Result of FASTA (ccds) for pFN21AE1089
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE1089, 456 aa
  1>>>pF1KE1089 456 - 456 aa - 456 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4527+/-0.000955; mu= 17.2930+/- 0.058
 mean_var=78.6221+/-15.182, 0's: 0 Z-trim(105.0): 70  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.144644
 statistics sampled from 8145 (8217) to 8145 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.616), E-opt: 0.2 (0.252), width:  16
 Scan time:  1.860

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5          ( 456) 3039 644.1 8.8e-185
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4          ( 451) 2255 480.5 1.5e-135
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15        ( 462) 2113 450.8 1.3e-126
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX         ( 492) 1916 409.8 3.3e-114
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4         ( 511) 1892 404.8 1.1e-112
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5          ( 453) 1660 356.3 3.7e-98
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4          ( 554) 1611 346.1 5.2e-95
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5          ( 475) 1242 269.1 6.9e-72
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4          ( 465) 1237 268.0 1.4e-71
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5          ( 467) 1236 267.8 1.6e-71
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15        ( 467) 1120 243.6 3.2e-64
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX          ( 506)  982 214.9 1.6e-55
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 452)  961 210.4   3e-54
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 452)  959 210.0   4e-54
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5          ( 457)  956 209.4 6.2e-54
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5           ( 449)  954 209.0 8.2e-54
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4           ( 464)  939 205.9 7.4e-53
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4          ( 449)  874 192.3 8.7e-49
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 363)  863 189.9 3.6e-48
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 474)  853 187.9 1.9e-47
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 512)  853 187.9   2e-47
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4          ( 474)  850 187.3 2.9e-47
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473)  844 186.0 6.9e-47
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473)  836 184.4 2.2e-46
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX        ( 417)  834 183.9 2.7e-46
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1             ( 452)  809 178.7 1.1e-44
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6         ( 462)  783 173.3 4.6e-43
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6          ( 479)  782 173.1 5.5e-43
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5           ( 440)  781 172.9 5.9e-43
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX         ( 632)  778 172.4 1.2e-42
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3       ( 467)  769 170.4 3.5e-42
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6         ( 392)  768 170.1 3.6e-42
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 402)  743 164.9 1.3e-40
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6          ( 465)  734 163.1 5.6e-40
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 388)  727 161.6 1.3e-39
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4            ( 497)  682 152.3 1.1e-36
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15        ( 253)  650 145.4 6.5e-35
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5         ( 515)  604 136.0 8.8e-32
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4           ( 303)  561 126.9 2.9e-29
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5          ( 289)  558 126.2 4.4e-29
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 484)  327 78.2 2.1e-14
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11         ( 463)  320 76.7 5.6e-14
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11          ( 441)  318 76.3 7.2e-14
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 516)  305 73.6 5.4e-13
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15        ( 498)  300 72.5 1.1e-12
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8          ( 494)  280 68.4 1.9e-11
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1          ( 502)  280 68.4   2e-11
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2          ( 457)  274 67.1 4.3e-11
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4         ( 479)  270 66.3   8e-11


>>CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5               (456 aa)
 initn: 3039 init1: 3039 opt: 3039  Z-score: 3430.9  bits: 644.1 E(32554): 8.8e-185
Smith-Waterman score: 3039; 100.0% identity (100.0% similar) in 456 aa overlap (1-456:1-456)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE1 MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE1 LGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE1 IWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHAC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHAC
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE1 PLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 PLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE1 TTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE1 RNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVKDP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVKDP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE1 LIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKID
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450      
pF1KE1 RLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ
              430       440       450      

>>CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4               (451 aa)
 initn: 2258 init1: 1888 opt: 2255  Z-score: 2546.8  bits: 480.5 E(32554): 1.5e-135
Smith-Waterman score: 2255; 81.3% identity (91.9% similar) in 418 aa overlap (32-449:32-447)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KE1 RKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGL
                                     .:: :.: :.::::::::::::::::::::
CCDS34 KTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGL
              10        20        30        40        50        60 

              70        80        90       100       110       120 
pF1KE1 GERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKI
       :. .::: :.:.::::::::: ::::::::::::.::::::::::::..:::::::::::
CCDS34 GDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKI
              70        80        90       100       110       120 

             130       140       150       160       170       180 
pF1KE1 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACP
       ::::::::::::::::::::::::::: .::::::::::::.:::::::::::::::.::
CCDS34 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCP
             130       140       150       160       170       180 

             190       200       210       220       230       240 
pF1KE1 LKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMT
       ::::::::: .::.: :: . . :: :: :::::::::::::.. .  ..::::::.:::
CCDS34 LKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMT
             190       200       210       220       230       240 

