Result of FASTA (omim) for pFN21AA1594
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1594, 979 aa
  1>>>pF1KA1594 979 - 979 aa - 979 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7336+/-0.00044; mu= 10.9527+/- 0.028
 mean_var=171.8814+/-34.530, 0's: 0 Z-trim(116.1): 144  B-trim: 58 in 1/53
 Lambda= 0.097827
 statistics sampled from 26840 (26986) to 26840 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.316), width:  16
 Scan time: 12.920

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_065954 (OMIM: 609546) ubiquitin carboxyl-termin ( 922) 1497 224.6 1.9e-57
NP_114113 (OMIM: 300309) ubiquitin carboxyl-termin ( 913) 1061 163.0 6.4e-39
XP_016885381 (OMIM: 300309) PREDICTED: ubiquitin c ( 913) 1061 163.0 6.4e-39
XP_016864046 (OMIM: 612849) PREDICTED: ubiquitin c ( 341)  316 57.5 1.4e-07
NP_001127695 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-ter ( 359)  316 57.5 1.4e-07
NP_073743 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-termin ( 366)  316 57.6 1.4e-07
NP_001273696 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-ter ( 354)  241 47.0 0.00022
XP_016861124 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c ( 871)  245 47.8 0.00029
XP_005264888 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1268)  245 48.0 0.00038
XP_016861123 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1270)  245 48.0 0.00038
XP_016861122 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1281)  245 48.0 0.00039
XP_016861120 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1283)  245 48.0 0.00039
XP_016861121 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1283)  245 48.0 0.00039
XP_016861119 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1285)  245 48.0 0.00039
XP_016861118 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1303)  245 48.0 0.00039
XP_016861117 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1305)  245 48.0 0.00039
XP_016861116 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1307)  245 48.0 0.00039
NP_006668 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-termin (1318)  245 48.0  0.0004
XP_016861115 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1318)  245 48.0  0.0004
XP_016861114 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1320)  245 48.0  0.0004
XP_005264887 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1322)  245 48.0  0.0004
XP_016861113 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1332)  245 48.0  0.0004
XP_006713015 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1367)  245 48.0 0.00041
XP_006713014 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1368)  245 48.0 0.00041
XP_006713013 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1369)  245 48.0 0.00041
XP_016861112 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1369)  245 48.0 0.00041
XP_016861111 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1371)  245 48.0 0.00041
XP_016861110 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1371)  245 48.0 0.00041
NP_001186091 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-ter (1372)  245 48.0 0.00041
XP_006713012 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1373)  245 48.0 0.00041
XP_016861109 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1381)  245 48.0 0.00041
XP_006713011 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1382)  245 48.0 0.00041
XP_016861108 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1383)  245 48.0 0.00041
NP_001186090 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-ter (1384)  245 48.0 0.00041
XP_016861107 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1384)  245 48.0 0.00041
XP_005264886 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1386)  245 48.0 0.00041
XP_006713016 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1404)  245 48.0 0.00041
XP_006713010 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1405)  245 48.0 0.00042
XP_016861106 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1406)  245 48.0 0.00042
XP_005264884 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1408)  245 48.0 0.00042
XP_016861105 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1418)  245 48.0 0.00042
NP_001186089 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-ter (1419)  245 48.0 0.00042
XP_016861104 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1420)  245 48.0 0.00042
XP_005264882 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1421)  245 48.0 0.00042
XP_005264883 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1421)  245 48.0 0.00042
XP_006713009 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1422)  245 48.0 0.00042
XP_005264880 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1423)  245 48.0 0.00042
XP_005264881 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1423)  245 48.0 0.00042
NP_006304 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-termin ( 952)  234 46.3 0.00091
XP_006719781 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 775)  232 46.0 0.00094


>>NP_065954 (OMIM: 609546) ubiquitin carboxyl-terminal h  (922 aa)
 initn: 2102 init1: 591 opt: 1497  Z-score: 1152.2  bits: 224.6 E(85289): 1.9e-57
Smith-Waterman score: 2345; 44.9% identity (69.4% similar) in 979 aa overlap (1-972:1-906)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MSPLKIHGPIRIRSMQTGITKWKEGSFEIVEKENKVSLVVHYNTGGIPRIFQLSHNIKNV
       :  ::. : :.: :..::.:: ::. .: :.......::: ...: . ::::::.::..:
NP_065 MISLKVCGFIQIWSQKTGMTKLKEALIETVQRQKEIKLVVTFKSGKFIRIFQLSNNIRSV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 VLRPSGAKQSRLMLTLQDNSFLSIDKVPSKDAEEMRLFLDAVHQNRLPAAMKPSQGSGSF
       :::    .::.: :::..: :: :::.  .::... .::: .:::.    ::        
NP_065 VLRHCKKRQSHLRLTLKNNVFLFIDKLSYRDAKQLNMFLDIIHQNKSQQPMK--------
               70        80        90       100       110          

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 GAILGSRTSQKETSRQLSYSDNQASAKRGSLETKDDIPFRKVLGNPGRGSIKTVAGSGIA
                        : .: ..  .:. :.  :   : .. ..:.             
NP_065 -----------------SDDDWSVFESRNMLKEIDKTSFYSICNKPSY------------
                             120       130       140               

              190        200       210       220       230         
pF1KA1 RTIPSLTSTS-TPLRSGLLENRTEKRKRMISTGSELNEDYPKENDSSSNNKAMTDPSRKY
       . .: . : : : ...:.:::.  : .  .:.  . :::  ::..   :.:  :: : ::
NP_065 QKMPLFMSKSPTHVKKGILENQGGKGQNTLSSDVQTNEDILKEDNPVPNKKYKTD-SLKY
           150       160       170       180       190        200  

