Result of FASTA (ccds) for pFN21AB5736
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5736, 736 aa
  1>>>pF1KB5736 736 - 736 aa - 736 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4018+/-0.0011; mu= -3.7374+/- 0.067
 mean_var=465.1494+/-94.524, 0's: 0 Z-trim(116.5): 13  B-trim: 192 in 1/53
 Lambda= 0.059467
 statistics sampled from 17102 (17112) to 17102 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.793), E-opt: 0.2 (0.526), width:  16
 Scan time:  4.590

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11091.1 DVL2 gene_id:1856|Hs108|chr17          ( 736) 5032 446.4 7.4e-125
CCDS3253.1 DVL3 gene_id:1857|Hs108|chr3            ( 716) 3228 291.6 2.8e-78
CCDS81252.1 DVL1 gene_id:1855|Hs108|chr1           ( 695) 2539 232.5 1.7e-60
CCDS22.1 DVL1 gene_id:1855|Hs108|chr1              ( 670) 1682 158.9 2.3e-38


>>CCDS11091.1 DVL2 gene_id:1856|Hs108|chr17               (736 aa)
 initn: 5032 init1: 5032 opt: 5032  Z-score: 2355.0  bits: 446.4 E(32554): 7.4e-125
Smith-Waterman score: 5032; 100.0% identity (100.0% similar) in 736 aa overlap (1-736:1-736)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQRPAGAKYFFKSM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQRPAGAKYFFKSM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 DQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLPPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLPPL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 PPERTSGIGDSRPPSFHPNVSSSHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDSSEHGAGGHRTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PPERTSGIGDSRPPSFHPNVSSSHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDSSEHGAGGHRTG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 GPSRLERHLAGYESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKRHRRRR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GPSRLERHLAGYESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKRHRRRR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 KQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 KGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKCWDPSPQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKCWDPSPQ
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 AYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSSLPDGCEGRGLSVH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSSLPDGCEGRGLSVH
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 TDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGFPERREARKYAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGFPERREARKYAS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 GLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSGASDQDTLAPLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSGASDQDTLAPLP
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 GATPWPLLPTFSYQYPAPHPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHSEGSRSSGSTRSDGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GATPWPLLPTFSYQYPAPHPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHSEGSRSSGSTRSDGG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB5 AGRTGRPEERAPESKSGSGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGPPPSRGSTGGAPNLRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AGRTGRPEERAPESKSGSGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGPPPSRGSTGGAPNLRA
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB5 HPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGAPPVRDLGSVPPELTASRQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 HPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGAPPVRDLGSVPPELTASRQS
              670       680       690       700       710       720

              730      
pF1KB5 FHMAMGNPSEFFVDVM
       ::::::::::::::::
CCDS11 FHMAMGNPSEFFVDVM
              730      

>>CCDS3253.1 DVL3 gene_id:1857|Hs108|chr3                 (716 aa)
 initn: 1746 init1: 1138 opt: 3228  Z-score: 1518.7  bits: 291.6 E(32554): 2.8e-78
Smith-Waterman score: 3228; 69.3% identity (84.2% similar) in 745 aa overlap (11-736:1-716)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQRPAGAKYFFKSM
                 .::::.::::: .:::::::.:.::::.::.:::.:::::.  :.:::::
CCDS32           MGETKIIYHLDGQETPYLVKLPLPAERVTLADFKGVLQRPS-YKFFFKSM
                         10        20        30        40          

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 DQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLPPL
       :.::::::::::::::.::::::::::::::... .:. ::   .  .:: ::       
CCDS32 DDDFGVVKEEISDDNAKLPCFNGRVVSWLVSAEGSHPDPAPFCADNPSELPPPM------
      50        60        70        80        90       100         

              130       140        150       160       170         
pF1KB5 PPERTSGIGDSRPPSFHPNVSS-SHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDSSEHGAGGHRT
         :::.::::::::::::.... :.:::. .:::.:.:: .::::::::. ::..   : 
CCDS32 --ERTGGIGDSRPPSFHPHAGGGSQENLDNDTETDSLVSAQRERPRRRDGPEHAT---RL
             110       120       130       140       150           

     180         190       200       210       220       230       
pF1KB5 GGPSRLERHL--AGYESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKRH-
       .: .. ::.   .::.::::::.::::.::. ::::.:. :::::::::::::::..:: 
CCDS32 NGTAKGERRREPGGYDSSSTLMSSELETTSFFDSDEDDSTSRFSSSTEQSSASRLMRRHK
      160       170       180       190       200       210        

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB5 RRRRKQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYI
       ::::::.  :.::.:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RRRRKQKVSRIERSSSFSSITDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYI
      220       230       240       250       260       270        

