Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3282
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3282, 740 aa
1>>>pF1KB3282 740 - 740 aa - 740 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0364+/-0.00121; mu= 15.9623+/- 0.072
mean_var=74.6295+/-14.798, 0's: 0 Z-trim(101.9): 69 B-trim: 26 in 1/49
Lambda= 0.148463
statistics sampled from 6648 (6714) to 6648 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.557), E-opt: 0.2 (0.206), width: 16
Scan time: 3.740
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8734.1 ABCD2 gene_id:225|Hs108|chr12 ( 740) 4839 1046.7 0
CCDS14728.1 ABCD1 gene_id:215|Hs108|chrX ( 745) 1826 401.3 2.8e-111
CCDS749.1 ABCD3 gene_id:5825|Hs108|chr1 ( 659) 1041 233.2 1e-60
CCDS9828.1 ABCD4 gene_id:5826|Hs108|chr14 ( 606) 524 122.4 2.1e-27
CCDS44175.1 ABCD3 gene_id:5825|Hs108|chr1 ( 236) 402 96.1 6.5e-20
>>CCDS8734.1 ABCD2 gene_id:225|Hs108|chr12 (740 aa)
initn: 4839 init1: 4839 opt: 4839 Z-score: 5599.1 bits: 1046.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4839; 100.0% identity (100.0% similar) in 740 aa overlap (1-740:1-740)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MTHMLNAAADRVKWTRSSAAKRAACLVAAAYALKTLYPIIGKRLKQSGHGKKKAAAYPAA
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CCDS87 MTHMLNAAADRVKWTRSSAAKRAACLVAAAYALKTLYPIIGKRLKQSGHGKKKAAAYPAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 ENTEILHCTETICEKPSPGVNADFFKQLLELRKILFPKLVTTETGWLCLHSVALISRTFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 ENTEILHCTETICEKPSPGVNADFFKQLLELRKILFPKLVTTETGWLCLHSVALISRTFL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SIYVAGLDGKIVKSIVEKKPRTFIIKLIKWLMIAIPATFVNSAIRYLECKLALAFRTRLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 SIYVAGLDGKIVKSIVEKKPRTFIIKLIKWLMIAIPATFVNSAIRYLECKLALAFRTRLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DHAYETYFTNQTYYKVINMDGRLANPDQSLTEDIMMFSQSVAHLYSNLTKPILDVMLTSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 DHAYETYFTNQTYYKVINMDGRLANPDQSLTEDIMMFSQSVAHLYSNLTKPILDVMLTSY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 TLIQTATSRGASPIGPTLLAGLVVYATAKVLKACSPKFGKLVAEEAHRKGYLRYVHSRII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TLIQTATSRGASPIGPTLLAGLVVYATAKVLKACSPKFGKLVAEEAHRKGYLRYVHSRII
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 ANVEEIAFYRGHKVEMKQLQKSYKALADQMNLILSKRLWYIMIEQFLMKYVWSSSGLIMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 ANVEEIAFYRGHKVEMKQLQKSYKALADQMNLILSKRLWYIMIEQFLMKYVWSSSGLIMV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 AIPIITATGFADGEDGQKQVMVSERTEAFTTARNLLASGADAIERIMSSYKEVTELAGYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 AIPIITATGFADGEDGQKQVMVSERTEAFTTARNLLASGADAIERIMSSYKEVTELAGYT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 ARVYNMFWVFDEVKRGIYKRTAVIQESESHSKNGAKVELPLSDTLAIKGKVIDVDHGIIC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 ARVYNMFWVFDEVKRGIYKRTAVIQESESHSKNGAKVELPLSDTLAIKGKVIDVDHGIIC
