Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB0926
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0926, 356 aa
1>>>pF1KB0926 356 - 356 aa - 356 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8252+/-0.000754; mu= 7.2954+/- 0.046
mean_var=155.7638+/-31.081, 0's: 0 Z-trim(114.5): 29 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.102764
statistics sampled from 15016 (15044) to 15016 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.786), E-opt: 0.2 (0.462), width: 16
Scan time: 3.280
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS69163.1 SCML4 gene_id:256380|Hs108|chr6 ( 356) 2408 368.0 6.8e-102
CCDS5060.2 SCML4 gene_id:256380|Hs108|chr6 ( 414) 2408 368.0 7.7e-102
CCDS75500.1 SCML4 gene_id:256380|Hs108|chr6 ( 172) 1179 185.6 2.7e-47
CCDS53303.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1 ( 480) 648 107.2 3.1e-23
CCDS53301.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1 ( 577) 648 107.2 3.6e-23
CCDS461.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1 ( 591) 648 107.2 3.6e-23
CCDS53302.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1 ( 599) 648 107.2 3.7e-23
CCDS53304.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1 ( 648) 648 107.2 3.9e-23
CCDS30688.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1 ( 660) 648 107.2 4e-23
CCDS14185.1 SCML2 gene_id:10389|Hs108|chrX ( 700) 386 68.4 2.1e-11
>>CCDS69163.1 SCML4 gene_id:256380|Hs108|chr6 (356 aa)
initn: 2408 init1: 2408 opt: 2408 Z-score: 1942.7 bits: 368.0 E(32554): 6.8e-102
Smith-Waterman score: 2408; 100.0% identity (100.0% similar) in 356 aa overlap (1-356:1-356)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSLAAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSLAAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 PEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLVFSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 PEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLVFSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 VNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFPRGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 VNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFPRGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 NPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLYCKRQNSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 NPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLYCKRQNSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 GPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASSPSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 GPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASSPSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB0 DPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDMVMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 DPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDMVMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
310 320 330 340 350
>>CCDS5060.2 SCML4 gene_id:256380|Hs108|chr6 (414 aa)
initn: 2408 init1: 2408 opt: 2408 Z-score: 1941.8 bits: 368.0 E(32554): 7.7e-102
Smith-Waterman score: 2408; 100.0% identity (100.0% similar) in 356 aa overlap (1-356:59-414)
10 20 30
pF1KB0 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 YSASAGSLPAVKIPKKRGRKPGYKIKSRVLMTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB0 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KB0 CKRQNSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 CKRQNSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASSP
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KB0 SQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 SQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDMV
330 340 350 360 370 380
340 350
pF1KB0 MKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 MKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
390 400 410
>>CCDS75500.1 SCML4 gene_id:256380|Hs108|chr6 (172 aa)
initn: 1179 init1: 1179 opt: 1179 Z-score: 962.6 bits: 185.6 E(32554): 2.7e-47
Smith-Waterman score: 1179; 100.0% identity (100.0% similar) in 172 aa overlap (185-356:1-172)
160 170 180 190 200 210
pF1KB0 ASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLYCKRQ
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLYCKRQ
10 20 30
220 230 240 250 260 270
pF1KB0 NSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASSPSQDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASSPSQDA
40 50 60 70 80 90
280 290 300 310 320 330
pF1KB0 QDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDMVMKYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDMVMKYL
100 110 120 130 140 150
340 350
pF1KB0 GLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
::::::::::::::::::::::
CCDS75 GLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
160 170
>>CCDS53303.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1 (480 aa)
initn: 881 init1: 361 opt: 648 Z-score: 530.7 bits: 107.2 E(32554): 3.1e-23
Smith-Waterman score: 1016; 51.0% identity (71.4% similar) in 357 aa overlap (1-356:165-480)
10 20 30
pF1KB0 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
..: :: :::::: :..::::::.::
CCDS53 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
140 150 160 170 180 190
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
.: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
CCDS53 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
200 210 220 230 240 250
