCLSFNPQSTLVATGSMDTTAKLWDIQNGEEVYTLRGHSAEIISLSFNTSGDRI
         180        190       200       210       220       230    

      210       220       230       240       250       260        
pF1KE5 ISGGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHADSVTGLSLSSEGSYLLSNAMDNTVRVWDVRPFA
       :.:..:. . :::   .. .  . ::   ... :.. . : .:...::.: ..::    :
CCDS24 ITGSFDHTVVVWDADTGRKVNILIGHCAEISSASFNWDCSLILTGSMDKTCKLWD----A
          240       250       260       270       280           290

      270       280       290       300       310       320        
pF1KE5 PKERCVKIFQGNVHNFEKNLLRCSWSPDGSKIAAGSADRFVYVWDTTSRRILYKLPGHAG
        . .::  . :  :. :  .:   ..  :. ::..:::  . ......:. . :: :: :
CCDS24 TNGKCVATLTG--HDDE--ILDSCFDYTGKLIATASADGTARIFSAATRKCIAKLEGHEG
              300           310       320       330       340      

      330       340       350                                      
pF1KE5 SINEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGEIQ                               
        :....:.:.   ....::::   . . :                               
CCDS24 EISKISFNPQGNHLLTGSSDKTARIWDAQTGQCLQVLEGHTDEIFSCAFNYKGNIVITGS
        350       360       370       380       390       400      

>>CCDS54592.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3              (359 aa)
 initn: 410 init1: 245 opt: 448  Z-score: 390.4  bits: 80.8 E(32554): 2e-15
Smith-Waterman score: 448; 30.0% identity (60.1% similar) in 293 aa overlap (62-353:15-297)

              40        50        60        70        80        90 
pF1KE5 PGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIMLLSGHEGEVYCCKFHPNGSTLASAGFDRLIL
                                     ..::.  : :  :  : . :::...:  ..
CCDS54                 MAAPCAEDPSLERHFKGHRDAVTCVDFSINTKQLASGSMDSCLM
                               10        20        30        40    

             100       110       120       130       140       150 
pF1KE5 LWNVYGDCDNYATLKGHSGAVMELHYNTDGSMLFSASTDKTVAVWDSETGERVKRLKGHT
       .:..  .   :  . ::. ::  .... .: .: :.: :::: .:  ..  .   ...::
CCDS54 VWHMKPQSRAY-RFTGHKDAVTCVNFSPSGHLLASGSRDKTVRIWVPNVKGESTVFRAHT
           50         60        70        80        90       100   

             160       170       180        190       200       210
pF1KE5 SFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWDI-RKKAAIQTFQNTYQVLAVTFNDTSDQIIS
       . : : .    : ..: :.::: :::.:   :.:  ..  :.   :  . :.  .  :.:
CCDS54 ATVRSVHFCSDGQSFV-TASDDKTVKVWATHRQKFLFSLSQHINWVRCAKFSPDGRLIVS
           110        120       130       140       150       160  

              220       230       240       250       260       270
pF1KE5 GGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHADSVTGLSLSSEGSYLLSNAMDNTVRVWDVRPFAPK
       .. :. .:.::  . . ....  :.  :: ...   :. . . .:::::.:::::     
CCDS54 ASDDKTVKLWDKSSRECVHSYCEHGGFVTYVDFHPSGTCIAAAGMDNTVKVWDVRT----
            170       180       190       200       210            

              280       290       300       310       320       330
pF1KE5 ERCVKIFQGNVHNFEKNLLRCSWSPDGSKIAAGSADRFVYVWDTTSRRILYKLPGHAGSI
       .: .. .:  .:.   : :  :. :.:. . ..:.:  . . :    :.:: : :: :  
CCDS54 HRLLQHYQ--LHSAAVNGL--SFHPSGNYLITASSDSTLKILDLMEGRLLYTLHGHQGPA
      220         230         240       250       260       270    

