Result of FASTA (ccds) for pFN21AB5764
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5764, 756 aa
  1>>>pF1KB5764 756 - 756 aa - 756 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7410+/-0.00112; mu= 13.0605+/- 0.068
 mean_var=94.6601+/-18.473, 0's: 0 Z-trim(104.3): 31  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.131823
 statistics sampled from 7805 (7819) to 7805 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.6), E-opt: 0.2 (0.24), width:  16
 Scan time:  3.110

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS2663.1 MLH1 gene_id:4292|Hs108|chr3            ( 756) 4894 941.8       0
CCDS54562.1 MLH1 gene_id:4292|Hs108|chr3           ( 658) 4261 821.4       0
CCDS54563.1 MLH1 gene_id:4292|Hs108|chr3           ( 515) 3368 651.5 9.6e-187
CCDS5343.1 PMS2 gene_id:5395|Hs108|chr7            ( 862)  450 96.6 1.7e-19
CCDS9837.1 MLH3 gene_id:27030|Hs108|chr14          (1429)  391 85.5 6.4e-16
CCDS32123.1 MLH3 gene_id:27030|Hs108|chr14         (1453)  391 85.5 6.5e-16
CCDS46473.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2           ( 770)  381 83.5 1.4e-15
CCDS2302.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2            ( 932)  381 83.5 1.6e-15
CCDS46474.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2           ( 893)  351 77.8 8.3e-14
CCDS82544.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2           ( 181)  314 70.5 2.6e-12
CCDS82543.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2           ( 165)  309 69.6 4.7e-12


>>CCDS2663.1 MLH1 gene_id:4292|Hs108|chr3                 (756 aa)
 initn: 4894 init1: 4894 opt: 4894  Z-score: 5031.9  bits: 941.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4894; 99.9% identity (100.0% similar) in 756 aa overlap (1-756:1-756)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSFVAGVIRRLDETVVNRIAAGEVIQRPANAIKEMIENCLDAKSTSIQVIVKEGGLKLIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 MSFVAGVIRRLDETVVNRIAAGEVIQRPANAIKEMIENCLDAKSTSIQVIVKEGGLKLIQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 IQDNGTGIRKEDLDIVCERFTTSKLQSFEDLASISTYGFRGEALASISHVAHVTITTKTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 IQDNGTGIRKEDLDIVCERFTTSKLQSFEDLASISTYGFRGEALASISHVAHVTITTKTA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 DGKCAYRASYSDGKLKAPPKPCAGNQGTQITVEDLFYNIATRRKALKNPSEEYGKILEVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 DGKCAYRASYSDGKLKAPPKPCAGNQGTQITVEDLFYNIATRRKALKNPSEEYGKILEVV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 GRYSVHNAGISFSVKKQGETVADVRTLPNASTVDNIRSVFGNAVSRELIEIGCEDKTLAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS26 GRYSVHNAGISFSVKKQGETVADVRTLPNASTVDNIRSIFGNAVSRELIEIGCEDKTLAF
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 KMNGYISNANYSVKKCIFLLFINHRLVESTSLRKAIETVYAAYLPKNTHPFLYLSLEISP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 KMNGYISNANYSVKKCIFLLFINHRLVESTSLRKAIETVYAAYLPKNTHPFLYLSLEISP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 QNVDVNVHPTKHEVHFLHEESILERVQQHIESKLLGSNSSRMYFTQTLLPGLAGPSGEMV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 QNVDVNVHPTKHEVHFLHEESILERVQQHIESKLLGSNSSRMYFTQTLLPGLAGPSGEMV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 KSTTSLTSSSTSGSSDKVYAHQMVRTDSREQKLDAFLQPLSKPLSSQPQAIVTEDKTDIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 KSTTSLTSSSTSGSSDKVYAHQMVRTDSREQKLDAFLQPLSKPLSSQPQAIVTEDKTDIS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 SGRARQQDEEMLELPAPAEVAAKNQSLEGDTTKGTSEMSEKRGPTSSNPRKRHREDSDVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 SGRARQQDEEMLELPAPAEVAAKNQSLEGDTTKGTSEMSEKRGPTSSNPRKRHREDSDVE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 MVEDDSRKEMTAACTPRRRIINLTSVLSLQEEINEQGHEVLREMLHNHSFVGCVNPQWAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 MVEDDSRKEMTAACTPRRRIINLTSVLSLQEEINEQGHEVLREMLHNHSFVGCVNPQWAL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 AQHQTKLYLLNTTKLSEELFYQILIYDFANFGVLRLSEPAPLFDLAMLALDSPESGWTEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 AQHQTKLYLLNTTKLSEELFYQILIYDFANFGVLRLSEPAPLFDLAMLALDSPESGWTEE
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB5 DGPKEGLAEYIVEFLKKKAEMLADYFSLEIDEEGNLIGLPLLIDNYVPPLEGLPIFILRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 DGPKEGLAEYIVEFLKKKAEMLADYFSLEIDEEGNLIGLPLLIDNYVPPLEGLPIFILRL
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB5 ATEVNWDEEKECFESLSKECAMFYSIRKQYISEESTLSGQQSEVPGSIPNSWKWTVEHIV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 ATEVNWDEEKECFESLSKECAMFYSIRKQYISEESTLSGQQSEVPGSIPNSWKWTVEHIV
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750      
pF1KB5 YKALRSHILPPKHFTEDGNILQLANLPDLYKVFERC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 YKALRSHILPPKHFTEDGNILQLANLPDLYKVFERC
              730       740       750      