     240       250       260       270       280       290         
pF1KA1 LTSSREKQLSLKQSEENRTSGLLPLQSSSFYGSRAGSKEHSSGGTNLDRTNVSSQTPSAK
       . :.:..  ::.. :..:   : :    ::       . . .:. :::.: ...:: .::
NP_065 IQSNRKNPSSLEDLEKDRDLKLGP----SF-------NTNCNGNPNLDETVLATQTLNAK
            210       220                  230       240       250 

     300       310       320       330       340       350         
pF1KA1 RSLGFLPQPVPLSVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSL
        .:   :     :    ::       :: .:::.::.::  ::: ::::::::::.::::
NP_065 NGLTS-PLEPEHSQGDPRC-------NKAQVPLDSHSQQLQQGFPNLGNTCYMNAVLQSL
              260              270       280       290       300   

     360       370       380       390       400       410         
pF1KA1 FSLQSFANDLLKQGIPWKKIPLNALIRRFAHLLVKKDICNSETKKDLLKKVKNAISATAE
       :.. :::.::: ::.::. ::..:::  ...::. ::.:... :..:: .::..:::.::
NP_065 FAIPSFADDLLTQGVPWEYIPFEALIMTLTQLLALKDFCSTKIKRELLGNVKKVISAVAE
           310       320       330       340       350       360   

     420       430       440       450       460            470    
pF1KA1 RFSGYMQNDAHEFLSQCLDQLKEDMEKLNKTWKTEPISGEENS-PDI----SATRAYTCP
        ::: :::::::::.:::::::::::::: : .:    :.::: :..    .::....::
NP_065 IFSGNMQNDAHEFLGQCLDQLKEDMEKLNATLNTGKECGDENSSPQMHVGSAATKVFVCP
           370       380       390       400       410       420   

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pF1KA1 VITNLEFEVQHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEEL
       :..:.:::.: :.::::::. . : :  : :::.: .. ::::  :::.::::::. :::
NP_065 VVANFEFELQLSLICKACGHAVLKVEPNNYLSINLHQETKPLP-LSIQNSLDLFFKEEEL
           430       440       450       460        470       480  

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pF1KA1 EYSCEKCGGKCALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHC
       ::.:. :  :  ..:: :.:: ::::.:::::::: :  :  : ..:: ::. :.:::.:
NP_065 EYNCQMCKQKSCVARHTFSRLSRVLIIHLKRYSFNNAWLLV-KNNEQVYIPKSLSLSSYC
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pF1KA1 TENTKPPFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSED
       .:.::::. :. :: ..  . :..:: . : :.:: ::: :.: .:..::.: .. :.. 
NP_065 NESTKPPLPLSSSAPVGKCEVLEVSQEMISEINSPLTPSMKLTSESSDSLVLPVEPDKNA
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pF1KA1 ELKRSVALSQRLCEMLGNEQQQEDLEKDSKLCPIEPDKSELENSGFDR-MSEEELLAAVL
       .:.:     :: :   ..::.:.:::. : :      .::: .   :: ..:.:: .:  
NP_065 DLQRF----QRDCGDASQEQHQRDLENGSAL------ESELVHFR-DRAIGEKELPVADS
                 610       620             630        640       650

           720       730       740       750       760       770   
pF1KA1 EISKRDASPSLSHEDDDKPTSSPDTGFAEDDIQEMPENPDTMETEKPKTITELDPASFTE
        ... : :  . .::  :  ::::: ..:  .::.:..:. .. :: .:..:..  : ::
NP_065 LMDQGDISLPVMYEDGGKLISSPDTRLVEVHLQEVPQHPELQKYEKTNTFVEFNFDSVTE
              660       670       680       690       700       710

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pF1KA1 ITKDCDENKENKTPEGSQGEVDWLQQYDMEREREEQELQQALAQSLQEQEAWEQKEDDDL
        :.   . :::. :::::: .. :::  .:.   .. ::::   .... .: :. :.  :
NP_065 STNGFYDCKENRIPEGSQGMAEQLQQC-IEESIIDEFLQQAPPPGVRKLDAQEHTEET-L
              720       730        740       750       760         

           840       850       860       870       880       890   
pF1KA1 KRATELSLQEFNNSFVDALGSDEDSGNEDVFDMEYTEAEAEELKRNAETGNLPHSYRLIS
       ...::: ::. . . . ::::: . ::....: : :..::.:: ::.. :.  ..:::::
NP_065 NQSTELRLQKADLNHLGALGSD-NPGNKNILDAENTRGEAKELTRNVKMGDPLQAYRLIS
      770       780       790        800       810       820       

           900       910       920       930       940       950   
pF1KA1 VVSHIGSTSSSGHYISDVYDIKKQAWFTYNDLEVSKIQEAAVQSDRDRSGYIFFYMHKEI
       :::::::. .::::::::::..:::::::::: ::.:.:. .:  : .:::::::::. :
NP_065 VVSHIGSSPNSGHYISDVYDFQKQAWFTYNDLCVSEISETKMQEARLHSGYIFFYMHNGI
       830       840       850       860       870       880       

           960       970                  
pF1KA1 FDELLETEKNSQSLSTEVGKTTRQAS         
       :.:::.  .::.  ::..:                
NP_065 FEELLRKAENSRLPSTQAGVIPQGEYEGDSLYRPA
       890       900       910       920  

