Result of FASTA (omim) for
pFN21AB8581
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8581, 522 aa
1>>>pF1KB8581 522 - 522 aa - 522 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.7729+/-0.000438; mu= -22.3488+/- 0.027
mean_var=395.7740+/-83.332, 0's: 0 Z-trim(120.7): 69 B-trim: 0 in 0/58
Lambda= 0.064469
statistics sampled from 36103 (36178) to 36103 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.73), E-opt: 0.2 (0.424), width: 16
Scan time: 11.910
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_714941 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glyco ( 522) 3306 321.7 3.4e-87
NP_001180286 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore gl ( 522) 3306 321.7 3.4e-87
NP_057637 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glyco ( 522) 3306 321.7 3.4e-87
NP_036478 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glyco ( 522) 3306 321.7 3.4e-87
NP_714940 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glyco ( 522) 3306 321.7 3.4e-87
NP_001291288 (OMIM: 158373) mucin-5AC precursor [H (5654) 322 44.5 0.01
>>NP_714941 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glycoprot (522 aa)
initn: 3306 init1: 3306 opt: 3306 Z-score: 1686.4 bits: 321.7 E(85289): 3.4e-87
Smith-Waterman score: 3306; 99.8% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
NP_714 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSSTTGFALNLKPLAPA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB8 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
490 500 510 520
>>NP_001180286 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glycop (522 aa)
initn: 3306 init1: 3306 opt: 3306 Z-score: 1686.4 bits: 321.7 E(85289): 3.4e-87
Smith-Waterman score: 3306; 99.8% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTTSSSTTGFALNLKPLAPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
NP_001 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSSTTGFALNLKPLAPA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB8 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
490 500 510 520
>>NP_057637 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glycoprot (522 aa)
initn: 3306 init1: 3306 opt: 3306 Z-score: 1686.4 bits: 321.7 E(85289): 3.4e-87
Smith-Waterman score: 3306; 99.8% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTTSSSTTGFALNLKPLAPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
NP_057 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSSTTGFALNLKPLAPA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB8 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
490 500 510 520
>>NP_036478 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glycoprot (522 aa)
initn: 3306 init1: 3306 opt: 3306 Z-score: 1686.4 bits: 321.7 E(85289): 3.4e-87
Smith-Waterman score: 3306; 99.8% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTTSSSTTGFALNLKPLAPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
NP_036 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSSTTGFALNLKPLAPA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB8 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
490 500 510 520
>>NP_714940 (OMIM: 271930,605815) nuclear pore glycoprot (522 aa)
initn: 3306 init1: 3306 opt: 3306 Z-score: 1686.4 bits: 321.7 E(85289): 3.4e-87
Smith-Waterman score: 3306; 99.8% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSGTGGFNFGAPFQPATSTPSTGLF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 SLATQTPATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKLNLSNTAATPAMANPSGFGLGSSN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 LTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVAPATTSGGFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 QPTAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTATITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTTSSSTTGFALNLKPLAPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
NP_714 TPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTSTAATATATTTSSSSTTGFALNLKPLAPA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 GIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYAQLESLINKWSLELEDQERHFLQQATQVNA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 WDRTLIENGEKITSLHREVEKVKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLSPLEELVKEQSGT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 IYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKDIIEHLNTSGAPADTSDPLQQICKILNA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB8 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_714 HMDSLQWIDQNSALLQRKVEEVTKVCEGRRKEQERSFRITFD
490 500 510 520
>>NP_001291288 (OMIM: 158373) mucin-5AC precursor [Homo (5654 aa)
initn: 960 init1: 194 opt: 322 Z-score: 170.0 bits: 44.5 E(85289): 0.01
Smith-Waterman score: 334; 28.5% identity (61.8% similar) in 330 aa overlap (9-331:2541-2855)
10 20 30
pF1KB8 MSGFNFGGTGAPTGGFTFGTAKTATTTPATGFSFSTSG
:.::: . : .: ..:: :: : .:::
NP_001 APTTSTTSASTTSTTSGAGTTPSPVPTTSTTSAPTTSTT--SAPISSTTSATTTS-TTSG
2520 2530 2540 2550 2560
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 TGGFNFGAPFQPATSTPSTGLFSLATQTP-ATQTTGFTFGTATLASGGTGFSLGIGASKL
: .: .::.:.:. : :: :. ::..: . .: .... : ...
NP_001 PGTTPSPVPTTSTTSAPTTSTTSGPGTTPSAVPTTSITSAPTTSTNSAPISSTTSATTTS
2570 2580 2590 2600 2610 2620
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 NLSNTAATPAMANPSGFGLGSSNLTNAISSTVTSSQGTAPTGFVFGPSTTSVA-PATTSG
.:. .::. : . ... :.: ....::. ::.:. :.:.... :.:..
NP_001 RISGPETTPS---P----VPTASTTSASTTSTTSGPGTTPSPV---PTTSTISVPTTSTT
2630 2640 2650 2660 2670
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 GFSFTGGSTAQPSGFNIGSAGNSAQP---TAPATLPFTPATPAATTAGATQPAAPTPTAT
. : :. ..:. .. . : :.. .: :. .. : : .: : ::. . :.. : .::
NP_001 SASTTSTTSASTTSTTSGP-GTTPSPVPTTSTTSAPTTSTTSAPTTSTISAPTTSTTSAT
2680 2690 2700 2710 2720 2730
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 ITSTGPSLFASIATAPTSSATTGLSLCTPVTTAGAPTAGTQGFSLKAPGAASGTSTTTST
::: . ..:::.:. .. . : .:. . :..: ...:: ... : ::::
NP_001 TTSTTSAPTPRRTSAPTTSTISASTTSTTSATTTSTTSATTTSTISAPTTSTTLSPTTST
2740 2750 2760 2770 2780 2790
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 AATATATTTTS--SSTTGFALNLKPLAPAGIPSNTAAAVTAPPGPGAAAGAAASSAMTYA
..:. ..::.. ::::. . ::. .... ..:. : : ... .: ... : :
NP_001 TSTTITSTTSAPISSTTSTPQTSTTSAPT-TSTTSGPGTTSSPVPTTSTTSAPTTSTTSA
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