Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5558
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5558, 573 aa
1>>>pF1KB5558 573 - 573 aa - 573 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7337+/-0.000484; mu= 17.5186+/- 0.030
mean_var=78.2661+/-15.710, 0's: 0 Z-trim(109.1): 55 B-trim: 62 in 1/48
Lambda= 0.144973
statistics sampled from 17182 (17230) to 17182 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.542), E-opt: 0.2 (0.202), width: 16
Scan time: 9.100
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002147 (OMIM: 118190,605280,612233) 60 kDa heat ( 573) 3589 760.8 0
NP_955472 (OMIM: 118190,605280,612233) 60 kDa heat ( 573) 3589 760.8 0
NP_006421 (OMIM: 605142) T-complex protein 1 subun ( 539) 233 58.9 4.9e-08
NP_036205 (OMIM: 256840,610150) T-complex protein ( 541) 212 54.5 1e-06
NP_001293085 (OMIM: 256840,610150) T-complex prote ( 503) 208 53.7 1.7e-06
NP_001293082 (OMIM: 256840,610150) T-complex prote ( 520) 208 53.7 1.8e-06
NP_006420 (OMIM: 605140) T-complex protein 1 subun ( 543) 198 51.6 7.9e-06
NP_110379 (OMIM: 186980) T-complex protein 1 subun ( 556) 195 51.0 1.2e-05
NP_006422 (OMIM: 605139) T-complex protein 1 subun ( 535) 194 50.7 1.4e-05
NP_005989 (OMIM: 600114) T-complex protein 1 subun ( 545) 161 43.8 0.0017
NP_001180458 (OMIM: 610730) T-complex protein 1 su ( 493) 159 43.4 0.0021
NP_001243650 (OMIM: 605142) T-complex protein 1 su ( 509) 156 42.8 0.0033
NP_001753 (OMIM: 104613) T-complex protein 1 subun ( 531) 156 42.8 0.0034
>>NP_002147 (OMIM: 118190,605280,612233) 60 kDa heat sho (573 aa)
initn: 3589 init1: 3589 opt: 3589 Z-score: 4058.3 bits: 760.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3589; 100.0% identity (100.0% similar) in 573 aa overlap (1-573:1-573)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MLRLPTVFRQMRPVSRVLAPHLTRAYAKDVKFGADARALMLQGVDLLADAVAVTMGPKGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MLRLPTVFRQMRPVSRVLAPHLTRAYAKDVKFGADARALMLQGVDLLADAVAVTMGPKGR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 TVIIEQSWGSPKVTKDGVTVAKSIDLKDKYKNIGAKLVQDVANNTNEEAGDGTTTATVLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TVIIEQSWGSPKVTKDGVTVAKSIDLKDKYKNIGAKLVQDVANNTNEEAGDGTTTATVLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RSIAKEGFEKISKGANPVEIRRGVMLAVDAVIAELKKQSKPVTTPEEIAQVATISANGDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RSIAKEGFEKISKGANPVEIRRGVMLAVDAVIAELKKQSKPVTTPEEIAQVATISANGDK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 EIGNIISDAMKKVGRKGVITVKDGKTLNDELEIIEGMKFDRGYISPYFINTSKGQKCEFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EIGNIISDAMKKVGRKGVITVKDGKTLNDELEIIEGMKFDRGYISPYFINTSKGQKCEFQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 DAYVLLSEKKISSIQSIVPALEIANAHRKPLVIIAEDVDGEALSTLVLNRLKVGLQVVAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DAYVLLSEKKISSIQSIVPALEIANAHRKPLVIIAEDVDGEALSTLVLNRLKVGLQVVAV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 KAPGFGDNRKNQLKDMAIATGGAVFGEEGLTLNLEDVQPHDLGKVGEVIVTKDDAMLLKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KAPGFGDNRKNQLKDMAIATGGAVFGEEGLTLNLEDVQPHDLGKVGEVIVTKDDAMLLKG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 KGDKAQIEKRIQEIIEQLDVTTSEYEKEKLNERLAKLSDGVAVLKVGGTSDVEVNEKKDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KGDKAQIEKRIQEIIEQLDVTTSEYEKEKLNERLAKLSDGVAVLKVGGTSDVEVNEKKDR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 VTDALNATRAAVEEGIVLGGGCALLRCIPALDSLTPANEDQKIGIEIIKRTLKIPAMTIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VTDALNATRAAVEEGIVLGGGCALLRCIPALDSLTPANEDQKIGIEIIKRTLKIPAMTIA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 KNAGVEGSLIVEKIMQSSSEVGYDAMAGDFVNMVEKGIIDPTKVVRTALLDAAGVASLLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KNAGVEGSLIVEKIMQSSSEVGYDAMAGDFVNMVEKGIIDPTKVVRTALLDAAGVASLLT
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KB5 TAEVVVTEIPKEEKDPGMGAMGGMGGGMGGGMF
:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TAEVVVTEIPKEEKDPGMGAMGGMGGGMGGGMF
550 560 570
>>NP_955472 (OMIM: 118190,605280,612233) 60 kDa heat sho (573 aa)
initn: 3589 init1: 3589 opt: 3589 Z-score: 4058.3 bits: 760.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3589; 100.0% identity (100.0% similar) in 573 aa overlap (1-573:1-573)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MLRLPTVFRQMRPVSRVLAPHLTRAYAKDVKFGADARALMLQGVDLLADAVAVTMGPKGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 MLRLPTVFRQMRPVSRVLAPHLTRAYAKDVKFGADARALMLQGVDLLADAVAVTMGPKGR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 TVIIEQSWGSPKVTKDGVTVAKSIDLKDKYKNIGAKLVQDVANNTNEEAGDGTTTATVLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 TVIIEQSWGSPKVTKDGVTVAKSIDLKDKYKNIGAKLVQDVANNTNEEAGDGTTTATVLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RSIAKEGFEKISKGANPVEIRRGVMLAVDAVIAELKKQSKPVTTPEEIAQVATISANGDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 RSIAKEGFEKISKGANPVEIRRGVMLAVDAVIAELKKQSKPVTTPEEIAQVATISANGDK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 EIGNIISDAMKKVGRKGVITVKDGKTLNDELEIIEGMKFDRGYISPYFINTSKGQKCEFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 EIGNIISDAMKKVGRKGVITVKDGKTLNDELEIIEGMKFDRGYISPYFINTSKGQKCEFQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 DAYVLLSEKKISSIQSIVPALEIANAHRKPLVIIAEDVDGEALSTLVLNRLKVGLQVVAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 DAYVLLSEKKISSIQSIVPALEIANAHRKPLVIIAEDVDGEALSTLVLNRLKVGLQVVAV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 KAPGFGDNRKNQLKDMAIATGGAVFGEEGLTLNLEDVQPHDLGKVGEVIVTKDDAMLLKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 KAPGFGDNRKNQLKDMAIATGGAVFGEEGLTLNLEDVQPHDLGKVGEVIVTKDDAMLLKG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 KGDKAQIEKRIQEIIEQLDVTTSEYEKEKLNERLAKLSDGVAVLKVGGTSDVEVNEKKDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 KGDKAQIEKRIQEIIEQLDVTTSEYEKEKLNERLAKLSDGVAVLKVGGTSDVEVNEKKDR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 VTDALNATRAAVEEGIVLGGGCALLRCIPALDSLTPANEDQKIGIEIIKRTLKIPAMTIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 VTDALNATRAAVEEGIVLGGGCALLRCIPALDSLTPANEDQKIGIEIIKRTLKIPAMTIA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 KNAGVEGSLIVEKIMQSSSEVGYDAMAGDFVNMVEKGIIDPTKVVRTALLDAAGVASLLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 KNAGVEGSLIVEKIMQSSSEVGYDAMAGDFVNMVEKGIIDPTKVVRTALLDAAGVASLLT
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KB5 TAEVVVTEIPKEEKDPGMGAMGGMGGGMGGGMF
:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 TAEVVVTEIPKEEKDPGMGAMGGMGGGMGGGMF
550 560 570
>>NP_006421 (OMIM: 605142) T-complex protein 1 subunit d (539 aa)
initn: 228 init1: 111 opt: 233 Z-score: 265.3 bits: 58.9 E(85289): 4.9e-08
Smith-Waterman score: 292; 22.2% identity (55.5% similar) in 537 aa overlap (25-547:23-538)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MLRLPTVFRQMRPVSRVLAPHLTRAYAKDVKFGADARALMLQGVDLLADAVAVTMGPKGR
:: .: :. : .... .:::. ...::::
NP_006 MPENVAPRSGATAGAAGGRGKGAY-QDRDKPAQIRFSNISAAKAVADAIRTSLGPKGM
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 TVIIEQSWGSPKVTKDGVTVAKSIDLKDKYKNIGAKLVQDVANNTNEEAGDGTTTATVLA
.:... :. .:.::.:. :.... .:... .... . :::::::.....:
NP_006 DKMIQDGKGDVTITNDGATILKQMQVLHP----AARMLVELSKAQDIEAGDGTTSVVIIA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RSIAKEGFEKISKGANPVEIRRGVMLAVDAVIAELKKQSKPVTTPEEIAQVATISANGDK
:. . ..:: .:. : .. . :.. : : .:.:: .. . . . ... ..
NP_006 GSLLDSCTKLLQKGIHPTIISESFQKALEKGIEILTDMSRPVELSDRETLLNSATTSLNS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB5 EIGNIISDAMKKVGRKGVITVKDGKTLND-ELEIIEGMKFDRGYISPYFINTSKGQKCEF
.. . :. .. .. ..:. : : : .. .:. :. .: : :. . . .
NP_006 KVVSQYSSLLSPMSVNAVMKVIDPATATSVDLRDIKIVKKLGGTIDDCELVEGLVLTQKV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 QDAYVLLSEK-KISSIQSIV--PALEIANAHRKPLVIIAEDVDGEALSTLVLNRLKVGLQ
... . :: ::. :: . : .. : :.. : .. .: .: .
