Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE0345
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0345, 569 aa
1>>>pF1KE0345 569 - 569 aa - 569 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7705+/-0.00089; mu= 16.3101+/- 0.054
mean_var=67.7709+/-13.452, 0's: 0 Z-trim(105.3): 18 B-trim: 3 in 1/51
Lambda= 0.155795
statistics sampled from 8355 (8366) to 8355 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.618), E-opt: 0.2 (0.257), width: 16
Scan time: 3.260
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS42992.1 GGT1 gene_id:2678|Hs108|chr22 ( 569) 3687 837.9 0
CCDS13163.1 GGTLC1 gene_id:92086|Hs108|chr20 ( 225) 1413 326.7 1.9e-89
CCDS13802.2 GGTLC2 gene_id:91227|Hs108|chr22 ( 218) 1296 300.4 1.5e-81
CCDS13825.1 GGT5 gene_id:2687|Hs108|chr22 ( 586) 1077 251.3 2.5e-66
CCDS42990.1 GGT5 gene_id:2687|Hs108|chr22 ( 587) 1070 249.7 7.4e-66
CCDS13242.2 GGT7 gene_id:2686|Hs108|chr20 ( 662) 833 196.5 8.9e-50
CCDS42989.1 GGT5 gene_id:2687|Hs108|chr22 ( 554) 781 184.7 2.5e-46
>>CCDS42992.1 GGT1 gene_id:2678|Hs108|chr22 (569 aa)
initn: 3687 init1: 3687 opt: 3687 Z-score: 4475.0 bits: 837.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3687; 100.0% identity (100.0% similar) in 569 aa overlap (1-569:1-569)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKKKLVVLGLLAVVLVLVIVGLCLWLPSASKEPDNHVYTRAAVAADAKQCSKIGRDALRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MKKKLVVLGLLAVVLVLVIVGLCLWLPSASKEPDNHVYTRAAVAADAKQCSKIGRDALRD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 GGSAVDAAIAALLCVGLMNAHSMGIGGGLFLTIYNSTTRKAEVINAREVAPRLAFATMFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GGSAVDAAIAALLCVGLMNAHSMGIGGGLFLTIYNSTTRKAEVINAREVAPRLAFATMFN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SSEQSQKGGLSVAVPGEIRGYELAHQRHGRLPWARLFQPSIQLARQGFPVGKGLAAALEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SSEQSQKGGLSVAVPGEIRGYELAHQRHGRLPWARLFQPSIQLARQGFPVGKGLAAALEN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 KRTVIEQQPVLCEVFCRDRKVLREGERLTLPQLADTYETLAIEGAQAFYNGSLTAQIVKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 KRTVIEQQPVLCEVFCRDRKVLREGERLTLPQLADTYETLAIEGAQAFYNGSLTAQIVKD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 IQAAGGIVTAEDLNNYRAELIEHPLNISLGDVVLYMPSAPLSGPVLALILNILKGYNFSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 IQAAGGIVTAEDLNNYRAELIEHPLNISLGDVVLYMPSAPLSGPVLALILNILKGYNFSR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 ESVESPEQKGLTYHRIVEAFRFAYAKRTLLGDPKFVDVTEVVRNMTSEFFAAQLRAQISD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ESVESPEQKGLTYHRIVEAFRFAYAKRTLLGDPKFVDVTEVVRNMTSEFFAAQLRAQISD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 