             250       260       270       280       290       300 
pF1KE1 THFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
       .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
             250       260       270       280       290       300 

             310       320       330       340       350       360 
pF1KE1 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVKDPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: .: :: :  .
CCDS34 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDK-KKEKASV
             310       320       330       340       350        360

             370       380       390       400       410       420 
pF1KE1 IKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKIDR
       . .::.:: ....:.:::.. :: :.::.::::    . :::.:: : ::::::::::::
CCDS34 MIQNNAYAVAVANYAPNLSK-DPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDR
              370       380        390       400       410         

             430       440       450      
pF1KE1 LSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ
       .:::.::.::: :::::::::::::: :       
CCDS34 MSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP   
     420       430       440       450    

>>CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15             (462 aa)
 initn: 2077 init1: 1831 opt: 2113  Z-score: 2386.5  bits: 450.8 E(32554): 1.3e-126
Smith-Waterman score: 2113; 73.5% identity (86.0% similar) in 442 aa overlap (18-454:24-461)

                     10        20         30        40        50   
pF1KE1       MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRS-YGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGY
                              ::.  : : .   :..:: .:: :.:::::: :::::
CCDS45 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGY
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KE1 DNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRL
       :::::::::::.:.:.:::.::::::::: .::::::::::::::::::.:::::  : :
CCDS45 DNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPL
               70        80        90       100       110       120

           120       130       140       150       160       170   
pF1KE1 NNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDF
       :::.:::::::::::::::::.::::: ::::::. .:::::::::::. :::::.::::
CCDS45 NNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDF
              130       140       150       160       170       180

           180       190       200       210       220       230   
pF1KE1 PMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSS
       ::::::::::::::::  .:::: ::   ..:::::::::::::: :.:::: .  ...:
CCDS45 PMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTS
              190       200       210       220       230       240

           240       250       260       270       280       290   
pF1KE1 TGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTM
       ::::..::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTM
              250       260       270       280       290       300

           300       310       320       330       340       350   
pF1KE1 TTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPE-
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::...   
CCDS45 TTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAA
              310       320       330       340       350       360

            360        370       380       390       400        410
pF1KE1 KPKKVKDPLIKKN-NTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKP-ETKPPEPK
       : :: .. ...:. :...    :. ::.    :   : : ...     ::: : :  : :
CCDS45 KIKKKREVILNKSTNAFTTGKMSHPPNI----PKEQTPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESK
              370       380           390       400       410      

              420       430       440       450       
pF1KE1 KTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLK-APTPHQ
       ::.::.::::..:::.::.::: :::::::::::::: .: : .:  
CCDS45 KTYNSISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK 
        420       430       440       450       460   

>>CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX              (492 aa)
 initn: 2050 init1: 1858 opt: 1916  Z-score: 2164.0  bits: 409.8 E(32554): 3.3e-114
Smith-Waterman score: 2092; 74.8% identity (86.2% similar) in 436 aa overlap (29-450:54-486)

                 10        20        30        40        50        
pF1KE1   MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLR
                                     :.. :.  :: :.:::::::::::::::::
CCDS14 PGTTGQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLR
            30        40        50        60        70        80   

       60        70        80        90       100       110        
pF1KE1 PGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMA
       ::::. ::::::::.::::::::: ::::::::::::.:.:::::: ::: .: ::::.:
CCDS14 PGLGDAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLA
            90       100       110       120       130       140   

      120       130       140       150       160       170        
pF1KE1 SKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAH
       :::::::::::::::::::::: ::::::....::::::::::..:::::::::::::.:
CCDS14 SKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLLYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVH
           150       160       170       180       190       200   

      180       190       200       210       220       230        
pF1KE1 ACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYV
       :::::::::::: ::::: ::    .:: ::.::::::::::::..: . :..:::::::
CCDS14 ACPLKFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYV
           210       220       230       240       250       260   

      240       250       260       270       280       290        
pF1KE1 VMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSI
           270       280       290       300       310       320   

      300       310       320       330       340       350        
pF1KE1 SARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPE----KP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..::.::.: ::    : 
CCDS14 SARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKV-PEALEMKK
           330       340       350       360       370        380  

          360       370       380       390                 400    
pF1KE1 KKVKDPLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSA--------TI--EPKEVKPET
       :    :  : ..:.  ..:.:  :::. :  ..::.:.:        ::   :: .  . 
CCDS14 KTPAAPAKKTSTTFNIVGTTYPINLAK-DTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQD
            390       400        410       420       430       440 

