FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4591, 1107 aa 1>>>pF1KE4591 1107 - 1107 aa - 1107 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1223+/-0.00089; mu= 14.2545+/- 0.054 mean_var=120.9119+/-24.270, 0's: 0 Z-trim(110.0): 26 B-trim: 112 in 1/50 Lambda= 0.116638 statistics sampled from 11259 (11273) to 11259 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.692), E-opt: 0.2 (0.346), width: 16 Scan time: 4.580 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS12795.1 POLD1 gene_id:5424|Hs108|chr19 (1107) 7467 1268.3 0 CCDS82381.1 POLD1 gene_id:5424|Hs108|chr19 (1133) 4043 692.1 1.8e-198 CCDS69177.1 REV3L gene_id:5980|Hs108|chr6 (3052) 779 143.1 9.1e-33 CCDS5091.2 REV3L gene_id:5980|Hs108|chr6 (3130) 779 143.1 9.3e-33 CCDS14214.1 POLA1 gene_id:5422|Hs108|chrX (1462) 448 87.2 2.9e-16 CCDS83462.1 POLA1 gene_id:5422|Hs108|chrX (1468) 448 87.2 2.9e-16 >>CCDS12795.1 POLD1 gene_id:5424|Hs108|chr19 (1107 aa) initn: 7467 init1: 7467 opt: 7467 Z-score: 6790.6 bits: 1268.3 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 7467; 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26.5% identity (56.6% similar) in 1121 aa overlap (52-1099:1989-3052) 30 40 50 60 70 80 pF1KE4 LWDDDDAPRPSQFEEDLALMEEMEAEHRLQEQEEEELQSVLEGVADGQVPPSAIDPRWLR ... .. : .:.. . : .: . . : CCDS69 FSSSVNPDDKPVVPPKMDVSPCILPTTAHTKEDVDNSQIALQAPTTG-CSQTASESQMLP 1960 1970 1980 1990 2000 2010 90 100 110 120 130 140 pF1KE4 PTPPALDPQTEPLIFQQLEIDHYVGPAQP-VPGGPPPSHGSVPVLRAFGVTDEGFSVCCH :. : ::. . .. . ..:.. ..: : :: .. : .:.. :. : . CCDS69 PVASASDPEKD----EDDDDNYYISYSSPDSPVIPPWQQPISPDSKALNGDDRPSSPVEE 2020 2030 2040 2050 2060 2070 150 160 170 180 190 pF1KE4 IHGFA-PYFYTPAPPGFGPEHMGDLQRELNLA-ISRDSRGGRELTGPAVLAVELCSRESM . ..: : : :. .. :. : .. :. .: :. : ::. CCDS69 LPSLAFENFLKPIKDGIQKSPCSEPQEPLVISPINTRARTGK------------C--ESL 2080 2090 2100 2110 200 210 220 230 240 250 pF1KE4 FGYHGHGPSPFLRITVALPRLVAPARRLLEQGIRVAGLGTPSFAPYEANVDFEIRFMVDT .:. .:... :.:::. .. ::. : : ... . .: CCDS69 C-FHS---TPIIQ------------RKLLERLPEAPGLSPLSTEPKTQKLS--NKKGSNT 2120 2130 2140 2150 2160 260 270 280 290 300 310 pF1KE4 DIVGCNWLELPAGKYALRLKEKATQCQLEADVLWSDV-----VSHPPEGP-WQRIAPLRV : . : ...: . :... : . ... :. ..: : . CCDS69 DTLRRVLLTQAKNQFAAVNTPQKETSQIDGPSLNNTYGFKVSIQNLQEAKALHEIQNLTL 2170 2180 2190 2200 2210 2220 320 330 340 350 