Result of FASTA (ccds) for pFN21AB7844
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7844, 587 aa
  1>>>pF1KB7844 587 - 587 aa - 587 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5719+/-0.00103; mu= 8.2599+/- 0.061
 mean_var=127.9502+/-25.518, 0's: 0 Z-trim(107.9): 32  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.113385
 statistics sampled from 9873 (9896) to 9873 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.666), E-opt: 0.2 (0.304), width:  16
 Scan time:  3.380

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS74515.1 REL gene_id:5966|Hs108|chr2            ( 587) 4001 666.2 3.2e-191
CCDS1864.1 REL gene_id:5966|Hs108|chr2             ( 619) 2178 368.0  2e-101
CCDS31609.1 RELA gene_id:5970|Hs108|chr11          ( 551) 1327 228.8 1.4e-59
CCDS73322.1 RELA gene_id:5970|Hs108|chr11          ( 448) 1320 227.6 2.7e-59
CCDS44651.1 RELA gene_id:5970|Hs108|chr11          ( 548) 1305 225.2 1.7e-58
CCDS46110.1 RELB gene_id:5971|Hs108|chr19          ( 579)  975 171.2 3.3e-42
CCDS41565.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10         ( 899)  523 97.3 8.6e-20
CCDS41564.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10         ( 900)  523 97.3 8.6e-20
CCDS54783.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4          ( 968)  362 71.0 7.8e-12
CCDS3657.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4           ( 969)  360 70.7 9.7e-12


>>CCDS74515.1 REL gene_id:5966|Hs108|chr2                 (587 aa)
 initn: 4001 init1: 4001 opt: 4001  Z-score: 3546.4  bits: 666.2 E(32554): 3.2e-191
Smith-Waterman score: 4001; 100.0% identity (100.0% similar) in 587 aa overlap (1-587:1-587)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MASGAYNPYIEIIEQPRQRGMRFRYKCEGRSAGSIPGEHSTDNNRTYPSIQIMNYYGKGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 MASGAYNPYIEIIEQPRQRGMRFRYKCEGRSAGSIPGEHSTDNNRTYPSIQIMNYYGKGK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 VRITLVTKNDPYKPHPHDLVGKDCRDGYYEAEFGQERRPLFFQNLGIRCVKKKEVKEAII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 VRITLVTKNDPYKPHPHDLVGKDCRDGYYEAEFGQERRPLFFQNLGIRCVKKKEVKEAII
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 TRIKAGINPFNVPEKQLNDIEDCDLNVVRLCFQVFLPDEHGNLTTALPPVVSNPIYDNRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 TRIKAGINPFNVPEKQLNDIEDCDLNVVRLCFQVFLPDEHGNLTTALPPVVSNPIYDNRA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 PNTAELRICRVNKNCGSVRGGDEIFLLCDKVQKDDIEVRFVLNDWEAKGIFSQADVHRQV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PNTAELRICRVNKNCGSVRGGDEIFLLCDKVQKDDIEVRFVLNDWEAKGIFSQADVHRQV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 AIVFKTPPYCKAITEPVTVKMQLRRPSDQEVSESMDFRYLPDEKDTYGNKAKKQKTTLLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 AIVFKTPPYCKAITEPVTVKMQLRRPSDQEVSESMDFRYLPDEKDTYGNKAKKQKTTLLF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 QKLCQDHVNFPERPRPGLLGSIGEGRYFKKEPNLFSHDAVVREMPTGVSSQAESYYPSPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 QKLCQDHVNFPERPRPGLLGSIGEGRYFKKEPNLFSHDAVVREMPTGVSSQAESYYPSPG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 PISSGLSHHASMAPLPSSSWSSVAHPTPRSGNTNPLSSFSTRTLPSNSQGIPPFLRIPVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PISSGLSHHASMAPLPSSSWSSVAHPTPRSGNTNPLSSFSTRTLPSNSQGIPPFLRIPVG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 NDLNASNACIYNNADDIVGMEASSMPSADLYGISDPNMLSNCSVNMMTTSSDSMGETDNP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 NDLNASNACIYNNADDIVGMEASSMPSADLYGISDPNMLSNCSVNMMTTSSDSMGETDNP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB7 RLLSMNLENPSCNSVLDPRDLRQLHQMSSSSMSAGANSNTTVFVSQSDAFEGSDFSCADN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 RLLSMNLENPSCNSVLDPRDLRQLHQMSSSSMSAGANSNTTVFVSQSDAFEGSDFSCADN
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       
pF1KB7 SMINESGPSNSTNPNSHGFVQDSQYSGIGSMQNEQLSDSFPYEFFQV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SMINESGPSNSTNPNSHGFVQDSQYSGIGSMQNEQLSDSFPYEFFQV
              550       560       570       580       

