Result of FASTA (omim) for
pFN21AB0926
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0926, 356 aa
1>>>pF1KB0926 356 - 356 aa - 356 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7044+/-0.00029; mu= 7.8778+/- 0.018
mean_var=156.2410+/-31.655, 0's: 0 Z-trim(122.1): 87 B-trim: 0 in 0/59
Lambda= 0.102607
statistics sampled from 39622 (39709) to 39622 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.784), E-opt: 0.2 (0.466), width: 16
Scan time: 9.380
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016856199 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 466) 648 107.0 8.6e-23
XP_016856198 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 470) 648 107.0 8.6e-23
NP_001165693 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 480) 648 107.0 8.8e-23
XP_016856196 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 480) 648 107.0 8.8e-23
XP_016856195 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 488) 648 107.0 8.9e-23
XP_011539345 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 492) 648 107.0 8.9e-23
XP_011539346 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 492) 648 107.0 8.9e-23
XP_016856194 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 502) 648 107.0 9.1e-23
XP_011539342 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 523) 648 107.1 9.4e-23
XP_016856193 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 537) 648 107.1 9.6e-23
XP_016856192 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 547) 648 107.1 9.7e-23
XP_016856191 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 547) 648 107.1 9.7e-23
XP_016856190 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 559) 648 107.1 9.9e-23
XP_016856189 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 564) 648 107.1 1e-22
XP_011539347 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 569) 648 107.1 1e-22
NP_001165689 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 577) 648 107.1 1e-22
NP_001165691 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 577) 648 107.1 1e-22
NP_036368 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 is ( 591) 648 107.1 1e-22
XP_006710527 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 599) 648 107.1 1e-22
XP_016856188 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 599) 648 107.1 1e-22
XP_011539338 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 599) 648 107.1 1e-22
NP_001165692 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 599) 648 107.1 1e-22
XP_011539337 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 613) 648 107.1 1.1e-22
XP_016856187 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 618) 648 107.1 1.1e-22
XP_011539336 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 621) 648 107.1 1.1e-22
NP_001165690 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 648) 648 107.1 1.1e-22
NP_001026864 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 660) 648 107.1 1.1e-22
XP_011539335 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 660) 648 107.1 1.1e-22
XP_011539334 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 670) 648 107.1 1.1e-22
XP_006710525 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 670) 648 107.1 1.1e-22
XP_016856202 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 449) 519 87.9 4.7e-17
XP_016856201 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 457) 519 87.9 4.7e-17
XP_016856200 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 457) 519 87.9 4.7e-17
XP_016856197 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 479) 519 87.9 4.9e-17
XP_011539341 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 550) 519 88.0 5.5e-17
XP_016884710 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 609) 436 75.7 3e-13
XP_006724521 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 609) 436 75.7 3e-13
XP_016884711 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 436) 386 68.2 3.8e-11
NP_006080 (OMIM: 300208) sex comb on midleg-like p ( 700) 386 68.4 5.6e-11
XP_016884709 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 700) 386 68.4 5.6e-11
XP_016884708 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 700) 386 68.4 5.6e-11
NP_001032625 (OMIM: 300227) sex comb on midleg-lik ( 208) 333 60.2 4.9e-09
NP_001032624 (OMIM: 300227) sex comb on midleg-lik ( 208) 333 60.2 4.9e-09
XP_006724572 (OMIM: 300227) PREDICTED: sex comb on ( 301) 333 60.3 6.6e-09
XP_005274636 (OMIM: 300227) PREDICTED: sex comb on ( 301) 333 60.3 6.6e-09
XP_016885212 (OMIM: 300227) PREDICTED: sex comb on ( 302) 333 60.3 6.6e-09
NP_006737 (OMIM: 300227) sex comb on midleg-like p ( 302) 333 60.3 6.6e-09
XP_006724571 (OMIM: 300227) PREDICTED: sex comb on ( 329) 333 60.3 7.1e-09
NP_001032629 (OMIM: 300227) sex comb on midleg-lik ( 329) 333 60.3 7.1e-09
