Result of FASTA (ccds) for pFN21AB7316
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7316, 1097 aa
  1>>>pF1KB7316 1097 - 1097 aa - 1097 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5360+/-0.00113; mu= 15.3596+/- 0.067
 mean_var=86.8020+/-16.787, 0's: 0 Z-trim(103.0): 84  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.137661
 statistics sampled from 7123 (7208) to 7123 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.581), E-opt: 0.2 (0.221), width:  16
 Scan time:  3.570

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS3927.1 LIFR gene_id:3977|Hs108|chr5            (1097) 7423 1485.3       0
CCDS3928.1 OSMR gene_id:9180|Hs108|chr5            ( 979) 1200 249.4   3e-65
CCDS3971.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5           ( 918)  562 122.7 3.9e-27
CCDS56366.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5       ( 662)  497 109.7 2.2e-23
CCDS56365.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5       ( 681)  497 109.7 2.3e-23
CCDS75245.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5       ( 745)  490 108.3 6.5e-23
CCDS3970.2 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5        ( 764)  490 108.3 6.7e-23
CCDS75244.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5       ( 582)  465 103.3 1.6e-21
CCDS54856.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5          ( 857)  421 94.6 9.9e-19
CCDS56367.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5       ( 622)  415 93.4 1.7e-18
CCDS58007.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1        ( 776)  376 85.7 4.4e-16
CCDS638.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1          ( 862)  373 85.1 7.4e-16
CCDS54847.1 OSMR gene_id:9180|Hs108|chr5           ( 342)  343 79.0   2e-14
CCDS72805.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1        ( 635)  339 78.3   6e-14
CCDS58006.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1        ( 659)  339 78.3 6.2e-14
CCDS412.1 CSF3R gene_id:1441|Hs108|chr1            ( 783)  295 69.6 3.1e-11
CCDS413.1 CSF3R gene_id:1441|Hs108|chr1            ( 836)  295 69.6 3.3e-11
CCDS414.1 CSF3R gene_id:1441|Hs108|chr1            ( 863)  295 69.6 3.4e-11
CCDS47209.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5          ( 329)  283 67.1 7.4e-11