          410       420       430       440       450      
pF1KE1 KPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ
       .: : : :.:::::.:..::: ::.::.::::::::::.:::  .:      
CCDS14 SPTETK-TYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ
              450       460       470       480       490  

>>CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4              (511 aa)
 initn: 2262 init1: 1892 opt: 1892  Z-score: 2136.7  bits: 404.8 E(32554): 1.1e-112
Smith-Waterman score: 2021; 70.7% identity (80.3% similar) in 458 aa overlap (32-430:32-488)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KE1 RKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGL
                                     .:: :.: :.::::::::::::::::::::
CCDS82 KTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGL
              10        20        30        40        50        60 

              70        80        90       100       110       120 
pF1KE1 GERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKI
       :. .::: :.:.::::::::: ::::::::::::.::::::::::::..:::::::::::
CCDS82 GDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKI
              70        80        90       100       110       120 

             130       140       150       160       170       180 
pF1KE1 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACP
       ::::::::::::::::::::::::::: .::::::::::::.:::::::::::::::.::
CCDS82 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCP
             130       140       150       160       170       180 

             190       200       210       220       230       240 
pF1KE1 LKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMT
       ::::::::: .::.: :: . . :: :: :::::::::::::.. .  ..::::::.:::
CCDS82 LKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMT
             190       200       210       220       230       240 

             250       260       270       280       290       300 
pF1KE1 THFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
       .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
             250       260       270       280       290       300 

             310       320       330       340       350           
pF1KE1 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEK-P------
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: .: :      
CCDS82 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKSPSIKAEG
             310       320       330       340       350       360 

                                                              360  
pF1KE1 ----------------------------------------------------KKVKDPLI
                                                           :: :  ..
CCDS82 ITLTYNSVKAILQGAKLIWSKYIAFSWPSLFQEKTLEYLEKWMDCLTFKQSSKKEKASVM
             370       380       390       400       410       420 

            370       380       390       400       410       420  
pF1KE1 KKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKIDRL
        .::.:: ....:.:::.. :: :.::.::::    . :::.:: : ::::::::::::.
CCDS82 IQNNAYAVAVANYAPNLSK-DPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDRM
             430       440        450       460       470       480

            430       440       450      
pF1KE1 SRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ
       :::.::.:                          
CCDS82 SRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP   
              490       500       510    

>>CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5               (453 aa)
 initn: 1692 init1: 1557 opt: 1660  Z-score: 1875.7  bits: 356.3 E(32554): 3.7e-98
Smith-Waterman score: 1664; 61.3% identity (80.8% similar) in 416 aa overlap (43-446:33-444)

             20        30        40        50        60        70  
pF1KE1 AWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDI
                                     .:::: ::.:::::::::.:  ::::::::
CCDS43 SSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYDNRLRPGFGGAVTEVKTDI
             10        20        30        40        50        60  

             80        90       100       110       120       130  
pF1KE1 FVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGK
       .::::::::: .::::.::::::.: :::::: ::  .: :::::.::::::::::.:::
CCDS43 YVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSKIWTPDTFFRNGK
             70        80        90       100       110       120  

            140       150       160       170       180       190  
pF1KE1 KSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRA
       ::.::::: ::::.:: ..::.:::::::. :.:::.: .::::.:::::::::::: ..
CCDS43 KSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHACPLKFGSYAYPKS
            130       140       150       160       170       180  

            200       210       220       230       240       250  
pF1KE1 EVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGY
       :..: : . :  :: : :..: : ::::.::::.:  ..:.:::::.::..:::.::.::
CCDS43 EIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIMTVYFHLQRKMGY
            190       200       210       220       230       240  

            260       270       280       290       300       310  
pF1KE1 FVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATA
       :.:: : ::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::.:::::.::::
CCDS43 FMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATA
            250       260       270       280       290       300  

            320       330        340       350           360       
pF1KE1 MDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTK-RGYAWDGKSVVPEKP----KKVKDPL-----I
       ::::::::.:::::::::::.:::::. .      :.     :    .:. .::     .
CCDS43 MDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKAQFAAPPTVTISKATEPLEAEIVL
            310       320       330       340       350       360  

              370       380       390       400       410       420
pF1KE1 KKNNTY--APTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKID
       . .. :      :: .  .. .. .  .....  ..   : :   ::  . .:...::::
CCDS43 HPDSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQSTPVTP---PPL-SPAFGGTSKID
            370       380       390       400           410        

              430       440       450      
pF1KE1 RLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ
       . ::: ::. :. ::::::..::...          
CCDS43 QYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE 
      420       430       440       450    

