Result of FASTA (omim) for
pFN21AB7337
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7337, 1043 aa
1>>>pF1KB7337 1043 - 1043 aa - 1043 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6513+/-0.000495; mu= 15.3184+/- 0.031
mean_var=119.8899+/-24.599, 0's: 0 Z-trim(111.7): 197 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.117134
statistics sampled from 20198 (20417) to 20198 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.584), E-opt: 0.2 (0.239), width: 16
Scan time: 9.680
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_789780 (OMIM: 609660) NACHT, LRR and PYD domain (1043) 7056 1204.9 0
NP_001307986 (OMIM: 609660) NACHT, LRR and PYD dom (1036) 6974 1191.1 0
XP_011518346 (OMIM: 609665) PREDICTED: NACHT, LRR (1052) 2172 379.6 5e-104
NP_789792 (OMIM: 609665) NACHT, LRR and PYD domain (1093) 2117 370.3 3.3e-101
NP_001167553 (OMIM: 609364) NACHT, LRR and PYD dom (1040) 1727 304.4 2.2e-81
NP_001167554 (OMIM: 609364) NACHT, LRR and PYD dom (1039) 1719 303.0 5.5e-81
NP_060322 (OMIM: 609364) NACHT, LRR and PYD domain (1062) 1719 303.0 5.6e-81
NP_001167552 (OMIM: 609364) NACHT, LRR and PYD dom (1062) 1719 303.0 5.6e-81
XP_016881834 (OMIM: 609645) PREDICTED: NACHT, LRR ( 937) 1624 287.0 3.5e-76
XP_016881833 (OMIM: 609645) PREDICTED: NACHT, LRR ( 938) 1575 278.7 1.1e-73
NP_789781 (OMIM: 609659) NACHT, LRR and PYD domain (1048) 1571 278.0 1.9e-73
NP_789790 (OMIM: 609663) NACHT, LRR and PYD domain ( 991) 1411 251.0 2.5e-65
NP_001303929 (OMIM: 609659) NACHT, LRR and PYD dom (1029) 1201 215.5 1.2e-54
NP_001284672 (OMIM: 609664) NACHT, LRR and PYD dom ( 934) 1199 215.1 1.4e-54
NP_659444 (OMIM: 609664) NACHT, LRR and PYD domain (1033) 1199 215.2 1.6e-54
XP_011542357 (OMIM: 120100,191900,606416,607115) P ( 865) 1112 200.4 3.6e-50
NP_653288 (OMIM: 609648,611762) NACHT, LRR and PYD (1061) 954 173.8 4.6e-42
NP_001264055 (OMIM: 609648,611762) NACHT, LRR and (1062) 938 171.1 3e-41
XP_016882949 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH (1061) 929 169.5 8.7e-41
XP_016882953 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH ( 923) 838 154.1 3.3e-36
XP_016882954 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH ( 923) 838 154.1 3.3e-36
XP_016882955 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH ( 923) 838 154.1 3.3e-36
XP_016882956 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH ( 923) 838 154.1 3.3e-36
XP_016882952 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH ( 923) 838 154.1 3.3e-36
NP_703148 (OMIM: 609658) NACHT, LRR and PYD domain (1200) 719 134.1 4.6e-30
XP_011518233 (OMIM: 609650) PREDICTED: NACHT, LRR ( 703) 695 129.9 5e-29
XP_016872742 (OMIM: 609650) PREDICTED: NACHT, LRR ( 730) 695 129.9 5.2e-29
XP_016872741 (OMIM: 609650) PREDICTED: NACHT, LRR ( 771) 695 129.9 5.4e-29
NP_001263629 (OMIM: 609650) NACHT, LRR and PYD dom ( 891) 695 129.9 6e-29
NP_612202 (OMIM: 609650) NACHT, LRR and PYD domain ( 892) 695 129.9 6.1e-29
XP_016882951 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH (1004) 660 124.1 4e-27
NP_001264058 (OMIM: 609648,611762) NACHT, LRR and (1004) 647 121.9 1.8e-26
XP_011525782 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH (1005) 645 121.5 2.3e-26
