FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4520, 557 aa 1>>>pF1KE4520 557 - 557 aa - 557 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4174+/-0.00143; mu= 12.7414+/- 0.085 mean_var=95.4975+/-19.299, 0's: 0 Z-trim(101.2): 151 B-trim: 116 in 2/47 Lambda= 0.131244 statistics sampled from 6255 (6423) to 6255 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.545), E-opt: 0.2 (0.197), width: 16 Scan time: 2.500 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS7431.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 ( 557) 3734 718.3 5.8e-207 CCDS81490.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 ( 509) 2803 542.0 6.3e-154 CCDS3431.1 LGI2 gene_id:55203|Hs108|chr4 ( 545) 2125 413.7 2.9e-115 CCDS6025.1 LGI3 gene_id:203190|Hs108|chr8 ( 548) 2068 402.9 5.2e-112 CCDS76325.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 ( 291) 1878 366.8 2.1e-101 CCDS12444.1 LGI4 gene_id:163175|Hs108|chr19 ( 537) 1774 347.2 2.9e-95 CCDS4369.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1523) 310 70.2 2e-11 CCDS64311.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1530) 310 70.2 2e-11 CCDS75111.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1521) 305 69.3 3.8e-11 CCDS75110.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1525) 305 69.3 3.8e-11 CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1529) 305 69.3 3.8e-11 CCDS5799.1 LRRC4 gene_id:64101|Hs108|chr7 ( 653) 295 67.2 6.9e-11 >>CCDS7431.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 (557 aa) initn: 3734 init1: 3734 opt: 3734 Z-score: 3829.1 bits: 718.3 E(32554): 5.8e-207 Smith-Waterman score: 3734; 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CCDS34 MALRRGGCGALGLLLLLLGAACLIPRSAQVRRLARCPATCSCTKESIICVGS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 RSIPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLE .:: :: :. :::.: . :.::.. : :::::::..:::: .: :::: :: ::: CCDS34 SWVPRIVPGDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAFAGLFHLE 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 YLFIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCD :::::.:.:..:::..::::..: :::::::....::.:.:. :::: ..:::::.:.:: CCDS34 YLFIEGNKIETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGNKFECD 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 CKLKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLS :: ::: :: ::.:: :. : :::::...:.:...: :..: :.:. : :::::.: CCDS34 CKAKWLYLWLKMTNSTVSDVLCIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVHQTLPYQSVS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 IDTFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVI .:::. :: ::.:::: .:. :::::.: .::.:::::: : : :: :.:. :..:. CCDS34 VDTFNSKNDVYVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDNITGQSIVGCKAILIDDQVFVV 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 VAQLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTT :::::::::::: : .::.:.::::. .: :::::: :.:... .::.:::::::..: CCDS34 VAQLFGGSHIYKYDESWTKFVKFQDIEVSRISKPNDIELFQIDDETFFVIADSSKAGLST 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 IYKWNGNGFYSHQSLHAWYRDTDVEYLEIVRTPQTLRTPHLILSSSSQRPVIYQWNKATQ .::::..::::.:::: :.::::.:...: :::::: :: :.: ::::... CCDS34 VYKWNSKGFYSYQSLHEWFRDTDAEFVDIDG------KSHLILSSRSQVPIILQWNKSSK 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 LFTNQTDIPNMEDVYAVKHFSVKGDVYICLTRFIGDSKVMKWGGSSFQDIQRMPSRGSMV :. . :::::::: ::: : ... .:. ::::::::.::.:....: .:: .::::.:. CCDS34 KFVPHGDIPNMEDVLAVKSFRMQNTLYLSLTRFIGDSRVMRWNSKQFVEIQALPSRGAMT 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 FQPLQINNYQYAILGSDYSFTQVYNWDAEKAKFVKFQELNVQAPRSFTHVSINKRNFLFA .::..... .: :::::.:.:.:.:: :: : ::.:. :::::::: :: ..:.:.:: CCDS34 LQPFSFKDNHYLALGSDYTFSQIYQWDKEKQLFKKFKEIYVQAPRSFTAVSTDRRDFFFA 470 480 490 500 510 520 540 550 pF1KE4 SSFKGNTQIYKHVIVDLSA :::::.:.:..:.::::: CCDS34 SSFKGKTKIFEHIIVDLSL 530 540 >>CCDS6025.1 LGI3 gene_id:203190|Hs108|chr8 (548 aa) initn: 1503 init1: 1468 opt: 2068 Z-score: 2124.4 bits: 402.9 E(32554): 5.2e-112 Smith-Waterman score: 2068; 52.0% identity (81.5% similar) in 535 aa overlap (23-557:22-548) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS .::. : .. . : : :: :.::.:.:.: .... CCDS60 MAGLRARGGPGPGLLALSALGFCLM--LQVSAKRPPKTPPCPPSCSCTRDTAFCVDSKA 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 IPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLEYL .::..: .::::..: ..:.::..:.: : ::.::..::.: .:.:.:: :: ::.:: CCDS60 VPRNLPSEVISLTLVNAAFSEIQDGAFSHLPLLQFLLLNSNKFTLIGDNAFTGLSHLQYL 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 FIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCK :::::.: ..:. :::::::: :::::::::::::.:::. :: :...::::::.::::: CCDS60 FIENNDIWALSKFTFRGLKSLTHLSLANNNLQTLPRDIFRPLDILNDLDLRGNSLNCDCK 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 LKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSID .:::::::.:::.:: ::: .::.....:...: ..:::: :.:. : : . ..: . CCDS60 VKWLVEWLAHTNTTVAPIYCASPPRFQEHKVQDLPLREFDCITTDFVLYQTLAFPAVSAE 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVIVA : : .: :...::: .. : .:.::.::. .:.:: : . :.: :::.:...::::.:: CCDS60 PFLYSSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQLRDYDRIPAPSAVHCKPMVVDSQLYVVVA 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 QLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTTIY ::::::.::. : ...: ..:::. ..:::::.:.:.:...:::.:::::::: :..: CCDS60 QLFGGSYIYHWDPNTTRFTRLQDIDPQRVRKPNDLEAFRIDGDWYFAVADSSKAGATSLY 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 pF1KE4 KWNGNGFYSHQSLHAWYRDTDVEYLEIVRTPQTLRTPHLILSSSSQRPVIYQWNKATQLF .:. :::::::.:: :.::::.:... :.::.::::: ::::::... . : CCDS60 RWHQNGFYSHQALHPWHRDTDLEFVD------GEGKPRLIVSSSSQAPVIYQWSRTQKQF 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 pF1KE4 TNQTDIPNMEDVYAVKHFSVKGDVYICLTRFIGDSKVMKWGGSSFQDIQRMPSRGSMVFQ . : .. .. :. ::::: . : :.::.:.:::::...: :. :...: .:::::...: CCDS60 VAQGEVTQVPDAQAVKHFRAGRDSYLCLSRYIGDSKILRWEGTRFSEVQALPSRGSLALQ 420 430 440 450 460 470 490 500 510 520 530 540 pF1KE4 PLQINNYQYAILGSDYSFTQVYNWDAEKAKFVKFQELNVQAPRSFTHVSINKRNFLFASS :. ... .: ::::.::::.:.:: . :::.:::: :::::.: .. . ..:.: : CCDS60 PFLVGGRRYLALGSDFSFTQIYQWDEGRQKFVRFQELAVQAPRAFCYMPAGDAQLLLAPS 480 490 500 510 520 530 550 pF1KE4 FKGNTQIYKHVIVDLSA :::.: .:.:..::::: CCDS60 FKGQTLVYRHIVVDLSA 540 >>CCDS76325.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 (291 aa) initn: 1878 init1: 1878 opt: 1878 Z-score: 1934.1 bits: 366.8 E(32554): 2.1e-101 Smith-Waterman score: 1878; 100.0% identity (100.0% similar) in 279 aa overlap (1-279:1-279) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS76 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 IPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLEYL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS76 IPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLEYL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 FIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS76 FIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCK 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 LKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSID :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS76 LKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSID 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVIVA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS76 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITVLREIHRFTNMS 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 QLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTTIY >>CCDS12444.1 LGI4 gene_id:163175|Hs108|chr19 (537 aa) initn: 1909 init1: 1208 opt: 1774 Z-score: 1823.7 bits: 347.2 E(32554): 2.9e-95 Smith-Waterman score: 1774; 48.6% identity (75.7% similar) in 539 aa overlap (22-557:7-537) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS .: ::.. .. . .: : ::: :.:.::.::::.. . 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CCDS12 VLWLLQWMPTVNASVGTGACAGPASLSHMQLHHLDPKTFKCRAIELSWFQTVGESALSVE 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVIVA ::: .. ..:.::::.:.:..: ::. . :: ... ..:.: :::.:. .:.:..: CCDS12 PFSYQGEPHIVLAQPFAGRCLILSWDYSLQRFRPEEELPAASVVSCKPLVLGPSLFVLAA 230 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 QLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTTIY .:.:::... : : . .. : . .. .::: : . .:.. :::::.:::: ::. 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