>>CCDS3927.1 LIFR gene_id:3977|Hs108|chr5                 (1097 aa)
 initn: 7423 init1: 7423 opt: 7423  Z-score: 7963.5  bits: 1485.3 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7423; 100.0% identity (100.0% similar) in 1097 aa overlap (1-1097:1-1097)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MMDIYVCLKRPSWMVDNKRMRTASNFQWLLSTFILLYLMNQVNSQKKGAPHDLKCVTNNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 MMDIYVCLKRPSWMVDNKRMRTASNFQWLLSTFILLYLMNQVNSQKKGAPHDLKCVTNNL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 QVWNCSWKAPSGTGRGTDYEVCIENRSRSCYQLEKTSIKIPALSHGDYEITINSLHDFGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 QVWNCSWKAPSGTGRGTDYEVCIENRSRSCYQLEKTSIKIPALSHGDYEITINSLHDFGS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 STSKFTLNEQNVSLIPDTPEILNLSADFSTSTLYLKWNDRGSVFPHRSNVIWEIKVLRKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 STSKFTLNEQNVSLIPDTPEILNLSADFSTSTLYLKWNDRGSVFPHRSNVIWEIKVLRKE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 SMELVKLVTHNTTLNGKDTLHHWSWASDMPLECAIHFVEIRCYIDNLHFSGLEEWSDWSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 SMELVKLVTHNTTLNGKDTLHHWSWASDMPLECAIHFVEIRCYIDNLHFSGLEEWSDWSP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 VKNISWIPDSQTKVFPQDKVILVGSDITFCCVSQEKVLSALIGHTNCPLIHLDGENVAIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 VKNISWIPDSQTKVFPQDKVILVGSDITFCCVSQEKVLSALIGHTNCPLIHLDGENVAIK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 IRNISVSASSGTNVVFTTEDNIFGTVIFAGYPPDTPQQLNCETHDLKEIICSWNPGRVTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 IRNISVSASSGTNVVFTTEDNIFGTVIFAGYPPDTPQQLNCETHDLKEIICSWNPGRVTA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 LVGPRATSYTLVESFSGKYVRLKRAEAPTNESYQLLFQMLPNQEIYNFTLNAHNPLGRSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 LVGPRATSYTLVESFSGKYVRLKRAEAPTNESYQLLFQMLPNQEIYNFTLNAHNPLGRSQ
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 STILVNITEKVYPHTPTSFKVKDINSTAVKLSWHLPGNFAKINFLCEIEIKKSNSVQEQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 STILVNITEKVYPHTPTSFKVKDINSTAVKLSWHLPGNFAKINFLCEIEIKKSNSVQEQR
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB7 NVTIKGVENSSYLVALDKLNPYTLYTFRIRCSTETFWKWSKWSNKKQHLTTEASPSKGPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 NVTIKGVENSSYLVALDKLNPYTLYTFRIRCSTETFWKWSKWSNKKQHLTTEASPSKGPD
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB7 TWREWSSDGKNLIIYWKPLPINEANGKILSYNVSCSSDEETQSLSEIPDPQHKAEIRLDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 TWREWSSDGKNLIIYWKPLPINEANGKILSYNVSCSSDEETQSLSEIPDPQHKAEIRLDK
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB7 NDYIISVVAKNSVGSSPPSKIASMEIPNDDLKIEQVVGMGKGILLTWHYDPNMTCDYVIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 NDYIISVVAKNSVGSSPPSKIASMEIPNDDLKIEQVVGMGKGILLTWHYDPNMTCDYVIK
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB7 WCNSSRSEPCLMDWRKVPSNSTETVIESDEFRPGIRYNFFLYGCRNQGYQLLRSMIGYIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 WCNSSRSEPCLMDWRKVPSNSTETVIESDEFRPGIRYNFFLYGCRNQGYQLLRSMIGYIE
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB7 ELAPIVAPNFTVEDTSADSILVKWEDIPVEELRGFLRGYLFYFGKGERDTSKMRVLESGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 ELAPIVAPNFTVEDTSADSILVKWEDIPVEELRGFLRGYLFYFGKGERDTSKMRVLESGR
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB7 SDIKVKNITDISQKTLRIADLQGKTSYHLVLRAYTDGGVGPEKSMYVVTKENSVGLIIAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 SDIKVKNITDISQKTLRIADLQGKTSYHLVLRAYTDGGVGPEKSMYVVTKENSVGLIIAI
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB7 LIPVAVAVIVGVVTSILCYRKREWIKETFYPDIPNPENCKALQFQKSVCEGSSALKTLEM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 LIPVAVAVIVGVVTSILCYRKREWIKETFYPDIPNPENCKALQFQKSVCEGSSALKTLEM
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB7 NPCTPNNVEVLETRSAFPKIEDTEIISPVAERPEDRSDAEPENHVVVSYCPPIIEEEIPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 NPCTPNNVEVLETRSAFPKIEDTEIISPVAERPEDRSDAEPENHVVVSYCPPIIEEEIPN
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB7 PAADEAGGTAQVIYIDVQSMYQPQAKPEEEQENDPVGGAGYKPQMHLPINSTVEDIAAEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 PAADEAGGTAQVIYIDVQSMYQPQAKPEEEQENDPVGGAGYKPQMHLPINSTVEDIAAEE
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB7 DLDKTAGYRPQANVNTWNLVSPDSPRSIDSNSEIVSFGSPCSINSRQFLIPPKDEDSPKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 DLDKTAGYRPQANVNTWNLVSPDSPRSIDSNSEIVSFGSPCSINSRQFLIPPKDEDSPKS
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090       
pF1KB7 NGGGWSFTNFFQNKPND
       :::::::::::::::::
CCDS39 NGGGWSFTNFFQNKPND
             1090       