NP_001230062 (OMIM: 120100,191900,606416,607115) N (1034) 639 120.5 4.8e-26
NP_001073289 (OMIM: 120100,191900,606416,607115) N (1036) 639 120.5 4.8e-26
XP_011542350 (OMIM: 120100,191900,606416,607115) P (1036) 639 120.5 4.8e-26
XP_016855671 (OMIM: 120100,191900,606416,607115) P (1036) 639 120.5 4.8e-26
XP_016855670 (OMIM: 120100,191900,606416,607115) P (1036) 639 120.5 4.8e-26
NP_004886 (OMIM: 120100,191900,606416,607115) NACH (1036) 639 120.5 4.8e-26
XP_006723139 (OMIM: 231090,609661) PREDICTED: NACH (1037) 639 120.5 4.8e-26
XP_011524901 (OMIM: 231090,609661) PREDICTED: NACH (1037) 639 120.5 4.8e-26
XP_006723138 (OMIM: 231090,609661) PREDICTED: NACH (1037) 639 120.5 4.8e-26
NP_001120727 (OMIM: 231090,609661) NACHT, LRR and (1037) 639 120.5 4.8e-26
XP_011524898 (OMIM: 231090,609661) PREDICTED: NACH (1065) 639 120.5 4.9e-26
XP_011525197 (OMIM: 609663) PREDICTED: NACHT, LRR ( 279) 628 118.3 6.3e-26
XP_011525196 (OMIM: 609663) PREDICTED: NACHT, LRR ( 279) 628 118.3 6.3e-26
XP_011525781 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH (1005) 634 119.7 8.4e-26
XP_016882950 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH (1005) 629 118.8 1.5e-25
XP_011518565 (OMIM: 173320) PREDICTED: ribonucleas ( 461) 614 116.0 4.8e-25
XP_011518557 (OMIM: 173320) PREDICTED: ribonucleas ( 461) 614 116.0 4.8e-25
>>NP_789780 (OMIM: 609660) NACHT, LRR and PYD domains-co (1043 aa)
initn: 7056 init1: 7056 opt: 7056 Z-score: 6449.1 bits: 1204.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7056; 100.0% identity (100.0% similar) in 1043 aa overlap (1-1043:1-1043)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNFSVITCPNGGTNQGLLPYLMALDQYQLEEFKLCLEPQQLMDFWSAPQGHFPRIPWANL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 MNFSVITCPNGGTNQGLLPYLMALDQYQLEEFKLCLEPQQLMDFWSAPQGHFPRIPWANL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RAADPLNLSFLLDEHFPKGQAWKVVLGIFQTMNLTSLCEKVRAEMKENVQTQELQDPTQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 RAADPLNLSFLLDEHFPKGQAWKVVLGIFQTMNLTSLCEKVRAEMKENVQTQELQDPTQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 DLEMLEAAAGNMQTQGCQDPNQEELDELEEETGNVQAQGCQDPNQEEPEMLEEADHRRKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 DLEMLEAAAGNMQTQGCQDPNQEELDELEEETGNVQAQGCQDPNQEEPEMLEEADHRRKY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 RENMKAELLETWDNISWPKDHVYIRNTSKDEHEELQRLLDPNRTRAQAQTIVLVGRAGVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 RENMKAELLETWDNISWPKDHVYIRNTSKDEHEELQRLLDPNRTRAQAQTIVLVGRAGVG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 KTTLAMQAMLHWANGVLFQQRFSYVFYLSCHKIRYMKETTFAELISLDWPDFDAPIEEFM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 KTTLAMQAMLHWANGVLFQQRFSYVFYLSCHKIRYMKETTFAELISLDWPDFDAPIEEFM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 SQPEKLLFIIDGFEEIIISESRSESLDDGSPCTDWYQELPVTKILHSLLKKELVPLATLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 SQPEKLLFIIDGFEEIIISESRSESLDDGSPCTDWYQELPVTKILHSLLKKELVPLATLL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 ITIKTWFVRDLKASLVNPCFVQITGFTGDDLRVYFMRHFDDSSEVEKILQQLRKNETLFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 ITIKTWFVRDLKASLVNPCFVQITGFTGDDLRVYFMRHFDDSSEVEKILQQLRKNETLFH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 SCSAPMVCWTVCSCLKQPKVRYYDLQSITQTTTSLYAYFFSNLFSTAEVDLADDSWPGQW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 SCSAPMVCWTVCSCLKQPKVRYYDLQSITQTTTSLYAYFFSNLFSTAEVDLADDSWPGQW
