Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2390
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2390, 501 aa
1>>>pF1KE2390 501 - 501 aa - 501 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4173+/-0.000699; mu= 18.1356+/- 0.042
mean_var=75.1189+/-15.196, 0's: 0 Z-trim(110.9): 77 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.147979
statistics sampled from 11885 (11965) to 11885 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.726), E-opt: 0.2 (0.368), width: 16
Scan time: 3.560
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 3400 735.0 4.5e-212
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 1290 284.6 1.8e-76
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 1268 279.9 4.8e-75
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 1148 254.2 2.4e-67
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 1103 244.6 1.8e-64
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 777 175.0 1.7e-43
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 732 165.4 1.3e-40
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 676 153.5 5.2e-37
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 663 150.7 3.4e-36
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 649 147.7 2.9e-35
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 580 133.0 9.1e-31
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 565 129.7 6.5e-30
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 547 125.9 9.9e-29
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 534 123.2 7e-28
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 532 122.7 9e-28
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 526 121.4 2.2e-27
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 513 118.6 1.4e-26
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 469 109.2 8.9e-24
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 469 109.3 1e-23
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 469 109.3 1.1e-23
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 453 105.7 7.8e-23
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 441 103.3 6.2e-22
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 424 99.6 7.4e-21
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 416 98.0 2.6e-20
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 366 87.3 4.1e-17
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 366 87.3 4.2e-17
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 324 78.3 2e-14
CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 160) 315 76.1 3.3e-14
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 320 77.4 3.6e-14
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 319 77.2 4.3e-14
CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 231) 293 71.5 1.1e-12
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 272 67.2 4.3e-11
>>CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 (501 aa)
initn: 3400 init1: 3400 opt: 3400 Z-score: 3920.9 bits: 735.0 E(32554): 4.5e-212
Smith-Waterman score: 3400; 100.0% identity (100.0% similar) in 501 aa overlap (1-501:1-501)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAREVGDRVRVSVGLIL
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CCDS11 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAREVGDRVRVSVGLIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 AQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNNND
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CCDS11 AQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNNND
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 GNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSEVS
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CCDS11 GNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSEVS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQEVIFYLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQEVIFYLI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 IRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFLLLLADKVPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFLLLLADKVPE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 TSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKLPLYLRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKLPLYLRL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 KRPKPERDLMPEPPHCSSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPKPNRFQPELSAPDLRRFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KRPKPERDLMPEPPHCSSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPKPNRFQPELSAPDLRRFI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 DGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVVDRLFLWTFIIFTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVVDRLFLWTFIIFTS
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KE2 VGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
:::::::::::::::::::::
CCDS11 VGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
490 500
>>CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 (517 aa)
initn: 1046 init1: 607 opt: 1290 Z-score: 1486.2 bits: 284.6 E(32554): 1.8e-76
Smith-Waterman score: 1290; 42.0% identity (69.7% similar) in 509 aa overlap (4-501:6-506)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAREVGDRVRVSVGL
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CCDS33 MHGGQGPLLLLL-LLAVCL--GAQGRNQEERLLADLMQNYDPNLRPAERDSDVVNVSLKL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 ILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNN
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CCDS33 TLTNLISLNEREEALTTNVWIEMQWCDYRLRWDPRDYEGLWVLRVPSTMVWRPDIVLENN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 NDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSE
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CCDS33 VDGVFEVALYCNVLVSPDGCIYWLPPAIFRSACSISVTYFPFDWQNCSLIFQSQTYSTNE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 VSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQEVIFY
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CCDS33 IDLQLSQ-EDGQTIEWIFIDPEAFTENGEWAIQHRPAKMLLDPAAP--AQEAGHQKVVFY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 LIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAG-EKMGLSIFALLTLTVFLLLLADK
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CCDS33 LLIQRKPLFYVINIIAPCVLISSVAILIHFLPAKAGGQKCTVAINVLLAQTVFLFLVAKK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 VPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKLPLY
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CCDS33 VPETSQAVPLISKYLTFLLVVTILIVVNAVVVLNVSLRSPHTHSMARGVRKVFLRLLPQL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 LRLK-RPKPERDLMPEPPHCSSPGSGWGRGT-DEYFIRKPPSDFLFPKPNRFQPELSAPD
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CCDS33 LRMHVRPLAPAAVQDTQSRLQNGSSGWSITTGEEVALCLPRSELLFQQWQR--QGLVAAA
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE2 LRRFIDGPNRAVALL--------PELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVV
:... ::. ... . : .. : . . :: ..: : .:.: .:. :.