>>CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4               (554 aa)
 initn: 1709 init1: 1584 opt: 1611  Z-score: 1819.3  bits: 346.1 E(32554): 5.2e-95
Smith-Waterman score: 1611; 66.6% identity (84.8% similar) in 368 aa overlap (4-370:13-376)

                        10        20        30        40        50 
pF1KE1          MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLD
                   : :.:  :  . : :..  ..: ::   : : :  :  :::::: :::
CCDS34 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRF-LCLAVCLNESPGQN--QKEEKLCTENFTRILDSLLD
               10        20         30          40        50       

              60        70        80        90       100       110 
pF1KE1 GYDNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVL
       :::::::::.:  ::::::::.::::::::: .::::.::::::.: :.:::. ::. .:
CCDS34 GYDNRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEIL
        60        70        80        90       100       110       

             120       130       140       150       160       170 
pF1KE1 RLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLE
       ::::.:..:.:::::::.::::::.:::: ::::.:: ..::.:::::::. :::::.: 
CCDS34 RLNNMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLV
       120       130       140       150       160       170       

             180       190       200       210       220       230 
pF1KE1 DFPMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQ
       :::::.:::::::::::: ..:..: ::. : .:: : ...: : ::::.::::.:  ..
CCDS34 DFPMDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIK
       180       190       200       210       220       230       

             240       250       260       270       280       290 
pF1KE1 SSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVL
       : ::::.:::..:::.::.:::.::::.::::::::::::::.:.::::::::::.::::
CCDS34 SITGEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVL
       240       250       260       270       280       290       

             300       310       320       330       340       350 
pF1KE1 TMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVP
       ::::::::::.:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::.  .   .:  . 
CCDS34 TMTTLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQME-KAKRKTS
       300       310       320       330       340        350      

              360       370       380       390       400       410
pF1KE1 EKPKKVKD-PLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPK
       . :..:   :. ....  ::                                        
CCDS34 KPPQEVPAAPVQREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTV
        360       370       380       390       400       410      

>>CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5               (475 aa)
 initn: 1331 init1: 662 opt: 1242  Z-score: 1404.0  bits: 269.1 E(32554): 6.9e-72
Smith-Waterman score: 1266; 44.7% identity (70.5% similar) in 468 aa overlap (4-443:16-473)

                           10        20        30           40     
pF1KE1             MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPS---LQDELKDNTTVFTR-
                      .: .:. . .::::: .:     .: :    .:  ...: :.:  
CCDS43 MSSPNIWSTGSSVYSTPVFSQKMTVWILLLLSLYPGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPK
               10        20        30        40        50        60

                   50        60        70        80        90      
pF1KE1 --------ILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQS
               ::. ::.::::.::: .: . : ..::..:.:.:::.  .::::::.:: :.
CCDS43 VPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHTDMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQT
               70        80        90       100       110       120

        100       110       120       130       140       150      
pF1KE1 WKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLY
       : :.::::.. . :::::. :..::: :::::.:.::. :: .: ::..::: .:: .::
CCDS43 WYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLY
              130       140       150       160       170       180

        160       170       180       190       200       210      
pF1KE1 TMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGS-RL
       :.:::. ::: ..:..:::: :.:::.:.::.: : :.::.: :    :: :..  : ::
CCDS43 TLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPREEIVYQWKRS---SVEVGDTRSWRL
              190       200       210       220          230       

         220       230       240       250       260       270     
pF1KE1 NQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLN
        :....:    . .:....:.::::...: :.:..:::.::::.:: . :.:: ::::.:
CCDS43 YQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWIN
       240       250       260       270       280       290       

         280       290       300       310       320       330     
pF1KE1 RESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVN
       ...::::: .:.::::::::::  ::.:::::.:.:::: :..::. ::::::.:..:..
CCDS43 KDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLH
       300       310       320       330       340       350       

         340       350       360       370       380       390     
pF1KE1 YFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVKDPLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKS---
       ::..      ...   .: :: :.::..  .  :::  .  :  :  . . ::  .    
CCDS43 YFVS------NRKPSKDKDKKKKNPLLRMFSFKAPTI-DIRPRSATIQMNNATHLQERDE
       360             370       380        390       400       410

                400               410       420       430       440
pF1KE1 ----ATIEPKEVKP--------ETKPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWA
             .. :.           .:   .  .    ..:.:  .:: ::  : .::::::.
CCDS43 EYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDSYARIFFPTAFCLFNLVYWV
              420       430       440       450       460       470