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB5 GSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKCWD
       :::::::::::::::::::::::::..:::::::::::::::.::::::::.::::::::
CCDS32 GSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLTVAKCWD
      280       290       300       310       320       330        

        360       370       380       390       400            410 
pF1KB5 PSPQAYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSS-----LPDG
       :::.. :::::.:::.::::::::::.::.:::::::  : :.::::: ::     .:: 
CCDS32 PSPRGCFTLPRSEPIRPIDPAAWVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSSITSSIPDT
      340       350       360       370       380       390        

               420       430       440       450       460         
pF1KB5 --CEGRGLSVHTDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGF
          .   ::.:.:::...::::.:::::::::::::::::::::.::::::::::.::::
CCDS32 ERLDDFHLSIHSDMAAIVKAMASPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLYHNVEGF
      400       410       420       430       440       450        

     470       480       490       500       510       520         
pF1KB5 PERREARKYASGLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSG
        .:::::::::.:::::.::::::::::::::::.:::: :.    ..::::.:.:::::
CCDS32 TDRREARKYASNLLKAGFIRHTVNKITFSEQCYYIFGDLCGN----MANLSLHDHDGSSG
      460       470       480       490       500           510    

     530       540         550        560       570       580      
pF1KB5 ASDQDTLAPLP--GATPWPLLPTFSYQYPAP-HPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHS
       :::::::::::  ::.:::.  .: :::: : :::.:.:  . ::. :.:::::::::::
CCDS32 ASDQDTLAPLPHPGAAPWPM--AFPYQYPPPPHPYNPHPG-FPELG-YSYGGGSASSQHS
          520       530         540       550         560       570

        590       600       610        620       630       640     
pF1KB5 EGSRSSGSTRSDGGAGRTGRPEERAPESKSG-SGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGP
       ::::::::.::  :. :  . . .: .:::: :::::. ..:. :::   : . .  .::
CCDS32 EGSRSSGSNRS--GSDRRKEKDPKAGDSKSGGSGSESDHTTRS-SLRGPRERAPSERSGP
              580         590       600       610        620       

             650       660       670       680       690       700 
pF1KB5 PPS----RGSTGGAPNLRAHPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGA
         :    :.  . : .::.:   ::   :::.   :.: :. ::::::     :. ::::
CCDS32 AASEHSHRSHHSLASSLRSHH-THPSYGPPGVPPLYGPPML-MMPPPPA----AMGPPGA
       630       640        650       660        670           680 

             710       720       730      
pF1KB5 PPVRDLGSVPPELTASRQSFHMAMGNPSEFFVDVM
       :: :::.:::::::::::::.::::::::::::::
CCDS32 PPGRDLASVPPELTASRQSFRMAMGNPSEFFVDVM
             690       700       710      

>>CCDS81252.1 DVL1 gene_id:1855|Hs108|chr1                (695 aa)
 initn: 1570 init1: 1188 opt: 2539  Z-score: 1199.4  bits: 232.5 E(32554): 1.7e-60
Smith-Waterman score: 2691; 60.5% identity (78.5% similar) in 744 aa overlap (11-736:1-695)

               10        20        30        40         50         
pF1KB5 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQ-RPAGA-KYFFK
                 ..:::.:::.::::::::::.::  ::.::.:::.::. ::. : :.:::
CCDS81           MAETKIIYHMDEEETPYLVKLPVAPERVTLADFKNVLSNRPVHAYKFFFK
                         10        20        30        40        50

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB5 SMDQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLP
       ::::::::::::: ::::.::::::::::::: ... . . .    . ...: ::     
CCDS81 SMDQDFGVVKEEIFDDNAKLPCFNGRVVSWLVLAEGAHSDAGSQGTDSHTDLPPPL----
               60        70        80        90       100          

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB5 PLPPERTSGIGDSRPPSFHPNVSSSHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDSSEHGAGGHR
           :::.::::::::::::::.::..... :: :::.:: :::: :::.  : .    :
CCDS81 ----ERTGGIGDSRPPSFHPNVASSRDGMDNETGTESMVSHRRERARRRNREEAA----R
            110       120       130       140       150            

      180        190         200       210       220       230     
pF1KB5 TGGPSRLERHL-AGY--ESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKR
       :.:  : .:.  .:   .:.:: ..:::::.:. ::::. . ::.:::::::..:::...
CCDS81 TNGHPRGDRRRDVGLPPDSASTALSSELESSSFVDSDEDGSTSRLSSSTEQSTSSRLIRK
      160       170       180       190       200       210        