              340       350                                        
pF1KE5 NEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGEIQ                                 
       . :::      . :..::.....                                     
CCDS54 TTVAFSRTGEYFASGGSDEQVMVWKSNFDIVDHGEVTKVPRPPATLASSMGNLTVSILEQ
          280       290       300       310       320       330    

>>CCDS2846.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3               (407 aa)
 initn: 410 init1: 245 opt: 448  Z-score: 389.7  bits: 80.8 E(32554): 2.2e-15
Smith-Waterman score: 448; 30.0% identity (60.1% similar) in 293 aa overlap (62-353:15-297)

              40        50        60        70        80        90 
pF1KE5 PGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIMLLSGHEGEVYCCKFHPNGSTLASAGFDRLIL
                                     ..::.  : :  :  : . :::...:  ..
CCDS28                 MAAPCAEDPSLERHFKGHRDAVTCVDFSINTKQLASGSMDSCLM
                               10        20        30        40    

             100       110       120       130       140       150 
pF1KE5 LWNVYGDCDNYATLKGHSGAVMELHYNTDGSMLFSASTDKTVAVWDSETGERVKRLKGHT
       .:..  .   :  . ::. ::  .... .: .: :.: :::: .:  ..  .   ...::
CCDS28 VWHMKPQSRAY-RFTGHKDAVTCVNFSPSGHLLASGSRDKTVRIWVPNVKGESTVFRAHT
           50         60        70        80        90       100   

             160       170       180        190       200       210
pF1KE5 SFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWDI-RKKAAIQTFQNTYQVLAVTFNDTSDQIIS
       . : : .    : ..: :.::: :::.:   :.:  ..  :.   :  . :.  .  :.:
CCDS28 ATVRSVHFCSDGQSFV-TASDDKTVKVWATHRQKFLFSLSQHINWVRCAKFSPDGRLIVS
           110        120       130       140       150       160  

              220       230       240       250       260       270
pF1KE5 GGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHADSVTGLSLSSEGSYLLSNAMDNTVRVWDVRPFAPK
       .. :. .:.::  . . ....  :.  :: ...   :. . . .:::::.:::::     
CCDS28 ASDDKTVKLWDKSSRECVHSYCEHGGFVTYVDFHPSGTCIAAAGMDNTVKVWDVRT----
            170       180       190       200       210            

              280       290       300       310       320       330
pF1KE5 ERCVKIFQGNVHNFEKNLLRCSWSPDGSKIAAGSADRFVYVWDTTSRRILYKLPGHAGSI
       .: .. .:  .:.   : :  :. :.:. . ..:.:  . . :    :.:: : :: :  
CCDS28 HRLLQHYQ--LHSAAVNGL--SFHPSGNYLITASSDSTLKILDLMEGRLLYTLHGHQGPA
      220         230         240       250       260       270    

              340       350                                        
pF1KE5 NEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGEIQ                                 
       . :::      . :..::.....                                     
CCDS28 TTVAFSRTGEYFASGGSDEQVMVWKSNFDIVDHGEVTKVPRPPATLASSMGNLPEVDFPV
          280       290       300       310       320       330    

>>CCDS43876.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9             (314 aa)
 initn: 462 init1: 258 opt: 438  Z-score: 382.9  bits: 79.2 E(32554): 5.3e-15
Smith-Waterman score: 438; 30.3% identity (63.1% similar) in 244 aa overlap (108-349:20-255)

        80        90       100       110       120       130       
pF1KE5 GSTLASAGFDRLILLWNVYGDCDNYATLKGHSGAVMELHYNTDGSMLFSASTDKTVAVWD
                                     :.: :    .. ::.::...: :  :  :.
CCDS43            MNSGVPATLAVRRVKFFGQHGGEVNSSAFSPDGQMLLTGSEDGCVYGWE
                          10        20        30        40         

