FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1089, 456 aa 1>>>pF1KE1089 456 - 456 aa - 456 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4527+/-0.000955; mu= 17.2930+/- 0.058 mean_var=78.6221+/-15.182, 0's: 0 Z-trim(105.0): 70 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.144644 statistics sampled from 8145 (8217) to 8145 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.616), E-opt: 0.2 (0.252), width: 16 Scan time: 1.860 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 3039 644.1 8.8e-185 CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 2255 480.5 1.5e-135 CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 2113 450.8 1.3e-126 CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 1916 409.8 3.3e-114 CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 1892 404.8 1.1e-112 CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 1660 356.3 3.7e-98 CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 1611 346.1 5.2e-95 CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 1242 269.1 6.9e-72 CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 1237 268.0 1.4e-71 CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 1236 267.8 1.6e-71 CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 1120 243.6 3.2e-64 CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX ( 506) 982 214.9 1.6e-55 CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 961 210.4 3e-54 CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 959 210.0 4e-54 CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 457) 956 209.4 6.2e-54 CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 449) 954 209.0 8.2e-54 CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 939 205.9 7.4e-53 CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 449) 874 192.3 8.7e-49 CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 863 189.9 3.6e-48 CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 853 187.9 1.9e-47 CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 853 187.9 2e-47 CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 850 187.3 2.9e-47 CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 844 186.0 6.9e-47 CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 836 184.4 2.2e-46 CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 834 183.9 2.7e-46 CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 809 178.7 1.1e-44 CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 783 173.3 4.6e-43 CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 782 173.1 5.5e-43 CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 781 172.9 5.9e-43 CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 778 172.4 1.2e-42 CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 769 170.4 3.5e-42 CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 768 170.1 3.6e-42 CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 402) 743 164.9 1.3e-40 CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 734 163.1 5.6e-40 CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 388) 727 161.6 1.3e-39 CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 682 152.3 1.1e-36 CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 253) 650 145.4 6.5e-35 CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 515) 604 136.0 8.8e-32 CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 561 126.9 2.9e-29 CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 558 126.2 4.4e-29 CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 327 78.2 2.1e-14 CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 320 76.7 5.6e-14 CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 318 76.3 7.2e-14 CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 305 73.6 5.4e-13 CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 300 72.5 1.1e-12 CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 280 68.4 1.9e-11 CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 280 68.4 2e-11 CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 274 67.1 4.3e-11 CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 270 66.3 8e-11 >>CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 (456 aa) initn: 3039 init1: 3039 opt: 3039 Z-score: 3430.9 bits: 644.1 E(32554): 8.8e-185 Smith-Waterman score: 3039; 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CCDS34 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDK-KKEKASV 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 IKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKIDR . .::.:: ....:.:::.. :: :.::.:::: . :::.:: : :::::::::::: CCDS34 MIQNNAYAVAVANYAPNLSK-DPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDR 370 380 390 400 410 430 440 450 pF1KE1 LSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ .:::.::.::: :::::::::::::: : CCDS34 MSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP 420 430 440 450 >>CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 (462 aa) initn: 2077 init1: 1831 opt: 2113 Z-score: 2386.5 bits: 450.8 E(32554): 1.3e-126 Smith-Waterman score: 2113; 73.5% identity (86.0% similar) in 442 aa overlap (18-454:24-461) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRS-YGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGY ::. : : . :..:: .:: :.:::::: ::::: CCDS45 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGY 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 DNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRL :::::::::::.:.:.:::.::::::::: .::::::::::::::::::.::::: : : CCDS45 DNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 NNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDF :::.:::::::::::::::::.::::: ::::::. .:::::::::::. :::::.:::: CCDS45 NNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDF 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 PMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSS :::::::::::::::: .:::: :: ..:::::::::::::: :.:::: . ...: CCDS45 PMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTS 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 TGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTM ::::..::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 TGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTM 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 TTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPE- ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::... CCDS45 TTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAA 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KE1 KPKKVKDPLIKKN-NTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKP-ETKPPEPK : :: .. ...:. :... :. ::. : : : ... ::: : : : : CCDS45 KIKKKREVILNKSTNAFTTGKMSHPPNI----PKEQTPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESK 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KE1 KTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLK-APTPHQ ::.::.::::..:::.::.::: :::::::::::::: .: : .: CCDS45 KTYNSISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK 420 430 440 450 460 >>CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX (492 aa) initn: 2050 init1: 1858 opt: 1916 Z-score: 2164.0 bits: 409.8 E(32554): 3.3e-114 Smith-Waterman score: 2092; 74.8% identity (86.2% similar) in 436 aa overlap (29-450:54-486) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLR :.. :. :: :.::::::::::::::::: CCDS14 PGTTGQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLR 30 40 50 60 70 80 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 PGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMA ::::. ::::::::.::::::::: ::::::::::::.:.:::::: ::: .: ::::.: CCDS14 PGLGDAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLA 90 100 110 120 130 140 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 SKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAH :::::::::::::::::::::: ::::::....::::::::::..:::::::::::::.: CCDS14 SKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLLYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVH 150 160 170 180 190 200 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 ACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYV :::::::::::: ::::: :: .:: ::.::::::::::::..: . :..::::::: CCDS14 ACPLKFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYV 210 220 230 240 250 260 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 VMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 VMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSI 270 280 290 300 310 320 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 SARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPE----KP ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..::.::.: :: : CCDS14 SARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKV-PEALEMKK 330 340 350 360 370 380 360 370 380 390 400 pF1KE1 KKVKDPLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSA--------TI--EPKEVKPET : : : ..:. ..:.: :::. : ..::.:.: :: :: . . CCDS14 KTPAAPAKKTSTTFNIVGTTYPINLAK-DTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQD 390 400 410 420 430 440 410 420 430 440 450 pF1KE1 KPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ .: : : :.:::::.:..::: ::.::.::::::::::.::: .: CCDS14 SPTETK-TYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ 450 460 470 480 490 >>CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (511 aa) initn: 2262 init1: 1892 opt: 1892 Z-score: 2136.7 bits: 404.8 E(32554): 1.1e-112 Smith-Waterman score: 2021; 70.7% identity (80.3% similar) in 458 aa overlap (32-430:32-488) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 RKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGL .:: :.: :.:::::::::::::::::::: CCDS82 KTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 GERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKI :. .::: :.:.::::::::: ::::::::::::.::::::::::::..::::::::::: CCDS82 GDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKI 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACP ::::::::::::::::::::::::::: .::::::::::::.:::::::::::::::.:: CCDS82 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCP 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 LKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMT ::::::::: .::.: :: . . :: :: :::::::::::::.. . ..::::::.::: CCDS82 LKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMT 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 THFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEK-P------ ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: .: : CCDS82 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKSPSIKAEG 310 320 330 340 350 360 360 pF1KE1 ----------------------------------------------------KKVKDPLI :: : .. CCDS82 ITLTYNSVKAILQGAKLIWSKYIAFSWPSLFQEKTLEYLEKWMDCLTFKQSSKKEKASVM 370 380 390 400 410 420 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 KKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKIDRL .::.:: ....:.:::.. :: :.::.:::: . :::.:: : ::::::::::::. CCDS82 IQNNAYAVAVANYAPNLSK-DPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDRM 430 440 450 460 470 480 430 440 450 pF1KE1 SRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ :::.::.: CCDS82 SRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP 490 500 510 >>CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 (453 aa) initn: 1692 init1: 1557 opt: 1660 Z-score: 1875.7 bits: 356.3 E(32554): 3.7e-98 Smith-Waterman score: 1664; 61.3% identity (80.8% similar) in 416 aa overlap (43-446:33-444) 20 30 40 50 60 70 pF1KE1 AWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDI .:::: ::.:::::::::.: :::::::: CCDS43 SSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYDNRLRPGFGGAVTEVKTDI 10 20 30 40 50 60 80 90 100 110 120 130 pF1KE1 FVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGK .::::::::: .::::.::::::.: :::::: :: .: :::::.::::::::::.::: CCDS43 YVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSKIWTPDTFFRNGK 70 80 90 100 110 120 140 150 160 170 180 190 pF1KE1 KSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRA ::.::::: ::::.:: ..::.:::::::. :.:::.: .::::.:::::::::::: .. CCDS43 KSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHACPLKFGSYAYPKS 130 140 150 160 170 180 200 210 220 230 240 250 pF1KE1 EVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGY :..: : . : :: : :..: : ::::.::::.: ..:.:::::.::..:::.::.:: CCDS43 EIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIMTVYFHLQRKMGY 190 200 210 220 230 240 260 270 280 290 300 310 pF1KE1 FVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATA :.:: : ::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::.:::::.:::: CCDS43 FMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATA 250 260 270 280 290 300 320 330 340 350 360 pF1KE1 MDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTK-RGYAWDGKSVVPEKP----KKVKDPL-----I ::::::::.:::::::::::.:::::. . :. : .:. .:: . CCDS43 MDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKAQFAAPPTVTISKATEPLEAEIVL 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 KKNNTY--APTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKID . .. : :: . .. .. . ..... .. : : :: . .:...:::: CCDS43 HPDSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQSTPVTP---PPL-SPAFGGTSKID 370 380 390 400 410 430 440 450 pF1KE1 RLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ . ::: ::. :. ::::::..::... CCDS43 QYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE 420 430 440 450 >>CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 (554 aa) initn: 1709 init1: 1584 opt: 1611 Z-score: 1819.3 bits: 346.1 E(32554): 5.2e-95 Smith-Waterman score: 1611; 66.6% identity (84.8% similar) in 368 aa overlap (4-370:13-376) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLD : :.: : . : :.. ..: :: : : : : :::::: ::: CCDS34 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRF-LCLAVCLNESPGQN--QKEEKLCTENFTRILDSLLD 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 GYDNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVL :::::::::.: ::::::::.::::::::: .::::.::::::.: :.:::. ::. .: CCDS34 GYDNRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEIL 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 RLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLE ::::.:..:.:::::::.::::::.:::: ::::.:: ..::.:::::::. :::::.: CCDS34 RLNNMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLV 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 DFPMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQ :::::.:::::::::::: ..:..: ::. : .:: : ...: : ::::.::::.: .. CCDS34 DFPMDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIK 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 SSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVL : ::::.:::..:::.::.:::.::::.::::::::::::::.:.::::::::::.:::: CCDS34 SITGEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 TMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVP ::::::::::.:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::. . .: . CCDS34 TMTTLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQME-KAKRKTS 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE1 EKPKKVKD-PLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPK . :..: :. .... :: CCDS34 KPPQEVPAAPVQREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTV 360 370 380 390 400 410 >>CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (475 aa) initn: 1331 init1: 662 opt: 1242 Z-score: 1404.0 bits: 269.1 E(32554): 6.9e-72 Smith-Waterman score: 1266; 44.7% identity (70.5% similar) in 468 aa overlap (4-443:16-473) 10 20 30 40 pF1KE1 MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPS---LQDELKDNTTVFTR- .: .:. . .::::: .: .: : .: ...: :.: CCDS43 MSSPNIWSTGSSVYSTPVFSQKMTVWILLLLSLYPGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPK 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 pF1KE1 --------ILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQS ::. ::.::::.::: .: . : ..::..:.:.:::. .::::::.:: :. CCDS43 VPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHTDMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQT 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 WKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLY : :.::::.. . :::::. :..::: :::::.:.::. :: .: ::..::: .:: .:: CCDS43 WYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLY 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 TMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGS-RL :.:::. ::: ..:..:::: :.:::.:.::.: : :.::.: : :: :.. : :: CCDS43 TLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPREEIVYQWKRS---SVEVGDTRSWRL 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 NQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLN :....: . .:....:.::::...: :.:..:::.::::.:: . :.:: ::::.: CCDS43 YQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWIN 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 pF1KE1 RESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVN ...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.:::: :..::. ::::::.:..:.. CCDS43 KDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLH 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 390 pF1KE1 YFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVKDPLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKS--- ::.. ... .: :: :.::.. . ::: . : : . . :: . CCDS43 YFVS------NRKPSKDKDKKKKNPLLRMFSFKAPTI-DIRPRSATIQMNNATHLQERDE 360 370 380 390 400 410 400 410 420 430 440 pF1KE1 ----ATIEPKEVKP--------ETKPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWA .. :. .: . . ..:.: .:: :: : .::::::. CCDS43 EYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDSYARIFFPTAFCLFNLVYWV 420 430 440 450 460 470 450 pF1KE1 TYLNREPQLKAPTPHQ .:: CCDS43 SYLYL >>CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 (465 aa) initn: 1221 init1: 643 opt: 1237 Z-score: 1398.5 bits: 268.0 E(32554): 1.4e-71 Smith-Waterman score: 1237; 48.2% identity (74.2% similar) in 407 aa overlap (43-443:65-463) 20 30 40 50 60 70 pF1KE1 AWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDI :.::. ::.::::.::: .: : : ..::. CCDS34 CVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDV 40 50 60 70 80 90 80 90 100 110 120 130 pF1KE1 FVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGK .:.:.:::. .::::::..: :.: : ::::.. : :: ::. :..::: :::::.:.. CCDS34 YVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSR 100 110 120 130 140 150 140 150 160 170 180 190 pF1KE1 KSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRA :: :: .: ::.:::: .:: .:::.:::. ::: ..:..:::: :.:::.:.::.: . 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