CCDS33 LEKLEKGPELGLSQFCGSLKQAAPAIQACVEACNLIACARHQQSHFDNGNEEWFLVGRVL
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500
pF1KE2 DRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
::. . ... . :: ::: : :. : :::
CCDS33 DRVCFLAMLSLFICGTAGIFLMAHYNRVPALPFPGDPRPYLPSPD
480 490 500 510
>>CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 (517 aa)
initn: 1214 init1: 491 opt: 1268 Z-score: 1460.8 bits: 279.9 E(32554): 4.8e-75
Smith-Waterman score: 1268; 40.6% identity (70.5% similar) in 508 aa overlap (7-501:5-503)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFS--GYDSSVRPAREVGDRVRVSVGL
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CCDS24 MEGPVLTLGLLAALAVCGSWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALAL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 ILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNN
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CCDS24 TLSNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 NDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSE
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CCDS24 NDGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 VSLQTGLGPDGQGHQEIHIH------EGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREG-Q
..: .: :.. .. .. :: : :::.:::.:.:.:. :::. .. .
CCDS24 ITL--SLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEG-FTENGEWEIVHRPARVNV---DPRAPLDSPS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 RQEVIFYLIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFL
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CCDS24 RQDITFYLIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSGEKTSVAISVLLAQSVFL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 LLLADKVPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFI
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CCDS24 LLISKRLPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KE2 HKLPLYLRLKRPKPERDLMPEPPHC--SSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPKPN-RFQ
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CCDS24 ETLPELLHMSRPAED---GPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHG
360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE2 PELSAPDLRRFIDGPNRAVA-LLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVV
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CCDS24 LARRLTTARRPPASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTV
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500
pF1KE2 DRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
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CCDS24 DRLCLFVVTPVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
470 480 490 500 510
>>CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 (502 aa)
initn: 1125 init1: 491 opt: 1148 Z-score: 1322.6 bits: 254.2 E(32554): 2.4e-67
Smith-Waterman score: 1203; 39.8% identity (68.3% similar) in 508 aa overlap (7-501:5-488)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFS--GYDSSVRPAREVGDRVRVSVGL
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CCDS58 MEGPVLTLGLLAALAVCGSWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALAL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 ILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNN
:..::::. ::: ::.:. : .:. ::. . ::::..:: ::
CCDS58 TLSNLISLG---------------WTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENN
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120 130 140 150 160 170
pF1KE2 NDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSE
:::.:... . .:.: : : : ::.:.:::: :.:::::::::::.. ::: .: ..:
CCDS58 NDGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 VSLQTGLGPDGQGHQEIHIH------EGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREG-Q
..: .: :.. .. .. :: : :::.:::.:.:.:. :::. .. .
CCDS58 ITL--SLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEG-FTENGEWEIVHRPARVNV---DPRAPLDSPS
170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 RQEVIFYLIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFL
::.. ::::::::::::..:...::.::.... .::::: :.::: ...: .::. .:::
CCDS58 RQDITFYLIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSGEKTSVAISVLLAQSVFL
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 LLLADKVPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFI
::.. ..: ::...:.: :.:.: :::::. :.. :.:::.: :.: :: . :...:.
CCDS58 LLISKRLPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFL
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KE2 HKLPLYLRLKRPKPERDLMPEPPHC--SSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPKPN-RFQ
. :: :...:: . : : : . :. ..:::. : ::..: : . :
CCDS58 ETLPELLHMSRPAED---GPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHG
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KE2 PELSAPDLRRFIDGPNRAVA-LLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVV
:: . ..: :. ::. .:.. ..:. ....:.... :..:. :: .:
CCDS58 LARRLTTARRPPASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTV
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500
pF1KE2 DRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
::: :.. ::: :::...:. :::.:::
CCDS58 DRLCLFVVTPVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
460 470 480 490 500
>>CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 (493 aa)
initn: 986 init1: 625 opt: 1103 Z-score: 1270.8 bits: 244.6 E(32554): 1.8e-64
Smith-Waterman score: 1217; 39.9% identity (69.3% similar) in 499 aa overlap (3-500:5-487)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAREVGDRVRVSVGL
: ..:.::: :: :: :.. : :: ..::..:: . ::.:: : : .:. .