NP_006 SNSGITRVEKAKIGLIQFCLSAPKTDMDNQ------IVVSDY-AQMDRVLREERAYILNL
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 VVAVKAPGFGD--NRKNQLKDMAIATGGAVFGEEGLTLNLEDVQPHDLGKVGEVIVTKDD
: .: : . .:. :.: :.. . : .. . ..:.. .:. . ..: ::
NP_006 VKQIKKTGCNVLLIQKSILRD-ALSDLALHFLNKMKIMVIKDIEREDIEFICKTIGTKPV
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 AMLLKGKGDKAQIEKRIQEIIEQLDVTTSEYEKEKLNERLAKLSDGVAV-LKVGGTSDVE
: . . .: :. :..... : :: . . : : .: . : :.. .
NP_006 AHIDQFTADMLG----SAELAEEVNLNGS----GKLLKITGCASPGKTVTIVVRGSNKLV
350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 VNEKKDRVTDALNATRAAVEE-GIVLGGGCALLRCIPALDSLTPANED-QKIGIEIIKRT
..: . . ::: . : :.. ... ::: .. : . . .. .. . .
NP_006 IEEAERSIHDALCVIRCLVKKRALIAGGGAPEIELALRLTEYSRTLSGMESYCVRAFADA
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520
pF1KB5 LKIPAMTIAKNAGVEG-SLIVE---KIMQSSSEVGYDAMAGDFVNMVEKGIIDPTKVVRT
... :.:.:::.. : ..: . :. . .: .. : . :..:. ...: : .
NP_006 MEVIPSTLAENAGLNPISTVTELRNRHAQGEKTAGINVRKGGISNILEELVVQPLLVSVS
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570
pF1KB5 AL-LDAAGVASLLTTAEVVVTEIPKEEKDPGMGAMGGMGGGMGGGMF
:: : . : :.: .:: :
NP_006 ALTLATETVRSILKIDDVVNTR
520 530
>>NP_036205 (OMIM: 256840,610150) T-complex protein 1 su (541 aa)
initn: 191 init1: 111 opt: 212 Z-score: 241.5 bits: 54.5 E(85289): 1e-06
Smith-Waterman score: 255; 20.8% identity (55.9% similar) in 506 aa overlap (33-520:30-508)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 RLPTVFRQMRPVSRVLAPHLTRAYAKDVKFGADARALMLQGVDLLADAVAVTMGPKGRTV
: .: .... .:... ...::.:
NP_036 MASMGTLAFDEYGRPFLIIKDQDRKSRLMGLEALKSHIMAAKAVANTMRTSLGPNGLDK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 IIEQSWGSPKVTKDGVTVAKSIDLKDKYKNIGAKLVQDVANNTNEEAGDGTTTATVLARS
.. .. :. ::.::.:. . .:. . :::. ..... ..: ::::: ..::: .
NP_036 MMVDKDGDVTVTNDGATILSMMDVDHQI----AKLMVELSKSQDDEIGDGTTGVVVLAGA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB5 IAKEGFEKISKGANPVEIRRGVMLAVDAVIAELKKQSKPVTTP----EEIAQVATISANG
. .:. . ...: .:..: : :. ..: .: : : : . : . :.: . :
NP_036 LLEEAEQLLDRGIHPIRIADGYEQAARVAIEHLDKISDSVLVDIKDTEPLIQTAKTTL-G
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 DKEIGNIISDAMKKVGRKGVITVKDGKTLNDELEIIEGMKFDRGYISPYFINTS--KGQK
.: . : : ... ..:.:: : . . ..:.:. .: .. . .:. ::
NP_036 SKVV-NSCHRQMAEIAVNAVLTVADMERRDVDFELIKV----EGKVGGRLEDTKLIKGVI
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 CEFQDAYVLLSEK-KISSIQSIVPALEIANAHRKPLVIIAEDVDGEALSTLVLNRLKVGL
. . .. . .: . ..: .. .: . . : . .. : .::. .... .
NP_036 VDKDFSHPQMPKKVEDAKIAILTCPFEPPKPKTKHKLDVTSVEDYKALQKYEKEKFEEMI
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 QVVAVKAPGFGDNRKNQLKDMAIATGGAVFGEEGLTLNLEDVQPHDLGKVG----EVIVT
: .: : ..:: : : .:. : :.. : . :: :.:.
NP_036 Q--QIKETG---------ANLAICQWG--FDDEANHLLLQNNLPA-VRWVGGPEIELIAI
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 KDDAMLLKGKGDKAQIEKRIQEIIEQLDVTTSEYEKEKLNERLAKLSDGVAVLKVGGTSD
. .. .. . . . ...... :.. .: . :. : : .:... ::..
NP_036 ATGGRIVPRFSELTAEKLGFAGLVQEISFGTTK-DKMLVIEQ-CKNSRAVTIFIRGGNKM
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460
pF1KB5 VEVNEKKDRVTDALNATRAAVEEG-IVLGGGCALLRCIPALDSLTPANED-QKIGIEIIK
. ..: : . ::: . : .... .: ::: : . : :... . .. ... .