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 RALCSLAIEGLWSMNFTFNKEDTEIEGLEVPFIDSLYEFNILQKINDCGGCTTFTHLSFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 RALCSLAIEGLWSMNFTFNKEDTEIEGLEVPFIDSLYEFNILQKINDCGGCTTFTHLSFQ
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pF1KB7 EFFAAMSFVLEEPREFPPHSTKPQEMKMLLQHVLLDKEAYWTPVVLFFFGLLNKNIAREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 EFFAAMSFVLEEPREFPPHSTKPQEMKMLLQHVLLDKEAYWTPVVLFFFGLLNKNIAREL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 EDTLHCKISPRVMEELLKWGEELGKAESASLQFHILRLFHCLHESQEEDFTKKMLGRIFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 EDTLHCKISPRVMEELLKWGEELGKAESASLQFHILRLFHCLHESQEEDFTKKMLGRIFE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 VDLNILEDEELQASSFCLKHCKRLNKLRLSVSSHILERDLEILETSKFDSRMHAWNSICS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 VDLNILEDEELQASSFCLKHCKRLNKLRLSVSSHILERDLEILETSKFDSRMHAWNSICS
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730 740 750 760 770 780
pF1KB7 TLVTNENLHELDLSNSKLHASSVKGLCLALKNPRCKVQKLTCKSVTPEWVLQDLIIALQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 TLVTNENLHELDLSNSKLHASSVKGLCLALKNPRCKVQKLTCKSVTPEWVLQDLIIALQG
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pF1KB7 NSKLTHLNFSSNKLGMTVPLILKALRHSACNLKYLCLEKCNLSAASCQDLALFLTSIQHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 NSKLTHLNFSSNKLGMTVPLILKALRHSACNLKYLCLEKCNLSAASCQDLALFLTSIQHV
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pF1KB7 TRLCLGFNRLQDDGIKLLCAALTHPKCALERLELWFCQLAAPACKHLSDALLQNRSLTHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 TRLCLGFNRLQDDGIKLLCAALTHPKCALERLELWFCQLAAPACKHLSDALLQNRSLTHL
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 NLSKNSLRDEGVKFLCEALGRPDGNLQSLNLSGCSFTREGCGELANALSHNHNVKILDLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 NLSKNSLRDEGVKFLCEALGRPDGNLQSLNLSGCSFTREGCGELANALSHNHNVKILDLG
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pF1KB7 ENDLQDDGVKLLCEALKPHRALHTLGLAKCNLTTACCQHLFSVLSSSKSLVNLNLLGNEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_789 ENDLQDDGVKLLCEALKPHRALHTLGLAKCNLTTACCQHLFSVLSSSKSLVNLNLLGNEL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KB7 DTDGVKMLCKALKKSTCRLQKLG
:::::::::::::::::::::::
NP_789 DTDGVKMLCKALKKSTCRLQKLG
1030 1040
>>NP_001307986 (OMIM: 609660) NACHT, LRR and PYD domains (1036 aa)
initn: 6967 init1: 6967 opt: 6974 Z-score: 6374.3 bits: 1191.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6974; 99.4% identity (99.6% similar) in 1039 aa overlap (1-1039:1-1036)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNFSVITCPNGGTNQGLLPYLMALDQYQLEEFKLCLEPQQLMDFWSAPQGHFPRIPWANL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MNFSVITCPNGGTNQGLLPYLMALDQYQLEEFKLCLEPQQLMDFWSAPQGHFPRIPWANL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RAADPLNLSFLLDEHFPKGQAWKVVLGIFQTMNLTSLCEKVRAEMKENVQTQELQDPTQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RAADPLNLSFLLDEHFPKGQAWKVVLGIFQTMNLTSLCEKVRAEMKENVQTQELQDPTQE
70 80 90 100 110 120
