FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1348, 472 aa 1>>>pF1KE1348 472 - 472 aa - 472 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6403+/-0.00112; mu= 15.8728+/- 0.067 mean_var=63.7362+/-12.923, 0's: 0 Z-trim(101.8): 23 B-trim: 0 in 0/49 Lambda= 0.160650 statistics sampled from 6642 (6653) to 6642 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.559), E-opt: 0.2 (0.204), width: 16 Scan time: 2.890 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS34673.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 ( 472) 3120 732.3 2.6e-211 CCDS78251.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 ( 396) 2610 614.1 8.6e-176 CCDS78250.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 ( 412) 1797 425.6 4.7e-119 CCDS78249.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 ( 433) 1535 364.9 9.4e-101 CCDS45008.1 SCARB1 gene_id:949|Hs108|chr12 ( 506) 970 234.0 2.8e-61 CCDS9259.1 SCARB1 gene_id:949|Hs108|chr12 ( 509) 970 234.0 2.9e-61 CCDS3577.1 SCARB2 gene_id:950|Hs108|chr4 ( 478) 957 231.0 2.2e-60 CCDS56335.1 SCARB2 gene_id:950|Hs108|chr4 ( 335) 570 141.2 1.6e-33 >>CCDS34673.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 (472 aa) initn: 3120 init1: 3120 opt: 3120 Z-score: 3907.1 bits: 732.3 E(32554): 2.6e-211 Smith-Waterman score: 3120; 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CCDS45 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 TEVYRQFWIFDVQNPQEVMMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVSFLQPN : . ..:::.::.:.. .. . ::..::::.:: .: : :.: . .: :::::. CCDS45 IPFYLSVYFFDVMNPSEIL-KGEKPQVRERGPYVYR-EFRHKSNITFNNND-TVSFLEYR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 GAIFEPSLSVGTEADNFTVLNLAVAAASHIYQNQ--FVQMILNSLINKSKSSMFQVRTLR :.:: : :.:.: ... :. : .:. ...:. ...:.. .. :. ::. CCDS45 TFQFQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 ELLWGYRDPFLSLV----P--YPVTTTVGLFYPYNNTADGVYKVFNGKDNISKVAIIDTY :..:::.::...:. : .: ::: ::. .:.. ::.: .:::.. ..: . 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CCDS45 VLPLLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVI--CQIRSQ 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE1 TIK CCDS45 GPEDTVSQPGLAAGPDRPPSPYTPLLPDSPSGQPPSPTA 470 480 490 500 >>CCDS9259.1 SCARB1 gene_id:949|Hs108|chr12 (509 aa) initn: 653 init1: 232 opt: 970 Z-score: 1213.5 bits: 234.0 E(32554): 2.9e-61 Smith-Waterman score: 970; 32.7% identity (65.8% similar) in 480 aa overlap (1-469:1-467) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MGCDRNCGLIAGA--VIGAVLAVFGGILMPVGDLLIQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKTG :::. . ::: : : . ::.:.... . ::.. . :.: .. ....:. : . CCDS92 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 TEVYRQFWIFDVQNPQEVMMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVSFLQPN : . ..:::.::.:.. .. . ::..::::.:: .: : :.: . .: :::::. CCDS92 IPFYLSVYFFDVMNPSEIL-KGEKPQVRERGPYVYR-EFRHKSNITFNNND-TVSFLEYR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 GAIFEPSLSVGTEADNFTVLNLAVAAASHIYQNQ--FVQMILNSLINKSKSSMFQVRTLR :.:: : :.:.: ... :. : .:. ...:. ...:.. .. :. ::. 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CCDS92 DPVLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIE-PV 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KE1 IVPILWLNETGTIGDEKANMFRSQVTGKINLLGLIEMILLSVGVVMFVAFMISYCACRSK ..:.::. :.:.. : . : .:.. ... ...::..: :.... .: : ::. CCDS92 VLPLLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVI--CQIRSQ 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE1 TIK CCDS92 EKCYLFWSSSKKGSKDKEAIQAYSESLMTSAPKGSVLQEAKL 470 480 490 500 >>CCDS3577.1 SCARB2 gene_id:950|Hs108|chr4 (478 aa) initn: 772 init1: 268 opt: 957 Z-score: 1197.6 bits: 231.0 E(32554): 2.2e-60 Smith-Waterman score: 957; 33.8% identity (68.6% similar) in 477 aa overlap (1-469:1-461) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MGCDRNCGLIAGAVIGAVLAVFGGILMPVGDLL---IQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKT :: : : ::.. ..: . .. . :. .. ....:.:..::..:: :: .: : CCDS35 MG--RCCFYTAGTL--SLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKP 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 GTEVYRQFWIFDVQNPQEVMMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVSFLQP :: ::..:.: ::.:.. . . .:.. :::::: .. : :. . .:.: .. 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