NP_036 I-IEEAKRSLHDALCVIRNLIRDNRVVYGGGAAEISCALAVSQEADKCPTLEQYAMRAFA
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 RTLKIPAMTIAKNAGVEG-SLIVE----KIMQSSSEVGYDAMAGDFVNMVEKGIIDPTKV
.:.. :....:.:.. . ..: .. . . .: : . .: .. .:.
NP_036 DALEVIPMALSENSGMNPIQTMTEVRARQVKEMNPALGIDCLHKGTNDMKQQHVIETLIG
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570
pF1KB5 VRTALLDAAGVASLLTTAEVVVTEIPKEEKDPGMGAMGGMGGGMGGGMF
NP_036 KKQQISLATQMVRMILKIDDIRKPGESEE
520 530 540
>>NP_001293085 (OMIM: 256840,610150) T-complex protein 1 (503 aa)
initn: 191 init1: 111 opt: 208 Z-score: 237.5 bits: 53.7 E(85289): 1.7e-06
Smith-Waterman score: 251; 20.9% identity (56.1% similar) in 492 aa overlap (47-520:6-470)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 VLAPHLTRAYAKDVKFGADARALMLQGVDLLADAVAVTMGPKGRTVIIEQSWGSPKVTKD
.:... ...::.: .. .. :. ::.:
NP_001 MAAKAVANTMRTSLGPNGLDKMMVDKDGDVTVTND
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 GVTVAKSIDLKDKYKNIGAKLVQDVANNTNEEAGDGTTTATVLARSIAKEGFEKISKGAN
:.:. . .:. . :::. ..... ..: ::::: ..::: .. .:. . ...: .
NP_001 GATILSMMDVDHQI----AKLMVELSKSQDDEIGDGTTGVVVLAGALLEEAEQLLDRGIH
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 PVEIRRGVMLAVDAVIAELKKQSKPVTTP----EEIAQVATISANGDKEIGNIISDAMKK
:..: : :. ..: .: : : : . : . :.: . :.: . : : .
NP_001 PIRIADGYEQAARVAIEHLDKISDSVLVDIKDTEPLIQTAKTTL-GSKVV-NSCHRQMAE
100 110 120 130 140
200 210 220 230 240
pF1KB5 VGRKGVITVKDGKTLNDELEIIEGMKFDRGYISPYFINTS--KGQKCEFQDAYVLLSEK-
.. ..:.:: : . . ..:.:. .: .. . .:. :: . . .. . .:
NP_001 IAVNAVLTVADMERRDVDFELIK----VEGKVGGRLEDTKLIKGVIVDKDFSHPQMPKKV
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 KISSIQSIVPALEIANAHRKPLVIIAEDVDGEALSTLVLNRLKVGLQVVAVKAPGFGDNR
. ..: .. .: . . : . .. : .::. .... .: .: :
NP_001 EDAKIAILTCPFEPPKPKTKHKLDVTSVEDYKALQKYEKEKFEEMIQ--QIKETG-----
210 220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 KNQLKDMAIATGGAVFGEEGLTLNLEDVQPHDLGKVG----EVIVTKDDAMLLKGKGDKA
..:: : : .:. : :.. : . :: :.:. . .. .. .
NP_001 ----ANLAICQWG--FDDEANHLLLQNNLPA-VRWVGGPEIELIAIATGGRIVPRFSELT
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 QIEKRIQEIIEQLDVTTSEYEKEKLNERLAKLSDGVAVLKVGGTSDVEVNEKKDRVTDAL
. . ...... :.. .: . :. : : .:... ::.. . ..: : . :::
NP_001 AEKLGFAGLVQEISFGTTK-DKMLVIEQ-CKNSRAVTIFIRGGNKMI-IEEAKRSLHDAL
320 330 340 350 360
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 NATRAAVEEG-IVLGGGCALLRCIPALDSLTPANED-QKIGIEIIKRTLKIPAMTIAKNA
. : .... .: ::: : . : :... . .. ... . .:.. :....:.
NP_001 CVIRNLIRDNRVVYGGGAAEISCALAVSQEADKCPTLEQYAMRAFADALEVIPMALSENS
370 380 390 400 410 420
490 500 510 520 530
pF1KB5 GVEG-SLIVE----KIMQSSSEVGYDAMAGDFVNMVEKGIIDPTKVVRTALLDAAGVASL
:.. . ..: .. . . .: : . .: .. .:.
NP_001 GMNPIQTMTEVRARQVKEMNPALGIDCLHKGTNDMKQQHVIETLIGKKQQISLATQMVRM
430 440 450 460 470 480
540 550 560 570
pF1KB5 LTTAEVVVTEIPKEEKDPGMGAMGGMGGGMGGGMF
NP_001 ILKIDDIRKPGESEE
490 500
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Smith-Waterman score: 251; 20.9% identity (56.1% similar) in 492 aa overlap (47-520:23-487)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 VLAPHLTRAYAKDVKFGADARALMLQGVDLLADAVAVTMGPKGRTVIIEQSWGSPKVTKD
.:... ...::.: .. .. :. ::.:
NP_001 MNSSLGPTIEKLSVSHIMAAKAVANTMRTSLGPNGLDKMMVDKDGDVTVTND
10 20 30 40 50
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pF1KB5 GVTVAKSIDLKDKYKNIGAKLVQDVANNTNEEAGDGTTTATVLARSIAKEGFEKISKGAN
:.:. . .:. . :::. ..... ..: ::::: ..::: .. .:. . ...: .