>>CCDS54562.1 MLH1 gene_id:4292|Hs108|chr3                (658 aa)
 initn: 4261 init1: 4261 opt: 4261  Z-score: 4382.3  bits: 821.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4261; 99.8% identity (100.0% similar) in 655 aa overlap (102-756:4-658)

              80        90       100       110       120       130 
pF1KB5 DLDIVCERFTTSKLQSFEDLASISTYGFRGEALASISHVAHVTITTKTADGKCAYRASYS
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54                            MAFEALASISHVAHVTITTKTADGKCAYRASYS
                                          10        20        30   

             140       150       160       170       180       190 
pF1KB5 DGKLKAPPKPCAGNQGTQITVEDLFYNIATRRKALKNPSEEYGKILEVVGRYSVHNAGIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DGKLKAPPKPCAGNQGTQITVEDLFYNIATRRKALKNPSEEYGKILEVVGRYSVHNAGIS
            40        50        60        70        80        90   

             200       210       220       230       240       250 
pF1KB5 FSVKKQGETVADVRTLPNASTVDNIRSVFGNAVSRELIEIGCEDKTLAFKMNGYISNANY
       :::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 FSVKKQGETVADVRTLPNASTVDNIRSIFGNAVSRELIEIGCEDKTLAFKMNGYISNANY
           100       110       120       130       140       150   

             260       270       280       290       300       310 
pF1KB5 SVKKCIFLLFINHRLVESTSLRKAIETVYAAYLPKNTHPFLYLSLEISPQNVDVNVHPTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SVKKCIFLLFINHRLVESTSLRKAIETVYAAYLPKNTHPFLYLSLEISPQNVDVNVHPTK
           160       170       180       190       200       210   

             320       330       340       350       360       370 
pF1KB5 HEVHFLHEESILERVQQHIESKLLGSNSSRMYFTQTLLPGLAGPSGEMVKSTTSLTSSST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 HEVHFLHEESILERVQQHIESKLLGSNSSRMYFTQTLLPGLAGPSGEMVKSTTSLTSSST
           220       230       240       250       260       270   

             380       390       400       410       420       430 
pF1KB5 SGSSDKVYAHQMVRTDSREQKLDAFLQPLSKPLSSQPQAIVTEDKTDISSGRARQQDEEM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SGSSDKVYAHQMVRTDSREQKLDAFLQPLSKPLSSQPQAIVTEDKTDISSGRARQQDEEM
           280       290       300       310       320       330   

             440       450       460       470       480       490 
pF1KB5 LELPAPAEVAAKNQSLEGDTTKGTSEMSEKRGPTSSNPRKRHREDSDVEMVEDDSRKEMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LELPAPAEVAAKNQSLEGDTTKGTSEMSEKRGPTSSNPRKRHREDSDVEMVEDDSRKEMT
           340       350       360       370       380       390   

             500       510       520       530       540       550 
pF1KB5 AACTPRRRIINLTSVLSLQEEINEQGHEVLREMLHNHSFVGCVNPQWALAQHQTKLYLLN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AACTPRRRIINLTSVLSLQEEINEQGHEVLREMLHNHSFVGCVNPQWALAQHQTKLYLLN
           400       410       420       430       440       450   

             560       570       580       590       600       610 
pF1KB5 TTKLSEELFYQILIYDFANFGVLRLSEPAPLFDLAMLALDSPESGWTEEDGPKEGLAEYI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TTKLSEELFYQILIYDFANFGVLRLSEPAPLFDLAMLALDSPESGWTEEDGPKEGLAEYI
           460       470       480       490       500       510   

             620       630       640       650       660       670 
pF1KB5 VEFLKKKAEMLADYFSLEIDEEGNLIGLPLLIDNYVPPLEGLPIFILRLATEVNWDEEKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VEFLKKKAEMLADYFSLEIDEEGNLIGLPLLIDNYVPPLEGLPIFILRLATEVNWDEEKE
           520       530       540       550       560       570   

             680       690       700       710       720       730 
pF1KB5 CFESLSKECAMFYSIRKQYISEESTLSGQQSEVPGSIPNSWKWTVEHIVYKALRSHILPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 CFESLSKECAMFYSIRKQYISEESTLSGQQSEVPGSIPNSWKWTVEHIVYKALRSHILPP
           580       590       600       610       620       630   

             740       750      
pF1KB5 KHFTEDGNILQLANLPDLYKVFERC
       :::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KHFTEDGNILQLANLPDLYKVFERC
           640       650        

>>CCDS54563.1 MLH1 gene_id:4292|Hs108|chr3                (515 aa)
 initn: 3368 init1: 3368 opt: 3368  Z-score: 3466.1  bits: 651.5 E(32554): 9.6e-187
Smith-Waterman score: 3368; 100.0% identity (100.0% similar) in 515 aa overlap (242-756:1-515)