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 ENVPIITPAGEVVASRLNFKVEEGMHLLITGPNGCGKSSLFRILSGLWPVYEGVLYKPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 ENVPIITPAGEVVASRLNFKVEEGMHLLITGPNGCGKSSLFRILSGLWPVYEGVLYKPPP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 QHMFYIPQRPYMSLGSLRDQVIYPDSVDDMHDKGYTDQDLERILHNVHLYHIVQREGGWD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 QHMFYIPQRPYMSLGSLRDQVIYPDSVDDMHDKGYTDQDLERILHNVHLYHIVQREGGWD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 AVMDWKDVLSGGEKQRMGMARMFYHKPKYALLDECTSAVSIDVEGKIFQAAKGAGISLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 AVMDWKDVLSGGEKQRMGMARMFYHKPKYALLDECTSAVSIDVEGKIFQAAKGAGISLLS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWRFEQLDTAIRLTLSEEKQKLESQLAGIPKMQQRLNEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 ITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWRFEQLDTAIRLTLSEEKQKLESQLAGIPKMQQRLNEL
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KB3 CKILGEDSVLKTIKNEDETS
::::::::::::::::::::
CCDS87 CKILGEDSVLKTIKNEDETS
730 740
>>CCDS14728.1 ABCD1 gene_id:215|Hs108|chrX (745 aa)
initn: 3099 init1: 1816 opt: 1826 Z-score: 2111.3 bits: 401.3 E(32554): 2.8e-111
Smith-Waterman score: 3151; 65.7% identity (86.0% similar) in 727 aa overlap (14-726:10-722)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MTHMLNAAADRVKWTRSSAAKRAACLVA-AAYALKTLYPIIGKRLKQSGHGKKKAAAYPA
: :... ::.: :.: :::. . .::.. . : . .: . :. :.
CCDS14 MPVLSRPRPW-RGNTLKRTAVLLALAAYGAHKVYPLVRQCLAPA-RGLQAPAGEPT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 AENTEILHCTETICEKPSPGVNADFFKQLLELRKILFPKLVTTETGWLCLHSVALISRTF
: . . . :.: :...:: : ..:::... ::: : :::.::.::::
CCDS14 QEASGV--------AAAKAGMNRVFLQRLLWLLRLLFPRVLCRETGLLALHSAALVSRTF
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 LSIYVAGLDGKIVKSIVEKKPRTFIIKLIKWLMIAIPATFVNSAIRYLECKLALAFRTRL
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CCDS14 LSVYVARLDGRLARCIVRKDPRAFGWQLLQWLLIALPATFVNSAIRYLEGQLALSFRSRL
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 VDHAYETYFTNQTYYKVINMDGRLANPDQSLTEDIMMFSQSVAHLYSNLTKPILDVMLTS
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CCDS14 VAHAYRLYFSQQTYYRVSNMDGRLRNPDQSLTEDVVAFAASVAHLYSNLTKPLLDVAVTS
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 YTLIQTATSRGASPIGPTLLAGLVVYATAKVLKACSPKFGKLVAEEAHRKGYLRYVHSRI
:::...: ::::. :. .:::::. ::.::.: :::::.::::::.::: :::.:::.
CCDS14 YTLLRAARSRGAGTAWPSAIAGLVVFLTANVLRAFSPKFGELVAEEARRKGELRYMHSRV
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 IANVEEIAFYRGHKVEMKQLQKSYKALADQMNLILSKRLWYIMIEQFLMKYVWSSSGLIM
.:: :::::: ::.::. ::.::. ::.:.:::: .::::.:.::::::::::.:::.:
CCDS14 VANSEEIAFYGGHEVELALLQRSYQDLASQINLILLERLWYVMLEQFLMKYVWSASGLLM
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 VAIPIITATGFADGE---------DGQKQVMVSERTEAFTTARNLLASGADAIERIMSSY
::.:::::::..... . ... .::::::::: :::::...:::::::::::
CCDS14 VAVPIITATGYSESDAEAVKKAALEKKEEELVSERTEAFTIARNLLTAAADAIERIMSSY
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KB3 KEVTELAGYTARVYNMFWVFDEVKRGIYKRTAVIQESESHS----KNGAKVELPLSDTLA
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CCDS14 KEVTELAGYTARVHEMFQVFEDVQRCHFKRPRELEDAQAGSGTIGRSGVRVEGPLK----
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 IKGKVIDVDHGIICENVPIITPAGEVVASRLNFKVEEGMHLLITGPNGCGKSSLFRILSG
:.:.:.::..::::::.::.::.::::.. ::..::::::::::::::::::::::::.:
CCDS14 IRGQVVDVEQGIICENIPIVTPSGEVVVASLNIRVEEGMHLLITGPNGCGKSSLFRILGG
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 LWPVYEGVLYKPPPQHMFYIPQRPYMSLGSLRDQVIYPDSVDDMHDKGYTDQDLERILHN
:::.: :::::::::.:::::::::::.:::::::::::::.::. :::..:::: ::
CCDS14 LWPTYGGVLYKPPPQRMFYIPQRPYMSVGSLRDQVIYPDSVEDMQRKGYSEQDLEAILDV
530 540 550 560 570 580
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 VHLYHIVQREGGWDAVMDWKDVLSGGEKQRMGMARMFYHKPKYALLDECTSAVSIDVEGK
:::.::.::::::.:. :::::::::::::.::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS14 VHLHHILQREGGWEAMCDWKDVLSGGEKQRIGMARMFYHRPKYALLDECTSAVSIDVEGK
590 600 610 620 630 640
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 IFQAAKGAGISLLSITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWRFEQLDTAIRLTLSEEKQKLESQ
:::::: :::.::::::::::::::::::::::::::.::.::.: ::.:.::::.::.:
CCDS14 IFQAAKDAGIALLSITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWKFEKLDSAARLSLTEEKQRLEQQ
650 660 670 680 690 700
710 720 730 740
pF1KB3 LAGIPKMQQRLNELCKILGEDSVLKTIKNEDETS
::::::::.::.:::.::::
CCDS14 LAGIPKMQRRLQELCQILGEAVAPAHVPAPSPQGPGGLQGAST
710 720 730 740
>>CCDS749.1 ABCD3 gene_id:5825|Hs108|chr1 (659 aa)
initn: 1539 init1: 906 opt: 1041 Z-score: 1203.5 bits: 233.2 E(32554): 1e-60
Smith-Waterman score: 1579; 40.3% identity (70.1% similar) in 670 aa overlap (22-688:11-650)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MTHMLNAAADRVKWTRSSAAKRAACLVAAAYALKTLYPIIGKRLKQSG-HGKKKAAAYPA
: . :..::. : : . :: . : :::: .. :
CCDS74 MAAFSKYLTARNSSLAGAAFLLLCL---LHKRRRALGLHGKK--SGKPP
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 AENTEILHCTETICEKPSPGVNADFFKQLLELRKILFPKLVTTETGWLCLHSVALISRTF
.:.: : :. :. ::..:... ::. :. :::.: : .: :.:::.
CCDS74 LQNNE----KEGKKERAV--VDKVFFSRLIQILKIMVPRTFCKETGYLVLIAVMLVSRTY
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 LSIYVAGLDGKIVKSIVEKKPRTFIIKLIKWLMIAIP-ATFVNSAIRYLECKLALAFRTR
.... .: ...: . . : . . . .. :.: ..::. ..: .: : ::.:
CCDS74 CDVWMIQ-NGTLIESGIIGRSRKDFKRYLLNFIAAMPLISLVNNFLKYGLNELKLCFRVR
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 LVDHAYETYFTNQTYYKVINMDGRLANPDQSLTEDIMMFSQSVAHLYSNLTKPILDVMLT
:. . :: :. ::::. :.:.:.::::: ::.:. : .::. :::::.::.::..:
CCDS74 LTKYLYEEYLQAFTYYKMGNLDNRIANPDQLLTQDVEKFCNSVVDLYSNLSKPFLDIVLY
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SYTLIQTATSRGASPIGP-TLLAGLVVYATAKVLKACSPKFGKLVAEEAHRKGYLRYVHS
. : ... ::. :: ...: ::: .. : .::.. : . .: :::.:
CCDS74 IFKL---TSAIGAQ--GPASMMAYLVV--SGLFLTRLRRPIGKMTITEQKYEGEYRYVNS
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 RIIANVEEIAFYRGHKVEMKQLQKSYKALADQMNLILSKRLWYIMIEQFLMKYVWSSSGL
:.:.: :::::: :.: : . ... .. :..... .. :. . .:.... ::. . :
CCDS74 RLITNSEEIAFYNGNKREKQTVHSVFRKLVEHLHNFILFRFSMGFIDSIIAKYLATVVGY
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 IMVAIPIITATGFADGEDGQKQVMVSERTEAFTTARNLLASGADAIERIMSSYKEVTELA
..:. :.. . . . . :: : . . .: ..:. ::. . .:.:.::
CCDS74 LVVSRPFLDLS-----HPRHLKSTHSELLEDYYQSGRMLLRMSQALGRIVLAGREMTRLA
340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 GYTARVYNMFWVFDEVKRGIYKRTAVIQESESHSKNGAKVELPLSDTLAIKGKVIDVDHG
:.:::. ... :. ....: :.:: : :. .. .:..: .:: . :..: .:.