NP_001 GATILSMMDVDHQI----AKLMVELSKSQDDEIGDGTTGVVVLAGALLEEAEQLLDRGIH
60 70 80 90 100
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pF1KB5 PVEIRRGVMLAVDAVIAELKKQSKPVTTP----EEIAQVATISANGDKEIGNIISDAMKK
:..: : :. ..: .: : : : . : . :.: . :.: . : : .
NP_001 PIRIADGYEQAARVAIEHLDKISDSVLVDIKDTEPLIQTAKTTL-GSKVV-NSCHRQMAE
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200 210 220 230 240
pF1KB5 VGRKGVITVKDGKTLNDELEIIEGMKFDRGYISPYFINTS--KGQKCEFQDAYVLLSEK-
.. ..:.:: : . . ..:.:. .: .. . .:. :: . . .. . .:
NP_001 IAVNAVLTVADMERRDVDFELIK----VEGKVGGRLEDTKLIKGVIVDKDFSHPQMPKKV
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pF1KB5 KISSIQSIVPALEIANAHRKPLVIIAEDVDGEALSTLVLNRLKVGLQVVAVKAPGFGDNR
. ..: .. .: . . : . .. : .::. .... .: .: :
NP_001 EDAKIAILTCPFEPPKPKTKHKLDVTSVEDYKALQKYEKEKFEEMIQ--QIKETG-----
230 240 250 260 270
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pF1KB5 KNQLKDMAIATGGAVFGEEGLTLNLEDVQPHDLGKVG----EVIVTKDDAMLLKGKGDKA
..:: : : .:. : :.. : . :: :.:. . .. .. .
NP_001 ----ANLAICQWG--FDDEANHLLLQNNLPA-VRWVGGPEIELIAIATGGRIVPRFSELT
280 290 300 310 320
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pF1KB5 QIEKRIQEIIEQLDVTTSEYEKEKLNERLAKLSDGVAVLKVGGTSDVEVNEKKDRVTDAL
. . ...... :.. .: . :. : : .:... ::.. . ..: : . :::
NP_001 AEKLGFAGLVQEISFGTTK-DKMLVIEQ-CKNSRAVTIFIRGGNKMI-IEEAKRSLHDAL
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 NATRAAVEEG-IVLGGGCALLRCIPALDSLTPANED-QKIGIEIIKRTLKIPAMTIAKNA
. : .... .: ::: : . : :... . .. ... . .:.. :....:.
NP_001 CVIRNLIRDNRVVYGGGAAEISCALAVSQEADKCPTLEQYAMRAFADALEVIPMALSENS
390 400 410 420 430 440
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pF1KB5 GVEG-SLIVE----KIMQSSSEVGYDAMAGDFVNMVEKGIIDPTKVVRTALLDAAGVASL
:.. . ..: .. . . .: : . .: .. .:.
NP_001 GMNPIQTMTEVRARQVKEMNPALGIDCLHKGTNDMKQQHVIETLIGKKQQISLATQMVRM
450 460 470 480 490 500
540 550 560 570
pF1KB5 LTTAEVVVTEIPKEEKDPGMGAMGGMGGGMGGGMF
NP_001 ILKIDDIRKPGESEE
510 520
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Smith-Waterman score: 286; 22.4% identity (52.5% similar) in 545 aa overlap (41-567:26-540)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 MRPVSRVLAPHLTRAYAKDVKFGADARALMLQGVDLLADAVAVTMGPKGRTVIIEQSWGS
... ...:.:: .:.::.: .: .. :.
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pF1KB5 PKVTKDGVTVAKSIDLKDKYKNIGAKLVQDVANNTNEEAGDGTTTATVLARSIAKEGFEK
...::.:. : .:. .:: . :.:.. . :.:::::..:.:: . :.
NP_006 ATISNDGATILKLLDVVHP----AAKTLVDIAKSQDAEVGDGTTSVTLLAAEFLKQVKPY
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pF1KB5 ISKGANPVEIRRGVMLAVDAVIAELKKQSKPVTTPEEIAQVATISANGDKEIGNIISDAM
. .: .: : :. :.. .. ..:. . : ... : . . ... . . .
NP_006 VEEGLHPQIIIRAFRTATQLAVNKIKEIAVTVKKADKVEQRKLLEKCAMTALSSKLISQQ
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pF1KB5 KKVGRKGVITVKDGKTLND--ELEIIEGMKFDRGYISPYFINTSKGQKCEFQDAYVLLSE
: : :. . :.: .:..: : . : . . .. . : :. : ..