             220       230       240       250       260       270 
pF1KB5 TVDNIRSVFGNAVSRELIEIGCEDKTLAFKMNGYISNANYSVKKCIFLLFINHRLVESTS
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54                               MNGYISNANYSVKKCIFLLFINHRLVESTS
                                             10        20        30

             280       290       300       310       320       330 
pF1KB5 LRKAIETVYAAYLPKNTHPFLYLSLEISPQNVDVNVHPTKHEVHFLHEESILERVQQHIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LRKAIETVYAAYLPKNTHPFLYLSLEISPQNVDVNVHPTKHEVHFLHEESILERVQQHIE
               40        50        60        70        80        90

             340       350       360       370       380       390 
pF1KB5 SKLLGSNSSRMYFTQTLLPGLAGPSGEMVKSTTSLTSSSTSGSSDKVYAHQMVRTDSREQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SKLLGSNSSRMYFTQTLLPGLAGPSGEMVKSTTSLTSSSTSGSSDKVYAHQMVRTDSREQ
              100       110       120       130       140       150

             400       410       420       430       440       450 
pF1KB5 KLDAFLQPLSKPLSSQPQAIVTEDKTDISSGRARQQDEEMLELPAPAEVAAKNQSLEGDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KLDAFLQPLSKPLSSQPQAIVTEDKTDISSGRARQQDEEMLELPAPAEVAAKNQSLEGDT
              160       170       180       190       200       210

             460       470       480       490       500       510 
pF1KB5 TKGTSEMSEKRGPTSSNPRKRHREDSDVEMVEDDSRKEMTAACTPRRRIINLTSVLSLQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TKGTSEMSEKRGPTSSNPRKRHREDSDVEMVEDDSRKEMTAACTPRRRIINLTSVLSLQE
              220       230       240       250       260       270

             520       530       540       550       560       570 
pF1KB5 EINEQGHEVLREMLHNHSFVGCVNPQWALAQHQTKLYLLNTTKLSEELFYQILIYDFANF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EINEQGHEVLREMLHNHSFVGCVNPQWALAQHQTKLYLLNTTKLSEELFYQILIYDFANF
              280       290       300       310       320       330

             580       590       600       610       620       630 
pF1KB5 GVLRLSEPAPLFDLAMLALDSPESGWTEEDGPKEGLAEYIVEFLKKKAEMLADYFSLEID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GVLRLSEPAPLFDLAMLALDSPESGWTEEDGPKEGLAEYIVEFLKKKAEMLADYFSLEID
              340       350       360       370       380       390

             640       650       660       670       680       690 
pF1KB5 EEGNLIGLPLLIDNYVPPLEGLPIFILRLATEVNWDEEKECFESLSKECAMFYSIRKQYI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EEGNLIGLPLLIDNYVPPLEGLPIFILRLATEVNWDEEKECFESLSKECAMFYSIRKQYI
              400       410       420       430       440       450

             700       710       720       730       740       750 
pF1KB5 SEESTLSGQQSEVPGSIPNSWKWTVEHIVYKALRSHILPPKHFTEDGNILQLANLPDLYK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SEESTLSGQQSEVPGSIPNSWKWTVEHIVYKALRSHILPPKHFTEDGNILQLANLPDLYK
              460       470       480       490       500       510

            
pF1KB5 VFERC
       :::::
CCDS54 VFERC
            

>>CCDS5343.1 PMS2 gene_id:5395|Hs108|chr7                 (862 aa)
 initn: 441 init1: 308 opt: 450  Z-score: 463.4  bits: 96.6 E(32554): 1.7e-19
Smith-Waterman score: 570; 28.1% identity (59.5% similar) in 506 aa overlap (5-477:12-494)

                      10        20        30        40        50   
pF1KB5        MSFVAGVIRRLDETVVNRIAAGEVIQRPANAIKEMIENCLDAKSTSIQVIVKE
                  : .:. .:.  :..: .:.:.   ..:.::..:: ::: .:.:.. .:.
CCDS53 MERAESSSTEPAKAIKPIDRKSVHQICSGQVVLSLSTAVKELVENSLDAGATNIDLKLKD
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KB5 GGLKLIQIQDNGTGIRKEDLDIVCERFTTSKLQSFEDLASISTYGFRGEALASISHVAHV
        :. ::...::: :...:... .  .  :::.: : ::... :.:::::::.:.  .. :
CCDS53 YGVDLIEVSDNGCGVEEENFEGLTLKHHTSKIQEFADLTQVETFGFRGEALSSLCALSDV
               70        80        90       100       110       120

           120       130           140       150       160         
pF1KB5 TITTKTADGKCAYRASYS-DGKL--KAP-PKPCAGNQGTQITVEDLFYNIATRRKAL-KN
       ::.:  :..: . :  .. .::.  :.: :.:    .:: ..:..:: .. .:.: . .:
CCDS53 TISTCHASAKVGTRLMFDHNGKIIQKTPYPRP----RGTTVSVQQLFSTLPVRHKEFQRN
              130       140       150           160       170      

      170       180       190          200       210       220     
pF1KB5 PSEEYGKILEVVGRYSVHNAGISFSVKKQ---GETVADVRTLPNASTVDNIRSVFGNAVS
        ..::.:...:.  : . .:::  :  .:   :.    : :  . :  .:: ::::.   
CCDS53 IKKEYAKMVQVLHAYCIISAGIRVSCTNQLGQGKRQPVVCTGGSPSIKENIGSVFGQKQL
        180       190       200       210       220       230      