>>CCDS1864.1 REL gene_id:5966|Hs108|chr2                  (619 aa)
 initn: 2120 init1: 2120 opt: 2178  Z-score: 1934.4  bits: 368.0 E(32554): 2e-101
Smith-Waterman score: 3927; 94.8% identity (94.8% similar) in 619 aa overlap (1-587:1-619)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MASGAYNPYIEIIEQPRQRGMRFRYKCEGRSAGSIPGEHSTDNNRTYPSIQIMNYYGKGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 MASGAYNPYIEIIEQPRQRGMRFRYKCEGRSAGSIPGEHSTDNNRTYPSIQIMNYYGKGK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 VRITLVTKNDPYKPHPHDLVGKDCRDGYYEAEFGQERRPLFFQNLGIRCVKKKEVKEAII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 VRITLVTKNDPYKPHPHDLVGKDCRDGYYEAEFGQERRPLFFQNLGIRCVKKKEVKEAII
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 TRIKAGINPFNVPEKQLNDIEDCDLNVVRLCFQVFLPDEHGNLTTALPPVVSNPIYDNRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 TRIKAGINPFNVPEKQLNDIEDCDLNVVRLCFQVFLPDEHGNLTTALPPVVSNPIYDNRA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 PNTAELRICRVNKNCGSVRGGDEIFLLCDKVQKDDIEVRFVLNDWEAKGIFSQADVHRQV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 PNTAELRICRVNKNCGSVRGGDEIFLLCDKVQKDDIEVRFVLNDWEAKGIFSQADVHRQV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 AIVFKTPPYCKAITEPVTVKMQLRRPSDQEVSESMDFRYLPDEKDTYGNKAKKQKTTLLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 AIVFKTPPYCKAITEPVTVKMQLRRPSDQEVSESMDFRYLPDEKDTYGNKAKKQKTTLLF
              250       260       270       280       290       300

                                              310       320        
pF1KB7 QKLCQDHV--------------------------------NFPERPRPGLLGSIGEGRYF
       ::::::::                                ::::::::::::::::::::
CCDS18 QKLCQDHVETGFRHVDQDGLELLTSGDPPTLASQSAGITVNFPERPRPGLLGSIGEGRYF
              310       320       330       340       350       360

      330       340       350       360       370       380        
pF1KB7 KKEPNLFSHDAVVREMPTGVSSQAESYYPSPGPISSGLSHHASMAPLPSSSWSSVAHPTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 KKEPNLFSHDAVVREMPTGVSSQAESYYPSPGPISSGLSHHASMAPLPSSSWSSVAHPTP
              370       380       390       400       410       420

      390       400       410       420       430       440        
pF1KB7 RSGNTNPLSSFSTRTLPSNSQGIPPFLRIPVGNDLNASNACIYNNADDIVGMEASSMPSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 RSGNTNPLSSFSTRTLPSNSQGIPPFLRIPVGNDLNASNACIYNNADDIVGMEASSMPSA
              430       440       450       460       470       480

      450       460       470       480       490       500        
pF1KB7 DLYGISDPNMLSNCSVNMMTTSSDSMGETDNPRLLSMNLENPSCNSVLDPRDLRQLHQMS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 DLYGISDPNMLSNCSVNMMTTSSDSMGETDNPRLLSMNLENPSCNSVLDPRDLRQLHQMS
              490       500       510       520       530       540

      510       520       530       540       550       560        
pF1KB7 SSSMSAGANSNTTVFVSQSDAFEGSDFSCADNSMINESGPSNSTNPNSHGFVQDSQYSGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 SSSMSAGANSNTTVFVSQSDAFEGSDFSCADNSMINESGPSNSTNPNSHGFVQDSQYSGI
              550       560       570       580       590       600

      570       580       
pF1KB7 GSMQNEQLSDSFPYEFFQV
       :::::::::::::::::::
CCDS18 GSMQNEQLSDSFPYEFFQV
              610         

>>CCDS31609.1 RELA gene_id:5970|Hs108|chr11               (551 aa)
 initn: 1095 init1: 613 opt: 1327  Z-score: 1182.9  bits: 228.8 E(32554): 1.4e-59
Smith-Waterman score: 1327; 46.9% identity (70.7% similar) in 461 aa overlap (5-461:16-465)

                          10        20        30        40         
pF1KB7            MASGAYNPYIEIIEQPRQRGMRFRYKCEGRSAGSIPGEHSTDNNRTYPS
                      : .::.::::::.:::::::::::::::::::::.:::...:.:.
CCDS31 MDELFPLIFPAEPAQASGPYVEIIEQPKQRGMRFRYKCEGRSAGSIPGERSTDTTKTHPT
               10        20        30        40        50        60

      50        60        70        80        90       100         
pF1KB7 IQIMNYYGKGKVRITLVTKNDPYKPHPHDLVGKDCRDGYYEAEFGQERRPLFFQNLGIRC
       :.: .: : : :::.::::. :..::::.:::::::::.::::.  .:    ::::::.:
CCDS31 IKINGYTGPGTVRISLVTKDPPHRPHPHELVGKDCRDGFYEAELCPDRCIHSFQNLGIQC
               70        80        90       100       110       120