NP_006 KAFFAKMVVDAV--MMLDDLLQLKMIGIKKVQGGALEDSQLVAGVAFKKTFSYAGFEMQP
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pF1KB5 KKISSIQSIVPALEIANAHRKPLVII----AEDVDG--EALSTLVLNRL-KV---GLQVV
:: . . . .:. .: . : .:: .. .: ... ..: :. : .::
NP_006 KKYHNPKIALLNVELELKAEKDNAEIRVHTVEDYQAIVDAEWNILYDKLEKIHHSGAKVV
230 240 250 260 270 280
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pF1KB5 AVKAPGFGDNRKNQLKDMAIATGGAVFGEEGLTLNLEDVQPHDLGKVGEVIVTKDDAMLL
: : .:: . . : . .: : :: : . . : : :. .:.
NP_006 LSKLP-IGDVATQYFADRDMFCAGRV-PEEDLK--------RTMMACGGSIQTSVNAL--
290 300 310 320 330
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pF1KB5 KGKGDKAQIEKRIQEIIEQLDVTTSEYEKEKLNERLAKLSDGVAVLKVGGTSDVEVNEKK
.:.. : : ..:. .. .:. . : . . .:. :. . .: .:..
NP_006 -----SADVLGRCQ-VFEETQIGGERYN---FFTGCPKAKTCTFILRGGAEQFMEETERS
340 350 360 370 380
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pF1KB5 DRVTDALNATRAAVE-EGIVLGGGCALLRCIPAL-DSLTPANEDQKIGIEIIKRTLKIPA
. ::. .: :.. ...: ::: .. : : :.. : ..:.:
NP_006 --LHDAIMIVRRAIKNDSVVAGGGAIEMELSKYLRDYSRTIPGKQQLLIGAYAKALEIIP
390 400 410 420 430 440
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pF1KB5 MTIAKNAGVEGSLIVEKI----MQSSSEVGYDAMAGDFVNMVEKGIIDPTKVVRTALLDA
. ::: ... :..:. :... : : :... : . .:. : .:: :
NP_006 RQLCDNAGFDATNILNKLRARHAQGGTWYGVDINNEDIADNFEAFVWEPAMVRINALTAA
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pF1KB5 AGVASLLTTAEVVVTEIPKEEKDPGMGAMGGMGGGMGGGMF
. .: :..... .. . :. : .: : : :
NP_006 SEAACLIVSVDETIKN-PRSTVDAPTAAGRGRGRGRPH
510 520 530 540
>>NP_110379 (OMIM: 186980) T-complex protein 1 subunit a (556 aa)
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Smith-Waterman score: 215; 19.5% identity (52.1% similar) in 574 aa overlap (29-560:10-544)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MLRLPTVFRQMRPVSRVLAPHLTRAYAKDVKFGADARALMLQGVDLLADAVAVTMGPKGR
: . : :. .... .:. : ..:: :
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10 20 30 40
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pF1KB5 TVIIEQSWGSPKVTKDGVTVAKSIDLKDKYKNIGAKLVQDVANNTNEEAGDGTTTATVLA
.. .. :. .:.::.:. : .... .::.. ..:. ..:.:::::.....:
NP_110 DKMLVDDIGDVTITNDGATILKLLEVEHP----AAKVLCELADLQDKEVGDGTTSVVIIA
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pF1KB5 RSIAKEGFEKISKGANPVEIRRGVMLAVDAVIAELKKQSKPVTTPEEIAQVATISANGDK
. :.. : ... .:. . : :: .. .... . .: :
NP_110 AELLKNADELVKQKIHPTSVISGYRLACKEAVRYINEN---------------LIVNTD-
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pF1KB5 EIG-NIISDAMKKVGRKGVITVKDGKTLNDELEIIEGMKFDRGYISP-YFINTSKGQKCE
:.: . . .: : . .: .. : .. . ..:. .: : .:. . : .
NP_110 ELGRDCLINAAKTSMSSKIIGINGDFFANMVVDAVLAIKYTDIRGQPRYPVNSVNILKAH
150 160 170 180 190 200
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pF1KB5 FQDAYVLLSEKKISSIQSIVPALE-IANAHRKPLVIIAEDVDGEALSTLVLNRLKVGLQV
..... :. ::. ..... : :. . .: : ...:.:.::
NP_110 --------GRSQMESMLISGYALNCVVGSQGMPKRIVNAKIACLDFS-LQKTKMKLGVQV
210 220 230 240 250
300 310 320 330
pF1KB5 VAVKAPGFGDNRKNQLKDMA-------IATGGAV--------------FGEEGLTLNLED
: . : :. ... .:.. .:::. : : : : .. ..
NP_110 V-ITDPEKLDQIRQRESDITKERIQKILATGANVILTTGGIDDMCLKYFVEAG-AMAVRR
260 270 280 290 300 310
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pF1KB5 VQPHDLGKVGEVIVTKDDAMLLKGKGDK---AQIEKRIQEIIEQLDVTTSEYEKEKLNER
: .:: ..... . . : . .:.. : . . .:.... . : ...