pF1KE4 LSFDIECAGRKGIFPEPERDPVIQICSL--GLRWGEPEP-FLRLALT------------- .: ... :. . :.:: :: ::.: . : : . :: CCDS69 ISVELHARTRRDLEPDPEFDP---ICALFYCISSDTPLPDTEKTELTGVIVIDKDKTVFS 2230 2240 2250 2260 2270 360 370 380 390 400 pF1KE4 --LRPCAPIL------GAKVQSYEKEEDLLQAWSTFIRIMDPDVITGYNIQNFDLPYLIS .: .:.: : .: :. :.. ...:. .:::.. ::.:: . ::.. CCDS69 QDIRYQTPLLIRSGITGLEVTYAADEKALFHEIANIIKRYDPDILLGYEIQMHSWGYLLQ 2280 2290 2300 2310 2320 2330 410 420 430 440 450 460 pF1KE4 RAQTLKVQTFPFLGRVAGLCSNIRDSSFQSKQTGRRDTKVVSMVGRVQMDMLQVLLREYK :: .:... ...:: . : .. . . : . ...:::. ... ... : CCDS69 RAAALSIDLCRMISRVPDDKIENRFAA-ERDEYGSYTMSEINIVGRITLNLWRIMRNEVA 2340 2350 2360 2370 2380 2390 470 480 490 500 510 520 pF1KE4 LRSYTLNAVSFHFLGEQKEDVQHSIITD-LQNGNDQTRRRLAVYCLKDAYLPLRLLERLM : .::.. :::: : .. ...: ..: .: : ... . .. . :..::.: CCDS69 LTNYTFENVSFHVLHQRFPLFTFRVLSDWFDNKTDLYRWKMVDHYVSRVRGNLQMLEQLD 2400 2410 2420 2430 2440 2450 530 540 550 560 570 580 pF1KE4 VLVNAVEMARVTGVPLSYLLSRGQQVKVVSQLLRQA--MHEGLLMPVV--KSEGGEDYTG .. .. ::::. :. . ..:.::.: .: :..:: : :. . : : .:. CCDS69 LIGKTSEMARLFGIQFLHVLTRGSQYRVESMMLRIAKPMNYIPVTPSVQQRSQMRAPQCV 2460 2470 2480 2490 2500 2510 590 600 610 620 630 pF1KE4 ATVIEPLKGYYDVPIATLDFSSLYPSIMMAHNLCYTTLLRPGTAQKLGLTEDQF------ ..:: . .:. . .:::.::::::..:.: :..: : : ...:: :.: CCDS69 PLIMEPESRFYSNSVLVLDFQSLYPSIVIAYNYCFSTCL--GHVENLG-KYDEFKFGCTS 2520 2530 2540 2550 2560 2570 640 650 660 670 680 pF1KE4 ----------IR-----TPTGDEFVKTSVRKGLLPQILENLLSARKRAKAEL-AKETDPL .: .:.: ::: :::::.::..::..:..: .: . : . : CCDS69 LRVPPDLLYQVRHDITVSPNGVAFVKPSVRKGVLPRMLEEILKTRFMVKQSMKAYKQDRA 2580 2590 2600 2610 2620 2630 690 700 710 720 730 740 pF1KE4 RRQVLDGRQLALKVSANSVYGFTGAQV-GKLPCLEISQSVTGFGRQMIEKTKQLVESKYT ..::.:::.::. :: ..:.:.:. :..::.:...:.. .:. .:.. .::.. : CCDS69 LSRMLDARQLGLKLIANVTFGYTSANFSGRMPCIEVGDSIVHKARETLERAIKLVND--T 2640 2650 2660 2670 2680 2690 750 760 770 780 790 800 pF1KE4 VENGYSTSAKVVYGDTDSVMCRFGVSSVAEAMALGREAADWVSGHFPSPIRLEFEKVYFP . : :.::::::::.. . .. ... .:.: :. :.. :.:..:.:::::.: CCDS69 KKWG----ARVVYGDTDSMFVLLKGATKEQSFKIGQEIAEAVTATNPKPVKLKFEKVYLP 2700 2710 2720 2730 2740 810 820 830 840 850 860 pF1KE4 YLLISKKRYAGLLFSSRPDAHDRMDCKGLEAVRRDNCPLVANLVTASLRRLLIDRDPEGA .: .::::.: .. . . .: ::.:.::::.:: :.... ::. :. :: CCDS69 CVLQTKKRYVGYMYETLDQKDPVFDAKGIETVRRDSCPAVSKILERSLKLLFETRDISLI 2750 2760 2770 