DTTHPISYYKPEFYTPDDGGTAHLSVVAEDGSAVSATSTINLYFGSKVRSPVSGILFNNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 DTTHPISYYKPEFYTPDDGGTAHLSVVAEDGSAVSATSTINLYFGSKVRSPVSGILFNNE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 MDDFSSPSITNEFGVPPSPANFIQPGKQPLSSMCPTIMVGQDGQVRMVVGAAGGTQITTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MDDFSSPSITNEFGVPPSPANFIQPGKQPLSSMCPTIMVGQDGQVRMVVGAAGGTQITTA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 TALAIIYNLWFGYDVKRAVEEPRLHNQLLPNVTTVERNIDQAVTAALETRHHHTQIASTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TALAIIYNLWFGYDVKRAVEEPRLHNQLLPNVTTVERNIDQAVTAALETRHHHTQIASTF
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KE0 IAVVQAIVRTAGGWAAASDSRKGGEPAGY
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 IAVVQAIVRTAGGWAAASDSRKGGEPAGY
550 560
>>CCDS13163.1 GGTLC1 gene_id:92086|Hs108|chr20 (225 aa)
initn: 1413 init1: 1413 opt: 1413 Z-score: 1719.2 bits: 326.7 E(32554): 1.9e-89
Smith-Waterman score: 1413; 96.0% identity (97.3% similar) in 225 aa overlap (345-569:1-225)
320 330 340 350 360 370
pF1KE0 RIVEAFRFAYAKRTLLGDPKFVDVTEVVRNMTSEFFAAQLRAQISDDTTHPISYYKPEFY
::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS13 MTSEFFSAQLRAQISDDTTHPISYYKPEFY
10 20 30
380 390 400 410 420 430
pF1KE0 TPDDGGTAHLSVVAEDGSAVSATSTINLYFGSKVRSPVSGILFNNEMDDFSSPSITNEFG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::: :::::::
CCDS13 MPDDGGTAHLSVVAEDGSAVSATSTINLYFGSKVRSPVSGILLNNEMDDFSSTSITNEFG
40 50 60 70 80 90
440 450 460 470 480 490
pF1KE0 VPPSPANFIQPGKQPLSSMCPTIMVGQDGQVRMVVGAAGGTQITTATALAIIYNLWFGYD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::
CCDS13 VPPSPANFIQPGKQPLSSMCPTIMVGQDGQVRMVVGAAGGTQITMATALAIIYNLWFGYD
100 110 120 130 140 150
500 510 520 530 540 550
pF1KE0 VKRAVEEPRLHNQLLPNVTTVERNIDQAVTAALETRHHHTQIASTFIAVVQAIVRTAGGW
:: :::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::.:::::::::::: ::::
CCDS13 VKWAVEEPRLHNQLLPNVTTVERNIDQEVTAALETRHHHTQITSTFIAVVQAIVRMAGGW
160 170 180 190 200 210
560
pF1KE0 AAASDSRKGGEPAGY
:::::::::::::::
CCDS13 AAASDSRKGGEPAGY
220
>>CCDS13802.2 GGTLC2 gene_id:91227|Hs108|chr22 (218 aa)
initn: 1318 init1: 770 opt: 1296 Z-score: 1577.3 bits: 300.4 E(32554): 1.5e-81
Smith-Waterman score: 1296; 90.7% identity (92.4% similar) in 225 aa overlap (345-569:1-218)
320 330 340 350 360 370
pF1KE0 RIVEAFRFAYAKRTLLGDPKFVDVTEVVRNMTSEFFAAQLRAQISDDTTHPISYYKPEFY
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MTSEFFAAQLRAQISDDTTHPISYYKPEFY
10 20 30
380 390 400 410 420 430
pF1KE0 TPDDGGTAHLSVVAEDGSAVSATSTINLYFGSKVRSPVSGILFNNEMDDFSSPSITNEFG
:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::.::::::::.::::::
CCDS13 TPVDGGTAHLSVVAEDGSAVSATSTINLYFGSKVRSPVSEILFNDEMDDFSSPNITNEFG
40 50 60 70 80 90
440 450 460 470 480 490
pF1KE0 VPPSPANFIQPGKQPLSSMCPTIMVGQDGQVRMVVGAAGGTQITTATALAIIYNLWFGYD
:::::::::::::::::::::::::::::: . : : . : ::::::::::
CCDS13 VPPSPANFIQPGKQPLSSMCPTIMVGQDGQPP---SHADHTPMPQA----IIYNLWFGYD
100 110 120 130 140
500 510 520 530 540 550
pF1KE0 VKRAVEEPRLHNQLLPNVTTVERNIDQAVTAALETRHHHTQIASTFIAVVQAIVRTAGGW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VKRAVEEPRLHNQLLPNVTTVERNIDQAVTAALETRHHHTQIASTFIAVVQAIVRTAGGW
150 160 170 180 190 200
560
pF1KE0 AAASDSRKGGEPAGY
:::::::::::::::
CCDS13 AAASDSRKGGEPAGY
210
>>CCDS13825.1 GGT5 gene_id:2687|Hs108|chr22 (586 aa)
initn: 1138 init1: 345 opt: 1077 Z-score: 1304.4 bits: 251.3 E(32554): 2.5e-66
Smith-Waterman score: 1297; 40.0% identity (67.0% similar) in 582 aa overlap (5-569:11-586)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKKKLVVLGLLAVVLVLVIVGLCLWLPSASKEPDNHVYTRAAVAADAKQCSKIG
::.::: ...:....... : .: : .....::::::.: :: ::
CCDS13 MARGYGATVSLVLLGL-GLALAVIVLAVVLSRHQAPCGP--QAFAHAAVAADSKVCSDIG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 RDALRDGGSAVDAAIAALLCVGLMNAHSMGIGGGLFLTIYNSTTRKAEVINAREVAPRLA
: :.. :: :::.::::.:....: .:::.:::...:::: :: :.:::::::..:
CCDS13 RAILQQQGSPVDATIAALVCTSVVNPQSMGLGGGVIFTIYNVTTGKVEVINARETVPASH
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 FATMFNSSEQSQKGGLS---VAVPGEIRGYELAHQRHGRLPWARLFQPSIQLARQGFPVG
..... :. : . ..::::.::: ::.::::::::.::::.: : : : :.
CCDS13 APSLLDQCAQALPLGTGAQWIGVPGELRGYAEAHRRHGRLPWAQLFQPTIALLRGGHVVA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE0 KGLAAALENK--RTVIEQQPVLCEVFCRDRKVLREGERLTLPQLADTYETLAIEGAQAFY
:. :.:. : . : .: ..: . :: . : : :: : ::.: ::...::
CCDS13 PVLSRFLHNSILRPSL-QASTLRQLFFNGTEPLRPQDPLPWPALATTLETVATEGVEVFY
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 NGSLTAQIVKDIQAAGGIVTAEDLNNYRAELIEHPLNISLGDVVLYMPSAPLSGPVLALI
.: : ..:.:: :. .: .:: ... :... :.. ::: .:: : : .: .:..:
CCDS13 TGRLGQMLVEDIAKEGSQLTLQDLAKFQPEVVD-ALEVPLGDYTLYSPPPPAGGAILSFI
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LNILKGYNFSRESVESPEQKGLTYHRIVEAFRFAYAKRTLLGDPK-FVDVTEVVRNMTSE
::.:.:.::: ::. :: . .::..::...:: ..: ::::. . .. :.. .:
CCDS13 LNVLRGFNFSTESMARPEGRVNVYHHLVETLKFAKGQRWRLGDPRSHPKLQNASRDLLGE
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 FFAAQLRAQISDDTTHPISYYKPEFYTPDDGGTAHLSVVAEDGSAVSATSTINLYFGSKV
.: .: ::. : .:.:. ::.:.::..::::::.:::::: ::. :
CCDS13 TLAQLIRQQIDGRGDHQLSHYSLAEAWGHGTGTSHVSVLGEDGSAVAATSTINTPFGAMV
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KE0 RSPVSGILFNNEMDDFS-----------SPSITNEFGVPPSPANFIQPGKQPLSSMCPTI
