Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB9993
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9993, 584 aa
1>>>pF1KB9993 584 - 584 aa - 584 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5630+/-0.00088; mu= 6.5714+/- 0.053
mean_var=238.3996+/-49.404, 0's: 0 Z-trim(115.4): 61 B-trim: 1040 in 2/50
Lambda= 0.083066
statistics sampled from 15900 (15961) to 15900 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.791), E-opt: 0.2 (0.49), width: 16
Scan time: 4.290
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS44233.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1 ( 584) 4040 497.1 2.6e-140
CCDS30881.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1 ( 583) 4023 495.0 1.1e-139
CCDS1076.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1 ( 474) 3277 405.5 7.5e-113
CCDS44234.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1 ( 473) 3260 403.5 3.1e-112
CCDS45891.1 SHC2 gene_id:25759|Hs108|chr19 ( 582) 1632 208.5 1.9e-53
CCDS10130.1 SHC4 gene_id:399694|Hs108|chr15 ( 630) 1548 198.5 2.2e-50
CCDS6681.1 SHC3 gene_id:53358|Hs108|chr9 ( 594) 1201 156.8 6.9e-38
>>CCDS44233.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1 (584 aa)
initn: 4040 init1: 4040 opt: 4040 Z-score: 2632.5 bits: 497.1 E(32554): 2.6e-140
Smith-Waterman score: 4040; 100.0% identity (100.0% similar) in 584 aa overlap (1-584:1-584)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEEGASGSTPPEELPSPSASSLGPILPPLPGDDSPTTLCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEEGASGSTPPEELPSPSASSLGPILPPLPGDDSPTTLCS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 FFPRMSNLRLANPAGGRPGSKGEPGRAADDGEGIVGAAMPDSGPLPLLQDMNKLSGGGGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FFPRMSNLRLANPAGGRPGSKGEPGRAADDGEGIVGAAMPDSGPLPLLQDMNKLSGGGGR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 RTRVEGGQLGGEEWTRHGSFVNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RTRVEGGQLGGEEWTRHGSFVNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 FNTRTQVTREAISLVCEAVPGAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FNTRTQVTREAISLVCEAVPGAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 LNLMAADCKQIIANHHMQSISFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LNLMAADCKQIIANHHMQSISFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 ISTIGQAFELRFKQYLRNPPKLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ISTIGQAFELRFKQYLRNPPKLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 GGVVDMRLREGAAPGAARPTAPNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCPAGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GGVVDMRLREGAAPGAARPTAPNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCPAGR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 ELFDDPSYVNVQNLDKARQAVGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ELFDDPSYVNVQNLDKARQAVGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 AEQLRGEPWFHGKLSRREAEALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AEQLRGEPWFHGKLSRREAEALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KB9 GVVRTKDHRFESVSHLISYHMDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GVVRTKDHRFESVSHLISYHMDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
550 560 570 580
>>CCDS30881.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1 (583 aa)
initn: 2904 init1: 2904 opt: 4023 Z-score: 2621.5 bits: 495.0 E(32554): 1.1e-139
Smith-Waterman score: 4023; 99.8% identity (99.8% similar) in 584 aa overlap (1-584:1-583)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEEGASGSTPPEELPSPSASSLGPILPPLPGDDSPTTLCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEEGASGSTPPEELPSPSASSLGPILPPLPGDDSPTTLCS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 FFPRMSNLRLANPAGGRPGSKGEPGRAADDGEGIVGAAMPDSGPLPLLQDMNKLSGGGGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 FFPRMSNLRLANPAGGRPGSKGEPGRAADDGEGIVGAAMPDSGPLPLLQDMNKLSGGGGR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 RTRVEGGQLGGEEWTRHGSFVNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RTRVEGGQLGGEEWTRHGSFVNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 FNTRTQVTREAISLVCEAVPGAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 FNTRTQVTREAISLVCEAVPGAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 LNLMAADCKQIIANHHMQSISFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LNLMAADCKQIIANHHMQSISFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 ISTIGQAFELRFKQYLRNPPKLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ISTIGQAFELRFKQYLRNPPKLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 GGVVDMRLREGAAPGAARPTAPNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCPAGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
CCDS30 GGVVDMRLREGAAPGAARPTAPNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCP-GR
370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 ELFDDPSYVNVQNLDKARQAVGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ELFDDPSYVNVQNLDKARQAVGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSM
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 AEQLRGEPWFHGKLSRREAEALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 AEQLRGEPWFHGKLSRREAEALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPE
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580
pF1KB9 GVVRTKDHRFESVSHLISYHMDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GVVRTKDHRFESVSHLISYHMDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
540 550 560 570 580
>>CCDS1076.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1 (474 aa)
initn: 3277 init1: 3277 opt: 3277 Z-score: 2139.5 bits: 405.5 E(32554): 7.5e-113
Smith-Waterman score: 3277; 100.0% identity (100.0% similar) in 474 aa overlap (111-584:1-474)
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 KGEPGRAADDGEGIVGAAMPDSGPLPLLQDMNKLSGGGGRRTRVEGGQLGGEEWTRHGSF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MNKLSGGGGRRTRVEGGQLGGEEWTRHGSF
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 VNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALDFNTRTQVTREAISLVCEAVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALDFNTRTQVTREAISLVCEAVP
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 GAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSSLNLMAADCKQIIANHHMQSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSSLNLMAADCKQIIANHHMQSI
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 SFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDVISTIGQAFELRFKQYLRNPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDVISTIGQAFELRFKQYLRNPP
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 KLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPLGGVVDMRLREGAAPGAARPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPLGGVVDMRLREGAAPGAARPT
220 230 240 250 260 270
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 APNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCPAGRELFDDPSYVNVQNLDKARQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 APNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCPAGRELFDDPSYVNVQNLDKARQA
280 290 300 310 320 330
450 460 470 480 490 500
pF1KB9 VGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSMAEQLRGEPWFHGKLSRREAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSMAEQLRGEPWFHGKLSRREAE
340 350 360 370 380 390
510 520 530 540 550 560
pF1KB9 ALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPEGVVRTKDHRFESVSHLISYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPEGVVRTKDHRFESVSHLISYH
400 410 420 430 440 450
570 580
pF1KB9 MDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
460 470
>>CCDS44234.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1 (473 aa)
initn: 2141 init1: 2141 opt: 3260 Z-score: 2128.5 bits: 403.5 E(32554): 3.1e-112
Smith-Waterman score: 3260; 99.8% identity (99.8% similar) in 474 aa overlap (111-584:1-473)
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 KGEPGRAADDGEGIVGAAMPDSGPLPLLQDMNKLSGGGGRRTRVEGGQLGGEEWTRHGSF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MNKLSGGGGRRTRVEGGQLGGEEWTRHGSF
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 VNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALDFNTRTQVTREAISLVCEAVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALDFNTRTQVTREAISLVCEAVP
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 GAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSSLNLMAADCKQIIANHHMQSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSSLNLMAADCKQIIANHHMQSI
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 SFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDVISTIGQAFELRFKQYLRNPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDVISTIGQAFELRFKQYLRNPP
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 KLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPLGGVVDMRLREGAAPGAARPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPLGGVVDMRLREGAAPGAARPT
220 230 240 250 260 270
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 APNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCPAGRELFDDPSYVNVQNLDKARQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS44 APNAQTPSHLGATLPVGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCP-GRELFDDPSYVNVQNLDKARQA
280 290 300 310 320
450 460 470 480 490 500
pF1KB9 VGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSMAEQLRGEPWFHGKLSRREAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VGGAGPPNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVSMAEQLRGEPWFHGKLSRREAE
330 340 350 360 370 380
510 520 530 540 550 560
pF1KB9 ALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPEGVVRTKDHRFESVSHLISYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPEGVVRTKDHRFESVSHLISYH
390 400 410 420 430 440
570 580
pF1KB9 MDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
450 460 470
>>CCDS45891.1 SHC2 gene_id:25759|Hs108|chr19 (582 aa)
initn: 1591 init1: 597 opt: 1632 Z-score: 1073.0 bits: 208.5 E(32554): 1.9e-53
Smith-Waterman score: 1729; 48.2% identity (69.3% similar) in 618 aa overlap (21-583:1-581)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEEGASGSTPPEELPSPSASSLGPILPPLPGDDSPTTLCS
. .: .: .:: .: : :: : ..:::.:.