       140       150       160       170       180       190       
pF1KE5 SETGERVKRLKGHTSFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWDIRKKAAIQTFQ-NTYQV
       ...:. . :: :::. :. :  .  : .:  ..: : ::.:::. .   ..... .  .:
CCDS43 TRSGQLLWRLGGHTGPVKFCRFSPDG-HLFASASCDCTVRLWDVARAKCLRVLKGHQRSV
      50        60        70         80        90       100        

        200       210       220       230       240       250      
pF1KE5 LAVTFNDTSDQIISGGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHADSVTGLSLSSEGSYLLSNAMD
        .:.:.  : :. ::: :. . .::......   . :: ::. . ..:   . : ... :
CCDS43 ETVSFSPDSRQLASGGWDKRVMLWDVQSGQMLRLLVGHRDSIQSSDFSPTVNCLATGSWD
      110       120       130       140       150       160        

        260       270       280       290        300       310     
pF1KE5 NTVRVWDVRPFAPKERCVKIFQGNVHNFEKNLLRC-SWSPDGSKIAAGSADRFVYVWDTT
       .::..::.:  .:     . ..:.  :     . :  .: .:  .:.:: :. ...:  :
CCDS43 STVHIWDLRMVTPAVSH-QALEGHSAN-----ISCLCYSASGL-LASGSWDKTIHIWKPT
      170       180        190            200        210       220 

         320       330       340       350                         
pF1KE5 SRRILYKLPGHAGSINEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGEIQ                  
       .  .: .: ::.  .. .:: :::  . ::. ..                          
CCDS43 TSSLLIQLKGHVTWVKSIAFSPDELWLASAGYSRMVKVWDCNTGKCLETLKGVLDVAHTC
             230       240       250       260       270       280 

CCDS43 AFTPDGKILVSGAADQTRRQISRTSKSPRDPQT
             290       300       310    

>>CCDS75898.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9             (315 aa)
 initn: 363 init1: 258 opt: 438  Z-score: 382.8  bits: 79.2 E(32554): 5.3e-15
Smith-Waterman score: 438; 30.3% identity (63.1% similar) in 244 aa overlap (108-349:20-255)

        80        90       100       110       120       130       
pF1KE5 GSTLASAGFDRLILLWNVYGDCDNYATLKGHSGAVMELHYNTDGSMLFSASTDKTVAVWD
                                     :.: :    .. ::.::...: :  :  :.
CCDS75            MNSGVPATLAVRRVKFFGQHGGEVNSSAFSPDGQMLLTGSEDGCVYGWE
                          10        20        30        40         

       140       150       160       170       180       190       
pF1KE5 SETGERVKRLKGHTSFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWDIRKKAAIQTFQ-NTYQV
       ...:. . :: :::. :. :  .  : .:  ..: : ::.:::. .   ..... .  .:
CCDS75 TRSGQLLWRLGGHTGPVKFCRFSPDG-HLFASASCDCTVRLWDVARAKCLRVLKGHQRSV
      50        60        70         80        90       100        

        200       210       220       230       240       250      
pF1KE5 LAVTFNDTSDQIISGGIDNDIKVWDLRQNKLTYTMRGHADSVTGLSLSSEGSYLLSNAMD
        .:.:.  : :. ::: :. . .::......   . :: ::. . ..:   . : ... :
CCDS75 ETVSFSPDSRQLASGGWDKRVMLWDVQSGQMLRLLVGHRDSIQSSDFSPTVNCLATGSWD
      110       120       130       140       150       160        

        260       270       280       290        300       310     
pF1KE5 NTVRVWDVRPFAPKERCVKIFQGNVHNFEKNLLRC-SWSPDGSKIAAGSADRFVYVWDTT
       .::..::.:  .:     . ..:.  :     . :  .: .:  .:.:: :. ...:  :
CCDS75 STVHIWDLRMVTPAVSH-QALEGHSAN-----ISCLCYSASGL-LASGSWDKTIHIWKPT
      170       180        190            200        210       220 

