FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5519, 465 aa 1>>>pF1KE5519 465 - 465 aa - 465 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1135+/-0.00108; mu= 18.8100+/- 0.065 mean_var=66.7046+/-13.353, 0's: 0 Z-trim(102.9): 73 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.157035 statistics sampled from 7084 (7161) to 7084 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.572), E-opt: 0.2 (0.22), width: 16 Scan time: 2.770 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 3145 721.9 3.5e-208 CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 2362 544.5 8.8e-155 CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 2343 540.2 1.8e-153 CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 1741 403.8 2e-112 CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 1258 294.4 1.7e-79 CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 1232 288.5 1e-77 CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX ( 506) 1229 287.8 1.7e-77 CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 1225 286.9 3e-77 CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 1225 286.9 3.5e-77 CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 1219 285.5 7.7e-77 CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 1182 277.2 2.7e-74 CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 1145 268.8 9.4e-72 CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 253) 1118 262.5 3.7e-70 CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 515) 1017 239.8 5.1e-63 CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 457) 922 218.2 1.4e-56 CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 917 217.1 3.1e-56 CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 449) 909 215.3 1.1e-55 CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 904 214.2 2.4e-55 CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 904 214.2 2.4e-55 CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 896 212.4 8.5e-55 CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 896 212.4 9e-55 CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 894 211.9 1.1e-54 CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 892 211.4 1.5e-54 CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 891 211.2 1.6e-54 CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 889 210.8 2.5e-54 CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 889 210.8 2.5e-54 CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 884 209.6 5.6e-54 CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 870 206.4 4.7e-53 CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 449) 857 203.5 3.7e-52 CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 854 202.8 6e-52 CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 838 199.2 6.9e-51 CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 824 196.0 6.8e-50 CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 805 191.7 1.1e-48 CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 790 188.3 1.4e-47 CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 402) 772 184.2 2.1e-46 CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 772 184.3 3.1e-46 CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 388) 756 180.6 2.6e-45 CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 701 168.2 1.8e-41 CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 608 147.0 2.5e-35 CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 549 133.6 2.7e-31 CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 317 81.2 2.8e-15 CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 310 79.6 8e-15 CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 310 79.6 8.2e-15 CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 297 76.7 6.2e-14 CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 295 76.2 8.6e-14 CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 294 76.0 1e-13 CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 293 75.7 1.1e-13 CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 293 75.8 1.1e-13 CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 287 74.5 3.6e-13 CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 283 73.5 5.7e-13 >>CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 (465 aa) initn: 3145 init1: 3145 opt: 3145 Z-score: 3851.0 bits: 721.9 E(32554): 3.5e-208 Smith-Waterman score: 3145; 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67.8% identity (84.7% similar) in 463 aa overlap (24-465:5-467) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MGPLKAFLFSPFLLRSQSRGVRLVFLLLTLHLG-NCVDKADDEDD-EDLTVNKTWVLAPK ..::: : : . .. .::. :: . :. :::::: CCDS45 MAPKLLLLLCLFSGLHARSRKVEEDEYEDSSSNQKWVLAPK 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 IHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQT .. :.: :::.::. ::.:::::::..::::..:.::::::::. ::::: :::.:::: CCDS45 SQDTDVTLILNKLLREYDKKLRPDIGIKPTVIDVDIYVNSIGPVSSINMEYQIDIFFAQT 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 WFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLY : ::::.::::::.: ::::::: ::::::.::::. ..::::::::.::::::::..:: CCDS45 WTDSRLRFNSTMKILTLNSNMVGLIWIPDTIFRNSKTAEAHWITTPNQLLRIWNDGKILY 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 TLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKNEIEYKWKKPSVEVADPKYWRLYQF :::::::::: ::::::::::::::: ::::::::.:. :.:.: :::.:: : :::::: CCDS45 TLRLTINAECQLQLHNFPMDEHSCPLIFSSYGYPKEEMIYRWRKNSVEAADQKSWRLYQF 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 AFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDA :.::::.:::. : .::::.:::.:.:::::::::::::::::::::::::::::.::: CCDS45 DFMGLRNTTEIVTTSAGDYVVMTIYFELSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWIKKDA 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 VPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFT .::::.:::::::::::::::::::::.:::::::::::.:::.:::::::::.::.:.. CCDS45 TPARTALGITTVLTMTTLSTIARKSLPRVSYVTAMDLFVTVCFLFVFAALMEYATLNYYS 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 pF1KE5 SNQKGKTATK---------DRKLKNKASM-TPGLH-------PGSTLIPMNNISVPQE-- : .: :. : .: . .. :. .:. . : ...: .:: :: CCDS45 SCRKPTTTKKTTSLLHPDSSRWIPERISLQAPSNYSLLDMRPPPTAMITLNNSVYWQEFE 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 450 pF1KE5 DDYEYQCLEGKDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYW : :.::.:::: :::::.:.:..::::.::::: : ..:::::.::::.: ::::::: CCDS45 DTCVYECLDGKDCQSFFCCYEECKSGSWRKGRIHIDILELDSYSRVFFPTSFLLFNLVYW 410 420 430 440 450 460 460 pF1KE5 VGYLYL :::::: CCDS45 VGYLYL >>CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 (462 aa) initn: 1260 init1: 650 opt: 1258 Z-score: 1540.7 bits: 294.4 E(32554): 1.7e-79 Smith-Waterman score: 1258; 49.1% identity (75.6% similar) in 405 aa overlap (65-463:50-449) 40 50 60 70 80 90 pF1KE5 CVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDV :.::..::.::::.::: .: : : ..::. CCDS45 ISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGYDNRLRPGLGERITQVRTDI 20 30 40 50 60 70 100 110 120 130 140 150 pF1KE5 YVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSR ::.:.:::. .::::::..: :.: : ::.:.. :. : ::. ...::: :::::.:.. CCDS45 YVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPLNNLLASKIWTPDTFFHNGK 80 90 100 110 120 130 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 KSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKN :: :: .::::.:::. .:: .:::.::::.::: .::..:::: :.:::.:.::.::.. CCDS45 KSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDFPMDAHACPLKFGSYAYPNS 140 150 160 170 180 190 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 EIEYKWKK---PSVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMG :. : : . :: ::. :: :. ..: .:: : .:.:.::: : :.:..: CCDS45 EVVYVWTNGSTKSVVVAEDGS-RLNQYHLMGQTVGTENISTSTGEYTIMTAHFHLKRKIG 200 210 220 230 240 250 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 YFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT ::.::::.:::.::.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.: CCDS45 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT 260 270 280 290 300 310 340 350 360 370 380 pF1KE5 AMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSN---QKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTL ::: :..::. :::.::.:..:..:::. :: : . :.:.: . :. ... CCDS45 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAAKIKKKREVI--LNKSTNA 320 330 340 350 360 370 390 400 410 420 430 440 pF1KE5 IPMNNISVPQEDDYEYQCLEGKDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFP . ...: : . : .. .: . .:. . . . :.:::..::: :: CCDS45 FTTGKMSHPPNIPKEQTPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESK--KTYNSISKIDKMSRIVFP 380 390 400 410 420 430 450 460 pF1KE5 TAFALFNLVYWVGYLYL . :. ::::::. :: CCDS45 VLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK 440 450 460 >>CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 (456 aa) initn: 1224 init1: 643 opt: 1232 Z-score: 1508.9 bits: 288.5 E(32554): 1e-77 Smith-Waterman score: 1232; 47.9% identity (73.6% similar) in 405 aa overlap (65-463:43-443) 40 50 60 70 80 90 pF1KE5 CVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDV :.::. ::.::::.::: .: : : ..::. CCDS43 AWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDI 20 30 40 50 60 70 100 110 120 130 140 150 pF1KE5 YVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSR .:.:.:::. .::::::..: :.: : ::::.. : :: ::. :..::: :::::.:.. CCDS43 FVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGK 80 90 100 110 120 130 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 KSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKN :: :: .: ::.:::: .:: .:::.:::. ::: ..:..:::: :.:::.:.::.: . CCDS43 KSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRA 140 150 160 170 180 190 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 EIEYKW-KKP--SVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMG :. :.: ..: :: ::. :: :. ..: .. :... .:.::.:: : :.:..: CCDS43 EVVYEWTREPARSVVVAEDGS-RLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMTTHFHLKRKIG 200 210 220 230 240 250 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 YFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT ::.::::.:::.::.