:: .::..:::. :. :: .. : :. ::.. ::: :.:
CCDS13 YSPRTGIILNNELLDLCERCPRGSGTTPSPVSGDRVGGAPGRCWPPVPGERSPSSMVPSI
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KE0 MVGQDGQVRMVVGAAGGTQITTATALAIIYNLWFGYDVKRAVEEPRLHNQLLPNVTTVER
.... ..:.:.::: : .:.: ::. .::.:.:.. :. : :: . . . :
CCDS13 LINKAQGSKLVIGGAGGELIISAVAQAIMSKLWLGFDLRAAIAAPILHVNS-KGCVEYEP
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560
pF1KE0 NIDQAVTAALETRHHHTQIASTFIAVVQAIVRTAGGWAAASDSRKGGEPAGY
:..: : .:. : .. :. ::::. . .. :.:: ::.:: :::
CCDS13 NFSQEVQRGLQDRGQNQTQRPFFLNVVQAVSQEGACVYAVSDLRKSGEAAGY
540 550 560 570 580
>>CCDS42990.1 GGT5 gene_id:2687|Hs108|chr22 (587 aa)
initn: 1134 init1: 345 opt: 1070 Z-score: 1295.9 bits: 249.7 E(32554): 7.4e-66
Smith-Waterman score: 1299; 40.0% identity (67.4% similar) in 583 aa overlap (5-569:11-587)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKKKLVVLGLLAVVLVLVIVGLCLWLPSASKEPDNHVYTRAAVAADAKQCSKIG
::.::: ...:....... : .: : .....::::::.: :: ::
CCDS42 MARGYGATVSLVLLGL-GLALAVIVLAVVLSRHQAPCGP--QAFAHAAVAADSKVCSDIG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 RDALRDGGSAVDAAIAALLCVGLMNAHSMGIGGGLFLTIYNSTTRKAEVINAREVAPRLA
: :.. :: :::.::::.:....: .:::.:::...:::: :: :.:::::::..:
CCDS42 RAILQQQGSPVDATIAALVCTSVVNPQSMGLGGGVIFTIYNVTTGKVEVINARETVPASH
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 FATMFNSSEQSQKGGLS---VAVPGEIRGYELAHQRHGRLPWARLFQPSIQLARQGFPVG
..... :. : . ..::::.::: ::.::::::::.::::.: : : : :.
CCDS42 APSLLDQCAQALPLGTGAQWIGVPGELRGYAEAHRRHGRLPWAQLFQPTIALLRGGHVVA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE0 KGLAAALENK--RTVIEQQPVLCEVFCRDRKVLREGERLTLPQLADTYETLAIEGAQAFY
:. :.:. : . : .: ..: . :: . : : :: : ::.: ::...::
CCDS42 PVLSRFLHNSILRPSL-QASTLRQLFFNGTEPLRPQDPLPWPALATTLETVATEGVEVFY
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 NGSLTAQIVKDIQAAGGIVTAEDLNNYRAELIEHPLNISLGDVVLYMPSAPLSGPVLALI
.: : ..:.:: :. .: .:: ... :... :.. ::: .:: : : .: .:..:
CCDS42 TGRLGQMLVEDIAKEGSQLTLQDLAKFQPEVVD-ALEVPLGDYTLYSPPPPAGGAILSFI
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LNILKGYNFSRESVESPEQKGLTYHRIVEAFRFAYAKRTLLGDPK-FVDVTEVVRNMTSE
::.:.:.::: ::. :: . .::..::...:: ..: ::::. . .. :.. .:
CCDS42 LNVLRGFNFSTESMARPEGRVNVYHHLVETLKFAKGQRWRLGDPRSHPKLQNASRDLLGE
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 FFAAQLRAQISDDTTHPISYYKPEFYTPDDGGTAHLSVVAEDGSAVSATSTINLYFGSKV
.: .: ::. : .:.:. ::.:.::..::::::.:::::: ::. :
CCDS42 TLAQLIRQQIDGRGDHQLSHYSLAEAWGHGTGTSHVSVLGEDGSAVAATSTINTPFGAMV
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KE0 RSPVSGILFNNEMDDFS-----------SPSITNE-FGVPPSPANFIQPGKQPLSSMCPT
:: .::..:::. :. ::..... : :. ::.. ::: :.