2780 2790 2800 870 880 890 900 910 pF1KE4 VAHAQDVISDLLCNRIDISQLVITKELTRAASDYAGKQAH-VELAERMRKRDPGSAPSLG ..: :: .. .:......:: . : : . .::...: : : :..: CCDS69 KQYVQRQCMKLLEGKASIQDFIFAKEYRGSFSYKPGACVPALELTRKMLTYDRRSEPQVG 2810 2820 2830 2840 2850 2860 920 930 940 950 960 970 pF1KE4 DRVPYVIISAAKGVAAYMKSEDPLFVLEH-SLPIDTQYYLEQQLAKPLLRIFEPILG--- .::::::: .. :: . . :. ::. .: ... ::. .:. :: ::: ..: CCDS69 ERVPYVIIYGTPGVPLIQLVRRPVEVLQDPTLRLNATYYITKQILPPLARIFS-LIGIDV 2870 2880 2890 2900 2910 2920 980 990 1000 1010 1020 1030 pF1KE4 -EGRAEAVLLRGDHTRCKTVLTGKVGGLLAFAKRRNCCIGCRTVLSHQGAVCEFC--QPR : .. . .. :. : . . .: . : . .: ..: : ::. CCDS69 FSWYHELPRIHKATSSSRSEPEGRKGTISQYFTTLHCPV-CDDLTQH--GICSKCRSQPQ 2930 2940 2950 2960 2970 2980 1040 1050 1060 1070 1080 1090 pF1KE4 E-SELYQKEVSHLNALEERFSRLWTQCQRCQGSLHEDVICTSRDCPIFYMRKKVRKDLED . . . ..:. .:. .:.. .. :. : : . . . :.: .::... ..: ..: CCDS69 HVAVILNQEIRELERQQEQLVKI---CKNCTGCFDRHIPCVSLNCPVLFKLSRVNRELSK 2990 3000 3010 3020 3030 3040 1100 pF1KE4 Q---EQLLRRFGPPGPEAW .::: .: CCDS69 APYLRQLLDQF 3050 >>CCDS5091.2 REV3L gene_id:5980|Hs108|chr6 (3130 aa) initn: 1001 init1: 312 opt: 779 Z-score: 701.6 bits: 143.1 E(32554): 9.3e-33 Smith-Waterman score: 1161; 26.5% identity (56.6% similar) in 1121 aa overlap (52-1099:2067-3130) 30 40 50 60 70 80 pF1KE4 LWDDDDAPRPSQFEEDLALMEEMEAEHRLQEQEEEELQSVLEGVADGQVPPSAIDPRWLR ... .. : .:.. . : .: . . : CCDS50 FSSSVNPDDKPVVPPKMDVSPCILPTTAHTKEDVDNSQIALQAPTTG-CSQTASESQMLP 2040 2050 2060 2070 2080 2090 90 100 110 120 130 140 pF1KE4 PTPPALDPQTEPLIFQQLEIDHYVGPAQP-VPGGPPPSHGSVPVLRAFGVTDEGFSVCCH :. : ::. . .. . ..:.. ..: : :: .. : .:.. :. : . CCDS50 PVASASDPEKD----EDDDDNYYISYSSPDSPVIPPWQQPISPDSKALNGDDRPSSPVEE 2100 2110 2120 2130 2140 2150 150 160 170 180 190 pF1KE4 IHGFA-PYFYTPAPPGFGPEHMGDLQRELNLA-ISRDSRGGRELTGPAVLAVELCSRESM . ..: : : :. .. :. : .. :. .: :. : ::. CCDS50 LPSLAFENFLKPIKDGIQKSPCSEPQEPLVISPINTRARTGK------------C--ESL 2160 2170 2180 2190 200 210 220 230 240 250 pF1KE4 FGYHGHGPSPFLRITVALPRLVAPARRLLEQGIRVAGLGTPSFAPYEANVDFEIRFMVDT .:. .:... :.:::. .. ::. : : ... . .: CCDS50 C-FHS---TPIIQ------------RKLLERLPEAPGLSPLSTEPKTQKLS--NKKGSNT 2200 2210 2220 2230 260 270 280 290 300 310 pF1KE4 DIVGCNWLELPAGKYALRLKEKATQCQLEADVLWSDV-----VSHPPEGP-WQRIAPLRV : . : ...: . :... : . ... :. ..: : . CCDS50 DTLRRVLLTQAKNQFAAVNTPQKETSQIDGPSLNNTYGFKVSIQNLQEAKALHEIQNLTL 