>>NP_114113 (OMIM: 300309) ubiquitin carboxyl-terminal h  (913 aa)
 initn: 1662 init1: 506 opt: 1061  Z-score: 819.7  bits: 163.0 E(85289): 6.4e-39
Smith-Waterman score: 2113; 42.4% identity (66.9% similar) in 984 aa overlap (1-977:1-912)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MSPLKIHGPIRIRSMQTGITKWKEGSFEIVEKENKVSLVVHYNTGGIPRIFQLSHNIKNV
       :. : ..: ..: . .:::.: ::. .: ::...:  ::.....:     :.:: ::.::
NP_114 MAALFLRGFVQIGNCKTGISKSKEAFIEAVERKKKDRLVLYFKSGKYST-FRLSDNIQNV
               10        20        30        40         50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 VLRPSGAKQSRLMLTLQDNSFLSIDKVPSKDAEEMRLFLDAVHQNRLPAAMKPSQGSGSF
       ::.   ..:..: ::::.:. : :. . : :::....::: ::::..   ..:..:.. :
NP_114 VLKSYRGNQNHLHLTLQNNNGLFIEGLSSTDAEQLKIFLDRVHQNEVQPPVRPGKGGSVF
      60        70        80        90       100       110         

              130        140       150       160       170         
pF1KA1 GAILGSRTSQKETSR-QLSYSDNQASAKRGSLETKDDIPFRKVLGNPGRGSIKTVAGSGI
            : :.::: .. ..   :...:.:  :.:              ..::     :.:.
NP_114 -----SSTTQKEINKTSFHKVDEKSSSK--SFEI-------------AKGS-----GTGV
          120       130       140                      150         

     180       190       200       210       220       230         
pF1KA1 ARTIPSLTSTSTPLRSGLLENRTEKRKRMISTGSELNEDYPKENDSSSNNKAMTDPSRKY
        . .: :::  :   . : ::. .:::::.:..::.::.. :::.:   .:. .: ::  
NP_114 LQRMPLLTSKLTLTCGELSENQHKKRKRMLSSSSEMNEEFLKENNSVEYKKSKADCSRC-
          160       170       180       190       200       210    

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pF1KA1 LTSSREKQLSLKQSEENRTSGLLPLQSSSFYGSRAGSKEHSSGGTNLDRTNVSSQTPSAK
       .. .:::::.::. :::.    :  .:: ..        ...:.  ::  ..  :. . :
NP_114 VSYNREKQLKLKELEENKK---LECESSCIM--------NATGNPYLDDIGLL-QALTEK
           220       230          240               250        260 

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pF1KA1 RSLGFLPQPVPLSVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSL
         : :: :           .. :: :.: .. .    ..  .:. ::::::::::.::::
NP_114 MVLVFLLQQ--------GYSDGYTKWDKLKLFFELFPEKICHGLPNLGNTCYMNAVLQSL
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pF1KA1 FSLQSFANDLLKQGIPWKKIPLNALIRRFAHLLVKKDICNSETKKDLLKKVKNAISATAE
       .:. :::.:::.:..:: :::::::   .:.::  ::  : : :. :: ..:.::::.::
NP_114 LSIPSFADDLLNQSFPWGKIPLNALTMCLARLLFFKDTYNIEIKEMLLLNLKKAISAAAE
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pF1KA1 RFSGYMQNDAHEFLSQCLDQLKEDMEKLNKTWKTEPISGEENSP-----DISATRAYTCP
        : :  ::::::::..::::::..:::::  :: .   ::.: :     :   : ...::
NP_114 IFHGNAQNDAHEFLAHCLDQLKDNMEKLNTIWKPKSEFGEDNFPKQVFADDPDTSGFSCP
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pF1KA1 VITNLEFEVQHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEEL
       ::::.:.:. ::: :::::..: : :  : :::.::.: :   : :::...:::: ::::
NP_114 VITNFELELLHSIACKACGQVILKTELNNYLSINLPQRIKA-HPSSIQSTFDLFFGAEEL
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pF1KA1 EYSCEKCGGKCALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHC
       ::.: ::  : ..  :.:.::::.::.::::::.:   .:. :  :.::: .:: .::::
NP_114 EYKCAKCEHKTSVGVHSFSRLPRILIVHLKRYSLNEFCALK-KNDQEVIISKYLKVSSHC
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pF1KA1 TENTKPPFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSED
       .:.:.::. :. .....  . ::. . ..:   : : :. :   .::. ::  . ::.:.
NP_114 NEGTRPPLPLSEDGEITDFQLLKVIRKMTSGNISVSWPATK---ESKDILAPHIGSDKES
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pF1KA1 ELKRSVALSQRLCEMLGNEQQQEDLEKDSKLCPIEPDKSELENSGFDR-MSEEELLAAVL
       : :..    : . .  . .:::. : :.::     :.. :   :: :: . :.: :: ..
NP_114 EQKKG----QTVFKGASRRQQQKYLGKNSK-----PNELESVYSG-DRAFIEKEPLAHLM
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pF1KA1 EISKRDASPSLSHEDDDKPTSSPDTGFAEDDIQEMPENPDTMETEKPKTITELDPASFTE
          . :.:    :.   ::.::: : ... :.: .::::   .  : . .. .:   . .
NP_114 TYLE-DTSLCQFHKAGGKPASSPGTPLSKVDFQTVPENPKRKKYVKTSKFVAFD--RIIN
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pF1KA1 ITKDCDENKENKTPEGSQGEVDWLQQYDMEREREEQELQQALAQSLQEQEAWEQKEDDDL
        :::  :.:. . ::  :   .  :: :  :   ::  :::: ::. .  .  : .  .:
NP_114 PTKDLYEDKNIRIPERFQKVSEQTQQCDGMRI-CEQAPQQALPQSFPKPGT--QGHTKNL
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pF1KA1 KRATELSLQEFNNSFVDALGSDEDSGNEDVFDMEYTEAEAEELKRNAETGNLPHSYRLIS
        : :.:.::. : . . ::::...  :.:..:    ...:.: ::: . :.  :.:::::
NP_114 LRPTKLNLQKSNRNSLLALGSNKNPRNKDILD--KIKSKAKETKRNDDKGD--HTYRLIS
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pF1KA1 VVSHIGSTSSSGHYISDVYDIKKQAWFTYNDLEVSKIQEAAVQSDRDRSGYIFFYMHKEI
       ::::.:.: .::::: :.::..:: ::::.:..:  :::: .: ::  .::::::::.::
NP_114 VVSHLGKTLKSGHYICDAYDFEKQIWFTYDDMRVLGIQEAQMQEDRRCTGYIFFYMHNEI
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           960       970         
pF1KA1 FDELLETEKNSQSLSTEVGKTTRQAS
       :.:.:. :.:.:  : :: .: ..  
NP_114 FEEMLKREENAQLNSKEVEETLQKE 
      890       900       910    

