Result of FASTA (omim) for pFN21AB8598
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8598, 776 aa
  1>>>pF1KB8598 776 - 776 aa - 776 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2715+/-0.000492; mu= 15.5451+/- 0.031
 mean_var=82.8876+/-16.066, 0's: 0 Z-trim(109.1): 78  B-trim: 0 in 0/54
 Lambda= 0.140874
 statistics sampled from 17221 (17299) to 17221 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.54), E-opt: 0.2 (0.203), width:  16
 Scan time: 11.210

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_003583 (OMIM: 603134) cullin-1 [Homo sapiens]   ( 776) 5030 1033.0       0
XP_011514933 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 5030 1033.0       0
XP_011514934 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 5030 1033.0       0
XP_011514932 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 5030 1033.0       0
XP_011514931 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 5030 1033.0       0
XP_005250117 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 5030 1033.0       0
XP_016868212 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 455) 2906 601.2 3.1e-171
NP_003582 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform c [Homo  ( 745) 1613 338.5 6.2e-92
XP_011518049 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 745) 1613 338.5 6.2e-92
NP_001185706 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform c [Ho ( 745) 1613 338.5 6.2e-92
NP_001185708 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform b [Ho ( 758) 1613 338.5 6.3e-92
NP_001185707 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform a [Ho ( 764) 1613 338.5 6.3e-92
XP_011518047 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 808) 1613 338.5 6.6e-92
XP_011518045 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 808) 1613 338.5 6.6e-92
XP_011518046 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 808) 1613 338.5 6.6e-92
NP_001311305 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform e [Ho ( 614) 1541 323.8 1.3e-87
NP_001311304 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform d [Ho ( 682) 1539 323.5 1.9e-87
XP_011529702 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 717)  874 188.3 9.8e-47
NP_001073341 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isofo ( 895)  874 188.3 1.2e-46
NP_001317553 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isofo ( 900)  874 188.3 1.2e-46
NP_003579 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isoform  ( 913)  874 188.4 1.2e-46
XP_011529703 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 701)  864 186.3 3.9e-46
XP_011529701 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 719)  864 186.3   4e-46
XP_006724847 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 902)  864 186.3 4.9e-46
XP_005262538 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 915)  864 186.3   5e-46
NP_001265442 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 2 [H ( 659)  830 179.4 4.5e-44
NP_003580 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 2 [Homo ( 659)  830 179.4 4.5e-44
XP_011535825 (OMIM: 603137) PREDICTED: cullin-4A i ( 659)  830 179.4 4.5e-44
NP_001265443 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 3 [H ( 667)  830 179.4 4.5e-44
NP_001008895 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 1 [H ( 759)  830 179.4   5e-44
NP_001244126 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isofor ( 702)  615 135.7 6.7e-31
XP_011510298 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 704)  615 135.7 6.7e-31
XP_011510296 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 719)  615 135.7 6.9e-31
XP_011510297 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 754)  615 135.7 7.2e-31
XP_006712863 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 757)  615 135.7 7.2e-31
NP_003581 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isoform 1 ( 768)  615 135.7 7.3e-31
NP_001244127 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isofor ( 774)  615 135.7 7.3e-31
XP_005271739 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 721)  524 117.2 2.5e-25
XP_016873852 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 742)  521 116.6   4e-25
NP_003469 (OMIM: 601741) cullin-5 [Homo sapiens]   ( 780)  521 116.6 4.2e-25
XP_011541315 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 396)  492 110.6 1.4e-23
XP_016873854 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 519)  221 55.5 6.6e-07
XP_016873853 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 519)  221 55.5 6.6e-07
NP_037498 (OMIM: 606946) anaphase-promoting comple ( 822)  198 50.9 2.5e-05
NP_055595 (OMIM: 273750,609577) cullin-7 isoform 2 (1698)  186 48.6 0.00026
XP_016867026 (OMIM: 273750,609577) PREDICTED: cull (1730)  186 48.6 0.00026
XP_005249560 (OMIM: 273750,609577) PREDICTED: cull (1750)  186 48.6 0.00027
NP_001161842 (OMIM: 273750,609577) cullin-7 isofor (1782)  186 48.6 0.00027
XP_016867023 (OMIM: 273750,609577) PREDICTED: cull (1791)  186 48.6 0.00027
XP_011513323 (OMIM: 273750,609577) PREDICTED: cull ( 989)  180 47.3 0.00037


>>NP_003583 (OMIM: 603134) cullin-1 [Homo sapiens]        (776 aa)
 initn: 5030 init1: 5030 opt: 5030  Z-score: 5524.4  bits: 1033.0 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5030; 99.9% identity (100.0% similar) in 776 aa overlap (1-776:1-776)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 QARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 QQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 NAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 EIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAAL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 NDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACGRFINNNAVTKMAQSSSKSPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACGRFINNNAVTKMAQSSSKSPE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 LLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB8 SDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB8 SSGSWPFQQSCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SSGSWPFQQSCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYT
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB8 LQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB8 VELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMK
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770      
pF1KB8 MRKVLRHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA
       :::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA
              730       740       750       760       770      

>>XP_011514933 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 isofor  (776 aa)
 initn: 5030 init1: 5030 opt: 5030  Z-score: 5524.4  bits: 1033.0 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5030; 99.9% identity (100.0% similar) in 776 aa overlap (1-776:1-776)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 QARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 QQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 NAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 EIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAAL
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              370       380       390       400       410       420
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>>XP_011514932 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 isofor  (776 aa)
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>>XP_011514931 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 isofor  (776 aa)
 initn: 5030 init1: 5030 opt: 5030  Z-score: 5524.4  bits: 1033.0 E(85289):    0
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>>XP_005250117 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 isofor  (776 aa)
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Smith-Waterman score: 5030; 99.9% identity (100.0% similar) in 776 aa overlap (1-776:1-776)

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>>XP_016868212 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 isofor  (455 aa)
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Smith-Waterman score: 2906; 99.8% identity (100.0% similar) in 455 aa overlap (322-776:1-455)

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB8 YSYLA
       :::::
XP_016 YSYLA
            

>>NP_003582 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform c [Homo sapi  (745 aa)
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XP_011 RSQASADEYSYVA
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