FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4373, 391 aa 1>>>pF1KE4373 391 - 391 aa - 391 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9311+/-0.000428; mu= 8.1306+/- 0.027 mean_var=551.5713+/-117.473, 0's: 0 Z-trim(124.5): 97 B-trim: 2647 in 1/57 Lambda= 0.054610 statistics sampled from 46333 (46450) to 46333 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.795), E-opt: 0.2 (0.545), width: 16 Scan time: 10.790 The best scores are: opt bits E(85289) NP_002130 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding motif ( 391) 2756 231.2 3.2e-60 NP_055284 (OMIM: 605444) RNA-binding motif protein ( 392) 1940 166.9 7.3e-41 XP_011529740 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 385) 1450 128.3 3e-29 NP_001307873 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding mot ( 459) 1201 108.8 2.7e-23 XP_011529739 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 422) 1198 108.5 3e-23 NP_005049 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif ( 496) 1198 108.7 3.2e-23 XP_016885549 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 435) 1001 93.0 1.4e-18 NP_001307874 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding mot ( 356) 564 58.5 3e-08 NP_001158275 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding mot ( 196) 468 50.5 4.2e-06 XP_011525970 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 202) 422 46.9 5.3e-05 NP_001287744 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bin ( 168) 412 45.9 8.4e-05 XP_016881726 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 168) 412 45.9 8.4e-05 NP_001287758 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bin ( 297) 417 46.7 8.4e-05 XP_006722700 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 172) 412 45.9 8.5e-05 NP_001271 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bindin ( 172) 412 45.9 8.5e-05 NP_006734 (OMIM: 300027) RNA-binding protein 3 [Ho ( 157) 355 41.4 0.0018 >>NP_002130 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding motif prot (391 aa) initn: 2756 init1: 2756 opt: 2756 Z-score: 1202.1 bits: 231.2 E(85289): 3.2e-60 Smith-Waterman score: 2756; 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59.0% identity (79.0% similar) in 395 aa overlap (1-391:1-385) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA :::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.:: XP_011 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT :::.::.::::::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. ::: XP_011 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMG :: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: :: XP_011 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 GRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP ...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: ..::::::: XP_011 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGR--DRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPP : :.::: :::. ::.. ::::: .::::. ::.:.: ::.::::. . ::.:..::: XP_011 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPP 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 TRGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMERG .::: :::::. . ::..:: :: : .:::: .:.. :..: :... :::. : XP_011 ARGPRMSYGGSTCHA-YSNTRDRYGRSWESYSSC-GDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRV 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KE4 YPPPRDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY : ::.. .::: : : : :::..: . ::: XP_011 LPDPREACGSSSYVASIVDG-GESRSEKGDS-SRY 360 370 380 >>NP_001307873 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif p (459 aa) initn: 1123 init1: 393 opt: 1201 Z-score: 539.3 bits: 108.8 E(85289): 2.7e-23 Smith-Waterman score: 1265; 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NP_001 RETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR 300 310 320 330 340 350 290 300 310 320 330 340 pF1KE4 YGNSRSAPPTRGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQER ::.:..:::.::: :::::. . ::..:: :: : .:::: .:.. :..: :... NP_001 YGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA-YSNTRDRYGRSWESYSSC-GDFHYCDREHVCRKDQ 360 370 380 390 400 410 350 360 370 380 390 pF1KE4 GLPPSMERGYPPPRDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY :::. NP_001 RNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY 420 430 440 450 >>XP_011529739 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA-bind (422 aa) initn: 794 init1: 393 opt: 1198 Z-score: 538.4 bits: 108.5 E(85289): 3e-23 Smith-Waterman score: 1213; 52.9% identity (71.0% similar) in 393 aa overlap (1-386:1-374) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA :::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.:: XP_011 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT :::.::.::::::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. ::: XP_011 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMG :: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: :: XP_011 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 GRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP ...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: ..::::::: XP_011 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPP-T : :.::: :::. ::.. :::: .. . . :::. : .::: ::.:: . XP_011 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRD----YGHSRRDESYS 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 RGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSME-RG :: . .: . .:. :.: :: : : . :: : :. : : : : XP_011 RGYR-NRRSSRETREYAPPSRGHG-YRDYGHSRRHESYSRGY-------RNHPSSRETRD 300 310 320 330 340 360 370 380 390 pF1KE4 YPPPRDSYSSSSRGAP---RGGGRGGSRSDRGGGRSRY : ::. .:. . : . ..:: : : : XP_011 YAPPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYATLF 350 360 370 380 390 400 XP_011 QKTVHITAEITWTGPKRGGGG 410 420 >>NP_005049 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif prot (496 aa) initn: 1146 init1: 393 opt: 1198 Z-score: 537.8 bits: 108.7 E(85289): 3.2e-23 Smith-Waterman score: 1213; 52.9% identity (71.0% similar) in 393 aa overlap (1-386:1-374) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA :::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.:: NP_005 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT :::.::.::::::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. ::: NP_005 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMG :: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: :: NP_005 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 GRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP ...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: ..::::::: NP_005 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPP-T : :.::: :::. ::.. :::: .. . . :::. : .::: ::.:: . NP_005 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRD----YGHSRRDESYS 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 RGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSME-RG :: . .: . .:. :.: :: : : . :: : :. : : : : NP_005 RGYR-NRRSSRETREYAPPSRGHG-YRDYGHSRRHESYSRGY-------RNHPSSRETRD 300 310 320 330 340 360 370 380 390 pF1KE4 YPPPRDSYSSSSRGAP---RGGGRGGSRSDRGGGRSRY : ::. .:. . : . ..:: : : : NP_005 YAPPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSH 350 360 370 380 390 400 NP_005 GAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLG 410 420 430 440 450 460 >>XP_016885549 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA-bind (435 aa) initn: 1123 init1: 393 opt: 1001 Z-score: 454.4 bits: 93.0 E(85289): 1.4e-18 Smith-Waterman score: 1065; 49.7% identity (66.6% similar) in 386 aa overlap (41-353:17-399) 20 30 40 50 60 70 pF1KE4 FIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPADAKDAARDMN ::: :.:::::::.:::.:::::.::.::: XP_016 MRRCLKQYLGNMVPYQKDR-TSKSRGFAFITFENPADAKNAAKDMN 10 20 30 40 80 90 100 110 120 pF1KE4 GKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTRGP-PSRGGH :::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. ::::: ::. :: XP_016 GKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTRGWLPSHEGH 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 MDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMGGRAPVSRGRD .:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: ::...:.:. :. 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