         230                       240       250          260      
pF1KB5 RELIEIG--------CEDKTLA--------FKMNGYISNANYSVKKCIF---LLFINHRL
       . :: .         ::.  :.        : ..:.::. ...: .      ..:::.: 
CCDS53 QSLIPFVQLPPSDSVCEEYGLSCSDALHNLFYISGFISQCTHGVGRSSTDRQFFFINRRP
        240       250       260       270       280       290      

        270       280       290       300       310       320      
pF1KB5 VESTSLRKAIETVYAAYLPKNTHPFLYLSLEISPQNVDVNVHPTKHEVHFLHEESILERV
        . ... . .. ::  :  .. .::. :.. .. . ::.:: : :... .:.::..:  :
CCDS53 CDPAKVCRLVNEVYHMY-NRHQYPFVVLNISVDSECVDINVTPDKRQI-LLQEEKLLLAV
        300       310        320       330       340        350    

        330       340       350       360       370       380      
pF1KB5 QQHIESKLLGSNSSRMYFTQTLLPGLAGPSGEMVKSTTSLTSSSTSGSSDKVYAHQMVRT
        .     .. :. ...  .:   : :    :...:  ..   .    ..:.  .   .::
CCDS53 LKTSLIGMFDSDVNKLNVSQQ--P-LLDVEGNLIKMHAADLEKPMVEKQDQSPS---LRT
          360       370          380       390       400           

        390       400             410       420       430       440
pF1KB5 DSREQKLDAFLQPLSKPLS------SQPQAIVTEDKTDISSGRARQQDEEMLELPAPAEV
          :.: :. .. : . .:      ..:..  : .      :. :     ::   . . .
CCDS53 G--EEKKDVSISRLREAFSLRHTTENKPHSPKTPEPRRSPLGQKRG----MLSSSTSGAI
        410       420       430       440       450           460  

              450       460       470       480       490       500
pF1KB5 AAKNQSLEGDTTKGTSEMSEKRGPTSSNPRKRHREDSDVEMVEDDSRKEMTAACTPRRRI
       . :     :        .: ..::.. . : . ..::                       
CCDS53 SDK-----GVLRPQKEAVSSSHGPSDPTDRAEVEKDSGHGSTSVDSEGFSIPDTGSHCSS
                 470       480       490       500       510       

              510       520       530       540       550       560
pF1KB5 INLTSVLSLQEEINEQGHEVLREMLHNHSFVGCVNPQWALAQHQTKLYLLNTTKLSEELF
                                                                   
CCDS53 EYAASSPGDRGSQEHVDSQEKAPKTDDSFSDVDCHSNQEDTGCKFRVLPQPTNLATPNTK
       520       530       540       550       560       570       

>>CCDS9837.1 MLH3 gene_id:27030|Hs108|chr14               (1429 aa)
 initn: 217 init1: 161 opt: 391  Z-score: 399.2  bits: 85.5 E(32554): 6.4e-16
Smith-Waterman score: 413; 26.2% identity (57.1% similar) in 508 aa overlap (7-475:1-489)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSFVAGVIRRLDETVVNRIAAGEVIQRPANAIKEMIENCLDAKSTSIQVIVKEGGLKLIQ
             .:. :.  :  .. .: .:.  .. ..:.  : .::..  . : :.   .. .:
CCDS98       MIKCLSVEVQAKLRSGLAISSLGQCVEELALNSIDAEAKCVAVRVNMETFQ-VQ
                     10        20        30        40        50    

               70        80        90       100       110          
pF1KB5 IQDNGTGIRKEDLDIVCERFTTSKLQSFEDLASISTYGFRGEALASISHVAH-VTITTKT
       . ::: :. ..:.. : .:. ::: .: .:: .   :::::::::.:. .:  : :..: 
CCDS98 VIDNGFGMGSDDVEKVGNRYFTSKCHSVQDLENPRFYGFRGEALANIADMASAVEISSKK
            60        70        80        90       100       110   

     120       130        140        150       160       170       
pF1KB5 ADGKCAYRASYSDGK-LKAPPKPCA-GNQGTQITVEDLFYNIATRRKALKNPSEEYGKIL
            ..   ...:: :::     . .. :: .:: .:::.. .::: . .:  :. :. 
CCDS98 NRTMKTFVKLFQSGKALKACEADVTRASAGTTVTVYNLFYQLPVRRKCM-DPRLEFEKVR
           120       130       140       150       160        170  

       180       190       200       210        220       230      
pF1KB5 EVVGRYSVHNAGISFSVKKQGETVADVRTLPNASTV-DNIRSVFGNAVSRELIEIGCEDK
       . .   :. . .::::....  . . :  ::... : . . ...: . :..: ::. . :
CCDS98 QRIEALSLMHPSISFSLRND-VSGSMVLQLPKTKDVCSRFCQIYGLGKSQKLREISFKYK
            180       190        200       210       220       230 