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pF1KB7 DLEMLEAAAGNMQTQGCQDPNQEELDELEEETGNVQAQGCQDPNQEEPEMLEEADHRRKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DLEMLEAAAGNMQTQGCQDPNQEELDELEEETGNVQAQGCQDPNQEEPEMLEEADHRRKY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 RENMKAELLETWDNISWPKDHVYIRNTSKDEHEELQRLLDPNRTRAQAQTIVLVGRAGVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RENMKAELLETWDNISWPKDHVYIRNTSKDEHEELQRLLDPNRTRAQAQTIVLVGRAGVG
190 200 210 220 230 240
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pF1KB7 KTTLAMQAMLHWANGVLFQQRFSYVFYLSCHKIRYMKETTFAELISLDWPDFDAPIEEFM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KTTLAMQAMLHWANGVLFQQRFSYVFYLSCHKIRYMKETTFAELISLDWPDFDAPIEEFM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 SQPEKLLFIIDGFEEIIISESRSESLDDGSPCTDWYQELPVTKILHSLLKKELVPLATLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQPEKLLFIIDGFEEIIISESRSESLDDGSPCTDWYQELPVTKILHSLLKKELVPLATLL
310 320 330 340 350 360
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pF1KB7 ITIKTWFVRDLKASLVNPCFVQITGFTGDDLRVYFMRHFDDSSEVEKILQQLRKNETLFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ITIKTWFVRDLKASLVNPCFVQITGFTGDDLRVYFMRHFDDSSEVEKILQQLRKNETLFH
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pF1KB7 SCSAPMVCWTVCSCLKQPKVRYYDLQSITQTTTSLYAYFFSNLFSTAEVDLADDSWPGQW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SCSAPMVCWTVCSCLKQPKVRYYDLQSITQTTTSLYAYFFSNLFSTAEVDLADDSWPGQW
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pF1KB7 RALCSLAIEGLWSMNFTFNKEDTEIEGLEVPFIDSLYEFNILQKINDCGGCTTFTHLSFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RALCSLAIEGLWSMNFTFNKEDTEIEGLEVPFIDSLYEFNILQKINDCGGCTTFTHLSFQ
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pF1KB7 EFFAAMSFVLEEPREFPPHSTKPQEMKMLLQHVLLDKEAYWTPVVLFFFGLLNKNIAREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EFFAAMSFVLEEPREFPPHSTKPQEMKMLLQHVLLDKEAYWTPVVLFFFGLLNKNIAREL
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pF1KB7 EDTLHCKISPRVMEELLKWGEELGKAESASLQFHILRLFHCLHESQEEDFTKKMLGRIFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EDTLHCKISPRVMEELLKWGEELGKAESASLQFHILRLFHCLHESQEEDFTKKMLGRIFE
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pF1KB7 VDLNILEDEELQASSFCLKHCKRLNKLRLSVSSHILERDLEILETSKFDSRMHAWNSICS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VDLNILEDEELQASSFCLKHCKRLNKLRLSVSSHILERDLEILETSKFDSRMHAWNSICS
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pF1KB7 TLVTNENLHELDLSNSKLHASSVKGLCLALKNPRCKVQKLTCKSVTPEWVLQDLIIALQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TLVTNENLHELDLSNSKLHASSVKGLCLALKNPRCKVQKLTCKSVTPEWVLQDLIIALQG
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pF1KB7 NSKLTHLNFSSNKLGMTVPLILKALRHSACNLKYLCLEKCNLSAASCQDLALFLTSIQHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NSKLTHLNFSSNKLGMTVPLILKALRHSACNLKYLCLEKCNLSAASCQDLALFLTSIQHV
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850 860 870 880 890 900
pF1KB7 TRLCLGFNRLQDDGIKLLCAALTHPKCALERLELWFCQLAAPACKHLSDALLQNRSLTHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TRLCLGFNRLQDDGIKLLCAALTHPKCALERLELWFCQLAAPACKHLSDALLQNRSLTHL
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
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NP_001 MAQFKEISLH-LNAVDVVPSSFCVKHCRNLQKMSLQVIKENLPENVTASESDAEV-ERSQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]