CCDS45 MTQGPGGRAPP----APPA-------PPEP--EAPTTFCA
10 20
70 80 90 100
pF1KB9 FFPRMSNLRLANPAG--GR-P------GSKG----EPGRAADDG-----EGIVGAAMPD-
..::: . ..: :.: :: : :..: .: :. : ...:: :
CCDS45 LLPRMPQWKFAAPGGFLGRGPAAARAAGASGGADPQPEPAGPGGVPALAAAVLGACEPRC
30 40 50 60 70 80
110 120 130 140 150
pF1KB9 SGPLPLLQDMNKLSGGGGRRTRVEGGQLG-GE-----EWTRHGSFVNKPTRGWLHPNDKV
..: :: ... :.:.: .: : : :. :: :.:::..::..:::::. .:
CCDS45 AAPCPL-PALSRCRGAGSRGSRGGRGAAGSGDAAAAAEWIRKGSFIHKPAHGWLHPDARV
90 100 110 120 130 140
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 MGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALDFNTRTQVTREAISLVCEAVPGAKGATRRRKPCSRP
.::::::.::::::.:::.:::.::::::::::::::. . :::::..:. ... : ..
CCDS45 LGPGVSYVVRYMGCIEVLRSMRSLDFNTRTQVTREAINRLHEAVPGVRGSWKKKAP-NKA
150 160 170 180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 LSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSSLNLMAADCKQIIANHHMQSISFASGGDPDTAEYVA
:.:.::.:::.:::: :.. .::..:.: . .:.:::::: ::::::::: : ..:::
CCDS45 LASVLGKSNLRFAGMSISIHISTDGLSLSVPATRQVIANHHMPSISFASGGDTDMTDYVA
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 YVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDVISTIGQAFELRFKQYLRNPPKLVTPHDRMAGFDGS
::::::.:::::::::: :::::..:::.::::::::::::..:::.. : .:.:: . :
CCDS45 YVAKDPINQRACHILECCEGLAQSIISTVGQAFELRFKQYLHSPPKVALPPERLAGPEES
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 AWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPLGGVVDMRLREGAAPGAARPTAPNAQTPSHLGA-TL
:: .::. .:.:::..:::::::::.:: :: . . : . .. .:: : .:
CCDS45 AWGDEEDSL-EHNYYNSIPGKEPPLGGLVDSRL--ALTQPCALTALDQGPSPSLRDACSL
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440
pF1KB9 P-----VGQPVGGDPEVRKQMPPPPPCPAGRELFDDPSYVNVQNLDKARQAVGGAGPPNP
: .: :: :. . :: .. :::.:.:: :.:
CCDS45 PWDVGSTGTAPPGDGYVQADARGPPD-------HEEHLYVNTQGLDA----------PEP
390 400 410 420
450 460 470 480
pF1KB9 AINGSAPRDLFDMKPFEDALRV--------------------PPPP-QSVSMA---EQLR
. : .:::::.::::::.. : :: . . .: ::::
CCDS45 --EDSPKKDLFDMRPFEDALKLHECSVAAGVTAAPLPLEDQWPSPPTRRAPVAPTEEQLR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 GEPWFHGKLSRREAEALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPEGVVRT
:::.::..::: :: .:. .::::::.:.:.::::::::...:::::::::::::::::
CCDS45 QEPWYHGRMSRRAAERMLRADGDFLVRDSVTNPGQYVLTGMHAGQPKHLLLVDPEGVVRT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KB9 KDHRFESVSHLISYHMDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
:: :::.::::..:..: ::..: ::: :. : :.
CCDS45 KDVLFESISHLIDHHLQNGQPIVAAESELHLRGVVSREP
550 560 570 580
>>CCDS10130.1 SHC4 gene_id:399694|Hs108|chr15 (630 aa)
initn: 1722 init1: 862 opt: 1548 Z-score: 1018.1 bits: 198.5 E(32554): 2.2e-50
Smith-Waterman score: 1638; 49.1% identity (69.9% similar) in 611 aa overlap (7-582:27-619)
10 20 30
pF1KB9 MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEEGASG-STPPEELPSPSA
. ::. .::::..::.::.:: :. . :.:
CCDS10 MRERGQDSLAGLVLYVGLFGHPGMLHRAKYSRFRNESITSLDEGSSGGSVGNKGSPQPPH
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80
pF1KB9 SSLGPILPP----LPGDDSPTTLCSFFPRMSNLRLANPAGGRP------GSKGEPGRAAD
.:.: :: ::...::: ::...:::....::::: :.: : .