CCDS74 GFTARITELMQVLKDLNHGKYERTMVSQQEKG--IEGVQV-IPL---IPGAGEIIIADNI
390 400 410 420 430
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 IICENVPIITPAGEVVASRLNFKVEEGMHLLITGPNGCGKSSLFRILSGLWPVYEGVLYK
: ..::. :: :.:. :::.:. : ..:: ::::::::::::.:. :::.. : : :
CCDS74 IKFDHVPLATPNGDVLIRDLNFEVRSGANVLICGPNGCGKSSLFRVLGELWPLFGGRLTK
440 450 460 470 480 490
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 PPPQHMFYIPQRPYMSLGSLRDQVIYPDSVDDMHDKGYTDQDLERILHNVHLYHIVQREG
: ..::.::::::.::.:::::::::. .:.. :: .: :.. : ::.: ::..:::
CCDS74 PERGKLFYVPQRPYMTLGTLRDQVIYPDGREDQKRKGISDLVLKEYLDNVQLGHILEREG
500 510 520 530 540 550
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 GWDAVMDWKDVLSGGEKQRMGMARMFYHKPKYALLDECTSAVSIDVEGKIFQAAKGAGIS
:::.:.:: :::::::::::.:::.:::::..:.:::::::::.:::: :.. . .::.
CCDS74 GWDSVQDWMDVLSGGEKQRMAMARLFYHKPQFAILDECTSAVSVDVEGYIYSHCRKVGIT
560 570 580 590 600 610
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 LLSITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWRFEQLDTAIRLTLSEEKQKLESQLAGIPKMQQRL
:....:: ::::.: . :..::.:...:.:.
CCDS74 LFTVSHRKSLWKHHEYYLHMDGRGNYEFKQITEDTVEFGS
620 630 640 650
720 730 740
pF1KB3 NELCKILGEDSVLKTIKNEDETS
>>CCDS9828.1 ABCD4 gene_id:5826|Hs108|chr14 (606 aa)
initn: 694 init1: 256 opt: 524 Z-score: 605.6 bits: 122.4 E(32554): 2.1e-27
Smith-Waterman score: 814; 29.0% identity (62.7% similar) in 632 aa overlap (76-688:6-603)
50 60 70 80 90
pF1KB3 QSGHGKKKAAAYPAAENTEILHCTETICEKPSPGVNA------DFFKQLLELRKILFPKL
:.::..: .:....:.. :.:::.
CCDS98 MAVAGPAPGAGARPRLDLQFLQRFLQILKVLFPSW
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 VTTETGWLCLHSVALISRTFLSIYVAGLDGKIVKSIVEKKPRTFIIKLIKWL-MIAIPAT
..... . : . : . :: .:: . ... .: .. .: : ..:.
CCDS98 -SSQNALMFLTLLCLTLLEQFVIYQVGLIPSQYYGVLGNKD----LEGFKTLTFLAVMLI
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 FVNSAIRYLE---CKLA-LAFRTRLVDHAYETYFTNQTYYKVINMDGRLANPDQSLTEDI
.::... .. :.: ...: :..: .. :: ...:: . . . :::: ...:.