     110       120       130        140       150       160        
pF1KB7 VKKKEVKEAIITRIKAGINPFNVP-EKQLNDIEDCDLNVVRLCFQVFLPDEHGNLTTALP
       :::.....::  ::... :::.:: :.: .:    :::.::::::: . :  :     ::
CCDS31 VKKRDLEQAISQRIQTNNNPFQVPIEEQRGDY---DLNAVRLCFQVTVRDPSGR-PLRLP
              130       140       150          160       170       

      170       180       190       200       210       220        
pF1KB7 PVVSNPIYDNRAPNTAELRICRVNKNCGSVRGGDEIFLLCDKVQKDDIEVRFVLNDWEAK
       ::.:.::.::::::::::.:::::.: ::  ::::::::::::::.:::: :.   :::.
CCDS31 PVLSHPIFDNRAPNTAELKICRVNRNSGSCLGGDEIFLLCDKVQKEDIEVYFTGPGWEAR
        180       190       200       210       220       230      

      230       240       250        260       270       280       
pF1KB7 GIFSQADVHRQVAIVFKTPPYCK-AITEPVTVKMQLRRPSDQEVSESMDFRYLPDEKDTY
       : ::::::::::::::.::::   ..  :: :.::::::::.:.:: :.:.::::  : .
CCDS31 GSFSQADVHRQVAIVFRTPPYADPSLQAPVRVSMQLRRPSDRELSEPMEFQYLPDTDDRH
        240       250       260       270       280       290      

       290       300        310       320       330       340      
pF1KB7 GNKAKKQKTTLLFQKLCQDH-VNFPERPRPGLLGSIGEGRYFKKEPNLFSHDAVVREMPT
         . :...:   :... .    . :  :::        .:   . :.   .      . .
CCDS31 RIEEKRKRTYETFKSIMKKSPFSGPTDPRPPPRRIAVPSRSSASVPKPAPQP---YPFTS
        300       310       320       330       340          350   

        350       360       370       380       390       400      
pF1KB7 GVSSQAESYYPSPGPISSGLSHHASMAPLPSSSWSSVAHPTPRSGNTNPLSSFSTRTLPS
       ..:.   . .:.    :. .:. ...:: : .   ..  :.:  . .. :.. .   .: 
CCDS31 SLSTINYDEFPTMVFPSGQISQASALAPAPPQVLPQAPAPAPAPAMVSALAQ-APAPVPV
           360       370       380       390       400        410  

        410       420       430       440       450        460     
pF1KB7 NSQGIPPFLRIPVGNDLNASNACIYNNADDIVGMEASSMPSADLYGIS-DPNMLSNCSVN
        . : :  .  :. .  .:... .   .. .. .. ..   . : : : :: ....    
CCDS31 LAPGPPQAVAPPAPKPTQAGEGTL---SEALLQLQFDDEDLGALLGNSTDPAVFTDLASV
            420       430          440       450       460         

         470       480       490       500       510       520     
pF1KB7 MMTTSSDSMGETDNPRLLSMNLENPSCNSVLDPRDLRQLHQMSSSSMSAGANSNTTVFVS
                                                                   
CCDS31 DNSEFQQLLNQGIPVAPHTTEPMLMEYPEAITRLVTGAQRPPDPAPAPLGAPGLPNGLLS
     470       480       490       500       510       520         

>>CCDS73322.1 RELA gene_id:5970|Hs108|chr11               (448 aa)
 initn: 1095 init1: 613 opt: 1320  Z-score: 1178.1  bits: 227.6 E(32554): 2.7e-59
Smith-Waterman score: 1320; 50.6% identity (72.4% similar) in 413 aa overlap (5-412:16-421)

                          10        20        30        40         
pF1KB7            MASGAYNPYIEIIEQPRQRGMRFRYKCEGRSAGSIPGEHSTDNNRTYPS
                      : .::.::::::.:::::::::::::::::::::.:::...:.:.
CCDS73 MDELFPLIFPAEPAQASGPYVEIIEQPKQRGMRFRYKCEGRSAGSIPGERSTDTTKTHPT
               10        20        30        40        50        60

      50        60        70        80        90       100         
pF1KB7 IQIMNYYGKGKVRITLVTKNDPYKPHPHDLVGKDCRDGYYEAEFGQERRPLFFQNLGIRC
       :.: .: : : :::.::::. :..::::.:::::::::.::::.  .:    ::::::.:
CCDS73 IKINGYTGPGTVRISLVTKDPPHRPHPHELVGKDCRDGFYEAELCPDRCIHSFQNLGIQC
               70        80        90       100       110       120

     110       120       130        140       150       160        
pF1KB7 VKKKEVKEAIITRIKAGINPFNVP-EKQLNDIEDCDLNVVRLCFQVFLPDEHGNLTTALP
       :::.....::  ::... :::.:: :.: .:    :::.::::::: . :  :     ::
CCDS73 VKKRDLEQAISQRIQTNNNPFQVPIEEQRGDY---DLNAVRLCFQVTVRDPSGR-PLRLP
              130       140       150          160       170       