>>XP_016885381 (OMIM: 300309) PREDICTED: ubiquitin carbo  (913 aa)
 initn: 1662 init1: 506 opt: 1061  Z-score: 819.7  bits: 163.0 E(85289): 6.4e-39
Smith-Waterman score: 2113; 42.4% identity (66.9% similar) in 984 aa overlap (1-977:1-912)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MSPLKIHGPIRIRSMQTGITKWKEGSFEIVEKENKVSLVVHYNTGGIPRIFQLSHNIKNV
       :. : ..: ..: . .:::.: ::. .: ::...:  ::.....:     :.:: ::.::
XP_016 MAALFLRGFVQIGNCKTGISKSKEAFIEAVERKKKDRLVLYFKSGKYST-FRLSDNIQNV
               10        20        30        40         50         

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pF1KA1 VLRPSGAKQSRLMLTLQDNSFLSIDKVPSKDAEEMRLFLDAVHQNRLPAAMKPSQGSGSF
       ::.   ..:..: ::::.:. : :. . : :::....::: ::::..   ..:..:.. :
XP_016 VLKSYRGNQNHLHLTLQNNNGLFIEGLSSTDAEQLKIFLDRVHQNEVQPPVRPGKGGSVF
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pF1KA1 GAILGSRTSQKETSR-QLSYSDNQASAKRGSLETKDDIPFRKVLGNPGRGSIKTVAGSGI
            : :.::: .. ..   :...:.:  :.:              ..::     :.:.
XP_016 -----SSTTQKEINKTSFHKVDEKSSSK--SFEI-------------AKGS-----GTGV
          120       130       140                      150         

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pF1KA1 ARTIPSLTSTSTPLRSGLLENRTEKRKRMISTGSELNEDYPKENDSSSNNKAMTDPSRKY
        . .: :::  :   . : ::. .:::::.:..::.::.. :::.:   .:. .: ::  
XP_016 LQRMPLLTSKLTLTCGELSENQHKKRKRMLSSSSEMNEEFLKENNSVEYKKSKADCSRC-
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pF1KA1 LTSSREKQLSLKQSEENRTSGLLPLQSSSFYGSRAGSKEHSSGGTNLDRTNVSSQTPSAK
       .. .:::::.::. :::.    :  .:: ..        ...:.  ::  ..  :. . :
XP_016 VSYNREKQLKLKELEENKK---LECESSCIM--------NATGNPYLDDIGLL-QALTEK
           220       230          240               250        260 

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pF1KA1 RSLGFLPQPVPLSVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSL
         : :: :           .. :: :.: .. .    ..  .:. ::::::::::.::::
XP_016 MVLVFLLQQ--------GYSDGYTKWDKLKLFFELFPEKICHGLPNLGNTCYMNAVLQSL
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pF1KA1 FSLQSFANDLLKQGIPWKKIPLNALIRRFAHLLVKKDICNSETKKDLLKKVKNAISATAE
       .:. :::.:::.:..:: :::::::   .:.::  ::  : : :. :: ..:.::::.::
XP_016 LSIPSFADDLLNQSFPWGKIPLNALTMCLARLLFFKDTYNIEIKEMLLLNLKKAISAAAE
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pF1KA1 RFSGYMQNDAHEFLSQCLDQLKEDMEKLNKTWKTEPISGEENSP-----DISATRAYTCP
        : :  ::::::::..::::::..:::::  :: .   ::.: :     :   : ...::
XP_016 IFHGNAQNDAHEFLAHCLDQLKDNMEKLNTIWKPKSEFGEDNFPKQVFADDPDTSGFSCP
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pF1KA1 VITNLEFEVQHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEEL
       ::::.:.:. ::: :::::..: : :  : :::.::.: :   : :::...:::: ::::
XP_016 VITNFELELLHSIACKACGQVILKTELNNYLSINLPQRIKA-HPSSIQSTFDLFFGAEEL
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pF1KA1 EYSCEKCGGKCALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHC
       ::.: ::  : ..  :.:.::::.::.::::::.:   .:. :  :.::: .:: .::::
XP_016 EYKCAKCEHKTSVGVHSFSRLPRILIVHLKRYSLNEFCALK-KNDQEVIISKYLKVSSHC
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pF1KA1 TENTKPPFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSED
       .:.:.::. :. .....  . ::. . ..:   : : :. :   .::. ::  . ::.:.
XP_016 NEGTRPPLPLSEDGEITDFQLLKVIRKMTSGNISVSWPATK---ESKDILAPHIGSDKES
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pF1KA1 ELKRSVALSQRLCEMLGNEQQQEDLEKDSKLCPIEPDKSELENSGFDR-MSEEELLAAVL
       : :..    : . .  . .:::. : :.::     :.. :   :: :: . :.: :: ..
XP_016 EQKKG----QTVFKGASRRQQQKYLGKNSK-----PNELESVYSG-DRAFIEKEPLAHLM
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pF1KA1 EISKRDASPSLSHEDDDKPTSSPDTGFAEDDIQEMPENPDTMETEKPKTITELDPASFTE
          . :.:    :.   ::.::: : ... :.: .::::   .  : . .. .:   . .
XP_016 TYLE-DTSLCQFHKAGGKPASSPGTPLSKVDFQTVPENPKRKKYVKTSKFVAFD--RIIN
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pF1KA1 ITKDCDENKENKTPEGSQGEVDWLQQYDMEREREEQELQQALAQSLQEQEAWEQKEDDDL
        :::  :.:. . ::  :   .  :: :  :   ::  :::: ::. .  .  : .  .:
XP_016 PTKDLYEDKNIRIPERFQKVSEQTQQCDGMRI-CEQAPQQALPQSFPKPGT--QGHTKNL
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pF1KA1 KRATELSLQEFNNSFVDALGSDEDSGNEDVFDMEYTEAEAEELKRNAETGNLPHSYRLIS
        : :.:.::. : . . ::::...  :.:..:    ...:.: ::: . :.  :.:::::
XP_016 LRPTKLNLQKSNRNSLLALGSNKNPRNKDILD--KIKSKAKETKRNDDKGD--HTYRLIS
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       ::::.:.: .::::: :.::..:: ::::.:..:  :::: .: ::  .::::::::.::
XP_016 VVSHLGKTLKSGHYICDAYDFEKQIWFTYDDMRVLGIQEAQMQEDRRCTGYIFFYMHNEI
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pF1KA1 FDELLETEKNSQSLSTEVGKTTRQAS
       :.:.:. :.:.:  : :: .: ..  
XP_016 FEEMLKREENAQLNSKEVEETLQKE 
      890       900       910    