2240 2250 2260 2270 2280 2290 320 330 340 350 pF1KE4 LSFDIECAGRKGIFPEPERDPVIQICSL--GLRWGEPEP-FLRLALT------------- .: ... :. . :.:: :: ::.: . : : . :: CCDS50 ISVELHARTRRDLEPDPEFDP---ICALFYCISSDTPLPDTEKTELTGVIVIDKDKTVFS 2300 2310 2320 2330 2340 2350 360 370 380 390 400 pF1KE4 --LRPCAPIL------GAKVQSYEKEEDLLQAWSTFIRIMDPDVITGYNIQNFDLPYLIS .: .:.: : .: :. :.. ...:. .:::.. ::.:: . ::.. CCDS50 QDIRYQTPLLIRSGITGLEVTYAADEKALFHEIANIIKRYDPDILLGYEIQMHSWGYLLQ 2360 2370 2380 2390 2400 2410 410 420 430 440 450 460 pF1KE4 RAQTLKVQTFPFLGRVAGLCSNIRDSSFQSKQTGRRDTKVVSMVGRVQMDMLQVLLREYK :: .:... ...:: . : .. . . : . ...:::. ... ... : CCDS50 RAAALSIDLCRMISRVPDDKIENRFAA-ERDEYGSYTMSEINIVGRITLNLWRIMRNEVA 2420 2430 2440 2450 2460 2470 470 480 490 500 510 520 pF1KE4 LRSYTLNAVSFHFLGEQKEDVQHSIITD-LQNGNDQTRRRLAVYCLKDAYLPLRLLERLM : .::.. :::: : .. ...: ..: .: : ... . .. . :..::.: CCDS50 LTNYTFENVSFHVLHQRFPLFTFRVLSDWFDNKTDLYRWKMVDHYVSRVRGNLQMLEQLD 2480 2490 2500 2510 2520 2530 530 540 550 560 570 580 pF1KE4 VLVNAVEMARVTGVPLSYLLSRGQQVKVVSQLLRQA--MHEGLLMPVV--KSEGGEDYTG .. .. ::::. :. . ..:.::.: .: :..:: : :. . : : .:. CCDS50 LIGKTSEMARLFGIQFLHVLTRGSQYRVESMMLRIAKPMNYIPVTPSVQQRSQMRAPQCV 2540 2550 2560 2570 2580 2590 590 600 610 620 630 pF1KE4 ATVIEPLKGYYDVPIATLDFSSLYPSIMMAHNLCYTTLLRPGTAQKLGLTEDQF------ ..:: . .:. . .:::.::::::..:.: :..: : : ...:: :.: CCDS50 PLIMEPESRFYSNSVLVLDFQSLYPSIVIAYNYCFSTCL--GHVENLG-KYDEFKFGCTS 2600 2610 2620 2630 2640 2650 640 650 660 670 680 pF1KE4 ----------IR-----TPTGDEFVKTSVRKGLLPQILENLLSARKRAKAEL-AKETDPL .: .:.: ::: :::::.::..::..:..: .: . : . : CCDS50 LRVPPDLLYQVRHDITVSPNGVAFVKPSVRKGVLPRMLEEILKTRFMVKQSMKAYKQDRA 2660 2670 2680 2690 2700 2710 690 700 710 720 730 740 pF1KE4 RRQVLDGRQLALKVSANSVYGFTGAQV-GKLPCLEISQSVTGFGRQMIEKTKQLVESKYT ..::.:::.::. :: ..:.:.:. :..::.:...:.. .:. .:.. .::.. : CCDS50 LSRMLDARQLGLKLIANVTFGYTSANFSGRMPCIEVGDSIVHKARETLERAIKLVND--T 2720 2730 2740 2750 2760 2770 750 760 770 780 790 800 pF1KE4 VENGYSTSAKVVYGDTDSVMCRFGVSSVAEAMALGREAADWVSGHFPSPIRLEFEKVYFP . : :.::::::::.. . .. ... .:.: :. :.. :.:..:.:::::.: CCDS50 KKWG----ARVVYGDTDSMFVLLKGATKEQSFKIGQEIAEAVTATNPKPVKLKFEKVYLP 2780 2790 2800 2810 2820 810 820 830 840 850 860 pF1KE4 YLLISKKRYAGLLFSSRPDAHDRMDCKGLEAVRRDNCPLVANLVTASLRRLLIDRDPEGA .: .::::.: .. . . .: ::.:.::::.:: :.... ::. :. :: CCDS50 