      170       180       190       200       210       220        
pF1KB7 PVVSNPIYDNRAPNTAELRICRVNKNCGSVRGGDEIFLLCDKVQKDDIEVRFVLNDWEAK
       ::.:.::.::::::::::.:::::.: ::  ::::::::::::::.:::: :.   :::.
CCDS73 PVLSHPIFDNRAPNTAELKICRVNRNSGSCLGGDEIFLLCDKVQKEDIEVYFTGPGWEAR
        180       190       200       210       220       230      

      230       240       250        260       270       280       
pF1KB7 GIFSQADVHRQVAIVFKTPPYCK-AITEPVTVKMQLRRPSDQEVSESMDFRYLPDEKDTY
       : ::::::::::::::.::::   ..  :: :.::::::::.:.:: :.:.::::  : .
CCDS73 GSFSQADVHRQVAIVFRTPPYADPSLQAPVRVSMQLRRPSDRELSEPMEFQYLPDTDDRH
        240       250       260       270       280       290      

       290       300        310       320       330       340      
pF1KB7 GNKAKKQKTTLLFQKLCQDH-VNFPERPRPGLLGSIGEGRYFKKEPNLFSHDAVVREMPT
         . :...:   :... .    . :  :::        .:   . :.   .      . .
CCDS73 RIEEKRKRTYETFKSIMKKSPFSGPTDPRPPPRRIAVPSRSSASVPKPAPQP---YPFTS
        300       310       320       330       340          350   

        350       360       370       380       390       400      
pF1KB7 GVSSQAESYYPSPGPISSGLSHHASMAPLPSSSWSSVAHPTPRSGNTNPLSSFSTRTLPS
       ..:.   . .:.    :. .:. ...:: : .   ..  :.:  . .. :..      :.
CCDS73 SLSTINYDEFPTMVFPSGQISQASALAPAPPQVLPQAPAPAPAPAMVSALAQRPPDPAPA
           360       370       380       390       400       410   

          410       420       430       440       450       460    
pF1KB7 --NSQGIPPFLRIPVGNDLNASNACIYNNADDIVGMEASSMPSADLYGISDPNMLSNCSV
         .. :.:                                                    
CCDS73 PLGAPGLPNGLLSGDEDFSSIADMDFSALLSQISS                         
           420       430       440                                 

>>CCDS44651.1 RELA gene_id:5970|Hs108|chr11               (548 aa)
 initn: 1083 init1: 601 opt: 1305  Z-score: 1163.5  bits: 225.2 E(32554): 1.7e-58
Smith-Waterman score: 1310; 46.5% identity (70.4% similar) in 460 aa overlap (5-461:16-462)

                          10        20        30        40         
pF1KB7            MASGAYNPYIEIIEQPRQRGMRFRYKCEGRSAGSIPGEHSTDNNRTYPS
                      : .::.::::::.:::::::::::::::::::::.:::...:.:.
CCDS44 MDELFPLIFPAEPAQASGPYVEIIEQPKQRGMRFRYKCEGRSAGSIPGERSTDTTKTHPT
               10        20        30        40        50        60

      50        60        70        80        90       100         
pF1KB7 IQIMNYYGKGKVRITLVTKNDPYKPHPHDLVGKDCRDGYYEAEFGQERRPLFFQNLGIRC
       :.: .: : : :::.::::. :..::::.:::::::::.::::.  .:    ::::::.:
CCDS44 IKINGYTGPGTVRISLVTKDPPHRPHPHELVGKDCRDGFYEAELCPDRCIHSFQNLGIQC
               70        80        90       100       110       120

     110       120       130       140       150       160         
pF1KB7 VKKKEVKEAIITRIKAGINPFNVPEKQLNDIEDCDLNVVRLCFQVFLPDEHGNLTTALPP
       :::.....::  ::... :::.  :.: .:    :::.::::::: . :  :     :::
CCDS44 VKKRDLEQAISQRIQTNNNPFQ--EEQRGDY---DLNAVRLCFQVTVRDPSGR-PLRLPP
              130       140            150       160        170    

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB7 VVSNPIYDNRAPNTAELRICRVNKNCGSVRGGDEIFLLCDKVQKDDIEVRFVLNDWEAKG
       :.:.::.::::::::::.:::::.: ::  ::::::::::::::.:::: :.   :::.:
CCDS44 VLSHPIFDNRAPNTAELKICRVNRNSGSCLGGDEIFLLCDKVQKEDIEVYFTGPGWEARG
          180       190       200       210       220       230    

