Result of FASTA (ccds) for pFN21AE4551
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE4551, 661 aa
  1>>>pF1KE4551 661 - 661 aa - 661 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5224+/-0.00103; mu= 9.7395+/- 0.061
 mean_var=146.1036+/-28.605, 0's: 0 Z-trim(109.0): 28  B-trim: 49 in 2/50
 Lambda= 0.106107
 statistics sampled from 10543 (10561) to 10543 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.681), E-opt: 0.2 (0.324), width:  16
 Scan time:  2.870

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS8897.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12           ( 661) 4418 688.5 7.7e-198
CCDS55834.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12          ( 668) 4394 684.9 9.9e-197
CCDS55833.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12          ( 575) 3665 573.2 3.4e-163
CCDS5380.1 GPNMB gene_id:10457|Hs108|chr7          ( 560)  456 82.0 2.5e-15
CCDS34610.1 GPNMB gene_id:10457|Hs108|chr7         ( 572)  450 81.1 4.9e-15


>>CCDS8897.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12                (661 aa)
 initn: 4418 init1: 4418 opt: 4418  Z-score: 3665.4  bits: 688.5 E(32554): 7.7e-198
Smith-Waterman score: 4418; 99.8% identity (99.8% similar) in 661 aa overlap (1-661:1-661)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE4 MDLVLKRCLLHLAVIGALLAVGATKVPRNQDWLGVSRQLRTKAWNRQLYPEWTEAQRLDC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 MDLVLKRCLLHLAVIGALLAVGATKVPRNQDWLGVSRQLRTKAWNRQLYPEWTEAQRLDC
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE4 WRGGQVSLKVSNDGPTLIGANASFSIALNFPGSQKVLPDGQVIWVNNTIINGSQVWGGQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 WRGGQVSLKVSNDGPTLIGANASFSIALNFPGSQKVLPDGQVIWVNNTIINGSQVWGGQP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE4 VYPQETDDACIFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYWQVLGGPVSGLSIGTGRAMLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 VYPQETDDACIFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYWQVLGGPVSGLSIGTGRAMLG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE4 THTMEVTVYHRRGSRSYVPLAHSSSAFTITDQVPFSVSVSQLRALDGGNKHFLRNQPLTF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 THTMEVTVYHRRGSRSYVPLAHSSSAFTITDQVPFSVSVSQLRALDGGNKHFLRNQPLTF
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE4 ALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRALVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 ALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRALVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLTS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE4 CGYSPVPGTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVIS
       :: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 CGSSPVPGTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVIS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE4 TAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAAQVTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 TAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAAQVTT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE4 TEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYRY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 TEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYRY
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE4 GSFSVTLDIVQGIESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGCQPPAQRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 GSFSVTLDIVQGIESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGCQPPAQRL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE4 CQPVLPSPACQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADTNSLAVVSTQLIMPGQEAGLGQVPLIV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 CQPVLPSPACQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADTNSLAVVSTQLIMPGQEAGLGQVPLIV
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE4 GILLVLMAVVLASLIYRRRLMKQDFSVPQLPHSSSHWLRLPRIFCSCPIGENSPLLSGQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 GILLVLMAVVLASLIYRRRLMKQDFSVPQLPHSSSHWLRLPRIFCSCPIGENSPLLSGQQ
              610       620       630       640       650       660