              450      
pF1KE1 TYLNREPQLKAPTPHQ
       .::             
CCDS43 SYLYL           
                       

>>CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4               (465 aa)
 initn: 1221 init1: 643 opt: 1237  Z-score: 1398.5  bits: 268.0 E(32554): 1.4e-71
Smith-Waterman score: 1237; 48.2% identity (74.2% similar) in 407 aa overlap (43-443:65-463)

             20        30        40        50        60        70  
pF1KE1 AWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDI
                                     :.::. ::.::::.::: .: : : ..::.
CCDS34 CVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDV
           40        50        60        70        80        90    

             80        90       100       110       120       130  
pF1KE1 FVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGK
       .:.:.:::.  .::::::..: :.: : ::::.. : :: ::. :..::: :::::.:..
CCDS34 YVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSR
          100       110       120       130       140       150    

            140       150       160       170       180       190  
pF1KE1 KSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRA
       :: :: .: ::.:::: .:: .:::.:::. ::: ..:..:::: :.:::.:.::.: . 
CCDS34 KSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKN
          160       170       180       190       200       210    

            200       210        220       230       240       250 
pF1KE1 EVVYEWTREPARSVVVAEDGS-RLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMTTHFHLKRKIG
       :. :.: ..:  :: ::.    :: :. ..:   .. :... .:.::.::  : :.:..:
CCDS34 EIEYKW-KKP--SVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMG
          220          230       240       250       260       270 

             260       270       280       290       300       310 
pF1KE1 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT
       ::.::::.:::.::.:: ::::.:...::::: .:.::::::::::  ::.:::::.:.:
CCDS34 YFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT
             280       290       300       310       320       330 

             320       330       340       350          360        
pF1KE1 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVK---DPLIKKNNTY
       ::: :..::. :::.::.:..:..:::.      ::... ..  : :    : .. ..: 
CCDS34 AMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTS---NQKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTL
             340       350          360       370       380        

      370       380       390         400       410       420      
pF1KE1 APTATSYTPNLARGDPGLATIAKS--ATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIA
        :  .  .:.  . : :   .  .  :..       .:   .  .    ..:::  ::: 
CCDS34 IPMNNISVPQ--EDDYGYQCLEGKDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIF
      390         400       410       420       430       440      

        430       440       450      
pF1KE1 FPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ
       ::  :..::::::. ::             
CCDS34 FPTAFALFNLVYWVGYLYL           
        450       460                

>>CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5               (467 aa)
 initn: 1249 init1: 664 opt: 1236  Z-score: 1397.4  bits: 267.8 E(32554): 1.6e-71
Smith-Waterman score: 1256; 45.2% identity (70.3% similar) in 458 aa overlap (4-443:16-465)

                           10        20        30           40     
pF1KE1             MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPS---LQDELKDNTTVFTR-
                      .: .:. . .::::: .:     .: :    .:  ...: :.:  
CCDS43 MSSPNIWSTGSSVYSTPVFSQKMTVWILLLLSLYPGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPK
               10        20        30        40        50        60

                   50        60        70        80        90      
pF1KE1 --------ILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQS
               ::. ::.::::.::: .: . : ..::..:.:.:::.  .::::::.:: :.
CCDS43 VPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHTDMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQT
               70        80        90       100       110       120

        100       110       120       130       140       150      
pF1KE1 WKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLY
       : :.::::.. . :::::. :..::: :::::.:.::. :: .: ::..::: .:: .::
CCDS43 WYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLY
              130       140       150       160       170       180

        160       170       180       190       200       210      
pF1KE1 TMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGS-RL
       :.:::. ::: ..:..:::: :.:::.:.::.: : :.::.: :    :: :..  : ::
CCDS43 TLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPREEIVYQWKRS---SVEVGDTRSWRL
              190       200       210       220          230       

         220       230       240       250       260       270     
pF1KE1 NQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLN
        :....:    . .:....:.::::...: :.:..:::.::::.:: . :.:: ::::.:
CCDS43 YQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWIN
       240       250       260       270       280       290       

         280       290       300       310       320       330     
pF1KE1 RESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVN
       ...::::: .:.::::::::::  ::.:::::.:.:::: :..::. ::::::.:..:..
CCDS43 KDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLH
       300       310       320       330       340       350       

          340       350       360       370       380           390
pF1KE1 YF-TKRGYAWDGKSVVPEKPKKVKDPLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDP--GLATI--A
       :: ..:  . :      .: ::   : :      :    . . .: . :   :   .   
CCDS43 YFVSNRKPSKD-----KDKKKKNPAPTIDIRPRSATIQMNNATHLQERDEEYGYECLDGK
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CCDS43 DCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDSYARIFFPTAFCLFNLVYWVSYLYL     
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pF1KE1 APTPHQ




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