>>XP_016864046 (OMIM: 612849) PREDICTED: ubiquitin carbo  (341 aa)
 initn: 249 init1: 102 opt: 316  Z-score: 257.2  bits: 57.5 E(85289): 1.4e-07
Smith-Waterman score: 316; 30.0% identity (57.7% similar) in 260 aa overlap (342-590:36-282)

             320       330       340       350       360       370 
pF1KA1 SVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSLFSLQSFANDLLK
                                     :. :.::::: :..::.:.  . : ...: 
XP_016 IASICNMGTNASALEKDIGPEQFPINEHYFGLVNFGNTCYCNSVLQALYFCRPFRENVLA
          10        20        30        40        50        60     

             380       390       400         410       420         
pF1KA1 QGIPWKKIPLNALIRRFAHLLVKKDICNSETKKDLL--KKVKNAISATAERFSGYMQNDA
            ::   . :.  .: :.  ..: ... :  ..  ::  . .    . :..:::.::
XP_016 YKAQQKKK--ENLLTCLADLF--HSIATQKKKVGVIPPKKFISRLRKENDLFDNYMQQDA
          70          80          90       100       110       120 

     430           440         450         460       470       480 
pF1KA1 HEFLSQCL----DQLKED--MEKLNKTWKTEPIS--GEENSPDISATRAYTCPVITNLEF
       ::::.  :    : :.:.  .:: :   :.  ..  .:.:.:... ..     ..::   
XP_016 HEFLNYLLNTIADILQEEKKQEKQNGKLKNGNMNEPAENNKPELTWVHEIFQGTLTN---
             130       140       150       160       170           

             490       500       510       520       530       540 
pF1KA1 EVQHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEELEYSCEKC
       :..    :  :  .  : :.: :::.:.  ...    . ..:  .      : .: :: :
XP_016 ETR----CLNCETVSSKDEDFLDLSVDV--EQNTSITHCLRDFSNTETLCSEQKYYCETC
      180           190       200         210       220       230  

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pF1KA1 GGKC-ALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHCTENTKP
        .:  :  : . ..:: .: :::::...   :   .:.. .:..:  : :          
XP_016 CSKQEAQKRMRVKKLPMILALHLKRFKYMEQLHRYTKLSYRVVFPLELRLFNTSSDAVNL
            240       250       260       270       280       290  

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pF1KA1 PFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSEDELKRSV
                                                                   
XP_016 DRMYDLVAVVVHCGSGPNRGHYITIVKSHGFWLLFDDDIVEVGLQIILQ           
            300       310       320       330       340            

>>NP_001127695 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-termina  (359 aa)
 initn: 286 init1: 102 opt: 316  Z-score: 256.9  bits: 57.5 E(85289): 1.4e-07
Smith-Waterman score: 316; 30.0% identity (57.7% similar) in 260 aa overlap (342-590:29-275)

             320       330       340       350       360       370 
pF1KA1 SVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSLFSLQSFANDLLK
                                     :. :.::::: :..::.:.  . : ...: 
NP_001   MNCFQGTNASALEKDIGPEQFPINEHYFGLVNFGNTCYCNSVLQALYFCRPFRENVLA
                 10        20        30        40        50        

             380       390       400         410       420         
pF1KA1 QGIPWKKIPLNALIRRFAHLLVKKDICNSETKKDLL--KKVKNAISATAERFSGYMQNDA
            ::   . :.  .: :.  ..: ... :  ..  ::  . .    . :..:::.::
NP_001 YKAQQKKK--ENLLTCLADLF--HSIATQKKKVGVIPPKKFISRLRKENDLFDNYMQQDA
       60          70          80        90       100       110    

     430           440         450         460       470       480 
pF1KA1 HEFLSQCL----DQLKED--MEKLNKTWKTEPIS--GEENSPDISATRAYTCPVITNLEF
       ::::.  :    : :.:.  .:: :   :.  ..  .:.:.:... ..     ..::   
NP_001 HEFLNYLLNTIADILQEEKKQEKQNGKLKNGNMNEPAENNKPELTWVHEIFQGTLTN---
          120       130       140       150       160       170    

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pF1KA1 EVQHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEELEYSCEKC
       :..    :  :  .  : :.: :::.:.  ...    . ..:  .      : .: :: :
NP_001 ETR----CLNCETVSSKDEDFLDLSVDV--EQNTSITHCLRDFSNTETLCSEQKYYCETC
                 180       190         200       210       220     