CVLQTKKRYVGYMYETLDQKDPVFDAKGIETVRRDSCPAVSKILERSLKLLFETRDISLI 2830 2840 2850 2860 2870 2880 870 880 890 900 910 pF1KE4 VAHAQDVISDLLCNRIDISQLVITKELTRAASDYAGKQAH-VELAERMRKRDPGSAPSLG ..: :: .. .:......:: . : : . .::...: : : :..: CCDS50 KQYVQRQCMKLLEGKASIQDFIFAKEYRGSFSYKPGACVPALELTRKMLTYDRRSEPQVG 2890 2900 2910 2920 2930 2940 920 930 940 950 960 970 pF1KE4 DRVPYVIISAAKGVAAYMKSEDPLFVLEH-SLPIDTQYYLEQQLAKPLLRIFEPILG--- .::::::: .. :: . . :. ::. .: ... ::. .:. :: ::: ..: CCDS50 ERVPYVIIYGTPGVPLIQLVRRPVEVLQDPTLRLNATYYITKQILPPLARIFS-LIGIDV 2950 2960 2970 2980 2990 3000 980 990 1000 1010 1020 1030 pF1KE4 -EGRAEAVLLRGDHTRCKTVLTGKVGGLLAFAKRRNCCIGCRTVLSHQGAVCEFC--QPR : .. . .. :. : . . .: . : . .: ..: : ::. CCDS50 FSWYHELPRIHKATSSSRSEPEGRKGTISQYFTTLHCPV-CDDLTQH--GICSKCRSQPQ 3010 3020 3030 3040 3050 3060 1040 1050 1060 1070 1080 1090 pF1KE4 E-SELYQKEVSHLNALEERFSRLWTQCQRCQGSLHEDVICTSRDCPIFYMRKKVRKDLED . . . ..:. .:. .:.. .. :. : : . . . :.: .::... ..: ..: CCDS50 HVAVILNQEIRELERQQEQLVKI---CKNCTGCFDRHIPCVSLNCPVLFKLSRVNRELSK 3070 3080 3090 3100 3110 1100 pF1KE4 Q---EQLLRRFGPPGPEAW .::: .: CCDS50 APYLRQLLDQF 3120 3130 >>CCDS14214.1 POLA1 gene_id:5422|Hs108|chrX (1462 aa) initn: 488 init1: 113 opt: 448 Z-score: 405.5 bits: 87.2 E(32554): 2.9e-16 Smith-Waterman score: 757; 27.2% identity (57.6% similar) in 787 aa overlap (254-984:487-1235) 230 240 250 260 270 280 pF1KE4 RRLLEQGIRVAGLGTPSFAPYEANVDFEIRFMVDTDIVGCNWLELPAGKYALRLKEKATQ :... : : :::. . . :.. .. CCDS14 YSAEMPQLPQDLKGETFSHVFGTNTSSLELFLMNRKIKGPCWLEVKSPQL---LNQPVSW 460 470 480 490 500 510 290 300 310 320 330 340 pF1KE4 CQLEADVLWSDVVSHPPE-GPWQRIAPLRVLSFDIECAGRKGIFPEPERDPVIQICSL-- :..:: .: :.:. . .: :: :..:... . ... .: . .: CCDS14 CKVEAMALKPDLVNVIKDVSP----PPLVVMAFSMKTMQN----AKNHQNEIIAMAALVH 520 530 540 550 560 350 360 370 380 pF1KE4 ---GLRWGEPEPFLR--LALTLRP--CA-PIL--------GAKVQSYEKEEDLLQAWSTF .: . :.: .. . .. .: : : ..::. :. :: . . CCDS14 HSFALDKAAPKPPFQSHFCVVSKPKDCIFPYAFKEVIEKKNVKVEVAATERTLLGFFLAK 570 580 590 600 610 620 390 400 410 420 430 440 pF1KE4 IRIMDPDVITGYNIQNFDLPYLISRAQTLKVQTFPFLGRVAGLCSNIRDSSFQSKQTGRR .. .:::.:.:.:: .:.: :..: .. :. . .::. ::. . .: :.: CCDS14 VHKIDPDIIVGHNIYGFELEVLLQRINVCKAPHWSKIGRLKR--SNMPKLGGRSG-FGER 630 640 650 660 670 680 450 460 470 480 490 500 pF1KE4 DTKVVSMVGRVQMDMLQVLLREYKLRSYTLNAVSFHFLGEQKEDVQHSIITDLQNGNDQT .. :. :... ... . .:: :. . ..: .. . : .. . ..: CCDS14 NATCGRMICDVEISAKELI----RCKSYHLSELVQQILKTERVVIPMENIQNMYSESSQL 690 700 710 720 730 510 520 530 540 550 560 pF1KE4 RRRLAVYCLKDAYLPLRLLERLMVLVNAVEMARVTGVPLSYLLSRGQQVKVVSQLLRQAM : . ::: . :... .: :: :.... ..: .: : :.. . ::. . CCDS14 LYLLE-HTWKDAKFILQIMCELNVLPLALQITNIAGNIMSRTLMGGRSERNEFLLLHAFY 740 750 760 770 780 790 570 580 590 pF1KE4 HEGLLMP---VVKSE----GGED------------------YTGATVIEPLKGYYDVPIA ... ..: . .. : :: :.:. :..: :.:: : CCDS14 ENNYIVPDKQIFRKPQQKLGDEDEEIDGDTNKYKKGRKKAAYAGGLVLDPKVGFYDKFIL 800 810 820 830 840 850 600 610 620 630 640 650 pF1KE4 TLDFSSLYPSIMMAHNLCYTTLLRPGT-AQKLGLTEDQFIRTPTGDEFVKTSVRKGLLPQ :::.::::::.. :.:.::. : .. ::: .::: . :. :.. :.::. CCDS14 LLDFNSLYPSIIQEFNICFTTVQRVASEAQK--VTEDG--EQEQIPELPDPSLEMGILPR 860 870 880 890 900 910 660 670 680 690 700 710 pF1KE4 ILENLLSARKRAKAELAKETDPLRRQVL--DGRQLALKVSANSVYGFTGAQVGKLPCLEI ...:. ::..: .: :. : .: : :: :::..:::.:: : . ... . CCDS14 EIRKLVERRKQVK-QLMKQQDLNPDLILQYDIRQKALKLTANSMYGCLGFSYSRFYAKPL 920 930 940 950 960 970 720 730 740 750 760 770 pF1KE4 SQSVTGFGRQMIEKTKQLVESKYTVENGYSTSAKVVYGDTDSVMCRFGVSSVAEAMALGR . :: ::... .::..:. :...: :.::::::.: . ... :.. :: CCDS14 AALVTYKGREILMHTKEMVQ-KMNLE--------VIYGDTDSIMINTNSTNLEEVFKLGN 980 990 1000 1010 1020 780 790 800 810 820 830 pF1KE4 EAADWVSGHFPSPIRLEFEKVYFPYLLISKKRYAGLLFSSRPDAH--DRMDCKGLEAVRR .. . :. . . ...... :. ::..::.::.:. :.. ... :::. ::: CCDS14 KVKSEVNKLY-KLLEIDIDGVFKSLLLLKKKKYAALVVEPTSDGNYVTKQELKGLDIVRR 1030 1040 1050 1060 1070 1080 840 850 860 870 880 890 pF1KE4 DNCPLVANLVTASLRRLLIDRDPEGAVAHAQ----DVISDLLCNRIDISQLVITKELTRA : : :. . . . ..: :.. . : . : .. ..: . . .::. :.: ::. CCDS14 DWCDLAKDTGNFVIGQILSDQSRDTIVENIQKRLIEIGENVLNGSVPVSQFEINKALTKD 1090 1100 1110 1120 1130 1140 900 910 920 930 940 pF1KE4 ASDYAGKQA--HVELAERMRKRDPGSAPSLGDRVPYVIISAAKGVAAYMKSEDPLFVLEH .:: :.. ::..: . .. : . :: : ::: . .....: ... : . .. CCDS14 PQDYPDKKSLPHVHVALWINSQG-GRKVKAGDTVSYVICQDGSNLTASQRAYAPEQLQKQ 1150 1160 1170 1180 1190 1200 950 960 970 980 990 1000 pF1KE4 -SLPIDTQYYLEQQLAKPLLRIFEPILGEGRAEAVLLRGDHTRCKTVLTGKVGGLLAFAK .: ::::::: ::. . :: ::: : .:::. CCDS14 DNLTIDTQYYLAQQIHPVVARICEPIDG---IDAVLIATWLGLDPTQFRVHHYHKDEEND 1210 1220 1230 1240 1250 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KE4 RRNCCIGCRTVLSHQGAVCEFCQPRESELYQKEVSHLNALEERFSRLWTQCQRCQGSLHE