     230       240       250        260       270       280        
pF1KB7 IFSQADVHRQVAIVFKTPPYCK-AITEPVTVKMQLRRPSDQEVSESMDFRYLPDEKDTYG
        ::::::::::::::.::::   ..  :: :.::::::::.:.:: :.:.::::  : . 
CCDS44 SFSQADVHRQVAIVFRTPPYADPSLQAPVRVSMQLRRPSDRELSEPMEFQYLPDTDDRHR
          240       250       260       270       280       290    

      290       300        310       320       330       340       
pF1KB7 NKAKKQKTTLLFQKLCQDH-VNFPERPRPGLLGSIGEGRYFKKEPNLFSHDAVVREMPTG
        . :...:   :... .    . :  :::        .:   . :.   .      . ..
CCDS44 IEEKRKRTYETFKSIMKKSPFSGPTDPRPPPRRIAVPSRSSASVPKPAPQP---YPFTSS
          300       310       320       330       340          350 

       350       360       370       380       390       400       
pF1KB7 VSSQAESYYPSPGPISSGLSHHASMAPLPSSSWSSVAHPTPRSGNTNPLSSFSTRTLPSN
       .:.   . .:.    :. .:. ...:: : .   ..  :.:  . .. :.. .   .:  
CCDS44 LSTINYDEFPTMVFPSGQISQASALAPAPPQVLPQAPAPAPAPAMVSALAQ-APAPVPVL
             360       370       380       390       400        410

       410       420       430       440       450        460      
pF1KB7 SQGIPPFLRIPVGNDLNASNACIYNNADDIVGMEASSMPSADLYGIS-DPNMLSNCSVNM
       . : :  .  :. .  .:... .   .. .. .. ..   . : : : :: ....     
CCDS44 APGPPQAVAPPAPKPTQAGEGTL---SEALLQLQFDDEDLGALLGNSTDPAVFTDLASVD
              420       430          440       450       460       

        470       480       490       500       510       520      
pF1KB7 MTTSSDSMGETDNPRLLSMNLENPSCNSVLDPRDLRQLHQMSSSSMSAGANSNTTVFVSQ
                                                                   
CCDS44 NSEFQQLLNQGIPVAPHTTEPMLMEYPEAITRLVTGAQRPPDPAPAPLGAPGLPNGLLSG
       470       480       490       500       510       520       

>>CCDS46110.1 RELB gene_id:5971|Hs108|chr19               (579 aa)
 initn: 557 init1: 457 opt: 975  Z-score: 871.4  bits: 171.2 E(32554): 3.3e-42
Smith-Waterman score: 975; 50.3% identity (76.4% similar) in 292 aa overlap (8-295:125-413)

                                      10        20        30       
pF1KB7                        MASGAYNPYIEIIEQPRQRGMRFRYKCEGRSAGSIPG
                                     :.. : :::.::::::::.::::::::: :
CCDS46 LGPVAPPATPPPWGCPLGRLVSPAPGPGPQPHLVITEQPKQRGMRFRYECEGRSAGSILG
          100       110       120       130       140       150    

        40        50        60          70        80        90     
pF1KB7 EHSTDNNRTYPSIQIMNYYGKGKVRIT--LVTKNDPYKPHPHDLVGKDCRDGYYEAEFGQ
       : ::. ..: :.:.. .  :  .:..:  :: :. :.. :::.:::::: ::  ....  
CCDS46 ESSTEASKTLPAIELRDCGGLREVEVTACLVWKDWPHRVHPHSLVGKDCTDGICRVRLRP
          160       170       180       190       200       210    

         100        110       120       130       140       150    
pF1KB7 ERRPLF-FQNLGIRCVKKKEVKEAIITRIKAGINPFNVPEKQLNDIEDCDLNVVRLCFQV
       .  :   :.::::.::.:::.. ::  .:. ::.:.:.   .:.. .. :.::::.:::.
CCDS46 HVSPRHSFNNLGIQCVRKKEIEAAIERKIQLGIDPYNAG--SLKNHQEVDMNVVRICFQA
          220       230       240       250         260       270  

          160       170       180       190       200       210    
pF1KB7 FLPDEHGNLTTALPPVVSNPIYDNRAPNTAELRICRVNKNCGSVRGGDEIFLLCDKVQKD
          :..:..   . ::.:.:.::... ::.::::::.::. :   ::.:..::::::::.
CCDS46 SYRDQQGQMRR-MDPVLSEPVYDKKSTNTSELRICRINKESGPCTGGEELYLLCDKVQKE
            280        290       300       310       320       330 

          220       230       240       250        260       270   
pF1KB7 DIEVRFVLNDWEAKGIFSQADVHRQVAIVFKTPPYCK-AITEPVTVKMQLRRPSDQEVSE
       :: : :   .::... :::::::::.:::::::::    :.:::::.. :.: .:   ::
CCDS46 DISVVFSRASWEGRADFSQADVHRQIAIVFKTPPYEDLEIVEPVTVNVFLQRLTDGVCSE
             340       350       360       370       380       390 