XP_005274635 (OMIM: 300227) PREDICTED: sex comb on ( 330) 333 60.3 7.1e-09
>>XP_016856199 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb protei (466 aa)
initn: 881 init1: 361 opt: 648 Z-score: 530.2 bits: 107.0 E(85289): 8.6e-23
Smith-Waterman score: 1016; 51.0% identity (71.4% similar) in 357 aa overlap (1-356:151-466)
10 20 30
pF1KB0 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
..: :: :::::: :..::::::.::
XP_016 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
130 140 150 160 170
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
.: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
XP_016 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
180 190 200 210 220 230
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
::..:::.:::.. :: :: .:: .::.:::: :::::: :::..: :.::..:::
XP_016 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
240 250 260 270 280 290
160 170 180 190 200 210
pF1KB0 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
.. ..:. :: . .:: . :: .:: . ::
XP_016 -----------------QTHLSLTAIEY---SHSHDRY---LPGETFVLGNSL--ARSLE
300 310 320 330
220 230 240 250 260
pF1KB0 CKRQNSGDSHLGGGPAATAG-GPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASS
...: :: ...:. .. . : :. : . :: : ..: : : ..: :
XP_016 -PHSDSMDS--ASNPTNLVSTSQRHRPLLS----SCGLPPSTASAVRRLCSRGSDRYLES
340 350 360 370 380
270 280 290 300 310 320
pF1KB0 PSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDM
.:: : .:.::.::::::. ::..:::: ::::..:::::::::.:::::.:::
XP_016 -----RDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRSDM
390 400 410 420 430
330 340 350
pF1KB0 VMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
.:::.:::::::::: ::::.:::.::
XP_016 MMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
440 450 460
>>XP_016856198 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb protei (470 aa)
initn: 881 init1: 361 opt: 648 Z-score: 530.1 bits: 107.0 E(85289): 8.6e-23
Smith-Waterman score: 1016; 51.0% identity (71.4% similar) in 357 aa overlap (1-356:155-470)
10 20 30
pF1KB0 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
..: :: :::::: :..::::::.::
XP_016 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
130 140 150 160 170 180
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
.: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
XP_016 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
190 200 210 220 230 240
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
::..:::.:::.. :: :: .:: .::.:::: :::::: :::..: :.::..:::
XP_016 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
250 260 270 280 290 300
160 170 180 190 200 210
pF1KB0 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
.. ..:. :: . .:: . :: .:: . ::
XP_016 -----------------QTHLSLTAIEY---SHSHDRY---LPGETFVLGNSL--ARSLE
310 320 330
220 230 240 250 260
pF1KB0 CKRQNSGDSHLGGGPAATAG-GPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASS
...: :: ...:. .. . : :. : . :: : ..: : : ..: :
XP_016 -PHSDSMDS--ASNPTNLVSTSQRHRPLLS----SCGLPPSTASAVRRLCSRGSDRYLES
340 350 360 370 380
270 280 290 300 310 320
pF1KB0 PSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDM
.:: : .:.::.::::::. ::..:::: ::::..:::::::::.:::::.:::
XP_016 -----RDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRSDM
390 400 410 420 430 440
330 340 350
pF1KB0 VMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
.:::.:::::::::: ::::.:::.::
XP_016 MMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
450 460 470
>>NP_001165693 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 iso (480 aa)
initn: 881 init1: 361 opt: 648 Z-score: 530.0 bits: 107.0 E(85289): 8.8e-23
Smith-Waterman score: 1016; 51.0% identity (71.4% similar) in 357 aa overlap (1-356:165-480)
10 20 30
pF1KB0 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
..: :: :::::: :..::::::.::
NP_001 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
140 150 160 170 180 190
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
.: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
NP_001 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
200 210 220 230 240 250
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
::..:::.:::.. :: :: .:: .::.:::: :::::: :::..: :.::..:::
NP_001 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
260 270 280 290 300 310
160 170 180 190 200 210
pF1KB0 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
.. ..:. :: . .:: . :: .:: . ::
NP_001 -----------------QTHLSLTAIEY---SHSHDRY---LPGETFVLGNSL--ARSLE
320 330 340
220 230 240 250 260
pF1KB0 CKRQNSGDSHLGGGPAATAG-GPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASS
...: :: ...:. .. . : :. : . :: : ..: : : ..: :
NP_001 -PHSDSMDS--ASNPTNLVSTSQRHRPLLS----SCGLPPSTASAVRRLCSRGSDRYLES
350 360 370 380 390
270 280 290 300 310 320
pF1KB0 PSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDM
.:: : .:.::.::::::. ::..:::: ::::..:::::::::.:::::.:::
NP_001 -----RDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRSDM
400 410 420 430 440 450
330 340 350
pF1KB0 VMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
.:::.:::::::::: ::::.:::.::
NP_001 MMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
460 470 480
>>XP_016856196 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb protei (480 aa)
initn: 881 init1: 361 opt: 648 Z-score: 530.0 bits: 107.0 E(85289): 8.8e-23
Smith-Waterman score: 1016; 51.0% identity (71.4% similar) in 357 aa overlap (1-356:165-480)
10 20 30
pF1KB0 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
..: :: :::::: :..::::::.::
XP_016 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
140 150 160 170 180 190
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
.: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
XP_016 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
200 210 220 230 240 250
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
::..:::.:::.. :: :: .:: .::.:::: :::::: :::..: :.::..:::
XP_016 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
260 270 280 290 300 310
160 170 180 190 200 210
pF1KB0 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
.. ..:. :: . .:: . :: .:: . ::
XP_016 -----------------QTHLSLTAIEY---SHSHDRY---LPGETFVLGNSL--ARSLE
320 330 340
220 230 240 250 260
pF1KB0 CKRQNSGDSHLGGGPAATAG-GPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASS
...: :: ...:. .. . : :. : . :: : ..: : : ..: :
XP_016 -PHSDSMDS--ASNPTNLVSTSQRHRPLLS----SCGLPPSTASAVRRLCSRGSDRYLES
350 360 370 380 390
270 280 290 300 310 320
pF1KB0 PSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDM
.:: : .:.::.::::::. ::..:::: ::::..:::::::::.:::::.:::
XP_016 -----RDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRSDM
400 410 420 430 440 450
330 340 350
pF1KB0 VMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
.:::.:::::::::: ::::.:::.::
XP_016 MMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
460 470 480
>>XP_016856195 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb protei (488 aa)
initn: 770 init1: 364 opt: 648 Z-score: 529.9 bits: 107.0 E(85289): 8.9e-23
Smith-Waterman score: 1034; 49.9% identity (73.3% similar) in 359 aa overlap (1-356:151-488)
10 20 30
pF1KB0 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
..: :: :::::: :..::::::.::
XP_016 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
130 140 150 160 170
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
.: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
XP_016 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
180 190 200 210 220 230
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
::..:::.:::.. :: :: .:: .::.:::: :::::: :::..: :.::..:::
XP_016 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
240 250 260 270 280 290
160 170 180 190 200
pF1KB0 RGCSASEKVQEKE-EGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSL
. . .. .. . :. .: . . :. . . :.: ::: .:.. .
XP_016 QTHLSLTAIEYSHSHDRYLPGETFVLGNSLARSLEPHSDSMD-SAS--------NPTNLV
300 310 320 330 340
210 220 230 240 250 260
pF1KB0 YCKRQNSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSL-EGNRCAS
.... : : .::.. : . : : :. .:. .:. :. . :: .
XP_016 STSQRHRPLLSSCGLPPSTASAVRR--LCSRGV----LK--GSNERRDMESFWKLNRSPG
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XP_011 STSQRHRPLLSSCGLPPSTASAVRR--LCSRGV----LK--GSNERRDMESFWKLNRSPG
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pF1KB0 SPSQ-DAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKS
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XP_011 SDRYLESRDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRS
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pF1KB0 DMVMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
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XP_011 DMMMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
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XP_016 STSQRHRPLLSSCGLPPSTASAVRR--LCSRGV----LK--GSNERRDMESFWKLNRSPG
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XP_011 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
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XP_016 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
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pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
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XP_016 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
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pF1KB0 PSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDM
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XP_016 -----RDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRSDM
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]