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
::..:::.:::.. :: :: .:: .::.:::: :::::: :::..: :.::..:::
CCDS53 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
260 270 280 290 300 310
160 170 180 190 200 210
pF1KB0 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
.. ..:. :: . .:: . :: .:: . ::
CCDS53 -----------------QTHLSLTAIEY---SHSHDRY---LPGETFVLGNSL--ARSLE
320 330 340
220 230 240 250 260
pF1KB0 CKRQNSGDSHLGGGPAATAG-GPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASS
...: :: ...:. .. . : :. : . :: : ..: : : ..: :
CCDS53 -PHSDSMDS--ASNPTNLVSTSQRHRPLLS----SCGLPPSTASAVRRLCSRGSDRYLES
350 360 370 380 390
270 280 290 300 310 320
pF1KB0 PSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDM
.:: : .:.::.::::::. ::..:::: ::::..:::::::::.:::::.:::
CCDS53 -----RDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRSDM
400 410 420 430 440 450
330 340 350
pF1KB0 VMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
.:::.:::::::::: ::::.:::.::
CCDS53 MMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
460 470 480
>>CCDS53301.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1 (577 aa)
initn: 881 init1: 361 opt: 648 Z-score: 529.5 bits: 107.2 E(32554): 3.6e-23
Smith-Waterman score: 1016; 51.0% identity (71.4% similar) in 357 aa overlap (1-356:262-577)
10 20 30
pF1KB0 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
..: :: :::::: :..::::::.::
CCDS53 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
240 250 260 270 280 290
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
.: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
CCDS53 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
300 310 320 330 340 350
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
::..:::.:::.. :: :: .:: .::.:::: :::::: :::..: :.::..:::
CCDS53 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
360 370 380 390 400
160 170 180 190 200 210
pF1KB0 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
.. ..:. :: . .:: . :: .:: . ::
CCDS53 -----------------QTHLSLTAIEY---SHSHDRY---LPGETFVLGNSL--ARSLE
410 420 430 440
220 230 240 250 260
pF1KB0 CKRQNSGDSHLGGGPAATAG-GPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASS
...: :: ...:. .. . : :. : . :: : ..: : : ..: :
CCDS53 -PHSDSMDS--ASNPTNLVSTSQRHRPLLS----SCGLPPSTASAVRRLCSRGSDRYLES
450 460 470 480 490
270 280 290 300 310 320
pF1KB0 PSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDM
.:: : .:.::.::::::. ::..:::: ::::..:::::::::.:::::.:::
CCDS53 -----RDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRSDM
500 510 520 530 540 550
330 340 350
pF1KB0 VMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
.:::.:::::::::: ::::.:::.::
CCDS53 MMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
560 570
>>CCDS461.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1 (591 aa)
initn: 881 init1: 361 opt: 648 Z-score: 529.4 bits: 107.2 E(32554): 3.6e-23
Smith-Waterman score: 1016; 51.0% identity (71.4% similar) in 357 aa overlap (1-356:276-591)
10 20 30
pF1KB0 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
..: :: :::::: :..::::::.::
CCDS46 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
250 260 270 280 290 300
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
.: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
CCDS46 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
310 320 330 340 350 360
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
::..:::.:::.. :: :: .:: .::.:::: :::::: :::..: :.::..:::
CCDS46 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
370 380 390 400 410 420
160 170 180 190 200 210
pF1KB0 RGCSASEKVQEKEEGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSLY
.. ..:. :: . .:: . :: .:: . ::
CCDS46 -----------------QTHLSLTAIEY---SHSHDRY---LPGETFVLGNSL--ARSLE
430 440 450
220 230 240 250 260
pF1KB0 CKRQNSGDSHLGGGPAATAG-GPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSLEGNRCASS
...: :: ...:. .. . : :. : . :: : ..: : : ..: :
CCDS46 -PHSDSMDS--ASNPTNLVSTSQRHRPLLS----SCGLPPSTASAVRRLCSRGSDRYLES
460 470 480 490 500 510
270 280 290 300 310 320
pF1KB0 PSQDAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKSDM
.:: : .:.::.::::::. ::..:::: ::::..:::::::::.:::::.:::
CCDS46 -----RDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRSDM
520 530 540 550 560
330 340 350
pF1KB0 VMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
.:::.:::::::::: ::::.:::.::
CCDS46 MMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
570 580 590
>>CCDS53302.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1 (599 aa)
initn: 770 init1: 364 opt: 648 Z-score: 529.3 bits: 107.2 E(32554): 3.7e-23
Smith-Waterman score: 1034; 49.9% identity (73.3% similar) in 359 aa overlap (1-356:262-599)
10 20 30
pF1KB0 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
..: :: :::::: :..::::::.::
CCDS53 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
240 250 260 270 280 290
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
.: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
CCDS53 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
300 310 320 330 340 350
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
::..:::.:::.. :: :: .:: .::.:::: :::::: :::..: :.::..:::
CCDS53 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
360 370 380 390 400
160 170 180 190 200
pF1KB0 RGCSASEKVQEKE-EGRMESVKTVTTEEYLVNPVGMNRYSVDTSASTFNHRGSLHPSSSL
. . .. .. . :. .: . . :. . . :.: ::: .:.. .