           280       290       300       310       320       330   
pF1KB7 SMDFRYLPDEKDTYGNKAKKQKTTLLFQKLCQDHVNFPERPRPGLLGSIGEGRYFKKEPN
        . : ::: ..:.::   :...                                      
CCDS46 PLPFTYLPRDHDSYGVDKKRKRGMPDVLGELNSSDPHGIESKRRKKKPAILDHFLPNHGS
             400       410       420       430       440       450 

>>CCDS41565.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10              (899 aa)
 initn: 785 init1: 322 opt: 523  Z-score: 468.8  bits: 97.3 E(32554): 8.6e-20
Smith-Waterman score: 847; 37.3% identity (63.2% similar) in 410 aa overlap (5-395:35-434)

                                         10        20        30    
pF1KB7                           MASGAYNPYIEIIEQPRQRGMRFRYKCEGRSAGS
                                     : .::. :.:::.:::.:::: ::: : :.
CCDS41 YNPGLDGIIEYDDFKLNSSIVEPKEPAPETADGPYLVIVEQPKQRGFRFRYGCEGPSHGG
           10        20        30        40        50        60    

           40        50        60        70        80         90   
pF1KB7 IPGEHSTDNNRTYPSIQIMNYYGKGKVRITLVTKNDPYKPHPHDLVGKDCRD-GYYEAEF
       .::  :  . .:::...: :: : .:... :::..:: . : :.::::.: . :   .  
CCDS41 LPGASSEKGRKTYPTVKICNYEGPAKIEVDLVTHSDPPRAHAHSLVGKQCSELGICAVSV
           70        80        90       100       110       120    

           100       110       120          130       140          
pF1KB7 GQERRPLFFQNLGIRCVKKKEVKEAIITRIKAG---INPFNVPEKQLNDIED--------
       : .     :.:::.  : ::..  ..: ...       : .. : .  ..:.        
CCDS41 GPKDMTAQFNNLGVLHVTKKNMMGTMIQKLQRQRLRSRPQGLTEAEQRELEQEAKELKKV
          130       140       150       160       170       180    

            150       160       170       180       190       200  
pF1KB7 CDLNVVRLCFQVFLPDEHGNLTTALPPVVSNPIYDNRAPNTAELRICRVNKNCGSVRGGD
        ::..::: :..::    :...  : ::.:.::.:...:....:.: :..:. :::::::
CCDS41 MDLSIVRLRFSAFLRASDGSFSLPLKPVISQPIHDSKSPGASNLKISRMDKTAGSVRGGD
          190       200       210       220       230       240    

            210       220          230       240       250         
pF1KB7 EIFLLCDKVQKDDIEVRFVLND---WEAKGIFSQADVHRQVAIVFKTPPYCKA-ITEPVT
       :..:::::::::::::::  .:   :.: : :: .:::.: ::::.:::: :  : .:::
CCDS41 EVYLLCDKVQKDDIEVRFYEDDENGWQAFGDFSPTDVHKQYAIVFRTPPYHKMKIERPVT
          250       260       270       280       290       300    

      260       270       280       290       300         310      
pF1KB7 VKMQLRRPSDQEVSESMDFRYLPDEKDTYGNKAKKQKTTLLFQKLCQ--DHVNFPERPRP
       : .::.:    .::.: .: : :  .:    . :..:.   :..     .:..       
CCDS41 VFLQLKRKRGGDVSDSKQFTYYPLVEDKEEVQRKRRKALPTFSQPFGGGSHMGGGSGGAA
          310       320       330       340       350       360    

        320       330       340       350       360       370      
pF1KB7 GLLGSIGEGRYFKKEPNLFSHDAVVREMPTGVSSQAESYYPSPGPISSGLSHHASMAPLP
       :  :. : :  .   :. ....      :   ..   . ::. :    : .. :. .:  
CCDS41 GGYGGAGGGGSLGFFPSSLAYS------PYQSGAGPMGCYPGGG----GGAQMAATVPSR
          370       380             390       400           410    

        380        390       400       410       420       430     
pF1KB7 SSSWSSVAHPTP-RSGNTNPLSSFSTRTLPSNSQGIPPFLRIPVGNDLNASNACIYNNAD
       .:.  ..   .: :. . .:                                        
CCDS41 DSGEEAAEPSAPSRTPQCEPQAPEMLQRAREYNARLFGLAQRSARALLDYGVTADARALL
          420       430       440       450       460       470    

>>CCDS41564.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10              (900 aa)
 initn: 785 init1: 322 opt: 523  Z-score: 468.8  bits: 97.3 E(32554): 8.6e-20
Smith-Waterman score: 847; 37.3% identity (63.2% similar) in 410 aa overlap (5-395:35-434)

                                         10        20        30    
pF1KB7                           MASGAYNPYIEIIEQPRQRGMRFRYKCEGRSAGS
                                     : .::. :.:::.:::.:::: ::: : :.
CCDS41 YNPGLDGIIEYDDFKLNSSIVEPKEPAPETADGPYLVIVEQPKQRGFRFRYGCEGPSHGG
           10        20        30        40        50        60    