>>CCDS3928.1 OSMR gene_id:9180|Hs108|chr5                 (979 aa)
 initn: 921 init1: 178 opt: 1200  Z-score: 1285.0  bits: 249.4 E(32554): 3e-65
Smith-Waterman score: 1492; 31.8% identity (63.4% similar) in 916 aa overlap (135-1010:30-916)

          110       120       130       140       150       160    
pF1KB7 HGDYEITINSLHDFGSSTSKFTLNEQNVSLIPDTPEILNLSADFSTSTLYLKWNDRGSVF
                                     .: ::  :..:.. . ..:.:.:. ..  .
CCDS39  MALFAVFQTTFFLTLLSLRTYQSEVLAERLPLTPVSLKVSTNSTRQSLHLQWTVHNLPY
                10        20        30        40        50         

          170       180       190       200       210       220    
pF1KB7 PHRSNVIWEIKVLRKESMELVKLVTHNTTLNGKDTLHHWSWASDMPLECAIHFVEIRCYI
        .. .....:.. : :. ... . ...::.. ...:: ::: :..::::: :::.:.  .
CCDS39 HQELKMVFQIQISRIETSNVIWVGNYSTTVKWNQVLH-WSWESELPLECATHFVRIKSLV
      60        70        80        90        100       110        

          230       240       250           260       270       280
pF1KB7 DNLHFSGLEEWSDWSPVKNISWIPDSQTK----VFPQDKVILVGSDITFCCVSQEKVLSA
       :. .:   . ::.::  ...: . ::  .    :::.::..  :...:.: ::.. . . 
CCDS39 DDAKFPEPNFWSNWSSWEEVS-VQDSTGQDILFVFPKDKLVEEGTNVTICYVSRN-IQNN
      120       130        140       150       160       170       

              290          300       310        320           330  
pF1KB7 LIGHTNCPLIH---LDGENVAIKIRNISVSASSGTNVVF-TTEDNIF----GTVIFAGYP
       .  . .   ::   :: . .:... ..    ..:::.   ... :.     : :.:..  
CCDS39 VSCYLEGKQIHGEQLDPHVTAFNLNSVPFIRNKGTNIYCEASQGNVSEGMKGIVLFVSKV
        180       190       200       210       220       230      

            340       350       360         370       380       390
pF1KB7 PDTPQQLNCETHDLKEIICSWNPGRVTALVGPR--ATSYTLVESFSGKYVRLKRAEAPTN
        . :....:::.:.: . :.:.::  :::   .  . :::: :::::.    :.  .  :
CCDS39 LEEPKDFSCETEDFKTLHCTWDPGTDTALGWSKQPSQSYTLFESFSGE----KKLCTHKN
        240       250       260       270       280           290  

              400       410       420       430       440       450
pF1KB7 ESYQLLFQMLPNQEIYNFTLNAHNPLGRSQSTILVNITEKVYPHTPTSFKVKDINSTAVK
            . :   .:: ::::: :.: : . . .:: :.:..::  .: : . ...:.: . 
CCDS39 WCNWQITQ--DSQETYNFTLIAENYLRKRSVNILFNLTHRVYLMNPFSVNFENVNATNAI
            300         310       320       330       340       350

              460       470       480       490       500       510
pF1KB7 LSWHLPGNFAKINFLCEIEIKKSNSVQEQRNVTIKGVENSSYLVALDKLNPYTLYTFRIR
       ..:.. .   ....::.::..  .... : ::.::   :. :.  :..:.: : :  :.:
CCDS39 MTWKVHSIRNNFTYLCQIELHGEGKMM-QYNVSIK--VNGEYF--LSELEPATEYMARVR
              360       370        380         390         400     