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pF1KA1 GGKC-ALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHCTENTKP
        .:  :  : . ..:: .: :::::...   :   .:.. .:..:  : :          
NP_001 CSKQEAQKRMRVKKLPMILALHLKRFKYMEQLHRYTKLSYRVVFPLELRLFNTSSDAVNL
         230       240       250       260       270       280     

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 PFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSEDELKRSV
                                                                   
NP_001 DRMYDLVAVVVHCGSGPNRGHYITIVKSHGFWLLFDDDIVEKIDAQAIEEFYGLTSDISK
         290       300       310       320       330       340     

>>NP_073743 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-terminal h  (366 aa)
 initn: 286 init1: 102 opt: 316  Z-score: 256.8  bits: 57.6 E(85289): 1.4e-07
Smith-Waterman score: 316; 30.0% identity (57.7% similar) in 260 aa overlap (342-590:36-282)

             320       330       340       350       360       370 
pF1KA1 SVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSLFSLQSFANDLLK
                                     :. :.::::: :..::.:.  . : ...: 
NP_073 IASICNMGTNASALEKDIGPEQFPINEHYFGLVNFGNTCYCNSVLQALYFCRPFRENVLA
          10        20        30        40        50        60     

             380       390       400         410       420         
pF1KA1 QGIPWKKIPLNALIRRFAHLLVKKDICNSETKKDLL--KKVKNAISATAERFSGYMQNDA
            ::   . :.  .: :.  ..: ... :  ..  ::  . .    . :..:::.::
NP_073 YKAQQKKK--ENLLTCLADLF--HSIATQKKKVGVIPPKKFISRLRKENDLFDNYMQQDA
          70          80          90       100       110       120 

     430           440         450         460       470       480 
pF1KA1 HEFLSQCL----DQLKED--MEKLNKTWKTEPIS--GEENSPDISATRAYTCPVITNLEF
       ::::.  :    : :.:.  .:: :   :.  ..  .:.:.:... ..     ..::   
NP_073 HEFLNYLLNTIADILQEEKKQEKQNGKLKNGNMNEPAENNKPELTWVHEIFQGTLTN---
             130       140       150       160       170           

             490       500       510       520       530       540 
pF1KA1 EVQHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEELEYSCEKC
       :..    :  :  .  : :.: :::.:.  ...    . ..:  .      : .: :: :
NP_073 ETR----CLNCETVSSKDEDFLDLSVDV--EQNTSITHCLRDFSNTETLCSEQKYYCETC
      180           190       200         210       220       230  

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 GGKC-ALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHCTENTKP
        .:  :  : . ..:: .: :::::...   :   .:.. .:..:  : :          
NP_073 CSKQEAQKRMRVKKLPMILALHLKRFKYMEQLHRYTKLSYRVVFPLELRLFNTSSDAVNL
            240       250       260       270       280       290  

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 PFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSEDELKRSV
                                                                   
NP_073 DRMYDLVAVVVHCGSGPNRGHYITIVKSHGFWLLFDDDIVEKIDAQAIEEFYGLTSDISK
            300       310       320       330       340       350  

>>NP_001273696 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-termina  (354 aa)
 initn: 198 init1:  90 opt: 241  Z-score: 199.8  bits: 47.0 E(85289): 0.00022
Smith-Waterman score: 241; 27.5% identity (55.9% similar) in 247 aa overlap (355-590:37-270)

          330       340       350       360       370       380    
pF1KA1 WNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSLFSLQSFANDLLKQGIPWKKIPLNAL
                                     ....:.  . : ...:      ::   . :
NP_001 ASICNMGTNASALEKDIGPEQFPINEHYFGLVNALYFCRPFRENVLAYKAQQKKK--ENL
         10        20        30        40        50        60      

          390       400         410       420       430            
pF1KA1 IRRFAHLLVKKDICNSETKKDLL--KKVKNAISATAERFSGYMQNDAHEFLSQCL----D
       .  .: :.  ..: ... :  ..  ::  . .    . :..:::.::::::.  :    :
NP_001 LTCLADLF--HSIATQKKKVGVIPPKKFISRLRKENDLFDNYMQQDAHEFLNYLLNTIAD
           70          80        90       100       110       120  

      440         450         460       470       480       490    
pF1KA1 QLKED--MEKLNKTWKTEPIS--GEENSPDISATRAYTCPVITNLEFEVQHSIICKACGE
        :.:.  .:: :   :.  ..  .:.:.:... ..     ..::   :..    :  :  
NP_001 ILQEEKKQEKQNGKLKNGNMNEPAENNKPELTWVHEIFQGTLTN---ETR----CLNCET
            130       140       150       160              170     

          500       510       520       530       540        550   
pF1KA1 IIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEELEYSCEKCGGKC-ALVRHKFN
       .  : :.: :::.:. .  .    . ..:  .      : .: :: : .:  :  : . .
NP_001 VSSKDEDFLDLSVDVEQNTSIT--HCLRDFSNTETLCSEQKYYCETCCSKQEAQKRMRVK
         180       190         200       210       220       230   

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pF1KA1 RLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHCTENTKPPFTLGWSAHMAIS
       .:: .: :::::...   :   .:.. .:..:  : :                       
NP_001 KLPMILALHLKRFKYMEQLHRYTKLSYRVVFPLELRLFNTSSDAVNLDRMYDLVAVVVHC
           240       250       260       270       280       290   

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pF1KA1 RPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSEDELKRSVALSQRLCEMLGNE
                                                                   
NP_001 GSGPNRGHYITIVKSHGFWLLFDDDIVEKIDAQAIEEFYGLTSDISKNSESGYILFYQSR
           300       310       320       330       340       350   