CCDS14 ALLGGPAQLTDEEKYRDCERFKCPCPTCGTENIYDNVFDGSGTDMEPSLYRCSNIDCKAS 1260 1270 1280 1290 1300 1310 >>CCDS83462.1 POLA1 gene_id:5422|Hs108|chrX (1468 aa) initn: 488 init1: 113 opt: 448 Z-score: 405.5 bits: 87.2 E(32554): 2.9e-16 Smith-Waterman score: 757; 27.2% identity (57.6% similar) in 787 aa overlap (254-984:493-1241) 230 240 250 260 270 280 pF1KE4 RRLLEQGIRVAGLGTPSFAPYEANVDFEIRFMVDTDIVGCNWLELPAGKYALRLKEKATQ :... : : :::. . . :.. .. CCDS83 YSAEMPQLPQDLKGETFSHVFGTNTSSLELFLMNRKIKGPCWLEVKSPQL---LNQPVSW 470 480 490 500 510 290 300 310 320 330 340 pF1KE4 CQLEADVLWSDVVSHPPE-GPWQRIAPLRVLSFDIECAGRKGIFPEPERDPVIQICSL-- :..:: .: :.:. . .: :: :..:... . ... .: . .: CCDS83 CKVEAMALKPDLVNVIKDVSP----PPLVVMAFSMKTMQN----AKNHQNEIIAMAALVH 520 530 540 550 560 570 350 360 370 380 pF1KE4 ---GLRWGEPEPFLR--LALTLRP--CA-PIL--------GAKVQSYEKEEDLLQAWSTF .: . :.: .. . .. .: : : ..::. :. :: . . CCDS83 HSFALDKAAPKPPFQSHFCVVSKPKDCIFPYAFKEVIEKKNVKVEVAATERTLLGFFLAK 580 590 600 610 620 630 390 400 410 420 430 440 pF1KE4 IRIMDPDVITGYNIQNFDLPYLISRAQTLKVQTFPFLGRVAGLCSNIRDSSFQSKQTGRR .. .:::.:.:.:: .:.: :..: .. :. . .::. ::. . .: :.: CCDS83 VHKIDPDIIVGHNIYGFELEVLLQRINVCKAPHWSKIGRLKR--SNMPKLGGRSG-FGER 640 650 660 670 680 450 460 470 480 490 500 pF1KE4 DTKVVSMVGRVQMDMLQVLLREYKLRSYTLNAVSFHFLGEQKEDVQHSIITDLQNGNDQT .. :. :... ... . .:: :. . ..: .. . : .. . ..: CCDS83 NATCGRMICDVEISAKELI----RCKSYHLSELVQQILKTERVVIPMENIQNMYSESSQL 690 700 710 720 730 740 510 520 530 540 550 560 pF1KE4 RRRLAVYCLKDAYLPLRLLERLMVLVNAVEMARVTGVPLSYLLSRGQQVKVVSQLLRQAM : . ::: . :... .: :: :.... ..: .: : :.. . ::. . CCDS83 LYLLE-HTWKDAKFILQIMCELNVLPLALQITNIAGNIMSRTLMGGRSERNEFLLLHAFY 750 760 770 780 790 800 570 580 590 pF1KE4 HEGLLMP---VVKSE----GGED------------------YTGATVIEPLKGYYDVPIA ... ..: . .. : :: :.:. :..: :.:: : CCDS83 ENNYIVPDKQIFRKPQQKLGDEDEEIDGDTNKYKKGRKKAAYAGGLVLDPKVGFYDKFIL 810 820 830 840 850 860 600 610 620 630 640 650 pF1KE4 TLDFSSLYPSIMMAHNLCYTTLLRPGT-AQKLGLTEDQFIRTPTGDEFVKTSVRKGLLPQ :::.::::::.. :.:.::. : .. ::: .::: . :. :.. :.::. CCDS83 LLDFNSLYPSIIQEFNICFTTVQRVASEAQK--VTEDG--EQEQIPELPDPSLEMGILPR 870 880 890 900 910 660 670 680 690 700 710 pF1KE4 ILENLLSARKRAKAELAKETDPLRRQVL--DGRQLALKVSANSVYGFTGAQVGKLPCLEI ...:. ::..: .: :. : .: : :: :::..:::.:: : . ... . 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