CCDS10 PALAPHLPTEDATLPSQESPTPLCTLIPRMASMKLANPATLLSLKNFCLGTKEVPRLKLQ
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 DGE--GIVGAAMPD-----SGPLPLLQDMNKLSGGGGRRTRVEGGQLGGEEWTRHGSFVN
... : : . :. :: : : . : : . .. : : . .. .
CCDS10 ESRDPGSSGPSSPETSLSRSGTAPPPQ--QDLVGHRATALTPDSCPLPGPG---EPTLRS
130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 KPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALDFNTRTQVTREAISLVCEAVPGA
. : .:. ...: :..: ::::::::::::::.:::. :::::::::: .:::::::
CCDS10 RQDRHFLQ---HLLGMGMNYCVRYMGCVEVLQSMRSLDFGMRTQVTREAISRLCEAVPGA
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 KGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKFAGMPITLTVSTSSLNLMAADCKQIIANHHMQSISF
.:: ..::: . ::..::.:::.:.:: : ::.:: ::.:: : .:::::::::::::
CCDS10 NGAIKKRKPPVKFLSTVLGKSNLQFSGMNIKLTISTCSLTLMNLDNQQIIANHHMQSISF
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 ASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRACHILECPEGLAQDVISTIGQAFELRFKQYLRNPPKL
::::::::..:::::::::::::::::::: .:.::::::::::::::::::::.::
CCDS10 ASGGDPDTTDYVAYVAKDPVNQRACHILECHNGMAQDVISTIGQAFELRFKQYLKNPSLN
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 VTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDHQYYNDFPGKEPPLGGVVDMRLREGAAPGAAR-PTA
.. ... . .:. : ::.: ::.:::..:::.::.::: :::.. :. : :
CCDS10 TSCESEEVHIDSHA---EERE--DHEYYNEIPGKQPPVGGVSDMRIKVQATEQMAYCPIQ
360 370 380 390 400
390 400 410 420 430
pF1KB9 -------P-NAQTPSHLGATLPVGQPVGG-DPE-VRKQMPPPPPCPAGR-ELFDDPSYVN
: :.. : : .. .:. :. :..: . : .::::: :.:
CCDS10 CEKLCYLPGNSKCSSVYENCLEQSRAIGNVHPRGVQSQRDTSLLKHTCRVDLFDDPCYIN
410 420 430 440 450 460
440 450 460 470 480
pF1KB9 VQNLDKARQAVGG---AGP-PNPAINGSAPRDLFDMKPFEDALRVPPPPQSVS-MAEQLR
.: :... ..:. : : .: :.::. ..: : : .:. . .::
CCDS10 TQALQSTPGSAGNQRSAQPLGSPWHCGKAPE---TVQP--GATAQPASSHSLPHIKQQLW
470 480 490 500 510 520
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 GEPWFHGKLSRREAEALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPEGVVRT
.: .::::::. ::.:: .::::::::.:.::::::.:::.:: :::::::::: :::
CCDS10 SEECYHGKLSRKAAESLLVKDGDFLVRESATSPGQYVLSGLQGGQAKHLLLVDPEGKVRT
530 540 550 560 570 580
550 560 570 580
pF1KB9 KDHRFESVSHLISYHMDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
::: :..:.::: ::::: :::::.:::. :.:::..