CCDS11 MARAPLGVLLLLGLLGR----GV-GKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 ILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNN
:..:::::::.: ..:.:.. ..: ::::... . ::..::. .: ::::..:: ::
CCDS11 TLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 NDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSE
::.: :: : .:.: ::: : ::.:::: :...:::::::::::...: : .:.. :
CCDS11 IDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 VSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQEVIFY
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CCDS11 VEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDG-PGET-DVIYS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 LIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAG-EKMGLSIFALLTLTVFLLLLADK
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CCDS11 LIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 VPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKLPLY
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CCDS11 IPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 LRLKRPKPERDLMPEPPHCSSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPKPNRFQPELSAPDLR
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CCDS11 LG-SPPPPEAPRAASPPRRAS-SVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAA---
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 RFIDGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVVDRLFLWTFII
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CCDS11 -FCQSLGAAA---PEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAALV
410 420 430 440 450 460
480 490 500
pF1KE2 FTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
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CCDS11 LFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP
470 480 490
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10 20 30 40 50
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CCDS10 MRRAPSLVLFFLVALCG--RGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQLISIKL
10 20 30 40 50
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pF1KE2 GLILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLL
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CCDS10 QLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLPDIVLY
60 70 80 90 100 110
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pF1KE2 NNNDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDS
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CCDS10 NNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRSWTYDH
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pF1KE2 SEVSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQEVI
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CCDS10 TEIDM-VLMTPTASMDD--------FTPSGEWDIVALPGRRTVNPQDP------SYVDVT
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pF1KE2 FYLIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFLLLLAD
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CCDS10 YDFIIKRKPLFYTINLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISK
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pF1KE2 KVPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKLPL
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CCDS10 IVPPTSLDVPLIGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPT
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CCDS10 FLFMKRPGPDSSPARAFPPSKSCVTKPEATATSTSPSNFYG--NSMYFVN--PASAASKS
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pF1KE2 PNRFQPELSAPDLRRF-IDGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQF
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CCDS10 PAGSTP-VAIP--RDFWLRSSGR---FRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKY
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500
pF1KE2 VAMVVDRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATY--HLPPPDPFP
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CCDS10 VAMVVDRLFLWVFMFVCVLGTVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD
460 470 480 490
>>CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 (502 aa)
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10 20 30 40 50
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CCDS10 MARRCGPVALLLGFGLL--RLCSGVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSELVTV
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.. . ::::::..:... :.:.:.: :: ::::.: : : :.. ..:. .. .::::::
CCDS10 QLMVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWLPDVV
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pF1KE2 LLNNNDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSY
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CCDS10 LYNNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRSWTY
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pF1KE2 DSSEVSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQE
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CCDS10 DRTEIDLVL--------KSEV-ASLDDFTPSGEWDIVALPGRRNENPDD------STYVD
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pF1KE2 VIFYLIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFLLLL
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CCDS10 ITYDFIIRRKPLFYTINLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTVFLLLI
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pF1KE2 ADKVPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKL
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CCDS10 SKIVPPTSLDVPLVGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKL
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CCDS10 PALLFMQQPRH---------HCARQRLRLRRRQREREGAGALFFREAPGADSCTCFVNRA
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CCDS10 SVQGLAGAFGAEPAPVAGPGRSGE--PCGCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWK
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pF1KE2 FVAMVVDRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
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CCDS10 YVAMVIDRLFLWIFVFVCVFGTIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
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10 20 30 40
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CCDS10 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLL---SLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVS
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 DRVRVSVGLILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVW
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CCDS10 DPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIW
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pF1KE2 LPDVVLLNNNDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVF
::.:: :: :.:.: ..... : : : ::.:..:::.:.:::::::.::::: :
CCDS10 KPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKF
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pF1KE2 SSYSYDSSEVSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGR-
.:.:::.....: .: . .. . :.:.: ::. :. : . .