        240        250       260       270       280               
pF1KB5 TLAFKMNGYISN-ANYSVKKCIFLLFINHRLVESTSLRKAIETVYAAYL----PKN----
          :...::::. :.:.  : . .::.:.:::  :.:.: :. .         :::    
CCDS98 --EFELSGYISSEAHYN--KNMQFLFVNKRLVLRTKLHKLIDFLLRKESIICKPKNGPTS
               240         250       260       270       280       

                 290       300           310       320       330   
pF1KB5 ----------THPFLYLSLEISPQ----NVDVNVHPTKHEVHFLHEESILERVQQHIESK
                 . : ::    :. :    . :: ..:.:  ..: . ...:  .:. .   
CCDS98 RQMNSSLRHRSTPELYGIYVINVQCQFCEYDVCMEPAKTLIEFQNWDTLLFCIQEGV---
       290       300       310       320       330       340       

           340       350       360       370       380       390   
pF1KB5 LLGSNSSRMYFTQTLLPGLAGPSGEMVKSTTSLTSSSTSGSSDKVYAHQMVRTDSRE---
              .:.. :  :  ..  ::: .:  .  .. :   .. .  . .  :.. .:   
CCDS98 -------KMFLKQEKL--FVELSGEDIKEFSEDNGFSLFDATLQKRVTSDERSNFQEACN
                 350         360       370       380       390     

                  400       410       420       430         440    
pF1KB5 QKLDAF----LQPLSKPLSSQPQAIVTEDKTDISSGRARQQDEEML--ELPAPAEVAAKN
       . ::..    ::  .   ..  . . :... :  . :   .:  .   :  .:..    .
CCDS98 NILDSYEMFNLQSKAVKRKTTAENVNTQSSRDSEATRKNTNDAFLYIYESGGPGHSKMTE
         400       410       420       430       440       450     

           450       460         470       480       490       500 
pF1KB5 QSLEG-DTTKGTSEMSEKRGPTSSNP--RKRHREDSDVEMVEDDSRKEMTAACTPRRRII
        ::.. :.. . :.: :..  ..:.    ..:..                          
CCDS98 PSLQNKDSSCSESKMLEQETIVASEAGENEKHKKSFLEHSSLENPCGTSLEMFLSPFQTP
         460       470       480       490       500       510     

             510       520       530       540       550       560 
pF1KB5 NLTSVLSLQEEINEQGHEVLREMLHNHSFVGCVNPQWALAQHQTKLYLLNTTKLSEELFY
                                                                   
CCDS98 CHFEESGQDLEIWKESTTVNGMAANILKNNRIQNQPKRFKDATEVGCQPLPFATTLWGVH
         520       530       540       550       560       570     

>>CCDS32123.1 MLH3 gene_id:27030|Hs108|chr14              (1453 aa)
 initn: 217 init1: 161 opt: 391  Z-score: 399.1  bits: 85.5 E(32554): 6.5e-16
Smith-Waterman score: 413; 26.2% identity (57.1% similar) in 508 aa overlap (7-475:1-489)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSFVAGVIRRLDETVVNRIAAGEVIQRPANAIKEMIENCLDAKSTSIQVIVKEGGLKLIQ
             .:. :.  :  .. .: .:.  .. ..:.  : .::..  . : :.   .. .:
CCDS32       MIKCLSVEVQAKLRSGLAISSLGQCVEELALNSIDAEAKCVAVRVNMETFQ-VQ
                     10        20        30        40        50    

               70        80        90       100       110          
pF1KB5 IQDNGTGIRKEDLDIVCERFTTSKLQSFEDLASISTYGFRGEALASISHVAH-VTITTKT
       . ::: :. ..:.. : .:. ::: .: .:: .   :::::::::.:. .:  : :..: 
CCDS32 VIDNGFGMGSDDVEKVGNRYFTSKCHSVQDLENPRFYGFRGEALANIADMASAVEISSKK
            60        70        80        90       100       110   

     120       130        140        150       160       170       
pF1KB5 ADGKCAYRASYSDGK-LKAPPKPCA-GNQGTQITVEDLFYNIATRRKALKNPSEEYGKIL
            ..   ...:: :::     . .. :: .:: .:::.. .::: . .:  :. :. 
CCDS32 NRTMKTFVKLFQSGKALKACEADVTRASAGTTVTVYNLFYQLPVRRKCM-DPRLEFEKVR
           120       130       140       150       160        170  

       180       190       200       210        220       230      
pF1KB5 EVVGRYSVHNAGISFSVKKQGETVADVRTLPNASTV-DNIRSVFGNAVSRELIEIGCEDK
       . .   :. . .::::....  . . :  ::... : . . ...: . :..: ::. . :
CCDS32 QRIEALSLMHPSISFSLRND-VSGSMVLQLPKTKDVCSRFCQIYGLGKSQKLREISFKYK
            180       190        200       210       220       230 

        240        250       260       270       280               
pF1KB5 TLAFKMNGYISN-ANYSVKKCIFLLFINHRLVESTSLRKAIETVYAAYL----PKN----
          :...::::. :.:.  : . .::.:.:::  :.:.: :. .         :::    
CCDS32 --EFELSGYISSEAHYN--KNMQFLFVNKRLVLRTKLHKLIDFLLRKESIICKPKNGPTS
               240         250       260       270       280       