CCDS10 KDHVFDNVGHLIRYHMDNSLPIISSGSEVSLKQPVRKDNNPALLHSNK
590 600 610 620 630
>>CCDS6681.1 SHC3 gene_id:53358|Hs108|chr9 (594 aa)
initn: 1562 init1: 965 opt: 1201 Z-score: 793.7 bits: 156.8 E(32554): 6.9e-38
Smith-Waterman score: 1717; 49.4% identity (68.8% similar) in 619 aa overlap (6-583:3-593)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEE--------GASGSTPPEELPSPSASSL--GPILPPLP
:. ::: .::.:..:... :..:.. . .: : : : :
CCDS66 MLPRTKYNRFRNDSVTSVDDLLHSLSVSGGGGKVSAARATPAAAPYLVSGEALRKAP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB9 GDDSPTTLCSFFPRMSNLRLANPAGGRPGSKGEPGRAADDGEGIVGA---AMPDSGPLPL
::.: .: .. ..:.:.:.. .: : :.. ::. : .: : :: : :
CCDS66 -DDGPGSLGHLLHKVSHLKLSS-SGLRGLSSAARERAGARLSGSCSAPSLAAPD-GSAPS
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 LQDMNKLSGGGGRRTRVEGGQLGGEEWTRHGSFVNKPTRGWLHPNDKVMGPGVSYLVRYM
.:.. :. :. : : : : :: : .:.:.::::.:.:.:.
CCDS66 APRAPAMSAA--RK-----GRPGDEPLPR-------PPRGAPHASDQVLGPGVTYVVKYL
120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 GCVEVLQSMRALDFNTRTQVTREAISLVCEAVPGAKGATRRRKPCSRPLSSILGRSNLKF
::.:::.:::.:::.::::.:::::: ::::::::::: ..::: :. ::::::.:::.:
CCDS66 GCIEVLRSMRSLDFSTRTQITREAISRVCEAVPGAKGAFKKRKPPSKMLSSILGKSNLQF
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 AGMPITLTVSTSSLNLMAADCKQIIANHHMQSISFASGGDPDTAEYVAYVAKDPVNQRAC
::: :.::.::.:::: . : :::::::::.::::::::::::..:::::::::::.:::
CCDS66 AGMSISLTISTASLNLRTPDSKQIIANHHMRSISFASGGDPDTTDYVAYVAKDPVNRRAC
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 HILECPEGLAQDVISTIGQAFELRFKQYLRNPPKLVTPHDRMAGFDGSAWDEEEEEPPDH
::::: .:::::::..:::::::::::::. : :. . :::: ..: : ::: . ::
CCDS66 HILECCDGLAQDVIGSIGQAFELRFKQYLQCPTKIPALHDRMQSLD-EPWTEEEGDGSDH
290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 QYYNDFPGKEPPLGGVVDMRLR-EGAAPGAARPTAPNAQT---PSHLGATLPVGQPVGGD
:::..:.: :: :: .: ::. . :: .:. : . :: ::: :. :.
CCDS66 PYYNSIPSKMPPPGGFLDTRLKPRPHAPDTAQ-FAGKEQTYYQGRHLGDTF--GEDWQQT
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450
pF1KB9 PEVRKQMPPPPPCPAGR----ELFDDPSYVNVQNLDKARQAVGGAGPPNPAINGSAPR-D
: .:. : :. . :.:::.: : : : . :.:: :
CCDS66 P-LRQGSSDIYSTPEGKLHVAPTGEAPTYVNTQ------QIPPQAWPAAVSSAESSPRKD
400 410 420 430 440
460 470 480 490
pF1KB9 LFDMKPFEDALR-------------------VPPPPQSVSMAEQLRGEPWFHGKLSRREA
:::::::::::. : : ...: :.:..: :..:..::.::
CCDS66 LFDMKPFEDALKNQPLGPVLSKAASVECISPVSPRAPDAKMLEELQAETWYQGEMSRKEA
450 460 470 480 490 500
500 510 520 530 540 550
pF1KB9 EALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGLQSGQPKHLLLVDPEGVVRTKDHRFESVSHLISY
:.::. .::::::.:::.::..::::...:: ::::::::::..::::. :.:.::::..
CCDS66 EGLLEKDGDFLVRKSTTNPGSFVLTGMHNGQAKHLLLVDPEGTIRTKDRVFDSISHLINH
510 520 530 540 550 560
560 570 580
pF1KB9 HMDNHLPIISAGSELCLQQPVERKL
:... :::.:::::::::::::::
CCDS66 HLESSLPIVSAGSELCLQQPVERKQ
570 580 590
584 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 16:06:14 2016 done: Sat Nov 5 16:06:14 2016
Total Scan time: 4.290 Total Display time: 0.090
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]