        
pF1KE4 V
       :
CCDS88 V
        

>>CCDS55834.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12               (668 aa)
 initn: 3921 init1: 3921 opt: 4394  Z-score: 3645.5  bits: 684.9 E(32554): 9.9e-197
Smith-Waterman score: 4394; 98.8% identity (98.8% similar) in 668 aa overlap (1-661:1-668)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE4 MDLVLKRCLLHLAVIGALLAVGATKVPRNQDWLGVSRQLRTKAWNRQLYPEWTEAQRLDC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MDLVLKRCLLHLAVIGALLAVGATKVPRNQDWLGVSRQLRTKAWNRQLYPEWTEAQRLDC
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE4 WRGGQVSLKVSNDGPTLIGANASFSIALNFPGSQKVLPDGQVIWVNNTIINGSQVWGGQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 WRGGQVSLKVSNDGPTLIGANASFSIALNFPGSQKVLPDGQVIWVNNTIINGSQVWGGQP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE4 VYPQETDDACIFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYWQVLGGPVSGLSIGTGRAMLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VYPQETDDACIFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYWQVLGGPVSGLSIGTGRAMLG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE4 THTMEVTVYHRRGSRSYVPLAHSSSAFTITDQVPFSVSVSQLRALDGGNKHFLRNQPLTF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 THTMEVTVYHRRGSRSYVPLAHSSSAFTITDQVPFSVSVSQLRALDGGNKHFLRNQPLTF
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE4 ALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRALVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRALVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLTS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE4 CGYSPVPGTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVIS
       :: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 CGSSPVPGTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVIS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE4 TAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAAQVTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAAQVTT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE4 TEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYRY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYRY
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE4 GSFSVTLDIVQGIESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGCQPPAQRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GSFSVTLDIVQGIESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGCQPPAQRL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580              590   
pF1KE4 CQPVLPSPACQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADTNSLAVVSTQLIMP-------GQEAGL
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::       ::::::
CCDS55 CQPVLPSPACQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADTNSLAVVSTQLIMPVPGILLTGQEAGL
              550       560       570       580       590       600

           600       610       620       630       640       650   
pF1KE4 GQVPLIVGILLVLMAVVLASLIYRRRLMKQDFSVPQLPHSSSHWLRLPRIFCSCPIGENS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GQVPLIVGILLVLMAVVLASLIYRRRLMKQDFSVPQLPHSSSHWLRLPRIFCSCPIGENS
              610       620       630       640       650       660

           660 
pF1KE4 PLLSGQQV
       ::::::::
CCDS55 PLLSGQQV
               

>>CCDS55833.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12               (575 aa)
 initn: 3802 init1: 3663 opt: 3665  Z-score: 3043.3  bits: 573.2 E(32554): 3.4e-163
Smith-Waterman score: 3665; 98.2% identity (98.9% similar) in 562 aa overlap (100-661:16-575)

      70        80        90       100       110       120         
pF1KE4 VSNDGPTLIGANASFSIALNFPGSQKVLPDGQVIWVNNTIINGSQVWGGQPVYPQETDDA
                                     : .. :. :  .::::::::::::::::::
CCDS55                MDLVLKRCLLHLAVIGALLAVGAT--KGSQVWGGQPVYPQETDDA
                              10        20          30        40   

     130       140       150       160       170       180         
pF1KE4 CIFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYWQVLGGPVSGLSIGTGRAMLGTHTMEVTVY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 CIFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYWQVLGGPVSGLSIGTGRAMLGTHTMEVTVY
            50        60        70        80        90       100   

     190       200       210       220       230       240         
pF1KE4 HRRGSRSYVPLAHSSSAFTITDQVPFSVSVSQLRALDGGNKHFLRNQPLTFALQLHDPSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 HRRGSRSYVPLAHSSSAFTITDQVPFSVSVSQLRALDGGNKHFLRNQPLTFALQLHDPSG
           110       120       130       140       150       160   

     250       260       270       280       290       300         
pF1KE4 YLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRALVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLTSCGYSPVPGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::
CCDS55 YLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRALVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLTSCGSSPVPGT
           170       180       190       200       210       220   

     310       320       330       340       350       360         
pF1KE4 TDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVISTAPVQMPTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVISTAPVQMPTA
           230       240       250       260       270       280   

     370       380       390       400       410       420         
pF1KE4 ESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAAQVTTTEWVETTAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAAQVTTTEWVETTAR
           290       300       310       320       330       340   

     430       440       450       460       470       480         
pF1KE4 ELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYRYGSFSVTLDI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYRYGSFSVTLDI
           350       360       370       380       390       400   

     490       500       510       520       530       540         
pF1KE4 VQGIESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGCQPPAQRLCQPVLPSPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VQGIESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGCQPPAQRLCQPVLPSPA
           410       420       430       440       450       460   

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pF1KE4 CQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADTNSLAVVSTQLIMPGQEAGLGQVPLIVGILLVLMAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 CQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADTNSLAVVSTQLIMPGQEAGLGQVPLIVGILLVLMAV
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pF1KE4 VLASLIYRRRLMKQDFSVPQLPHSSSHWLRLPRIFCSCPIGENSPLLSGQQV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLASLIYRRRLMKQDFSVPQLPHSSSHWLRLPRIFCSCPIGENSPLLSGQQV
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       .:.:.:.:.: .:.. : ::  ::   .:.... .:    . ....    .  .. ...:
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                  .:::: : :     .. .:.::..: :::.: ::     .:..:. . :
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       : . ::::::.:.: :.:::.:. ......:::.:  :.. :    ..... ::.. :. 
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pF1KE4 FALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRALVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLT
       : . .:::: .:  . ..: :.:::..: ..:   .:.:::.  :  . .....:: :  
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pF1KE4 SCGYSPVPGTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVI
         :  : :            :                                       
CCDS53 --GPCPPP------------P---------------------------------------
                                                                   