                 290       300           310       320       330   
pF1KB5 ----------THPFLYLSLEISPQ----NVDVNVHPTKHEVHFLHEESILERVQQHIESK
                 . : ::    :. :    . :: ..:.:  ..: . ...:  .:. .   
CCDS32 RQMNSSLRHRSTPELYGIYVINVQCQFCEYDVCMEPAKTLIEFQNWDTLLFCIQEGV---
       290       300       310       320       330       340       

           340       350       360       370       380       390   
pF1KB5 LLGSNSSRMYFTQTLLPGLAGPSGEMVKSTTSLTSSSTSGSSDKVYAHQMVRTDSRE---
              .:.. :  :  ..  ::: .:  .  .. :   .. .  . .  :.. .:   
CCDS32 -------KMFLKQEKL--FVELSGEDIKEFSEDNGFSLFDATLQKRVTSDERSNFQEACN
                 350         360       370       380       390     

                  400       410       420       430         440    
pF1KB5 QKLDAF----LQPLSKPLSSQPQAIVTEDKTDISSGRARQQDEEML--ELPAPAEVAAKN
       . ::..    ::  .   ..  . . :... :  . :   .:  .   :  .:..    .
CCDS32 NILDSYEMFNLQSKAVKRKTTAENVNTQSSRDSEATRKNTNDAFLYIYESGGPGHSKMTE
         400       410       420       430       440       450     

           450       460         470       480       490       500 
pF1KB5 QSLEG-DTTKGTSEMSEKRGPTSSNP--RKRHREDSDVEMVEDDSRKEMTAACTPRRRII
        ::.. :.. . :.: :..  ..:.    ..:..                          
CCDS32 PSLQNKDSSCSESKMLEQETIVASEAGENEKHKKSFLEHSSLENPCGTSLEMFLSPFQTP
         460       470       480       490       500       510     

             510       520       530       540       550       560 
pF1KB5 NLTSVLSLQEEINEQGHEVLREMLHNHSFVGCVNPQWALAQHQTKLYLLNTTKLSEELFY
                                                                   
CCDS32 CHFEESGQDLEIWKESTTVNGMAANILKNNRIQNQPKRFKDATEVGCQPLPFATTLWGVH
         520       530       540       550       560       570     

>>CCDS46473.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2                (770 aa)
 initn: 373 init1: 324 opt: 381  Z-score: 393.2  bits: 83.5 E(32554): 1.4e-15
Smith-Waterman score: 435; 28.0% identity (63.8% similar) in 329 aa overlap (8-323:1-326)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSFVAGVIRRLDETVVNRIAAGEVIQRPANAIKEMIENCLDAKSTSIQVIVKEGGLKLIQ
              ...:  ..:  ......:   ....::.::: ::: .::..: ... :.  :.
CCDS46        MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLENYGFDKIE
                      10        20        30        40        50   

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pF1KB5 IQDNGTGIRKEDLDIVCERFTTSKLQSFEDLASISTYGFRGEALASISHVAHVTITTKTA
       ..::: ::.  :  ..  .. :::..: ::: ...:::::::::.::  .:.: :::.::
CCDS46 VRDNGEGIKAVDAPVMAMKYYTSKINSHEDLENLTTYGFRGEALGSICCIAEVLITTRTA
            60        70        80        90       100       110   

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pF1KB5 -DGKCAYRASYSDGKLKAPPKPCAGNQGTQITVEDLFYNIATRRK---ALKNPSEEYGKI
        :.  .  .  ..:.. .  ::   .::: .:.  :: :. .:..   . :. ..:  ::
CCDS46 ADNFSTQYVLDGSGHILSQ-KPSHLGQGTTVTALRLFKNLPVRKQFYSTAKKCKDEIKKI
           120       130        140       150       160       170  

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB5 LEVVGRYSVHNAGISFSVKKQGETVADVRTLPNASTVDNIRSVFGNAVSRELIEIGCEDK
        ...  ... .  . .   ..  .. .   . . . .  . ::.:.::  ..  .  ...
CCDS46 QDLLMSFGILKPDLRIVFVHNKAVIWQKSRVSDHKMA--LMSVLGTAVMNNMESFQYHSE
            180       190       200         210       220       230

        240         250           260       270       280          
pF1KB5 TLAFKMNGYIS--NANYSVKKCIF----LLFINHRLVESTSLRKAIETVYAAYLPKNT--
          . ..:..   .:..:  .       ..::: : :.. .. : :.  :     :..  
CCDS46 ESQIYLSGFLPKCDADHSFTSLSTPERSFIFINSRPVHQKDILKLIRHHYNLKCLKESTR
              240       250       260       270       280       290

       290       300       310       320       330       340       
pF1KB5 -HPFLYLSLEISPQNVDVNVHPTKHEVHFLHEESILERVQQHIESKLLGSNSSRMYFTQT
        .: ..:....   .::::. : : .: . ..::.:                        
CCDS46 LYPVFFLKIDVPTADVDVNLTPDKSQVLLQNKESVLIALENLMTTCYGPLPSTNSYENNK
              300       310       320       330       340       350

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pF1KB5 LLPGLAGPSGEMVKSTTSLTSSSTSGSSDKVYAHQMVRTDSREQKLDAFLQPLSKPLSSQ
                                                                   
CCDS46 TDVSAADIVLSKTAETDVLFNKVESSGKNYSNVDTSVIPFQNDMHNDESGKNTDDCLNHQ
              360       370       380       390       400       410