>>XP_016861124 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin carbo  (871 aa)
 initn: 277 init1: 138 opt: 245  Z-score: 197.6  bits: 47.8 E(85289): 0.00029
Smith-Waterman score: 251; 25.6% identity (53.7% similar) in 367 aa overlap (342-686:51-386)

             320       330       340       350       360           
pF1KA1 SVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSLFS---LQSFAND
                                     :. ::::::.::...::: .   :..: .:
XP_016 VPPMPHSPVSGDSVEEEEEEEKKVCLPGFTGLVNLGNTCFMNSVIQSLSNTRELRDFFHD
               30        40        50        60        70        80

      370       380          390       400       410       420     
pF1KA1 LLKQGIPWKKIPLNA---LIRRFAHLLVKKDICNSETKKDLLKKVKNAISATAERFSGYM
          ..    . ::..   :   :: ::  . . ..  .    .:.:  ... : .:.:: 
XP_016 RSFEAEINYNNPLGTGGRLAIGFAVLL--RALWKGTHHAFQPSKLKAIVASKASQFTGYA
               90       100         110       120       130        

         430       440       450       460       470       480     
pF1KA1 QNDAHEFLSQCLDQLKEDMEKLNKTWKTEPISGEENSPDISATRAYTCPVITNLEFEV--
       :.::.::..  :: :.::......   :: ....    .. : .:.    . :  : :  
XP_016 QHDAQEFMAFLLDGLHEDLNRIQNKPYTETVDSDGRPDEVVAEEAWQRHKMRNDSFIVDL
      140       150       160       170       180       190        

                490       500       510       520       530        
pF1KA1 -----QHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEELEYSC
            . ...: .:...    . :  : . ::...: ::         .:. :.: . . 
XP_016 FQGQYKSKLVCPVCAKVSITFDPFLYLPVPLPQKQKVLP---------VFYFAREPHSKP
      200       210       220       230                240         

      540           550       560       570       580       590    
pF1KA1 EK----CGGKCALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHC
        :     . . . . . .. : . .  :.:  .. .:  ..:.. ..:..:      :: 
XP_016 IKFLVSVSKENSTASEVLDSLSQSV--HVKPENLRLAEVIKNRF-HRVFLP------SHS
     250       260       270         280       290              300

          600       610       620       630       640        650   
pF1KA1 TENTKPPFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCL-DSDSE
        ....:  ::    ..  :.  :   .:      :..::  .     :. : :   ..::
XP_016 LDTVSPSDTL-LCFELLSSELAKERVVVLEVQQRPQVPSVPI-----SKCAACQRKQQSE
              310        320       330       340            350    

            660       670         680        690       700         
pF1KA1 DE-LKRSVALSQRLCEMLG--NEQQQEDLEKDSK-LCPIEPDKSELENSGFDRMSEEELL
       :: ::: .      :  .:  :.  :.    : : ::                       
XP_016 DEKLKRCTR-----CYRVGYCNQLCQKTHWPDHKGLCRPENIGYPFLVSVPASRLTYARL
          360            370       380       390       400         

     710       720       730       740       750       760         
pF1KA1 AAVLEISKRDASPSLSHEDDDKPTSSPDTGFAEDDIQEMPENPDTMETEKPKTITELDPA
                                                                   
XP_016 AQLLEGYARYSVSVFQPPFQPGRMALESQSPGCTTLLSTGSLEAGDSERDPIQPPELQLV
     410       420       430       440       450       460         

>>XP_005264888 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin carbo  (1268 aa)
 initn: 277 init1: 138 opt: 245  Z-score: 195.3  bits: 48.0 E(85289): 0.00038
Smith-Waterman score: 258; 25.2% identity (53.0% similar) in 449 aa overlap (272-686:409-820)

             250       260       270       280          290        
pF1KA1 SSREKQLSLKQSEENRTSGLLPLQSSSFYGSRAGSKEHS---SGGTNLDRTNVSSQTPSA
                                     .::  :..:   :  :.::  .:...::  
XP_005 GAKVAVPTGPTPLDSTPPGGAPHPLTGQEEARAVEKDKSKARSEDTGLD--SVATRTPME
      380       390       400       410       420         430      

      300        310          320       330         340            
pF1KA1 KRSLGFLPQP-VPLSVKKLRCN---QDYTGWNKPRVPLSSHQQQQ--LQGFS---NLGNT
       . .    :.: . :.  :  :    . ..  .   :    .....  : ::.   :::::
XP_005 HVT----PKPETHLASPKPTCMVPPMPHSPVSGDSVEEEEEEEKKVCLPGFTGLVNLGNT
            440       450       460       470       480       490  

     350       360          370       380          390       400   
pF1KA1 CYMNAILQSLFS---LQSFANDLLKQGIPWKKIPLNA---LIRRFAHLLVKKDICNSETK
       :.::...::: .   :..: .:   ..    . ::..   :   :: ::  . . ..  .
XP_005 CFMNSVIQSLSNTRELRDFFHDRSFEAEINYNNPLGTGGRLAIGFAVLL--RALWKGTHH
            500       510       520       530       540         550

           410       420       430       440       450       460   
pF1KA1 KDLLKKVKNAISATAERFSGYMQNDAHEFLSQCLDQLKEDMEKLNKTWKTEPISGEENSP
           .:.:  ... : .:.:: :.::.::..  :: :.::......   :: ....    
XP_005 AFQPSKLKAIVASKASQFTGYAQHDAQEFMAFLLDGLHEDLNRIQNKPYTETVDSDGRPD
              560       570       580       590       600       610

           470       480              490       500       510      
pF1KA1 DISATRAYTCPVITNLEFEV-------QHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPL
       .. : .:.    . :  : :       . ...: .:...    . :  : . ::...: :
XP_005 EVVAEEAWQRHKMRNDSFIVDLFQGQYKSKLVCPVCAKVSITFDPFLYLPVPLPQKQKVL
              620       630       640       650       660       670