               520       530        540       550         560      
pF1KB7 CSTET-FWKWSKWSNKKQHLTT-EASPSKGPDTWREWSSDGKN--LIIYWKPLPINEANG
       :.  . :::::.::.  :..:: ::.::..::.::  : .  :  . ..::::   .:::
CCDS39 CADASHFWKWSEWSG--QNFTTLEAAPSEAPDVWRIVSLEPGNHTVTLFWKPLSKLHANG
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CCDS39 PCITDWQQEDGTVHRTYLRGN-LAESKCYLITVTPVYADGPGSPESIKAYLKQAPPSKGP
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CCDS39 TVRTKKVGKNEAVLEWDQLPVDVQNGFIRNYTIFY----------RTIIGNETAVNV---
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pF1KB7 TDISQKTLRIADLQGKTSYHLVLRAYTD-GGV-GPEKSMYVVTKENSVGLIIAILIPVAV
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CCDS39 -DSSHTEYTLSSLTSDTLYMVRMAAYTDEGGKDGPEFTF--TTPKFAQGEIEAIVVPVCL
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pF1KB7 AVIVGVVTSIL-CYRKREWIKETFYPDIPNPENCKALQFQ-KSVCEGSSALKTLEMNPCT
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CCDS39 AFLLTTLLGVLFCFNKRDLIKKHIWPNVPDPSKSHIAQWSPHTPPRHNFNSKDQMYSDGN
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pF1KB7 PNNVEVLET----RSAFPK-IEDTEIISPVAERPEDRSDAEPENHVVVSYCPPII----E
        ..: :.:     .. ::. ... ....      : .:..   .  . :  : :     .
CCDS39 FTDVSVVEIEANDKKPFPEDLKSLDLFKKEKINTEGHSSGIGGSSCMSSSRPSISSSDEN
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pF1KB7 EEIPNPAAD-------EAGGTAQVIYIDV-------QSMYQPQAKPEEEQENDPV-GGAG
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CCDS39 ESSQNTSSTVQYSTVVHSGYRHQVPSVQVFSRSESTQPLLDSEERPEDLQLVDHVDGGDG
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CCDS39 ILPRQQYFKQNCSQHE--SSPDISHFERSKQVSSVNEEDFVRLKQQISDHISQSCGSGQM
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>>CCDS56366.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5            (662 aa)
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CCDS56 PQPSCVNLGMMWTWALWMLPSLCKFSLAALPAKPENISCVYYYRKNLTCTWSPGKETSYT
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CCDS56 QYTVKRTYAFGEKHDNCTTNSSTSENRASCSFFLPRITIPDN--YTIEVEAENGDGVIKS
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CCDS56 HMTYWRLENIA-KTEP--PKIFRVKPVLGIKRMIQIEWIKP-ELAPVSSDLKYTLRFRTV
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       ::.. ..    :. ....    :  :.:.: :.. .::...    :: ::..:. .: : 
CCDS56 NSTSWMEVNFAKNRKDKNQTYNLTGLQPFTEYVIALRCAVKESKFWSDWSQEKMGMTEEE
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pF1KB7 SPSKGPDTWREWS---SDGKNLI-IYWKPLPINEANGKILSYNVSCSSDEETQSLSEIPD
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CCDS39 ATWHGDDFKDKLNLKESDDSVNTEDRILKPCSTPSDKLVIDKLVVNFGNVLQ-EIFTDEA
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pF1KB7 ----GKGERDTSKMRVLESGRSDIKVKNITDISQKTLRIADLQGKTSYHLVLRAYTDGGV
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CCDS75 QAEGGKGFCKHAHSEVEKNPKPQIDAMDRPVVGMAPPSHCDLQPGMN-HLASLNLSENGA
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>>CCDS54856.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5               (857 aa)
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CCDS54 MLTLQTWLVQALFIFLTTESTGELLDPCGYISPESPVVQLHSNFTAVCVLKEKCMDYF--
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pF1KB7 HTNCPLIHLDGENVAIKIRNISVSASSGTNVVFTT------------------EDNIFGT
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CCDS54 HVNANYIVWKTNHFTIPKEQYTIINRTASSVTFTDIASLNIQLTCNILTFGQLEQNVYGI