>>CCDS2302.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2                 (932 aa)
 initn: 373 init1: 324 opt: 381  Z-score: 391.9  bits: 83.5 E(32554): 1.6e-15
Smith-Waterman score: 440; 21.8% identity (55.2% similar) in 737 aa overlap (8-727:1-675)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSFVAGVIRRLDETVVNRIAAGEVIQRPANAIKEMIENCLDAKSTSIQVIVKEGGLKLIQ
              ...:  ..:  ......:   ....::.::: ::: .::..: ... :.  :.
CCDS23        MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLENYGFDKIE
                      10        20        30        40        50   

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 IQDNGTGIRKEDLDIVCERFTTSKLQSFEDLASISTYGFRGEALASISHVAHVTITTKTA
       ..::: ::.  :  ..  .. :::..: ::: ...:::::::::.::  .:.: :::.::
CCDS23 VRDNGEGIKAVDAPVMAMKYYTSKINSHEDLENLTTYGFRGEALGSICCIAEVLITTRTA
            60        70        80        90       100       110   

               130       140       150       160          170      
pF1KB5 -DGKCAYRASYSDGKLKAPPKPCAGNQGTQITVEDLFYNIATRRK---ALKNPSEEYGKI
        :.  .  .  ..:.. .  ::   .::: .:.  :: :. .:..   . :. ..:  ::
CCDS23 ADNFSTQYVLDGSGHILSQ-KPSHLGQGTTVTALRLFKNLPVRKQFYSTAKKCKDEIKKI
           120       130        140       150       160       170  

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB5 LEVVGRYSVHNAGISFSVKKQGETVADVRTLPNASTVDNIRSVFGNAVSRELIEIGCEDK
        ...  ... .  . .   ..  .. .   . . . .  . ::.:.::  ..  .  ...
CCDS23 QDLLMSFGILKPDLRIVFVHNKAVIWQKSRVSDHKMA--LMSVLGTAVMNNMESFQYHSE
            180       190       200         210       220       230

        240         250           260       270       280          
pF1KB5 TLAFKMNGYIS--NANYSVKKCIF----LLFINHRLVESTSLRKAIETVYAAYLPKNT--
          . ..:..   .:..:  .       ..::: : :.. .. : :.  :     :..  
CCDS23 ESQIYLSGFLPKCDADHSFTSLSTPERSFIFINSRPVHQKDILKLIRHHYNLKCLKESTR
              240       250       260       270       280       290

       290       300       310       320       330       340       
pF1KB5 -HPFLYLSLEISPQNVDVNVHPTKHEVHFLHEESILERVQQHIESKLLGSNSSRMYFTQT
        .: ..:....   .::::. : : .: . ..::.:                      ..
CCDS23 LYPVFFLKIDVPTADVDVNLTPDKSQVLLQNKESVL-------------------IALEN
              300       310       320                          330 

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pF1KB5 LLPGLAGPSGEMVKSTTSLTSSSTSGSSDKVYAHQMVRTDSREQKLDAFLQPLSKPLSSQ
       :.    ::    . ::.:  ...:. :.  .   . ..::   .:...     .:  :. 
CCDS23 LMTTCYGP----LPSTNSYENNKTDVSAADIVLSKTAETDVLFNKVESS----GKNYSNV
                 340       350       360       370           380   

       410       420       430       440       450         460     
pF1KB5 PQAIVTEDKTDISSGRARQQDEEMLELPAPAEVAAKNQSLEGDTTKG--TSEMSEKRGPT
         ...   ..:. . .. .. .. :.          .:   ::   :  .::.:.     
CCDS23 DTSVIPF-QNDMHNDESGKNTDDCLN----------HQISIGDFGYGHCSSEISN----I
           390        400                 410       420            

         470       480       490       500       510       520     
pF1KB5 SSNPRKRHREDSDVEMVEDDSRKEMTAACTPRRRIINLTSVLSLQEEINEQGHEVLREML
       ..: ..  .. :  ..  ..:. :.. .:        ..::   : : ... :  . :  
CCDS23 DKNTKNAFQDISMSNVSWENSQTEYSKTCF-------ISSVKHTQSENGNKDH--IDESG
      430       440       450              460       470           

         530       540       550       560       570       580     
pF1KB5 HNHSFVGCVNPQWALAQHQTKLYLLNTTKLSEELFYQILIYDFANFGVLRLSEPAPLFDL
       .:.  .:  : .   :.. ..  .:... ..:..    ..    ..     ..  :. . 
CCDS23 ENEEEAGLENSSEISADEWSRGNILKNS-VGENIEPVKILVPEKSLPCKVSNNNYPIPEQ
     480       490       500        510       520       530        

         590         600       610       620       630       640   
pF1KB5 AMLALDS--PESGWTEEDGPKEGLAEYIVEFLKKKAEMLADYFSLEIDEEGNLIGLPLLI
         :  ::   .:.  .. . :    . . . . ::  : :. . .. :.. ..     ::
CCDS23 MNLNEDSCNKKSNVIDNKSGKVTAYDLLSNRVIKKP-MSASALFVQ-DHRPQF-----LI
      540       550       560       570        580             590 