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.: CCDS43 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT 260 270 280 290 300 310 340 350 360 370 380 pF1KE5 AMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSN---QKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTL ::: :..::. :::.::.:..:..:::. ::... .. : : : .. ..: CCDS43 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVK---DPLIKKNNTY 320 330 340 350 360 390 400 410 420 430 440 pF1KE5 IPMNNISVPQEDDYEYQCLEGKDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFP : . .:. . :.. .: . . ..::: ::: :: CCDS43 APTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIAFP 370 380 390 400 410 420 450 460 pF1KE5 TAFALFNLVYWVGYLYL :..::::::. :: CCDS43 LLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ 430 440 450 >>CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX (506 aa) initn: 1392 init1: 1227 opt: 1229 Z-score: 1504.6 bits: 287.8 E(32554): 1.7e-77 Smith-Waterman score: 1335; 45.1% identity (76.2% similar) in 432 aa overlap (63-460:70-501) 40 50 60 70 80 90 pF1KE5 GNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIET . ..:::..:..::.:::: :: .:::. . CCDS14 PQPQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEASRILNTILSNYDHKLRPGIGEKPTVVTV 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 pF1KE5 DVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRN .. :::.::.. ..:::::::::.:::.: :: .:.:.. :.::.:.:...::::::::: CCDS14 EISVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPDTFFRN 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 SRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYP :... : :: ::...::..::.::::.:.::.: : :.. :::: ::::: :::..:: CCDS14 SKRTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFSSFSYP 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 KNEIEYKWKKPSVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMGY .::. :::.. ..:. . . :.:.:: :.:. :.::: : ::...:::::..:::.:: CCDS14 ENEMIYKWENFKLEINEKNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVSRRFGY 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 FTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTA ..:.:.: .:..::::::::. ...:::::::::.:::::::.:..::..:.:::.:: CCDS14 VAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRVSYITA 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 pF1KE5 MDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSNQ-KGKTATKDR--KLKNKASM----------- .:.....::.: : ::.:...:... :: :.... : : .....: CCDS14 LDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLIYNQTKAHASPKLRHPRINSRAHARTRARSRACAR 340 350 360 370 380 390 380 390 400 410 pF1KE5 ------------TPGL----HPG-STLIPMNNISV--PQEDDYEYQCLEG-KDCASFFCC : : .:. :. : . : :. . : : : ..:: CCDS14 QHQEAFVCQIVTTEGSDGEERPSCSAQQPPSPGSPEGPRSLCSKLACCEWCKRFKKYFCM 400 410 420 430 440 450 420 430 440 450 460 pF1KE5 FEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL ::. ..:..::. :.. ..:.:::. ::..: .::..::. CCDS14 VPDCEGSTWQQGRLCIHVYRLDNYSRVVFPVTFFFFNVLYWLVCLNL 460 470 480 490 500 >>CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (451 aa) initn: 1125 init1: 631 opt: 1225 Z-score: 1500.4 bits: 286.9 E(32554): 3e-77 Smith-Waterman score: 1225; 47.4% identity (73.8% similar) in 405 aa overlap (65-463:43-441) 40 50 60 70 80 90 pF1KE5 CVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDV :.::. ::.::::.::: .: : . :.. CCDS34 LLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDSITEVFTNI 20 30 40 50 60 70 100 110 120 130 140 150 pF1KE5 YVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSR ::.:.:::. .::::::..: : : : ::::.. :..: ::. :..::: :::::.:.. CCDS34 YVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKIWTPDTFFHNGK 80 90 100 110 120 130 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 KSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKN :: :: .: ::.:::: .:: .:::.:::..::: ..:..:::: :::::.:.::.: . CCDS34 KSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCPLKFGSYAYTTS 140 150 160 170 180 190 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 EIEYKWK---KPSVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMG :. : : . ::.:: : :: :. ..: . : .. .:.:..:: : :.:..: CCDS34 EVTYIWTYNASDSVQVA-PDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMTAHFHLKRKIG 200 210 220 230 240 250 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 YFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT ::.::::.:::.::.