CCDS10 GSWSYDKAKIDLVL-IGSS--------MNLKDYWESGEWAIIKAPGY----KHDIKYNCC
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pF1KE2 EGQRQEVIFYLIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLT
: .. . : ::: :::: .:.: ::.::..:...::::: : :::. : : .::.::
CCDS10 EEIYPDITYSLYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLT
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pF1KE2 VFLLLLADKVPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQ
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CCDS10 VFLLVITETIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKT
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CCDS10 VFLNLLPRVMFMTRPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAES--KGCKEGY---PCQD
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pF1KE2 FLFP-------KPNRFQPELSAPDLRRFIDGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQE
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CCDS10 GMCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQN
400 410 420 430 440 450
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pF1KE2 DHDALKEDWQFVAMVVDRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
. ...::..::::.::.:::.: . .:: .::
CCDS10 EAKEIQDDWKYVAMVIDRIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA
460 470 480 490 500
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10 20 30 40 50
pF1KE2 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAREVGDRV
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CCDS56 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVF-TPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPV
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pF1KE2 RVSVGLILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPD
: . ..:: .. :.::.: ::: :.:::..::. :...: ::
CCDS56 TVHFEVAITQLANVI---------------WNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPD
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pF1KE2 VVLLNNNDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSY
.:: :: :.:.: ..... .: . : ::.:..::: ...:.:::: :::.. :.:.
CCDS56 IVLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSW
110 120 130 140 150 160
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pF1KE2 SYDSSEVSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGR-EGQ
.::..:..: .: ... ... : ::..:::: . : . . :
CCDS56 TYDKAEIDLLI-IG------SKVDMND--FWENSEWEIIDASGY----KHDIKYNCCEEI
170 180 190 200 210
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pF1KE2 RQEVIFYLIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFL
.. . . ::: :.:: .:.: ::..:..:...::::: : :::. : : .::.:::::
CCDS56 YTDITYSFYIRRLPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFL
220 230 240 250 260 270
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pF1KE2 LLLADKVPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFI
:.... .: ::: ::.. .::.:::..::.:....: :::.:.:.: :: :: ::. .:.
CCDS56 LVITETIPSTSLVVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFL
280 290 300 310 320 330
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pF1KE2 HKLPLYLRLKRPKPE----------RDLMPEPPHCSSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLF
. :: : .. : . : : .: . . . : : : : . :. :
CCDS56 KLLPQVLLMRWPLDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECF-HCHKSNELA
340 350 360 370 380 390
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pF1KE2 PKPNRFQPELSAPDLRRFIDGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQ
. : :: :. ... ... ::...:..:...::.... ... ...::.
CCDS56 TSKRR----LSHQPLQWVVENSEHS----PEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWK
400 410 420 430 440
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pF1KE2 FVAMVVDRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
.:::::::.:::.::: :: .::
CCDS56 YVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS
450 460 470
>>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 (529 aa)
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10 20 30 40
pF1KE2 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAR
: : .:.: :: ..:: ::. .::.
CCDS60 LLLTPAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRLFKHLFRGYNRWARPVP
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 EVGDRVRVSVGLILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAE
...: : : :: .::::...::.. :.:.:.: ::.::.: :.:.. .: :::. .:
CCDS60 NTSDVVIVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSE
80 90 100 110 120 130
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pF1KE2 SVWLPDVVLLNNNDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCT
.:.::.:: :: ::.: :. .. . : :.:.: ::.::.:::::.::.:::: :::
CCDS60 MIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCK
140 150 160 170 180 190
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pF1KE2 MVFSSYSYDSSEVSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRG
: :.:..::.....:. : .: . ... . :.:.: :.. . . : .
CCDS60 MKFGSWTYDKAKIDLE-------QMEQTVDLKD--YWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCA
200 210 220 230 240
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pF1KE2 GREGQRQEVIFYLIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLT
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CCDS60 ---EIYPDVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLS
250 260 270 280 290 300
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pF1KE2 LTVFLLLLADKVPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWV
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CCDS60 LTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWV
310 320 330 340 350 360
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pF1KE2 RQIFIHKLPLYLRLKRPKPERDLMPEPPHCSSPGSGWGRGT---DEYFIRKPPSDFLFPK
: .. .: .: ..:: : .: ::. : ... .: . : .
CCDS60 RGALLGCVPRWLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDR-WAC
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pF1KE2 PNRFQPEL----SAPDLRRFIDGPNRAVALL--------PELREVVSSISYIARQLQEQE
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CCDS60 AGHVAPSVGTLCSHGHLHSGASGP-KAEALLQEGELLLSPHMQKALEGVHYIADHLRSED
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500
pF1KE2 DHDALKEDWQFVAMVVDRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
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CCDS60 ADSSVKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI
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501 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]