Result of FASTA (omim) for
pFN21AE0379
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0379, 794 aa
1>>>pF1KE0379 794 - 794 aa - 794 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5628+/-0.000429; mu= 18.8250+/- 0.027
mean_var=72.8029+/-14.981, 0's: 0 Z-trim(111.3): 405 B-trim: 770 in 2/50
Lambda= 0.150314
statistics sampled from 19371 (19798) to 19371 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.598), E-opt: 0.2 (0.232), width: 16
Scan time: 12.510
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_061762 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 isof ( 794) 5157 1128.4 0
NP_001290074 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 i ( 658) 4259 933.6 0
NP_056484 (OMIM: 606331) protocadherin beta-5 prec ( 795) 4028 883.6 0
NP_061760 (OMIM: 606329) protocadherin beta-3 prec ( 796) 4004 878.4 0
NP_061761 (OMIM: 606330) protocadherin beta-4 prec ( 795) 3993 876.0 0
NP_061759 (OMIM: 606328) protocadherin beta-2 prec ( 798) 3935 863.4 0
NP_061758 (OMIM: 606341) protocadherin beta-15 pre ( 787) 3926 861.4 0
NP_066008 (OMIM: 606345) protocadherin beta-16 pre ( 776) 3923 860.8 0
NP_061757 (OMIM: 606340) protocadherin beta-14 pre ( 798) 3857 846.5 0
NP_061756 (OMIM: 606339) protocadherin beta-13 pre ( 798) 3817 837.8 0
NP_061993 (OMIM: 606334) protocadherin beta-8 prec ( 801) 3813 836.9 0
NP_061992 (OMIM: 606335) protocadherin beta-9 prec ( 797) 3779 829.6 0
NP_061754 (OMIM: 606337) protocadherin beta-11 pre ( 797) 3712 815.0 0
NP_061753 (OMIM: 606336) protocadherin beta-10 pre ( 800) 3702 812.9 0
NP_061755 (OMIM: 606338) protocadherin beta-12 pre ( 795) 3695 811.4 0
NP_061763 (OMIM: 606333) protocadherin beta-7 prec ( 793) 3654 802.5 0
NP_037472 (OMIM: 606327) protocadherin beta-1 prec ( 818) 2567 566.7 1.4e-160
NP_114382 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 823) 2172 481.1 8.4e-135
NP_061735 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 931) 2172 481.1 9.3e-135
NP_114398 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 823) 2145 475.2 4.8e-133
NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 932) 2145 475.3 5.4e-133
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 2104 466.4 2.4e-130
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 2104 466.4 2.6e-130
NP_115270 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 818) 2102 465.9 3.1e-130
NP_061748 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 923) 2102 465.9 3.4e-130
NP_114478 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 828) 2101 465.7 3.6e-130
NP_061744 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 932) 2101 465.7 4e-130
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 2098 465.0 5.6e-130
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 2098 465.1 6.3e-130
NP_114400 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 829) 2096 464.6 7.7e-130
NP_061739 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 932) 2096 464.6 8.5e-130
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 2082 461.6 6.2e-129
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 2082 461.6 7e-129
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 2078 460.7 1.1e-128
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 2078 460.7 1.3e-128
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 2068 458.5 5.1e-128
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 2068 458.6 5.7e-128
NP_114443 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 813) 2061 457.0 1.5e-127
NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 931) 2061 457.0 1.6e-127
NP_115269 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 803) 2057 456.1 2.6e-127
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923) 2057 456.2 3e-127
NP_115268 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 814) 2054 455.5 4.2e-127
NP_061747 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 929) 2054 455.5 4.7e-127
NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 2052 455.1 5.9e-127
NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 962) 2052 455.1 6.5e-127
NP_114480 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 837) 2047 454.0 1.2e-126
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 2047 454.0 1.3e-126
NP_115271 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 820) 2044 453.3 1.9e-126
NP_061749 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 930) 2044 453.4 2.1e-126
NP_054723 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 820) 2039 452.2 4e-126
>>NP_061762 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 isoform (794 aa)
initn: 5157 init1: 5157 opt: 5157 Z-score: 6039.8 bits: 1128.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5157; 99.9% identity (100.0% similar) in 794 aa overlap (1-794:1-794)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQASL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 RGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQASL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 RVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 RVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHVL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 TRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVPE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 FAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQVDDVNQPFEINAITGEIR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENLPE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNITIT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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:::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDSGI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPALS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNAWL
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pF1KE0 SYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVLL
610 620 630 640 650 660
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pF1KE0 VDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAASV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAASV
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pF1KE0 GRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTERE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTERE
730 740 750 760 770 780
790
pF1KE0 MEETPTSRNSFPFS
::::::::::::::
NP_061 MEETPTSRNSFPFS
790