         320       330       340       350                         
pF1KE5 SRRILYKLPGHAGSINEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGEIQ                  
       .  .: .: ::.  .. .:: :::  . ::. ..                          
CCDS75 TSSLLIQLKGHVTWVKSIAFSPDELWLASAGYSRMVKVWDCNTGKCLETLKQGVLDVAHT
             230       240       250       260       270       280 

CCDS75 CAFTPDGKILVSGAADQTRRQISRTSKSPRDPQT
             290       300       310     

>>CCDS12429.1 WDR88 gene_id:126248|Hs108|chr19            (472 aa)
 initn: 302 init1: 166 opt: 436  Z-score: 378.9  bits: 79.1 E(32554): 8.8e-15
Smith-Waterman score: 436; 26.9% identity (60.5% similar) in 309 aa overlap (56-357:92-393)

          30        40        50        60        70        80     
pF1KE5 LGAGSGPGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIMLLSGHEGEVYCCKFHPNGSTLASAG
                                     . :. .:::::  :  :.:  . . : :..
CCDS12 ALDREPPPHLLPEKHQVPEKLIWGDQDPLSKIPFKILSGHEHAVSTCHFCVDDTKLLSGS
              70        80        90       100       110       120 

          90       100       110        120       130       140    
pF1KE5 FDRLILLWNVYGDCDNYATLKGHSGA-VMELHYNTDGSMLFSASTDKTVAVWDSETGERV
       .:  . ::.   : .    .. .  : :.:   . :.: ...:: :::: .:: :::. .
CCDS12 YDCTVKLWDPV-DGSVVRDFEHRPKAPVVECSITGDSSRVIAASYDKTVRAWDLETGKLL
             130        140       150       160       170       180

          150       160       170        180       190         200 
pF1KE5 KRLKGHTSFVNSCYPARRGPQLVCTGSD-DGTVKLWDIRKKAAIQTFQN--TYQVLAVTF
        ... . .:. ::  .  : . : .: : :  . . : .. ........  : .. .  :
CCDS12 WKVR-YDTFIVSCKFSPDG-KYVVSGFDVDHGICIMDAENITTVSVIKDHHTRSITSCCF
               190        200       210       220       230        

             210       220        230       240       250       260
pF1KE5 NDTSDQIISGGIDNDIKVWDLR-QNKLTYTMRGHADSVTGLSLSSEGSYLLSNAMDNTVR
       .  :... : ..:  ::.::.  :  :    ..:......  ..  : .: ... :....
CCDS12 DPDSQRVASVSLDRCIKIWDVTSQATLLTITKAHSNAISNCCFTFSGHFLCTSSWDKNLK
      240       250       260       270       280       290        

                270       280       290       300       310        
pF1KE5 VWDVRP--FAPKERCVKIFQGNVHNFEKNLLRCSWSPDGSKIAAGSADRFVYVWDTTSRR
       .:.:.   :     :: ..::.    : ..  : .. :.: . .:. :: : .::..   
CCDS12 IWNVHTGEFRNCGACVTLMQGH----EGSVSSCHFARDSSFLISGGFDRTVAIWDVAEGY
      300       310       320           330       340       350    

      320       330       340       350                            
pF1KE5 ILYKLPGHAGSINEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGEIQ                     
          .: ::   . .::.  ..  :.:::.:. . . .:.                     
CCDS12 RKLSLKGHNDWVMDVAISNNKKWILSASKDRTMRLWNIEEIDEIPLVIKYKKAVGLKLKQ
          360       370       380       390       400       410    

CCDS12 CERCDRPFSIFKSDTSSEMFTQCVFCRIDTRGLPADTSSSSSSSERENSPPPRGSKDD
          420       430       440       450       460       470  




357 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Tue Nov  8 00:25:45 2016 done: Tue Nov  8 00:25:45 2016
 Total Scan time:  2.350 Total Display time:  0.020

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com