CCDS53 QTHLSLTAIEYSHSHDRYLPGETFVLGNSLARSLEPHSDSMD-SAS--------NPTNLV
410 420 430 440 450
210 220 230 240 250 260
pF1KB0 YCKRQNSGDSHLGGGPAATAGGPRTSPMSSGGPSAPGLRPPASSPKRNTTSL-EGNRCAS
.... : : .::.. : . : : :. .:. .:. :. . :: .
CCDS53 STSQRHRPLLSSCGLPPSTASAVRR--LCSRGV----LK--GSNERRDMESFWKLNRSPG
460 470 480 490 500 510
270 280 290 300 310 320
pF1KB0 SPSQ-DAQDARRPRSRNPSAWTVEDVVWFVKDADPQALGPHVELFRKHEIDGNALLLLKS
: ...:: : .:.::.::::::. ::..:::: ::::..:::::::::.:::::.:
CCDS53 SDRYLESRDASRLSGRDPSSWTVEDVMQFVREADPQ-LGPHADLFRKHEIDGKALLLLRS
520 530 540 550 560 570
330 340 350
pF1KB0 DMVMKYLGLKLGPALKLCYHIDKLKQAKF
::.:::.:::::::::: ::::.:::.::
CCDS53 DMMMKYMGLKLGPALKLSYHIDRLKQGKF
580 590
>>CCDS53304.1 SCMH1 gene_id:22955|Hs108|chr1 (648 aa)
initn: 881 init1: 361 opt: 648 Z-score: 528.8 bits: 107.2 E(32554): 3.9e-23
Smith-Waterman score: 1016; 51.0% identity (71.4% similar) in 357 aa overlap (1-356:333-648)
10 20 30
pF1KB0 MTPLALSPPRSTPEPDLSSIPQDAATVPSL
..: :: :::::: :..::::::.::
CCDS53 ISAPSKTAEPLKFPKKRGPKPGSKRKPRTLLNPPPASPTTSTPEPDTSTVPQDAATIPS-
310 320 330 340 350 360
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 AAPQALTVCLYINKQANAGPYLERKKVQQLPEHFGPERPSAVLQQAVQACIDCAHQQKLV
.: :: :::.:.::....::.:..:::::::.:::: : :.:::::::::::::..:: :
CCDS53 SAMQAPTVCIYLNKNGSTGPHLDKKKVQQLPDHFGPARASVVLQQAVQACIDCAYHQKTV
370 380 390 400 410 420
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 FSLVKQGYGGEMVSVSASFDGKQHLRSLPVVNSIGYVLRFLAKLCRSLLCDDLFSHQPFP
::..:::.:::.. :: :: .:: .::.:::: :::::: :::..: :.::..:::
CCDS53 FSFLKQGHGGEVI--SAVFDREQHTLNLPAVNSITYVLRFLEKLCHNLRSDNLFGNQPFT
430 440 450 460 470
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]