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pF1KE4 STAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAAQVT
                                                                   
CCDS53 ------------------------------------------------------------
                                                                   

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pF1KE4 TTEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYR
                   : :.:  :           : ::::  :.   :  .  .   .: . :
CCDS53 ------------PPPRPSKP-----------TPSLGPAGDNPLELSRIPDE---NCQINR
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pF1KE4 YGSFSVTLDIVQGI------ESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGC
       :: :..:. ::.::      . ...:. ::  :.. ....:.:::..: :.:  ::.: :
CCDS53 YGHFQATITIVEGILEVNIIQMTDVLMPVPWPESSLIDFVVTCQGSIPTEVCTIISDPTC
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       .   . .:.::  .  : :.... ..: :::::.:..:.: .:::..:: . .: .. . 
CCDS53 EITQNTVCSPVDVDEMCLLTVRRTFNG-SGTYCVNLTLGDDTSLALTSTLISVPDRDPAS
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pF1KE4 ---LGQVPLI-VGILLVLMAVVLASLIYRRRLMKQDFSVPQLPHSSSHWLRLPRIFCSCP
          ...  :: :: : ....:. . :.:..                              
CCDS53 PLRMANSALISVGCLAIFVTVI-SLLVYKKHKEYNPIENSPGNVVRSKGLSVFLNRAKAV
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>>CCDS34610.1 GPNMB gene_id:10457|Hs108|chr7              (572 aa)
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CCDS34 RFHDVLGNERPSAYMREHNQLNGWSSDENDWNEKLYPVWKRGDMRWKNSWKGGRVQAVLT
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pF1KE4 NDGPTLIGANASFSIALNFPGSQKVLPDGQVIWVNN----TIINGSQVWGGQPVYPQETD
       .:.:.:.:.: .:.. : ::  ::   .:.... .:    . ....    .  .. ...:
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pF1KE4 DAC--------IFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYWQVLGGPVSGLSIGTGRAML
                  .:::: : :     .. .:.::..: :::.: ::     .:..:. . :
CCDS34 GENGTGQSHHNVFPDGKPFPHHPGWRRWNFIYVFHTLGQYFQKLGRCSVRVSVNTANVTL
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       : . ::::::.:.: :.:::.:. ......:::.:  :.. :    ..... ::.. :. 
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pF1KE4 FALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRALVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLT
       : . .:::: .:  . ..: :.:::..: ..:   .:.:::.  :  . .....:: :  
CCDS34 FDVLIHDPSHFLNYSTINYKWSFGDNTGLFVSTNHTVNHTYVLNGTFSLNLTVKAAAP--
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pF1KE4 SCGYSPVPGTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVI
                                         :  :   :  .::       ::  . 
CCDS34 ----------------------------------GPCPPPPPPPRPSK------PTPSLA
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pF1KE4 STAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAAQVT
       .:    . . .:                     .::  .: .: :.: .           
CCDS34 TT----LKSYDS---------------------NTPGPAGDNPLELSRI-----------
                                       350       360               

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pF1KE4 TTEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYR
                          ::                                 .: . :
CCDS34 -------------------PDE--------------------------------NCQINR
                                                             370   

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pF1KE4 YGSFSVTLDIVQGI------ESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGC
       :: :..:. ::.::      . ...:. ::  :.. ....:.:::..: :.:  ::.: :
CCDS34 YGHFQATITIVEGILEVNIIQMTDVLMPVPWPESSLIDFVVTCQGSIPTEVCTIISDPTC
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       .   . .:.::  .  : :.... ..: :::::.:..:.: .:::..:: . .: .. . 
CCDS34 EITQNTVCSPVDVDEMCLLTVRRTFNG-SGTYCVNLTLGDDTSLALTSTLISVPDRDPAS
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          ...  :: :: : ....:. . :.:..                              
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661 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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