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.: CCDS34 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT 260 270 280 290 300 310 340 350 360 370 380 pF1KE5 AMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSN---QKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTL ::: :..::. :::.::.:..:..:::. ::....:.: :.:::. .. .. CCDS34 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKK-KEKASVM--IQNNAYA 320 330 340 350 360 390 400 410 420 430 440 pF1KE5 IPMNNISVPQEDDYEYQCLEGKDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFP . . : . : . . . . . . . . . ..::: .::: :: CCDS34 VAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAK--KTFNSVSKIDRMSRIVFP 370 380 390 400 410 420 450 460 pF1KE5 TAFALFNLVYWVGYLYL . :. ::::::. :: CCDS34 VLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP 430 440 450 >>CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 (554 aa) initn: 1304 init1: 652 opt: 1225 Z-score: 1499.1 bits: 286.9 E(32554): 3.5e-77 Smith-Waterman score: 1230; 49.7% identity (75.9% similar) in 378 aa overlap (18-393:13-379) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MGPLKAFLFSPFLLRSQSRGVRLVFLLLTLHLGNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIH : :: .. :: : :. :.... ..... :. CCDS34 MVSAKKVPAIALSAGVSFA-LLRFLCLAVCLNESPGQNQKE----------EKLC 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 EGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWF ..:.::.:::.::::.::: .: : ..::.::.:.:::. ..::::.:..: :::. CCDS34 TENFTRILDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWI 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 DSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTL :.:::... ...: ::. :: :.: :::::::..:: .: .:.::.:.:: .: .:::. CCDS34 DKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTM 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 pF1KE5 RLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKNEIEYKWKK-PSVEVADPKYWR-LYQF ::::.::: ..: .:::: :.:::.:.::.:::.:. : : : : : :: : :. CCDS34 RLTISAECPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQY 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 AFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDA ..: :.: ..:.:.:..::..: : :.:::: ::::::::.::.:: :::::::.. CCDS34 DLIGQTVSSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKES 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 VPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFT ::::: .:::::::::::: ::.:::::::.:::: :..::: :::.::.:.....::: CCDS34 VPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFT 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 SNQKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTLIPMNNISVPQEDDYEYQCLEGKDCASFFCC . : :. : : ... .: . :..: CCDS34 NIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRT 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 pF1KE5 FEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL CCDS34 EVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYM 410 420 430 440 450 460 >>CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 (453 aa) initn: 1299 init1: 684 opt: 1219 Z-score: 1493.0 bits: 285.5 E(32554): 7.7e-77 Smith-Waterman score: 1284; 50.2% identity (74.2% similar) in 418 aa overlap (63-463:31-441) 40 50 60 70 80 90 pF1KE5 GNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIET ....::..::.::::.::: .: : ..: CCDS43 MASSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYDNRLRPGFGGAVTEVKT 10 20 30 40 50 60 100 110 120 130 140 150 pF1KE5 DVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRN :.::.:.:::. ..::::.:..: ::: : ::::.. ..: ::. ::.::: ::::::: CCDS43 DIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSKIWTPDTFFRN 70 80 90 100 110 120 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 SRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYP ..:: :: .::::.:.:: ..: .:::.::::::.: ..: ::::: :.:::.:.::.:: CCDS43 GKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHACPLKFGSYAYP 130 140 150 160 170 180 220 230 240 250 260 pF1KE5 KNEIEYKWKK-P--SVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRR :.:: : ::: : :::: . . : :. ..: :.: .. .:.:::::..: :.:. CCDS43 KSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESS-SLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIMTVYFHLQRK 190 200 210 220 230 270 280 290 300 310 320 pF1KE5 MGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSY :::: :: : :::.::.:: :::::::..::::: .:::::::::::: ::.::::::: CCDS43 MGYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSY 240 250 260 270 280 290 330 340 350 360 370 380 pF1KE5 VTAMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSNQKGKTATKDRKLKNKASMTPG-------- .:::: :..::: :::.::.:.....:::. : : : . .. ..: . CCDS43 ATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQK-AKRKAQFAAPPTVTISKATEPLEA 300 310 320 330 340 350 390 400 410 420 430 pF1KE5 ---LHPGSTL---IPMNNISVPQEDDYEYQCLEGKDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIR ::: : ....:.: .. : . . . : . ... . . CCDS43 EIVLHPDSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTR--API---LQSTPVTPPPLSPAFGG 360 370 380 390 400 410 440 450 460 pF1KE5 IAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL .:::.::::.::.::: ::::::: :: CCDS43 TSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE 420 430 440 450 465 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 01:25:41 2016 done: Tue Nov 8 01:25:42 2016 Total Scan time: 2.770 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]