CCDS42 YSPRTGIILNNELLDLCERCPRGSGTTPSPAVSGDRVGGAPGRCWPPVPGERSPSSMVPS
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KE0 IMVGQDGQVRMVVGAAGGTQITTATALAIIYNLWFGYDVKRAVEEPRLHNQLLPNVTTVE
:.... ..:.:.::: : .:.: ::. .::.:.:.. :. : :: . . . :
CCDS42 ILINKAQGSKLVIGGAGGELIISAVAQAIMSKLWLGFDLRAAIAAPILHVNS-KGCVEYE
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560
pF1KE0 RNIDQAVTAALETRHHHTQIASTFIAVVQAIVRTAGGWAAASDSRKGGEPAGY
:..: : .:. : .. :. ::::. . .. :.:: ::.:: :::
CCDS42 PNFSQEVQRGLQDRGQNQTQRPFFLNVVQAVSQEGACVYAVSDLRKSGEAAGY
540 550 560 570 580
>>CCDS13242.2 GGT7 gene_id:2686|Hs108|chr20 (662 aa)
initn: 458 init1: 221 opt: 833 Z-score: 1007.1 bits: 196.5 E(32554): 8.9e-50
Smith-Waterman score: 895; 33.0% identity (64.4% similar) in 533 aa overlap (34-561:133-652)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 KLVVLGLLAVVLVLVIVGLCLWLPSASKEPDNHVYTRAAVAADAKQCSKIGRDALRDGGS
: ... ..::..:: .:...: ..: ::
CCDS13 RQDGLTVIVTACLTFATGVTVALVMQIYFGDPQIFQQGAVVTDAARCTSLGIEVLSKQGS
110 120 130 140 150 160
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 AVDAAIAALLCVGLMNAHSMGIGGGLFLTIYNSTTRKAEVINAREVAPRLAFATMFNSSE
.::::.:: ::.:.. :: :.::: . ... ....:. :: :: .. :
CCDS13 SVDAAVAAALCLGIVAPHSSGLGGGGVMLVHDIRRNESHLIDFRESAPGALREETLQRSW
170 180 190 200 210 220
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 QSQKGGLSVAVPGEIRGYELAHQRHGRLPWARLFQPSIQLARQGFPVGKGLAAALENKRT
.. : :: :.::: ..: . ::: .:::::.... . .:..:: : . :: :: ..
CCDS13 ET-KPGLLVGVPGMVKGLHEAHQLYGRLPWSQVLAFAAAVAQDGFNVTHDLARALAEQLP
230 240 250 260 270 280
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 VIEQQPVLCEVFCRDRKVLREGERLTLPQLADTYETLAIEGAQAFY-NGSLTAQIVKDIQ
... . :.: . . : : :.::.. ..:. : ::: .:.:: ..: . :
CCDS13 P-NMSERFRETFLPSGRPPLPGSLLHRPDLAEVLDVLGTSGPAAFYAGGNLTLEMVAEAQ
290 300 310 320 330 340
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 AAGGIVTAEDLNNYRAELIEHPL-NISLGDVVLYMPSAPLSGPVLALILNILKGYNFSRE
:::..: ::..:: : :.:.:. .. : .:: : : .::.: ::::.:.:..
CCDS13 HAGGVITEEDFSNYSA-LVEKPVCGVYRGHLVLS-PPPPHTGPALISALNILEGFNLT--
350 360 370 380 390
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 SVESPEQKGLTYHRIVEAFRFAYAKRTLLGDPKF-VDVTEVVRNMTSEFFAAQLRAQISD
:. : :: . : ..:....: : . :::: . .:: . .: :. :: ::..:.:
CCDS13 SLVSREQ---ALHWVAETLKIALALASRLGDPVYDSTITESMDDMLSKVEAAYLRGHIND
400 410 420 430 440 450
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 DTTHPISYYKPEFYTPDDGGTAHLSVVAEDGSAVSATSTINLYFGSKVRSPVSGILFNNE
. . : : . .:.. ... : :. .:..: ::: . .: ::::.:..
CCDS13 SQAAPAPLL-PVYELDGAPTAAQVLIMGPDDFIVAMVSSLNQPFGSGLITP-SGILLNSQ
460 470 480 490 500 510
430 440 450 460 470
pF1KE0 MDDFSSPSITNEFGVPPSPANFIQPGKQPLSSMCPTIMVGQDGQ--VRMVVGAAGGTQIT
: ::: :. : . ..: : : .::::.::: . ::.. .: . ...:: :...
CCDS13 MLDFSWPNRTANHSAP-SLENSVQPGKRPLSFLLPTVVRPAEGLCGTYLALGANGAARGL
520 530 540 550 560 570
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