          240       250       260       270       280       290    
pF1KB5 H-RRRRKQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGI
       : :::::::  . .:.:::::.:::::::::.:::::::...:::::::::::.::::::
CCDS81 HKRRRRKQRLRQADRASSFSSITDSTMSLNIVTVTLNMERHHFLGISIVGQSNDRGDGGI
      220       230       240       250       260       270        

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pF1KB5 YIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKC
       ::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.:: . ::: ::::::
CCDS81 YIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDVNFENMSNDDAVRVLREIVSQTGPISLTVAKC
      280       290       300       310       320       330        

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pF1KB5 WDPSPQAYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGS--SSMSTITSGSSLPDGC
       :::.:..:::.:: .:..:::::::.::.:::::..: :  :  ::  : ::.::: .. 
CCDS81 WDPTPRSYFTVPRADPVRPIDPAAWLSHTAALTGALPRYGTSPCSSAVTRTSSSSLTSSV
      340       350       360       370       380       390        

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pF1KB5 EGRG------LSVHTDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHV
        :        :.:..::..:...:  :.::::.:::::::::: :: .:.::::::: ::
CCDS81 PGAPQLEEAPLTVKSDMSAVVRVMQLPDSGLEIRDRMWLKITIANAVIGADVVDWLYTHV
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pF1KB5 EGFPERREARKYASGLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDG
       ::: ::::::::::.::: :..::::::::::::::::::::   : : :..:.::.  :
CCDS81 EGFKERREARKYASSLLKHGFLRHTVNKITFSEQCYYVFGDL---C-SNLATLNLNS--G
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pF1KB5 SSGASDQDTLAPLPG-ATPWPLLPTFSYQYPAPHPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQH
       :::.::::::::::  :.::::   . ::::.: :  :  : :..  ...::.::..::.
CCDS81 SSGTSDQDTLAPLPHPAAPWPLGQGYPYQYPGPPPCFP--PAYQD-PGFSYGSGSTGSQQ
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pF1KB5 SEGSRSSGSTRSDGGAGRTGRPEERAPESKSGSGSESE---PSSRGGSLRRGGEASGTSD
       ::::.:::::::.  :   :: .::   . .::::::.   ::. :.: :.   :.  : 
CCDS81 SEGSKSSGSTRSSRRA--PGREKERRAAGAGGSGSESDHTAPSGVGSSWRER-PAGQLSR
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       :. : :..:. .       :::    :::    : .  ..:.  ::           :.:
CCDS81 GSSPRSQASATA-------PGL----PPPH---PTTKAYTVVGGPP-----------GGP
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pF1KB5 PVRDLGSVPPELTASRQSFHMAMGNPSEFFVDVM
       :::.:..::::::.:::::. ::::: :::::.:
CCDS81 PVRELAAVPPELTGSRQSFQKAMGNPCEFFVDIM
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                 ..:::.:::.::::::::::.::  ::.::.:::.::. ::. : :.:::
CCDS22           MAETKIIYHMDEEETPYLVKLPVAPERVTLADFKNVLSNRPVHAYKFFFK
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       ::::::::::::: ::::.::::::::::::: ... . . .    . ...: ::     
CCDS22 SMDQDFGVVKEEIFDDNAKLPCFNGRVVSWLVLAEGAHSDAGSQGTDSHTDLPPPL----
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           :::.::::::::::::::.::..... :: :::.:: :::: :::.  : .    :
CCDS22 ----ERTGGIGDSRPPSFHPNVASSRDGMDNETGTESMVSHRRERARRRNREEAA----R
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       :.:  : .:.  .:   .:.:: ..:::::.:. ::::. . ::.:::::::..:::...
CCDS22 TNGHPRGDRRRDVGLPPDSASTALSSELESSSFVDSDEDGSTSRLSSSTEQSTSSRLIRK
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       : :::::::  . .:.:::::.:::::::::.:::::::...:::::::::::.::::::
CCDS22 HKRRRRKQRLRQADRASSFSSITDSTMSLNIVTVTLNMERHHFLGISIVGQSNDRGDGGI
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       ::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.:: . ::: ::::::
CCDS22 YIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDVNFENMSNDDAVRVLREIVSQTGPISLTVAKC
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       :::.:..:::.:: .:..:::::::.::.:::::..: :                   : 
CCDS22 WDPTPRSYFTVPRADPVRPIDPAAWLSHTAALTGALPRYE-----------------LEE
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CCDS22 APLTVKSDMSAVVRVMQLPDSGLEIRDRMWLKITIANAVIGADVVDWLYTHVEGFKERRE
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       ::::::.::: :..::::::::::::::::::::   : : :..:.::.  ::::.::::
CCDS22 ARKYASSLLKHGFLRHTVNKITFSEQCYYVFGDL---C-SNLATLNLNS--GSSGTSDQD
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       :::::.:::::. ::::: :::::.:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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