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pF1KB7 VIFAGYPPDTPQQLNCETHDLKEIICSWNPGRVTALVGPRATSYTL-VESFSGKYVRLK-
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CCDS54 TIISGLPPEKPKNLSCIVNEGKKMRCEWDGGRETHL----ETNFTLKSEWATHKFADCKA
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pF1KB7 RAEAPTNESYQLLFQMLPNQEIYNFTLNAHNPLGRSQST-ILVNITEKVYPHTPTSFKVK
       . ..::. . .    .. : :..   ..:.: ::.  :  :  . . :: :. : ...: 
CCDS54 KRDTPTSCTVDYSTVYFVNIEVW---VEAENALGKVTSDHINFDPVYKVKPNPPHNLSVI
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CCDS54 KPFTEYVFRIRCMKEDGKGYWSDWSEEASGITYEDRPSKAPSFWYKIDPSHTQGYRTVQL
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       .:     : . ::                          .::.     : ..:. : .  
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CCDS54 ------ITVTPVYADG--PGSP----------------ESIKAYLKQAPPSKGPTVRTKK
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CCDS54 EYTLSSLTSDTLYMVRMAAYTDEGGKDGPEFTF--TTPKFAQGEIEAIVVPVCLAFLLTT
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       . ..: :. ::. ::. ..:..:.: . .  :.. ..  . .   :   ..  . ..: :
CCDS54 LLGVLFCFNKRDLIKKHIWPNVPDPSKSHIAQWSPHTPPRHNFNSKDQMYSDGNFTDVSV
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       .:     .. ::. ... ....      : .:..   .  . :  : :     .:   : 
CCDS54 VEIEANDKKPFPEDLKSLDLFKKEKINTEGHSSGIGGSSCMSSSRPSISSSDENESSQNT
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CCDS54 SSTVQYSTVVHSGYRHQVPSVQVFSRSESTQPLLDSEERPEDLQLVDHVDGGDGILPRQQ
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CCDS54 YFKQNCSQHE--SSPDISHFERSKQVSSVNEEDFVRLKQQISDHISQSCGSGQMKMFQEV
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CCDS54 SAADAFGPGTEGQVERFETVGMEAATDEGMPKSYLPQTVRQGGYMPQ
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CCDS56                          MTYWRLENIA-KTEP--PKIFRVKPVLGIKRMIQI
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CCDS56 EWIKP-ELAPVSSDLKYTLRFRTVNSTSWMEVNFAKNRKDKNQTYNLTGLQPFTEYVIAL
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       ::...    :: ::..:. .: : .:  : . ::  .   .::.  . . ::      . 
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CCDS56 EKTLGYNIWYYPESNTNLTETMNTTNQQLELHLGGESFWVSMISYNSLGKSP---VATLR
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       ::  . :  : . . ..      ... :. .   .  ..:.:  .  :::  ..:..: :
CCDS56 IPAIQEKSFQCIEVMQACVAEDQLVVKWQSSALDVNTWMIEWFPDVDSEPTTLSWESV-S
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CCDS56 QATNWTIQQDKLKPFWCYNISVYPMLHDKVGEPYSIQAYAKEGVPSEGPETKVENIGVKT
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CCDS56 VTITWKEIPKSERKGIICNYTIFYQAEGGKGFSKTVNSSILQYG----------------
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CCDS56 --LESLKRKTSYIVQVMASTSAGGTNGTSINFKTLSFSVFEIILITSLIGGGLLILIILT
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CCDS56 VAYGLKKPNKLTHLCWPTVPNPAESSIATWHGDDFKDKLNLKESDDSVNTEDRILKPCST
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CCDS56 PSDKLVIDKLVVNFGNVLQ-EIFTDEARTGQENNLGGEKNGYVTCPFRPDCPLGKSFEEL
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CCDS56 PVSPEIPPRKSQYLRSRMPEGTRPEAKEQLLFSGQSLVPDHLCEEGAPNPYLKNSVTARE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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