           650       660       670       680       690       700   
pF1KB5 DNYVPPLEGLPIFILRLATEVNWDEEKECFESLSKECAMFYSIRKQYISEESTLSGQQSE
       .:    ::   . : .:   .. .:. .  :. .:.   . :  :. : .:: .: ....
CCDS23 ENPKTSLEDATLQIEELWKTLSEEEKLKYEEKATKDLERYNSQMKRAIEQESQMSLKDGR
             600       610       620       630       640       650 

           710       720       730       740       750             
pF1KB5 VPGSIPNSWKWTVEHIVYKALRSHILPPKHFTEDGNILQLANLPDLYKVFERC       
          .  ..:. . .: .  .: ..                                    
CCDS23 KKIKPTSAWNLAQKHKLKTSLSNQPKLDELLQSQIEKRRSQNIKMVQIPFSMKNLKINFK
             660       670       680       690       700       710 

>>CCDS46474.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2                (893 aa)
 initn: 373 init1: 324 opt: 351  Z-score: 361.4  bits: 77.8 E(32554): 8.3e-14
Smith-Waterman score: 398; 22.7% identity (53.4% similar) in 731 aa overlap (8-727:1-636)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSFVAGVIRRLDETVVNRIAAGEVIQRPANAIKEMIENCLDAKSTSIQVIVKEGGLKLIQ
              ...:  ..:  ......:   ....::.::: ::: .::..: ... :.  :.
CCDS46        MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLENYGFDKIE
                      10        20        30        40        50   

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 IQDNGTGIRKEDLDIVCERFTTSKLQSFEDLASISTYGFRGEALASISHVAHVTITTKTA
       ..::: ::.  :  ..  .. :::..: ::: ...:::::::::.::  .:.: :::.::
CCDS46 VRDNGEGIKAVDAPVMAMKYYTSKINSHEDLENLTTYGFRGEALGSICCIAEVLITTRTA
            60        70        80        90       100       110   

               130       140       150       160          170      
pF1KB5 -DGKCAYRASYSDGKLKAPPKPCAGNQGTQITVEDLFYNIATRRK---ALKNPSEEYGKI
        :.  .  .  ..:.. .  ::   .::: .:.  :: :. .:..   . :. ..:  ::
CCDS46 ADNFSTQYVLDGSGHILSQ-KPSHLGQGTTVTALRLFKNLPVRKQFYSTAKKCKDEIKKI
           120       130        140       150       160       170  

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB5 LEVVGRYSVHNAGISFSVKKQGETVADVRTLPNASTVDNIRSVFGNAVSRELIEIGCEDK
        ...         .::.. :           :.      .: ::   :  ..   :   :
CCDS46 QDLL---------MSFGILK-----------PD------LRIVF---VHNKIYLSGFLPK
                     180                        190          200   

        240       250       260       270       280          290   
pF1KB5 TLAFKMNGYISNANYSVKKCIFLLFINHRLVESTSLRKAIETVYAAYLPKNT---HPFLY
         : .    .:. . :      ..::: : :.. .. : :.  :     :..   .: ..
CCDS46 CDADHSFTSLSTPERS------FIFINSRPVHQKDILKLIRHHYNLKCLKESTRLYPVFF
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       :....   .::::. : : .: . ..::.:                      ..:.    
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       ::    . ::.:  ...:. :.  .   . ..::   .:...     .:  :.   ... 
CCDS46 GP----LPSTNSYENNKTDVSAADIVLSKTAETDVLFNKVESS----GKNYSNVDTSVIP
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         ..:. . .. .. .. :.          .:   ::   :  .::.:.     ..: ..
CCDS46 F-QNDMHNDESGKNTDDCLN----------HQISIGDFGYGHCSSEISN----IDKNTKN
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         .. :  ..  ..:. :.. .:        ..::   : : ... :  . :  .:.  .
CCDS46 AFQDISMSNVSWENSQTEYSKTCF-------ISSVKHTQSENGNKDH--IDESGENEEEA
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       :  : .   :.. ..  .:... ..:..    ..    ..     ..  :. .   :  :
CCDS46 GLENSSEISADEWSRGNILKNS-VGENIEPVKILVPEKSLPCKVSNNNYPIPEQMNLNED
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       :   .:.  .. . :    . . . . ::  : :. . .. :.. ..     ::.:    
CCDS46 SCNKKSNVIDNKSGKVTAYDLLSNRVIKKP-MSASALFVQ-DHRPQF-----LIENPKTS
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       ::   . : .:   .. .:. .  :. .:.   . :  :. : .:: .: ....   .  
CCDS46 LEDATLQIEELWKTLSEEEKLKYEEKATKDLERYNSQMKRAIEQESQMSLKDGRKKIKPT
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CCDS46 SAWNLAQKHKLKTSLSNQPKLDELLQSQIEKRRSQNIKMVQIPFSMKNLKINFKKQNKVD
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CCDS82        MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLENYGFDKIE
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CCDS82 VRDNGEGIKAVDAPVMAMKYYTSKINSHEDLENLTTYGFRGEALGSICCIAEVLITTRTA
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CCDS82 YIALGLVLIKAS                                                
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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