CCDS98 VLNSTLKSFDQFTCNLLYVSWRKDLTEHLHRLYFRGRAYYTLNVLRDDIDNPDQRISQDV
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 MMFSQSVAHLYSNLTKPILDVMLTSYTLIQTATSRGASPIGPTLLAGLVVYATAKVLKAC
: .... . :.: :.. . : : : : .::. . : . .:.
CCDS98 ERFCRQLSSMASKL---IISPFTLVYYTYQCFQSTGW--LGPVSIFGYFILGTVVNKTLM
160 170 180 190 200
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 SPKFGKLVAEEAHRKGYLRYVHSRIIANVEEIAFYRGHKVEMKQLQKSYKALADQMNLIL
.: ::: .: . .: .:. : .: .:.: ::::. .:: . .. . : . . ..
CCDS98 GPIVMKLVHQE-KLEGDFRFKHMQIRVNAEPAAFYRAGHVEHMRTDRRLQRLLQTQRELM
210 220 230 240 250 260
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 SKRLW-YIMIEQFLMKYVWSSSGLIMVAIPIITATGFADGEDGQKQVMVSERTEAFTTAR
::.:: :: :. : :. : . ...::::.... ..: .. ...::. .::.
CCDS98 SKELWLYIGINTF--DYLGSILSYVVIAIPIFSGV-YGDLSPAELSTLVSK--NAFVCIY
270 280 290 300 310
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 NLLASGADAIERIMSSYKEVTELAGYTARVYNMFWVFDEVKRGIYKRTAVIQESESHSKN
:.. .. :. .:. ....:::: :. .... . . :. : ...
CCDS98 -LISCFTQLID--LST--TLSDVAGYTHRI-------GQLRETLLDMSLKSQDCEILGES
320 330 340 350 360
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 GAKVELPLSDTLAIKGKVIDVDHGIICENVPIITPAGEV-VASRLNFKVEEGMHLLITGP
.. : . : .: ... : : : .:... . . :..:. ::. :::::
CCDS98 EWGLDTPPGWPAA-----EPADTAFLLERVSISAPSSDKPLIKDLSLKISEGQSLLITGN
370 380 390 400 410 420
520 530 540 550 560
pF1KB3 NGCGKSSLFRILSGLWPVYEG---VLYKPPPQHMFYIPQRPYMSLGSLRDQVIYPDSVDD
.: ::.::.:.:.::: .: .: :. ....::.:... :.::.::::: . .
CCDS98 TGTGKTSLLRVLGGLWTSTRGSVQMLTDFGPHGVLFLPQKPFFTDGTLREQVIYPLK-EV
430 440 450 460 470 480
570 580 590 600 610 620
pF1KB3 MHDKGYTDQD-LERILHNVHLYHIVQREGGWDAVMDWK--DVLSGGEKQRMGMARMFYHK
. :.: .:.. . :.:. . : ..: : : : .::. :::: :: ::...::.:: .
CCDS98 YPDSGSADDERILRFLELAGLSNLVARTEGLDQQVDWNWYDVLSPGEMQRLSFARLFYLQ
490 500 510 520 530 540
630 640 650 660 670 680
pF1KB3 PKYALLDECTSAVSIDVEGKIFQAAKGAGISLLSITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWRFE
::::.::: :::.. .::..... .. :....:. :: :: :.:. .:.. : : :..
CCDS98 PKYAVLDEATSALTEEVESELYRIGQQLGMTFISVGHRQSLEKFHSLVLKLCGGGRWELM
550 560 570 580 590 600
690 700 710 720 730 740
pF1KB3 QLDTAIRLTLSEEKQKLESQLAGIPKMQQRLNELCKILGEDSVLKTIKNEDETS
..
CCDS98 RIKVE
>>CCDS44175.1 ABCD3 gene_id:5825|Hs108|chr1 (236 aa)
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10 20 30 40 50
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: . :..::. : : . :: . : ::::.. :
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.:.: : .: :. ::..:... ::. :. :::.: : .: :.:::.
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50 60 70 80 90
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.... .: ...: . . : . . . .. :.: ..::. ..: .: : ::.:
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. : ... ::. .: :
CCDS44 IFKL---TSAIGAQVLGKILWH
220 230
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]