           40        50        60        70        80         90   
pF1KB7 IPGEHSTDNNRTYPSIQIMNYYGKGKVRITLVTKNDPYKPHPHDLVGKDCRD-GYYEAEF
       .::  :  . .:::...: :: : .:... :::..:: . : :.::::.: . :   .  
CCDS41 LPGASSEKGRKTYPTVKICNYEGPAKIEVDLVTHSDPPRAHAHSLVGKQCSELGICAVSV
           70        80        90       100       110       120    

           100       110       120          130       140          
pF1KB7 GQERRPLFFQNLGIRCVKKKEVKEAIITRIKAG---INPFNVPEKQLNDIED--------
       : .     :.:::.  : ::..  ..: ...       : .. : .  ..:.        
CCDS41 GPKDMTAQFNNLGVLHVTKKNMMGTMIQKLQRQRLRSRPQGLTEAEQRELEQEAKELKKV
          130       140       150       160       170       180    

            150       160       170       180       190       200  
pF1KB7 CDLNVVRLCFQVFLPDEHGNLTTALPPVVSNPIYDNRAPNTAELRICRVNKNCGSVRGGD
        ::..::: :..::    :...  : ::.:.::.:...:....:.: :..:. :::::::
CCDS41 MDLSIVRLRFSAFLRASDGSFSLPLKPVISQPIHDSKSPGASNLKISRMDKTAGSVRGGD
          190       200       210       220       230       240    

            210       220          230       240       250         
pF1KB7 EIFLLCDKVQKDDIEVRFVLND---WEAKGIFSQADVHRQVAIVFKTPPYCKA-ITEPVT
       :..:::::::::::::::  .:   :.: : :: .:::.: ::::.:::: :  : .:::
CCDS41 EVYLLCDKVQKDDIEVRFYEDDENGWQAFGDFSPTDVHKQYAIVFRTPPYHKMKIERPVT
          250       260       270       280       290       300    

      260       270       280       290       300         310      
pF1KB7 VKMQLRRPSDQEVSESMDFRYLPDEKDTYGNKAKKQKTTLLFQKLCQ--DHVNFPERPRP
       : .::.:    .::.: .: : :  .:    . :..:.   :..     .:..       
CCDS41 VFLQLKRKRGGDVSDSKQFTYYPLVEDKEEVQRKRRKALPTFSQPFGGGSHMGGGSGGAA
          310       320       330       340       350       360    

        320       330       340       350       360       370      
pF1KB7 GLLGSIGEGRYFKKEPNLFSHDAVVREMPTGVSSQAESYYPSPGPISSGLSHHASMAPLP
       :  :. : :  .   :. ....      :   ..   . ::. :    : .. :. .:  
CCDS41 GGYGGAGGGGSLGFFPSSLAYS------PYQSGAGPMGCYPGGG----GGAQMAATVPSR
          370       380             390       400           410    

        380        390       400       410       420       430     
pF1KB7 SSSWSSVAHPTP-RSGNTNPLSSFSTRTLPSNSQGIPPFLRIPVGNDLNASNACIYNNAD
       .:.  ..   .: :. . .:                                        
CCDS41 DSGEEAAEPSAPSRTPQCEPQAPEMLQRAREYNARLFGLAQRSARALLDYGVTADARALL
          420       430       440       450       460       470    

>>CCDS54783.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4               (968 aa)
 initn: 887 init1: 358 opt: 362  Z-score: 326.0  bits: 71.0 E(32554): 7.8e-12
Smith-Waterman score: 837; 45.0% identity (65.0% similar) in 331 aa overlap (1-295:35-365)

                                             10        20        30
pF1KB7                               MASGAYNPYIEIIEQPRQRGMRFRYKCEGR
                                     ::  . .::..:.:::.:::.:::: ::: 
CCDS54 DPYLGRPEQMFHLDPSLTHTIFNPEVFQPQMALPTDGPYLQILEQPKQRGFRFRYVCEGP
           10        20        30        40        50        60    

               40        50        60        70        80        90
pF1KB7 SAGSIPGEHSTDNNRTYPSIQIMNYYGKGKVRITLVTKNDPYKPHPHDLVGKDCRDGYYE
       : :..::  :  :...::...: :: : .:: . :::..   . : :.:::: :.::   
CCDS54 SHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCEDGICT
           70        80        90       100       110       120    

              100       110       120             130              
pF1KB7 AEFGQERRPLFFQNLGIRCVKKKEVKEAIITRIKA----GINP--FNVPE----------
       .  : .   . : ::::  : ::.: :.. .:.      : ::  .  :.          
CCDS54 VTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHPDLAYLQAEGGG
          130       140       150       160       170       180    