        520       530       540           550       560       570  
pF1KA1 PPRSIQDSLDLFFRAEELEYSCEK----CGGKCALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVAL
       :         .:. :.: . .  :     . . . . . .. : . .  :.:  .. .: 
XP_005 P---------VFYFAREPHSKPIKFLVSVSKENSTASEVLDSLSQSV--HVKPENLRLAE
                       680       690       700         710         

            580       590       600       610       620       630  
pF1KA1 SLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHCTENTKPPFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTP
        ..:.. ..:..:      ::  ....:  ::    ..  :.  :   .:      :..:
XP_005 VIKNRF-HRVFLP------SHSLDTVSPSDTL-LCFELLSSELAKERVVVLEVQQRPQVP
     720        730             740        750       760       770 

            640        650        660       670         680        
pF1KA1 SKKFTFKSKSSLALCL-DSDSEDE-LKRSVALSQRLCEMLG--NEQQQEDLEKDSK-LCP
       :  .     :. : :   ..:::: ::: .      :  .:  :.  :.    : : :: 
XP_005 SVPI-----SKCAACQRKQQSEDEKLKRCTR-----CYRVGYCNQLCQKTHWPDHKGLCR
                  780       790            800       810       820 

       690       700       710       720       730       740       
pF1KA1 IEPDKSELENSGFDRMSEEELLAAVLEISKRDASPSLSHEDDDKPTSSPDTGFAEDDIQE
                                                                   
XP_005 PENIGYPFLVSVPASRLTYARLAQLLEGYARYSVSVFQPPFQPGRMALESQSPGCTTLLS
             830       840       850       860       870       880 

>>XP_016861123 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin carbo  (1270 aa)
 initn: 277 init1: 138 opt: 245  Z-score: 195.3  bits: 48.0 E(85289): 0.00038
Smith-Waterman score: 258; 25.2% identity (53.0% similar) in 449 aa overlap (272-686:411-822)

             250       260       270       280          290        
pF1KA1 SSREKQLSLKQSEENRTSGLLPLQSSSFYGSRAGSKEHS---SGGTNLDRTNVSSQTPSA
                                     .::  :..:   :  :.::  .:...::  
XP_016 GAKVAVPTGPTPLDSTPPGGAPHPLTGQEEARAVEKDKSKARSEDTGLD--SVATRTPME
              390       400       410       420         430        

      300        310          320       330         340            
pF1KA1 KRSLGFLPQP-VPLSVKKLRCN---QDYTGWNKPRVPLSSHQQQQ--LQGFS---NLGNT
       . .    :.: . :.  :  :    . ..  .   :    .....  : ::.   :::::
XP_016 HVT----PKPETHLASPKPTCMVPPMPHSPVSGDSVEEEEEEEKKVCLPGFTGLVNLGNT
      440           450       460       470       480       490    

     350       360          370       380          390       400   
pF1KA1 CYMNAILQSLFS---LQSFANDLLKQGIPWKKIPLNA---LIRRFAHLLVKKDICNSETK
       :.::...::: .   :..: .:   ..    . ::..   :   :: ::  . . ..  .
XP_016 CFMNSVIQSLSNTRELRDFFHDRSFEAEINYNNPLGTGGRLAIGFAVLL--RALWKGTHH
          500       510       520       530       540         550  

           410       420       430       440       450       460   
pF1KA1 KDLLKKVKNAISATAERFSGYMQNDAHEFLSQCLDQLKEDMEKLNKTWKTEPISGEENSP
           .:.:  ... : .:.:: :.::.::..  :: :.::......   :: ....    
XP_016 AFQPSKLKAIVASKASQFTGYAQHDAQEFMAFLLDGLHEDLNRIQNKPYTETVDSDGRPD
            560       570       580       590       600       610  

           470       480              490       500       510      
pF1KA1 DISATRAYTCPVITNLEFEV-------QHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPL
       .. : .:.    . :  : :       . ...: .:...    . :  : . ::...: :
XP_016 EVVAEEAWQRHKMRNDSFIVDLFQGQYKSKLVCPVCAKVSITFDPFLYLPVPLPQKQKVL
            620       630       640       650       660       670  

        520       530       540           550       560       570  
pF1KA1 PPRSIQDSLDLFFRAEELEYSCEK----CGGKCALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVAL
       :         .:. :.: . .  :     . . . . . .. : . .  :.:  .. .: 
XP_016 P---------VFYFAREPHSKPIKFLVSVSKENSTASEVLDSLSQSV--HVKPENLRLAE
                     680       690       700       710         720 

            580       590       600       610       620       630  
pF1KA1 SLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHCTENTKPPFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTP
        ..:.. ..:..:      ::  ....:  ::    ..  :.  :   .:      :..:
XP_016 VIKNRF-HRVFLP------SHSLDTVSPSDTL-LCFELLSSELAKERVVVLEVQQRPQVP
              730             740        750       760       770   

            640        650        660       670         680        
pF1KA1 SKKFTFKSKSSLALCL-DSDSEDE-LKRSVALSQRLCEMLG--NEQQQEDLEKDSK-LCP
       :  .     :. : :   ..:::: ::: .      :  .:  :.  :.    : : :: 
XP_016 SVPI-----SKCAACQRKQQSEDEKLKRCTR-----CYRVGYCNQLCQKTHWPDHKGLCR
                780       790            800       810       820   

       690       700       710       720       730       740       
pF1KA1 IEPDKSELENSGFDRMSEEELLAAVLEISKRDASPSLSHEDDDKPTSSPDTGFAEDDIQE
                                                                   
XP_016 PENIGYPFLVSVPASRLTYARLAQLLEGYARYSVSVFQPPFQPGRMALESQSPGCTTLLS
           830       840       850       860       870       880   




979 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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