NP_110 VLKRDLKRIAKASGATILSTLANLEGEETFEAAMLGQAEEVVQE---RICDDELILIKNT
320 330 340 350 360
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pF1KB5 LAKLSDGVAVLKVGGTSDVEVNEKKDRVTDALNATRAAVE-EGIVLGGGCALLRCIPALD
:. : .. .:. :..: .: . . ::: ... ..: ...: ::: . :.
NP_110 KARTSASI-ILR--GANDFMCDEMERSLHDALCVVKRVLESKSVVPGGGAVEAALSIYLE
370 380 390 400 410 420
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pF1KB5 SL-TPANEDQKIGIEIIKRTLKIPAMTIAKNAGVEGSLIVEKIMQSSSE-----------
. : . ....: . :.: . :.: ::. ... .: :. .:
NP_110 NYATSMGSREQLAIAEFARSLLVIPNTLAVNAAQDSTDLVAKLRAFHNEAQVNPERKNLK
430 440 450 460 470 480
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pF1KB5 -VGYDAMAGDFVNMVEKGIIDPTKV-VRTALLDAAGVASLLTTAEVVVTEIPKEEKDPGM
.: : : . . :...:: : :.. . . .. ..: ... .. : ::
NP_110 WIGLDLSNGKPRDNKQAGVFEPTIVKVKSLKFATEAAITILRIDDLI--KLHPESKDDKH
490 500 510 520 530 540
560 570
pF1KB5 GAMGGMGGGMGGGMF
:.
NP_110 GSYEDAVHSGALND
550
>>NP_006422 (OMIM: 605139) T-complex protein 1 subunit b (535 aa)
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Smith-Waterman score: 321; 23.5% identity (54.7% similar) in 554 aa overlap (18-552:6-527)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MLRLPTVFRQMRPVSRVLAP-HLTRAYAKDVKFGADARALMLQGVDLLADAVAVTMGPKG
::: .. .: : : . . :: . :. ..: : :.::::
NP_006 MASLSLAPVNIFKAGA-DEERAETARLTSFIGAIAIGDLVKSTLGPKG
10 20 30 40
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pF1KB5 RTVIIEQSW--GSPKVTKDGVTVAKSIDLKDKYKNIGAKLVQDVANNTNEEAGDGTTTAT
:. .: .: ::.::.:. :.: . : .::.. :.. ..:.:::::..:
NP_006 MDKILLSSGRDASLMVTNDGATILKNIGVD----NPAAKVLVDMSRVQDDEVGDGTTSVT
50 60 70 80 90 100
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pF1KB5 VLARSIAKEGFEKISKGANPVEIRRGVMLAVDAVIAELKKQSKPVTTPEEIAQVATISAN
::: . .:. :.: .: : : :. :. : ... . : . ..
NP_006 VLAAELLREAESLIAKKIHPQTIIAGWREATKAAREALLSSAVDHGSDEVKFRQDLMNIA
110 120 130 140 150 160
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pF1KB5 GDKEIGNIIS---DAMKKVGRKGVITVKDGKTLNDELEIIE--GMKFDRGYISPYFINTS
: ..... : . :.. ..:. .: . .: . ..::. : .. .:.. :. .
NP_006 GTTLSSKLLTHHKDHFTKLAVEAVLRLKGSGNL-EAIHIIKKLGGSLADSYLDEGFLLDK
170 180 190 200 210 220
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pF1KB5 K---GQKCEFQDAYVLLSEKKISSIQSIVPALEIANAHRKPLVIIAEDVDGEALSTLVLN
: .: ....: .:... ... . . . .. . : : .. : .. :
NP_006 KIGVNQPKRIENAKILIANTGMDTDKIKIFGSRV-RVDSTAKVAEIEHAEKEKMKEKVER
230 240 250 260 270 280
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pF1KB5 RLKVGLQVVAVKAPGFGDNRKNQLKDMAIATGGAVFGEEGLTLNLEDVQPHDLGKVGEVI
:: :.. . . : .:: ....:.. :.. .. :. : ::.
NP_006 ILKHGINCFINRQLIY--NYPEQL----FGAAGVMAIEHA---DFAGVERLALVTGGEIA
290 300 310 320 330
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pF1KB5 VTKDDAMLLKGKGDKAQIEKRIQEIIEQLDVTTSEYEKEKLNERLAKLSDGVAVLKVGGT
: : :.: . : .::.. . : . .. . :... ... :.:
NP_006 STFDHPELVKLGSCK---------LIEEVMIG----EDKLIHFSGVALGEACTIVLRGAT
340 350 360 370
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pF1KB5 SDVEVNEKKDRVTDALNATRAAVEEG-IVLGGGCA---LLRCIPALDSLTPANEDQKIGI
... ..: . . ::: . .:... : ::::. . . . : . ::..: ...
NP_006 QQI-LDEAERSLHDALCVLAQTVKDSRTVYGGGCSEMLMAHAVTQLANRTPGKE--AVAM
380 390 400 410 420 430
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pF1KB5 EIIKRTLKIPAMTIAKNAGVEGSLIVEKIMQSSSE----VGYDAMAGDFVNMVEKGIIDP
: ..:.. :: ::: ... .: .. . :: .: : : . .:. :: .