>>NP_001290074 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 isofo (658 aa)
initn: 4259 init1: 4259 opt: 4259 Z-score: 4988.5 bits: 933.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4259; 99.8% identity (100.0% similar) in 658 aa overlap (137-794:1-658)
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 VLLENPLQFFQASLRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGL
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGL
10 20 30
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 QRYTISSNPHFHVLTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QRYTISSNPHFHVLTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSE
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230 240 250 260 270 280
pF1KE0 IQIQVLDINDNVPEFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQVDDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KE0 NQPFEINAITGEIRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NQPFEINAITGEIRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELT
160 170 180 190 200 210
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pF1KE0 MSFFISLIPENLPEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSFFISLIPENLPEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGA
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pF1KE0 LDRESRAEYNITITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPAL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
NP_001 LDRESRAEYNITITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPAL
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pF1KE0 HIGSVSATDRDSGINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HIGSVSATDRDSGINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFE
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pF1KE0 FRVGATDRGSPALSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FRVGATDRGSPALSSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTK
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pF1KE0 VVAVDGDSGQNAWLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VVAVDGDSGQNAWLSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNG
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pF1KE0 EPPRSATATLHVLLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLF
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NP_001 EPPRSATATLHVLLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VAVRLCRRSRAASVGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLK
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::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PIMPNFPPQGTEREMEETPTSRNSFPFS
640 650
>>NP_056484 (OMIM: 606331) protocadherin beta-5 precurso (795 aa)
initn: 4023 init1: 4023 opt: 4028 Z-score: 4716.6 bits: 883.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4028; 78.6% identity (91.7% similar) in 784 aa overlap (9-791:10-792)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MMQTKVQNKKRQVAFF-ILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGEL
.:::: :. :::.:: :.:::...::. :::::: ::::.::::: ::::
NP_056 METALAKTPQKRQVMFLAILLLLW-EAGSEAVRYSIPEETESGYSVANLAKDLGLGVGEL
10 20 30 40 50
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pF1KE0 ASRGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQA
:.::::. .:::.. ::.: .: .::: :::::: .::.::::.: ::.:::::.::::.
NP_056 ATRGARMHYKGNKELLQLDIKTGNLLLYEKLDREVMCGATEPCILHFQLLLENPVQFFQT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 SLRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFH
.:.. :::::::::: .:::::: : :.:: .::::.:.:.: ::: .: :::: : :::
NP_056 DLQLTDINDHAPEFPEKEMLLKIPESTQPGTVFPLKIAQDFDIGSNTVQNYTISPNSHFH
120 130 140 150 160 170
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pF1KE0 VLTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNV
: :.::..:::.::::::: :::::.:.: ::: :::::.::::::. :.: ::: :::.
NP_056 VATHNRGDGRKYPELVLDKALDREERPELSLTLTALDGGAPPRSGTTTIRIVVLDNNDNA
180 190 200 210 220 230
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pF1KE0 PEFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQVDDVNQPFEINAITGE
::: : .::.:::::.::.:::..:::::::::..:.:.::::: :.:.::: :. :.:
NP_056 PEFLQSFYEVQVPENSPLNSLVVVVSARDLDAGAYGSVAYALFQGDEVTQPFVIDEKTAE
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pF1KE0 IRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENL
:::..::::: :.:.. :::::::::::.....:.:::::::::::: . : :::
NP_056 IRLKRALDFEATPYYNVEIVATDGGGLSGKCTVAIEVVDVNDNAPELTMSTLSSPTPENA
300 310 320 330 340 350
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pF1KE0 PEITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNIT
:: .:::::::: ::: : ..::::.:.:::::.:...:::::::. .:::::.::::::
NP_056 PETVVAVFSVSDPDSGDNGRMICSIQNDLPFLLKPTLKNFYTLVTQRTLDRESQAEYNIT
360 370 380 390 400 410
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pF1KE0 ITVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNVPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
:::::.:::::::...::: :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 ITVTDMGTPRLKTEHNITVLVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
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pF1KE0 GINAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPA
: ::::::::::::.::: :.::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
NP_056 GTNAQVTYSLLPPQNPHLRLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGATDRGSPA
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NP_056 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
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780 790
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pF1KE0 REMEETPTSRNSFPFS
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790
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pF1KE0 EMEETPTSRNSFPFS
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790
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:: . .::::::: ::: : ...:::...:::.:.:::::::::: :::::.:.:::
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pF1KE0 TEREMEETPTSRNSFPFS
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NP_061 AERVSEANPSFRKSFEFT
790
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NP_061 ERGARVVSEDNEQGLQLDLQTGQLILNEKLDREKLCGPTEPCIMHFQVLLKKPLEVFRAE
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NP_061 PETEVALFRIRDRDSGENGKMICSIQDDVPFKLKPSVENFYRLVTEGALDRETRAEYNIT
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NP_061 GKEIQGNSTFPNNFGFNIQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]