           140                    150       160       170       180
pF1KB7 -KQLNDIE-------------DCDLNVVRLCFQVFLPDEHGNLTTALPPVVSNPIYDNRA
        .::.: :             . ::.:::: : .::::  :..:  : ::::. :::..:
CCDS54 DRQLGDREKELIRQAALQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAIYDSKA
          190       200       210       220       230       240    

              190       200       210       220            230     
pF1KB7 PNTAELRICRVNKNCGSVRGGDEIFLLCDKVQKDDIEVRFVLND-----WEAKGIFSQAD
       ::...:.: :.... : : ::.::.:::::::::::..::  ..     ::. : :: .:
CCDS54 PNASNLKIVRMDRTAGCVTGGEEIYLLCDKVQKDDIQIRFYEEEENGGVWEGFGDFSPTD
          250       260       270       280       290       300    

         240       250        260       270       280       290    
pF1KB7 VHRQVAIVFKTPPYCKA-ITEPVTVKMQLRRPSDQEVSESMDFRYLPDEKDTYGNKAKKQ
       :::: ::::::: :    ::.:..: .:::: :: :.::   : : :. ::    . :.:
CCDS54 VHRQFAIVFKTPKYKDINITKPASVFVQLRRKSDLETSEPKPFLYYPEIKDKEEVQRKRQ
          310       320       330       340       350       360    

          300       310       320       330       340       350    
pF1KB7 KTTLLFQKLCQDHVNFPERPRPGLLGSIGEGRYFKKEPNLFSHDAVVREMPTGVSSQAES
       :                                                           
CCDS54 KLMPNFSDSFGGGSGAGAGGGGMFGSGGGGGGTGSTGPGYSFPHYGFPTYGGITFHPGTT
          370       380       390       400       410       420    

>>CCDS3657.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4                (969 aa)
 initn: 885 init1: 356 opt: 360  Z-score: 324.2  bits: 70.7 E(32554): 9.7e-12
Smith-Waterman score: 835; 45.3% identity (65.1% similar) in 327 aa overlap (5-295:40-366)

                                         10        20        30    
pF1KB7                           MASGAYNPYIEIIEQPRQRGMRFRYKCEGRSAGS
                                     : .::..:.:::.:::.:::: ::: : :.
CCDS36 RPEQMFHLDPSLTHTIFNPEVFQPQMALPTADGPYLQILEQPKQRGFRFRYVCEGPSHGG
      10        20        30        40        50        60         

           40        50        60        70        80        90    
pF1KB7 IPGEHSTDNNRTYPSIQIMNYYGKGKVRITLVTKNDPYKPHPHDLVGKDCRDGYYEAEFG
       .::  :  :...::...: :: : .:: . :::..   . : :.:::: :.::   .  :
CCDS36 LPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCEDGICTVTAG
      70        80        90       100       110       120         

          100       110       120             130                  
pF1KB7 QERRPLFFQNLGIRCVKKKEVKEAIITRIKA----GINP--FNVPE-----------KQL
        .   . : ::::  : ::.: :.. .:.      : ::  .  :.           .::
CCDS36 PKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHPDLAYLQAEGGGDRQL
     130       140       150       160       170       180         

       140                    150       160       170       180    
pF1KB7 NDIE-------------DCDLNVVRLCFQVFLPDEHGNLTTALPPVVSNPIYDNRAPNTA
       .: :             . ::.:::: : .::::  :..:  : ::::. :::..:::..
CCDS36 GDREKELIRQAALQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAIYDSKAPNAS
     190       200       210       220       230       240         

          190       200       210       220            230         
pF1KB7 ELRICRVNKNCGSVRGGDEIFLLCDKVQKDDIEVRFVLND-----WEAKGIFSQADVHRQ
       .:.: :.... : : ::.::.:::::::::::..::  ..     ::. : :: .:::::
CCDS36 NLKIVRMDRTAGCVTGGEEIYLLCDKVQKDDIQIRFYEEEENGGVWEGFGDFSPTDVHRQ
     250       260       270       280       290       300         

     240       250        260       270       280       290        
pF1KB7 VAIVFKTPPYCKA-ITEPVTVKMQLRRPSDQEVSESMDFRYLPDEKDTYGNKAKKQKTTL
        ::::::: :    ::.:..: .:::: :: :.::   : : :. ::    . :.::   
CCDS36 FAIVFKTPKYKDINITKPASVFVQLRRKSDLETSEPKPFLYYPEIKDKEEVQRKRQKLMP
     310       320       330       340       350       360         

      300       310       320       330       340       350        
pF1KB7 LFQKLCQDHVNFPERPRPGLLGSIGEGRYFKKEPNLFSHDAVVREMPTGVSSQAESYYPS
                                                                   
CCDS36 NFSDSFGGGSGAGAGGGGMFGSGGGGGGTGSTGPGYSFPHYGFPTYGGITFHPGTTKSNA
     370       380       390       400       410       420         




587 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 22:36:23 2016 done: Fri Nov  4 22:36:23 2016
 Total Scan time:  3.380 Total Display time:  0.090

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com