NP_006 ESYAKALRMLPTIIADNAGYDSADLVAQLRAAHSEGNTTAGLDMREGTIGDMAILGITES
440 450 460 470 480 490
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pF1KB5 TKVVRTALLDAAGVASLLTTAEVVVTEIPKEEKDPGMGAMGGMGGGMGGGMF
.: : .::.:: .: .. .. .. :..
NP_006 FQVKRQVLLSAAEAAEVILRVDNIIKAAPRKRVPDHHPC
500 510 520 530
>>NP_005989 (OMIM: 600114) T-complex protein 1 subunit g (545 aa)
initn: 111 init1: 111 opt: 161 Z-score: 183.8 bits: 43.8 E(85289): 0.0017
Smith-Waterman score: 236; 19.9% identity (53.2% similar) in 568 aa overlap (12-555:5-532)
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pF1KB5 MLRLPTVFRQMRPVSRVLAPHLTRAYAKDVKFGADARALMLQGVDLLADAVAVTMGPKGR
::: ::. . : .. :. : .... .:: . . .:::.
NP_005 MMGHRPVL-VLSQNTKRESGRKVQSGN------INAAKTIADIIRTCLGPKSM
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pF1KB5 TVIIEQSWGSPKVTKDGVTVAKSIDLKDKYKNIGAKLVQDVANNTNEEAGDGTTTATVLA
.. . :. .:.:: .. . :... . .:: . ... . .::.:::::.. .::
NP_005 MKMLLDPMGGIVMTNDGNAILREIQVQ----HPAAKSMIEISRTQDEEVGDGTTSVIILA
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pF1KB5 RSIAKEGFEKISKGANPVEIRRGVMLAVDAVIAELKKQSKPVTTPEEIAQVATISANGDK
. . . . . . .:. . . :.: .:. ::: : :: . .. :...
NP_005 GEMLSVAEHFLEQQMHPTVVISAYRKALDDMISTLKKISIPVDISDSDMMLNIINSSITT
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pF1KB5 EIGNIISDAMKKVGRKGVITVKDGKTLNDELEIIEGMKFDRGYISPYFINTSKGQKCEFQ
. . :. ... .: :. .. :..: . . .. : .:. : : ..
NP_005 KAISRWSSLACNIALDAVKMVQFEENGRKEIDIKKYARVEK--IPGGIIEDS----CVLR
170 180 190 200 210
250 260 270 280 290
pF1KB5 DAYVLLSEKKISSIQSIVPALEIANAHRKPLVIIAEDV----DGEALSTLVLNRLKVGLQ
... .: .. : .. ..: ... .. ::. . . ..: . .
NP_005 GVMI---NKDVTH-----PRMR--RYIKNPRIVLLDSSLEYKKGESQTDIEITREEDFTR
220 230 240 250 260
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pF1KB5 VVAVKAPGFGDNRKNQL-KDMAIATGGAVFGEEGLTLNLEDVQPHDLGKVGEVIVTK---
.. .. .. .:: .:. .:. :.:.. :. : : ... . . .
NP_005 ILQME-----EEYIQQLCEDIIQLKPDVVITEKGIS----DLAQHYLMRANITAIRRVRK
270 280 290 300 310
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pF1KB5 -DDAMLLKGKGDKAQIEKRIQEIIEQLDVTTSE--YEKEKL-NERLAKLSD-----GVAV
:. . .. : :.: .: .:. :. :: :. : .:. .: .. ..: . ..
NP_005 TDNNRIARACG--ARIVSRPEELRED-DVGTGAGLLEIKKIGDEYFTFITDCKDPKACTI
320 330 340 350 360 370
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pF1KB5 LKVGGTSDVEVNEKKDRVTDALNATRAAV-EEGIVLGGGCALLRCIPALDSLTPANED-Q
: :..... ..: . . ::... : .. . .: ::: . . :: . : .
NP_005 LLRGASKEI-LSEVERNLQDAMQVCRNVLLDPQLVPGGGASEMAVAHALTEKSKAMTGVE
380 390 400 410 420 430
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pF1KB5 KIGIEIIKRTLKIPAMTIAKNAGVEG-----SLIVEKIMQSSSEVGYDAMAGDFVNMVEK
. . . ..:.. :. .: :. :: ... ... : .. .: .:.: :
NP_005 QWPYRAVAQALEVIPRTLIQNCGASTIRLLTSLRAKHTQENCETWGVNGETGTLVDMKEL
440 450 460 470 480 490
520 530 540 550 560 570
pF1KB5 GIIDPTKVVRTALLDAAGVASLLTTAEVVVTEIPKEEKDPGMGAMGGMGGGMGGGMF
:: .: : . :. .: :: . .:. :. :
NP_005 GIWEPLAVKLQTYKTAVETAVLLLRIDDIVSGHKKKGDDQSRQGGAPDAGQE
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]